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Estudo de uma população segregante (F1) de maracujá-doce: enriquecimento do mapa de ligação e mapeamento de QTL para produção e qualidade de frutos / A study of a sweet passion fruit segregating population (F1): enrichment of the linkage map and QTL mapping for yield and fruit quality

Laperuta, Larissa Di Cássia 10 June 2011 (has links)
A cultura do maracujá-doce (Passiflora alata Curtis, 2n = 18) não apresenta expressão comercial como à do maracujá-amarelo. No entanto, por se tratar de uma frutífera relativamente nova nos mercados, com grande potencial de expansão devido ao seu valor agregado, há necessidade de se realizarem estudos genéticos e de melhoramento visando a sua expansão comercial, que deve vir acompanhada pela geração de conhecimento científico. Assim, o objetivo deste estudo foi enriquecer o mapa genético integrado da espécie com marcadores funcionais e mapear QTL relacionados à produção e qualidade de fruto. Para tal, foi utilizada uma população F1 composta por 180 indivíduos, provenientes do cruzamento simples entre dois acessos de maracujá-doce. Para a construção do mapa de ligação, utilizou-se um algoritmo que estima, por verossimilhança, simultaneamente, a fase de ligação e a frequência de recombinação, especialmente desenhado para espécies não endogâmicas. Em paralelo, 100 genótipos dessa mesma população foram avaliados fenotipicamente em dois locais, durante dois anos, para caracteres de interesse agronômico. As análises de QTL foram feitas pelo método de mapeamento por intervalo composto e marcadores com diferentes padrões de segregação. Os dados fenotípicos mostraram que existe variabilidade genética na população F1 para ser explorada com fins de melhoramento. Um novo mapa de ligação integrado foi gerado com 1786,11 cM, com uma densidade entre marcas de 4,16 cM. Foram alocados no mapa integrado cinco marcadores do tipo RGA nos grupos de ligação I, II e VI. De um total de 39 QTL, seis QTL estão associados ao caráter diâmetro médio de fruto, quatro ao comprimento médio de fruto, cinco ao peso médio de fruto, cinco à espessura média da casca, cinco ao peso médio da casca, quatro ao peso médio da polpa, cinco ao teor de sólidos solúveis totais, três ao número médio de frutos e dois ao caráter produção. A porcentagem da variação fenotípica explicada por estes QTLs variou de 5,67, para o caráter produção, a 23,52%, para o caráter teor de sólidos solúveis totais. A despeito do número e da importância dos QTL mapeados neste trabalho, é necessário o desenvolvimento de marcadores moleculares mais informativos para a saturação do mapa genético e a obtenção de estimativas cada vez mais acuradas, visando incorporar dados moleculares em programas de melhoramento genético da cultura. / The sweet passion fruit crop (Passiflora alata, 2n = 18) does not present a commercial value as the yellow passion fruit crop. However, as it is a crop that recently entered the markets, with increasing potential for expansion due to its aggregated value, it is important to develop genetic and breeding studies to allow this expansion, which need to be accompanied by scientific knowledge generation. Therefore, the aim of the present study was to enrich the integrated genetic map of the species with functional markers and mapping QTL related to yield and fruit quality. We used an F1 population composed of 180 individuals derived from a single cross between two accessions of sweet passion fruit. For linkage map construction, a likelihood-based algorithm for simultaneously estimating linkage phase and recombination fraction, specially designed for outcrossing species, was used. Separately, 100 genotypes of the same population were phenotypic evaluated in two localities, during two years, for agronomic traits. QTL mapping was carried out by performing composite interval analysis and using markers with different segregation ratios. Phenotypic data showed that there is genetic variability in the F1 population to be exploited in breeding programs. A novel linkage map spanning 1786,11 cM, with an average marker density of 4,16 cM was constructed. We attributed five RGA markers in the linkage groups I, II and VI. Out of 39 QTL, six were associated with the trait average fruit width, four with average fruit length, five with average fruit weight, five with average skin thickness, five with average skin weight, four with average pulp weight, five with soluble solids content, three with average fruit number and two QTL were detected for fruit yield. The percentage of phenotypic variation explained by these QTL ranged from 5,67, for the trait yield to 23,52% for the trait soluble solids content. Despite of the number and importance of the QTL here mapped, new and informative markers are necessary to be developed to achieve map saturation, and providing more accurate estimates aiming at incorporating molecular information in breeding programs of the crop.
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Evapotranspiração e coeficiente de cultura em dois ciclos de produção do maracujazeiro amarelo. / Evapotranspiration and crop coefficient in two cycles of production of yellow passion fruit.

Corrêa, Rodrigo Alessandro de Lima 17 May 2004 (has links)
Este trabalho teve como objetivo determinar a evapotranspiração da cultura (ETc) e o coeficiente de cultivo (Kc) do maracujazeiro amarelo (Passiflora edulis Sims f. flavicarpa Deg), durante 637 dias após o transplantio (DAT) das mudas. O experimento foi desenvolvido na área experimental da Fazenda Areão pertencente à ESALQ/USP, em Piracicaba, SP. A determinação da ETc foi realizada em 4 lisímetros de drenagem, instalados no centro de uma área de 0,4 ha cultivada com maracujazeiro amarelo, no espaçamento de 3,5 m x 4,0 m, desde 21/05/99 (17 DAT). A determinação do Kc foi realizada a partir da evapotranspiração de referência (ETo) estimada pelo método de Penmam-Monteith, considerando a evapotranspiração das plantas daninhas no somatório da evapotranspiração da cultura (ETcm). No período entre 32 e 91 DAT foram verificados baixos valores de ETc, devido a ocorrência de baixas temperaturas e radiação solar. A partir dos 91 DAT os valores foram crescentes atingindo o valor máximo de 23,37 L planta-1 d-1 no período compreendido entre 287 e 308 DAT, máximo florescimento e frutificação. Considerando a área total do espaçamento, com ervas daninhas ocupando as entrelinhas, este valor foi de aproximadamente 2,68 mm d-1. Verificou-se que em condições de irrigação na área total, a evapotranspiração das plantas daninhas das entrelinhas deve ser considerada, pois podem corresponder a até 90% da evapotranspiração total da área. O consumo hídrico total no primeiro ciclo de produção foi de 650 mm em 447 dias, com acúmulo térmico de 5880 graus-dia. Os valores médios de Kc aumentaram de 0,24 a 0,89 seguindo o aumento da área foliar, observada em função da projeção da copa que variou de 0,06 a 4 m2. Durante o ciclo do maracujazeiro foram determinados 6 estádios de desenvolvimento, com valores de Kc de 0,3 para a fase de desenvolvimento inicial, 0,4 para a fase de crescimento vegetativo apical, 0,5 para a fase de crescimento vegetativo lateral, 0,9 para a fase de florescimento, frutificação e maturação dos frutos, 0,8 para a fase de repouso vegetativo e 0,7 para o início do florescimento e frutificação do segundo ciclo de produção. / This work had as objective to determine the crop evapotranspiration (ETc) and the crop coefficient (Kc) of yellow passion fruit (Passiflora edulis Sims f. flavicarpa Deg), during 637 days after the transplant (DAT) of the seedling. The experiment was carried out in the experimental field of Fazenda Areão which belongs to ESALQ/USP, in Piracicaba, São Paulo State, Brazil. The determination of the ETc was made in 4 drainage lysimeters, installed in the center of an area of 0.4 ha cultivated with yellow passion fruit, in the space distance of 3.5 m x 4.0 m, since 05/21/99 (17 DAT). The determination of Kc was accomplished by the evapotranspiration reference (ETo) estimated by Penmam-Monteith Method, considering the weed evapotranspiration in the amount of the crop evapotranspiration (ETcm). In the period between 32 and 91 DAT low values were verified of ETc, due to the low temperature and solar radiation. Through of 91 DAT the values increased and reached the maximum value of 23.37 L d-1 p-1 in the period comprised between 287 and 308 DAT, maximum flowering and fruit set. Considering the total area of the spacing, with weeds occupying the interlineations, this value was of approximately 2.68 mm d-1. It was verified that under irrigation conditions in the total area the evapotranspiration of the weeds of the interlineations should be considered, therefore they can correspond up to 90% of the total evapotranspiration of the area. The total crop evapotranspiration in the first production cycle was of 650 mm in 447 days, with thermal accumulation of 5880 degree day. The average values of Kc increased from 0.24 to 0.89 following the increase of the leaf area, it was observed in function of the projection of the cup that varied from 0.06 to 4 m2. The cycle of the passion fruit showed 6 development phases, with values of Kc 0.3 for the initial development phase, 0.4 for the growth vegetative phase, 0.5 for the lateral vegetative growth phase, 0.9 for the flowering phase, fruit set and maturation of the fruits, 0.8 for the vegetative rest phase and 0.7 for the beginning of the flowering and fruit set of the second production cycle.
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Diversidade genética de isolados de xanthomonas axonopodis pv. passiflorae com base em marcadores rep-PCR e AFLP e construção de primers específicos para diagnose / Genetic diversity of Xanthomonas axonopodis pv. passiflorae isolates based on rep-PCR and AFLP markers and the construction of specific primers for diagnosis

Munhoz, Carla de Freitas 13 April 2009 (has links)
O patógeno Xanthomonas axonopodis pv. passiflorae causa a mancha oleosa ou bacteriose do maracujazeiro, uma doença que acarreta prejuízos à cultura em decorrência da baixa produção de frutos, podendo causar a morte das plantas. Uma coleção de 87 isolados deste patovar, oriundos de 22 cidades dos Estados de São Paulo, Minas Gerais e Paraná e do Distrito Federal, foi usada para estudar a diversidade genética por rep-PCR e AFLP. Nove isolados de outros patovares foram incluídos nas análises genéticas. A técnica rep-PCR revelou pouca diversidade entre os isolados do patovar passiflorae, mas diferenciou, claramente, os diferentes patovares. Todavia, a técnica AFLP revelou considerável diversidade genética entre os isolados do patovar passiflorae. A análise molecular da variância mostrou que a maior parte da diversidade (49,4%) se encontra entre as cidades de coleta. O agrupamento gerado com base nos coeficientes de similaridade e os resultados do teste de atribuição pelo programa Structure revelaram clusters genotípicos homogêneos. Isto evidencia que a variação está mais associada à geografia, ou seja, às cidades de coleta, e que o fluxo desses isolados é pequeno. Cinco conjuntos de primers foram desenhados para a detecção do patógeno em plantas. Desses, um conjunto de primers foi desenhado a partir da seqüência intergênica 16S-23S rRNA e se mostrou específico para o patovar passiflorae. Nenhum amplicon foi detectado nos patovares controles. O restante dos primers foi desenhado a partir do seqüenciamento de locos de AFLP, monomórficos para o patovar passiflorae e ausentes nos demais patovares. Estes primers não foram totalmente específicos; no entanto, todos podem ser recomendados para o diagnóstico da mancha oleosa, uma vez que não há registros de outras Xanthomonas em pomares de maracujá. / The pathogen Xanthomonas axonopodis pv. passiflorae is responsible for the bacterial leaf spot of passion fruits, a disease that provokes commercial losses due to low levels of fruit production and even plant death. A group of 87 isolates of this pathovar, collected from 22 localities of São Paulo, Minas Gerais and Paraná States as in the Federal District was used to evaluate the genetic diversity based on rep-PCR and AFLP. Isolates from other nine pathovars were included in the genetic analyses. Low level of genetic diversity was revealed by the rep- PCR technique, which clearly distinguished the different pathovars. However, considerable diversity between isolates of the pathovar passiflorae was revealed by the AFLP technique. The analysis of molecular variance showed that differences between localities contributed to most part of the variance (49.4%). Groups generated based on similarity coefficients as well as results produced by the software Structure assigning isolates to groups, revealed homogeneous genotypic clusters. This confirms that variance is associated with geographic origin e.g. sampling localities, and that flow of isolates is restricted among localities. Five primer sets were designed for pathogen detection in plants; a primer set was designed for PCR amplification of the intergenic sequence 16-23S rRNA, which was shown to be specific to the pathovar passiflorae. No amplicons were detected in the controls. The remaining primers were designed after sequencing AFLP bands that were monomorphic within the pathovar passiflorae but absent in the other pathovars. These primers were not absolutely specific but all could be recommended for diagnosis of leaf spot as there is no report on the occurrence of other Xanthomonas species in passion fruit orchards.
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Estudo de alcaloides harmânicos em sementes de Passiflora edulis Sims f. flavicarpa Degener (maracujá azedo) por SBSE/CLAE-Flu dual / Study of harman alkaloids in seeds of Passiflora edulis Sims f. flavicarpa Degener (sour passion fruit) by dual SBSE/HPLC-Flu

Rodrigues, Thyago Roberto 12 November 2013 (has links)
Há muitos estudos sobre plantas medicinais brasileiras, porém a carência de pesquisas relacionadas à segurança alimentar de plantas brasileiras usadas como alimento ainda é consideravelmente grande. A maioria dos alcaloides são substâncias tóxicas que podem ser encontrados em uma grande variedade de plantas medicinais e alimentícias, inclusive em espécies de Passiflora chamadas popularmente no Brasil de \"maracujá\". As pesquisas sobre as diversas espécies de Passiflora, em grande parte estão relacionadas com as folhas e frutos e na maioria das vezes as sementes são consideradas como resíduo. As metodologias analíticas modernas para análises na área de alimentos, utilizando SBSE com fase extratora de PDMS, tem o objetivo de facilitar o preparo de amostras complexas e diminuir os resíduos orgânicos gerados na etapa de preparo da amostra. Para isso, este estudo teve como objetivo a análise de alcaloides harmânicos pelo método SBSE/CLAE-Flu dual, adaptado para a quantificação de harmana e de harmina em sementes de maracujá azedo. O método foi especifico e linear para os alcaloides estudados (r2 = 0,996 para harmana e r2 = 0,999 para harmina). Os ensaios de repetibilidade e de precisão intermediária confirmam a precisão do método. Os testes de recuperação (entre 92,34% a 105,90% para a harmana e 83,61% a 117,76% para a harmina) indicam a exatidão do método. A amostra analisada continha (3,094x10-2 ± 5,874x10-5) µg de harmana por grama de sementes secas de maracujá azedo e (8,108x10-3±7,599x10-4) µg de harmina por grama de sementes secas de maracujá azedo. A detecção por fluorescência foi um método sensível e seletivo para a detecção da harmana (LOD = 30 ng L-1 e LOQ = 200 ng L-1) e para a harmina (LOD = 100 ng L-1 e LOQ = 400 ng L-1). Conclui-se que o método SBSE/CLAE-Flu dual pode ser usado para a análise dos alcaloides harmânicos nas sementes de maracujá azedo. / There are many studies of Brazilian medicinal plants, but the lack of research related to food safety of Brazilian plants used as food is still high. Most of the alkaloids are toxic chemicals found in a wide variety of medicinal plants and edible plants, including Passiflora species popularly known in Brazil as \"maracujá\". Researches about most of the Passiflora species are largely related about the leaves and the fruits and in most of the cases, the seeds are considered as waste. Modern analytical methodologies for food analysis, using SBSE with PDMS as the extraction phase, have the purpose of make easier the preparation of complex samples and to reduce the organic waste generated in the sample preparation step. For that, this study had the aim to analyze harman alkaloids by a dual SBSE/HPLC-Flu method, adapted to the quantification of harmane and harmine in sour passion fruit seeds. The method was specific and linear for the studied of the alkaloids (r2 = 0.996 for harmane and r2 = 0.999 for harmine). The repeatability and accuracy intermediate assays confirm the precision of the method. The recovery assay (between 92.34% and 105.90% to harmane and between 83.61% and 117.76% to harmine) indicate the accuracy of the method. The sample analyzed contained (3.094x10-2 ± 5.874x10-5) µg of the harmane in 1.0 g of dried seeds of sour passion fruit and (8.108x10-3 ± 7.599x10-4) µg of the harmine in 1.0 g of dried seeds of sour passion fruit. The fluorescence detection was a sensitive and selective method for detection of harmane (LOD = 30 ng L-1 and LOQ = 200 ng L-1) and harmine (LOD = 100 ng L-1 and LOQ = 400 ng -1). It was concluded that the dual SBSE/HPLC-Flu method can be used for the analysis of the harman alkaloids in dried seeds of sour passion fruit.
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Reversão à juvenilidade em Passiflora edulis SIMS / Reversion to juvenility in Passiflora edulis SIMS

Amorim, Andredy Murilo Trindade 28 February 2019 (has links)
O gênero Passiflora é um excelente modelo para estudos de transição de fase, pois há diferenças morfológicas evidentes entre as plantas nas fases juvenil, adulta vegetativa e adulta reprodutiva. Há relatos de que quando se introduzem ápices de plantas adultas de Passiflora edulis, quer estejam na fase vegetativa ou reprodutiva, em condições de cultivo in vitro, observa-se a regressão à fase juvenil. O objetivo geral deste trabalho foi caracterizar as modificações morfológicas envolvidas na reversão à juvenilidade de ápices caulinares adultos de P. edulis quando cultivados em meio de cultura sem adição de reguladores de crescimento além de avaliar o efeito de reguladores de crescimento no intuito de evitar a reversão à juvenilidade no cultivo in vitro de P. edulis. O trabalho foi desenvolvido a partir da combinação da técnica da micropropagação in vitro e microscopia eletrônica de varredura, sendo dividido em três experimentos: o cultivo in vitro de ápices caulinares em meio MSM sem reguladores de crescimento e análise de amostras em microscópio eletrônico de varredura, cultivo in vitro de ápices caulinares em meio MSM com reguladores de crescimento e cultivo in vitro de ápices caulinares em meio MSM adicionados com BAP na concentração de 10?M com análises de amostras em microscópio estereoscópico. Através de micrografias eletrônicas e imagens estereoscópicas, foi possível caracterizar as fases do desenvolvimento de P. edulis, demonstrando os caracteres morfológicos assim como a manutenção das estruturas cultivadas in vitro. Não foi possível observar o rejuvenescimento in vitro quando ápices caulinares foram cultivados em meio ½ MS ou MSM sem adição de reguladores de crescimento. O rejuvenescimento de ápices caulinares adultos de P. edulis foi obtido a partir do cultivo em meio MSM com adição de 10?M de BAP. Entretanto, o rejuvenescimento foi parcial, pois nem todas as características foram revertidas. A formação de folhas lanceoladas in vitro e o desenvolvimento de brotos adventícios in vitro caracterizaram a reversão à juvenilidade em P. edulis. O meio MSM suplementado com 10 ?M de BAP foi favorável ao desenvolvimento de gemas axilares, além de facilitar a indução do rejuvenescimento dos ápices caulinares. Logo, a reversão à juvenilidade foi alcançada sob as condições in vitro adotadas / The genus Passiflora is an excellent model for phase transition studies because there are obvious morphological differences between plants in the juvenile, adult vegetative and adult reproductive phases. It has been reported that when introducing shoot tips of adult plants of Passiflora edulis, whether in the vegetative or reproductive phase, under in vitro culture conditions, regression to the juvenile phase is observed. The general objective of this work was to characterize the morphological changes involved in the reversion to juvenility of adult shoot tips of P. edulis when grown in culture medium without addition of growth regulators in addition to evaluating the effect of growth regulators in order to avoid reversion to juvenility in the in vitro cultivation of P. edulis. The work was developed from the combination of in vitro micropropagation and scanning electron microscopy, and was divided in three experiments: in vitro culture of shoot tips in MSM medium without growth regulators and analysis of samples in scanning electron microscope; in vitro culture of shoot tips in MSM medium with growth regulators and in vitro culture of shoot tips in MSM medium added with BAP at the concentration of 10?M and analysis of samples under a stereoscopic microscope. Through electronic micrographs and stereoscopic images, it was possible characterize the phases of the development of P. edulis, demonstrating the morphological traits as well as the maintenance of the structures cultivated in vitro. In vitro rejuvenation could not be observed when shoot tips were grown in ½ MS or MSM medium without addition of growth regulators. The rejuvenation of P. edulis adult shoot tips was obtained from the cultivation in MSM medium with the addition of 10?M BA. However, the rejuvenation was partial, since not all the characteristics were reversed. The formation of in vitro lanceolated leaves and the development of in vitro adventitious shoots characterized the reversion to juvenility in P. edulis. The MSM medium supplemented with 10?M BA was favorable to the development of axillary buds, in addition to facilitating the induction of the rejuvenation of the shoot tips. Therefore, the reversion to juvenility was achieved under the in vitro conditions adopted
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Desenvolvimento de marcadores SSR e SNP em maracujá-doce a partir de uma biblioteca enriquecida com genes de resposta à Xanthomonas axonopodis / Development of SSR and SNP markers in sweet passion fruit from a library enriched for genes induced in response to Xanthomonas axonopodis

Costa, Zirlane Portugal da 15 July 2014 (has links)
Um dos desafios atuais da pesquisa em frutíferas tropicais é incorporar abordagens baseadas em marcadores moleculares nos programas convencionais de melhoramento. O maracujá-doce (Passiflora alata) é uma espécie diploide, de fecundação cruzada e pouco explorada. Recentemente, nosso grupo construiu um mapa de ligação de P. alata composto de diferentes tipos de marcadores moleculares. Além disso, dispõe-se de um conjunto de transcritos de Passiflora edulis, obtidos a partir de duas bibliotecas de expressão: forward e reverse onde foram isolados transcritos diferencialmente expressos na planta inoculada com Xanthomonas axonopodis (Xap) (672) e na planta controle, não inoculada (310), respectivamente. Assim, neste estudo, este conjunto de transcritos foi explorado visando ao desenvolvimento de marcadores SSR e SNP com o intuito de enriquecer, posteriormente, o mapa de ligação de P. alata com marcadores funcionais putativos. Para o desenvolvimento dos marcadores SSRs, as 672 sequências da biblioteca forward foram investigadas e em 91 delas foram encontrados 115 SSRs. Como esperado, a classe de repetições trinucleotídicas foi a mais abundante, sendo o motivo (AG)n o mais comum entre as repetições dinucleotídicas. Desenhou-se primers para amplificar 42 desses SSRs. Dois acessos de P. edulis e seis indivíduos da população de mapeamento de P. alata foram usados nos testes de transferibilidade e avaliação do polimorfismo. Trinta e quatro pares de primers apresentaram bom padrão de amplificação, porém apenas 10 deles revelaram polimorfismo em P. alata. Para o desenvolvimento dos marcadores SNPs, 118 sequências selecionadas das bibliotecas de expressão forward e reverse foram usadas para o desenho de primers; 37 delas foram usadas para avaliar o polimorfismo no mesmo set de indivíduos de P. alata. Foram encontrados 34 locos contendo SNPs bialélicos em 16 fragmentos gênicos, cujas sequencias variaram em tamanho de 332 a 872 pb. Considerando todos os fragmentos gênicos (16), foi analisado um total de 10.003 pb; a frequência de SNPs foi estimada como sendo 1 a cada 294 pb. Observou-se a mesma ocorrência de SNPs (50%, 17/34) em regiões codantes e não-codantes. Uma função putativa pôde ser atribuída a todos os fragmentos gênicos de P. alata, sendo que 82% mostraram homologia com as mesmas proteínas das sequências de origem, isoladas de P. edulis. No geral, os locos marcadores apresentaram baixo nível de polimorfismo molecular. Este é o primeiro trabalho sobre o desenvolvimento de locos marcadores funcionais putativos em Passiflora usando transcritos expressos em resposta à Xap. / One of the current challenges of tropical fruit research is to incorporate molecular marker-based approaches into conventional breeding programs. The sweet passion fruit (Passiflora alata) is a diploid, outcrossing and underexploited species. Recently, our group has constructed a P. alata linkage map consisted of different types of molecular markers. Moreover, we have a set of transcripts of Passiflora edulis obtained from two expression libraries: the forward and the reverse where differentially expressed transcripts were isolated from a plant inoculated with Xanthomonas axonopodis (Xap) (672), and from the control plant, uninoculated (310), respectively. Thus, in this study, this set of transcripts were exploited aiming at the development of SNP and SSR markers for future enrichment of the P. alata linkage map with putative functional markers. For the development of SSR markers, the 672 sequences from the forward library were investigated and 91 of them were found to have 115 SSRs. As expected, the trinucleotide class of repeats was the most abundant, and the (AG)n motif was the most common among the dinucleotide repeats. Primers were designed to amplify 42 of these SSRs. Transferability tests and polymorphism investigation were carried out using two accessions of P. edulis and six individuals of the mapping population of P. alata. Thirty-four primer pairs showed a good amplification pattern but only 10 loci revealed polymorphism in P. alata. For the development of SNP markers, 118 sequences selected from forward and reverse expression libraries were used for designing primers; 37 were used to assess the polymorphism in the same set of individuals of P. alata. Thirty-four biallelic SNPs were found in 16 gene fragment sequences that ranged in size from 332 to 872 bp. Considering all gene fragments, a total of 10,003 bp was obtained; the frequency of SNPs was estimated to be 1 every 294 bp. The same prevalence of SNPs (50%, 17/34) was observed within coding and non-coding regions. A putative function was assigned to all gene fragments of P. alata; 82% of them have shown homology to the original protein sequences isolated from P. edulis. Overall, the marker loci showed a low level of molecular polymorphism. This is the first report on the development of putative functional marker loci in Pasiflora using transcripts induced in response to Xap.
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Estudo de alcaloides β-carbolínicos dos  frutos de Passiflora alata e de Passiflora edulis utilizando SBSE, LC/Flu e LC/MS / Study of β-carboline alkaloids in Passiflora alata and Passiflora edulis fruits using SBSE, LC/Flu and LC/MS

Vítor Fernandes Freire 22 February 2017 (has links)
O maracujá azedo, Passiflora edulis, e o maracujá doce, Passiflora alata, são as duas espécies pertencentes à família Passifloraceae de maior importância econômica para o Brasil, sendo seus frutos amplamente comercializados como alimentos. Um grupo de substâncias conhecido como alcaloides β-carbolínicos são componentes minoritários desses frutos, no entanto, a literatura indica que substâncias pertencentes a esse grupo podem ter atividade tóxica. Este trabalho apresentou três objetivos específicos, com o intuito de ampliar o conhecimento sobre a fitoquímica dos frutos de P. edulis e de P. alata e da aplicação da SBSE como método de preparo de amostra: quantificação de harmana e de harmina na polpa e nas sementes de P. alata utilizando SBSE-PDMS e análise por HPLC/Flu; identificação de alcaloides β-carbolínicos nas cascas de P. edulis através de análises por HPLC/Flu e por UHPLC/MS; estudo do processo de extração de norharmana por SBSE com duas fases extratores diferentes (PDMS e EG-Silicone) por HPLC/Flu. A quantificação de harmana e harmina na polpa e nas sementes de P. alata foi realizada após preparo de amostra por SBSE-PDMS e análises por HPLC/Flu. A concentração de harmana encontrada foi 1,0328 . 10-1 ± 3,1217 . 10-3 μg L-1 na polpa, enquanto que nas sementes foi encontrada a concentração de 7,4391 . 10-5 ± 2,5501 . 10-6 μg g-1. As concentrações de harmina ficaram abaixo do LOD e do LOQ na polpa e nas sementes de P. alata, respectivamente. Na identificação dos alcaloides β-carbolínicos nas cascas de P. edulis, os extratos para análises por HPLC/Flu e por UHPLC/MS foram preparados pelo método clássico, sendo identificados os alcaloides norharmana, harmana, harmina, harmol e harmalol. Nas análises por HPLC/Flu de extrato das cascas de P. edulis preparado utilizando SBSE-PDMS, o alcaloide norharmana foi identificado como majoritário e por esse motivo, foi realizado o estudo do processo de extração de norharmana por SBSE com duas fases extratoras diferentes, PDMS e EG-Silicone, utilizando planejamento fatorial fracionário, tendo como objetivo obter a melhor recuperação percentual possível. Com as melhores condições para extração definidas, os ensaios utilizando PDMS e EG-Silicone apresentaram recuperação percentual de cerca de 50 % e 80 %, respectivamente. A quantificação de harmana na polpa e nas sementes do maracujá doce, P. alata, indicou quantidades muito pequenas desse alcaloide nessas partes dos frutos, levando à conclusão que um fruto de P. alata, apresenta cerca de 140 vezes menos alcaloides β-carbolínicos do que o fruto de P. edulis, levando em consideração as quantidades de harmana e harmina no maracujá azedo relatadas na literatura. A identificação dos alcaloides β-carbolínicos nas cascas de P. edulis é um importante passo para a compreensão sobre a fitoquímica dessa parte do fruto, que, nos últimos anos, deixou de ser apenas resíduo industrial e passou a ser produto alimentício com valor agregado, comercializadas como farinhas das cascas de maracujá. O estudo sobre a utilização da SBSE como técnica de extração de norharmana mostrou-se promissor, atingindo recuperação percentual aceitável para o futuro desenvolvimento de um método de quantificação de norharmana nas cascas de maracujá. / Sour passion fruit, Passiflora edulis, and sweet passion fruit, Passiflora alata, are the two species of Passifloraceae of greater economic importance to Brazil, and their fruits are widely marketed as food. A class of compounds known as β-carboline alkaloids is a minor component of these fruits, however, the literature indicates that substances belonging to this group may have toxic activity. This work presents three specific objectives, in order to increase knowledge about the phytochemistry of P. edulis and P. alata and the application of SBSE as a sample preparation method: quantification of harmane and harmine in the pulp and in the seeds of P. alata using SBSE-PDMS and HPLC/Flu analysis; identification of β-carboline alkaloids in P. edulis peels using HPLC/Flu and UHPLC/MS analysis; study of the SBSE extraction process of norharmane using two different phases (PDMS and EG-Silicone), by HPLC/Flu analysis. Quantification of harmane and harmine in the pulp and the seeds of P. alata was performed after sample preparation by SBSE-PDMS and analysis by HPLC/Flu. The concentration of harmane was 1,0328 . 10-1 ± 3,1217 . 10-3 μg L-1 in the pulp while the in the seeds it was found 7.4391 . 10-5 ± 2.5501 . 10-6 μg g-1 harmane. The concentrations of harmine were below the LOD and LOQ in the pulp and in the seeds of P. alata, respectively. For the identification of the β-carboline alkaloids in the peels of P. edulis, the extracts were prepared by using the classic method and analyzed by HPLC/Flu and UHPLC/MS, and the alkaloids norharmane, harmane, harmine, harmol and harmalol were identified. In the HPLC/Flu analysis of the extract of P. edulis peels prepared using SBSE-PDMS, the alkaloid norharmane was identified as a major constituent and, for this reason, it was performed a study about the extraction process of norharmane by SBSE, evaluating two different phases, PDMS and EG-Silicone, by using fractional factorial design, aiming to get the best percentage recovery. Defined the best conditions for extraction, the experiments performed by using PDMS and EG-Silicone bars showed percentage recovery about 50% and 80%, respectively. Quantification of harmane in the pulp and seeds of sweet passionfruit, P. alata, indicated very small amounts of this alkaloid in these parts of the fruits, leading to the conclusion that the fruits of P. alata, has around 140 times less β-carboline alkaloid than the fruits of P. edulis, taking into account the amounts of harmana and harmine on sour passionfruit reported in the literature. Identification of β-carboline alkaloids in P. edulis peels is an important step for understanding the phytochemistry of this part of the fruits, which, in recent years, is no longer just an industrial waste and became a food product with added value, marketed as passion fruit peels flour. The study about the utilization of SBSE as extraction technique of norharmane showed to be promising, reaching acceptable recovery percentage, for the future development of a method for quantification of norharmane in passion fruit peels.
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Potencial dos cogumelos Lentinula edodes (Shiitake) e Agaricus blazei (cogumelo-do-sol) no controle de doenças em plantas de pepino, maracujá e tomate, e a purificação parcial de compostos biologicamente ativos. / Potential of the mushrooms Lentinula edodes (shiitake) and Agaricus blazei (royal mushroom) in the control of diseases in cucumber, passion fruit and tomato plants, and the partial purification of biologically active compounds.

Piero, Robson Marcelo Di 08 September 2003 (has links)
Os cogumelos Lentinula edodes (shiitake) e Agaricus blazei (cogumelo-do-sol) apresentam substâncias no corpo de frutificação (basidiocarpo) e no micélio com atividades antibióticas e imuno-regulatórias, havendo uma série de relatos sobre a atuação das mesmas no controle de doenças em animais. Em vegetais, não há informações sobre o efeito protetor do cogumelo-do-sol contra fitopatógenos. No caso de shiitake, embora pouco numerosos, os estudos mostraram o potencial do cogumelo para o controle de doenças de plantas, tais como a murcha bacteriana do tomateiro, a murcha de feijão-lima, além de doenças fúngicas em sorgo e da bacteriose do maracujazeiro. Os objetivos do presente trabalho foram o de avaliar o efeito de diferentes preparações obtidas a partir de L. edodes e de A. blazei em patossistemas agrícolas, visando o controle de moléstias de interesse econômico como a antracnose do pepineiro, a mancha bacteriana do tomateiro e o endurecimento dos frutos do maracujazeiro. Obtida a proteção, os estudos buscaram elucidar o modo de ação das preparações de interesse, bem como purificá-las parcialmente, na tentativa de se concentrar o princípio ativo. Em plantas de pepino, extratos aquosos de basidiocarpos, obtidos a partir de diferentes isolados dos cogumelos, reduziram a severidade da antracnose, na dependência da concentração do extrato. Os extratos não afetaram adversamente o agente causal da doença, Colletotrichum lagenarium, mas provocaram o acúmulo de peroxidases e quitinases nas folhas tratadas e sistemicamente. Utilizando-se precipitação fracionada do extrato aquoso bruto de basidiocarpos de shiitake com sulfato de amônio e cromatografia de troca aniônica, obteve-se uma fração de proteínas, apresentando massa molecular de 29 a 35 kDa, com atividade elicitora de peroxidases em cotilédones de pepino. Em plantas de tomate, o isolado ABL 99/28 de A. blazei foi quem, em média, conferiu maior proteção contra Xanthomonas vesicatoria, a qual foi dependente das concentrações de extrato do cogumelo e de células bacterianas empregadas nos testes. Novamente, o extrato aquoso de basidiocarpos do isolado efetivo não atuou diretamente sobre o patógeno, mas desencadeou o aumento na atividade de b-1,3- glucanases nas folhas tratadas, sugerindo que o mecanismo de ação em pepineiro e tomateiro envolveu a indução de resistência. Já no caso do maracujazeiro, os extratos de basidiocarpos, obtidos a partir de diferentes isolados de ambos os cogumelos, protegeram localmente plantas inoculadas mecanicamente com o Passion fruit woodiness vírus (PWV), por reduzirem a infectividade viral, o que foi comprovado em testes conduzidos com Chenopodium quinoa, hospedeiro de lesão local do vírus. Entretanto, não houve proteção sistêmica em plantas de maracujá, nos experimentos de inoculação mecânica, reduzindo as possibilidades do uso dos cogumelos para o controle dessa virose no campo. De forma geral, os resultados mostraram que os cogumelos L. edodes e A. blazei apresentam compostos que ativam as respostas de defesa em plantas e podem auxiliar no controle de doenças vegetais, dependendo da natureza do agente causal. / The mushrooms Lentinula edodes and Agaricus blazei have substances in the fruiting body and in the mycelia exhibiting antibiotic activity and others able to stimulate the immune system in animals. There are many reports about the performance of these substances in the control of animal diseases. In vegetables, there are no information about the protecting effect of the royal mushroom against plant pathogens. In the case of shiitake, although few in number, the studies showed the potential of the mushroom for the control of plant diseases, such as tomato bacterial wilt, sorghum leave spots and bacterial disease of the passion fruit plant. The objectives of the present work were to evaluate the effect of different preparations from L. edodes and A. blazei to control the diseases cucumber anthracnose, tomato bacterial spot and passion fruit woodiness. As the protection of the plants was obtained, the studies tried to elucidate the way of action of the preparations, as well as partially purify them, in an attempt to concentrate the active compound. In cucumber plants, fruiting body aqueous extracts, from different mushroom isolates, reduced anthracnose severity, depending upon the extract concentration. The extracts did not affect adversely the disease causal agent, Colletotrichum lagenarium, but induced the peroxidase and quitinase accumulation in the treated leaves and systemically. By using fractional precipitation of the shiitake fruiting body aqueous extracts with ammonium sulfate, and anion exchange chromatography, a protein fraction exhibiting molecular mass around 29 to 35 kDa and peroxidase elicitor activity in cucumber cotyledons was obtained. In tomato plants, the isolate ABL 99/28 of A. blazei was the one that, on average, gave higher protection against Xanthomonas vesicatoria, which was dependent upon the extract and bacterial cell concentrations. Again, the fruiting body aqueous extract of ABL 99/28 did not act directly onto the pathogen, but it caused an increase in b-1,3-glucanase activity in the treated leaves, suggesting that the mushroom action in cucumber and tomato plants involved the induced resistance. On the other hand, the fruiting body extracts, obtained from different isolates of both mushrooms, protected locally passion fruit plants inoculated mechanically with the Passion fruit woodiness virus (PWV) by reducing viral infectivity, what was proven through tests carried out with Chenopodium quinoa, a PWV local lesion host. However, there was no systemic protection in passion fruit plants against the virus in the experiments involving mechanical inoculation, reducing the possibilities of the mushroom use for the PWV control in the field. In a general way, the results showed that the mushrooms L. edodes and A. blazei have substances that activate the plant defense mechanisms and they show some potential in the control of vegetable diseases, depending upon the nature of the pathogen.
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Desenvolvimento e uso de marcadores microssatélites para construção e integração de mapas genéticos de maracujá-amarelo (Passiflora edulis Sims f. flavicarpa Deg.) / Development of microsatellite markers and their use for the generation and integration of genetic maps of yellow passion fruit (Passiflora edulis Sims f. flavicarpa Deg.)

Oliveira, Eder Jorge de 20 April 2006 (has links)
O maracujá-amarelo é uma espécie alógama, auto-incompatível, o que prejudica a geração de linhagens endogâmicas e, por conseqüência, a construção e integração de mapas de ligação pelas metodologias convencionais. A exemplo do que tem sido feito em outras espécies vegetais, populações F1 (com diferentes tipos de segregação) foram utilizadas para a construção dos mapas genéticos de maracujá. Mapas individuais para cada genitor do cruzamento foram gerados fazendo uso apenas de marcas com segregação 1:1. A integração desses mapas é possível com base em marcadores bi-parentais, quando ambos os genitores são heterozigóticos para os mesmos alelos que segregam na proporção 3:1 em F1. Apesar disso, o uso de marcadores codominantes e multialélicos, como os microssatélites, possuem maior valor, uma vez que permite a obtenção de estimativas de freqüência de recombinação e da fase de ligação com um menor viés. O objetivo deste estudo foi o desenvolvimento de marcadores microssatélites utilizando bibliotecas genômicas enriquecidas, visando à construção e a integração de mapas genéticos de maracujáamarelo. Foram usadas 160 plantas oriundas do cruzamento entre os acessos IAPAR-123 x IAPAR-06, marcadores AFLP com segregação 1:1 e 3:1 e marcadores microssatélites desenvolvidos no presente estudo. Para a construção dos mapas utilizou-se um algoritmo que estima, simultaneamente, a fase de ligação e a freqüência de recombinação. A biblioteca genômica enriquecida forneceu 107 clones contendo microssatélites, com uma eficiência de enriquecimento da ordem de 11%. Todas as seqüências contendo microssatélites foram analisadas e 26 locos mostraram-se polimórficos: 16 deles segregaram na proporção de 1:1; 1 na proporção de 3:1; 2 na proporção de 1:2:1 e 7 na proporção de 1:1:1:1. Com relação aos dados de AFLP, 253 locos mono-parentais (em 114 deles, o alelo dominante estava presente no genitor 06 e 139, no genitor 123) mostraram-se polimórficos com segregação 1:1. Outros 116 locos mostraram-se bi-parentais, segregando na proporção de 3:1. Foram obtidos 11 grupos de ligação (GL) sendo 8 grupos integrados e um GL com apenas dois marcadores. Também, um GL para cada genitor foi obtido, cuja integração não foi possível por falta de marcadores bi-parentais. Foi possível alocar no framework dos mapas genéticos, além dos microssatélites, as marcas de AFLP com segregação do tipo 3:1, que contribuíram para uma maior saturação e integração de oito dos nove grupos de ligação de maracujá-amarelo (2n = 18). Foram obtidos, em média, 25 marcadores por GL, que forneceram um comprimento de mapa de 1.765,6 cM. Este é o primeiro relato em Passiflora sobre o uso de marcadores microssatélites e do algoritmo proposto por Wu et al. (2002) visando à integração dos mapas anteriormente construídos com base na estratégia duplo pseudocruzamento teste. Este mapa integrado será útil na alocação de QTL (Quantitative Trai Loci) relacionados à resistência a doenças e a características de interesse agronômico, assim como para estudos genéticos e evolutivos. / The yellow passion fruit is an out-breeding, self-incompatible species, but those features impose severe constraints on the generation of inbred lines, consequently impairing the building and integration of linkage maps using conventional methodologies. Similar to the reports from other plant species, F1 populations (with distinct segregation modes) were used to build passion fruit genetic maps. Individual maps, one for each parent involved in the cross were generated solely employing genetic markers with 1:1 segregation. However, the integration of those maps is feasible using bi-parental markers, i.e. when both parents are heterozygous for the same alleles that show 3:1 segregation in F1. However, the use of co-dominant multi-allele markers, such as the microsatellites is even more important, since it allows recombination frequency and linkage phase estimates to be obtained less effected by bias. The goal of this research was the development of microsatellite markers using enriched genomic libraries for constructing and integrating genetic maps of yellow passion fruit. We have used 160 plants from a cross between the accessions IAPAR-123 x IAPAR-06, AFLP markers showing 1:1 and 3:1 segregations and microsatellite markers developed in the present work. The maps were built employing an algorithm that simultaneously estimates the linkage phase and the recombination frequency. The enriched library allowed us to obtain 107 microsatellite-containing clones, at an enrichment efficiency of 11%. All microsatellite-containing sequences were analyzed and 26 loci were shown to be polymorphic: 16 of them with a 1:1 segregation; 1 with a 3:1 segregation, 2 showing a 1:2:1 proportion and 7 with a 1:1:1:1 segregation pattern. In relation to the AFLP data, 253 mono-parental loci were shown to be polymorphic with a 1:1 segregation proportion (in 114 loci the dominant allele was present in the parent 06, and in 139 loci, the dominant allele was found in the parent 123). The remaining 116 loci were shown to be bi-parental, segregating in a 3:1 proportion. Eleven linkage groups (LG) were obtained, 8 of them being integrated and one LG with only two markers. Moreover, one LG for each parent was obtained, but due to the absence of bi-parental markers they were not integrated. It was possible to locate on the framework of the genetic maps, along with the microsatellites those AFLP markers showing a 3:1-segregation type, which contributed to a greater level of map saturation and to the integration of eight of the nine linkage groups of yellow passion fruit (2n=18). On average, we have obtained 25 markers per LG, providing a map distance of 1,765.6 cM. This is the first report in Passiflora on the use of microsatellite markers and the algorithm proposed by Wu et al. (2002) to integrate maps previously constructed using the double pseudo-testcross strategy. The integrated map will be useful for locating QTL (Quantitative Trai Loci) related to disease resistance and agriculturally interesting traits, as well as to provide tools for genetic and evolutionary studies.
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Mapeamento de QTL (Quantitative Trait Loci) associados à resistência do maracujá-doce à bacteriose / QTL mapping related to resistance of sweet passion fruit to bacterial blight

Braga, Marcelo Fideles 07 July 2011 (has links)
O maracujá-doce (Passiflora alata Curtis) é uma espécie nativa no Brasil. Seu cultivo tem crescido nos últimos anos devido a sua valorização no mercado in natura e seus usos na fitoterapia. Entretanto, os cultivos comerciais enfrentam problemas devido a ocorrência da bacteriose (Xanthomonas axonopodis pv. passiflorae). O patógeno é endêmico no país, apresentando considerável variabilidade genética em suas populações naturais. Este trabalho teve como objetivo identificar QTL relacionados à resistência de P. alata à bacteriose em uma população F1 segregante oriunda do cruzamento entre acessos não endogâmicos. Foram avaliados os caracteres: área total da folha (TA), idade de queda da folha inoculada (IK), área total da lesão foliar (LA), área de clorose foliar (CA) e área da necrose foliar (NEA). Apenas um dos isolados apresentou diferenças de severidade em relação aos demais, sendo o menos agressivo (PA8-2). A inoculação do isolado M-129 mostrou que há variação significativa na resposta da população ao patógeno, sendo possível a identificação de genótipos transgressivos. A herdabilidade dos caracteres variou de 45% a 71%%. Foi construído um mapa de ligação integrado com 1.786 cM e uma densidade média de 4,5 cM. A análise de marcas individuais indicou a associação de 51 marcas aos fenótipos avaliados. O mapeamento de QTL, realizado por intervalo composto e utilizando uma estratégia diferenciada para populações F1 segregantes, identificou regiões associadas a 26 QTL para os cinco caracteres avaliados, sendo 16 deles referentes à LA, CA e NEA. A variação fenotípica explicada individualmente pelos marcadores variou de 0,8% a 16,7%. Sugere-se que a resistência à bacteriose é quantitativa, com predominância de efeitos genéticos aditivos. / The sweet passion fruit (Passiflora alata Curtis) is a specie native to Brazil. Its cultivation has increased in recent years due to its market valuation in natura and their uses in herbal medicine. However, crops are facing problems due to the occurrence of bacterial blight (Xanthomonas axonopodis pv. passiflorae). The pathogen is endemic in the country, with considerable genetic variability in their natural populations. This study aimed to identify QTL related to resistance of P. alata to bacterial blight in an F1 segregant population from the cross between outbred accessions. Five traits were evaluated: total area of the leaf (TA), age of inoculated leaf fall (IK), area of the leaf´s lesion (LA), area of the leaf´s chlorosis (CA) and area of the leaf´s necrosis (NEA). Only one of the isolates showed differences in severity in relation to others, being the least aggressive (PA8-2). The inoculation of the isolate M-129 showed significant variation in population response to the pathogen, making it possible to identify transgressive genotypes. The heritability of characters ranged from 45% to 71%. An integrated linkage map was constructed, with a length of 1,786 cM and an average density of 4.5 cM. The analysis of individual marks indicated the association of 51 markers to phenotypes. The QTL mapping was performed using composite interval and a special strategy for segregating F1 populations, identified 26 regions associated with QTL for the five traits, 16 of them related to LA, CA and NEA. The phenotypic variation explained by individual markers ranged from 0,8% to 16,7%. It is suggested that the resistance to bacterial blight is quantitative, with a predominance of additive genetic effects.

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