Filamentous aeroterestrial green algae genus Klebsormidium occurs in a very wide range of freshwater and terrestrial habitats. Recent results of molecular investigations led to the finding that the diversity within this genus is far greater than expected on the basis of the morphological features, and that the traditional phenotypic species concept is insufficient. I tried to differentiate phylogenetic lineages within the genus Klebsormidium by thein different biogeographical distribution and environmental preferences. Since no study dealing with the biogeographic pattern of aeroterrestrial algae was so far undertaken, another aim of this work was to test validity of the protist ubiquity model in aeroterrestrial habitats. I studied this issues based on the chloroplast rbcL molecular marker. Based on the obtained data I found that the geographic definition of particular Klebsormidium lineages turns out to be unusable because of the cosmopolitan occurrence of almost all genotypes. However, the data obtained from the substrate specificity study shows that clear ecological preferences exist within the genus Klebsormidium and could be simply used to define different lineages within the genus.

Vischeria and Eustigmatos are closely related genera occurring in terrestrial habitats. These genera were distinguished by the differences in the features of the cell wall (projections and ridges of different form, smooth surface respectively). Up to date three species of the genus Eustigmatos and twelve species of the genus Vischeria have been described, but nine of the Vischeria species have been rarely, if ever, observed since the original description. This work is focused on evaluating molecular variability, diversity, and taxonomy of the Vischeria/Eustigmatos complex. Ninety seven strains, obtained from public algal collections or newly isolated from localities from all over the world, were studied, including the type strains of two Eustigmatos species and three Vischeria species. Phylogenetic analyses of the ITS2 rDNA and rbcL sequences showed that these genera are not genetically separated. The five types strains each represented a separate evolutionary lineage. Some of the additional lineages included strains morphologically corresponding to the species Eustigmatos magnus. Some of the newly isolated strains are according to the markers examined genetically indistinguishable from known strains from public algal collections. However, some of them are new lineages. Only one of the phylogenetic...

Made available in DSpace on 2016-06-02T19:32:10Z (GMT). No. of bitstreams: 1 6126.pdf: 1329059 bytes, checksum: 59a44130f8729045ce75390394dff4ea (MD5) Previous issue date: 2014-05-30 / Financiadora de Estudos e Projetos / The polifasic taxonomy approach became indispensable in classification of living beings, especially microorganisms, such as Chlorophyceae. This class is compound of very distinct organisms most microscopic, unicellular, colonials, filamentous, and the classification and identification is many times hampered due the lack of structures observable that helps the discrimination. Some habits, reproduction, the occurrence of cryptic species are some factors that can lead to forms that make difficult the taxonomy of these organisms. Besides the traditional morphology, the molecular biology allows a robust concerning the classification of the studied organism. Associated to a better classification, the search for faster and more practical methods of identification, as DNA Barcode, became intensified and many molecular markers are available in literature to be tested. For some groups of animals, brown algae, red algae and diatoms the marker COXI is considered an official DNA Barcode. However other groups, as Chlorophycea, are under constant investigation, due the fact that molecular marker that can be used satisfactory as DNA Barcode have not been found yet. Plastid markers as tufA, rbcL and nuclear as ITS are some of the most proposed to be applied in green algae, often combined with each other or other markers. However, for act as a molecular marker, it is necessary to be amplified by primers broadly applied. The present study has tested primers for tufA, ITS and rbcL marker, available in literature and already in use in other groups, looking for universality in Chlorophyceae. We also tested proposed universal primers for Chlorophyta (UCP4). Moreover, preliminary analyses have been performed for application of the markers as barcode in the class. The primers used for tufA marker showed universality in Chlorophycea amplifying for all 22 strains tested and sequencing have failed only for Oedogonium strain. From the rbcL marker, the primer pair GrbcL has amplified 12 and sequenced 7 of 22 strains and rbcLFP which one the reverse primer was designed in this study amplified and sequenced 16 lineages. Primers from the ITS marker amplified only 5 lineages and UCP4 primers have not amplified any strain. Beside the universality found for tufA primers, Analysis with the obtained sequences showed that the tufA gene is a promising molecular marker to be applied in Chlorophyceae. / A abordagem polifásica de taxonomia se tornou indispensável na classificação especialmente de microorganismos, como os da classe Chlorophyceae. Esta classe é composta de organismos muito distintos, sendo a maioria microscópica, apresentando formação do talo unicelular, colonial e filamentosa e a classificação e identificação dos representantes desta classe são muitas vezes dificultadas pelo fato de não possuírem estruturas observáveis em microscópio usadas para discriminação. Alguns hábitos e tipos de reprodução, a ocorrência de espécies crípticas são alguns fatores que podem resultar em formas que também dificultam a taxonomia destes organismos. Associada a uma classificação mais robusta, a procura por métodos mais rápidos e práticos, como o DNA Barcode, se intensificou e muitos marcadores moleculares já se encontram disponíveis na literatura para serem testados. Para alguns grupos de animais, algas pardas, algas vermelhas e diatomáceas o marcador COXI é considerado oficial como DNA Barcode. Entretanto, outros grupos como Chlorophyceae este marcador não é aplicável devido a sua natureza conservada e, portanto, estão sob constante investigação, devido ao fato de que ainda não foram encontrados marcadores que possam ser aplicados satisfatoriamente como DNA Barcode. Marcadores plastidiais como tufA, rbcL e nucleares como o ITS são alguns dos mais aplicados em estudos com algas verdes, muitas vezes combinados entre si ou com outros marcadores. Entretanto para que figurem como marcadores moleculares devem ser amplificados por primers que possam ser aplicados de maneira ampla. Assim, o presente estudo teve como objetivo testar primers para os marcadores tufA, ITS, rbcL , disponíveis na literatura e já aplicados com outros grupos, buscando a universalidade destes primers também em Chlorophyceae. Foi testado também um par de primers proposto como universal para Chlorophyta (UCP4). Os primers para o gene tufA mostraram universalidade para a classe amplificando todas as 22 cepas testadas com falha no seqüenciamento apenas para a cepa de Oedogonium sp.Os primers para o gene rbcL, GrbcL, amplificou 12 e seqüenciou satisfatoriamente 7 cepas das 22 utilizadas, e o par rbcLFP, o qual teve um de seus iniciadores desenhado neste estudo, amplificou e seqüenciou 16 cepas. Primers para o gene ITS amplificaram 5 cepas com bom seqüenciamento de apenas 3 e o par de primers UCP4 não amplificou nenhuma cepa. Além da universalidade observada do par de primers para o gene tufA, análises com as seqüências obtidas mostraram que este gene se mostrou um promissor candidato a marcado molecular para aplicação na classe Chlorophyceae.

Biodiversity across the globe is threatened. Rapid surveying and monitoring techniques are required to understand the origin of the threats to biodiversity and to enable conservation actions to be undertaken. Kuwait is an arid desert country with a small flora of only 402 species. This flora is endangered by environmental factors, overgrazing, and human activities. DNA barcoding the flora and using Next Generation Sequencing (NGS) technologies allowed us to identify plants to species level, conduct a molecular taxonomic revision, and distinguish plant diversity found in soil environmental DNA samples. After investigating the discriminatory power of five commonly used DNA markers from plastid (matK, rbcL, trnH-psbA, trnL) and a nuclear genome (ITS2) on four largest genera of the flora using phylogenetics reconstruction tree based methods, two barcoding markers (rbcL and ITS2) were assigned to build a DNA reference library of the flora. Furthermore, the DNA reference library was tested to identify the plant diversity found below-ground level and comparing it with that above-ground, using environmental soil samples collected from both species rich and poor habitats in Kuwait by applying high-throughput sequencing methods. The DNA database provided in this study could be used as a reference library for the identification process and contribute towards the future of molecular taxonomy, biodiversity and ecological research in Kuwait.

Benthic diatoms are often used as indicators of water quality and past environmental conditions. This depends entirely on a reliable taxonomic system. With the advent of DNA techniques, genetic analyses can now be used in tandem with traditional microscopy in order to improve taxonomy and determine evolutionary relationships. This thesis examined a speciose genus of diatoms Neidium (> 300 species) and, using sequence data from molecular markers as well as traditional morphological analyses, investigated phylogenetic relationships. Fresh benthic samples from aquatic ecosystems in Eastern North America were collected; Neidium taxa were examined using light and scanning electron microscopy then compared to the original specimen types. A total of 124 individual cells were retrieved, amplified, and sequenced for four molecular markers (rbcL, 18S, psbA, and psbC). Phylogenetic reconstructions were completed using Maximum likelihood and Bayesian analyses; when compared with morphological analyses this led to the delineation of several novel Neidium species.

O gênero Hypnea Lamouroux (1813) e particularmente a espécie H. musciformis (Wulfen) J.V.Lamouroux apresentam grande importância ecológica e econômica como matéria prima para a produção de carragenana, com ampla distribuição geográfica em águas tropicais e sub-tropicais ao redor do mundo. No entanto, a identificação das espécies de Hypnea com base apenas em dados morfológicos é dificultada devido à plasticidade fenotípica presente neste grupo e sua morfologia relativamente simples. Em vista disso, diversas ferramentas de estudo para delimitar espécies dentro do gênero e sua distribuição geográfica foram utilizados neste trabalho, para testar duas hipóteses principais: 1) Hypnea musciformis forma um complexo de espécies proximamente relacionadas, mas com distribuição geográfica distinta e 2) Os variantes morfológicos \"musciformis\" e \"nigrescens\" de H. pseudomusciformis que ocorrem na costa Brasileira correspondem a uma única espécie biológica. Com base em marcadores moleculares e análises morfológicas, confirmamos a ocorrência de nove espécies diferentes na costa do Brasil: H. brasiliensis, H. cervicornis, H. edeniana, H. flava, H. pseudomusciformis, H. platyclada, H. spinella, H. yokoyana e H. wynnei. E duas espécies não descritas, Hypnea sp.1 e Hypnea sp2. Além disso, dados de cruzamento com linhagens distintas de H. pseudomusciformis indicam a separação em duas espécies, sendo H. pseudomusciformis restrita ao Sudeste e Sul do país e H. sp. 5 restrita ao Nordeste, elevando o número total de espécies do país para 12. Análises filogeográficas mostram que H. musciformis possui distribuição ao longo do Hemisfério Norte, enquanto que H. pseudomusciformis possui distribuição ao longo do Hemisfério Sul. Além disso, foram detectados fortes padrões de estrutura genética e foram reconhecidas distintas zonas filogeográficas marinhas: a província do Uruguai, a província do sul do Brasil, a província do Rio de Janeiro, a província do leste do Brasil e a província do norte do Brasil. O grau de isolamento genético e distinção entre essas províncias variou consideravelmente. A maior diversidade genética foi encontrada na região de ressurgencia de Cabo Frio, no estado do Rio de Janeiro, uma região conhecida pela presença de um número diversificado de habitats microclimáticos distintos. Esses resultados corroboram a hipótese 1. Para testar a hipótese 2, foram coletados indivíduos das duas variantes morfológicas de H. pseudomusciformis, \"musciformis\" e \"nigrescens\" que foram cultivados in vitro nas mesmas condições. O histórico de vida de ambas as variantes morfológicas foi completado em aproximadamente 121 dias. Quando cultivados in vitro, as diferenças morfológicas entre as variantes \"musciformis\" e \"nigrescens\" foram atenuadas. O conteúdo de pigmentos fotossintetizantes (clorofila a, carotenóides e ficobiliproteínas), proteínas solúveis totais e capacidade antioxidante (DPPH, ABTS, capacidade de redução de Folin-Ciocalteu, FRAP e capacidade de quelação de ferro) também foram analisados para amostras dessas duas variantes morfológicas coletadas no campo e cultivadas in vitro. A variação \"nigrescens\" coletada no campo apresentou mais ficobiliproteínas, proteínas solúveis totais e apresentou maior atividade antioxidante para os ensaios ABTS e Folin-Ciocalteu do que a variação \"musciformis\". As amostras em cultura de ambas as variações morfológicas não mostraram diferenças significativas nos pigmentos e atividade antioxidante, exceto para aloficocianina, que foi maior em \"musciformis\". Estes dados indicam que as diferenças encontradas entre \"musciformis\" e \"nigrescens\" são principalmente devidas a pressões ambientais e representam um exemplo de plasticidade fenotípica. Além disso, foram realizados experimentos de cruzamento in vitro entre gametófitos de \"musciformis\" e \"nigrescens\". Esses cruzamentos resultaram na formação de cistocarpos, que após a liberação dos esporos, originaram novos tetrasporófitos, que posteriormente ficaram férteis liberando tetrásporos que se desenvolveram em novos gametófitos, confirmando os dados moleculares que mostram que essas variantes pertencem à mesma espécie biológica, corroborando a hipótese 2 / The genus Hypnea Lamouroux (1813) and particularly H. musciformis (Wulfen) J.V.Lamouroux present great economic and ecological importance as source for the production of carrageenan, with a wide geographic distribution in tropical and sub-tropical waters around the world. However, the identification of Hypnea species based only on morphological data is hampered by phenotypic plasticity and its relatively simple morphology. In this work, several approaches were used to study species of the genus Hypnea, based on two hypothesis: 1) The species H. musciformis is a complex of closely related species, but with a distinct geographic distribution. 2) The morphological variants \"musciformis\" and \"nigrescens\" of H. pseudomusciformis occurring on the Brazilian coast correspond to a single biological species. Based on DNA barcode molecular markers and morphological analyzes, we confirmed the occurrence of nine different species for the genus Hypnea on the coast of Brazil: H. brasiliensis, H. cervicornis, H. edeniana, H. flava, H. pseudomusciformis, H. platyclada, H. spinella, H. yokoyana and H. wynnei. And two undescribed species, H. sp.1 and H. sp2. In addition, cross-breeding tests were made within two linaeges of H. pseudomusciformis , the resultus indicate the segregation in two distint species, with H. pseudomusciformis restrict to Southeast and South of the country and H. sp. 5 to Northeast, elevating the total number of species to 12. Phylogeographic analyzes show that H. musciformis is distributed in the Northern Hemisphere of the planet, while H. pseudomusciformis is distributed in the Southern Hemisphere. In addition, strong patterns of genetic structure were detected and distinct marine phytogeographic zones were recognized: the province of Uruguay, the province of southern Brazil, the province of Rio de Janeiro, the province of eastern Brazil and the province of northern Brazil. The degree of genetic isolation and distinction between these provinces varied considerably. The greatest genetic diversity was found in Cabo Frio, in the state of Rio de Janeiro, a upwelling region known for the presence of a diverse number of distinct microclimatic habitats. These results corroborate hypothesis 1. To test hypothesis 2, individuals of the two morphological variants of H. pseudomusciformis, \"musciformis\" and \"nigrescens\" were collected and kept under the same in vitro culture conditions. The life history of both morphological variants was completed in approximately 121 days. When cultured in vitro, the morphological differences between the \"musciformis\" and \"nigrescens\" variants were attenuated. The content of photosynthetic pigments (chlorophyll a, carotenoids and phycobiliproteins), total soluble proteins and antioxidant capacity (DPPH, ABTS, reduction capacity of Folin-Ciocalteu, FRAP and iron chelation capacity) were also analyzed for samples of these two morphological variants collected in the field and from in vitro cultures. The \"nigrescens\" variation collected in the field showed more phycobiliproteins, total soluble proteins and presented greater antioxidant activity for ABTS and Folin-Ciocalteu than the \"musciformis\" variation. Samples maintained in vitro of both morphological variations did not show significant differences in pigment and antioxidant activity, except for allophycocyanin, which was higher in \"musciformis\". These data indicate that the differences found between \"musciformis\" and \"nigrescens\" are due to environmental pressures and represent an example of phenotypic plasticity. In addition, in vitro crossing experiments were performed between gametophytes of \"musciformis\" and \"nigrescens\". These crossings generated cystocarps and, after the spores were released, new tetrasporophytes were observed, which later produced tetraspores that germinated forming new gametophytes, confirming the molecular data that show that these variants belong to the same biological species, corroborating the hypothesis 2

O gênero Hypnea J.V. Lamouroux (1813) (Cystocloniaceae, Gigartinales), com cerca de 67 espécies descritas, apresenta ampla distribuição geográfica pelas costas marinhas de águas quentes ao redor do mundo. Algumas espécies de Hypnea são usadas para a produção de carragenanas, hidrocolóides de grande importância na indústria atual. A taxonomia do gênero é bastante problemática e a identificação das espécies é complicada devido a uma morfologia relativamente simples que muitas vezes é influenciada pelas condições do habitat onde se encontram. Apesar das revisões regionais já realizadas, o número certo de espécies e o status de algumas delas permanece em dúvida. Estudos moleculares já foram realizados com o gênero Hypnea principalmente para região da Ásia. A técnica do \"DNA barcoding\" tem sido testada em Rhodophyta com sucesso para identificação rápida de espécies, utilizando a região 5´ do gene mitocondrial da citocromo c oxidase subunidade I, o marcador cox1. Outro marcador recentemente testado como \"DNA barcode\" é o domínio V do gene plastidial 23S, o marcador UPA. Além destes, o marcador plastidial rbcL tem sido utilizado como ferramenta para estudos filogenéticos do gênero Hypnea. No presente trabalho, foram sequenciadas para o marcador cox1, 49 amostras provenientes do no litoral do estado de São Paulo, uma amostra proveniente do estado do Rio de Janeiro e cinco amostras mantidas em cultura provenientes dos litorais dos estados de São Paulo e Espírito Santo. Foram identificados seis grupos taxonômicos diferentes segundo o marcador cox1. Representantes de cada um desses grupos foram sequenciados para os marcadores UPA e rbcL. A divergência interespecífica encontrada entre as amostras sequenciadas neste estudo para o marcador cox1 foi 62 - 100 pb (10,1 - 16,3%); para o marcador UPA foi 9 - 16 pb (2,5-4,4%) e para o marcador rbcL foi 42 - 88 pb (3,2 - 6,7%). As divergências intraespecíficas das amostras obtidas neste estudo foram, 0 - 5 pb (0 - 0,9 %) para o marcador cox1, 0 - 1pb (0 - 0,3%) para o marcador UPA e 0 - 6 pb (0 - 0,5%) para o marcador rbcL. As divergências observadas corroboram a existência de seis entidades taxonômicas diferentes. Após análise da morfologia e comparação com sequências disponíveis no GenBank as espécies do gênero Hypnea foram nomeadas como: H. cervicornis, H.flexicaulis, H. musciformis, H. spinella, Hypnea sp.1 e Hypnea sp.2. Sendo a espécie Hypnea flexicaulis a primeira citação para o Oceano Atlântico. Baseado nos estudos moleculares e morfológicos, concluímos que a espécie H. nigrescens, anteriormente citada para o Estado de São Paulo, é na verdade uma variação morfológica de H. musciformis. Ainda, concluímos que as espécies de H. cervicornis e H. spinella não devem ser colocadas em sinonímia uma vez que suas características morfológicas e as diferenças nas sequências obtidas através dos três marcadores utilizados mostram que são duas espécies distintas / The genus J.V. Lamouroux (1813) (Cystocloniaceae, Gigartinales), comprises 67 described species, has a wide geographical distribution on the tropical shores around the world. Some species of Hypnea are used for the production of carrageenan, hydrocolloids of great importance in today´s industry. The taxonomy of the genus is very problematic and Hypnea species identification is complicated by a relatively simple morphology that is often influenced by the conditions of the habitat. Although some regional reviews have been carried out, the right number of species and the status of some species remain in doubt. Molecular studies have been carried out mainly dealing with species from Asia. The technique of \"DNA barcoding\" has been successfully tested in Rhodophyta for rapid identification of species using the 5 \'region of the mitochondrial gene cytochrome c oxidase subunit I, the marker cox1. Recently, another marker tested as \"DNA barcode\" is the domain V of the plastidial 23S gene, the marker UPA. In addition, the plastidial marker rbcL has been used as a tool for phylogenetic studies of the genus Hypnea. In this study, were sequenced for the marker cox1, 49 samples from the coast of São Paulo State, a sample from the State of Rio de Janeiro and five samples maintained in culture from the coastal states from the States of São Paulo and Espirito Santo. We identified six different taxonomic groups according to the marker cox1. Representatives of each of these groups were sequenced for the UPA and rbcL markers. The divergence found among the cox1 sequences in this study was from 62 to 100 bp (10.1 - 16.3%), for the UPA marker was from 9 to 16 bp (2.5 to 4.4%), and for the rbcL marker was 42 to 88 bp (3.2 - 6.7%). The intraspecific divergences for the samples sequenced in this study were 0-5 bp (0 -0.9%) for the cox1, 0-1 bp (0 - 0.3%) for the UPA and 0-6 bp (0 - 0.5%) for the rbcL. The observed divergences for the three molecular markers confirm the existence of six different taxonomic entities. After analysis of the morphology and comparison with sequences available in GenBank for the genus Hypnea these taxonomic entities were named as: H. cervicornis, H. flexicaulis, H. musciformis, H. spinella, Hypnea sp. 1 and sp2. As the species Hypnea flexicaulis this is the first citation to the Atlantic Ocean. Based on morphological and molecular studies, we conclude that the species H.nigrescens, quoted earlier for the State of São Paulo, is actually a morphological variation of H. musciformis. Still, we conclude that the species H. cervicornis and H.spinella should not be placed in synonymy since its morphological characteristics and differences in the sequences obtained from the three molecular markers show that they are two distinct species

O gênero Sargassum C. Agardh (Sargassaceae) constitui um dos mais representativos dentre os 41 gêneros da ordem Fucales (Phaeophyceae, Heterokontophyta), é amplamente distribuído nas regiões tropicais e subtropicais do globo e é considerado um importante componente da flora marinha. Devido ampla variabilidade fenotípica é considerado um dos gêneros de taxonomia mais complexa dentre as algas pardas, como são popularmente conhecidos os representantes da classe Phaeophyceae. A filogenia da ordem Fucales é bastante discutida para gêneros do hemisfério norte, mas ainda pouco elucidada. Os estudos de filogenia referentes ao gênero Sargassum são escassos, limitando-se a poucos marcadores moleculares, com baixa resolução no âmbito inter-específico e limitados à espécies de ocorrência nos oceanos Indo-Pacífico e Atlântico Norte. Nenhum estudo filogenético incluí espécies do Atlântico Sul para este gênero. Este estudo é pioneiro na análise de seqüências de diferentes marcadores moleculares para espécies do Atlântico Sul. Neste estudo, foram seqüenciados completamente os marcadores moleculares nucleares SSU rDNA e ITS2 para os táxons infra-genéricos Sargassum cymosum var. cymosum, S. cymosum var. nanum, S. furcatum, S. stenophyllum e S. vulgare. Todas as seqüências obtidas para ambos os marcadores apresentaram 100% de identidade entre os táxons analisados. Foram feitas seqüências também para o marcador molecular plastidial rbcL (parcial) e espaçador rbcLS para as espécies S. filipendula, S. stenophyllum e S. vulgare que resultaram também em 100% de identidade. Análises filogenéticas de cada um dos marcadores moleculares, incluindo nossas seqüências e aquelas disponíveis no Genbank e geradas pelos métodos de inferência \"Neigbour-joining\", máxima parcimônia e máxima verossimilhança se apresentaram robustas e corroboram outros resultados descritos na bibliografia referente a ordem Fucales e ao gênero Sargassum. Entretanto, tais resultados fornecem um forte indício da necessidade de busca de marcadores moleculares eficientes, devidamente respaldados por estudos de hibridação in vitro, dados ecológicos e de biogeografia para um melhor entendimento acerca das espécies ocorrentes na costa brasileira. / The genus Sargassum C. Agardh (Sargassaceae) is one of the most conspicuous among the 41 genera of the order Fucales (Phaeophyceae, Heterokontophyta). The genus has a broad distribution in the tropical and subtropical regions of the world, and is considered an important component of the marine flora. Due to a high phenotipic variation, the taxonomy of the genus is considered of the most complex among the brown seaweeds, as are known the representatives of the class Phaeophyceae. The phylogeny of the order Fucales was studied for the North Hemisphere genera, but is still not well understood. The phylogenetic studies of the genus Sargassum are scarce and limited to a few molecular markers, presenting low resolution for inter-specific analysis and are available only for species from the Indo-Pacific and the North Atlantic. There are no phylogenetic studies including species from the South Atlantic for the genus. This study is the first to analyze sequences from different molecular markers for species from the South Atlantic. In this study, the nuclear SSU rDNA and ITS2 were completely sequenced for the infra-generic taxa Sargassum cymosum var. cymosum, S. cymosum var. nanum, S. furcatum, S. stenophyllum and S. vulgare. All the sequences for both markers presented 100% identity among analyzed taxa. Sequences were also obtained for the chloroplast marker rbcLS, including parcial rbcL and the spacer region rbcLS for the species S. filipendula, S. stenophyllum and S. vulgar. These sequences also presented 100% identity among analyzed taxa. Phylogenetic analysis of each of the molecular markers, including our sequences together with other sequences available in the Genbank and generated by the inference methods Neigbour-joining, maximum parsimony and maximum likelihood were robust and similar to other results described in the literature for the order Fucales and the genus Sargassum. Nonetheless, these results are an indicative of the need for more efficient molecular markers, associated with data from in vitro hibridization, ecology and biogeography for a better understanding about the taxa occurring on the brazilian coast.

O gênero Sargassum C. Agardh (Sargassaceae) constitui um dos mais representativos dentre os 41 gêneros da ordem Fucales (Phaeophyceae, Heterokontophyta), é amplamente distribuído nas regiões tropicais e subtropicais do globo e é considerado um importante componente da flora marinha. Devido ampla variabilidade fenotípica é considerado um dos gêneros de taxonomia mais complexa dentre as algas pardas, como são popularmente conhecidos os representantes da classe Phaeophyceae. A filogenia da ordem Fucales é bastante discutida para gêneros do hemisfério norte, mas ainda pouco elucidada. Os estudos de filogenia referentes ao gênero Sargassum são escassos, limitando-se a poucos marcadores moleculares, com baixa resolução no âmbito inter-específico e limitados à espécies de ocorrência nos oceanos Indo-Pacífico e Atlântico Norte. Nenhum estudo filogenético incluí espécies do Atlântico Sul para este gênero. Este estudo é pioneiro na análise de seqüências de diferentes marcadores moleculares para espécies do Atlântico Sul. Neste estudo, foram seqüenciados completamente os marcadores moleculares nucleares SSU rDNA e ITS2 para os táxons infra-genéricos Sargassum cymosum var. cymosum, S. cymosum var. nanum, S. furcatum, S. stenophyllum e S. vulgare. Todas as seqüências obtidas para ambos os marcadores apresentaram 100% de identidade entre os táxons analisados. Foram feitas seqüências também para o marcador molecular plastidial rbcL (parcial) e espaçador rbcLS para as espécies S. filipendula, S. stenophyllum e S. vulgare que resultaram também em 100% de identidade. Análises filogenéticas de cada um dos marcadores moleculares, incluindo nossas seqüências e aquelas disponíveis no Genbank e geradas pelos métodos de inferência \"Neigbour-joining\", máxima parcimônia e máxima verossimilhança se apresentaram robustas e corroboram outros resultados descritos na bibliografia referente a ordem Fucales e ao gênero Sargassum. Entretanto, tais resultados fornecem um forte indício da necessidade de busca de marcadores moleculares eficientes, devidamente respaldados por estudos de hibridação in vitro, dados ecológicos e de biogeografia para um melhor entendimento acerca das espécies ocorrentes na costa brasileira. / The genus Sargassum C. Agardh (Sargassaceae) is one of the most conspicuous among the 41 genera of the order Fucales (Phaeophyceae, Heterokontophyta). The genus has a broad distribution in the tropical and subtropical regions of the world, and is considered an important component of the marine flora. Due to a high phenotipic variation, the taxonomy of the genus is considered of the most complex among the brown seaweeds, as are known the representatives of the class Phaeophyceae. The phylogeny of the order Fucales was studied for the North Hemisphere genera, but is still not well understood. The phylogenetic studies of the genus Sargassum are scarce and limited to a few molecular markers, presenting low resolution for inter-specific analysis and are available only for species from the Indo-Pacific and the North Atlantic. There are no phylogenetic studies including species from the South Atlantic for the genus. This study is the first to analyze sequences from different molecular markers for species from the South Atlantic. In this study, the nuclear SSU rDNA and ITS2 were completely sequenced for the infra-generic taxa Sargassum cymosum var. cymosum, S. cymosum var. nanum, S. furcatum, S. stenophyllum and S. vulgare. All the sequences for both markers presented 100% identity among analyzed taxa. Sequences were also obtained for the chloroplast marker rbcLS, including parcial rbcL and the spacer region rbcLS for the species S. filipendula, S. stenophyllum and S. vulgar. These sequences also presented 100% identity among analyzed taxa. Phylogenetic analysis of each of the molecular markers, including our sequences together with other sequences available in the Genbank and generated by the inference methods Neigbour-joining, maximum parsimony and maximum likelihood were robust and similar to other results described in the literature for the order Fucales and the genus Sargassum. Nonetheless, these results are an indicative of the need for more efficient molecular markers, associated with data from in vitro hibridization, ecology and biogeography for a better understanding about the taxa occurring on the brazilian coast.

O gênero Hypnea J.V. Lamouroux (1813) (Cystocloniaceae, Gigartinales), com cerca de 67 espécies descritas, apresenta ampla distribuição geográfica pelas costas marinhas de águas quentes ao redor do mundo. Algumas espécies de Hypnea são usadas para a produção de carragenanas, hidrocolóides de grande importância na indústria atual. A taxonomia do gênero é bastante problemática e a identificação das espécies é complicada devido a uma morfologia relativamente simples que muitas vezes é influenciada pelas condições do habitat onde se encontram. Apesar das revisões regionais já realizadas, o número certo de espécies e o status de algumas delas permanece em dúvida. Estudos moleculares já foram realizados com o gênero Hypnea principalmente para região da Ásia. A técnica do \"DNA barcoding\" tem sido testada em Rhodophyta com sucesso para identificação rápida de espécies, utilizando a região 5´ do gene mitocondrial da citocromo c oxidase subunidade I, o marcador cox1. Outro marcador recentemente testado como \"DNA barcode\" é o domínio V do gene plastidial 23S, o marcador UPA. Além destes, o marcador plastidial rbcL tem sido utilizado como ferramenta para estudos filogenéticos do gênero Hypnea. No presente trabalho, foram sequenciadas para o marcador cox1, 49 amostras provenientes do no litoral do estado de São Paulo, uma amostra proveniente do estado do Rio de Janeiro e cinco amostras mantidas em cultura provenientes dos litorais dos estados de São Paulo e Espírito Santo. Foram identificados seis grupos taxonômicos diferentes segundo o marcador cox1. Representantes de cada um desses grupos foram sequenciados para os marcadores UPA e rbcL. A divergência interespecífica encontrada entre as amostras sequenciadas neste estudo para o marcador cox1 foi 62 - 100 pb (10,1 - 16,3%); para o marcador UPA foi 9 - 16 pb (2,5-4,4%) e para o marcador rbcL foi 42 - 88 pb (3,2 - 6,7%). As divergências intraespecíficas das amostras obtidas neste estudo foram, 0 - 5 pb (0 - 0,9 %) para o marcador cox1, 0 - 1pb (0 - 0,3%) para o marcador UPA e 0 - 6 pb (0 - 0,5%) para o marcador rbcL. As divergências observadas corroboram a existência de seis entidades taxonômicas diferentes. Após análise da morfologia e comparação com sequências disponíveis no GenBank as espécies do gênero Hypnea foram nomeadas como: H. cervicornis, H.flexicaulis, H. musciformis, H. spinella, Hypnea sp.1 e Hypnea sp.2. Sendo a espécie Hypnea flexicaulis a primeira citação para o Oceano Atlântico. Baseado nos estudos moleculares e morfológicos, concluímos que a espécie H. nigrescens, anteriormente citada para o Estado de São Paulo, é na verdade uma variação morfológica de H. musciformis. Ainda, concluímos que as espécies de H. cervicornis e H. spinella não devem ser colocadas em sinonímia uma vez que suas características morfológicas e as diferenças nas sequências obtidas através dos três marcadores utilizados mostram que são duas espécies distintas / The genus J.V. Lamouroux (1813) (Cystocloniaceae, Gigartinales), comprises 67 described species, has a wide geographical distribution on the tropical shores around the world. Some species of Hypnea are used for the production of carrageenan, hydrocolloids of great importance in today´s industry. The taxonomy of the genus is very problematic and Hypnea species identification is complicated by a relatively simple morphology that is often influenced by the conditions of the habitat. Although some regional reviews have been carried out, the right number of species and the status of some species remain in doubt. Molecular studies have been carried out mainly dealing with species from Asia. The technique of \"DNA barcoding\" has been successfully tested in Rhodophyta for rapid identification of species using the 5 \'region of the mitochondrial gene cytochrome c oxidase subunit I, the marker cox1. Recently, another marker tested as \"DNA barcode\" is the domain V of the plastidial 23S gene, the marker UPA. In addition, the plastidial marker rbcL has been used as a tool for phylogenetic studies of the genus Hypnea. In this study, were sequenced for the marker cox1, 49 samples from the coast of São Paulo State, a sample from the State of Rio de Janeiro and five samples maintained in culture from the coastal states from the States of São Paulo and Espirito Santo. We identified six different taxonomic groups according to the marker cox1. Representatives of each of these groups were sequenced for the UPA and rbcL markers. The divergence found among the cox1 sequences in this study was from 62 to 100 bp (10.1 - 16.3%), for the UPA marker was from 9 to 16 bp (2.5 to 4.4%), and for the rbcL marker was 42 to 88 bp (3.2 - 6.7%). The intraspecific divergences for the samples sequenced in this study were 0-5 bp (0 -0.9%) for the cox1, 0-1 bp (0 - 0.3%) for the UPA and 0-6 bp (0 - 0.5%) for the rbcL. The observed divergences for the three molecular markers confirm the existence of six different taxonomic entities. After analysis of the morphology and comparison with sequences available in GenBank for the genus Hypnea these taxonomic entities were named as: H. cervicornis, H. flexicaulis, H. musciformis, H. spinella, Hypnea sp. 1 and sp2. As the species Hypnea flexicaulis this is the first citation to the Atlantic Ocean. Based on morphological and molecular studies, we conclude that the species H.nigrescens, quoted earlier for the State of São Paulo, is actually a morphological variation of H. musciformis. Still, we conclude that the species H. cervicornis and H.spinella should not be placed in synonymy since its morphological characteristics and differences in the sequences obtained from the three molecular markers show that they are two distinct species