The Pachycormiformes were a successful group of stem-teleosts. Although they persisted for more than 100 million years in the Mesozoic seas and occupied a significant space of the ecosystem, little is known about this most diverse group. One of the earliest pachycormiformes is the lower Jurassic Pachycormus bollensis. A reconstruction of the phylogeny with the early P. bollensis together with more derived and earlier studied species has yielded important information about the relationships within the group. Both a parsimony analysis and a Bayesian analysis were performed. Three exceptionally complete specimens of P. bollensis from the Holzmaden-locality were used for the study. The resulting trees strongly supported pachycormiform monophyly. Three major ecomorphological clades were returned from the analyses: the filter-feeders, hyper carnivores and a more generalist predator radiation that included P. bollensis. Despite, node support within the pachycormiformes are generally weak. The tooth-structure and the phylogenetic position of P. bollensis might indicate an intermediate grade between the filter-feeders and the hyper carnivores. / Pachycormiformer var en mycket framgångsrik ordning utav stam-teleoster. Trots att de överlevde i mer än 100 miljoner år i de Mesosoiska haven och erövrat ett flertal olika platser i ekosystemet, är denna mågfacetterade grupp som helhet tämligen okänd. Pachycormus bollensis från yngre jura är en av de tidigste arterna i denna grupp. En fylogenetiskt rekonstruktion av den tidiga P. bollensis tillsammans med yngre, mer utvecklade arter kan ge viktig information om släktskapen inom gruppen. En parsimonisk analys och en Bayesian analys utfördes. Tre exceptionellt bevarade exemplar av Pachycormus bollensis från Holzmaden användes i studien. Resultatet visar på ett stark monofyletiskt sammanband inom pachycormiformerna. Båda analyserna visade robusta resultat för tre övergripande grupper; filtrerare, karnivorer och en mer generell predator linje som inkluderar P.  bollensis. Dock hade de interna släktskapen inom varje större grupp svagt stöd. Tand-stukturen tillsammans med den fylogenetiska placeringen av P. bollensis kan tyda på en intermediär grupp mellan filterarna och karnivorerna.

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Área de endemismo ou elemento biótico é uma região geográfica que apresenta congruência distribucional entre táxons. Não há um padrão aceito universalmente para delimitação de áreas de endemismo e, portanto, várias metodologias são usadas para sua identificação. Nesta dissertação, propomos uma comparação integrada de alguns métodos de análises de endemismo, com base em dados de distribuição hipotéticos e reais. Desta forma, este estudo tem como objetivos: (1) comparar a Análise de Parcimônia de endemicidade (PAE), a Análise de endemicidade (EA) e um novo método de codificação que propomos a Análise de Distribuições de Três-Itens (3ID), avaliando sua performance com base na capacidade de identificar padrões hipotéticos predefinidos de áreas de endemismo, representando áreas não conflitantes, aninhadas e sobrepostas; (2) analisar os padrões de distribuição de 214 espécies de hidrozoários bentônicos, pelágicos e benthopelágicos não-sifonóforos do Oceano Atlântico Sul Ocidental (OASO), usando três métodos biogeográficos para testar hipóteses anteriores de regionalização biogeográfica e avaliar o performance da PAE, a EA e a 3ID com conjuntos de dados reais. No capítulo 2, intitulado “Comparison of analysis of endemism procedures based on hypothetical distributions”, nós comparamos a PAE, EA e 3ID e encontramos que a 3ID tem o maior percentual de sucesso na recuperação de áreas de endemismo predefinidas. Adicionalmente, a EA é o único método capaz de recuperar padrões sobrepostos, porém também encontra padrões espúrios. Nós sugerimos, portanto, que a melhor opção para identificação de áreas de endemismo é o uso de 3ID e EA em conjunto. No capítulo 3, intitulado “Biogeographic patterns of benthic and planktonic hydrozoans from the southwestern Atlantic Ocean”, nós utilizamos dados distribucionais de 214 espécies de hidrozoários bentônicos, pelágicos e bentopelágicos não-sifonóforos do OASO (20°-60°S, 33°-75°W), os quais foram organizados em diferentes matrizes (concatenada, bentônica, pelágica, e bentopelágica) de acordo com as diferentes estratégias de ciclo de vida em Hydrozoa. Todas as matrizes foram analisadas por meio da PAE, EA e 3ID. Os resultados mostram três padrões biogeográficos gerais: (1) Tropical (2) Temperado-Quente, e (3) Temperado-Frio. Os padrões obtidos variam de acordo com o tipo de ciclo de vida em Hydrozoa, demonstrando a importância de analisar-se separadamente conjuntos de dados de espécies com diferentes estratégias de reprodução. Cada método teve um desempenho diferente e, portanto, concluímos que o uso de 3ID e EA em conjunto é a melhor opção para inferir padrões biogeográficos marinhos / Areas of endemism or biotic elements comprise regions delimited by more than one taxon with coincident patterns of distribution. There is not an accepted universal protocol for delimitation of areas of endemism, and therefore, they are identified by several different methods. In this study, we propose an integrative comparison of different methods for identification of areas of endemism based on data of hypothetical and real distributions. Therefore, the general aims of this study are: (1) to compare the Parsimony Analysis of Endemicity (PAE), the Endemicity Analysis (EA) and a new coding method that we propose, the Three-Item Analysis of Distributions (3ID) to contrast their performance based on their ability to identify hypothetical predefined areas of endemism representing non-conflicting, nested and overlapping patterns; (2) to analyze the patterns of distribution of benthic, pelagic and benthopelagic non-siphonophore hydrozoans of the Southwestern Atlantic Ocean (SWAO), to test previous biogeographic hypotheses of regionalization for the area and to evaluate the performance of the endemicity methods based on real datasets. In chapter 2, entitled “Comparison of analysis of endemism procedures based on hypothetical distributions”, we compared the performance of PAE, EA and 3ID, and we found that 3ID has the greatest percentage of success in retrieving predefined areas of endemism. EA is the only method that recovers overlapping patterns, but it can also find spurious patterns. We recommend the use of 3ID together with EA as the best available option for hypothesizing areas of endemism. In chapter 3, entitled “Biogeographic patterns of benthic and planktonic hydrozoans from the southwestern Atlantic Ocean”, we used the distribution 214 hydrozoan species from the SWAO (20°-60°S, 33°-75°W), which were organized in different data matrices (concatenated, benthic, pelagic, and benthopelagic) according to the different life cycle strategies in Hydrozoa. All matrices were analyzed through PAE, EA and 3ID. The resulting areas showed three broad biogeographic patterns: (1) Tropical, (2) Warm-Temperate and (3) Cold-Temperate. The output patterns varied according to the life cycle of hydrozoan species, demonstrating the importance in analyzing separately data of species with different strategies of life cycle. Each method performed differently, and we concluded that the use of 3ID and EA together is the best approach to infer strong biogeographic patterns for the marine realm

Made available in DSpace on 2015-04-17T14:55:25Z (GMT). No. of bitstreams: 1 arquivototal.pdf: 6612338 bytes, checksum: 944e87b47204fb137759922d590127af (MD5) Previous issue date: 2013-02-28 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - CAPES / The Atlantic Forest is one of the richest regions of the world, both in species diversity, as in endemism. Due to this and to the degree of devastation, a few years ago, this biome was considered one of the 25 worldwide biodiversity hotspots. However, the historical relationships between different sectors of the Atlantic Forest are poorly understood. A critical step in that knowledge is the delimitation of the areas of endemism, which are basic units for biogeographic analyzes. Studies performed in this subject have advanced enough, both south and southeastern Atlantic Forest, by using the distribution patterns of harvestmen which occur into this region, nevertheless, a gap remains regarding to the northeastern Atlantic Forest. Therefore, this study aims to delimit the areas of endemism in Atlantic Forest north São Francisco river, by using Opiliones species distributions, also comparing the obtained results by different methodologies and finally evaluating the influence of the size of the cells on the results. In total, we used 1581 occurrences of 224 species, and of these, 18 are not yet described. The occurrences were obtained of field collecting, literature and museums. We used three numeric methods to search for areas of endemism that work using the occurrence of species in a set of cells on a grid: Endemicity Analysis (NDM), Parsimony Analysis of Endemicity (PAE) and Biotic Element Analysis (BEA). For the three methods were applied three grids: a less detailed grid (2° X 2°), a intermediated grid (1° X 1°) and one more detailed grid (with 0,5° X 0,5° cells). Afterwards, the areas of endemism were delimited by applying on the results of the numeric analyzes a protocol based on a number of combined criteria derived from areas of endemic concepts described in the literature. Altogether, thirteen endemism areas were delimited for Atlantic Forest, and, three of these correspond to the northeastern Atlantic Forest: Area of Endemism Bahia (BA), Area of Endemism Brejos Cearenses (BCE) and Area of Endemism Pernambuco (PE). The results from NDM and PAE were similar, whereas BEA results were entirely different and arbitrary. The size of cells had influences in the analysis, both on the number of areas found, as the number of cells included in each area. The largest amount of data used, turned limited areas into more robust, especially those of the northeastern Atlantic Forest, if compared to previous work. These areas, as well as those from south and southeastern Atlantic Forest probably correspond to areas of Pleistocene forest refuge, when the entire Atlantic Forest experienced cycles of expansion and contraction. These oscillations are associated with the cycles of glaciation and warming that occurred during the Quaternary, where, the expansion of northeastern Atlantic Forest boundaries probably led it to a contact with the Amazon Rainforest. Other likely causes were marine transgressions or tectonism, in this case, applied to the region of Baía de Todos os Santos. / A Mata Atlântica é uma das regiões mais ricas do mundo, tanto em diversidade de espécies quanto em endemismo. Devido a isso e ao grau de devastação desse bioma, há alguns anos ela foi enquadrada como um dos 25 hotspots mundias de biodiversidade. Entretanto, as relações históricas entre os diferentes setores da Mata Atlântica são pouco conhecido. Uma etapa fundamental é a delimitação das áreas de endemismo, que são unidades básicas para análises biogeográficas. Os estudos nessa área avançaram bastante na Mata Atlântica do sul e sudeste com o uso das distribuições dos opiliões que ocorrem nessa região, entretanto, permanece uma lacuna com relação à Mata Atlântica nordestina. Diante disso, o objetivo do presente estudo foi delimitar as áreas de endemismo da Mata Atlântica localizada ao norte do rio São Francisco, utilizando as distribuições de espécies de Opiliones, além de comparar os resultados obtidos pelas diferentes metodologias utilizadas e avaliar a influência do tamanho das células sobre os resultados. Ao todo, foram utilizadas 1581 ocorrências de 224 espécies, sendo que, dessas, 18 ainda não estão descritas. As ocorrências foram obtidas por coletas, revisão de literatura e visita a museus. Foram utilizados três métodos numéricos para busca de áreas de endemismo que trabalham usando a ocorrência das espécies num conjunto de células de uma grade: a Análise de Endemicidade (NDM), a Análise de Parcimônia de Endemicidade (PAE) e a Análise de Elementos Bióticos (BEA). Para os três métodos foram aplicados três grades: uma grade menos detalhada (2° X 2°), uma grade intermediária (1° X 1°) e uma grade mais detalhada (com células de 0,5° X 0,5°). Em seguida, as áreas de endemismo foram delimitadas aplicando, sobre os resultados das análises numéricas, um protocolo baseado numa série de critérios combinados que, por sua vez, derivam de conceitos de áreas de endemismo descritos na literatura. Ao todo, foram delimitadas treze áreas de endemismo para a Mata Atlântica, sendo que, dessas, três correspondem à Mata Atlântica nordestina: a Área de Endemismo Bahia (BA), a Área de Endemismo Brejos Cearenses (BCE) e a Área de Endemismo Pernambuco (PE). Os resultados obtidos pela NDM e pela PAE foram similares, enquanto que a BEA apresentou resultados completamente diferentes e arbitrários. O tamanho das células utilizadas teve influência nas análises, tanto na quantidade de áreas encontradas, quanto na quantidade de células incluída em cada área. A maior quantidade de dados utilizada tornou áreas delimitadas mais robustas, sobretudo aquelas da Mata Atlântica nordestina, quando comparada a trabalhos anteriores. Essas áreas, assim como aquelas da Mata Atlântica sul e sudeste, provavelmente correspondem às áreas de refúgios florestais pleistocênicos, quando a Mata Atlântica inteira experimentou ciclos de expansão e retração. Essas oscilações estão associadas aos ciclos de glaciação e aquecimento que ocorreram durante o Quaternário, sendo que, na Mata Atlântica nordestina, a expansão de seus limites provavelmente ocasionou um contato com a Floresta Amazônica. Outras causas prováveis foram às transgressões marinhas ou tectonismo, no caso, aplicados a região da Baía de Todos os Santos.

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No. of bitstreams: 1 eduardotoledoamorim.pdf: 7085942 bytes, checksum: 0064c64ba9943c302c39ab2df413436b (MD5) Previous issue date: 2017-08-16 / CAPES - Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / Bryophyta (musgos) compõem a segunda divisão mais diversa de plantas terrestres, com aproximadamente 13.000 espécies. Vários trabalhos foram realizados com o intuito de compilar o conhecimento da flora de briófitas para o Brasil, apontando os estados com o maior número de espécies e evidenciando as carências de amostragem para o país. Entretanto, ainda não se sabe de forma mais precisa, quais as lacunas no conhecimento dos musgos no Brasil. Um dos temas principais na biogeografia é compreender o motivo de espécies apresentarem ampla distribuição ou endemismo. Endemismo, objeto deste estudo, está relacionado à ocorrência restrita de um táxon, por terem se originado neste local e não terem se dispersado, ou porque ficaram restritos à área, em relação a sua distribuição anterior. Atualmente, destacam-se duas hipóteses alopátricas mais próximas para modelos de diversificação: Hipótese de Refúgio no Pleistoceno e de Isolamento em Montanhas. No Brasil, as áreas são protegidas através das Unidades de Conservação (UCs), as quais, de modo geral, são abrigadas para que se minimizem as ações antrópicas, tornando-as habitats excelentes para a colonização de briófitas. O presente trabalho teve por objetivo geral realizar um estudo sobre a distribuição de musgos para o Brasil, identificando a riqueza e o endemismo no país e apresentando uma abordagem conservacionista para as espécies Foi realizado um levantamento dos dados para as ocorrências de musgos, através de diferentes bancos de dados on-line e bibliografia. Posteriormente, esses dados foram refinados quanto à identificação em nível específico, à validade taxonômica e às coordenadas geográficas. Em seguida, foram marcados os pontos dos registros no mapa e, elaborado o gradeamento por quadrículas de 1° x 1°. A partir daí, foram realizadas as análises de riqueza, riqueza estimada, número de registros e a Análise de Parcimônia de Endemismos (PAE). Foi utilizada a ferramenta de modelagem preditiva de distribuição de espécies para identificar as áreas de maior adequabilidade para espécies endêmicas do Brasil e para elaborar um mapa de áreas de concentração de endemismo dessas espécies no país. No total, foram levantados 26.691 registros, representando 868 espécies de musgos. Foram estabelecidas 394 quadrículas, tendo o número de espécies por quadrícula variado de 1 a 235. A Floresta Atlântica apresentou maior riqueza, tanto pelas condições que fornece ao estabelecimento dos musgos, quanto à maior intensidade amostral no Domínio. A PAE resultou em apenas uma área de endemismo localizada no centro do Estado da Bahia, no Domínio Fitogeográfico da Caatinga, na região do Parque Nacional da Chapada Diamantina. As quadrículas propostas como áreas potenciais de endemismo foram encontradas em seis áreas, dispersas no Cerrado e na Floresta Atlântica. As áreas de endemismo de musgos são, em sua maioria, áreas de montanhas, que corroboram as principais hipóteses de especiação dos organismos. Dentre as UCs, 218 apresentaram áreas com adequabilidade ambiental para a presença da espécie, das quais, 68 estão inseridas nas categorias de Uso Sustentável e 150 na categoria de Proteção Integral, demonstrando a importância das UCs para a brioflora na Floresta Atlântica. / Bryophyta (mosses) are the second most diverse division of terrestrial plants, with about 13.000 species. In order to compile the knowledge of the bryophyte flora for Brazil, a range of studies were developed showing the States with the largest number of species and evidencing the lack of sampling for the country. However, the deficiency in the knowledge of mosses in Brazil is not yet known precisely. One of the main themes in biogeography is to understand why species are widely distributed or endemic. Endemism is related to the restricted occurrence of, because they originated in this place and did not disperse, or because they were confined to the area, in relation to its previous distribution. Two allopatric hypotheses are most relevant for diversification models: Pleistocene Refuge and Montane Isolate Hypothesis. In Brazil, the preserved areas are protected through Conservation Units (UCs), which have low degradation traits, making it an excellent habitat for the colonization of bryophytes. Thus, the main aims of this work were to study the distribution of mosses in Brazil, identifying the richness and endemism in the country and to present a conservationist approach to mosses species. Firstly, in order to compile information on the occurrence of mosses, we did a survey of the data through different online databases and bibliography. Subsequently, we refined these data regarding the identification at the specific level, the taxonomic validity and the geographic coordinate. Then, we marked the points of the records on the map, and we elaborated the grids by squares of 1° x 1°. Therefore, we performed analyzes of richness, estimated richness, number of records and the Parsimony Analysis of Endemicity (PAE). We used the species distribution predictive modelling to corroborate the existence of areas of endemism in Brazil and to elaborate a map of endemism clustering areas. Of the total, we collected 868 species of mosses from 26.691 records. From this information, we filled a number of 394 squares, having the number of species per grid ranging from 1 to 235. The Atlantic Forest presented greater richness, both by the conditions that it provides to the establishment of moss, and the greater sampling intensity in the Domain. The PAE resulted in only one area of endemism, located in the center of the State of Bahia, in the Phytogeographical Domain of the Caatinga, in the region of the Parque Nacional da Chapada Diamantina. The grids proposed as potential areas of endemism were found in six areas, scattered in the Cerrado and in the Atlantic Forest. The areas of endemism of mosses are mostly areas of mountains, which corroborate the main hypotheses of speciation of the organisms. In the UCs, 218 showed areas with environmental suitability for the presence of the species, whereupon 68 are inserted in the categories of Sustainable use and 150 in the category of integral protection, demonstrating the importance of the UCs for the bryoflora in the Atlantic Forest.

Poa L., is known as a highly diverse cosmopolitan genus with taxonomic difficulties that includes unknown species and species with uncertain affinities mainly in West Asia and North Africa. Poa also exhibits a close relationship with two West Asian genera, Eremopoa Roshev. and Oreopoa H. Scholz & Parolly. This study was conducted to: 1) fill the gap of information on the affinities between Poa species with an emphasis on West Asian Poa; 2) revise and evaluate the accuracy of traditional infrageneric classification of West Asian Poa; and 3) clarify the relationship between Poa and two allied genera of Poaceae Barnhart, Eremopoa and Oreopoa. DNA molecular evidence from present phylogenetic analyses of West Asian species of Poa, Eremopoa and Oreopoa, resulted in some great findings as follow: I) Poa caucasica Trin., which is currently assigned to subsection Nivicolae of section Poa from subgenus Poa resolved as a unique new distinct lineage within Poa. II), New treatments are suggested for Poa densa Troitsky, Poa masenderana Freyn & Sint., Poa cenisia All., Poa psychrophila Boiss. & Heldr. and Poa lipskyi. III) Three unclassified species of Poa pseudobulbosa, Poa diversifolia and Poa aitchisonii are assigned here to subgenus Poa and supersection Poa. IV), The present molecular evidence supports inclusion of Eremopoa in Poa and confirms reduction of Eremopoa to a level of subgenus of Poa. V) Present phylogenetic analyses also indicate that monotypic genus Oreopoa H. Scholz & Parolly is part of Poa. These findings require an urgent modification in subgeneric and sectional classification of the genus Poa.