Made available in DSpace on 2014-06-12T15:03:22Z (GMT). No. of bitstreams: 2 arquivo4508_1.pdf: 1458454 bytes, checksum: 0c53455d7cfc72d046c40e56f6e553e0 (MD5) license.txt: 1748 bytes, checksum: 8a4605be74aa9ea9d79846c1fba20a33 (MD5) Previous issue date: 2004 / Os fungos micorrízicos arbusculares formam associação simbiótica com a maioria das plantas. A partir de dados de SSU rDNA, esses fungos foram recentemente agrupados em um novo filo (Glomeromycota); no entanto, ainda existem lacunas acerca da sua classificação. Os objetivos desse trabalho foram: a) determinar as relações evolutivas em Glomeromycota a partir de dados morfológicos e moleculares, construindo árvores filogenéticas; b) propor novas hipóteses nas relações filogenéticas do grupo, bem como a utilização de outros genes, além do rDNA, na sua avaliação cladística; c) contribuir para o diagnóstico de espécies em Gigaspora; d) desenvolver chaves para identificação de espécies em Scutellospora. Seqüências parciais de LSU rDNA, bem como dados morfológicos foram usados na filogênese de Glomeromycota. As árvores obtidas indicaram que: o filo é monofilético, Paraglomeraceae é um grupo basal, Acaulosporaceae e Gigasporaceae estão unidos em um mesmo clado e Glomeraceae é polifilético, como descrito em trabalhos anteriores. Entretanto, apesar dos resultados suportarem a maioria dos dados mostrados por outros autores, outras espécies precisam ser avaliadas para determinação de grupos ainda não resolvidos no filo. Também foram analisadas seqüências de possíveis genes mitocondriais para avaliação filogenética de Gigaspora e ao menos uma das seqüências se mostrou filogenéticainformativa. Para facilitar o processo de identificação das espécies em Scutellospora, chaves dicotômicas foram construídas a partir de dados morfológicos. Além disso, um primer espécie-específico foi desenhado para G. albida, pois esta espécie tem sido, morfologicamente, confundida com outras (G. margarita e G. rosea), do mesmo gênero

En la tesis de licenciatura de Miguel Angel Merma Mora, autor de la presente investigación, se establece una interpretación algebraica de la lógica proposicional y del lenguaje predicativo monádico en un nivel básicamente intuitivo, ya que en esa investigación no interpreta algebraicamente los axiomas del cálculo lógico de primer orden. En esta tesis de maestría se interpreta algebraicamente cada uno de los seis axiomas de la lógica de primer orden, logrando con ello rigor y generalidad. También se establece que la interpretación funciona, tanto para la lógica proposicional, como para el lenguaje predicativo poliádico y se ofrece una buena cantidad de ejemplos ilustrativos. / Tesis

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Made available in DSpace on 2015-04-01T14:16:05Z (GMT). No. of bitstreams: 1 arquivototal.pdf: 2925990 bytes, checksum: c09f8e05395a813c660d9c2568ea71c5 (MD5) Previous issue date: 2014-08-15 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - CAPES / Legume lectins are historically recognized as carbohydrate-binding proteins, and this property is roughly linked to the majority of their biological activities, such as pro and antiinflamatory processes, apoptosis and mitogenic mechanisms. However, several studies have demonstrated the capability of these proteins to bind diverse other compounds, such as phytohormones and hydrophobic molecules, although the biological relevance of these interactions remains elusive. Many biological reactions involve proteins interactions with nucleic acids and the protein interaction with DNA plays a key role in the cellular regulation and all vital functions. In the present work, it is reported the crystal structure of ConM, a lectin isolated from Canavalia maritima seeds, in complex with Interleukine 1β primer. A cubic crystal, belonging to the F23 space group, was obtained by the diffusion vapor method and submitted to X-ray diffraction. In the structure, an electron density map corresponding to four nucleotides from the interleukin-1β primer was found in the interface of ConM non-canonical dimer. The nucleotides stabilization involves H-bonds and electrostatic forces with the amino acids His127, Ser110, Lys114, Ser190, Asp192, Thr194, His51 and Ser190. Based on these crystallographic results and in a molecular docking simulation, it is hypothesized that the lectin may function as a transcription factor, which could help us to understand some of their biological activities. / Lectinas de leguminosas são historicamente reconhecidas como proteínas de ligação a carboidratos e essa propriedade é ligada à maioria das suas atividades biológicas, tais como pró e antiinflamatórias, apoptose e mecanismos mitogênicos. No entanto, vários estudos demonstraram a capacidade destas proteínas de se ligarem a diversos outros compostos, tais como fitohormônios e moléculas hidrofóbicas, embora a relevância biológica destas interações permaneça indefinida. Muitas reações biológicas envolvem a interação de proteínas com ácidos nucleicos e a interação da proteína com o DNA desempenha um papel chave em toda a regulação celular e das funções vitais. No presente trabalho relatamos a estrutura cristalina da ConM, uma lectina isolada de sementes de Canavalia maritima, em complexo com o primer da Interleucina 1β. Um cristal cúbico, pertencente ao grupo espacial F23, foi obtido através do método da difusão de vapor e submetido à difração de raios X. Na estrutura, o mapa de densidade eletrônica correspondente a quatro nucleotídeos do primer da interleucina-1β foi encontrado na interface do dímero não-canônico. A estabilização dos nucleotídeos envolve pontes de hidrogênio e forças eletrostáticas com os aminoácidos His127, Ser110, Lys114, Ser190, Asp192, Thr194, His51 e Ser190. Com base nestes resultados cristalográficos e em uma simulação de docking molecular, é hipotetizado que a lectina pode funcionar como um fator de transcrição, o que poderia nos ajudar a entender algumas de suas atividades biológicas.

Made available in DSpace on 2014-12-17T14:56:06Z (GMT). No. of bitstreams: 1 KligerKFR.pdf: 1442515 bytes, checksum: b8c82b51681c5740727addb5f0eed20a (MD5) Previous issue date: 2005-04-04 / Coordena??o de Aperfei?oamento de Pessoal de N?vel Superior / It proposes a established computational solution in the development of a software to construct species-specific primers, used to improve the diagnosis of virus of plant for PCR. Primers are indispensable to PCR reaction, besides providing the specificity of the diagnosis. Primer is a synthetic, short, single stranded piece of DNA, used as a starter in PCR technique. It flanks the sequence desired to amplify. Species-specific primers indicate the well known region of beginning and ending where the polymerase enzyme is going to amplify on a certain species, i.e. it is specific for only a species. Thus, the main objective of this work is to automatize the process of choice of primers, optimizing the specificity of chosen primers by the traditional method / Prop?e-se uma solu??o computacional baseada no desenvolvimento de um software para construir primers esp?cie-espec?ficos, usados para melhorar o diagn?stico de viroses de planta por PCR. Primers s?o indispens?veis ? rea??o PCR, al?m de proporcionar a especificidade do diagn?stico. Um primer ? um fragmento de DNA sint?tico, curto e de fita simples, utilizado como um iniciador na t?cnica PCR que flanqueia a seq??ncia que se deseja amplificar. Primers esp?cie-espec?ficos s?o primers que s? indicam a regi?o bem conhecida de in?cio e t?rmino onde a enzima polimerase vai amplificar, de uma determinada esp?cie, ou seja, ? espec?fica para somente uma esp?cie. Assim, o objetivo principal deste trabalho ? automatizar o processo de escolha de primers, otimizando a especificidade dos primers escolhidos pelo m?todo tradicional

Abstrakt Bakgrund: Barn som drabbas med tumörer behöver genomgå strålbehandling. För att uppnå optimala behandlingsresultat krävs sederingar eller generella anestesi. Tidigare studier har indikerat att strålningsspecifika effekter påverkade kognitiva funktioner hos barn. Syfte: Karakterisera biomarkörer för skador orsakade av strålning och undersöka de neurotoxiska effekterna som uppstår vid hög exponering för gammastrålning. Metod: Del1: Design av 8 primrar för musgenerna Hes1, Hes5, Timp1, Aldh11l1 . RNA-pool används från fem olika grupper. QPCR-metoden används för att bestämma effektiviteten hos de 8 primrarna. Del2: Experimenten utfördes på NMRI-möss på postnatal dag 10. Genuttryck undersöktes för 5 kontrollgrupper och 5 exponerade grupper för hög dos gammastrålning 2Gy. DNA-extraktion utfördes på hippocampus och prefrontalcortex från mössens hjärna. qPCR-metoden används för att studera uppreglering och nedreglering av gener. Resultat: Effektiviteten för primrarna Hes 5 = 80%, Hes1:2= 93% vilket uppfyllde kriterierna 80–110%. Resultat för genererad nedreglering av BDNF i hippocampus och uppreglering av Hes 5 och Jagged-1 i prefrontal cortex, vilket visade en signifikant skillnad mellan gruppernas medelvärden. Däremot observerade ingen signifikant skillnad i uttrycket av generna Nrf2, Grin2, Jagged-1 i hippocampus. Slutsats: Strålningsdoser som används för att behandla hjärntumörer hos barn kan påverka hur vissa allmänna uttryck och leda till dynamiska förändringar i uttrycket som styr normal hjärnutveckling.

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The purpose of this study was to investigate the effects of a fluoride releasing orthodontic primer on demineralization adjacent to brackets. Twenty-two patients were recruited for this study. One premolar was randomly chosen as the experimental tooth, the contralateral tooth was the control. Teeth were visually analyzed for white spot lesions (WSLs). Knoop microhardness was used to determine hardness. Visual examination results showed no significant difference in the number of WSLs observed between Opal Seal and Transbond XT over the duration of this study. Solid conclusions could not be drawn from the results of microhardness testing. Therefore, it cannot be concluded that there is a difference in enamel hardness between Opal Seal and Transbond XT. However, prior to 90 days, teeth showed a significant difference in WSLs. Suggesting a protective effect of Opal Seal that diminished with time. Future studies are necessary to determine the clinical performance of this product.

Philosophiae Doctor - PhD / Sequencing an HIV quasispecies with next generation sequencing technologies yields a dataset with significant amplification bias and errors resulting from both the PCR and sequencing steps. Both the amplification bias and sequencing error can be reduced by labelling each cDNA (generated during the reverse transcription of the viral RNA to DNA prior to PCR) with a random sequence tag called a Primer ID (PID). Processing PID data requires additional computational steps, presenting a barrier to the uptake of this method. MotifBinner is an R package designed to handle PID data with a focus on resolving potential problems in the dataset. MotifBinner groups sequences into bins by their PID tags, identifies and removes false unique bins, produced from sequencing errors in the PID tags, as well as removing outlier sequences from within a bin. MotifBinner produces a consensus sequence for each bin, as well as a detailed report for the dataset, detailing the number of sequences per bin, the number of outlying sequences per bin, rates of chimerism, the number of degenerate letters in the final consensus sequences and the most divergent consensus sequences (potential contaminants). We characterized the ability of the PID approach to reduce the effect of sequencing error, to detect minority variants in viral quasispecies and to reduce the rates of PCR induced recombination. We produced reference samples with known variants at known frequencies to study the effectiveness of increasing PCR elongation time, decreasing the number of PCR cycles, and sample partitioning, by means of dPCR (droplet PCR), on PCR induced recombination. After sequencing these artificial samples with the PID approach, each consensus sequence was compared to the known variants. There are complex relationships between the sample preparation protocol and the characteristics of the resulting dataset. We produce a set of recommendations that can be used to inform sample preparation that is the most useful the particular study. The AMP trial infuses HIV-negative patients with the VRC01 antibody and monitors for HIV infections. Accurately timing the infection event and reconstructing the founder viruses of these infections are critical for relating infection risk to antibody titer and homology between the founder virus and antibody binding sites. Dr. Paul Edlefsen at the Fred Hutch Cancer Research Institute developed a pipeline that performs infection timing and founder reconstruction. Here, we document a portion of the pipeline, produce detailed tests for that portion of the pipeline and investigate the robustness of some of the tools used in the pipeline to violations of their assumptions.