Per estudiar els principals factors amb un efecte sobre el benestar de garrins i porcs de sacrifici transportats en condicions comercials espanyoles es van realitzar tres experiments, recollint informació relativa a l'efecte del viatge sobrela mortalitat, diferents variables sèriques, i d'integritat física i de la canal. La informació es va processar i es van obtenir els quatre articles que composen aquesta Tesis Doctoral. Independentment de l'edat el viatge va afectar elsporcs, amb majors nivells d'estrés a la descàrrega, segons les variables sèriques, en els viatges curts com a reflexe de la càrrega, i en els d'hivern. Els porcs de sacrifici, a més, van mostrar una pitjor recuperació després delsviatges curts i d'hivern. Atenent al risc de mortalitat la duració del viatge va resultar millor predictor del benestar que la distància. A la tardor es van obtenir pitjors resultats de mortalitat i integritat física en porcs de sacrifici. Una temperatura ambiental mitja elevada va incrementar el risc de mortalitat dels transports a escorxador, amb un efecte independent de la duració del viatge. Determinades pràctiques de maneig prèvies al transport com un dejú adequat, duracions prolongades de la càrrega, i la càrrega en una única granja van resultar beneficioses per als porcs. La planificació dels viatges segons les condiciones climàtiques i el descans previ al sacrifici, especialment a l'estiu, també van mostrar un efecte positiu. El sexe i la genètica dels porcs van modular l'efecte de la duració del viatge i de l'estació de l'any. La deshidratació va tendir a ser més alta en viatges llargs i a l'estiu. Considerar la temperatura mitja ambiental resulta imprescindible en la millora del benestar dels porcs transportats, millora que depèn en gran mesura del maneig que rebin els animals. / Para estudiar los principales factores con un efecto sobre el bienestar de lechones y cerdos de sacrificio transportados en condiciones comerciales españolas se realizaron tres experimentos, recogiendo información relativa alefecto del viaje sobre la mortalidad, distintas variables séricas, y de integridad física y de la canal. La información se procesó para obtener los cuatro artículos que componen esta Tesis Doctoral. Independientemente de la edad el viaje afectó a los cerdos, con unos mayores niveles de estrés a la descarga, según las variables séricas, en los viajes cortos como reflejo de la carga, y en los de invierno. Los cerdos de sacrificio, además, mostraron una peor recuperación después de los viajes cortos y de los de invierno. Atendiendo al riesgo de mortalidad la duración del viaje resultó mejor predictor del bienestar que la distancia. En otoño se obtuvo peores resultados de mortalidad e integridad física en cerdos de sacrificio. Una temperatura ambiental media elevada incrementó el riesgo de mortalidad en los transportes a matadero, con un efecto independiente de la duración del viaje. Determinadas pràcticas de manejo previas al transporte como un ayuno adecuado, duraciones prolongadas de la carga, y la carga en una única granja resultaron beneficiosas para los cerdos. La planificación de los viajes según las condiciones climáticas y el descanso previo al sacrificio, especialmente en verano, también mostraron un efecto positivo. El sexo y la genética de los cerdos modularon el efecto de la duración del viaje y de la estación del año. La deshidratación tendió a ser más alta en viajes largos y en verano. Considerar la temperatura media ambiental resulta imprescindible en la mejora del bienestar de los cerdos transportados, mejora que depende en gran medida del manejo que reciban los animales. / To study the main factors with an effect on the welfare of piglets and slaughter pigs transported under Spanish commercial conditions three experiments were performed, collecting information related to the effect of journey on mortality,different serum variables, and physical and carcass integrity. Information was processed to obtain the four papers in this Doctoral Thesis. Independently from the age journey affected pigs, showing higher stress levels at the unloading,according to serum variables, in short transports reflecting the effect of loading, and in winter transports. According to mortality risk, journey duration was a better welfare predictor than distance. The worst mortality and physical integrity results in slaughter pigs were obtained in autumn. High average environmental temperatures increased mortality risk in slaugher transports, independently from journey duration. Some previous to transport handling procedures such as an adequate fasting, prolongued loading durations, and loading pigs in one farm benefited pigs. Planning journeys according to climatic conditions, and resting previous to slaughter, particularly in summer, also showed a positive effect.Pig' sex and genetics modulated the effect of duration and season.Dehydration tended to be higher in prolongued journeys and in summer. Taking into account the average environmental temperature appears to be crucial if the welfare of transported pigs is to be improved. This improvement mainly depends on the handling provided to pigs.

La present Tesi Doctoral s’emmarca en una línia d’investigació del Departament de Producció Animal de la Universitat de Lleida, dedicada a la millora genètica de la qualitat de la carn en bestiar porcí, en particular del contingut i composició del greix intramuscular. La Tesi es composa de quatre estudis, centrant-se el primer d’ells en el desenvolupament d’un mètode per a determinar el contingut i composició del greix intramuscular a partir de biòpsies i mostres post-mortem petites amb les que després es puguin portar a terme estudis en disseny longitudinal. La metodologia proposada ha resultat útil, demostrant-se que, especialment per al contingut de greix intramuscular, els espècimens petits del múscul objectiu són tan informatius com mostres grans d’altres músculs. En el segon estudi s’ha investigat, mitjançant un experiment amb dades longitudinals obtingudes segons la metodologia descrita anteriorment, l’efecte de l’edat sobre el contingut i composició del greix intramuscular i subcutani al llarg del cicle d’engreix en porcs de raça Duroc. Es conclou que un retard en l’edat de sacrifici implica un augment del contingut de greix intramuscular i d’àcid oleic, tot i que això s’aconsegueix a expenses de disminuir la velocitat de creixement magre. Per altra part es demostra que el greix intramuscular i el greix subcutani tenen comportaments diferents de creixement i composició i que la quantitat de greix per si mateix també influeix en la seva composició. El que un porc sigui més gras de l’esperat a una edat determinada és degut, en el cas del greix intramuscular, a que ha augmentat el contingut de greix monoinsaturat, en especial d’olèic, mentre que, en el del greix subcutani a que s’ha incrementat el contingut de saturat. En els dos últims estudis s’examina si la variació al·lèlica en els gens IGF-1 (insulin-like growth factor-1) i LEP (leptina), així com la concentració de IGF-1 i leptina en plasma, s’associen amb el contingut i la composició del greix intramuscular i, en cas que així fos, si aquesta associació és funció de l’edat. Es posa en evidència que els polimorfismes moleculars estudiats no són neutrals en relació al contingut de greix intramuscular, però també que els seus efectes no són constants al llarg del període de creixement. En aquest sentit, tant l’edat com l’estat d’engrassament poden modificar-los. / La presente Tesis Doctoral se emmarca en una línea de investigación del Departamento de Producción Animal de la Universidad de Lleida dedicada a la mejora genética de la calidad de la carne en porcino, en particular del contenido y la composición de la grasa intramuscular. La Tesis se compone de cuatro estudios, centrándose el primero de ellos en el desarrollo de un método para determinar el contenido y la composición de la grasa intramuscular a partir de biopsias y muestras post-mortem pequeñas con las que luego poder realizar estudios mediante diseños longitudinales. La metodología propuesta ha resultado útil, demostrándose que, especialmente para el contenido de grasa intramuscular, los especímenes pequeños del músculo objetivo son tan informativos como muestras grandes de otros músculos. En el segundo estudio se ha investigado mediante un experimento con datos longitudinales, obtenidos según la metodología descrita anteriormente, el efecto de la edad sobre el contenido y la composición de la grasa intramuscular y subcutánea durante el engorde de cerdos Duroc. Se concluye que un retraso en la edad de sacrificio comporta un aumento del contenido de grasa intramuscular y de ácido oleico, aunque ello se consigue a costa de disminuir la velocidad de crecimiento magro. Por otra parte, se demuestra que la grasa intramuscular y la grasa subcutánea tienen patrones distintos de crecimiento y composición y que la cantidad de grasa por sí misma influye en su composición. El que un cerdo sea más graso de lo esperado a una edad determinada es debido, en el caso de la grasa intramuscular, a que ha aumentado el contenido de grasa monoinsaturada, en especial de oleico, mientras que, en el de la subcutánea, a que se ha incrementado el de la saturada. En los dos últimos estudios se examina si la variación alélica en los genes IGF-1 (insulin-like growth factor-1) y LEP (leptina), así como la concentración de IGF-1 y leptina en plasma, se asocian con el contenido y la composición de la grasa intramuscular y, en caso de que así fuera, si tal asociación es función de la edad. Se constata que los polimorfismos moleculares estudiados no son neutrales respecto al contenido de grasa intramuscular, pero, también, que sus efectos no son constantes a lo largo del crecimiento. En este sentido, tanto la edad como el estado de engrasamiento pueden modificarlos. / This PhD is part of a line of research conducted in the Department of Animal Production of the Universitat de Lleida dedicated to the genetic improvement of pig meat quality, with particular reference to intramuscular fat content and composition. The PhD comprises four studies, with the first one focusing on the development of a method to jointly determine the content and composition of intramuscular fat from biopsies and small post-mortem samples and, in this way, to carry out studies with longitudinal data. It has been found that this particular methodology is useful and, in for intramuscular fat, small specimens of the target muscle are as informative as large samples of other muscles. In the second study the effect of age on the content and composition of the intramuscular and subcutaneous fat in the fattening period in Duroc pigs was investigated by an experiment using longitudinal data obtained following the methodology described above. It was concluded that a delay in the age of slaughter of the pig leads to an increase in intramuscular fat and oleic acid, although this comes at the cost of reducing the rate of lean growth. Moreover, it was proved that intramuscular and subcutaneous fat behaved differently in terms of fat accretion and composition and that the amount of fat itself affected composition. Whereas, for the intramuscular fat, values above the expected at a given age were because of increased monounsaturated fatty acid content, especially oleic acid, for the subcutaneous fat, they were due to the increased saturated fatty acid content. The final two studies considered whether allelic variation at the IGF-1 (insuline-like growth factor-1) and LEP (leptin) genes, as well as the concentration of IGF-1 and leptin in plasma, are associated to intramuscular fat content and composition and, if so, whether this is a function of age. It can be seen that the molecular polymorphisms studied are not neutral with regard to the content of intramuscular fat, but that their effects are not constant throughout the growing period. In this sense, both age and fatness can modify them.

Th.--Physiol. animale--Toulouse--I.N.P., 1985. N°: 25.

La production porcine utilisant des antibiotiques, il est primordial d'évaluer son impact sur la présence d'entérobactéries résistantes aux antibiotiques. L'objectif du projet était d'évaluer l'impact d'un traitement de chlortétracycline administré à des porcs trois semaines après le sevrage sur l'abondance des entérobactéries résistantes aux antibiotiques et sur leur contenu en gènes de résistance. Pour y répondre, 600 porcelets ont été séparés en deux groupes à l'entrée en pouponnière. Un groupe a reçu une alimentation supplémentée en chlortétracycline (660 mg/kg d'aliment) pendant 21 jours, alors que l'autre groupe a reçu une alimentation sans antibiotiques. Des échantillons de fèces et des frottis du groin ont été récoltés 16, 38, 45, 98 et 143 jours après le sevrage. Les entérobactéries totales ainsi que celles résistantes à la tétracycline, au cotrimoxazole ainsi qu'au céfotaxime ont été dénombrées. Un sous-ensemble d'entérobactéries a été isolé et testé pour sa susceptibilité à 24 antibiotiques. Le génome bactérien de certains isolats a été séquencé. L'abondance des entérobactéries totales ainsi que celles résistantes au cotrimoxazole étaient plus élevée 16 jours après le sevrage (P < 0,05). Les entérobactéries résistantes au céfotaxime étaient plus abondantes chez tous les porcs en engraissement (jours 98 et 143; P < 0,05). Le profil de résistance des isolats était différent selon le milieu de sélection et le type d'échantillon. Le contenu en gènes de résistance était similaire entre les deux groupes. Les gènes tetA et tetB étaient les déterminants de la résistance à la tétracycline les plus prévalent et ont été identifiés sur des plasmides à proximité d'autres gènes de résistance. L'administration de chlortétracycline en pouponnière n'a pas eu d'impact significatif, sauf pour l'abondance des entérobactéries fécales résistantes au céfotaxime en période de finition. Il est tout de même primordial d'utiliser tous les antibiotiques judicieusement en raison du potentiel de co-sélection de résistances. / Since swine industry uses antibiotics, it is primary to assess the impact of this use on the presence of antibiotic-resistant enterobacteria. The aim of this study was to evaluate the impact of a chlortetracycline treatment given to pigs three weeks after weaning on the abundance of enterobacteria and their antibiotic resistance genes content. To achieve this goal, 600 weaners were split into two groups when arriving in nursery. One group was fed, for 21 days, a diet supplemented with chlortetracycline (660 mg/kg of feed), while the other group received an antibiotic-free diet. Samples of feces and swabs of snouts were collected 16, 38, 45, 98 and 143 days after weaning. Total enterobacteria as well as tetracycline-, co-trimoxazole- and cefotaxime-resistant enterobacteria from samples were counted. A subset of enterobacteria was isolated and tested for its susceptibility to 24 antibiotics. Some of those enterobacteria isolates were whole-genome sequenced. Abundance of total enterobacteria as well as co-trimoxazole-resistant enterobacteria was higher 16 days after weaning (P < 0.05). Cefotaxime-resistant enterobacteria were more abundant for all pigs in fattening (days 98 and 143; P < 0.05). Antibiotic resistance profiles of the isolates were different according to the selection medium used and the sample type. The content of antibiotic resistance genes was similar between both groups. tetA and tetB genes were the most prevalent determinants for tetracycline resistance and were identified on plasmids near other antibiotic resistance genes. The administration of in-feed chlortetracycline in nursery pigs did not have a significant impact, except for the abundance of fecal cefotaxime-resistant enterobacteria found in finishing phase. It is still primary to use all antibiotics wisely since there are risks for co-selection of resistance.

Actinobacillus pleuropneumoniae et Streptococcus suis sont des bactéries pathogènes entraînant des maladies porcines mortelles et des pertes économiques importantes dans l’industrie porcine mondiale. Ces bactéries sont notamment reconnues pour leur implication dans certaines maladies pulmonaires porcines, dont la pneumonie, et leurs mécanismes de pathogénicité ne sont pas parfaitement élucidés. De ce fait, nous nous sommes intéressés à l’activité de ces deux bactéries sur la barrière épithéliale de la trachée du porc, soit un modèle représentatif de la première ligne de défense des voies respiratoires supérieures du porc. Plus précisément, nous avons étudié la capacité d’A. pleuropneumoniae et de S. suis à induire une perte d’intégrité de la barrière épithéliale, à la traverser, et à induire une réponse inflammatoire. En considérant les cytokines pro-inflammatoires sécrétées par les cellules épithéliales en présence de ces bactéries pathogènes, les effets du TNF-α sur la barrière épithéliale ont également été analysés. Nous avons démontré qu’A. pleuropneumoniae, S. suis et le TNF-α sont aptes à induire des dommages importants à la barrière épithéliale et à permettre la translocation de ces bactéries pathogènes à travers cette barrière. Ces résultats suggèrent que la barrière épithéliale puisse représenter une cible thérapeutique contre les infections engendrées par les bactéries pathogènes environnantes afin de limiter leur capacité d’invasion. Pour ce faire, il serait nécessaire d’investiguer davantage les facteurs de virulence de ces bactéries contribuant à la perte d’intégrité de la barrière épithéliale des voies respiratoires supérieures du porc afin d’élaborer de potentiels thérapies ciblées inhibant leur pathogénicité

Tableau d’honneur de la Faculté des études supérieures et postdoctorales, 2003-2004 / La pomme de terre est une culture très exigeante en engrais phosphatés. Au Québec, elle est principalement cultivée dans des sols légers, acides, pauvres en matière organique et réputés pour leur pouvoir fixateur en phosphore très élevé. Dans cette étude, l'utilisation du LIOR, un lisier de porc bio-traité et déshydraté, a permis d'augmenter significativement l'efficacité des engrais phosphatés dans la culture de la pomme de terre tout en ayant l'avantage d'offrir un débouché intéressant pour les surplus de lisier de porc au Québec. C'est à partir de données recueillies lors d'essais de fertilisation réalisés de 1999 à 2002 dans les comtés de Portneuf et de Lotbinière et dans la région de Lanaudière, qu'un modèle de réponse de la pomme de terre aux différentes formulations minérales, organiques et organo-minérales à base de LIOR fut élaboré. À partir de ce modèle et des outils géostatistiques, une scénarisation de l'utilisation du LIOR à l'échelle du champ a amené une augmentation moyenne des rendements totaux de 2,4 Mg ha-1 dans la pomme de terre au-delà de l'erreur expérimentale déterminée dans les essais de fertilisation et dans le modèle de réponse.

Le développement des follicules, des ovocytes et des embryons sont des processus biologiques qui contrôlent la possibilité de devenir un organisme vivant. La maturation des ovocytes est un événement tout à fait unique avec deux divisions asymétriques, la méiose, mais également caractérisée par l'arrêt de la transcription et le stockage des transcrits et des protéines nécessaires au développement embryonnaire précoce. Comme nous le savons, le liquide folliculaire forme partie du micro environnement autour de l'ovocyte et influence la compétence de l'ovocyte. Cependant, la composition du liquide folliculaire peut changer sous divers statuts nutritionnels, tels que l'obésité chez l'homme et un bilan énergétique négatif chez les vaches et les truies. Ces modifications moléculaires du liquide folliculaire induites par les conditions métaboliques maternelles peuvent affecter la qualité des ovocytes, le développement embryonnaire et peuvent par la suite provoquer des troubles métaboliques et autres maladies chez les prochaines générations. Ces dernières années, de nouvelles études se sont concentrées sur les effets de contextes nutritionnels anormaux, p.ex., niveaux élevés d'acides gras non estérifiés (AGNE), sur les cellules de la granulosa, les cellules du cumulus, les ovocytes et le développement précoce de l'embryon chez diverses espèces, notamment chez l'homme, la souris et le bétail. Dans cette thèse, le porc a été utilisé comme modèle expérimental. Le porc est un excellent modèle pour étudier l'impact de la nutrition sur la fonction ovarienne chez l'homme, puisqu'il existe de nombreuses similitudes entre les porcs et l'homme telles que la physiologie digestive et la durée approximative de la maturation in vitro (IVM). En outre, les niveaux élevés d'AGNE induits par la nutrition existent également pendant la lactation chez les porcs. Enfin, les embryons de porc peuvent être générés in vitro et leur étude n'est pas soumise aux mêmes limitations éthiques que les humains. Pour mieux comprendre les effets de niveaux élevés d'AGNE au cours de la maturation des ovocytes chez le porc, des ovocytes porcins ont été exposés au milieu de maturation in vitro contenant une combinaison de niveaux élevés d'AGNE. Des puces à ADN ont été utilisées pour obtenir des informations globales sur les schémas transcriptomiques et de méthylation de l'ADN des blastocystes provenant des ovocytes exposés aux AGNE. Afin de mieux mimer un environnement folliculaire fonctionnel lors de la maturation, des ovocytes exposés aux AGNE ont été co-cultivés ou non avec des cellules de la granulosa porcine issues de follicules de taille moyenne (diamètre entre 3 et 5 mm). Pour capturer la réponse des cellules de la granulosa aux AGNE, les informations transcriptomiques des cellules de la granulosa co-cultivées ont également été étudiées. Le travail réalisé dans cette thèse nous a permis de mettre en évidence et d'expliquer les impacts de niveaux élevés d'AGNE folliculaires sur les blastocystes issus d'ovocytes exposés aux AGNE et les cellules de la granulosa co-cultivées. Les ovocytes exposés aux AGNE ont moins de potentiel de se développer en blastocystes, et les blastocystes dérivés ont montré une inflammation, plus d'apoptose, et des changements métaboliques des schémas transcriptomiques et de méthylation de l'ADN. La méthylation différente de l'ADN ouvre la possibilité de transmettre les impacts induits par les AGNE aux générations suivantes. Lorsque les voies affectées des blastocystes provenant d'ovocytes avec coculture de cellules de la granulosa ont été comparées à celles sans coculture, davantage de voies anti-inflammatoires ont été observées dans des conditions de coculture, suggérant le rôle protecteur des cellules de la granulosa dans la diminution des effets néfastes des AGNE sur les ovocytes. En examinant le transcriptome des cellules de la granulosa avec ou sans AGNE, nous avons observé que les cellules de la granulosa étaient capables d'atténuer les effets néfastes des AGNE sur les ovocytes par la régulation du métabolisme, des facteurs anti-inflammatoires et l'inhibition de la transition épithéliale-mésenchymateuse. Le dernier chapitre résume le métabolisme des acides gras dans les ovocytes, les cellules folliculaires et les embryons, et traite également des effets néfastes de l'exposition aux AGNE pendant la maturation in vitro sur les ovocytes, les cellules folliculaires et les embryons. Les informations dérivées des résultats mettent en évidence les effets néfastes des niveaux élevés d'AGNE dans le liquide folliculaire induits par l'état nutritionnel maternelle avec un aperçu global des schémas transcriptomiques et de méthylation de l'ADN chez les porcs. Ensuite, le rôle des cellules de la granulosa dans la protection des ovocytes envers l'environnement défavorable des acides gras en excès est proposé. Les connaissances acquises donnent une idée du métabolisme du niveau élevé d'acides gras dans les follicules et suggèrent l'importance d'une concentration appropriée d'acide gras pendant la folliculogenèse et la maturation des ovocytes. / The development of follicles, oocytes, and embryos are the biological processes that control the possibility to become a living organism. The oocyte maturation is a quite unique event with two asymmetric cleavages, the meiosis, but also characterized by the arrest of transcription and the storage of transcripts and proteins required for early embryonic development. As we know, the follicular fluid is part of the microenvironment surrounding the oocyte and influences the oocyte competence. However, the composition of follicular fluid may change under various nutrition statuses, such as obesity in humans and negative energy balance in cows and sows. These maternal metabolic conditions induce follicular fluid changes may affect oocyte quality, embryonic development, and subsequently cause metabolic problems and diseases in the next generations. In recent years, new studies focused on the effects of abnormal nutrition contexts, e.g., elevated levels of non-esterified fatty acids (NEFAs), on granulosa cells, cumulus cells, oocytes, and early embryo development in various species including humans, mice, and cattle. In this thesis, the pig was used as the experimental model. The pig is an excellent model to study the impacts of nutrition on human ovarian function since there are many similarities between pigs and humans, such as digestive physiology and approximate length of in vitro maturation (IVM). Besides, the nutrition-induced elevated levels of NEFA also exist during the lactation in pigs. Finally, porcine embryos can be generated in vitro and are not subjected to the same ethical limitations as human embryos. To better understand the effects of elevated levels of NEFAs during oocyte maturation in pigs, porcine oocytes were exposed to an in vitro maturation medium containing a combination of high level of NEFAs. Microarrays were used to draw global information of the transcriptomic and DNA methylation patterns of blastocysts originated from NEFAs' exposed oocytes. To better mimic a functional follicular environment during maturation, oocytes exposed to NEFAs were co-cultured or not with porcine granulosa cells from medium size follicles (diameter between 3 and 5 mm). To capture the response of granulosa cells to NEFAs, the transcriptomic information of the cocultured granulosa cells was also investigated. The work completed in this thesis allowed us to highlight and explain the impacts of elevated levels of follicular NEFAs on the blastocysts originated from NEFAs-exposed oocytes and the cocultured granulosa cells. NEFAs-exposed oocytes have less potential to develop into blastocysts, and the derived blastocysts showed inflammation, more apoptosis, and metabolic changes both in transcriptomic and DNA methylation patterns. The altered DNA methylation opens the possibility of transmitting the NEFAs-induced impacts to subsequent generations. When the affected pathways of blastocysts originated from oocytes cocultured with granulosa cells were compared to those without coculture, more anti-inflammatory pathways were observed in coculture condition, suggesting the protective role of granulosa cells in decreasing the detrimental effects of NEFAs on oocytes. Looking at the granulosa cell transcriptome with or without NEFAs, we observed that the granulosa cells were able to attenuate the adverse effects of NEFAs on oocytes through regulation of metabolism, anti-inflammatory factors, and inhibition of the epithelial-mesenchymal transition. The last chapter summarizes the metabolism of fatty acids in oocytes, follicular cells, and embryos, and also discusses the adverse impacts of exposure to NEFAs during IVM on oocytes, follicular cells, and embryos. The information derived from the results highlights the detrimental impacts of maternal nutrition-induced elevated NEFAs levels in follicular fluid with a global overview of the transcriptomic and DNA methylation patterns in pigs. Then the role of granulosa cells in protecting the oocytes from the adverse environment of excess fatty acids is proposed. The acquired knowledge provides the idea about the metabolism of the high level of fatty acids in follicles and suggests the importance of a suitable concentration of fatty acids during folliculogenesis and oocyte maturation.

Les chromosomes sont étudiés dans plusieurs domaines de la génétique. L'architecture chromosomique permet notamment de mieux comprendre l'évolution des espèces ou de documenter l'impact d'un réarrangement sur l'expression des phénotypes. Grâce aux analyses cytogénétiques, des anomalies chromosomiques ont été répertoriées et associées à une baisse de fertilité chez plusieurs espèces d'élevage dont le porc. La présence de ces aberrations au sein des verrats reproducteurs, dont la semence est largement disséminée, est problématique puisqu'elle peut induire des pertes économiques estimées à plus de 4,6M$ au Canada. Il semble donc important d'effectuer une analyse chromosomique rigoureuse avant leur entrée en service pour l'insémination. Plusieurs méthodes ont été développées pour effectuer des analyses cytogénétiques, mais peu offrent à la fois un faible coût, une bonne résolution et une simplicité d'analyse. Dans la dernière décennie, l'hybridation in situ en fluorescence utilisant des oligonucléotides a gagné en popularité. La première hypothèse présentée au sein de cet ouvrage est qu'il est possible d'utiliser ce type de marquage pour générer un patron de bandes fluorescentes afin d'évaluer l'intégrité des chromosomes tout en alliant simplicité, précision et faible coût d'analyse. Cette hypothèse a été validée au chapitre 2 par le développement d'une méthode qui a permis l'identification de cinq réarrangements chromosomiques grâce à 96 bandes fluorescentes marquant spécifiquement l'ensemble des chromosomes porcins. Une deuxième hypothèse soulevée est qu'il est possible d'adapter cette méthode pour assembler un génome au niveau chromosomique, pour détecter des erreurs d'assemblage et pour étudier l'évolution chromosomique entre espèces apparentées. Le chapitre 3 valide cette hypothèse par l'assemblage de 78% du génome de Rangifer tarandus au niveau chromosomique, la correction de six échafaudages génomiques et l'observation de réarrangements chromosomiques dans le processus évolutif de certains cervidés et bovidés. / Chromosomes are studied in several fields of genetics. The chromosomal architecture makes it possible to better understand the evolution of species or to document the impact of a rearrangement on the expression of phenotypes. Thanks to cytogenetic analyses, chromosomal abnormalities have been identified and associated with a decline in fertility in several livestock species, including pigs. The presence of these aberrations in nucleus herd boars, whose semen is widely disseminated, is problematic since it can induce economic losses estimated at more than $4.6M in Canada. It therefore seems important to carry out a rigorous chromosomal analysis before they enter service for insemination. Several methods have been developed to perform cytogenetic analyses, but few offer both low cost, good resolution and simplicity of analysis. In the last decade, fluorescence in situ hybridization using oligonucleotides has gained popularity. The first hypothesis presented in this work is that it is possible to use this type of labelling to generate a pattern of fluorescent bands in order to assess the integrity of chromosomes while combining simplicity, precision and low cost of analysis. This hypothesis was validated in chapter 2 by the development of a method which allowed the identification of five chromosomal rearrangements thanks to 96 fluorescent bands labelling specifically all the porcine chromosomes. A second hypothesis raised is that it is possible to adapt this method to assemble a genome build at the chromosome level, to detect assembly errors and to study chromosomal evolution between related species. Chapter 3 demonstrates the veracity of this hypothesis by the assembly of 78% of the Rangifer tarandus genome at the chromosome level, the correction of six genomic scaffolds and the observation of chromosomal rearrangements in the evolutionary process of certain cervids and bovids.

Ces dernières années, la structure du secteur porcin du Québec a connu des changements notables avec une prise d’ampleur des modes de coordination verticale étroits. Dans le secteur porcin en général, des études évoquent les risques de marché comme principales raisons pouvant justifier une tendance à la contractualisation. Le secteur porcin québécois qui est intégré au marché nord-américain est un preneur de prix et n’échappe pas aux effets des variations de prix sur ce marché. Dans ce contexte, notre étude cherche à identifier les principaux modes de coordination verticale au sein de l’industrie porcine du Québec ainsi que les principaux risques qui menacent les producteurs puis évaluer l’effet des risques de marché sur le choix de mode de coordination vertical. Pour ce faire, nous avons exploité des données secondaires et interrogé les producteurs via des enquêtes web et téléphoniques. Les enquêtes ont concerné des producteurs sous contrat et des producteurs indépendants. Suite à des analyses descriptives et une régression logistique, les principaux résultats de notre recherche révèlent que toutes les catégories de producteurs de porcs du Québec perçoivent les risques de fluctuation des prix des grains et du porc comme des risques majeurs qui affectent leurs activités. Cependant, leurs choix de modes de coordination verticale sont significativement influencés par leurs niveaux d’aversion vis-à-vis de ces deux risques. Mots clés : Porc, risques de marché, coordination verticale, enquêtes, Québec.

La production porcine utilisant des antibiotiques, il est primordial d'évaluer son impact sur la présence d'entérobactéries résistantes aux antibiotiques. L'objectif du projet était d'évaluer l'impact d'un traitement de chlortétracycline administré à des porcs trois semaines après le sevrage sur l'abondance des entérobactéries résistantes aux antibiotiques et sur leur contenu en gènes de résistance. Pour y répondre, 600 porcelets ont été séparés en deux groupes à l'entrée en pouponnière. Un groupe a reçu une alimentation supplémentée en chlortétracycline (660 mg/kg d'aliment) pendant 21 jours, alors que l'autre groupe a reçu une alimentation sans antibiotiques. Des échantillons de fèces et des frottis du groin ont été récoltés 16, 38, 45, 98 et 143 jours après le sevrage. Les entérobactéries totales ainsi que celles résistantes à la tétracycline, au cotrimoxazole ainsi qu'au céfotaxime ont été dénombrées. Un sous-ensemble d'entérobactéries a été isolé et testé pour sa susceptibilité à 24 antibiotiques. Le génome bactérien de certains isolats a été séquencé. L'abondance des entérobactéries totales ainsi que celles résistantes au cotrimoxazole étaient plus élevée 16 jours après le sevrage (P < 0,05). Les entérobactéries résistantes au céfotaxime étaient plus abondantes chez tous les porcs en engraissement (jours 98 et 143; P < 0,05). Le profil de résistance des isolats était différent selon le milieu de sélection et le type d'échantillon. Le contenu en gènes de résistance était similaire entre les deux groupes. Les gènes tetA et tetB étaient les déterminants de la résistance à la tétracycline les plus prévalent et ont été identifiés sur des plasmides à proximité d'autres gènes de résistance. L'administration de chlortétracycline en pouponnière n'a pas eu d'impact significatif, sauf pour l'abondance des entérobactéries fécales résistantes au céfotaxime en période de finition. Il est tout de même primordial d'utiliser tous les antibiotiques judicieusement en raison du potentiel de co-sélection de résistances. / Since swine industry uses antibiotics, it is primary to assess the impact of this use on the presence of antibiotic-resistant enterobacteria. The aim of this study was to evaluate the impact of a chlortetracycline treatment given to pigs three weeks after weaning on the abundance of enterobacteria and their antibiotic resistance genes content. To achieve this goal, 600 weaners were split into two groups when arriving in nursery. One group was fed, for 21 days, a diet supplemented with chlortetracycline (660 mg/kg of feed), while the other group received an antibiotic-free diet. Samples of feces and swabs of snouts were collected 16, 38, 45, 98 and 143 days after weaning. Total enterobacteria as well as tetracycline-, co-trimoxazole- and cefotaxime-resistant enterobacteria from samples were counted. A subset of enterobacteria was isolated and tested for its susceptibility to 24 antibiotics. Some of those enterobacteria isolates were whole-genome sequenced. Abundance of total enterobacteria as well as co-trimoxazole-resistant enterobacteria was higher 16 days after weaning (P < 0.05). Cefotaxime-resistant enterobacteria were more abundant for all pigs in fattening (days 98 and 143; P < 0.05). Antibiotic resistance profiles of the isolates were different according to the selection medium used and the sample type. The content of antibiotic resistance genes was similar between both groups. tetA and tetB genes were the most prevalent determinants for tetracycline resistance and were identified on plasmids near other antibiotic resistance genes. The administration of in-feed chlortetracycline in nursery pigs did not have a significant impact, except for the abundance of fecal cefotaxime-resistant enterobacteria found in finishing phase. It is still primary to use all antibiotics wisely since there are risks for co-selection of resistance.