Submitted by Biblioteca da Faculdade de Farmácia (bff@ndc.uff.br) on 2017-03-27T18:04:04Z No. of bitstreams: 1 Capett, Muniqui Scharamm [Dissertação, 2014].pdf: 1658363 bytes, checksum: 4be51a47b3655224f5200be235524e5d (MD5) / Made available in DSpace on 2017-03-27T18:04:04Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Capett, Muniqui Scharamm [Dissertação, 2014].pdf: 1658363 bytes, checksum: 4be51a47b3655224f5200be235524e5d (MD5) / Escherichia coli é o principal patógeno associado a infecções do trato urinário (ITU) em pacientes com câncer ginecológico. As taxas de resistência dessas bactérias às fluoroquinolonas parecem elevadas nessa população. O objetivo deste trabalho foi caracterizar geneticamente as cepas de E. coli obtidas de ITU de pacientes com câncer ginecológico, bem como estudar a resistência ao ciprofloxacino nestas cepas. Para tal, 77 cepas de E. coli resistentes e 38 sensíveis ao ciprofloxacino, foram avaliadas. A diversidade clonal das cepas foi determinada pela técnica de PFGE. A tipificação filogenética e a presença dos genes de virulência iucC, fyuA, hlyC e cnf1, foram avaliadas por PCR. O estudo da resistência ao ciprofloxacino foi realizado pela detecção dos genes qnrA, qnrB e qnrS, aac(6’)-Ib-cr, e qepA, utilizando PCR; e pelo sequenciamento dos genes da DNA Girase, gyrA e gyrB, e da Topoisomerase IV, parC e parE, em nove cepas resistentes, do grupo filogenético B2. Testes de Fisher ou Qui-quadrado foram utilizados para análise estatística. Os resultados demonstraram grande variação genética entre as cepas resistentes ao ciprofloxacino analisadas pelo PFGE, no entanto, o grupo filogenético B2 foi o prevalente, tanto na população resistente (46,8%) quanto na população de cepas sensíveis (65,8%) ao ciprofloxacino. As cepas sensíveis tiveram maior detecção dos genes hlyC, cnf1 e fyuA (p<0,0001; p<0,0001; p=0,0008, respectivamente). O grupo B2 apresentou maior número de genes de virulência e foi associado com a presença de fyuA (p= 0,0123) na população resistente, e cnf1 (p=0,0008) na população sensível. Dentre todas as cepas, hlyC (p= 0,0255), cnf1 (p=0,0003) e fyuA (p= 0,0004) foram mais presentes no grupo B2. Com relação à resistência ao ciprofloxacino, os genes qnrA e qepA não foram detectados e o gene qnrS foi encontrado em uma única cepa. Número maior de detecção (6/ 7,8%) deu-se com relação ao gene aac(6’)-Ib-cr; porém, a detecção do gene qnrB foi muito acima do esperado, sendo este gene encontrado em 26% das cepas resistentes e em 13,2% das cepas sensíveis. As mutações encontradas foram Ser-83-Leu e Asp-87-Asn em gyrA, Ser-80-Ile, Glu-84-Val e Glu-84-Lys em parC. O número de mutações não teve correlação direta com a concentração mínima inibitória (CMI) / Escherichia coli is the major pathogen associated with urinary tract infections (UTI) in patients with gynecological cancer. The resistant rates of these bacteria to fluoroquinolones seem to be high in this population. The aim of this study was to genetically characterize and study the resistance to ciprofloxacin in E. coli strains obtained from UTI patients with gynecological cancer. For this purpose, 77 ciprofloxacin-resistant and 38 ciprofloxacin-susceptible E. coli strains were evaluated. The clonal diversity of the strains was determined by PFGE. Phylogenetic typing and the presence of virulence genes iucC, fyuA, hlyC, cnf1, were analyzed by PCR. The study of resistance to ciprofloxacin was performed by detection of qnrA, qnrB, qnrS, aac(6’)-Ib-cr and qepA genes using PCR; and the sequencing of DNA Gyrase genes, gyrA and gyrB, and Topoisomerase IV, parC and parE in nine resistant strains of phylogenetic group B2. Fisher or Chi-square tests were used for statistical analysis. The results showed large genetic variation among the ciprofloxacin-resistant strains analyzed by PFGE, however, the phylogenetic group B2 was the most prevalent in both the ciprofloxacin-resistant (46.8%) and ciprofloxacin-susceptible (65.8%) population of strains. The ciprofloxacin-sensitive strains had a greater detection of hlyC, cnf1 and fyuA (p<0.0001; p<0.0001; p=0.0008, respectively). The phylogenetic group B2 had a greater number of virulence genes and it was associated with the presence of fyuA (p= 0.0123) in the resistant population, and cnf1 (p=0.0008) in the sensitive population. Among all strains, hlyC (p= 0.0255), cnf1 (p=0.0003) and fyuA (p= 0.0004) were more present in phylogenetic group B2. Regarding to the ciprofloxacin-resistance, the qnrA and qepA genes were not detected, the qnrS gene was found in just one (1.3%) strain. A higher number of detection (6/ 7,8%) was found with respect to the aac(6’)-Ib-cr gene; however, the detection of the qnrB gene gene was far higher than expected, with this gene being noticed in 26% of resistant strains and 13.2% of susceptible strains. The mutations found were Ser-83-Leu and Asp-87-Asn in gyrA, Ser-80-Ile, Glu-84-Val and Glu-84-Lys in ParC. The number of mutations had no direct correlation with the Minimum Inhibitory Concentration (MIC)

Orientador: Vera Lúcia Mores Rall / Resumo: A mastite bovina é uma inflamação da glândula mamária, geralmente ocasionada por micro-organismos, que causa grandes prejuízos às fazendas leiteiras, devido ao uso de medicamentos, pagamento aos médicos veterinários, descarte de leite e até do animal e a Escherichia coli é o principal agente etiológico causador da forma clínica dessa doença. Neste trabalho, foram pesquisados genes para a classificação de E. coli diarreiogênica (DEC) ou de E. coli patogênica extra-intestinal (ExPEC), dentro dos grupos filogenéticos, além de genes que codificam fatores de virulência e resistência aos antimicrobianos. Também foram realizados testes de quantificação de produção de biofilme e produção de beta-lactamase de espectro estendido (ESBL). Entre os 161 isolados, dois (1,2%) foram classificados como DEC. Considerando-se os genes pesquisados, os mais frequentes foram fimH (160 = 99,3%), traT (126 = 78,3%), ecpA (108 = 67%) e ompT (60 = 37,3%). Em relação aos grupos filogenéticos, a maioria foi classificada nos grupos B1 (52,8%) e A (36,6%). Quanto à produção de biofilme, 68 (42,2%) foram classificadas como não produtoras, 80 (49,7%) como fracas, 11 (6,8%) como moderadas e apenas duas (1,2%) foram fortes produtoras. Apenas dois (1,2%) isolados apresentaram positividade no teste fenotípico de ESBL, com a presença do gene blaCTX-M-15. Considerando-se outros genes de resistência, blaTEM foi encontrado em sete (4,3%) isolados e blaSHV em um (0,6%). Os dois (1,2%) isolados escN+ apresentaram padr... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: Bovine mastitis is an inflammation of the mammary gland, usually caused by microorganisms, which causes great damage to dairy farms, due to the use of medicines, payment to veterinarians, disposal of milk and even the animal and Escherichia coli is the main etiologic agent that causes the clinical form of this disease. In this study, genes were searched for the classification of diarrhogenic E. coli (DEC) or extra-intestinal pathogenic E. coli (ExPEC), within the phylogenetic groups, in addition to genes that encode virulence factors and resistance to antimicrobials. Quantification tests of biofilm production and production of extended spectrum beta-lactamase (ESBL) were also performed. Among the 161 isolates, two (1.2%) were classified as DEC. Considering the researched genes, the most frequent were fimH (160 = 99.3%), traT (126 = 78.3%), ecpA (108 = 67%) and ompT (60 = 37.3%). Regarding phylogenetic groups, most were classified in groups B1 (52.8%) and A (36.6%). As for the production of biofilm, 68 (42.2%) were classified as non-producing, 80 (49.7%) as weak, 11 (6.8%) as moderate and only two (1.2%) were strong producers. Only two (1.2%) isolates were positive in the ESBL phenotypic test, with the presence of the blaCTX-M-15 gene. Considering other resistance genes, blaTEM was found in seven (4.3%) isolates and blaSHV in one (0.6%). The two (1.2%) escN+ isolates showed a “localized-like” adhesion pattern in HeLa cells and their potential to induce attaching/effacing lesio... (Complete abstract click electronic access below) / Mestre

Mémoire numérisé par la Division de la gestion de documents et des archives de l'Université de Montréal.

Mémoire numérisé par la Division de la gestion de documents et des archives de l'Université de Montréal

Introdução. A pesquisa de Escherichia coli em alimentos é relevante para a Saúde Pública porque indica a contaminação fecal e a qualidade do produto oferecido ao consumidor. A determinação do grupo filogenético e de fatores de virulência de E. coli permite identificar a existência de cepas patogênicas que poderiam causar doença. Objetivos: Determinar o grupo filogenético e fatores de virulência de isolados de E. coli pertencentes aos patotipos ETEC, EIEC, EPEC, STEC e EAEC usando métodos moleculares, obtidos de amostras de queijo Minas, discutir a presença dos patotipos nas amostras e o significado para Saúde Pública. Métodos. 250 isolados de Escherichia coli provenientes de 10 amostras de queijo Minas foram utilizados para a realização do estudo. O DNA genômico foi extraído e neste foi realizado a reação de PCR multiplex. Resultados. Os resultados demonstraram que dos 250 isolados, 93,2% foi classificado como grupo filogenético A, 3,2% como B1, 2,8% como B2 e 0,8% como D. Dos 250 isolados estudados, em 96,8% (242) foram encontrados fatores de virulência, sendo 91,6% de marcadores para ETEC, 0,4% para EPEC e 4,8% para EAEC. Conclusões. Houve predominância de fatores de virulência do patotipo ETEC e do grupo filogenético A. A presença de fatores de virulência indica que as amostras de queijo estavam contaminadas e poderiam causar doença, evidenciando a necessidade de medidas de controle efetivas por parte das autoridades sanitárias, bem como campanhas educativas / Introduction. The search of Escherichia coli in foods is relevant for the Public Health because it indicates the fecal contamination and the product quality offered to the consumer. The determination of phylogenetic group and virulence factors of E. coli, allows the identification of the existence of pathogenic strains that could cause disease. Objectives: Determine the phylogenetic group and the pathogenic of Escherichia coli belonging to the patotipos isolated occurrence ETEC, EIEC, EPEC, STEC and EAEC using molecular methods obtained from Minas cheese samples, to discuss the presence of the patotipos in the samples and the meaning for Public Health. Methods. 250 isolates of Escherichia coli from 10 Minas cheese samples was used for the accomplishment of the study. Genomic DNA was extracted and in this the multiplex reaction PCR was accomplished. Results. The results demonstrated that the isolates 250, 93.2% were classified as phylogenetic group A, 3.2% as B1, 2.8% as B2 and 0.8% as D. Of the isolates 250 studied, in 96.8% (242) were found virulence factors, being 91.6% of markers for ETEC, 0.4% for EPEC and 4.8% for EAEC. Conclusions. There was predominance to virulence factors of the patotipo ETEC and the phylogenetic group A. The presence of virulence factors indicates that the cheese samples were contaminated and they could cause disease, 11 put in evidence the need of effective control measures on the part of the sanitary authorities, as well as educational campaigns.

Introdução. A pesquisa de Escherichia coli em alimentos é relevante para a Saúde Pública porque indica a contaminação fecal e a qualidade do produto oferecido ao consumidor. A determinação do grupo filogenético e de fatores de virulência de E. coli permite identificar a existência de cepas patogênicas que poderiam causar doença. Objetivos: Determinar o grupo filogenético e fatores de virulência de isolados de E. coli pertencentes aos patotipos ETEC, EIEC, EPEC, STEC e EAEC usando métodos moleculares, obtidos de amostras de queijo Minas, discutir a presença dos patotipos nas amostras e o significado para Saúde Pública. Métodos. 250 isolados de Escherichia coli provenientes de 10 amostras de queijo Minas foram utilizados para a realização do estudo. O DNA genômico foi extraído e neste foi realizado a reação de PCR multiplex. Resultados. Os resultados demonstraram que dos 250 isolados, 93,2% foi classificado como grupo filogenético A, 3,2% como B1, 2,8% como B2 e 0,8% como D. Dos 250 isolados estudados, em 96,8% (242) foram encontrados fatores de virulência, sendo 91,6% de marcadores para ETEC, 0,4% para EPEC e 4,8% para EAEC. Conclusões. Houve predominância de fatores de virulência do patotipo ETEC e do grupo filogenético A. A presença de fatores de virulência indica que as amostras de queijo estavam contaminadas e poderiam causar doença, evidenciando a necessidade de medidas de controle efetivas por parte das autoridades sanitárias, bem como campanhas educativas / Introduction. The search of Escherichia coli in foods is relevant for the Public Health because it indicates the fecal contamination and the product quality offered to the consumer. The determination of phylogenetic group and virulence factors of E. coli, allows the identification of the existence of pathogenic strains that could cause disease. Objectives: Determine the phylogenetic group and the pathogenic of Escherichia coli belonging to the patotipos isolated occurrence ETEC, EIEC, EPEC, STEC and EAEC using molecular methods obtained from Minas cheese samples, to discuss the presence of the patotipos in the samples and the meaning for Public Health. Methods. 250 isolates of Escherichia coli from 10 Minas cheese samples was used for the accomplishment of the study. Genomic DNA was extracted and in this the multiplex reaction PCR was accomplished. Results. The results demonstrated that the isolates 250, 93.2% were classified as phylogenetic group A, 3.2% as B1, 2.8% as B2 and 0.8% as D. Of the isolates 250 studied, in 96.8% (242) were found virulence factors, being 91.6% of markers for ETEC, 0.4% for EPEC and 4.8% for EAEC. Conclusions. There was predominance to virulence factors of the patotipo ETEC and the phylogenetic group A. The presence of virulence factors indicates that the cheese samples were contaminated and they could cause disease, 11 put in evidence the need of effective control measures on the part of the sanitary authorities, as well as educational campaigns.