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This master's thesis focuses on search and structure prediction of quadruplexes in DNA sequences. Thesis also explains related terms that are important for understanding the function, properties and geometry of quadruplexes. Thesis describe physico-chemical and computational current methods, which possible to discover and structure prediction. This paper also explain the principle of molecular modelling, which was used in the final application. Design and implementation of the final algorithm are also part of this thesis.

Une littérature scientifique nourrie est consacrée aux processus élémentaires hétérogènes se produisant à l’interface gaz-solide en raison de leur rôle clé dans de nombreux domaines. Ainsi, l’interaction d’atomes et de molécules avec les surfaces revêt une importance primordiale dans l’étude de la catalyse hétérogène, la combustion, la corrosion, le stockage de l’hydrogène, l’industrie automobile et pétrolière, les interactions plasma/paroi dans le contexte du réacteur expérimental thermonucléaire (ITER), les technologies du spatial, la chimie atmosphérique et l’astrochimie, pour citer quelques exemples. Lorsqu'un atome ou une molécule entre en collision avec une surface, de nombreux processus élémentaires peuvent avoir lieu. Ils dépendent de nombreux facteurs tels que : l'énergie de collision du projectile, l'angle d'incidence sur la surface, la température de surface, l'état initial le des molécules, le transfert d'énergie entre la surface des projectiles, etc… Tous ces facteurs influencent fortement les mécanismes réactionnels et la dynamique de ces processus. Les expériences de faisceaux moléculaires permettent un contrôle toujours plus précis de l'état initial des réactifs associé à un caractérisation fine des produits de réactions. Cependant, dans la plupart des cas, ces observations expérimentales ne fournissent pas tous les détails qui nous permettent de décrire finement les mécanismes gouvernant les processus élémentaires étudiés. Par conséquent, l'élaboration de modèles théoriques devient essentielle pour en rationaliser la description. L'objectif principal de ce travail de thèse est de proposer une analyse de la dynamique de plusieurs processus élémentaires pouvant se produire sur une surface de W(100) en contact avec de l'hydrogène et de l'azote (diffusion inélastique de N2 et H2, l'adsorption dissociative et non dissociative de H2 et l'adsorption et l'absorption de H et N). Par rapport aux études antérieures, la nouveauté de ce travail réside dans la prise en compte des interactions à longue distance de type van der Waals, qui s’avèrent essentielles lorsqu'on souhaite atteindre un bon accord théorie expérience dans le régime des faibles énergies de collision. Les résultats sont comparés aux données expérimentales disponibles et aux résultats théoriques antérieurs. Des simulations de dynamique moléculaire quasi-classique sont réalisés à l'aide de surfaces d'énergie potentielle (PES) basées sur la théorie de la fonctionnelle de la densité, tenant compte d’interactions non locales, telles que les forces de van der Waals. La dissipation de l’énergie aux vibrations du réseau et aux excitations électroniques est prise en compte au moyen de modèles effectifs. / An important part of scientific literature is devoted to the heterogeneous elementary processes occurring at gas-solid interface due to their great importance and key role in many different domains and applications. Thus, interaction of gas atoms/molecules with surface reactions are of primary importance in the study of: heterogeneous catalysis, combustion of solid fuel and coal gasification, processes of corrosion, hydrogen storage in solid material, automotive and oil industry, plasma-wall interactions in the context of thermonuclear experimental reactor (ITER), atmospheric re-entries technologies and astrochemistry, to name some examples. When an atom or molecule impinges on a surface many different elementary processes can take place, which depends on factors such as: the collision energy of the projectile, the angle of incidence to the surface, the surface temperature, the initial state of the molecules, the transference of energy projectiles-surface, etc. All these factors determines the mechanisms of reaction and the dynamics of the processes. Experimental molecular beams (MB) and other experimental techniques are able to accurately control the initial state of the reactive and characterizing products of gas-surface reactions. However, in most of the case experimental techniques do not provide enough details about the mechanisms through which elementary processes occur. Consequently, theoretical models becomes essential to rationalize the description that in certain cases the experiments do not reach.The main goal of this thesis work is to propose an analyze of the dynamics of several elementary processes occurring on a W(100) surface, such as: the inelastic scattering of N2 and H2, the dissociative and non-dissociative adsorption of of H2 and the adsorption and absorption of H and N. Compared to previous studies, the novelty of this work resides in the taking into account of van der Waals long-distance interactions, which are essential to reach a good agreement between theoretical and experiment results, especially at low collision energy regime. To rationalize the non-adiabatic effects, the energy dissipation to lattice vibrations and electronic excitation are taken in to account by means of GLO and LDFA models respectively.

Diese Arbeit geht der Frage nach, ob sich durch die stattfindende Transformation zu einem kohlenstoffarmen Energiesystem in Deutschland auch Marktchancen für innovative Marktteilnehmer, insbesondere für Speicherbetreiber, herausbilden. Die ökonomischen Effekte, die in Energiesystemen mit hohen Anteilen an variablen erneuerbaren Energien (vEE) auftreten, können durch deren Integrationskosten gemessen werden. Die wissenschaftlichen Untersuchungen in Bezug auf den zusätzlichen Speicher- bzw. Flexibilitätsbedarf für ein solches Energiesystem setzen häufig bei den Ungleichgewichten in der Systembilanz an. Den jeweiligen Methoden liegen jedoch unterschiedliche Annahmen und Rahmenbedingungen zu Grunde, sodass die Ergebnisse nur eingeschränkt miteinander verglichen werden können. Der stündlich schwankende Großhandelspreis an der Strombörse ist ein wichtiger Indikator, um den Flexibilitätsbedarf zu signalisieren. Viele Analysen legen historische oder auch prognostizierte Preiszeitreihen für eine Bewertung von Speicheroptionen zu Grunde. Jedoch wird dabei die Rückkopplung der Betriebsweise eines Energiespeichers auf die Marktpreise außen vor gelassen. In dieser Arbeit wird deshalb eine Methode entwickelt, um den Einfluss eines steigenden Marktvolumens an Speichern und anderen Flexibilitätsoptionen auf die Spotmarktpreise abzuschätzen. Untersucht wird der Einfluss des Speichereinsatzes auf die Stromnachfrage und die Spotmarktpreise in 2020 sowie 2030. Die hierfür zu definierenden Szenarien für den Strommarkt werden modellgestützt abgebildet und ausgewertet. Für die Beantwortung der Fragestellung werden techno-ökonomische Modelle, z.B. das Strommarktmodell MICOES zur Kraftwerkseinsatzplanung, das Modell DeSiflex zur Glättung der Residuallast durch integrierte Flexibilitätsoptionen sowie das Modell Arturflex zur Abschätzung der Arbitragegewinne durch Einsatz von Flexibilitätsoptionen am Spotmarkt, herangezogen.

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Mémoire numérisé par la Direction des bibliothèques de l'Université de Montréal. / Des creux d’interférence sont fréquemment observés dans les spectres d’absorption de complexes d’éléments de transition. Ces creux résultent de l’interaction entre des états électroniques excités de multiplicité de spin différente. Un modèle de puits de potentiel couplés pour les états électroniques est nécessaire pour l’analyse des spectres d’absorption. Une équation analytique, dérivée de ce modèle, permet de calculer les spectres d’absorption non-résolus. L’impact d’une variation de chaque paramètre sur l’allure des spectres calculés est présenté. Le calcul avec l’équation analytique de spectres d’absorption peu résolus de complexes du nickel(II) de coordination octaédrique reproduit bien la région du maximum de la bande et du creux. Les paramètres obtenus sont quantitatifs et ont une signification physique. Le modèle est aussi employé pour l’analyse des spectres avec des progressions vibroniques résolues, mais dont les différences entre progressions sont non-constantes. Les calculs numériques exacts reproduisent bien les écarts entre les maxima des progressions et leur intensité. / Interference dips are often observed in absorption spectra of transition metal complexes. These dips resuit from the interaction between excited states with different spin multiplicities. A mode! of coupled potential wells for the electronic states is required to analyse the absorption spectra. The pararneters of an analytical equation derived from this modet are varied individually. The analytical equation is used to calculate the unresolved absorption spectra of octahedral nickel(II) complexes. The calculated spectra reproduce well the experimental ones, especially in the regions of the dip and of the maximum of the band. The values for the parameters ohtained from the equation are physically relevant, quantitative and give precise information on excited-state properties for the complexes studied. Numerical calculations of absorption spectra showing resolved progressions with nonconstant energy intervals are done with the model and reproduce well the intervals between the maxima of the progression and their intensities.

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Potential energy surfaces are fundamental to materials simulation, providing acomprehensive landscape of the energy variations as a function of atomic positions within a system. These surfaces are crucial for understanding the behavior of materials at the atomic and molecular levels. By mapping out the potential energy surface, researchers can predict stable configurations, transition states, and thermodynamic and kinetic observables, essential for the design of novel materials. However, constructing accurate potential energy surfaces presents significant challenges due to the complexity constructing a potential with nearly the same accuracy of quantum mechanical calculations, the transferability to explore the high-dimensional space of atomic configurations, and the efficiency to be evaluated without the need for extensive computational resources. In this work, group theoretical irreducible derivativemethods are used to construct accurate Taylor series expansions of the potential energy surface. A new condition number optimized basis is developed which guarantees no amplification of error at the smallest computational cost allowed by group theory. Using this highly efficient method, the physics of the metal-insulator transition in LuNiO₃ is investigated within both a purely harmonic model and simplified anharmonic model, yielding reasonable and good agreement with the experimental phase transition temperature, respectively. Then the irreducible derivatives approach is used to benchmark the phonon anharmonicity of the several popular machine learning potentials: Gaussian approximation potentials, artificial neural network potentials, and graph neural network potentials. The benchmark indicated that the graph neural network potentials had the ability to accurate reproduce quantum mechanical derivatives up to 5th-order. Finally, insights from the benchmark are used to train an accurate graph neural network potential for strongly correlated UO₂ which yielded excellent agreement with quantum mechanical calculations and experiment. These methodological advancements underscore the potential of combining grouptheoretical approaches with cutting-edge machine learning techniques to enhance the precision and efficiency of materials simulations. By achieving high accuracy in modeling complex phenomena such as phase transitions and phonon anharmonicity, this work paves the way for future studies to not only explore the design of novel materials with unprecedented properties, but to design new machine learning techniques where group theory is built from the ground up.

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