RIBEIRO, Eliana Matos.Isolamento e caracterização parcial dos Genes beta-actina e miosina de cadeia pesada do Camarão rosa Farfantepenaeus subtilis. 2009. 107f. Dissertação(Mestrado em Engenharia de Pesca) - Centro de Ciências Agrárias, Universidade Federal do Ceará, Fortaleza, 2009. / Submitted by Maria Naires Souza (marianaires@ufc.br) on 2011-12-02T23:19:34Z No. of bitstreams: 1 2009-dis-emribeiro.pdf: 1933705 bytes, checksum: a3df6513724ba614bd32cf3e837d1d16 (MD5) / Approved for entry into archive by Aline Nascimento(vieiraaline@yahoo.com.br) on 2011-12-08T12:07:33Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2009-dis-emribeiro.pdf: 1933705 bytes, checksum: a3df6513724ba614bd32cf3e837d1d16 (MD5) / Made available in DSpace on 2011-12-08T12:07:33Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2009-dis-emribeiro.pdf: 1933705 bytes, checksum: a3df6513724ba614bd32cf3e837d1d16 (MD5) Previous issue date: 2009-03-04 / The penaeid shrimp Farfantepenaeus subtilis is an important native species for fisheries industry in Brazil. Among marine shrimps of commercial importance, penaeids are recognized as a valuable resource for fishery and aquaculture in tropical and subtropical regions. However, data on these species is extremely reduced, especially concerning genetic elements involved in animal muscle growth. Therefore, aiming at identifying shrimp genes directly associated with muscle contraction in this research, beta-actin and myosin heavy chain genes of the pink shrimp F. subtilis were isolated from its muscular abdominal and partially sequenced. Shrimps collected from Pacoti estuary, Ceará, were first identified through taxonomy and, then, through DNA amplification followed by sequencing of Cytochrome Oxidase subunit I (COI) and 16S. From fresh shrimp tissues, total RNA was extracted and complementary cDNA was obtained. Based on specific primers designed after sequence alignments performed against sequences at GenBank/NCBI, genes were amplified from RT-PCR (reverse transcriptase - polimerase chain reaction) and sequenced. A 760bp partial F. subtilis beta-actin cDNA fragment was obtained, while the partial F. subtilis myosin heavy chain cDNA was 570bp long. Sequence analyses using the Basic Local Alignment Search Tool (BLAST) program indicated that F. subtilis beta-actin gene product is very similar to betaactin of other species of shrimps, while the myosin heavy chain protein is highly homologous to crustacean myosins heavy chain, confirming the identity of the isolated gene sequences. Alignment of these gene sequences with other sequences in GenBank showed high similarity with Penaeus monodon (93%) and Farfantepenaeus paulensis (88%). Results have showed the feasibility of partial gene identification as a means to identify genes of strategic interest. These data would help further attempts to elucidate the complete isolation of these genes, as well as the detection of other important genes, especially from shrimp species occurring at the Brazilian coast. Genes analyses involved with muscle growth might provide important genetic information on native species that are overexploited and may be viable for the shrimp cultivation. In addition, these data might also benefit the scientific community, improving a range of research areas such as physiology, phylogeny and evolution of penaeids / O camarão peneídeo Farfantepenaeus subtilis é uma importante espécie nativa do litoral nordestino que possui uma grande ocorrência na pesca. Dentre os camarões marinhos de importância comercial, os peneídeos se destacam por constituírem um valioso recurso para pesca e aqüicultura em regiões tropicais e subtropicais. Entretanto, a disponibilidade de informações sobre essas espécies é bastante escassa, principalmente em relação à estrutura genética que atua no crescimento muscular desses animais. Tendo como objetivo identificar genes envolvidos na contração muscular de camarões, neste trabalho foram parcialmente isolados e seqüenciados os genes de betaactina e miosina de cadeia pesada do camarão rosa F. subtilis, a partir do cDNA do músculo abdominal. Para tanto, camarões coletados no estuário do rio Pacoti, estado do Ceará, foram inicialmente identificados taxonomicamente e, depois através de amplificação de DNA seguida por sequenciamento das regiões citocromo oxidase subunidade I (COI) e 16S. Utilizando-se os tecidos frescos dos camarões, foi extraído o RNA total e foram obtidos os respectivos DNAs complementares (cDNAs). Baseado na construção de primers específicos a partir do alinhamento entre sequências descritas no Genbank/NCBI, os genes foram isolados por meio de RT-PCR (Reação em Cadeia da Polimerase através da transcriptase reversa) e seqüenciados. Foi obtido um fragmento parcial de 760 pares de base para o cDNA de beta-actina e para o cDNA de miosina de cadeia pesada foi obtido um fragmento de 570 pares de base. Análises das sequências realizadas pela ferramenta BLAST (Basic Local Alignment Search Tool) revelaram alta similaridade com outras beta-actinas e miosinas de camarões, confirmando a identidade das sequências genéticas isoladas. Como resultado do alinhamento pareado entre as sequências desses genes obtidos no trabalho com as de outras espécies presentes no GenBank, pôde-se observar que as maiores similaridades foram com Penaeus monodon (93%) e com Farfantepenaeus paulensis (88%). Os resultados obtidos neste estudo demonstraram a viabilidade da metodologia utilizada na identificação de genes relacionados com características importantes. Esses dados irão facilitar o isolamento completo das sequências desses genes, além de contribuir para incentivar a identificação de outros genes importantes em camarões, principalmente os nativos do Brasil. Análise de genes que atuam desenvolvimento do tecido muscular do animal poderá fornecer informações genéticas importantes acerca de uma espécie nativa que está sendo superexplorada e que poderá ser viável para cultivo. Outrossim, esses dados beneficiarão a comunidade científica, servindo como base para estudos de fisiologia, filogenia e evolução em peneídeos

Orientador: Rogério Caetano da Costa / Resumo: O presente estudo teve como objetivo analisar a abundância, a distribuição espaço-temporal, a relação da abundância com os fatores abióticos, a estrutura populacional, o período de recrutamento juvenil, a razão sexual, o crescimento, a longevidade e o tempo de duração da fase juvenil dos juvenis dos camarões-rosa Farfantepenaeus brasiliensis e F. paulensis ao longo do Complexo-estuarino-Lagunar de Cananeia-Iguape, extremo sul do Estado de São Paulo. As coletas foram realizadas, mensalmente, entre julho de 2012 a junho de 2014, na região de Cananeia. Os indivíduos foram capturados em 7 estações de coleta estabelecidas, sendo E1 a E4 na Área Costeira Marinha (AC) e E5 a E7 na região do Mar Pequeno (MP). Os fatores abióticos foram registrados em cada estação de coleta, a temperatura e a salinidade da água de fundo mensalmente e o tipo de sedimento e teor de matéria orgânica por estação do ano. Os camarões foram identificados quanto à espécie, sexo, mensurados quanto ao comprimento de carapaça (CC mm) e quantificados em cada mês e estação de coleta. O recrutamento juvenil foi caracterizado pela entrada de menores indivíduos na população. As curvas de crescimento foram estimadas através do modelo de crescimento de von Bertalanffy e a longevidade e o tempo da fase juvenil foram obtidos através da equação inversa de von Bertalanffy. A média geral da temperatura da água de fundo foi de 25,1 ± 3,1°C. As regiões apresentaram médias semelhantes, na Área Costeira o valor foi de 22,7 ± 3,... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Mestre

Submitted by Alberto Vieira (martins_vieira@ibest.com.br) on 2018-01-12T14:51:33Z No. of bitstreams: 1 635164.pdf: 14400451 bytes, checksum: 9e532871b6d9c3d96852dfe5954b8383 (MD5) / Made available in DSpace on 2018-01-12T14:51:33Z (GMT). No. of bitstreams: 1 635164.pdf: 14400451 bytes, checksum: 9e532871b6d9c3d96852dfe5954b8383 (MD5) Previous issue date: 2005-03 / A família Aristeidae é típica de águas profundas, podem ser bentônicos ou da fauna meso ou batipelágica dos oceanos. São geralmente muito abundantes na coluna d’água, e por isso desempenham papel fundamental na cadeia trófica dos oceanos. A família atualmente é representada por nove gêneros, a maioria sendo largamente distribuída nos oceanos Atlântico e Indo-Pacífico. Desses gêneros, seis ocorrem no Atlântico ocidental. A fauna de Aristeidae é ainda pouco conhecida no Brasil, com apenas três espécies citadas para a costa brasileira: Plesiopenaeus edwarsianus (Jonhson, 1867), Aristaeomorpha foliacea (Risso, 1827) e Hepomadus tener Smith, 1884 O Programa Revizee - Score Central, realizou amostras entre o Rio Real (11º Sul) e o Cabo de São Tomé (22º Sul), a partir da qual foi formada uma grande coleção de crustáceos de mar profundo. Foram realizadas coletas entre maio de 1999 e julho de 2000, entre 200 e 2000 metros de profundidade. O material foi analisado, sendo encontradas oito espécies. Além das espécies já registradas para a costa brasileira, que tiveram sua distribuição latitudinal estendida, as seguintes espécies foram registradas pela primeira vez: Aristeus antillensis A. Milne Edwards & Bouvier, 1909, Hemipenaeus carpenteri Wood-Mason, 1891, Plesiopenaeus armatus (Bate, 1881), Plesiopenaeus coruscans (Wood-Mason, 1891) e Aristeus antennatus (Risso, 1816). Os resultados mostraram que algumas espécies de Aristeidae encontradas, apresentam maior abundância no estrato entre 500 e 750 metros, outras são mais abundantes entre 750 e 1250 metros, e as mais profundas apresentam maior abundância entre 1250 e 2000 metros. A correlação positiva entre áreas de aporte fluvial e maior abundância das espécies de Aristeidae foi observada. Uma chave de identificação para as espécies de Aristeidae do Brasil é fornecida. / The family Aristeidae is predominantly deep-water distributed, being either benthic dwellers or members of the meso and bathypelagic fauna. They have a greal abundance in the water column, and play a major role in the food chain of the oceans. The family as now defined consists of nine genera, most of them greatly distributed in Atlantic and Indo-Pacific oceans. Of these genera, six have been recorded from eastern Atlantic. The family Aristeidae in Brazil is poorly known, with only three species recorded from off the Brazilian coast: Plesiopenaeus edwarsianus (Jonhson, 1867), Aristaeomorpha foliacea (Risso, 1827) and Hepomadus tener Smith, 1884 The Revizee Program made trawlings between Rio Real (llºS) and Cabo de São Tomé (22º), and a large scientific collection of deep-sea crustaceans was formed. The Revizee trawlings were made between 1999 may and 2000 june, between 200-2000 meters depth. The material was examined and eight species were found. Besides those three species previously recorded from off Brazilian coast, that have their latitudinal distribution enlarged, five species are new records to Brazil: Aristeus antillensis A. Milne Edwards & Bouvier, 1909, Hemipenaeus carpenteri Wood-Mason, 1891, Plesiopenaeus armatus (Bate, 1881), Plesiopenaeus coruscans (Wood-Mason, 1891) and Aristeus antennatus (Risso, 1816). Results showed that, some Aristeidae species are greatly abundant between 500 and 750 meters, others are more abundant between 750 and 1250meters, and deeper ones are more abundant between 1250 and 2000 meters. A positive correlation between discharge of rivers and high abundance of Aristeidae species was observed. An identification key for Aristeidae species of Brazil is given.

Kung, Wing Yee. / Thesis (M.Phil.)--Chinese University of Hong Kong, 2008. / Includes bibliographical references (leaves 92-115). / Abstracts in English and Chinese. / Abstract --- p.ii / Acknowledgements --- p.vii / Table of contents --- p.ix / List of Tables --- p.xii / List of Figures --- p.xiii / List of Abbreviations --- p.xv / Chapter Chapter 1. --- General introduction --- p.1 / Chapter Chapter 2. --- Literature review --- p.4 / Chapter 2.1 --- Food allergy and its prevalence --- p.4 / Chapter 2.2 --- Mechanism and clinical symptoms of food allergy --- p.6 / Chapter 2.3 --- Tropomyosin as the major allergen in shellfish --- p.15 / Chapter 2.4 --- Cross reactivity and epitope mapping of tropomyosin --- p.21 / Chapter 2.5 --- Novel approaches for the treatment of food allergy --- p.29 / Chapter Chapter 3. --- Expression of shrimp recombinant tropomyosin and sensitization of mice --- p.36 / Chapter 3.1 --- Introduction --- p.36 / Chapter 3.2 --- Materials and Methods --- p.40 / Chapter 3.2.1 --- "Recovery of E, coli with tropomyosin-carrying plasmid" --- p.40 / Chapter 3.2.2 --- Preparation of tropomyosin-carrying plasmid --- p.41 / Chapter 3.2.3 --- Confirmation of DNA sequence of the tropomyosin --- p.41 / Chapter 3.2.4 --- Identification of the recombinant protein --- p.43 / Chapter 3.2.5 --- Purification of the recombinant protein --- p.43 / Chapter 3.2.6 --- Sodium dedecyl sulfate polyacrylamide gel electrophoresis (SDS-PAGE) --- p.44 / Chapter 3.2.7 --- Concentration measurement of the recombinant tropomyosin --- p.45 / Chapter 3.2.8 --- Mice --- p.46 / Chapter 3.2.9 --- Mice sensitization and challenging --- p.46 / Chapter 3.2.10 --- Tropomyosin-specific IgE level in blood --- p.47 / Chapter 3.2.11 --- Statistical analysis --- p.49 / Chapter 3.3 --- Results --- p.52 / Chapter 3.3.1 --- DNA sequence of the cloned tropomyosin --- p.52 / Chapter 3.3.2 --- Expression and purification of tropomyosin --- p.52 / Chapter 3.3.3 --- Hypersensitivity symptoms after challenge --- p.53 / Chapter 3.3.4 --- Blood tropomyosin-specific IgE level --- p.53 / Chapter 3.4 --- Discussion --- p.62 / Chapter Chapter 4. --- Identification of T cell epitopes --- p.67 / Chapter 4.1 --- Introduction --- p.67 / Chapter 4.2 --- Materials and methods --- p.67 / Chapter 4.2.1 --- Soluble epitope peptide synthesis --- p.68 / Chapter 4.2.2 --- Isolation of spleen cells from mice --- p.69 / Chapter 4.2.3 --- T cell proliferation assay --- p.70 / Chapter 4.3 --- Results --- p.71 / Chapter 4.3.1 --- Splenocyte proliferation to synthetic peptide --- p.72 / Chapter 4.3.2 --- Splenocyte proliferation to synthetic peptides pool --- p.72 / Chapter 4.4 --- Discussion --- p.77 / Chapter Chapter5 --- General conclusion --- p.89 / References --- p.92