Theses (Ph. D.)--Marshall University, 2006. / Title from document title page. Includes abstract. Document formatted into pages: contains xv, 153 p. Bibliography: p. 141-151.

Thesis (Ph.D.) - University of Queensland, 2005. / Includes bibliography.

Thesis (Ph. D.)--University of Florida, 2004. / Typescript. Title from title page of source document. Document formatted into pages; contains 149 pages. Includes vita. Includes bibliographical references.

Thesis (M. Res.)--University of Hong Kong, 2006.

Thesis (M.S.)--Duquesne University, 2005. / Title from document title page. Abstract included in electronic submission form. Includes bibliographical references (p. 100-110) and index.

Made available in DSpace on 2015-12-06T23:05:33Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2005 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / CAPES: BEX0612/02-2 / BV UNIFESP: Teses e dissertações

Made available in DSpace on 2015-12-06T23:05:43Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2005 / As infecções causadas por P. aeruginosa são freqüentemente de difícil tratamento devido à virulência e a resistência a vários antimicrobianos apresentados por este patógeno. Os carbapenens são geralmente o tratamento de escolha para infecções causadas por P. aeruginosa multirresistentes, porém, a resistência a estes compostos tem aumentado rapidamente, principalmente, devido ao surgimento de amostras produtoras de metalo-ß-lactamases. Os objetivos deste estudo foram: i) avaliar o perfil de sensibilidade a antimicrobianos das amostras de P. aeruginosa resistentes aos carbapenens isoladas de hospitais brasileiros; ii) avaliar a freqüência da produção de MPL entre as amostras de P. aeruginosa resistentes aos carbapenens; iii) avaliar o perfil de sensibilidade a antimicrobianos das amostras de P. aeruginosa produtoras de MβL pela técnica de microdiluição em caldo; iv) detectara presença dos genes biasSPM-1, blaIMP-1, blaVIM-1, e blaVIM-2 entre as amostras de P. aeruginosa produtoras de MßL; v) avaliar a presença de variantes alélicos do gene blasIPM-1, entre as amostras de P. aeruginosa produtoras da MPL do tipo SPM-1, e vi) avaliar a similaridade genética entre as amostras de P. aeruginosa resistentes aos carbapenens produtoras de MßL. Foram avaliadas 206 amostras de P. aeruginosa resistentes aos carbapenens isoladas entre 2001 e 2003, de 25 centros médicos. As 206 amostras foram testadas pelo método de disco-difusão. Os testes de sensibilidade foram realizados de acordo com a padronização do "National Committee for Clinical Laboratory Standards" (NCCLS). Os isolados resistentes aos carbapenens foram triados para a produção de metalo-ß-lactamases pelo teste de aproximação de discos utilizando dois inibidores enzimáticos (EDTA e ácido 2mercaptopropiônico). A produção de MßL foi confirmada pela metodologia do Etest® (fita Etest©MBL). Em seguida foi realizada a técnica de PCR para a pesquisa dos genes blaIMP-1, blaVIM-1, bIaVIM-2 e blaSPM-1. A avaliação da similaridade genética entre as amostras produtoras de MßL foi realizada pela técnica da ribotipagem automatizada e PFGE. Para fins comparativos, também foram selecionadas para análise da similaridade genéticaamostras não produtoras de MßL isoladas em centros médicos, que apresentavam amostras de P. aeruginosa produtoras de MPL. Altas taxas de resistência a maioria dos antimicrobianos foram observadas entre as amostras de P. aeruginosa resistentes aos carbapenes…(au). / Infections caused by Pseudomonas aeruginosa are often difficult to treat because of its virulence and antimicrobial resistance. Carbapenems are usually active against multiresistant P. aeruginosa, but resistant to these compounds has been increasing rapidly. High-level resistance to carbapenems is still uncommon in P. aeruginosa and is usually indicative of metallo-β-lactamases (MβL). The purpose of the study were to evaluate the antimicrobial susceptibility profiles of carbapenems resistant P. aeruginosa isolated from Brazilian Hospitals, were to detect the presence of gene blaSPM-1, blaIMP-1, blaVIM-1 e blaVIM-2 and to evaluate the genetic similarity of P. aeruginosa resistant to carbapenems. Were evaluated 206 P. aeruginosa resistant to carbapenems collected during 2001 – 2003 from 25 medical centers. Antimicrobial susceptibilities testing to selected agents were determined by disk diffusion to 206 strains. The suscepptibility testing were to using the reference “National Committee for Clinical Laboratory Standards” (NCCLS). Carbapenems resistant isolates were screened for MβL production by disk approximation test using 2 enzyme inhibitors (EDTA and 2-mercaptopropionic acid). The procedure was confirmed by Etest (Etest MBL strip) and also by PCR assays using the following primers blaIMP-1, blaVIM-1, blaVIM-2 e blaSPM-1. The genetic similarity was performed in MβL producers strains and one negative-MβL strains for medical centers by automated ribotyping and PFGE. High resistance rates to majority of the antimicrobial agents were demonstrated. The polymyxins were the most active antimicrobial agents evaluated with 100,0% of susceptibility rate to all strains. The MβL production was detected in 98 (47,6%) of 206 strains. The blaSPM-1 gene was detected in 82 strains (83,7%) and blaIPM-1 gene in 3 strains (16,3%). Thirteen isolates did not show PCR amplification for none of the primers used. The analysis of genetic similarity showed a clonal diversity among the 98 carbapenems-resistant strains (46 ribogroups). CONCLUSION: This study indicates high prevalence of MβL producing in carbapenems-resistant P. aeruginosa and clonal dissemination these microrganism to a wide geographic area of Brazil. / BV UNIFESP: Teses e dissertações

Publicación a texto completo no autorizada por el autor / Los ramnolípidos son una clase de biosurfactantes que presentan una gran variedad de aplicaciones, y entre las más importantes se encuentra el proceso de biorremediación mediante biodegradación y desintoxicación de efluentes industriales y en la eliminación de contaminantes de los suelos. El presente estudio se enfoca en la optimización de algunas fuentes inorgánicas para la producción de ramnolípidos por Pseudomonas aeruginosa 6K-11. En primer lugar se determinó la fuente óptima de nitrógeno, fósforo, calcio y hierro; siendo los compuestos de nitrato de sodio (NaNO3), Fosfato monopotásico (KH2PO4), Cloruro de calcio (CaCl2) y Sulfato de hierro (FeSO4), para cada fuente respectivamente. Posteriormente, el proceso para la producción de ramnolípidos fue optimizado usando el diseño experimental Box- Behnken. Los factores a tomar en cuenta fueron la proporción C/N, la proporción C/P, concentración de la fuente de calcio y la concentración de la fuente de hierro. La máxima producción de ramnolípidos fue 35,124 g/L después de 168 horas de fermentación con la proporción C/N de NaNO3 de 21,172, la proporción C/P de KH2PO4 de 16,279, 0,046 g/L de CaCl2 y 0,003 g/L de FeSO4. Los resultados de la presente investigación sugieren que la limitación nitrógeno y fósforo generan un mejor rendimiento de ramnolípidos, así como la aplicación de diseños experimentales es muy eficaz para determinar las condiciones óptimas de bioprocesos. / Tesis

OLIVEIRA, S.T. Uso do peptídeo sintético Lys-a1 no favorecimento da atividade antimicrobiana de ciprofloxacina contra Pseudomonas aeruginosa ATCC 9027. 2014. 89 f. Dissertação (MESTRADO EM BIOTECNOLOGIA) - Campus de Sobral, Universidade Federal do Ceará, Sobral, 2014. / Submitted by Djeanne Costa (djeannecosta@gmail.com) on 2017-09-01T13:21:48Z No. of bitstreams: 1 2014_dis_stdoliveira.pdf: 2487485 bytes, checksum: d0cf8dea8b60a03dcd5bf061b1c033af (MD5) / Approved for entry into archive by Djeanne Costa (djeannecosta@gmail.com) on 2017-10-03T14:48:16Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2014_dis_stdoliveira.pdf: 2487485 bytes, checksum: d0cf8dea8b60a03dcd5bf061b1c033af (MD5) / Made available in DSpace on 2017-10-03T14:48:16Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2014_dis_stdoliveira.pdf: 2487485 bytes, checksum: d0cf8dea8b60a03dcd5bf061b1c033af (MD5) Previous issue date: 2014 / Most microorganism lies embedded in communities called "biofilms". Among these stand out Pseudomonas aeruginosa, an opportunistic pathogen of plants, animals and humans, frequently associated with nosocomial infections difficult to be eradicated due to the presence of biofilm. The fluoroquinolone antibiotics such as ciprofloxacin (CIP) against this bacterium are used, however, the mechanism of resistance has been developed for this microorganism. Thus, new forms of microbial control have been the subject of numerous studies in order to replace or enhance conventional methods. For this purpose, antimicrobial peptides (AMPs) obtained from various living beings represent an alternative to the development of new drugs. Synthetic forms analogous to Hylin a1 AMP (Hy-a1), isolated from species Hypsiboas albopunctatus, has shown excellent antimicrobial efficacy, among which stand out the peptide Lys-[Trp6]hy-a1 (Lys-a1). Thus, the aim of this work was to verify the influence of the peptide Lys-a1 in antimicrobial activity of CIP against pathogenic microorganism Pseudomonas aeruginosa ATCC 9027. Minimum inhibitory concentration (MIC), minimum bactericidal concentration (MBC) and the curve death were determined to CIP and Lys-a1 separately. The influence of Lys-a1 in the antimicrobial activity of the CIP has been verified by the checkerboard method to quantify the biomass and the number of viable cells in biofilms by crystal violet staining and counting of colony forming units (CFU), respectively. The MIC and MBC values of Lys-a1 was 125 μg.mL-1 and the CIP was 0.24 and 0.48 μg.mL-1, respectively. The data showed that both the CIP as Lys-a1 are potent antibiotics against P. aeruginosa is able to inhibit both the planktonic growth and biofilm development. The interaction of substances interpreted by the fractional inhibitory concentration index (FICI) and showed an additive effect, establishing a decrease of 16 times the MIC and MBC of the CIP, when combined with the Lys-a1. This effect was also observed in the kinetics of death and antibiofilm activity. In conclusion, the additive effect of the Lys-a1 and CIP in antimicrobial activity suggests that the peptide has potential as a therapeutic agent and an adjuvant for the treatment of infectious diseases caused by P. aeruginosa can enable the use of lower concentrations of the antibiotic. / A maioria dos micro-organismos encontra-se integrados em comunidades denominadas “biofilme”. Dentre estes se destaca a Pseudomonas aeruginosa, um patógeno oportunista de vegetais, animais e humanos, frequentemente associado à infecções nosocomiais difíceis de serem erradicadas devido à presença de biofilme. Os antibióticos fluoroquinolonas, tais como a ciprofloxacina (CIP), são utilizados contra esta bactéria, entretanto, mecanismos de resistência vem sendo desenvolvidos por este micro-organismo. Assim, novas formas de controle microbiano têm sido alvo de inúmeras pesquisas a fim de substituir ou potencializar os métodos convencionais. Para esse fim, peptídeos antimicrobianos (AMPs) obtidos de diversos seres vivos representam uma alternativa para o desenvolvimento de novas drogas. Formas sintéticas análogas ao AMP Hilina a1 (Hy-a1), isolado da espécie Hypsiboas albopunctatus, tem demonstrado excelente eficácia antimicrobiana, dentre os quais se destacam o peptídeo Lys-[Trp6]hy-a1 (Lys-a1). Dessa forma, o objetivo deste trabalho foi verificar a influência do peptídeo Lys-a1 na atividade antimicrobiana de CIP contra o micro-organismo patogênico Pseudomonas aeruginosa ATCC 9027. A concentração inibitória mínima (CIM), a concentração bactericida mínima (CBM) e a curva de morte foram determinadas para a CIP e a Lys-a1, separadamente. A influência da Lys-a1 na atividade antimicrobiana da CIP foi verificada pela metodologia checkerboard com quantificação da biomassa e do número de células viáveis do biofilme através da coloração pelo cristal violeta e contagem de unidades formadoras de colônia (UFC), respectivamente. Os valores de CIM e CBM da Lys-a1 foi de 125 μg.mL-1, e para a CIP foi de 0,24 e 0,48 μg.mL-1, respectivamente. Os dados mostraram que tanto a CIP quanto a Lys-a1 são potentes antimicrobianos contra P. aeruginosa, sendo capazes de inibir tanto o crescimento planctônico como o desenvolvimento do biofilme. A interação das substâncias foi interpretada pelo índice de concentração inibitória fracional (ICIF) e mostrou um efeito aditivo, estabelecendo uma diminuição de 16 vezes da CIM e da CBM da CIP, quando combinada com a Lys-a1. Esta influência foi observada também na cinética de morte e na atividade antibiofilme. Em conclusão, o efeito aditivo entre a Lys-a1 e a CIP na atividade antimicrobiana sugere que o peptídeo tem potencial como um agente terapêutico e adjuvante para o tratamento de doenças infecciosas causadas por P. aeruginosa, podendo habilitar o uso de concentrações menores do antibiótico.

A presença de bactérias patogênicas com capacidade de formar biofilme nos dispositivos de uso médico constitui um dos principais problemas na saúde pública. O biofilme confere proteção contra os mecanismos de defesa do hospedeiro e ação dos antimicrobianos, aumentando a virulência e resistência dos micro-organismos. A erradicação deste tipo de biofilmes é uma das principais estratégias no tratamento de doenças infecciosas associadas a bactérias patogênicas. A erradicação pode ser feita com o uso de biomoléculas produto do metabolismo secundário de diferentes micro-organismos. O objetivo deste estudo foi procurar novas moléculas com o potencial de erradicar biofilmes patogênicos associados a implantes médicos a partir de bactérias associadas ao género Drosera usando como bactérias alvo os patógenos Pseudomonas aeruginosa e Staphylococcus epidermidis. Para isto, foram crescidos 193 isolados bacterianos associados à planta Drosera que cresce na região litoral de Nova Tramandaí (RS) no sul do Brasil. Do total de isolados bacterianos foram usados os 36 que apresentaram atividade proteolítica para a produção de sobrenadantes bioativos. Os sobrenadantes bioativos foram usados para testes de erradicação de biofilme usando placas de 96 poços e a técnica de Cristal Violeta nas duas bactérias alvo. Nove isolados bacterianos associados à Drosera apresentaram atividade de erradicação de biofilme por acima de 40%, três deles para P. aeruginosa e seis para S. epidermidis. Destes isolados foi escolhido o isolado com melhor atividade de erradicação para P. aeruginosa e foram realizados testes para determinação da concentração mínima de erradicação de biofilme, antiformação de biofilme, viabilidade celular e microscopia eletrônica de varredura junto com a identificação da bactéria por médio de genes 16S, bem como o fracionamento bioguiado do sobrenadante. Adicionalmente, o sobrenadante bioativo foi testado in vitro em um modelo de dispositivo médico (cateter). A bactéria Gram-positiva que apresentou maior atividade de erradicação em seu sobrenadante possui 99% de similaridade com o Bacillus pumilus. Esta atividade de erradicação de biofilme de P. aeruginosa, pode ser atribuída à presença de uma molécula o composto de aproximadamente 34 kDa. Esta biomolécula o composto pode constituir uma alternativa complementária ao uso dos antibióticos convencionais. A perspectiva de purificar e caracterizar esta biomolécula ou composto para P. aeruginosa permitirá estudar seu mecanismo de ação e o uso no tratamento deste biofilme patogénico na clínica. / The presence of pathogenic bacteria with the ability to form biofilm on medical devices is one of the major problems in public health. The biofilm protects against the host defense mechanisms and the action of antibiotics, increasing the virulence and resistance of microorganisms. The elimination of this type of biofilms is a main strategy in the treatment of infectious diseases associated with pathogenic bacteria. This elimination can be done by using biomolecules from the secondary metabolism product of different micro-organisms. The objective of this study was to look for new molecules with the potential to eradicate pathogenic biofilms associated with medical implants from bacteria associated with gender Drosera using bacteria as targets Pseudomonas aeruginosa and Staphylococcus epidermidis pathogens. For this, were grown 193 bacterial isolates associated with Drosera plant that grows in the coastal region of New Tramandaí (RS) in southern Brazil. Of total bacterial isolates were used which had 36 proteolytic activity for the production of bioactive supernatants. The bioactive supernatants were used for biofilm eradication tests using 96- well plates and Crystal Violet technique in both target bacteria. Then the supernatant with the best eradication activity to P. aeruginosa was chosen to determine the minimum concentration to eradicate biofilm, biofilm inhibition, cell viability and scanning electron microscopy together with the identification of the bacteria by means of 16S and bioguided the fractionation of the supernatant. Additionally, the bioactive supernatant was tested in an in vitro model using the clinical device. Nine bacterial isolates associated with Drosera showed biofilm eradication activity by over 40%, three for P. aeruginosa and six for S. epidermidis. The Gram-positive bacterium with 99% similarity to the Bacillus pumilus showed the best biofilm eradication activity to P. aeruginosa capacity allocated to the presence of a molecule composed of approximately 34 kDa. These biomolecules can be an alternative to complement the use of conventional antibiotics or the direct use of antibiotic activity is presented as the case of bioactive found for P. aeruginosa supernatant. The prospect of purify and characterize this biomolecule or compound to P. aeruginosa will allow us to study this mechanism of action and the use in the treatment of this pathogenic biofilm in the clinic.