La dernière génération de cartes à puce permet le téléchargement d'applications après leur mise en circulation. Outre les problèmes que cela implique, cette capacité d'extension applicative reste encore aujourd'hui bridée par un espace de stockage adressable restreint. La thèse défendue dans ce mémoire est qu'il est possible d'exécuter efficacement des applications stockées dans la mémoire non-adressable des cartes à puce, disponible en plus grande quantité, et ce, malgré ses temps de latences très longs, donc peu favorables a priori à l'exécution de code. Notre travail consiste d'abord à étudier les forces et faiblesse de la principale réponse proposée par l'état de l'art qu'est un cache. Cependant, dans notre contexte, il ne peut être implémenté qu'en logiciel, avec alors une latence supplémentaire. De plus, ce cache doit respecter les contraintes mémoires des cartes à puce et doit donc avoir une empreinte mémoire faible. Nous montrons comment et pourquoi ces deux contraintes réduisent fortement les performances d'un cache, qui devient alors une réponse insuffisante pour la résolution de notre challenge. Nous appliquons notre démonstration aux caches de code natif, puis de code et méta-données Java et JavaCard2. Forts de ces constats, nous proposons puis validons une solution reposant sur une pré-interprétation de code, dont le but est à la fois de détecter précocement les données manquantes en cache pour les charger à l'avance et en parallèle, mais aussi grouper des accès au cache et réduire ainsi l'impact de son temps de latence logiciel, démontré comme son principal coût. Le tout produit alors une solution efficace, passant l'échelle des cartes à puce.

Thèse doctorat : Traitement du signal et télécommunications : Rennes 1 : 2007. / Bibliogr. p. 129-134.

La mesure de performance est utilisée dans tous les systèmes informatiques pour garantir la meilleure performance pour le plus faible coût possible. L'établissement d'outils de mesures et de métriques a permis d'établir des bases de comparaison entre ordinateurs. Bien que le monde de la carte à puce ne fasse pas exception, les questions de sécurité occupent le devant de la scène pour celles-ci. Les efforts allant vers une plus grande ouverture des tests et de la mesure de performance restent discrets. Les travaux présentés ici ont pour objectif de proposer une méthode de mesure de la performance dans les plates-formes Java Card qui occupent une part considérable du marché de la carte à puce dans le monde d’aujourd’hui. Nous étudions en détails les efforts fournis par d'autres auteurs sur le sujet de la mesure de performance et en particulier la mesure de performance sur les cartes à puce. Un grand nombre de ces travaux restent embryonnaires ou ignorent certains aspects des mesures. Un des principaux défauts de ces travaux est le manque de rapport entre les mesures effectuées et les applications généralement utilisées dans les cartes à puce. Les cartes à puce ont par ailleurs des besoins importants en termes de sécurité. Ces besoins rendent les cartes difficiles à analyser. L'approche logique consiste à considérer les cartes à puce comme des boites noires. Après l'introduction de méthodologies de mesures de performance pour les cartes à puce, nous choisirons les outils et les caractéristiques des tests que nous voulons faire subir aux cartes, et nous analyserons la confiance à accorder aux données ainsi récoltées. Enfin une application originale des cartes à puce est proposée et permet de valider certains résultats obtenus. / Performance measurements are used in computer systems to guaranty the best performance at the lowest cost. Establishing measurement tools and metrics has helped build comparison scales between computers. Smart cards are no exception. But the centred stage of the smart card industry is mostly busy with security issues. Efforts towards a better integration of performance tests are still modest. Our work focused on a better approach in estimating the execution time within Java Card platforms. Those platforms constitute a big part of the modern smart card market share especially with regards to multi-applicative environments. After introducing some methodologies to better measure the performance of Java Cards, we detail the tools and the tests that we mean to use on smart cards. We will thereafter analyze the data obtained in this way. Finally, an original application for smart cards is proposed. We used it to validate some points about the results.

La fusion cellulaire est une méthode de génération de cellules hybrides combinant les propriétés spécifiques des cellules mères. Initialement développée pour la production d'anticorps, elle est maintenant aussi investiguée pour l'immunothérapie du cancer. L'électrofusion consiste à produire ces hybrides en utilisant un champ électrique pulsé. Cette technique présente de meilleurs rendements que les fusions chimiques ou virales, sans introduire de contaminant. L'électrofusion est actuellement investiguée en cuve d'électroporation où le champ électrique n'est pas contrôlable avec précision et le placement cellulaire impossible, produisant de faibles rendements binucléaires. Afin d'augmenter le rendement et la qualité de fusion, la capture et l'appariement des cellules s'avèrent alors nécessaires.Notre objectif a été de développer et de réaliser des biopuces intégrant des microélectrodes et des canaux microfluidiques afin de positionner et d'apparier les cellules avant leur électrofusion. Une première structure de piégeage se basant sur des plots isolants et l'utilisation de la diélectrophorèse a été réalisée. Afin d'effectuer des expérimentations sous flux, une méthode de scellement des canaux, biocompatible et étanche a été développée. Puis, le milieu d'expérimentation a été adapté pour l'électrofusion. En confrontant les résultats des expériences biologiques aux simulations numériques, nous avons pu démontrer que l'application d'impulsions électriques induisait la diminution de la conductivité cytoplasmique. Nous avons ensuite validé la structure par l'électrofusion de cellules. Un rendement de 55% avec une durée de fusion membranaire de 6 s a été obtenu. Dans un second temps, nous avons proposé deux microstructures de piégeage pour l'électrofusion haute densité. La première se base sur un piégeage fluidique, alors que la seconde, utilise ladiélectrophorèse sans adressage électrique à l'aide de plots conducteurs. Jusqu'à 75% des cellules fusionnent dans cette dernière structure. Plus de 97% des hybridomes produits sont binucléaires. Le piégeage étant réversible, les hybridomes peuvent ensuite être collectés pour des études ultérieures.

Le développement et l'amélioration de l'instrumentation biomédicale se veulent une miniaturisation des équipements se trouvant dans les laboratoires médicaux standards. Cette miniaturisation est souhaitée pour une production à plus grande échelle, permettant ainsi d'avoir une réduction des coûts relatifs à la détection et à la prévention de maladies et aussi permettre une disponibilité accrue. La détection de la fluorescence est une technique couramment employée dans le domaine médical afin de pouvoir déterminer la présence de pathogènes. Les systèmes de détection de fluorescence requièrent une bonne gestion entre la lumière excitant les marqueurs fluorescents et la fluorescence dégagée de ces derniers. Ce projet de recherche propose le développement de briques technologiques servant dans un système hautement intégré de détection de fluorescence. La première brique technologique développée a été un filtre optique hybride combinant un filtre de type interférentiel et un filtre de type absorbant pour une épaisseur totale de 3 [micro]m. Le filtre interférentiel est composé d'une alternance de couches diélectriques TiO[indice inférieur 2/SiO[indice inférieur 2] pour un total de neuf couches offrant une atténuation de 16,6 dB pour une longueur d'onde d'excitation de 532 nm. Ces couches diélectriques sont déposées soit par évaporation par faisceaux d'électrons ou bien par pulvérisation cathodique, tous deux des procédés standards en microfabrication. Le filtre absorbant est quant à lui une photorésine colorée permettant son dépôt par étalement rotatif. L'atténuation à 532 nm pour le filtre absorbant est de l'ordre de 32,6 dB. La réjection totale pour le filtre hybride atteint 47 dB, une performance jamais publiée pour un filtre de cette épaisseur. En parallèle, le développement de la seconde brique technologique a été entamé et concerne la photodétection. L'élément de photodétection doit être sensible aux longueurs d'onde d'intérêts de la détection de la fluorescence. La photodiode à multiples jonctions p-n enterrées conçu avec un procédé microélectronique standard permet la discrimination spectrale. Cette discrimination spectrale est obtenue avec un traitement mathématique approprié et appliqué sur la mesure des photocourants. Une simulation de type semiconducteur est venue corroborer les résultats expérimentaux. Les mesures expérimentales ont été réalisées à l'aide d'une station de caractérisation sous pointes entièrement conçue et montée au cours du projet de doctorat. Une fois que les deux briques technologiques étaient rendues à un niveau de maturité, le développement de procédés de microfabrication a permis de réaliser une preuve de concept sur la cohabitation de ces technologies. Le développement de procédé a été réalisé en considérant une éventuelle intégration d'un canal microfluidique pour compléter le système intégré. Ce projet de recherche a permis de développer un nouveau type de filtre optique combinant deux technologies afin de profiter des avantages de chacune d'elle. Le projet de recherche a également permis la conception de deux circuits microélectroniques contenant des photodiodes innovantes servant à l'identification spectrale, champs d'application pour l'utilisation de multimarqueurs fluorescents. Le travail sur l'intégration de ces deux briques a permis d'entamer un transfert technologique vers un partenaire industriel oeuvrant dans le domaine de la microfabrication et des procédés microélectronique.

Les systèmes multiprocesseurs sur puce, tel que le processeur CELL ou plus récemment Platform 2012, sont des architectures multicœurs hétérogènes constitués d'un processeur host et d'une fabric de calcul qui consiste en plusieurs petits cœurs dont le rôle est d'agir comme un accélérateur programmable. Les parties parallélisable d'une application, qui initialement est supposé etre executé par le host, et dont le calcul est intensif sont envoyés a la fabric multicœurs pour être exécutés. Ces applications sont en général des applications qui manipulent des tableaux trés larges de données, ces données sont stockées dans une memoire distante hors puce (off-chip memory) dont l 'accès est 100 fois plus lent que l 'accès par un cœur a une mémoire locale. Accéder ces données dans la mémoire off-chip devient donc un problème majeur pour les performances. une characteristiques principale de ces plateformes est une mémoire local géré par le software, au lieu d un mechanisme de cache, tel que les mouvements de données dans la hiérarchie mémoire sont explicitement gérés par le software. Dans cette thèse, l 'objectif est d'optimiser ces transfert de données dans le but de reduire/cacher la latence de la mémoire off-chip .

Des travaux de recherche sont actuellement menés pour miniaturiser les systèmes optiques : moins volumineux et moins chers, ils peuvent prétendre à être diffusés dans des applications diverses. L'objectif de cette thèse est de concevoir des systèmes d'imagerie extrêmement compacts, intégrés au plus près du détecteur infrarouge refroidi, et idéalement solidaires de celui-ci. J'ai tout d'abord mis en évidence des stratégies pour la simplification et la miniaturisation des systèmes optiques. Parmi elles, les approches menant à des systèmes multivoies semblent être les plus prometteuses pour concevoir des systèmes à la fois compacts et performants. J'ai alors proposé deux architectures multivoies simples, compactes et intégrées au plus près du détecteur infrarouge. La première, de champ d'observation égal à 120°, intègre une matrice de microlentilles à quelques centaines de micromètres seulement du détecteur infrarouge : elle est qualifiée de caméra sur puce. Des défis technologiques ont dû être relevés pour réaliser ce composant. J'ai développé un algorithme de reconstruction d'images et évalué expérimentalement les performances de la caméra. Ce système produit, après traitements, une image échantillonnée au pas de 7,5 µm. Cette valeur est deux fois meilleure que celle qui pourrait être obtenue avec une caméra monovoie classique, associée à un détecteur infrarouge à l'état de l'art actuel, avec un pas pixel de 15 µm. J'ai contribué à la réalisation du second système en développant une méthode originale et simple pour en fabriquer les matrices de microlentilles. Cette technique consiste à mouler par compression de la poudre de bromure de potassium à température ambiante. Ces travaux ouvrent la voie à une nouvelle génération de détecteurs infrarouges, qui intègrent une fonction d'imagerie.

Le rôle des protéines avec un motif TerD est depuis toujours insaisissable. La séquence en acides aminés qui correspond au motif TerD est répandue dans les génomes de plusieurs espèces bactériennes. Les recherches effectuées dans le cadre de ce doctorat avaient pour objectif d’identifier le rôle du gène tdd8 (SCO2368) qui code pour une protéine avec un motif TerD chez Streptomyces coelicolor. Sur la base d’une étude comparative du transcriptome de souches présentant une expression différentielle de tdd8, il a été possible de déterminer l’implication de tdd8 dans plusieurs systèmes de régulation. Les résultats obtenus ont permis d'établir que le niveau d’expression de tdd8 peut jouer un rôle dans le mécanisme de la différenciation morphologique et de la sporulation, dans le métabolisme de l’azote et dans l’équilibre redox. La protéine Tdd8 semble avoir un rôle dans divers processus cellulaires de par son implication dans l’homéostasie du calcium intracellulaire qui a été démontrée dans cette étude. Parmi les gènes qui semblent affectés par le taux d’expression de tdd8, ces recherches ont identifié un regroupement de gènes impliqués dans la réponse au stress redox. La plupart de ces gènes sont positionnés sur deux loci et leur expression implique un système de régulation analogue au régulon DosR retrouvé chez Mycobactérium tuberculosis. La croissance de la souche M145 de S. coelicolor en conditions de stress (hypoxie et présence d’oxyde nitrique) a permis de confirmer l’induction de ces gènes et des recherches bioinformatiques ont permis d’identifier un motif de liaison DosR dans les séquences qui précèdes la région codante de plusieurs gènes situés dans les deux loci identifiés. Les recherches ont également permis une meilleure caractérisation du métabolisme de l’azote et notamment une implication de tdd8 dans la régulation de ce métabolisme. Ces travaux s’inscrivent dans un processus de recherche fondamentale qui permet de mieux comprendre le rôle des protéines avec un motif TerD.

L’objectif de ce projet de recherche est de développer une technologie d’agents mobiles pour systèmes embarqués. Dans un premier temps, une plateforme d’agents mobiles pour systèmes embarqués homogènes est réalisée et, ensuite dans un deuxième temps, une application d’informatique diffuse qui exploite la mobilité du contexte d’exécution est mise en œuvre pour valider cette plateforme. La mobilité d’un agent est définie comme suit: son exécution est interrompue sur le nœud courant, appelé nœud source, ensuite les données représentant l’état de l’agent sont transférées du nœud source vers un nœud destination et enfin, arrivé au nœud destination, son exécution se poursuit là où elle avait été interrompue sur le nœud de départ. Cette opération, appelée migration du contexte d’exécution, est intégrée aux fonctionnalités d’un noyau temps réel, permettant ainsi la mobilité d’agents logiciels au sein d’une grappe de systèmes embarqués homogènes. Les applications visées par le projet relèvent du domaine de l’informatique diffuse et plus particulièrement de son application à l’espace intelligent.

L'évolution des réseaux informatiques, et notamment d'Internet, s'ancre dans l'émergence de paradigmes prépondérants tels que la mobilité et les réseaux sociaux. Cette évolution amène à considérer une réorganisation de la gestion des données circulant au cœur des réseaux. L'accès à des services offrant de la vidéo ou de la voix à la demande depuis des appareils aussi bien fixes que mobiles, tels que les Smartphones, ou encore la perméabilité des informations fournies à des réseaux sociaux conduisent à s'interroger sur la notion d'identité numérique et, de manière sous-jacente, à reconsidérer les concepts de sécurité et de confiance. La contribution réalisée dans ce travail de thèse consiste, dans une première partie, à analyser les différents modèles d'identité numérique existants ainsi que les architectures de fédération d'identité, mais également les protocoles déployés pour l'authentification et les problèmes de confiance engendrés par l'absence d'élément sécurisé tel qu'une carte à puce. Dans une deuxième partie, nous proposons, en réponse aux éléments dégagés dans la partie précédente, un modèle d'identité fortement attaché au protocole d'authentification TLS embarqué dans un composant sécurisé, permettant ainsi de fournir les avantages sécuritaires exigibles au cœur des réseaux actuels tout en s'insérant naturellement dans les différents terminaux, qu'ils soient fixes ou mobiles. Enfin, dans une dernière partie, nous expliciterons plusieurs applications concrètes, testées et validées, de ce modèle d'identité, afin d'en souligner la pertinence dans des cadres d'utilisation pratique extrêmement variés.