Novel photosynthetic protozoan phylum from caorals eas investigated using molecular biology tools to infer phylogenetic position. According to the data, isolates RM11-26 are also photosynthetic relatives of apicomplexan parasites representing an independent lineage from Chromera velia

Cynodontidae (sensu Lucena & Menezes, 1998) é uma família de Characiformes com 14 espécies válidas divididas em duas subfamílias (Cynodontinae e Roestinae). As espécies de Cynodontinae sempre foram classificadas em um mesmo grupo, enquanto que Roestinae já foi classificada junto com Characidae. Com o objetivo de testar o monofiletismo de Cynodontidae, realizamos uma análise de máxima parcimônia com o algoritmo TBR em 42 táxons representando 12 famílias de Characiformes. A análise foi realizada com três regiões nuclearas e três genes mitocondriais; entretanto, o íntron da RPS7 foi retirado da análise final por questões de homologia do alinhamento. A árvore consenso obtida com 9842 passos (IC = 0,351 e IR = 0,358) evidencia o não monofiletismo de Cynodontidae, com Cynodontinae relacionada a um clado composto por Serrasalmidae, Prochilodontidae, Hemiodontidae e Parodontidae, enquanto que Roestinae aparece dentro de Characidae relacionada à Heterocharacinae. Acestrorhynchidae foi recuperada na base do clado Roestinae/Heterocharacinae, o que condiz com outras filogenias moleculares e difere das filogenias morfológicas. As relações entre as espécies de Roestes e de Hydrolycus também foram recuperadas. As outras relações encontradas condizem com dados recentes da literatura, fortalecendo o conhecimento sobre a ictiofauna de água doce. A espécie Rhaphiodon vulpinus se destaca entre os Cynodontíneos por apresentar uma ampla distribuição geográfica, sendo encontrada em sistemas atualmente separados como as bacias do Paraná e do Amazonas. Por isso, uma análise da variabilidade e da estrutura populacional desta espécie foi realizada com o intuito de ampliar o conhecimento sobre a influência do passado geológico na distribuição da ictiofauna Neotropical, além de fornecer áreas prioritárias de conservação. Inicialmente, o estudo foi realizado com sequencias do gene da ATPase do mtDNA, e os resultados evidenciaram a existência de três grupos genéticos que foram considerados UES distintas (Bacia do Paraná, oeste da Amazônia e leste da Amazônia). Entretanto, a hipótese de contato secundário com mistura de fauna entre a Bacia do Paraná e o Rio Madeira foi postulada para explicar os resultados. Para testar tal hipótese, foi desenvolvida a biblioteca de microssatélites de R. vulpinus, já que este marcador é mais sensível para a detecção de estruturas populacionais. Foram obtidos 11 locos polimórficos, sendo que sete funcionaram em outros gêneros de Cynodontinae. A análise com microssatélites confirmou a conexão entre o oeste da Amazônia e a Bacia do Paraná, provavelmente devido à captura de riachos para a sub bacia do Rio Madeira. Uma grande diferença entre as análise é a subdivisão UES do leste da Amazônia (rios Araguaia e Xingu) devido à grande diferenciação do alto Xingu. Além disso, esta localidade parece ter contribuído no pool gênico do Araguaia após a estruturação, o que pode indicar outro evento de captura de cabeceiras. Estes eventos, no entanto, seriam relativamente recentes na história evolutiva de R. vulpinus, assim como é a barreira estabelecida pela Cachoeira do Teotônio no Rio Madeira, já que a mesma não foi detectada como barreira na análise do mtDNA. A história demográfica de Rhaphiodon vulpinus parece estar intimamente relacionada a eventos geológicos, já que a estruturação encontrada reflete o conhecimento atual sobre a formação das bacias hidrográficas. Além disso, R. vulpinus parece ser uma espécie bastante antiga, especialmente pela estruturação encontrada dentro da Bacia Amazônica. Por isso, tanto a diminuição do tamanho populacional (detectada no leste da Amazônia pelos microssatélites) quanto a expansão populacional (detectada no oeste da Amazônia pela ATPase) podem ter acontecido nesta espécie. R. vulpinus parece ser uma espécie com grande capacidade migratória, já que apresenta isolamento pela distância e estruturação relacionada à barreiras históricas. Em relação aos padrões de diversidade, ambos os marcadores evidenciaram uma diversidade moderadamente alta na Amazônia (com os maiores valores no oeste) e uma baixa diversidade na Bacia do Paraná, provavelmente devido à colonização da bacia aliado às alterações ambientais ocorridas na região. O conjunto de dados obtidos contribuirá para o esclarecimento das relações filogenéticas em Characiformes e também para a compreensão de aspectos da história evolutiva e da dinâmica de populações de R. vulpinus, uma espécie que parece ser mais antiga do que a formação atual dos sistemas de drenagem. / Cynodontidae (sensu Lucena & Menezes, 1998) is a Characiform family with 14 valid species which are divided in two subfamilies (Cynodontinae and Roestinae). Cynodontinae species were always classified in the same group meanwhile Roestinae has already been classified together with Characidae. In order to test the monophylestism of Cynodontidae, we have conducted a Maximum Parsimony Analysis using the algorithm TBR in 42 taxa, which represent 12 Characiform families. The analysis was performed with three nuclear regions and three mitochondrial genes; the first intron of RPS7 was removed from the final analysis due to problems related to alignment homology. The consensus tree obtained with 9842 steps (IC = 0,351 and IR = 0,358) does not support the monophylestism of Cynodontidae, which appears in a clade composed by Serrasalmidae, Prochilodontidae, Hemiodontidae, and Parodontidae; Roestinae appears within Characidae, close-related to Heterocharacinae. Acestrorhynchidae was recovered at the base of Roestinae/Heterocharacinae clade, which is in agreement with other molecular phylogenies and in disagreement with the morphological ones. The relationship between Roestes and Hydrolycus species was also recovered. Other relationships obtained are in agreement with recent data described elsewhere, which reinforces the knowledge on the freshwater fish fauna. The species Rhaphiodon vulpinus stands out from other Cynodontinae species due to its wide geographic distribution, occurring in basins that are currently separated as is the case of Paraná and Amazon. Within this context, population variability and structure analyses were conducted with the aim of expanding the knowledge related to the influence of geological history on the distribution of Neotropical fish fauna as well as to provide priority areas for conservation means. Initially, the study was carried out with ATPase gene sequences from mtDNA and the results evidenced the existence of three genetic groups which were considered as different ESUs (Evolutionary Significant Units; Paraná, Western Amazon, and Eastern Amazon). However, a secondary contact hypothesis with fauna mixture between Paraná and Madeira river basins was formulated in order to explain the results. In order to test such hypothesis, a microsatellite library was developed for R. vulpinus, once this marker is more sensitive for the detection of population structure. 11 polymorphic loci were obtained and among them, seven showed to be useful in other Cynodontinae genus. The microsatellite analysis confirmed the connection between the Western Amazon and the Paraná basin, which probably occurred as a result of headwaters capture by the Madeira river sub-basin. The major difference between the analyses comprises the ESU sub-division in Easter Amazon (Araguaia and Xingu rivers) due to the high differentiation of Upper Xingu. Moreover, this locality may have contributed on the Araguaia gene pool after its structuration process, which may be an indicative of another headwaters capture event. However, those events would be relatively recent in the R. vulpinus evolutive history, likewise the barrier formed by Teotônio Falls in Madeira river, once it was not detected as a barrier by mtDNA analysis. The demographic history of R. vulpinus seems to be tightly related to geologic events, once the structure obtained reflects the current knowledge on the formation of hydrographic basins. Furthermore, R. vulpinus seems to be a very old species, mainly due to the structure found within the Amazon basin. Thus, both the reduction of population size (detected in Eastern Amazon by microsatellite) and the population expansion (detected in Western Amazon by ATPase) may have occurred in this species. R. vulpinus seems to be a species with a high migration capacity, once it presents isolation by the distance and structuration related to historical barriers. Regarding the diversity patterns, both markers evidenced a slightly high diversity in the Amazon (high values on Western) and low diversity in the Paraná basin, possibly due to the occupation of the basin modulated by environmental changes that occurred in the region. Those data will contribute to resolve the phylogenetic relationships in Characiform and for the understanding of some aspects of the evolutive history and population dynamics of R. vulpinus, a species that seems to be older than the current drainage systems.

Nematogenyidae é composto por uma única espécie endêmica do Chile Central; Trichomycteridae, seu grupo-irmão, é a segunda família mais diversificada de Loricarioidea e possui ampla distribuição pela região Neotropical. Estas famílias formam o clado mais basal de Loricarioidea e, por esta razão, são da maior importância para o entendimento das intra¬relações da superfamília, e desta com os demais siluriformes. Entretanto, muitas destas questões ainda não foram esclarecidas satisfatoriamente, especialmente dentro de Trichomycteridae. Vários fatores contribuem para esta situação, entre eles, o ainda escasso conhecimento de vários de seus sistemas morfológicos, como o muscular. Um estudo comparativo da miologia, guiado pela metodologia cladista, jamais foi feito até então com nenhum outro grande grupo de Siluriformes. A presente dissertação representa uma tentativa de solucionar aqueles problemas através de uma nova abordagem, a pesquisa da musculatura cefálica, principalmente de Nematogenyidae e Trichomycteridae. Este estudo apresenta um detalhado componente descritivo aliado a uma análise cladística rigorosa dos caracteres miológicos da região cefálica de Nematogenyidae e Trichomycteridae. Com relação à parte descritiva deste estudo, foram descobertos quatro músculos novos e observadas várias modificações na musculatura cefálica entre os grupos examinados. O levantamento de novos caracteres oriundos principalmente do estudo miológico acrescentou relevante informação ao cladograma destas famílias. O uso destes caracteres, juntamente com a revisão de grande parte daqueles da literatura, corroborou fortemente alguns arranjos anteriores assim como produziu novas hipóteses sobre as relações internas de Trichomycteridae. Nematogenyidae foi corroborado como sendo o grupo-irmão de Trichomycteridae; Copionodontinae e Trichogeninae são sucessivos grupos-irmãos na base de Trichomycteridae; a natureza não monofilética de Trichomycterinae foi mais uma vez confirmada; e Pareiodon foi excluído de Stegophilinae e a subfamília Pareiodontinae deveria ser reutilizada. / Nematogenyidae is composed of a single species endemic to Central Chile; Trichomycteridae, its sister group, is the second most diversified family of Loricarioidea, and has a broad distribution throughout the Neotropical Region. These families form the most basal clade of the Loricarioidea and are therefore of great importance to understand its intrarrelationships and the relationships between it and remaining siluriforms. However, several of these questions remain to be satisfactorily resolved, especially within the Trichomycteridae. Several factors contribute to this problematic situation, among which is the poor state of knowledge of a number of morphological systems, such as their myology. A comparative study of myology, guided by cladistic methodology, has not been attempted for any large catfish group. The present dissertation is an attempt to solve these problems by means of a new approach based on the scrutiny of cephalic myology, mainly of the Nematogenyidae and Trichomycteridae. This study presents a detailed descriptive component allied to a rigorous cladistic analyses of myological characters of the cephalic region of the Nematogenyidae and Trichomycteridae. Concerning the descriptive part of this study, four new muscles were discovered and several modifications in the cephalic muscles within the examined groups were observed. The new characters sampled, mainly from the myological study, added valuable information to the cladograms of these families. The use of these features, along with a review of most characters employed in the literature, strongly corroborated some previous arrangements and produced a new hypotheses on the relationships within the Trichomycteridae. Nematogenyidae was confirmed as the sister group of Trichomycteridae. Copionodontinae and Trichogeninae are the basal successive sister groups of the remaining Trichomycteridae. The non-monophyletic nature of the Trichomycterinae was supported as in previous studies. Pareiodon was removed from the Stegophilinae and the subfamily Pareodontinae should be resurrected for it.

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Lima.pdf: 2658393 bytes, checksum: ad7192984a0e2312329813835b3b2a1d (MD5) Previous issue date: 2016-01-22 / FAPEAM - Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado do Amazonas / Riverine forests, locally known as varzeas, represent the second main habitat in terms of area of the Amazon basin. The varzeas are directly influenced by the seasonal flooding caused by raise of the level of the rivers, and reveal a series of different riverine habitats which have specific avifaunas and are directly influenced by a flooding gradient. In the rio Branco basin, these habitats include the rivers themselves, as well as beaches, sandbars, riverine florests, flooded and transitional forests. On the upper rio Branco, flooded forests are replaced by gallery forests. The main goal of this study was to describe the association between those different habitats and the avifauna, and understand how these animal assemblages are functionally and phylogenetically structured. Specifically, I aimed to i) describe patterns of species richness across different riverine habitats; ii) describe how the structural complexity of habitats found along a flooding gradient determines patterns of functional and phylogenetic diversity; iii) compare and relate different diversity metrics (species richness, and functional and phylogenetic diversity); and iv) identify which functional traits are selected by the different habitats. To reach these goals, we conducted three expeditions into the rio Branco from 2012 to 2014. Where we conducted systematic avian surveys across the entire length of the river. Overall, we detected 315 bird species during our surveys, and these were used for all the analyses. To define the list of bird species that occur in each habitat, we complemented the result of our surveys with mist-nets and specimen collections. These specimens were used to obtain morphological measurements related to different functional traits of each species, including measurements of mass, bill length, height, and width, lenght of the tarsus, tail, and nail, and the kipp index, a measurement of flying capacity. To describe phylogenetic diversity, I used data from Jetz et al. (2012) to built a tree with all the 315 species. Our results showed that forest habitats presented higher species richness than relatively simpler habitats, such as rivers, beaches and sand banks.However, bird assemblages associated to rivers and beaches presented higher levels of functional and phylogenetic diversity, showing no correlation between species richness and other diversity metrics. Some functional traits were clearly associated to different habitats; for ex., larger birds with longer bills and tarsi were clearly associated to rivers and beaches, likely related to the life style of aquatic birds and shorebirds. On the other hand, taller and wider bills, typical of granivorous birds, dominated sandbar scrubs. Smaller birds with shorter bills and tarsi were associated to forested environments. This study shows that habitats affect bird species composition, filtering morphologic traits and selecting which species can leave in each habitat. In general, we found a high degree of species especialization, given that 1/3 of the species were exc;usive of certain habitats. This habitat especificity turns riverine birds vulnerable to changes in river hydrology, and changes in riverine habitats due to human interventions can affect dramaticaly the avifauna of the varzeas. / As várzeas amazônicas representam o segundo principal habitat da bacia em termos de área, e se caracterizam por serem alagadas anualmente pelo pulso de inundação resultante do padrao de chuvas da região. As várzeas revelam uma série de ambientes ribeirinhos que são diretamente influencidos por um gradiente de alagamento, e que possuem avifaunas específicas, muitas vezes exclusivas de cada ambiente. Na bacia do Rio Branco, estes ambientes incluem os proprios rios, as praias, bancos de areia com gramíneas e arbustos, embaubais, florestas de várzea, e florestas de transição. Na região do alto rio Branco, as florestas de várzea são substituidas pela florestas de galeria. O principal objetivo deste estudo foi descrever a relação entre as espécies de aves e os ambientes ribeirinhos na bacia do rio Branco, e estudar como as comunidades de aves desses diferentes ambientes se estruturam funcional e filogeneticamente. Especificamente, procurou-se i) avaliar a riqueza de espécies de aves associadas aos diferentes ambientes ribeirinhos do rio; ii) descrever como a complexidade estrutural dos ambientes de várzea encontrados ao longo do gradiente de alagamento determina a diversidade filogenética e funcional das assembleias de aves; iii)_comparar e relacionar diferentes métricas de diversidade de aves (riqueza de espécies, diversidade filogenética e funcional) nos ambientes sucessionais de várzea; e iv) identificar as características funcionais que mais se relacionam aos diferentes ambientes. Para atingir esses resultados, foram realizadas três expedições onde foram realizados inventários padronizados de aves na bacia do rio Branco entre 2012 e 2014. Ao todo, foram registradas 315 espécies de aves durante os censos, as quais foram usadas para as análises. Para definir a lista de espécies que ocorre em cada um dos habitats, os dados obtidos dos censos foram complemantados com capturas com redes de neblina e coleta de especimes. Estes especimes foram usados para obter medidas da morfologia, as quais estariam ligadas às características funcionais de cada espécie, incluindo medidas de peso, comprimento, largura, e altura do bico, comprimento do tarso, cauda e unha, e o índice de kipp, um medida relacionada com a capacidade de voo. Para descrever a diversidade filogenética, foi gerada uma ávore filogenética com dados de terceiros, incluindo as 315 espécies. Os ambientes florestais apresentaram maior riqueza de espécies do que ambientes relativamente mais simples, como ambientes aquáticos, as praias e os bancos de areia. Entretanto, as assembleias de aves associadas aos rios e praias apresentaram maior diversidade filogenética e funcional, mostrando que não existe uma correlação clara entre a riqueza de espécies e a diversidade funcional e filogenética. Alguns atributos funcionais estao claramente associados com os diferentes ambientes da várzea; por ex., aves maiores, bicos e tarsos mais compridos estão associados com os ambintes aquáticos e as praias, diretamente relacionados com o estilo de vida das aves piscívoras ou limícolas, que constituem em sua maioria estes ambientes. Por outro lado, bicos mais altos e largos, típicos de aves granívoras, ocorrem principalmente nos bancos de areia com gramíneas. Aves menores, com bicos e tarsos curtos estão claramente associados com os ambientes florestais. Este trabalho mostra que os ambientes afetam a composição de espécies e filtram dimensões morfológicas funcionais das aves, selecionando espécies. Em termos gerais, este estudo aponta um elevado grau de especializacao da avifauna da várzea, pois cerca de 1/3 das espécies são exclusivas de pelo menos um tipo de ambiente. Esta especificidade de ambiente torna as aves ribeirinhas vulneráveis a mudanças na hidrologia dos rios, que pode afetar de forma drástica a avifauna dos ambientes ribeirinhos.

A posição sistemática da família Cathartidae (abutres do Novo Mundo) sempre foi motivo de muita discussão e apresenta divergências entre os sistematas, sendo debatida a proximidade dos representantes dos abutres do Novo Mundo entre as ordens Falconiformes e/ou Ciconiiformes. Muitos dos caracteres diagnósticos do grupo provêm de adaptações ao conspícuo hábito alimentar dessas aves, como bicos e pés fortes utilizados na dilaceração de carcaças; cabeça e pescoço desprovidos de penas que evitam o acúmulo de matéria orgânica em decomposição nestas regiões; e espesso colar de penas no pescoço que evita a passagem de líquidos provenientes da dieta às outras partes do corpo. Devido às similaridades na dieta, muitas dessas adaptações morfológicas são compartilhadas entre os catartídeos e os abutres do Velho Mundo (Gypaetinae e Aegypiinae; Accipitridae), gerando historicamente muita confusão na taxonomia dos grupos em questão. Visando contribuir com o conhecimento osteológico da família Cathartidae, bem como dos grupos historicamente relacionados, foram realizados: a) estudo de uma estrutura anatômica craniana (forâmen do nervo olfativo), criando subsídios para inferências acerca do comportamento alimentar dos representantes da família Cathartidae; e b) análises filogenéticas com base em uma ampla amostragem taxonômica (inclusive com táxons fósseis de Cathartidae), lançando hipóteses que elucidem problemas tanto em níveis intragenérico e intraespecífico da família Cathartidae. Além disso, foram feitas inferências acerca do posicionamento mais inclusivo do grupo em questão, sugerindo mudanças no sistema classificatório para que este seja filogeneticamente mais informativo. Da análise da anatomia do forâmen e sulco olfativos de Cathartidae, foi possível inferir que aves do gênero Cathartes possuem uma grande capacidade olfativa, indicando que a morfologia do forâmen do nervo olfativo e do sulco a ele associado são adaptações que promovem um melhor desempenho do olfato neste gênero. Dentre os resultados da análise cladística de 207 caracteres osteológicos (cranianos e pós-cranianos), foi recuperado o monofiletismo da família indicando a existência de duas linhagens distintas dentro do grupo. Quanto às relações mais inclusivas do grupo, a família mostrou-se como a divergência mais basal do componente que inclui Cathartidae e os demais Falconiformes. Foram feitas considerações acerca de algumas das relações entre os táxons historicamente relacionados a Cathartidae e recuperadas pela presente análise: Sagittarius serpentarius, aparentemente, é uma linhagem com divergência antiga dentro dos Falconiformes; confirmou-se o relacionamento adjacente de Pandion haliaetus à família Accipitridae; a separação do grupo de abutres do Velho Mundo em duas subfamílias não relacionadas (Aegypiinae e Gypaetinae) foi corroborada, indicando que o hábito de alimentação saprófago surgiu independentemente três vezes dentro da linhagem \"falconiforme\"; a relação próxima entre Scopidae e Balaeniciptidae foi corroborada; relações de Ardeidae aqui apresentadas corroboram as hipóteses de relacionamento mais recentes. Foram propostas atualizações nomenclaturais e hierárquicas, assim como uma nova proposta classificatória do grupo, onde se incluem os abutres do Novo Mundo: a elevação da categoria hierárquica deste grupo, sendo considerada a ordem Cathartiformes Seehbohm, 1890; dentro desta ordem foi proposta a criação de duas famílias, Cathartidae Lafresnaye, 1839 (incluindo os gêneros de \"urubus verdadeiros\" - Cathartes e Coragyps) e Vulturidae Illiger, 1811 (incluindo os gêneros de condores e o urubu-rei - Vultur, Gymnogyps, Breagyps+ e Sarcoramphus). / The systematic position of the family Cathartidae (New World Vultures) has always been a motive for debate, and presents divergences among sistematists, the proximity of New World Vultures representatives between the orders Falconiformes and Ciconiiformes always being discussed. Most of the diagnosable characters of the group come from adaptations related to the conspicuous feeding behavior of these birds, such as strong beaks and claws used to dilacerate carcasses, featherless heads and necks to avoid carrion accumulation in these regions and a thick feather necklace that prevents the passage of liquids from food to other parts of the body. Due to these similarities in diets, most morphological adaptations are shared with the cathartid vultures and Old World Vultures (Gypaetinae and Aegypiinae; Accipitridae), historically causing much confusion in the taxonomy of these groups. With the aim of contributing to osteological knowledge of the family Cathartidae and historically related groups the following tasks were carried out: a) a study on anatomic cranial structure (olfactory nerve foramen), thus creating subsidies for inferences on the feeding behavior of Cathartidae representatives; and b) phylogenetic analyses based on an extensive taxonomic sample (including fossils of the Cathartidae), thereby launching hypotheses that elucidate problems up to the intrageneric and intraspecific levels, as inferences for the most inclusive systematic positioning of the group, and suggestions of changes in the classificatory system for this to become more phylogenetically informative. From the anatomic study of the foramen and olfactory sulcus of Cathartidae, it was possible to infer that birds of the Cathartes genus have great olfactory capacity, indicating that the morphology of the olfactory nerve and the furrow associated to it, are adaptations that promote better performance of olfaction in this genus. In the results on the cladistic analysis of 207 osteological characters (cranial and post-cranial) the monophyly of the family was recovered, this indicating the existence of two distinct lineages within the group. As to the most inclusive relationships of the group, the family appears as the basal divergence of the component that includes Cathartidae and the other Falconiformes. Considerations on certain of the relationships between the Cathartidae historically related taxa recovered by the present analysis: Sagittarius serpentarius is apparently a lineage with an ancient divergence inside the Falconiformes; the adjacent relationship of Pandion haliaetus to the Accipitridae was confirmed; the separation of the Old World Vultures assemblage into two non-related subfamilies was corroborated, indicating that the carrion eating habit appeared independently three times in the \"falconiform\" lineage; the close relationship between Scopidae and Balaenicipitidae was corroborated; relationships of Ardeidae presented here corroborate the most recent published hypotheses. Nomenclatural and hierarchical updating was put forward, as a new classificatory proposal of the group that includes the New World Vultures: the elevation of the hierarchical rank of the group, on considering the order Cathartiformes Seehbohm, 1890; in this order, the creation of two families, Cathartidae Lafresnaye, 1839 (including the \"true vultures\" genus - Cathartes and Coragyps) and Vulturidae Illiger, 1811 (including the condors and King Vultures genus - Vultur, Gymnogyps, Breagyps+ and Sarcoramphus),was proposed.

Este estudo propõe hipóteses das relações filogenéticas entre representantes da ordem Psittaciformes, com base em caracteres morfológicos (osteológicos, principalmente cranianos, e anatômicos da siringe), usando o princípio da parcimônia para análise dos dados. Como o conhecimento prévio da anatomia comparada da siringe na ordem ainda é restrito, com sua nomenclatura anatômica confusa, foi feito, primeiramente, estudo anatômico para possibilitar melhor compreensão dos caracteres siringeais utilizados posteriormente nas análises filogenéticas. Neste estudo anatômico é apresentada uma gama de variações antes desconhecidas, que são confrontadas com o conhecimento prévio da morfologia da siringe dos Psittaciformes. Das variações detectadas, parte ocorre em estruturas que, provavelmente, estão envolvidas na produção dos sons, o que deverá ser levado em consideração em futuros estudos de anatomia funcional. As análises filogenéticas efetuadas contaram com 215 siringes e 208 esqueletos, pertencentes 91 espécies de Psittaciformes (distribuídas em 43 gêneros). Esse conjunto de espécimes foi separado em 53 táxons terminais (monofiléticos em relação ao universo amostrado); uma parte deles (11 ao todo) não tiveram sua siringe ou seu esqueleto estudados, e foram aqui denominados terminais incompletos, por possuírem muitos caracteres indeterminados (?). Ao todo foram codificados 101 caracteres variáveis (62 siringeais e 49 esqueléticos), com os quais foram feitas análises com diferentes composições de terminais incompletos, buscando obter hipóteses filogenéticas mais precisas. Para cada análise principal, efetuada com parte dos caracteres multiestados ordenados, foi realizada análise adicional (com todos os caracteres considerados como não-ordenados) visando verificar a influência desses ordenamentos nas topologias. As hipóteses obtidas foram comparadas com as disponíveis na literatura, e diversas congruências foram encontradas, aumentando assim o \"suporte\" de inúmeros componentes recorrentemente resgatados. As opções de ordenamento afetam mais alguns componentes que outros, e as análises adicionais geraram hipóteses menos concordantes com as da literatura. Os caracteres aqui amostrados contêm inúmeras homoplasias, entretanto, a resolução das hipóteses, fortemente congruentes com as filogenias prévias, reforça a importância e a validade dos caracteres morfológicos para recuperações filogenéticas entre os Psittaciformes, ao contrário do alegado por alguns autores. Com base nas hipóteses aqui obtidas e compiladas, algumas recomendações são feitas para tornar a sistemática dos Psittaciformes mais informativa filogeneticamente: a. inclusão de N. nenday no gênero Aratinga; b. inclusão de A. xanthops no gênero Graydidascalus; c. Reconhecimento de duas famílias na ordem: Nestoridae (Nestor e Strigops) e Psittacidae (com os demais Psittaciformes, inclusive com os representantes da antiga família Cacatuidae). / This study proposes hypothesis of phylogenetic relationships among representatives of the Order Psittaciformes, based on morphological characters (osteological, mainly from skull, and anatomical of syrinx), using the Principle of Parsimony for analysis of data. As previous knowledge on the compared anatomy of syrinx in the order is still restricted, with its anatomical nomenclature confused, an anatomical study was first conducted to yield a better comprehension of syrinx characters, used afterwards in phylogenetic analyses. In this anatomical study, an array of variations not known before is presented, which is compared with previous knowledge of syrinx morphology in Psittaciformes. Among detected variations, some occur in structures that are possibly involved in sound production, which will need to be taken into consideration in future functional anatomy studies. Phylogenetic analyses were based on 215 syrinxes and 208 skeletons, belonging to 91 species of Psittaciformes (distributed in 43 genera). This set of specimens was organized in 53 terminal taxa (monophyletic in relation to the sampled universe); part of them (11 in a whole) did not have their syrinx or skeleton studied and are regarded herein as incomplete terminals for processing many undetermined characters (?). In total, 101 variable characters (62 from syrinx and 49 from skeleton) were coded, with which analyses were made varying composition of incomplete terminals to find more precise phylogenetic hypothesis. For each main analysis, done with part of multi-state characters ordered, an additional analysis was done with all multi-state characters unordered to verify the influence of ordering in topologies. Obtained hypothesis were compared with the ones from literature and many congruencies were found, increasing the \"support\" of innumerous components recurrently retrieved. Options of ordering affect more some components than others, and additional analyses generated hypothesis with less agreement with the ones from literature. Characters herein sampled contain various homoplasies but resolution of hypothesis strongly congruent with previous phylogenies reinforces the importance of morphological characters to retrieve phylogenies among Psittaciformes, contrary to what is affirmed by some authors. Based on hypothesis obtained herein, some recommendations are pointed out to make systematics of Psittaciformes more phylogenetic informative: a. inclusion of N. nenday in the genus Aratinga; b. inclusion of A. xanthops in the genus Graydidascalus; c. Recognition of two families in the order: Nestoridae (Nestor and Strigops) and Psittacidae (with remaining Psittaciformes, including representatives of the former family Cacatuidae).

Foi realizado um estudo das relações filogenéticas de Stygarctidae e Digitopoda (Tardigrada, Archaeotardigrada, Macrocephala) seguindo-se os princípios e métodos henniguianos. Foram selecionados na literatura os caracteres morfológicos utilizados para os dois grupos: 61 caracteres (43 binários e 18 multiestado) para 17 táxons terminais, de Stygarctidae, ao nível de espécie, e 40 caracteres (31 binários e 9 multiestado) para 10 táxons superiores de Digitopoda. As análises manuais produziram cladogramas totalmente resolvidos com 101 passos evolutivos e índice de consistência 0,86 para Stygarctidae, e 79 passos evolutivos e índice de consistência 0,63 para Digitopoda. Também foram feitas análises numéricas, com o auxílio do programa Hennig 86, comparando-se os resultados destas com as análises manuais. O algoritmo utilizado foi o mhennig*. O consenso de duas árvores de Stygarctidae apresentou topologia idêntica à do cladograma supracitado, com 98 passos evolutivos, índice de consistência 0,77 e índice de retenção 0,82. No caso de Digitopoda, o consenso de duas árvores apresentou uma topologia radicalmente diferente do resultado manual, com 66 passos evolutivos, índice de consistência 0,68 e índice de retenção 0,63. Também foram analisados dois caracteres multiestado, cada um com duas condições apomórficas, para três táxons terminais (nível de espécie) de Orzeliscinae. Neste caso, o cladograma obtido apresentou quatro passos evolutivos e índice de consistência 1. Stygarctidae foi mantido como táxon monofilético, apresentando a seguinte topologia entre os seus gêneros: ((Parastygarctus + Stygarctus) + ((Mesostygarctus + Pseudostygarctus) + Megastygarctides)). Digitopoda foi subdividido em dois táxons monofiléticos, apresentando a seguinte topologia: (Neostygarctus + (Neostygarctus + Batillipes + (Batillipes + (Halechiniscinae + Orzeliscinae) + ((Halechiniscinae + Orzeliscinae) + Dipodarctus + (Dipodarctus + (Floractinae + Tanarctinae))))) + Renaudarctus + (Renaudarctus + (Euclavarctinae + Styraconyxinae))). Halechiniscidae não é monofilético e Halechiniscinae é um táxon mais restrito, que inclui apenas Halechiniscus e Chrysoarctus. Orzeliscinae é redefinido de forma a incluir Paradoxipus, grupo-irmão de Opydorscus + Orzeliscus. Styraconyxinae inclui também Archechiniscus. Archechiniscinae não é válido. Neostygarctidae, Renaudarctidae, Neoarctidae e Megastygarctidinae foram eliminados do sistema de Tardigrada / Relationships among the subgroups of Stygarctidae and Digitopoda (Tardigrada, Archaeotardigrada, Macrocephala) were invetigated according to hennigian principles and methods. Morphological characters were selected from the literature for these two groups: 61 characters (43 binary and 18 multistate) for 17 species of Stygarctidae and 40 characters (31 binary and 9 multistate) for 10 major groups of Digitopoda. Manual analysis produced fully resolved cladograms with 101 evolutionary steps and consistency index = 0,86 for Stygarctidae, and 79 evolutionary steps and consistency index = 0,63 for Digitopoda. Numerical analysis were done using the software Hennig 86, for comparison with manual analysis. The algoritm mhennig* was used. The consensus tree of two Stygarctidae trees showed identical topology with the manual cladogram, with 98 evolutionary steps, consistency index = 0,77 and retention index = 0,82. The consensus tree of two Digitopoda trees showed a complete different topology from the manual cladogram, with 66 evolutionary steps, consistency index = 0,68 and retention index = 0,63. There were also analysed two multistate characters, each one with two apomorphic conditions, for three Orzeliscinae species. In this case, another fully resolved cladogram with four evolutionary steps and consistency index = 1 was obtained. Stygarctidae was maintained as a monophyletic taxon, showing the following system for its genera: ((Parastygarctus + Stygarctus) + ((Mesostygarctus + Pseudostygarctus) + Megastygarctides)). Digitopoda, branched into two monophyleitc taxa, showed the following system: (Neostygarctus + (Neostygarctus + Batillipes + (Batillipes + (Halechiniscinae + Orzeliscinae) + ((Halechiniscinae + Orzeliscinae) + Dipodarctus + (Dipodarctus + (Floractinae + Tanarctinae))))) + Renaudarctus + (Renaudarctus + (Euclavarctinae + Styraconyxinae))). Halechiniscidae is not a monophyletic taxon and Halechiniscinae is a more inclusive taxon comprising only Halechiniscus e Chrysoarctus. Orzeliscinae includes Paradoxipus, the sistergroup of Opydorscus + Orzeliscus. Styraconyxinae is monophyletic with the inclusion of Archechiniscus. Archechiniscinae is not valid. Neostygarctidae, Renaudarctidae, Neoarctidae and Megastygarctidinae are not supported in the system of the Tardigrada

Os gaviões buteoninos são aves pertencentes à família Accipitridae de distribuição cosmopolita, mas predominante na região Neotropical. Nas classificações mais tradicionais, os buteoninos incluem os gêneros Buteo, Busarellus, Buteogallus, Geranoaetus, Geranospiza, Harpyhaliaetus, Leucopternis e Parabuteo. Recentemente, dados moleculares agregaram a este subgrupo os gêneros Ictinia e Rosthramus, historicamente considerados como pertencentes a outro subgrupo da família, popularmente conhecido como kites. Neste trabalho, foi realizado um estudo da anatomia comparada do esqueleto craniano de representantes da família Accipitridae e, entre eles, amostrados os táxons historicamente relacionados aos buteoninos. Para tanto, foram analisados 98 esqueletos cranianos, totalizando 45 espécies de representantes da ordem Falconiformes, sendo selecionadas 34 como espécies terminais para as análises filogenéticas. Foram codificados 59 caracteres do esqueleto craniano para a construção da matriz, sendo esta posteriormente submetida à análise filogenética e otimização dos caracteres, de acordo com o princípio da parcimônia. Foram calculados diagramas de consenso estrito e de maioria e, em uma análise adicional, foram realizados procedimentos de ponderação sucessiva dos caracteres. Os resultados permitem o reconhecimento da subfamília Buteoninae sustentada por quatro sinapomorfias e composta pelos gêneros: Buteo, Geranoaetus, Buteogallus, Harpyhaliaetus Leucopternis e Parabuteo. Dessa maneira, o resultado aqui obtido é parcialmente discordante da maioria dos estudos moleculares sobre o grupo, uma vez que os gêneros Ictinia, Rosthramus e Geranospiza não aparecem como componentes deste clado, enquanto o gênero Busarellus mostra-se como o táxon mais basal do componente irmão de Buteoninae. / The buteonine hawks are members of the family Accipitridae with a worldwide distribution but mainly restricted to the Neotropics. Traditionally, the buteonine group has included the genera Buteo, Busarellus, Buteogallus, Geranoaetus, Geranospiza, Harpyhaliaetus, Leucopternis and Parabuteo. Recently, molecular data has indicated that two other genera, Ictinia and Rosthramus, should be incorporated in this subgroup, although historically these have been treated as representative of another family subgroup, commonly known as kites. A comparative anatomical study was made on the cranial skeleton of representatives of the family Accipitridae, including those taxa historically related to the buteonine hawks. A sample of 98 cranial skeletons of 45 species representative of the order Falconiformes was analysed, and 34 of these were selected as terminal species in the phylogenetic analyses. A total of 59 characters were used to construct a data matrix which was submitted to a phylogenetic analysis and character optimization according to the principle of parsimony. Strict and majority rule consensus trees were calculated, and in an additional analysis, successive weighting approaches were conducted. The results permit the recognition of the subfamily Buteoninae supported by four synapomorphies and comprising the genera: Buteo, Geranoaetus, Buteogallus, Harpyhaliaetus Leucopternis and Parabuteo. However, the analysis does not fully support the relationships indicated by the molecular data for the group, since the genera Ictinia, Rosthramus and also Geranospiza are excluded from this clade, while the genus Busarellus appears as the most basal taxon of the sister group to the Buteoninae.

A família Rallidae é representada por aves cosmopolitas popularmente conhecidas como saracuras, sanãs, carquejas, galinhas-d`água e frangos-d`água. Compreende cerca de 135 espécies distribuídas em 33 gêneros, dos quais 13 são monotípicos. As relações filogenéticas baseadas em caracteres morfológicos e dados moleculares indicam diferentes afinidades entre os membros da família, principalmente na posição dos gêneros Rallus, Porphyrio, Gallinula e Fulica. Neste estudo, focado em espécies Neotropicais da família, uma nova análise filogenética baseada em caracteres osteológicos é proposta. Uma amostra de 100 esqueletos de 13 gêneros e 31 espécies foi analisada. No total 50 caracteres foram codificados, dos quais 17 são cranianos e 33 pós-cranianos para a construção de uma matriz e subseqüente análise filogenética de acordo com o princípio da parcimônia. Foram calculados árvores de consenso estrito e consenso de maioria. A primeira gerou 151 árvores igualmente parcimoniosas com 99 passos. A análise com método de pesagem sucessiva dos caracteres obteve melhores resoluções entre as espécies amostradas. A topologia do cladograma permite a validade de determinados gêneros como entidades monofiléticas, como Rallus, Porphyrio, Aramides, Gallinula e Fulica. O posicionamento de Porphyrio como um ramo basal dentro da subfamília Rallinae foi suportado e suas relações interespecíficas demonstram que as espécies do Novo mundo são mais proximamente relacionadas do que P. porphyrio, permitindo a inclusão taxonômica de Porphyrula. A relação próxima entre as espécies do gênero Gallinula e Fulica foi corroborada, no entanto, G. melanops é um ramo basal do clado que inclui as espécies de Fulica, indicando que uma mudança taxonômica é necessária. A relação entre as espécies de Rallus e Pardirallus é distante e não suporta a inclusão das espécies de Pardirallus em Rallus. As maiores discordâncias da filogenia proposta em comparação com estudos moleculares referem-se à posição interna dos membros de Porphyrio e suas relações com outros gêneros / The family Rallidae is represented by cosmopolitan birds commonly known as wood-rails, crakes, coots, gallinules and swamp hens. It comprises around 135 species, distributed in 33 genera, of which 13 are monotypics. The phylogenetic relationships based on morphological characters and molecular parameters indicate different affinities among family species, mainly the position of the genera Rallus, Porphyrio, Gallinula and Fulica. In this study, focused on the Neotropical species of the family, a new phylogenetic analysis based on osteological characters is proposed. A sample of 100 skeletons of 13 genera and 31 species was analyzed. A total of 50 characters was codified, of which 17 were cranial and 33 post-cranial to provide a matrix construction and a subsequent phylogenetic analysis according to the principle of parsimony. A strict consensus and a majority rule consensus tree were calculated. The former generated 151 equally parsimonious trees with 99 steps. The successive weighting approach analyses of characters obtained better resolutions around the sampled species. The cladogram topology allows the acceptance of some genera as valid monophyletic groups, such as Rallus, Porphyrio, Aramides, Gallinula and Fulica. The position of Porphyrio as a basal branch within the subfamily Rallinae was supported and the interspecific relationships show that New World species were more closely related than P. porphyrio, allowing the taxonomic inclusion of Porphyrula. The close relationship between the species of Gallinula and Fulica was corroborated, but G. melanops is a basal branch of a clade that includes Fulica species, indicating that a taxonomic change is needed. The relationship of Rallus and Pardirallus is distant and so does not support the inclusion of Pardirallus species in Rallus. The major discordances of the proposed phylogeny in comparison with molecular studies concern the internal position of the Porphyrio members and their relationships with other genera.

Submitted by Biblioteca da Faculdade de Farmácia (bff@ndc.uff.br) on 2017-03-27T18:04:04Z No. of bitstreams: 1 Capett, Muniqui Scharamm [Dissertação, 2014].pdf: 1658363 bytes, checksum: 4be51a47b3655224f5200be235524e5d (MD5) / Made available in DSpace on 2017-03-27T18:04:04Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Capett, Muniqui Scharamm [Dissertação, 2014].pdf: 1658363 bytes, checksum: 4be51a47b3655224f5200be235524e5d (MD5) / Escherichia coli é o principal patógeno associado a infecções do trato urinário (ITU) em pacientes com câncer ginecológico. As taxas de resistência dessas bactérias às fluoroquinolonas parecem elevadas nessa população. O objetivo deste trabalho foi caracterizar geneticamente as cepas de E. coli obtidas de ITU de pacientes com câncer ginecológico, bem como estudar a resistência ao ciprofloxacino nestas cepas. Para tal, 77 cepas de E. coli resistentes e 38 sensíveis ao ciprofloxacino, foram avaliadas. A diversidade clonal das cepas foi determinada pela técnica de PFGE. A tipificação filogenética e a presença dos genes de virulência iucC, fyuA, hlyC e cnf1, foram avaliadas por PCR. O estudo da resistência ao ciprofloxacino foi realizado pela detecção dos genes qnrA, qnrB e qnrS, aac(6’)-Ib-cr, e qepA, utilizando PCR; e pelo sequenciamento dos genes da DNA Girase, gyrA e gyrB, e da Topoisomerase IV, parC e parE, em nove cepas resistentes, do grupo filogenético B2. Testes de Fisher ou Qui-quadrado foram utilizados para análise estatística. Os resultados demonstraram grande variação genética entre as cepas resistentes ao ciprofloxacino analisadas pelo PFGE, no entanto, o grupo filogenético B2 foi o prevalente, tanto na população resistente (46,8%) quanto na população de cepas sensíveis (65,8%) ao ciprofloxacino. As cepas sensíveis tiveram maior detecção dos genes hlyC, cnf1 e fyuA (p<0,0001; p<0,0001; p=0,0008, respectivamente). O grupo B2 apresentou maior número de genes de virulência e foi associado com a presença de fyuA (p= 0,0123) na população resistente, e cnf1 (p=0,0008) na população sensível. Dentre todas as cepas, hlyC (p= 0,0255), cnf1 (p=0,0003) e fyuA (p= 0,0004) foram mais presentes no grupo B2. Com relação à resistência ao ciprofloxacino, os genes qnrA e qepA não foram detectados e o gene qnrS foi encontrado em uma única cepa. Número maior de detecção (6/ 7,8%) deu-se com relação ao gene aac(6’)-Ib-cr; porém, a detecção do gene qnrB foi muito acima do esperado, sendo este gene encontrado em 26% das cepas resistentes e em 13,2% das cepas sensíveis. As mutações encontradas foram Ser-83-Leu e Asp-87-Asn em gyrA, Ser-80-Ile, Glu-84-Val e Glu-84-Lys em parC. O número de mutações não teve correlação direta com a concentração mínima inibitória (CMI) / Escherichia coli is the major pathogen associated with urinary tract infections (UTI) in patients with gynecological cancer. The resistant rates of these bacteria to fluoroquinolones seem to be high in this population. The aim of this study was to genetically characterize and study the resistance to ciprofloxacin in E. coli strains obtained from UTI patients with gynecological cancer. For this purpose, 77 ciprofloxacin-resistant and 38 ciprofloxacin-susceptible E. coli strains were evaluated. The clonal diversity of the strains was determined by PFGE. Phylogenetic typing and the presence of virulence genes iucC, fyuA, hlyC, cnf1, were analyzed by PCR. The study of resistance to ciprofloxacin was performed by detection of qnrA, qnrB, qnrS, aac(6’)-Ib-cr and qepA genes using PCR; and the sequencing of DNA Gyrase genes, gyrA and gyrB, and Topoisomerase IV, parC and parE in nine resistant strains of phylogenetic group B2. Fisher or Chi-square tests were used for statistical analysis. The results showed large genetic variation among the ciprofloxacin-resistant strains analyzed by PFGE, however, the phylogenetic group B2 was the most prevalent in both the ciprofloxacin-resistant (46.8%) and ciprofloxacin-susceptible (65.8%) population of strains. The ciprofloxacin-sensitive strains had a greater detection of hlyC, cnf1 and fyuA (p<0.0001; p<0.0001; p=0.0008, respectively). The phylogenetic group B2 had a greater number of virulence genes and it was associated with the presence of fyuA (p= 0.0123) in the resistant population, and cnf1 (p=0.0008) in the sensitive population. Among all strains, hlyC (p= 0.0255), cnf1 (p=0.0003) and fyuA (p= 0.0004) were more present in phylogenetic group B2. Regarding to the ciprofloxacin-resistance, the qnrA and qepA genes were not detected, the qnrS gene was found in just one (1.3%) strain. A higher number of detection (6/ 7,8%) was found with respect to the aac(6’)-Ib-cr gene; however, the detection of the qnrB gene gene was far higher than expected, with this gene being noticed in 26% of resistant strains and 13.2% of susceptible strains. The mutations found were Ser-83-Leu and Asp-87-Asn in gyrA, Ser-80-Ile, Glu-84-Val and Glu-84-Lys in ParC. The number of mutations had no direct correlation with the Minimum Inhibitory Concentration (MIC)