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Patogenicidade à cebola (Allium cepa L.) e análise da diversidade genética de isolados de Colletotrichum gloeosporióides do Estado de Pernambuco, Brasil, por RAPD e região ITS do rDNA

Xavier Vila Nova, Meiriana January 2004 (has links)
Made available in DSpace on 2014-06-12T15:04:56Z (GMT). No. of bitstreams: 2 arquivo4513_1.pdf: 733474 bytes, checksum: 96d9ff147d1527b544a0ce02910e2af1 (MD5) license.txt: 1748 bytes, checksum: 8a4605be74aa9ea9d79846c1fba20a33 (MD5) Previous issue date: 2004 / A antracnose foliar ou mal-das-sete-voltas na cebola, causada pelo fungo Colletotrichum gloeosporioides, destaca-se como uma das principais doenças em locais de produção da cebola no estado de Pernambuco. O presente trabalho objetivou estudar a patogenicidade na cebola de isolados de C. gloeosporioides e analisar a variabilidade genética pelo uso dos marcadores moleculares RAPD e a região ITS do rDNA. No trabalho foram utilizados 11 isolados do fungo, obtidos de diferentes substratos e hospedeiros e 5 isolados obtidos de cebola de diferentes regiões de Pernambuco e um do Amazonas. O teste de patogenicidade foi realizado em mudas e bulbos da cebola Os isolados mais agressivos foram quatro provenientes de cebola nos dois testes. Nas análises de RAPD foram utilizados sete primers de seqüências arbitrárias. Os produtos de amplificação foram separados em gel de agarose a 1,4%. e mostraram bandas polimórficas que permitiram avaliar a distância genética entre os 15 isolados. Estes foram classificados em quatro grupos distintos. Os produtos de amplificação dos lócus ITS1-5.8S-ITS2 do rDNA com primer ITS1 e ITS4 também apresentaram polimorfismo e foram digeridos com três enzimas de restrição, Dra I, Hae III e Msp I. Apenas as duas últimas foram eficientes em mostrar variações genéticas entre os isolados. Os dois marcadores utilizados foram capazes de diferenciar o isolado do Amazonas dos demais de Pernambuco. Os resultados obtidos com os marcadores moleculares não mostraram relação com o grau de patogenicidade dos mesmos à cebola
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Variabilidade de isolados de Colletotrichum gloeosporioides, quanto a patogenicidade a frutos de mangueira (Mangifera indica L.), marcadores RAPD e região ITS do rDNA

CAVALCANTI, Francinete Carla Nunes January 2005 (has links)
Made available in DSpace on 2014-06-12T15:05:19Z (GMT). No. of bitstreams: 2 arquivo4539_1.pdf: 2994862 bytes, checksum: 47749e2ac452270d83ec4a6ac83056aa (MD5) license.txt: 1748 bytes, checksum: 8a4605be74aa9ea9d79846c1fba20a33 (MD5) Previous issue date: 2005 / A antracnose causada pelo fungo Colletotrichum gloeosporioides é uma das doenças mais graves da mangueira, sendo um fator limitante à produção de frutos sadios e comercializáveis. O presente trabalho objetivou analisar a variabilidade de isolados de C. gloeosporioides, quanto à patogenicidade a frutos de mangueira, marcadores RAPD e região ITS do rDNA. Foram utilizados cinco isolados obtidos de cebola e 10 de mangueiras de diferentes regiões do estado de Pernambuco. O teste de patogenicidade foi realizado em frutos das variedades Rosa e Espada. Para a análise de RAPD foram utilizados os iniciadores OPX-15, OPX-02, OPX-06, OPA-11 e OPA-02 e para a amplificação do locus ITS1-5.8S-ITS2 do rDNA, os iniciadores ITS1 e ITS4. Os isolados oriundos de mangueiras com sintomas de antracnose foram mais agressivos para as duas variedades estudadas do que os isolados de cebola. Do dendrograma gerado pela análise do RAPD, dois grupos foram delineados, separando todos os isolados de mangueiras dos isolados de cebola. Não houve polimorfismo entre os isolados de C. gloeosporioides pela análise dos produtos de amplificação da região ITS1-5.8S-ITS2 do rDNA, porém, a digestão do produto com a enzima Msp I evidenciou diferença para o isolado URM 4596 (Mangifera indica L./Ilha de Itamaracá-PE)
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Diversidade de bactérias associadas ao muco do zoantídeo Palythoa Caribaeorum (Cnidaria, Anthozoa) do litoral sul de Pernambuco

Ferreira Campos, Felipe 31 January 2011 (has links)
Made available in DSpace on 2014-06-12T23:13:15Z (GMT). No. of bitstreams: 2 arquivo3053_1.pdf: 2529352 bytes, checksum: ea122352da45d79a2b72d5634d4999af (MD5) license.txt: 1748 bytes, checksum: 8a4605be74aa9ea9d79846c1fba20a33 (MD5) Previous issue date: 2011 / Faculdade de Amparo à Ciência e Tecnologia do Estado de Pernambuco / O zoantídeo Palythoa caribaeorum é um cnidário colonial cujo os pólipos são conectados por um espesso tecido que possui partículas minerais incorporadas e habita extensas áreas dos recifes costeiros no Brasil. Este zoantídeo é popularmente conhecido por "baba-de-boi", por secretar um muco muito viscoso. O muco produzido por corais, animais que são filogeneticamente próximos ao zoantídeos, consiste de um conjunto complexo de Eukarya Archaea e Bacteria. O objetivo deste estudo foi realizar uma caracterização taxonômica da microbiota presente no muco de colônias saudáveis e branqueadas de P. caribaeorum. O muco foi coletado nos recifes costeiros de Porto de Galinhas e de Suape, litoral sul de Pernambuco, em 2010. O isolamento das bactérias foi realizada utilizando o meio Ágar Marinho. O PCR dos segmentos 16S rDNA foi realizado utilizando os primers universais 27F e 1492R. O Sequênciamento dos fragmentos foi realizado no sequênciador ABI 3100 e a qualidade das sequências foram verificadas usando o programa Sequencing analysis 3.4 e, então, comparadas com as sequencias depositadas no GenBank usando o algoritmo Blastn. Um total de 50 amostras de bactérias isoladas de colônias saudáveis e branqueadas foram analisadas. O grupo dominante foi -Proteobacteria com 36 isolados (72%), seguido por - Proteobacteria e Actinobacteria com seis isolados (12%) cada, e Firmicutes com dois isolados (4%). O gênero Vibrio foi o mais comum (50%), corroborando trabalhos anteriores em que este gênero foi o mais comum associado aos cnidários. Sequências de alguns isolados foram relacionados ao nível de espécie (97%) aos já depositados no GenBank, entre elas, espécies com potencial biotecnológico interessante, como bactérias do gênero Alcanivorax, que usa hidrocarbonetos derivados do petróleo como fonte de carbono e energia; e bactérias dos gêneros Vibrio, Photobacterium, Pseudomonas, Micrococcus e Pseudoalteromonas, grupos conhecidos por produzir compostos antimicrobianos e potentes toxinas marinhas. Algumas das sequências dos isolados foram relacionados com patógenos de seres humanos como V. alginolyticus e V. proteolyticus, e outras relacionadas a espécies do gênero Pseudoalteromonas, que podem ter participação no fenômeno do branqueamento. Outros isolados podem representar novas espécies uma vez que suas seqüências mostrou uma baixa similaridade com os taxa já conhecidos e muitos deles foram registrados pela primeira vez no muco de P. caribaeorum. É importante intensificar os estudos de diversidade microbiana neste zoantídeo para entender melhor o papel dessas bactérias nas propriedades farmacológicas do muco
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Pour une meilleure caractérisation du registre fossile pélagique : diversité morphologique, biogéographie et écologie des espèces cryptiques de foraminifères planctoniques / For a better characterization of the fossil pelagic record : molecular, biogeographical and ecological diversity of planctonic foraminifers cryptic species

Morard, Raphaël 09 November 2010 (has links)
L’utilisation des coquilles carbonatées de foraminifères planctoniques comme marqueurs paléocéanographiques repose sur l’hypothèse fondamentale que chaque espèce morphologique correspond à une espèce biologique caractéristique d’un habitat spécifique. Cette relation empirique a été récemment remise en cause par des analyses moléculaires qui ont révélé la présence systématique de plusieurs espèces génétiques (espèces cryptiques) au sein des morpho-espèces actuelles. Il a été suggéré que ces espèces cryptiques ou génotypes, présentaient (1) des préférences biogéographiques et écologiques restreintes par rapport à leur morpho-espèce respective et (2) des différences morphologiques. Dans ce travail, nous avons caractérisé la diversité génétique, morphologique et écologique de 4 morpho-espèces clefs de la paléocéanographie, i.e. Orbulina universa, Truncorotalia truncatulinoides, Globoconella inflata et Globigerina bulloides. Cette étude repose sur le développement d’un protocole d’extraction ADN non destructif pour la coquille calcaire, permettant l’analyse conjointe de la variabilité génétique et morphologique d’un même individu. Les variations de forme ou de porosité de chacun des génotypes des morphoespèces ont été quantifiées. Il apparaît que le fort degré de plasticité morphologique largement documenté chez les foraminifères planctonique et jusqu’alors interprété comme écophénotypique, est au moins en partie la conséquence du regroupement de plusieurs génotypes présentant des morphologies et préférences écologique particulières. Sur la base de ces observations, des modèles de reconnaissance morphologique permettant d’identifier les génotypes à partir de la morphologie de la coquille, utilisables à l’échelle populationnelle, ont été développés. Afin de quantifier l’impact de l’intégration de la diversité cryptique dans les reconstitutions paléocéanographiques basées sur les assemblages de foraminifères planctoniques, les fonctions de transfert couramment utilisées ont été re-calibrées en intégrant les distributions restreintes des génotypes d’O. universa, T. truncatulinoides, G. inflata et G. bulloides. Ces re-calibrations conduisent à un degré de précision jusqu’alors jamais atteint dans les reconstructions paléocéanographiques basées sur les assemblages de foraminifères planctoniques. / The usefulness of calcareous shells of planktonic foraminifera as a paleoceanographic proxy relies on the key hypothesis that each morphospecies corresponds to a biological species with a specific habitat. This empirical relationship has been challenged since molecular analyses have revealed a significant level of cryptic genetic diversity among modern morphospecies of planktonic foraminifera. Previous workers have suggested that the cryptic species or genotypes (1) display narrower biogeographic and ecological ranges than their related morphospecies, and (2) exhibit shell morphological differences. In this work, we have characterized the genetic, morphological and ecological diversity among four planktonic foraminiferal morphospecies of significance in paleoceanography, i.e. Orbulina universa, Truncorotalia truncatulinoides, Globoconella inflata and Globigerina bulloides. Our study relies on the development of a new single-cell DNA extraction protocol that retains the shell, allowing direct morpho-genetic comparisons. Shape or porosity variations within each genotype have been quantified. It appears that the high degree of morphological plasticity widely documented in planktonic foraminifera and classically seen as ecophenotypy, is at least partly the spurious consequence of lumping several genotypes that display morphological and environmental preferences. Based on these observations, we developed several population-scale models, which allow recognition of the cryptic species based on their shell morphology. Finally, in order to quantify the impact of integrating cryptic diversity in assemblage-based aleoceanographic reconstructions, we have re-calibrated transfer functions based on the ecological ranges of the genotypes of O. universa, T. truncatulinoides, G. inflata and G. bulloides in the southern oceans. Such recalibrations led to a great, previously never reached improvement in the accuracy of the assemblage-based paleoceanographic reconstructions.
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Generic concepts in the Crepidotaceae as inferred from nuclear large subunit ribosomal DNA sequences, morphology, and basidiospore dormancy patterns

Aime, Mary Catherine 08 May 1999 (has links)
The Crepidotaceae (Imai) Singer (Basidiomycetes: Agaricales) represents a proposed family of saprophytic fungi containing five agaricoid (Crepidotus, Tubaria, Melanomphalia, Simocybe, Pleurotellus) and four cyphelloid (Episphaeria, Phaeosolenia, Pellidiscus, Chromocyphella) genera. Several contemporary classification systems exist that delegate some or all of these genera to other agaric families. Phylogenetic relationships for the most prevalent genera in the Crepidotaceae were investigated using nuclear large subunit ribosomal DNA (LSU rDNA) sequences. Parsimony analysis of the molecular data supports the Singer classification of Crepidotus, Melanomphalia, and Simocybe as a single monophyletic unit within the Agaricales. The affinities of the genus Tubaria remain uncertain. Crepidotus (Fr.) Staude is the largest and most phenotypically variable genus in the Crepidotaceae. Sequencing of the LSU rDNA region for a cross-section of morphologically diverse species suggests that Crepidotus is not a monophyletic genus. Analysis of morphological characters for 23 Crepidotus taxa shows that characters traditionally applied for infrageneric classification of Crepidotus are homoplasic in origin, but that less commonly emphasized characters such as spore shape and ultrastructure of spore wall ornamentation may be indicative of monophyletic clades for this complex. A unique pattern of basidiospore dormancy and germination, unknown in any other species of agaric, is reported for 11 species of Crepidotus. Similar patterns were also encountered in species of Simocybe and Melanomphalia. In these species an endogenous period of spore dormancy of four to six months is followed by an activation period where the factors necessary for subsequent germination appear to involve a minimal nutritional component, water, and exposure to light. / Master of Science
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Filogenia molecular e interação parasito-hospedeiro de mixosporídeos parasitas de peixes procedentes de pisciculturas do estado de  São Paulo, Brasil / Molecular phylogeny and parasite-host interaction of myxosporean parasites of fish originating from fish farms in the state of Sao Paulo, Brazil

Capodifoglio, Kassia Roberta Hygino 20 October 2014 (has links)
O filo Myxozoa compreende organismos parasitários que infectam vertebrados, principalmente peixes, em diversas regiões do Brasil e do mundo. Com mais de 2180 espécies já descritas os mixosporídeos estão entre os patógenos mais importantes que infectam peixes tanto de ambiente natural como de sistemas de criação. Neste estudo, foram realizadas coletas no ano de 2012, onde foram capturados 13 espécimes de piraputanga (Brycon hilarii) e 14 espécimes de piauçu (Leporinus macrocephalus) oriundos de pisciculturas do estado de São Paulo. Foram encontrados mixosporídeos infectando o rim de B. hilarii e o filamento branquial de L. macrocephalus. Para a identificação das espécies de parasitos, foi utilizada a microscopia de luz para a análise morfológica e, também, histopatológica para a observação das alterações decorrentes do parasitismo. A análise ultraestrutural foi realizada para verificar a interação parasita-hospedeiro do mixosporídeo encontrado na piraputanga. A análise filogenética do gene 18S rDNA avaliou a relação entre as espécies identificadas com outras espécies de mixosporídeos já descritas. Uma nova espécie de Myxobolus foi descrita neste estudo infectando o rim de B. hilarii e a caracterização molecular e filogenética de Henneguya leporinicola, encontrado infectando o filamento branquial de L. macrocephalus, foi realizada. No estudo filogenético, utilizando o método de Máxima Verossimilhança para ambas as espécies, verificou-se que as espécies de mixosporídeos se agruparam primeiro de acordo com a ordem do hospedeiro Characiforme e pelo tropismo tecidual. A análise molecular demonstrou diferenças genéticas significativas em comparação com outras espécies já descritas na América do Sul e em outros países. / The Myxozoa phylum comprises parasitic organisms that infect vertebrates, mainly fish, in many areas from Brazil and from the world. With more than 2180 species already described, myxosporeans are among the most important fish pathogens which infect both natural environment and breeding systems. In this study, captures were made in 2012, where 13 specimens of piraputanga (Brycon hilarii) and 14 specimens of piauçu (Leporinus macrocephalus) proceeding from fish farms in the state of Sao Paulo were capured. Myxosporeans were found infecting the kidney of B. hilarii and the gill filament of L. Macrocephalus. For the identification of parasite species, it was used light microscopy for morphological and histopathological analyzes to observe the damage caused by parasitism. The ultrastructural analysis was performed to verify the host-parasite myxosporean interaction found on piraputanga. The phylogenetic analysis of 18S rDNA evaluated the relation between the species identified with other myxosporean species already described. A new Myxobolus species was described in this study infecting the kidney of B. hilarii and molecular characterization and phylogenetic of Henneguya leporinicola, infecting the gill filament of L. macrocephalus, was performed. In phylogenetic study, using the method of Maximum Likelihood for both species, it was observed that the species of myxosporean grouped according to the order of the host Characiform and the tissue tropism. Molecular analysis showed significant genetic differences with other described species in South America and other countries.
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Uso de marcadores ribossomais para caracterização de lchthyophthirius multifiliis (Fouquet, 1876) procedentes de diferentes regiões do Brasil / The usage of ribosomal markers for characterization of Ichthyophthirius multifiliis (Fourquet, 1876) from different regions of Brazil

Maciel, Elayna Cristina da Silva 31 August 2016 (has links)
O I. multifiliis é um protozoário ciliado que acomete diferentes espécies de peixes, causador da ictiofitiriase, responsável por altas taxas de mortalidade em pisciculturas e resultando em perdas econômicas. O presente estudo avaliou isolados do parasito oriundos de peixes capturados em seis estados brasileiros, utilizando como marcadores moleculares ribossomais os genes 18S, 5.8S e 28S e os espaçadores intergênicos ITS1 e ITS2 de I. multifiliis, obtidos através da Reação em Cadeia da Polimerase (PCR) e posteriormente, sequenciados. Primers específicos foram desenhados para este estudo. As sequências dos isolados de I. multifiliis encontrados infectando diferentes hospedeiros em diferentes estados brasileiros apresentaram grande similaridade e homologia, sendo muito conservadas e, por este fato, não permitem diferenciação entre isolados deste parasito. Sequências do DNA de isolados de I. multifiliis de diferentes regiões brasileiras foram depositadas no GenBank e representam as primeiras informações para esta espécie no Brasil. / The I. multifiliis is a ciliate protozoan that affects fishes of different species, which causes Ichthyophthiriasis. This disease is responsible for high mortality in fish farms resulting in economic losses. The present study evaluated parasite isolates from four Brazilian states, using nuclear ribosomal molecular makers for 18S,5.8S and 28S genes and the first and second internal transcribed ITS1 and ITS2 intergenic spacers from I. multifiliis. All the markers were evaluated through Polymerase Chain Reaction (PCR) and rDNA sequenced, using novel specific primers; the sequences of different isolated of I. multifiliis, which were collected from different fish species (host) from different Brazilian regions showed high similarity and homology, which were extremely conserved therefore it was not possible to differentiate among the strains from this parasite. All recovered sequences from this study were deposited in GenBank database. These sequences represent a novel contribution for Brazilian isolate of I. multifiliis.
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Evolução cromossômica de espécies de Crotalaria (L.) da seção Hedriocarpae, subseção Macrostachyae (Leguminosae-Papilionoideae) / Karyotype evolution of Crotalaria (L.) species of the Hedriocarpae section, Macrostachyae subsection (Leguminosae-Papilionoideae)

Morales, Andressa Gois 31 March 2008 (has links)
O gênero Crotalaria possui aproximadamente 600 espécies descritas, localizadas principalmente nas regiões tropicais e subtropicais. Estas espécies estão classificadas em oito seções e nove subseções botânicas definidas principalmente com base em caracteres florais. Estas seções botânicas podem ser subdivididas em dois grupos principais: um de espécies com flores especializadas e outro de espécies sem especialização das flores. Estudos citogenéticos anteriores mostraram que as características cromossômicas são conservadas dentro de uma mesma seção ou subseção botânica e foi proposto que as espécies com especialização das flores teriam uma organização cromossômica diferente das espécies sem especialização das flores. Dentro deste contexto, foram descritos os cariótipos e a organização do genoma de três espécies e duas sinonímias, da seção Hedriocarpae, subseção Macrostachyae, com a utilização de coloração convencional dos cromossomos pelo método de Feulgen, de coloração com fluorocromos específicos às regiões cromossômicas ricas em GC ou AT e mapeamento físico por hibridação molecular in situ fluorescente (FISH) dos locos de DNA ribossômicos 45S e 5S. A obtenção de marcadores cromossômicos característicos para esta subseção e a construção de mapas citogenéticos possibilitaram a identificação de uma inversão pericêntrica, de eventos de transposição e da diferenciação na natureza das seqüências de DNA da heterocromatina pericentromérica, previamente descrita em espécies com flores especializadas como ricas em GC. Estes resultados revelaram alguns dos eventos citogenéticos ocorridos durante a diversificação do gênero, sendo que a subseção Macrostachyae é caracterizada por uma inversão no cromossomo 1 que pode ter uma origem antiga no gênero e que espécies sem especialização das flores, de fato possuem uma organização cromossômica distinta das espécies com flores especializadas, principalmente quanto à natureza das seqüências de DNA da heterocromatina pericentromérica. / Approximately 600 species of the Genus Crotalaria have been described, the majority is located in tropical and subtropical regions. These species are classified into eight botanical sections and nine subsections according to floral characteristics. The botanical sections can be divided into two major groups: one with species presenting flower specialization and the other without flower specialization. Previous cytogenetic studies showed that chromosomal features are conserved within the same botanical section or subsection, and it has been suggested that species with flower specialization have a different chromosomal organization from those species without flower specialization. In this context, the karyotypes and genome organization of five species (being three synonymy from the Hedriocarpae section, Macrostachyae subsection) were described by conventional chromosome staining using Feulgen, specific fluorochrome staining to GC or AT chromosomal rich regions and physical mapping by fluorescent in situ molecular hybridization of 45S and 5S ribosomal genes. The mapping of specific chromosome markers and construction of cytogenetic maps of this section have allowed us to identify a pericentric inversion, transposition events and a differentiation in the nature of DNA sequences of the pericentromeric heterochromatin, previously described as GC-rich in species with flower specialization. The results reveal diverse cytogenetic events that occurred during the genus diversification: the Macrostachyae subsection showed a pericentric inversion in the chromosome pair 1 (presumably of ancient origin) while species without flower specialization are characterized by a distinct chromosomal organization, mainly concerning the nature of DNA sequences of pericentromeric heterochromatin.
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Taxonomia, filogenia e interação parasita-hospedeiro na infecção de mixosporídeos em piapara(Leporinus obtusidens) e dourado (Salminus brasiliensis) oriundos do rio Mogi Guaçu, São Paulo, Brasil / Taxonomy, phylogeny and host parasite-interaction in the infection of myxosporean in piapara (Leporinus obtusidens) and dourado (Salminus brasiliensis), from the Mogi-Guaçu river, São Paulo, Brazil

Moreira, Gabriel Sassarão Alves 26 February 2013 (has links)
Os organismos do filo Myxozoa são endoparasitas obrigatórios que infectam principalmente peixes em diversas regiões do mundo, estando entre os mais importantes patógenos de peixes, com mais de 2180 espécies descritas porém, pouco se conhece deste parasita em peixes do Brasil. Neste estudo foram realizadas coletas entre abril de 2011 a agosto de 2012, onde foram coletados oito exemplares de piapara (Leporinus obtusidens) e dezessete exemplares de dourado (Salminus brasiliensis), oriundos do rio Mogi-Guaçu, próximo a Cachoeira de Emas, localizada no município de Pirassununga, estado de São Paulo. As análises morfológicas (microscopia de luz, histologia e a análise ultraestrutural), técnicas de biologia molecular (PCR e sequenciamento) foram utilizadas na identificação de duas novas espécies de Henneguya e análise filogenética do gene 18S rDNA foi realizada para avaliar a relação filogenética desta duas novas espécies com outras espécies de mixosporídeos. Duas novas espécies foram encontradas neste estudo. Uma delas foi encontrada infectando a nadadeira de L. obtusidens e é descrita neste estudo como Henneguya sp. 1 e uma outra espécie encontrada infectando a membrana do arco da branquial e na membrana entre os raios da nadadeira de S. brasiliensis, a qual foi aqui descrita como Henneguya sp. 2. A análise histopatológica revelou que Henneguya sp. 1 ocasionou uma leve compressão no tecido adjacente. A análise ultra-estrutural permitiu a compreensão da interface parasita-hospedeiro e o processo de esporogênese das duas espécies descritas; além disso, foi observado a presença de vesículas esbranquiçadas para Henneguya sp. 2, com função ainda desconhecida. Nos estudos filogenéticos, utilizando os métodos máxima parcimônia e máxima verossimilhança para ambas as espécies, foi avaliado no estudo 1 que Henneguya sp. 1, parasita de peixe characiforme, aparece isolado dando origem a um clado irmão de Henneguya spp., parasitas de siluriformes, characifomes e esociformes; já no estudo 2, a análise filogenética da espécie Henneguya sp. 2, também parasita de peixe characiforme, foi observado a formação de um clado com 3 espécies parasitas de characiformes, sendo duas espécies de Henneguya descritas neste estudo e o Myxobolus oliveirai. / The parasites of Myxozoa are endoparasites that infect mainly fishes in several parts of the world, being this group considered one of the most important pathogens of fishes, with more than 2180 species described. However little is known about this group of parasite in Brazil. During this study, eight piapara (Leporinus obtusidens) and seventeen dourado (Salminus brasiliensis) were caught in Mogi-Guaçu river in a period from April 2011 to August 2012, near waterfall Cachoeira de Emas located at Pirassununga city, state of São Paulo, Brazil. Morphological analyses (light microscopy, histology and ultrastructure) and molecular biology techniques (PCR and sequencing) where done to identify two new species of Henneguya and phylogenetic analyses using the 18S rDNA gene were performed to evaluate the phylogenetic relationship of this two new species among others myxosporeans available on GenBank. Henneguya sp. 1 has been described infecting the fin of L. obtusidens and Henneguya sp. 2 has been described infecting the gill arch membrane and the fin membrane of S. brasiliensis. The histopathological analyses revealed that Henneguya sp. 1 occasioned a small compression of adjacent tissue of the host. Ultraestructural analyses showed the host-parasite\'s interface and the sporogenesis of the two Henneguya spp. furthermore Henneguya sp. 2 showed several whitish vesicles with an unknown function. Phylogenetic studies using the maximum parsimony and maximum likelihood methods, showed in the first study Henneguya sp .1 appearing alone as a basal branch of a sister clade composed by Henneguya parasites of siluriforms, characiforms and esociforms fishes, and the second study showed Henneguya sp. 2 grouped with Hennegua sp. 1 and Myxobolus oliveirai, both parasites of characiforms fishes.
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Caracterização molecular das linhagens de Zymomonas mobilis da coleção de micro-organismos UFPEDA

ARAÚJO, Livia Caroline Alexandre de 20 February 2014 (has links)
Submitted by Fabio Sobreira Campos da Costa (fabio.sobreira@ufpe.br) on 2016-06-29T12:07:11Z No. of bitstreams: 2 license_rdf: 1232 bytes, checksum: 66e71c371cc565284e70f40736c94386 (MD5) Dissertação Livia Araujo.pdf: 1983609 bytes, checksum: cbba526737c10f6743b3fd015372721a (MD5) / Made available in DSpace on 2016-06-29T12:07:11Z (GMT). No. of bitstreams: 2 license_rdf: 1232 bytes, checksum: 66e71c371cc565284e70f40736c94386 (MD5) Dissertação Livia Araujo.pdf: 1983609 bytes, checksum: cbba526737c10f6743b3fd015372721a (MD5) Previous issue date: 2014-02-20 / CAPEs / Zymomonas mobilis vem despertando um grande interesse no meio científico, industrial e biotecnológico devido ao seu alto potencial fermentativo. Do ponto de vista taxonômico, Z. mobilis é a única espécie do gênero Zymomonas, e é subdivida em três subespécies: Z. mobilis subsp. mobilis, Z. mobilis subsp. pomaceae e Z. mobilis subsp. francensis. A diferenciação destas subespécies é baseada em testes fisiológicos. Estes testes consomem tempo e são frequentemente duvidosos. Por isso, técnicas moleculares são propostas como uma alternativa rápida e confiável para diferenciação destas bactérias. O presente estudo teve como objetivo realizar a caracterização molecular das 32 linhagens de Zymomonas mobilis depositadas na Coleção de Microrganismos UFPEDA, através da análise das sequências do gene 16S rDNA e ARDRA. As linhagens foram cultivadas em meio SSDL por 24 horas à 30º, seguida de centrifugação e extração de DNA cromossômico. As reações de PCR foram realizadas com iniciadores e condições específicas para a amplificação do gene 16S rDNA. Os produtos do gene 16S rDNA amplificados foram purificados, sequenciados e clivados com as enzimas de restrição Hae III, NdeII e StuI. Os dados obtidos pelo sequenciamento do gene 16S rDNA foram analisados, comparados e alinhados, pelo programas BLASTn e MultiAlin, com sequências de linhagens de Z. mobilis previamente depositadas no banco de dados GenBank. Um dendograma foi construido através do programa ClustalW pelo método de neighbor-joining Os perfis de restrição teórico das enzimas de restrição Hae III, NdeII e StuI foram gerados a partir do WebCutter 2.0. Dendogramas foram construídos a partir da matriz de similaridade genética de Jaccard, calculada pela análise dos perfis de restrição teóricos de cada enzima. A análise das sequências obtidas no presente estudo revelou o elevado grau de conservação no gene 16SrDNA, confirmando a relação de proximidade das linhagens de Zymomonas mobilis depositadas na Coleção de Micro-organismos UFPEDA e a aproximidade com a Z. mobilis subsp. mobilis LMG445, sugerindo que as linhagens desta coleção pertencem a esta subespécie.Além disso, conclui-se que a análise do perfil restrição teórico do gene 16S rDNA possibilita a diferenciação de Z. mobilis,a nível de subespécie, mas não é eficaz para analisar a variabilidade genética entre as linhagens de Z. mobilis UFPEDA. Baseados nestes resultados, outros marcadores filogenéticos devem ser empregados para analisar a variabilidade genética destas linhagens, possibilitando um melhor conhecimento da diversidade desta bactéria. / Zymomonas mobilis has attracted great interest in the scientific, industrial and biotechnological medium due to its high fermentation potential. The taxonomic viewpoint, Z. mobilis is the only species of the genus Zymomonas , and is subdivided into three subspecies : Z. mobilis subsp. mobilis, Z. mobilis subsp. pomaceae and Z. mobilis subsp. francensis. The differentiation of these subspecies is based on physiological tests. These tests are time consuming and often unreliable. Therefore, molecular techniques are proposed as a fast and reliable alternative to differentiation of these bacteria. This study aims to perform molecular characterization of 32 strains of Zymomonas mobilis deposited in the Collection of Microorganisms UFPEDA by sequence analysis of 16S rDNA gene and the theoretical restriction profile of this gene. The strains were grown in SSDL for 24 hours at 30 ° , followed by centrifugation and extraction of chromosomal DNA . PCR reactions were performed with primers and specific conditions for amplification of the 16S rDNA gene. The amplified products of 16S rDNA were purified, sequenced, and cleaved with restriction enzymes Hae III, NdeII and StuI . The data obtained by 16S rDNA gene were analyzed, compared and aligned by BLASTn and MultiAlin programs with sequences of strains of Z. mobilis previously deposited in the GenBank databas . A dendogram was constructed using the program ClustalW method by neighbor-joining. Profiles theoretical restriction of restriction enzyme Hae III, NdeII and StuI were generated from WebCutter 2.0. Dendrograms were constructed from the genetic Jaccard similarity matrix, calculated by analyzing the theoretical restriction profiles of each enzyme. The analysis of the sequences obtained in this study revealed the high degree of conservation in 16SrDNA gene, confirming the close relationship of strains of Zymomonas mobilis deposited in the Collection of Micro-organisms UFPEDA and closeness with Z. mobilis subsp. mobilis LMG445, suggesting that the strains in this collection belong to this subespécie. In addition, it is concluded that the theoretical restriction profile analysis of the 16S rDNA gene allows differentiation of Z. mobilis , the level of subspecies , but it is not effective to analyze the genetic variability between strains of Z. mobilis UFPEDA . Based on these results , other phylogenetic markers should be employed to analyze the genetic variability of these strains , allowing a better understanding of the diversity of this bacteria.

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