We carry objects from place to place in bags, all the while maintaining that they are trivial objects. If we categorize objects as mundane, then why do we carry them everywhere we go? I interviewed female students at the Claremont Colleges about what they carry in their bags. College women articulate many distinct reasons for carrying a bag and for carrying the items within that bag. My participants perceive the items they carry as mundane, and do not question the presence of those items in their lives. Yet they also claim to need the items they categorize as trivial. They perceive the need to carry items as natural, and so do not question that need. My project demonstrates the ways college women make objects seem trivial and make needs seem natural. Through ethnographic interviews, I highlight how things perceived as mundane have significance. Additionally, I show that carrying a bag and carrying objects enables college women to be prepared to care for the well-being of themselves and the people around them. Between perceptions of objects as inessential and perceptions of the functions of objects as superficial, college women find value in carrying items.

In the Eastern Tropical Pacific (ETP), the operation mode of purse-seine fishing can be divided into dolphin sets and non-dolphin sets. Dolphin sets can catch more yellowfin tuna, but cause a lot of dolphin deaths. On the contrary, non-dolphin sets can catch more skipjack tuna, but discard a lot of tuna. Therefore, the choice of the operation mode to the ETP purse-seine fishery is very influential. If the fishermen use more dolphin sets, they are able to catch high quantity and more valuable yellowfin tuna. Conversely, if the fishermen use more non-dolphin sets, they will not hurt dolphins. But the tuna fish caught by this operation mode is smaller in size and the discarding rate is extremely high which will affect the overall profits of the fishermen. The research will investigate how the fishermen make the choice of the operation mode in the dilemma between dolphin sets which cause dolphins-bycatch and non-dolphin sets which result in tuna-discarding, In addition, if managers can ban dolphin sets or non-dolphin sets to maximize the profit of the fishermen and maintain the ecological balance between tuna and dolphins.

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Capsella bursa-pastoris (L.) Medik. is a species with a cosmopolitan distribution which shows considerable morphological variation. Numerous authors have recognised widely differing numbers of varieties, microspecies or other infraspecific subdivisions (segregates) of this species. In an attempt to clarify this situation, we grew British material of the species under controlled conditions through to the F) generation to remove environmental variation, and assessed the plants on the basis of a range of morphological criteria, namely leaf shape, capsule size and also length of time taken to flower. Analysis of these characteristics consistently produced four basic groups, which had been previously described. Herbarium specimens could also nearly always be assigned to one of these groups. Limited chromosome counts suggest that two of these groups are diploid and two are tetraploid. We suggest this fourfold division into broad groups reflects the major genetic separations within the species, but that there is also considerable phenotypic plasticity shown by C. bursapastoris in response to factors such as shade or trampling. These four groups appear to differ in their geographic.al distribution in Britain. KEYWORDS: Shepherd's Purse, morphological variation, leaf characters, capsule characters, chromosome

En este estudio se analizan los efectos de las condiciones oceanográficas sobre la captura agregada de las tres principales especies de túnidos tropicales considerando las dos estrategias de pesca principales de la flota española de cerco, es decir, la pesca sobre dispositivo artificiales de agregación de peces (FADs) y banco libre (FSC). Además, para cada estrategia de pesca, se investiga el desplazamiento de la agregación de captura bajo los efectos del cambio climático utilizando la captura de atún Katsuwonus pelamis como indicador biológico, y se discuten las implicaciones sociales y económicas del impacto climático sobre los países costeros alrededor del Canal de Mozambique. El atún Katsuwonus pelamis es el recurso pesquero ecológico más importante que sustenta las necesidades sociales y económicas de los países costeros del MZC y, por tanto, las predicciones de puntos críticos para mediados y finales de siglo bajo diferentes escenarios de cambio climático son resultados que deben ser considerados en los planes de conservación y gestión de este recurso. Además, se analizaron las tendencias en las capturas de atún de las flotas industrial y artesanal y el impacto de su interacción. El objetivo general de esta investigación de tesis es mejorar nuestro conocimiento sobre los factores clave que impulsan la dinámica de las pesquerías de túnidos tropicales en el MZC, bajo un contexto que combina la acción e interacción de la flota de cerco industrial y la pesca a pequeña escala. Para el desarrollo del objetivo general, se han definido y resumido objetivos específicos de la siguiente manera: (i) investigar las relaciones entre los factores ambientales y la acumulación de cardúmenes de túnidos tropicales en hábitats marinos capturados por la flota Española de cerco sobre FADs o sobre FSC en el Canal de Mozambique; (ii) investigar la dinámica temporal y predecir los hábitats espaciales para la agregación de cardúmenes de túnidos o puntos críticos para la pesca en relación con sus preferencia ambientales;, (iii) investigar los cambios de distribución y agregación del Katsuwonus pelamis frente a los escenarios futuros de concentraciones representativas (RCP) de cambios climáticos para 2050 y 2100. (iv) discutir los cambios en las tasas de captura y socioeconómicos que afectan a las comunidades pesqueras considerando la incertidumbre asociada al cambio climático en el Canal de Mozambique; (v) describir las interacciones socioecológicas y socioeconómicas entre la pesca industrial y los sectores de la pesca en pequeña escala en las aguas costeras, en base a la información disponible de las pesquerías de Mozambique; (vi) explorar, desde el punto de vista ecológico, el efecto que ejercen la flota industrial en las poblaciones objetivo, así como el impacto socioeconómico en la pesca a pequeña escala, siendo esta, además, más vulnerable al cambio climático a lo largo de la costa de Mozambique. Los datos científicos utilizados en el análisis de capturas y esfuerzo de la flota española de cerco en el área del Canal de Mozambique se obtuvieron de las bases de datos del Instituto Español de Oceanografía (IEO) para el período de Febrero de 2003 a Junio de 2013 a partir de los cuadernos de pesca de la flota de cerco española, una vez corregida la composición específica de las capturas a partir de los datos detallados de la flota y el muestreo de puertos. Los datos de captura y esfuerzo de los cuadernos de pesca contienen información de los lances de pesca para FADs y FSC. Paralelamente a los datos de pesca, los datos ambientales para la misma subárea del MZC y el mismo periodo de tiempo se obtuvieron del consorcio MyOcean-Copernicus EU (marine.copernicus.eu) en formato netCDF. Finalmente, las conclusiones de estas tres etapas de investigación fueron las siguientes: (i) Entre las condiciones oceanográficas que determinaban los puntos críticos de captura para ambos tipos de pesca de cerco (FSC y FADs) en el canal de MZC se encontraban la temperatura de la superficie del mar y su variabilidad, la productividad, la altura de la superficie del mar y la las interacciones de las variables espaciales y temporales. Sin embargo, las corrientes geostróficas mostraron un efecto significativo solo para la acumulación de captura pescable en los FADs. El efecto dinámico de las variables oceanográficas ambientales sobre la acumulación de captura de túnidos tropicales a lo largo del Canal de Mozambique varía según el modo de pesca FAD y FSC. Los modelos predijeron hábitats preferidos para peces asociados con FADs entre 10ºS y 18ºS, con el núcleo, en general, en la costa noroeste de Madagascar. Las predicciones para el hábitat preferido en FSC muestran que el núcleo se encuentra principalmente en la parte norte del Canal de Mozambique y también cerca de la costa de Mozambique entre las latitudes 10ºS a 16ºS. El modelo predijo un caladero de pesca parcialmente superpuesto entre los FADs y la el FSC, a pesar de la diferencia en las variables oceanográficas seleccionadas por cada modelo aditivo generalizado para establecer hábitats de pesca preferidos a lo largo del canal de Mozambique.(ii) En relación de la captura de K. pelamis bajo el escenario climático, los hallazgos sugieren que las variables biofísicas afectan la distribución de las capturas de barrilete en el MZC y que la distribución de las especies se verá afectada por el cambio climático, particularmente en la parte norte, con posibles implicaciones en las comunidades pesqueras locales e internacionales. El modelo proyectó la distribución del K. pelamis e bajo escenarios de cambio climático optimista (RCP2.6) y pesimista (RCP8.5). El escenario optimista proyectaba que las capturas de K. pelamis se desplazarían hacia la parte sur del Canal de Mozambique, entre las latitudes 19ºS y 25ºS, para el 2050, y que el cambio de distribución sería menor o sin cambios entre 2050 y 2100. En el peor de los casos (RCP8.5), los caladeros potenciales de pesca se proyectaron en latitudes >20ºS para 2050, y se pronosticó que probablemente se producirían anomalías positivas en latitudes <20ºS entre 2050 y 2100. Además, para fines del siglo XXI, se observan signos de una alta distribución de las capturas. se espera fuera del MZC en latitudes >25ºS hacia las regiones templadas. Dado que se prevé que el cambio climático afectará la pesca de barrilete en el MZC, puede generar desafíos socioeconómicos para las comunidades pesqueras. Los estados costeros en el área de MZC deben fortalecer la gobernanza y promover políticas para construir resiliencia y aumentar la capacidad de adaptación de las pesquerías locales, nacionales y regionales para reducir su vulnerabilidad a los impactos climáticos. (iii) Las capturas nominales de atún han ido disminuyendo con el tiempo en Mozambique, independientemente de si los peces son capturados por flotas industriales o pescadores en pequeña escala. La competencia entre las flotas industriales y los pescadores en pequeña escala para maximizar las capturas y los beneficios de las especies de túnidos de alto valor comercial, como el rabil, el listado y el patudo hayan contribuido, muy probablemente, a generar esta tendencia decreciente, ya que los mismos stocks se capturan en diferentes regiones del océano Índico occidental (costa y alta mar) y por todo tipo de artes durante la migración estacional y espacial de las tres especies de túnidos tropicales. La existencia de tal interacción entre flotas industriales y pescadores locales a pequeña escala y la tendencia decreciente de los stocks tiene mayores consecuencias sobre los pescadores locales dada su mayor vulnerabilidad. Por lo tanto, es importante fortalecer la aplicación de la separación legal ya existente de las áreas de extracción entre la pesca artesanal e industrial. Es importante evitar la explotación excesiva del atún en las aguas nacionales de Mozambique y al mismo tiempo establecer acuerdos de pesca que apoyen el desarrollo socioeconómico del país. Los futuros acuerdos deberían ser socialmente justos, viable ecológicamente y estar respaldados por un buen asesoramiento de gestión sobre la sostenibilidad de las tasas de explotación.

A día de hoy un amplio número de propuestas han aparecido para intentar ofrecer sistemas de pago seguros y frameworks para realizar transacciones de pago. Sin embargo, a pesar de estas propuestas, todavía quedan determinados aspectos por cubrir.Desde el punto de vista de los sistemas de pago, las características a mejorar para los escenarios del tipo B2C (Business to Customer) de productos electrónicos son el no repudio y el intercambio equitativo. El uso de monederos electrónicos puede contribuir a incrementar la seguridad estos sistemas, facilitar la movilidad del dinero electrónico y su uso en distintos escenarios. Sin embargo, actualmente su uso para realizar pagos en la red es reducido. El principal problema que presentan las soluciones de pago basadas en monederos es la necesidad de que los distintos vendedores incorporen el uso de dispositivos hardware con módulos SAM (Secure Application Module) que pueden llevar a que el proceso de pago sea lento.Por otro lado, cada vez existen más protocolos de pagos, con distintas características y que según éstas se adaptan mejor a la compra de unos determinados productos o servicios en determinados escenarios. Para facilitar el uso de distintos protocolos de pago en un mismo escenario aparecen los frameworks de pagos. Sin embargo, hasta ahora, no existenframeworks de pagos suficientemente genéricos que contemplen todos los elementos necesarios para utilizar estos protocolos de una forma genérica.En respuesta a estas necesidades este trabajo de tesis presenta distintas soluciones. Por un lado presenta dos soluciones de pago basadas en monedero inteligente que pretenden facilitar el uso de estos dispositivos de una forma progresiva. En primer lugar, facilitando el pago con los monederos existentes y, en segundo lugar, proponiendo un nuevo monedero que facilite su uso para pagos en la Web.Por otro lado se han definido distintos frameworks de pagos que permitirán la adquisición de los principales tipos de productos y servicios electrónicos: contenidos Web, contenidos distribuidos bajo streaming, servicios Web y, finalmente, servicios multimedia basados en sesiones. Estos frameworks se basan en la definición de varios componentes genéricos, como son los wallets para soportar distintos protocolos de pago, un protocolo de pagos genérico que soporta la negociación y elección de las opciones de pago a utilizar y sus precios y, finalmente, la descripción de la información de pago de una forma genérica.[ / ]Nowadays a large number of proposals have emerged to offer secure payment systems and frameworks to perform payment transactions. However, in spite of these proposals, there are still some issues to be covered.From the payment systems point of view, the features to improve in B2C (Business to Customer) scenarios of electronic products are non repudiation and fair exchange. The use of e-purses can contribute to increase the security of these systems, facilitating the mobility of electronic money and its use in different scenarios. However, currently its use to make payments on the Internet is reduced. The main problem that payment-based solution present is the requirement, for vendors, of incorporating hardware devices with SAM (Secure Application Module) modules that could lead the payment process is slow.On the other hand, there are more and more payment protocols, with different features and that depending on them can be adapted better to the purchase of certain products or services in specific scenarios. With the aim of facilitating the use of different payment protocols in the same scenario, payment frameworks appeared. However, until now, there is no payment frameworks secure enough that take into account all the elements needed to use these protocols in a generic way.As a response to these needs, this PhD thesis presents several solutions. On the one hand, we propose two payment solutions based on e-purse that intend to facilitate the use of these devices progressively. Firstly, by facilitating the payment with the existing e-purses and, secondly, by proposing a new e-purse that facilitates the use of e-purses to make payments on the Web.On the other hand, different payment frameworks that will allow the purchase of the main types of electronic products and services (Web contents, contents distributed by streaming, Web services and multimedia services based on sessions) have been defined.These frameworks are based on the definition of several generic components, as wallets for supporting the negotiation and choice of payment options to use and their prices, and, finally, the description of payment information in a generic way.Thus, the proposals presented offer secure payment protocols based on e-purses and different frameworks for the main electronic products and services that facilitate the use of the protocols as well as any other payment protocol. Furthermore, these proposals can improve the use of payment systems in a trusted way.

Submitted by Divisão de Documentação/BC Biblioteca Central (ddbc@ufam.edu.br) on 2018-03-07T15:42:35Z No. of bitstreams: 2 Dissertação_Moisés Torres.pdf: 2451682 bytes, checksum: b632d9ef983d801c6b6ece4d38e9d006 (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) / Approved for entry into archive by Divisão de Documentação/BC Biblioteca Central (ddbc@ufam.edu.br) on 2018-03-07T15:42:46Z (GMT) No. of bitstreams: 2 Dissertação_Moisés Torres.pdf: 2451682 bytes, checksum: b632d9ef983d801c6b6ece4d38e9d006 (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) / Made available in DSpace on 2018-03-07T15:42:46Z (GMT). No. of bitstreams: 2 Dissertação_Moisés Torres.pdf: 2451682 bytes, checksum: b632d9ef983d801c6b6ece4d38e9d006 (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Previous issue date: 2018-01-23 / Knowledge about fishing nets used by commercial fishermen is essential for the management of fish stocks. The objective of this work is to analyze the strategies of use of these nets, their structural characteristics, their target species and their CPUE in an area of intense fishing activity of Central Amazonia. The collections were carried out bimonthly during a hydrological cycle. Data collection was done through forms and monitoring of fisheries. The fishing net found were the seine net, and two gill nets that are different both in their construction and in the form of use (fixed and drift), which is reflected in the differentiation of the diversity and abundance of captured species. It was verified that the purse seine is the one with the highest average production for both the biomass (367700 grams) and the number of individuals captured (2232 units). Through Analysis of Variance (ANOVA) it was verified that there is a significant difference between all the fishing net tested for both biomass (p = 0.00001) and number of individuals (p = 0.0000). The CPUE ANOVA shows a significant difference between the biomass captured by the net (p = 0.001). The CPUE of the surface drift was the highest in both biomass and number of individuals. The fishing nets of the study area are larger than those already described in the literature for Amazonian areas. The tested tools are differentiated in capture power, trap shape, number of individuals and strategies of use. The purse seine is the device that generates greater production and number of species captured and the surface drift net which results in smaller values for this parameter. / O conhecimento sobre redes de pesca utilizadas por pescadores comerciais são fundamentais para administração dos estoques pesqueiros. O objetivo desse trabalho é a analisar as estratégias de uso dessas redes, suas características estruturais, suas espécies alvo e sua CPUE em uma área de intensa atividade pesqueira da Amazônia Central. As coletas foram realizadas bimestralmente durante um ciclo hidrológico. O levantamento dos dados foi realizado através de formulários e pelo acompanhamento das pescarias. As redes encontradas foram a rede cerco, e duas redes de emalhar que são diferentes tanto na sua construção quanto na forma de uso (fixa e a deriva) , o que se reflete na diferenciação da diversidade e abundância de espécies capturadas. Verificou-se que a rede de cerco é a que tem maior média de produção tanto para a biomassa (367700 gramas) quanto para número de indivíduos capturados (2232 unidades). Através de análise de variância (ANOVA) comprovou-se que existe diferença significativa entre todas as redes testadas tanto para biomassa (p=0,00001) quanto para número de indivíduos (p=0,0000). Já a ANOVA da CPUE mostra diferença significativa entre biomassa capturada por rede (p=0,001). A CPUE da malhadeira de deriva de superfície foi a maior tanto no que diz respeito a biomassa quanto ao número de indivíduos. As redes de pesca da área de estudo são maiores do que as já descritas na literatura para áreas amazônicas. Os apetrechos testados são diferenciados em poder de captura, forma de entralhamento, número de indivíduos e estratégias de uso.

Dans le cadre de l’Approche Ecosystémique des Pêches (AEP), il est nécessaire d’évaluer l’impact de la pêche thonière tropicale à la senne sur les espèces ciblées et sur les espèces accessoires. Parmi ces dernières, les espèces de la mégafaune, telles que des requins, raies, cétacés, tortues, oiseaux marins, sont souvent emblématiques et vulnérables. Les thoniers senneurs tropicaux recherchent activement à la surface de l’eau tout indice de la présence de bancs de thon (e.g. oiseaux, objets flottants, baleines, dauphins ou requins baleines). Dans l’est de l’océan Atlantique et l’ouest de l’océan Indien, les deux modes de pêches principaux sont les captures de thons en bancs libres et celles sur bancs associés à un objet flottant, naturel ou artificiel, rassemblés ici sur sous le terme de dispositif de concentration de poisson (DCP). Les calées associées aux requins baleines et aux cétacés sont toutefois peu étudiées. L’objectif de cette thèse est donc d’analyser les co-occurrences et/ou interactions spatio-temporelles entre requins baleines, cétacés et pêche thonière à la senne, dans une perspective de conservation de l’écosystème. Ce travail, basé sur des données de livres de bord et d’observateurs scientifiques embarqués, a montré que la co-occurrence pêche thonière/ mégafaune se localise dans des strates spatio-temporelles relativement précises: i) du Gabon à l’Angola (avril–septembre), ii) dans le Canal du Mozambique (juin–septembre) et iii) à l’est des Seychelles (avril–septembre). Les baleines et requins baleines étant planctivores, la co-occurrence avec la pêche à la senne est principalement liée à une forte productivité primaire (appréhendée à travers des proxys tels que la concentration en chlorophylle-a). De plus, les calées sur ces deux groupes étaient assez élevées avant 2000 (jusqu’à 20% des calées), et qu’elles sont moins fréquentes aujourd’hui (AC3 et 1,5% des calées associées à des baleines et des requins baleines, respectivement). L’impact de la pêche à la senne sur ces espèces semble relativement faible au regard du taux de mortalité apparente de 1,4% pour les requins baleines et 5,6% pour les cétacés. Des marquages satellites réalisés sur les requins baleines, confirment ces observations sur le plus long terme, mais la taille de l’échantillon limite la formulation de conclusions définitives. Concernant les dauphins, bien que présents sur les zones de pêche, ils interagissent très peu avec celle-ci, soulignant ainsi une différence majeure avec l’océan Pacifique est où ce mode de pêche est majoritaire. La diversité spécifique des espèces cible et accessoire associées aux calées sur mégafaune a également été étudiée. Les requins baleines sont associés aux listaos et à l’albacore (dans une large gamme de tailles), alors que les baleines le sont principalement à de gros albacores. De plus, la capture accessoire associée à ces deux groupes de mégafaune est relativement faible et dominée par le requin soyeux et la diversité spécifique est proche de celle trouvée sous les bancs libres de thons. Enfin les effets de mesures de conservation vis-à-vis de la mégafaune encerclée ou de mesures de gestion de l’effort de pêche, notamment les moratoires sur DCP réelles ou simulées (e.g. moratoires élargis), ont été analysés. Les premières ont eu un effet limité en terme de captures cibles et accessoires, alors que les moratoires impactent peu le nombre de calées associés à la mégafaune, ceci en raison du décalage spatio-temporel des co-occurrences. Cependant des moratoires élargis pourraient être bénéfiques pour les thons juvéniles et certaines espèces associées. Par l’analyse quantitative des interactions entre la pêche thonière à la senne et la mégafaune, cette thèse apporte des connaissances essentielles sur les espèces étudiées dans le cadre de la mise en place d’une AEP, applicable à la pêche thonière tropicale. / In the frame of the Ecosystem Approach to Fishery (EAF) management, impact of the tropical tuna purse-seine fishery on targeted and incidentally captured species should be investigated. They may include megafauna species, such as sharks, rays, cetaceans, turtles or sea birds, which often are emblematic and vulnerable species. Tropical tuna purse-seiners actively search, at the surface of the sea, for clues indicating the presence of tuna schools (e.g. birds, floating objects, whales, dolphins or whale sharks). In the eastern Atlantic and western Indian Oceans, the main two fishing modes are sets on free swimming tuna schools and schools associated to natural or artificial floating objects, thereafter called Fish Aggregating Device (FAD). However dedicated studies on fishing sets associated to whale sharks and cetaceans are still lacking. The aim of this thesis is therefore, using logbook and scientific onboard observer data, to investigate the spatio-temporal co-occurrences and/or interactions between whale sharks, cetaceans and the tuna purse-seine fishery within an ecosystem conservation perspective. This work underlines that the megafauna/ fishery co-occurrence occurs in specific spatio-temporal strata: i) Gabon to Angola (April–September), ii) the Mozambique Channel (June–September), and iii) East of Seychelles (April–September). As baleen whales and whale sharks are filter feeders, the co-occurrence with the purse-seine fishery was mostly linked to highly productive environments (i.e. using proxys including chlorophyll-a concentration). In addition fishing sets involving megafauna were relatively high before 2000 (up to 20% of the sets), but are nowadays less frequent (AC3 and 1.5% of the sets associated to baleen whales and whale sharks). The purse-seine fishery appears to have a relatively low impact on megafauna species with mortality rates of 1.4% for whale sharks and 5.6% for cetaceans. Whale shark satellite tagging also confirms these results on the longer term, but the low sample size precludes any final conclusion. While dolphins are present in fishing areas, very few interactions with the fishery was detected, which highlights the striking difference with the eastern Pacific Ocean where half the sets are associated to dolphin herds. In addition, the diversity of targeted and bycatch species captured under whale shark and baleen whale sets was also investigated. Whale sharks are principally associated to skipjack and yellowfin (of various sizes) tunas and baleen whales mostly to large yellowfin tuna. In addition, bycatch species associated to these two megafauna groups was relatively low and dominated by the silky shark, and bycatch diversity was close to the one found for free swimming tuna schools. Finally, real and/or simulated encircled megafauna conservation measures or fishing effort management measures (especially FAD moratoria including larger ones) were investigated. The first ones were found to have limited consequences on tuna catch and bycatch. Conversely FAD moratoria had limited impacts on the number of megafauna associated fishing sets, due to the fact that the main spatio-temporal strata of megafauna and FAD sets differ. However larger and longer moratoria could be beneficial for juvenile tuna and some bycatch species. Overall, this thesis has lead to increase the knowledge on megafauna/ fishery interactions, essential in the general framework of setting up an EAF in the tropical tune purse-seine fishery.

The goal of the first part of the thesis is to describe the options of wide usage of chip cards in different segments of our life. Consequently it is necessary to mention hardware and software equipment of smart card, its communication with terminal and data security. In this thesis we focus on Java Card environment in which we will try to create two applications, one for electronic purse and the second for user identification. Basically, we need to mention multiapplicational rules of sharing data and objects. At the end of the thesis we are focusing on the possibility of mutual interference between the applications and on protection against attacks. Also future applications of this technology are described.

Cis-regulatory changes in e.g. promoters or enhancers that affect the expression of a linked focal gene have long been thought to be important for adaptation. In this thesis, I investigate the selective importance and genomic correlates of cis-regulatory variation and divergence in the genus Capsella, using massively parallel sequencing data. This genus provides an opportunity to investigate cis-regulatory changes in response to polyploidization and mating system shifts, as it harbors three diploid species, the outcrosser Capsella grandiflora and the selfers Capsella orientalis and Capsella rubella, as well as the tetraploid Capsella bursa-pastoris. We first identify cis-regulatory changes associated with adaptive floral evolution in connection with the recent switch to self-fertilization in C. rubella and show that cis-regulatory changes between C. rubella and its outcrossing close relative C. grandiflora are associated with differences in transposable element content. Second, we show that variation in positive and purifying selection is important for the distribution of cis-regulatory variation across the genome of C. grandiflora. Interestingly, the presence of polymorphic transposable elements is strongly associated with cis-regulatory variation in C. grandiflora. Third, we show that the tetraploid C. bursa-pastoris is of hybrid origin and investigate the contribution of both parental species to gene expression. We show that gene expression in the tetraploid is partly explained by cis-regulatory divergence between the parental species. Nonetheless, within C. bursa-pastoris there is a great deal of variation in homeolog expression. In summary, this thesis explores the role of cis-regulatory changes for adaptive morphological changes in connection to a shift in mating system, the role of cis-regulatory divergence between progenitor species for an allopolyploid as well as the impact of positive and purifying selection on cis-regulatory variation within a species.