La culture de saules (Salix sp.) est une pratique courante en Europe et en Amérique du Nord pour produire de la biomasse végétale. Cependant, le développement d’outils moléculaires est très récent. De plus, la phylogénie des saules est incomplète. Il y a un manque d’information pour les programmes de sélection d'espèces indigènes et pour la compréhension de l’évolution du genre. Le genre Salix inclut 500 espèces réparties principalement dans les régions tempérées et boréo-arctique de l’hémisphère nord. Nous avons obtenu l’ensemble des espèces retrouvées naturellement en Amérique (121 indigènes et introduites). Dans un premier temps, nous avons développé de nouveaux outils moléculaires et méthodes : extraction d’ADN, marqueurs microsatellites et gènes nucléaires. Puis, nous avons séquencé deux gènes chloroplastiques (matK et rbcL) et la région ITS. Les analyses phylogénétiques ont été réalisées selon trois approches : parcimonie, maximum de vraisemblance et Bayésienne. L’arbre d’espèces obtenu a un fort support et divise le genre Salix en deux sous-genres, Salix et Vetrix. Seize espèces ont une position ambiguë. La diversité génétique du sous-genre Vetrix est plus faible. Une phylogénie moléculaire complète a été établie pour les espèces américaines. D’autres analyses et marqueurs sont nécessaires pour déterminer les relations phylogénétiques entre certaines espèces. Nous affirmons que le genre Salix est divisé en deux clades. / Fast growing willows (Salix sp.) are increasingly used in Europe and North America for biomass production and other environmental applications. However, the development of molecular tools is recent. The phylogeny of willows is incomplete, which slows down the selection of suitable native species and the development of improvement programs. The genus Salix includes approximately 500 species worldwide, and these are mainly located in temperate and cold regions of the Northern Hemisphere. We gathered leaf material from all 121 willows of North America (species native and introduced). We developed three molecular tools-methods: DNA extraction, SSR markers, and nuclear genes. We sequenced two chloroplast genes matK and rbcL and the ITS region. Phylogenetic analyses were carried out using parsimony, maximum likelihood and Bayesian approaches. The species tree provides strong support for a division of the genus into two subgenera, Salix and Vetrix. Sixteen species have ambiguous positions. A complete molecular phylogeny of American willows has been established. It needs to be confirmed and further resolved using other molecular data. Nonetheless, the genus clearly has two clades.

As microalgas são organismos unicelulares fotossintéticos que possuem estrutura celular eucariótica e podem apresentar-se em formas coloniais ou livres. Estes organismos vem sendo amplamente estudados para aplicação em biorremediação e em biorrefinarias. Seu potencial biotecnológico destaca-se na produção de biocombustíveis e bioprodutos, por apresentarem características como alta taxa de crescimento e alta capacidade de armazenamento de substâncias de reserva, como lipídios e amido. Coleções de recursos genéticos e programas de melhoramento, tem como pré-requisito a identificação e manutenção dos organismos em um estado metabólico inativo. Desta forma, dois marcadores moleculares, o gene cloroplastídeo rbcL e a região ITS2 do DNA ribossômico nuclear, foram utilizados como barcodes de DNA para identificação das cepas microalgais coletadas de águas continentais brasileiras, depositadas na Coleção de Microrganismos e Microalgas Aplicados à Agroenergia e Biorrefinarias da Embrapa. Para a manutenção dos recursos genéticos desta coleção em um estado metabólico inativo, aplicou-se o método de criopreservação aliado a estratégia de resfriamento lento, utilizando os compostos químicos metanol e dimetilsulfóxido (DMSO) como agentes crioprotetores. A região ITS2 pode ser amplificada e sequenciada com sucesso em 48 (94%) das amostras utilizando um par de primers universais disponíveis na literatura. Por outro lado, novos pares de primers tiveram que ser desenhados para o gene rbcL, o que possibilitou o sequenciamento de 49 (96%) das amostras. Uma diversidade média de nucleotídeos próxima foi observada entre as sequências de ITS2 (0.472) e rbcL (0.461), o que sugere um similar poder de discriminação de espécies. Porém, os resultados indicam que o ITS2 deve ser utilizado como marcador primário, e o rbcL como marcador auxiliar para a identificação de microalgas verdes. Os testes de criopreservação demonstraram que é possível empregar este método para manutenção de microalgas continentais brasileiras em estado metabólico inativo, utilizando DMSO em concentração de 10% como agente crioprotetor. / Microalgae are photosynthetic unicellular organisms that have eukaryotic cell structure and occur in colonial or free forms. These organisms have been widely studied in the application of bioremediation and in biorefineries. Their biotechnological potential stands out in the production of biofuels and bioproducts, because they have features like high growth rate and high storage capacity of reserve substances, such as lipids and starch. Collections of genetic resources and breeding programs have as a prerequisite the identification and the maintenance of the organisms in an inactive metabolic state. Thus, two molecular markers, the chloroplastid gene rbcL and the ITS2 region of the nuclear ribosomal DNA were used as DNA barcodes for identification of microalgal strains collected from Brazilian continental waters, deposited in Embrapa’s Collection of Microorganisms and Microalgae Applied to Agroenergy and Biorefineries. For the genetic resources maintenance in an inactive metabolic state, it was applied the cryopreservation method combined with a slow cooling strategy, using the chemical compounds methanol and dimethyl sulfoxide (DMSO) as cryoprotectans agents. The ITS2 region could be amplified and sequenced successfully in 48 (94%) of the samples using a pair of universal primers available in the literature. On the other hand, new sets of primers had to be designed for the rbcL gene, which allowed the sequencing of 49 (96%) of the samples. Similar levels of nucleotide diversity were observed among the ITS2 (0.472) and rbcL (0.461) sequences, suggesting a similar potential for taxa discrimination. However, the results indicates that the ITS2 should be used as a primary marker, and rbcL as an auxiliary marker for the identification of green microalgae. Cryopreservation tests showed that it is possible to use this method for maintaining Brazilian continental microalgae in an inactive metabolic state using DMSO in 10% concentration as a cryoprotectant agent.

Karenia brevis (Davis cf. Hansen & Moestrup = Gymnodinium breve) is the non-peridinin containing dinoflagellate responsible for many harmful algal blooms (red tides) in the Gulf of Mexico. These recurrent blooms can have significant negative ecological, economic, and human health impacts including fish kills, tainting of shellfish, poisoning of marine mammals, loss of tourism revenue due to beach closures, and respiratory distress and food poisoning in humans. A method for detection of Karenia brevis was developed based upon amplification of the mRNA for the plastid-encoded gene of the carbon fixing enzyme ribulose 1, 5-bisphosphate carboxylase/oxygenase (RuBisCO) large subunit (rbcL). Using sequence information from a primer set targeting a 554-bp region of the Karenia rbcL gene, a small (91 bp amplicon) primer and probe set was created for TaqMan(registered trademark) real time RT-PCR of K. brevis rbcL. The primer/probe set is sensitive to as little as 0.1 fg of target transcript and as little as 1 pg of total cellular K. brevis RNA extract, corresponding to less than 1 cell reaction-1. The primer/probe set did not amplify rbcL transcript from any of the non-target algae tested. Bloom samples analyzed by this method have shown the assay to be a reliable method, with effective enumeration and a linear relationship showing good correlation to the cell counts by microscopy (r2= 0.8344). The assay has been shown to be robust and perform well even in non-ideal conditions, with pre-extraction RNA from unialgal culture stable at room temperature for up to 3 days and up to a month at -80 degrees C in Stratagene's lysis buffer. The transcription of the rbcL gene demonstrated minor variation throughout the diel period, however the variation was not linked to the diel cycle or to carbon fixation, which showed a distinct diel signal. Due to the relatively constant expression of the rbcL gene, the real-time RT-PCR assay developed should be able to reliably enumerate K. brevis populations in the natural environment, as long as the sample is placed in Stratagene's lysis buffer and processed within one or two days or frozen at -80 degrees C and processed within a month.

La culture de saules (Salix sp.) est une pratique courante en Europe et en Amérique du Nord pour produire de la biomasse végétale. Cependant, le développement d’outils moléculaires est très récent. De plus, la phylogénie des saules est incomplète. Il y a un manque d’information pour les programmes de sélection d'espèces indigènes et pour la compréhension de l’évolution du genre. Le genre Salix inclut 500 espèces réparties principalement dans les régions tempérées et boréo-arctique de l’hémisphère nord. Nous avons obtenu l’ensemble des espèces retrouvées naturellement en Amérique (121 indigènes et introduites). Dans un premier temps, nous avons développé de nouveaux outils moléculaires et méthodes : extraction d’ADN, marqueurs microsatellites et gènes nucléaires. Puis, nous avons séquencé deux gènes chloroplastiques (matK et rbcL) et la région ITS. Les analyses phylogénétiques ont été réalisées selon trois approches : parcimonie, maximum de vraisemblance et Bayésienne. L’arbre d’espèces obtenu a un fort support et divise le genre Salix en deux sous-genres, Salix et Vetrix. Seize espèces ont une position ambiguë. La diversité génétique du sous-genre Vetrix est plus faible. Une phylogénie moléculaire complète a été établie pour les espèces américaines. D’autres analyses et marqueurs sont nécessaires pour déterminer les relations phylogénétiques entre certaines espèces. Nous affirmons que le genre Salix est divisé en deux clades. / Fast growing willows (Salix sp.) are increasingly used in Europe and North America for biomass production and other environmental applications. However, the development of molecular tools is recent. The phylogeny of willows is incomplete, which slows down the selection of suitable native species and the development of improvement programs. The genus Salix includes approximately 500 species worldwide, and these are mainly located in temperate and cold regions of the Northern Hemisphere. We gathered leaf material from all 121 willows of North America (species native and introduced). We developed three molecular tools-methods: DNA extraction, SSR markers, and nuclear genes. We sequenced two chloroplast genes matK and rbcL and the ITS region. Phylogenetic analyses were carried out using parsimony, maximum likelihood and Bayesian approaches. The species tree provides strong support for a division of the genus into two subgenera, Salix and Vetrix. Sixteen species have ambiguous positions. A complete molecular phylogeny of American willows has been established. It needs to be confirmed and further resolved using other molecular data. Nonetheless, the genus clearly has two clades.

En este trabajo se realiza una revisión taxonómica y nomenclatural de las especies del género Dasya presentes en la península Ibérica y las islas Baleares. Dasya es un género complejo, en el que existe una gran confusión nomenclatural y taxonómica. Nuestro estudio ha permitido resolver estas cuestiones para las especies de la zona geográfica considerada. En primer lugar, se ha comprobado la validez de los nombres y precisado las sinonimias y tipificaciones para cada uno de los táxones citados en el área de estudio; varias de estas revisiones ya han sido publicadas recientemente (Pena-Martín et al., 2007, 2008, 2010). Como resultado se han tipificado tres especies, seleccionándose un lectotipo, un neotipo y un nuevo tipo conservado, entre otras precisiones nomenclaturales. Ha sido recopilada y estudiada toda la información accesible en la bibliografía sobre las especies del género Dasya en el marco de la península Ibérica y las islas Baleares. Esto, junto al estudio del material conservado en diversos herbarios nacionales e internacionales, ha permitido concretar la presencia de ocho especies en dicho territorio: D. baillouviana, D. corymbifera, D. hutchinsiae, D. ocellata, D. patentissima, D. rigidula, d. rigescens y D. sessilis. De este modo se ha descartado D. punicea, taxon citado en alguna ocasión para estas costas, y se aporta la descripción provisional de una nueva especie: D. patentissima. Con todos estos datos, junto con los obtenidos a partir de las prospecciones llevadas a cabo en el presente trabajo, se ha realizado una revisión corológica y se ha diseñado la fenología tentativa para cada especie. La información bibliográfica también ha sido utilizada como punto de partida para el estudio morfológico de las especies, aunque son escasos los trabajos encontrados que aportan descripciones. Gracias a esta revisión, y comparando todos los datos de autores anteriores con los obtenidos en este trabajo, se ha evaluado la validez de los caracteres utilizados habitualmente para la identificación de estas especies, comprobándose que algunos de ellos no resultan diagnósticos e incluso algunos son contradictorios. Sin embargo, se han encontrado nuevos caracteres claramente diagnósticos, y que junto a los tradicionales que sí han resultado útiles, facilitan la identificación taxonómica de estas especies. Los estudios morfológicos además han permitido completar las descripciones existentes de los táxones estudiados, muchas de ellas muy escuetas o incompletas. Con ello, en el caso de D. baillouviana se ha comprobado la existencia de diferencias morfológicas entre las poblaciones del Atlántico y las del Mediterráneo, lo que probaría la existencia de al menos táxones bajo ese nombre. No obstante, se requieren estudios moleculares que permiten confirmar esta hipótesis. Asimismo, se han realizado estudios moleculares a partir de la región plastidial rbcL, que han permitido obtener una filogenia preliminar de las especies ibero-baleares de Dasya. A partir de los resultados obtenidos se ha podido conocer la evolución de los caracteres morfológicos e identificar los que pueden ser considerados conservativos. Con todo ello se corroboran además las propuestas de autores anteriores, basadas sólo en la morfología, sobre la estructuración del género Dasya en dos grupos. Éstos ya habían sido reconocidos previamente por Kützing en el rango de género, con los nombres Eupogonium y Dasya. Sin embargo, para comprobar esta afirmación resulta necesario un estudio molecular y morfológico más amplio.

This thesis deals with phylogenetic relationships at different taxonomic levels. All the plants studied are or have been included in the order Gentianales, which comprises about 17 200 species. The phylogenies are based on parsimony analyses of nucleotide sequence data (DNA) from different regions in the chloroplast genome, but morphological characteristics have also been studied. Analyses of sequence data from the genes rbcL and ndhF provide the interfamilial structure of the order Gentianales, shown to comprise the families Apocynaceae (incl. Asclepiadaceae), Gelsemiaceae, Gentianaceae, Loganiaceae, and Rubiaceae. Exclusion of certain genera from the Loganiaceae is confirmed and their phylogenetic positions are clarified. Some of these genera remain within the Gentianales, while others belong to other orders. Exclusion of the tribe Buddlejeae from the Loganiaceae is confirmed, and a monophyletic group formed by Buddleja, Emorya, Gomphostigma, and Nicodemia is recognized and placed in the Lamiales. The Loganiaceae s.str. forms, after these exclusions, a strongly supported monophyletic group comprising 13 genera. The tribe Paederieae in the family Rubiaceae is analysed using sequence data from the regions rbcL gene, rps16 intron, and the regions trnT-F, and is shown to be paraphyletic. These results lead to a new circumscription of Paederieae comprising the genera Leptodermis, Paederia, Serissa, and Spermadictyon. The tribe Putorieae is reestablished with the single genus Plocama, including 34 species. Aitchisonia, Choulettia, Crocyllis, Gaillonia, Jaubertia, Pseudogaillonia, Pterogaillonia, and Putoria are reduced to synonyms of Plocama based on the molecular analyses and morphological studies. The Mediterranean species of the re-circumscribed Plocama, previously segregated as the genus Putoria, are revised. Two species, Plocama calabrica and P. brevifolia, are recognized, their synonymics are established, and seven lectotypes are selected.

Dentre as orquídeas terrícolas brasileiras, dois grupos são particularmente importantes do ponto de vista taxonômico, sistemático e biogeográfico: as orquídeas das subtribo Chloraeinae e Spiranthinae. Na sua atual delimitação, Chloraeinae compreende aproximadamente 70 espécies em três gêneros: Chloraea, Bipinnula e Gavilea. Por outro lado, Spiranthinae compreende cerca de 470 espécies exclusivamente neotropicais, distribuídas em 42 gêneros. As análises filogenéticas mais recentes suportam a existência de quatro grupos: os clados Stenorhynchos, Pelexia, Eurystyles+Lankesterella e Spiranthes. Assim, os objetivos deste estudo são: 1) realizar um estudo taxonômico e nomenclatural das orquídeas brasileiras do clado Pelexia; 2) documentar a morfologia floral e vegetativa, com ênfase nos caracteres diagnósticos; 3) realizar um estudo taxonômico e nomenclatural das espécies brasileiras de Chloraeinae; 4) construir uma filogenia molecular mais completa e representativa do clado Pelexia; 5) estabelecer se os gêneros do clado Pelexia são monofiléticos; 6) construir uma filogenia molecular mais completa e representativa de Chloraeinae, com a inclusão de táxons brasileiros; 7) estabelecer um conjunto de caracteres diagnósticos para os gêneros envolvidos neste estudo e, se necessário, propor uma nova delimitação genérica; e 8) propor cenários para a provável evolução de caracteres de importância ecológica. Os resultados de um estudo detalhado, bem como de análises morfológicas e moleculares são: 1) propostas de 48 tipificações, novas sinonímias e notas taxonômicas para as espécies de Goodyerinae e Spiranthinae descritas por José Velloso e Barbosa Rodrigues; 2) novos registros de Pteroglossa e Lyroglossa para o Rio Grande do Sul; 3) uma correção nomenclatural de Spiranthes bicolor e 4) uma sinopse taxonômica das Chloraeinae brasileiras; 5) uma análise filogenética molecular para testar a monofilia dos gêneros atualmente circunscritos no clado Pelexia; 6) uma atualização das relações filogenéticas de Chloraeinae, incluindo espécies Pampeanas de Bipinnula e a espécie tipo do gênero, B. biplumata; 7) um panorama sobre a biologia reprodutiva de duas espécies de Pachygenium e dados adicionais sobre Brachystele e Cyclopogon s.l.; e 8) um estudo detalhado da morfologia floral, biologia da polinização e sistema reprodutivo de Chloraea membranacea (Chloraeinae). / Among the Brazilian terrestrial orchids, two groups are particularly important from a taxonomic, systematic and biogeographical aspects: orchids of subtribe Chloraeinae and Spiranthinae. In its current delimitation, Chloraeinae comprises approximately 70 species distributed in three genera: Chloraea, Bipinnula and Gavilea. On the other hand, Spiranthinae comprises about 470 exclusively neotropical species distributed in ca. 42 genera. The most recent phylogenetic analyses support the existence of four clades: Stenorrhynchos, Pelexia, Eurystyles+Lankesterella and Spiranthes clade, respectively. Thus, the aims of this study are: 1) to make a taxonomic and nomenclatural study of Brazilian orchids of Pelexia clade; 2) to document the floral and vegetative morphology, with emphasis on diagnostic features; 3) to make a taxonomic and nomenclatural study of the Brazilian species of Chloraeinae; 4) to assemble a more complete and representative molecular phylogeny of the Pelexia clade; 5) to establish if the genera of the Pelexia clade are monophyletic; 6) to construct a more complete and representative molecular phylogeny of the Chloraeinae, with the inclusion of Brazilian taxa; 7) to establish sets of diagnostic characters for the genera involved in this study and, if necessary, propose a new generic delimitation; and 8) to propose scenarios for the evolution of characters of ecological importance. The main results are: 1) 48 typifications, new synonymies and taxonomic notes for Spiranthinae and Goodyerinae species described by José Velloso and Rodrigues Barbosa; 2) new records of Pteroglossa and Lyroglossa to Rio Grande do Sul; 3) a nomenclatural correction of Spiranthes bicolor and 4) a taxonomic synopsis of Brazilian Chloraeinae; 5) molecular phylogenetic analyses to test the monophyly of the currently circumscribed genera in the Pelexia clade; 6) an update of the phylogenetic relationships of the Chloraeinae, including Pampean species of Bipinnula, and the type species of the genus, B. biplumata; 7) an overview on the reproductive biology of two Pachygenium species and additional data on Brachystele and Cyclopogon s.l.; and 8) a detailed study of the floral morphology, pollination biology and reproductive system of Chloraea membranacea (Chloraeinae).

Dentre as orquídeas terrícolas brasileiras, dois grupos são particularmente importantes do ponto de vista taxonômico, sistemático e biogeográfico: as orquídeas das subtribo Chloraeinae e Spiranthinae. Na sua atual delimitação, Chloraeinae compreende aproximadamente 70 espécies em três gêneros: Chloraea, Bipinnula e Gavilea. Por outro lado, Spiranthinae compreende cerca de 470 espécies exclusivamente neotropicais, distribuídas em 42 gêneros. As análises filogenéticas mais recentes suportam a existência de quatro grupos: os clados Stenorhynchos, Pelexia, Eurystyles+Lankesterella e Spiranthes. Assim, os objetivos deste estudo são: 1) realizar um estudo taxonômico e nomenclatural das orquídeas brasileiras do clado Pelexia; 2) documentar a morfologia floral e vegetativa, com ênfase nos caracteres diagnósticos; 3) realizar um estudo taxonômico e nomenclatural das espécies brasileiras de Chloraeinae; 4) construir uma filogenia molecular mais completa e representativa do clado Pelexia; 5) estabelecer se os gêneros do clado Pelexia são monofiléticos; 6) construir uma filogenia molecular mais completa e representativa de Chloraeinae, com a inclusão de táxons brasileiros; 7) estabelecer um conjunto de caracteres diagnósticos para os gêneros envolvidos neste estudo e, se necessário, propor uma nova delimitação genérica; e 8) propor cenários para a provável evolução de caracteres de importância ecológica. Os resultados de um estudo detalhado, bem como de análises morfológicas e moleculares são: 1) propostas de 48 tipificações, novas sinonímias e notas taxonômicas para as espécies de Goodyerinae e Spiranthinae descritas por José Velloso e Barbosa Rodrigues; 2) novos registros de Pteroglossa e Lyroglossa para o Rio Grande do Sul; 3) uma correção nomenclatural de Spiranthes bicolor e 4) uma sinopse taxonômica das Chloraeinae brasileiras; 5) uma análise filogenética molecular para testar a monofilia dos gêneros atualmente circunscritos no clado Pelexia; 6) uma atualização das relações filogenéticas de Chloraeinae, incluindo espécies Pampeanas de Bipinnula e a espécie tipo do gênero, B. biplumata; 7) um panorama sobre a biologia reprodutiva de duas espécies de Pachygenium e dados adicionais sobre Brachystele e Cyclopogon s.l.; e 8) um estudo detalhado da morfologia floral, biologia da polinização e sistema reprodutivo de Chloraea membranacea (Chloraeinae). / Among the Brazilian terrestrial orchids, two groups are particularly important from a taxonomic, systematic and biogeographical aspects: orchids of subtribe Chloraeinae and Spiranthinae. In its current delimitation, Chloraeinae comprises approximately 70 species distributed in three genera: Chloraea, Bipinnula and Gavilea. On the other hand, Spiranthinae comprises about 470 exclusively neotropical species distributed in ca. 42 genera. The most recent phylogenetic analyses support the existence of four clades: Stenorrhynchos, Pelexia, Eurystyles+Lankesterella and Spiranthes clade, respectively. Thus, the aims of this study are: 1) to make a taxonomic and nomenclatural study of Brazilian orchids of Pelexia clade; 2) to document the floral and vegetative morphology, with emphasis on diagnostic features; 3) to make a taxonomic and nomenclatural study of the Brazilian species of Chloraeinae; 4) to assemble a more complete and representative molecular phylogeny of the Pelexia clade; 5) to establish if the genera of the Pelexia clade are monophyletic; 6) to construct a more complete and representative molecular phylogeny of the Chloraeinae, with the inclusion of Brazilian taxa; 7) to establish sets of diagnostic characters for the genera involved in this study and, if necessary, propose a new generic delimitation; and 8) to propose scenarios for the evolution of characters of ecological importance. The main results are: 1) 48 typifications, new synonymies and taxonomic notes for Spiranthinae and Goodyerinae species described by José Velloso and Rodrigues Barbosa; 2) new records of Pteroglossa and Lyroglossa to Rio Grande do Sul; 3) a nomenclatural correction of Spiranthes bicolor and 4) a taxonomic synopsis of Brazilian Chloraeinae; 5) molecular phylogenetic analyses to test the monophyly of the currently circumscribed genera in the Pelexia clade; 6) an update of the phylogenetic relationships of the Chloraeinae, including Pampean species of Bipinnula, and the type species of the genus, B. biplumata; 7) an overview on the reproductive biology of two Pachygenium species and additional data on Brachystele and Cyclopogon s.l.; and 8) a detailed study of the floral morphology, pollination biology and reproductive system of Chloraea membranacea (Chloraeinae).

Dentre as orquídeas terrícolas brasileiras, dois grupos são particularmente importantes do ponto de vista taxonômico, sistemático e biogeográfico: as orquídeas das subtribo Chloraeinae e Spiranthinae. Na sua atual delimitação, Chloraeinae compreende aproximadamente 70 espécies em três gêneros: Chloraea, Bipinnula e Gavilea. Por outro lado, Spiranthinae compreende cerca de 470 espécies exclusivamente neotropicais, distribuídas em 42 gêneros. As análises filogenéticas mais recentes suportam a existência de quatro grupos: os clados Stenorhynchos, Pelexia, Eurystyles+Lankesterella e Spiranthes. Assim, os objetivos deste estudo são: 1) realizar um estudo taxonômico e nomenclatural das orquídeas brasileiras do clado Pelexia; 2) documentar a morfologia floral e vegetativa, com ênfase nos caracteres diagnósticos; 3) realizar um estudo taxonômico e nomenclatural das espécies brasileiras de Chloraeinae; 4) construir uma filogenia molecular mais completa e representativa do clado Pelexia; 5) estabelecer se os gêneros do clado Pelexia são monofiléticos; 6) construir uma filogenia molecular mais completa e representativa de Chloraeinae, com a inclusão de táxons brasileiros; 7) estabelecer um conjunto de caracteres diagnósticos para os gêneros envolvidos neste estudo e, se necessário, propor uma nova delimitação genérica; e 8) propor cenários para a provável evolução de caracteres de importância ecológica. Os resultados de um estudo detalhado, bem como de análises morfológicas e moleculares são: 1) propostas de 48 tipificações, novas sinonímias e notas taxonômicas para as espécies de Goodyerinae e Spiranthinae descritas por José Velloso e Barbosa Rodrigues; 2) novos registros de Pteroglossa e Lyroglossa para o Rio Grande do Sul; 3) uma correção nomenclatural de Spiranthes bicolor e 4) uma sinopse taxonômica das Chloraeinae brasileiras; 5) uma análise filogenética molecular para testar a monofilia dos gêneros atualmente circunscritos no clado Pelexia; 6) uma atualização das relações filogenéticas de Chloraeinae, incluindo espécies Pampeanas de Bipinnula e a espécie tipo do gênero, B. biplumata; 7) um panorama sobre a biologia reprodutiva de duas espécies de Pachygenium e dados adicionais sobre Brachystele e Cyclopogon s.l.; e 8) um estudo detalhado da morfologia floral, biologia da polinização e sistema reprodutivo de Chloraea membranacea (Chloraeinae). / Among the Brazilian terrestrial orchids, two groups are particularly important from a taxonomic, systematic and biogeographical aspects: orchids of subtribe Chloraeinae and Spiranthinae. In its current delimitation, Chloraeinae comprises approximately 70 species distributed in three genera: Chloraea, Bipinnula and Gavilea. On the other hand, Spiranthinae comprises about 470 exclusively neotropical species distributed in ca. 42 genera. The most recent phylogenetic analyses support the existence of four clades: Stenorrhynchos, Pelexia, Eurystyles+Lankesterella and Spiranthes clade, respectively. Thus, the aims of this study are: 1) to make a taxonomic and nomenclatural study of Brazilian orchids of Pelexia clade; 2) to document the floral and vegetative morphology, with emphasis on diagnostic features; 3) to make a taxonomic and nomenclatural study of the Brazilian species of Chloraeinae; 4) to assemble a more complete and representative molecular phylogeny of the Pelexia clade; 5) to establish if the genera of the Pelexia clade are monophyletic; 6) to construct a more complete and representative molecular phylogeny of the Chloraeinae, with the inclusion of Brazilian taxa; 7) to establish sets of diagnostic characters for the genera involved in this study and, if necessary, propose a new generic delimitation; and 8) to propose scenarios for the evolution of characters of ecological importance. The main results are: 1) 48 typifications, new synonymies and taxonomic notes for Spiranthinae and Goodyerinae species described by José Velloso and Rodrigues Barbosa; 2) new records of Pteroglossa and Lyroglossa to Rio Grande do Sul; 3) a nomenclatural correction of Spiranthes bicolor and 4) a taxonomic synopsis of Brazilian Chloraeinae; 5) molecular phylogenetic analyses to test the monophyly of the currently circumscribed genera in the Pelexia clade; 6) an update of the phylogenetic relationships of the Chloraeinae, including Pampean species of Bipinnula, and the type species of the genus, B. biplumata; 7) an overview on the reproductive biology of two Pachygenium species and additional data on Brachystele and Cyclopogon s.l.; and 8) a detailed study of the floral morphology, pollination biology and reproductive system of Chloraea membranacea (Chloraeinae).

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