Queratinases são proteases de especial interesse devido a sua ação sobre a queratina insolúvel, que por sua vez, é o principal componente das penas. As penas de aves são fonte de aminoácidos, e, portanto, são transformadas em farinha de pena e utilizadas em ração animal. Entretanto, este produto possui baixo valor nutricional devido a sua baixa digestibilidade, já que a queratina não é degradada por enzimas proteolíticas comuns. Nesse contexto, as queratinases microbianas são uma abordagem promissora para conversão de queratina em hidrolisados proteicos. Os objetivos deste trabalho foram selecionar e identificar bactérias termófilas provenientes do bioma Caatinga (Brasil) capazes de produzir queratinases termoativas, e caracterizar a queratinase produzida pelo isolado selecionado. Oito bactérias proteolíticas foram isoladas de uma amostra de solo. Destas, o Anoxybacillus sp. PC2 produziu queratinase com maior atividade em meio composto por penas (2%), KH2PO4 (0,04%), K2HPO4 (0,2%) e NaCl (0.05%) em pH 6,5 e 60 ºC. A protease queratinolítica foi parcialmente purificada por concentração em dispositivo de filtração (10.000 NMWL) e cromatografia de troca aniônica. A protease parcialmente purificada foi ativa em uma faixa de pH de 5 a 10, com alta atividade entre as temperaturas de 50 e 80 ºC. A atividade ótima foi observada em pH 7 e entre 50 e 60 ºC, tornando-a adequada para utilização em processos biotecnológicos para bioconversão de queratina. Um estudo molecular conduzido para identificar a provável protease queratinolítica produzida pelo Anoxybacillus sp. PC2 identificou uma metaloprotease neutra, cujo gene apresentou 98% de similaridade com o gene nprS de Geobacillus stearothermophilus. / Keratinases are proteases of special interest due to their action on insoluble keratin, which in turn, is the major component of feathers. The poultry feathers are a source of amino acids, and therefore, are converted to feather meal to be used as animal feedstuff. However, this product has low nutritional value due to its poor digestibility, since keratin is not degraded by common proteolytic enzymes. In this context, microbial keratinases are a promising approach to convert keratin into protein hydrolysates. The aims of this study were to select and identify thermophilic bacteria from Caatinga biome (Brazil) capable to produce thermoactive keratinases, and characterize the keratinase produced by the selected isolate. Eight proteolytic bacteria were isolated from a soil sample. Of these, Anoxybacillus sp. PC2 produced keratinase with higher activity in a medium composed of 2% feather waste, 0.04% KH2PO4, 0.2% K2HPO4 and 0.05% NaCl at pH 6.5 incubated at 60 ºC. The keratinolytic protease was partially purified by concentration in a centrifugal filter device (10,000 NMWL) and anion-exchange chromatography. The partially purified protease was active in a pH range of 5.0-10.0 with high activity in temperature range of 50-80 ºC. The optimum activity was observed at pH 7.0 and 50-60 ºC, making it suitable for biotechnological processes for keratin bioconversion. A molecular study conducted to identify the presumable keratinolytic protease produced by Anoxybacillus sp. PC2 identified a neutral metalloprotease whose gene showed 98% similarity with Geobacillus stearothermophilus nprS gene.

Made available in DSpace on 2014-06-12T23:04:21Z (GMT). No. of bitstreams: 2 arquivo8870_1.pdf: 778561 bytes, checksum: e1b6e2914df00783ff7652b25cc01053 (MD5) license.txt: 1748 bytes, checksum: 8a4605be74aa9ea9d79846c1fba20a33 (MD5) Previous issue date: 2007 / O objetivo deste estudo foi avaliar a taxa de crescimento da região inguinal em fetos humanos. Foram estudados 28 fetos humanos (14 masculinos, 14 femininos) variando de 19 a 30 semanas de gestação. Idade gestacional (semanas), comprimento (mm) e peso (g) foram mensurados. Os resultados indicam que não houve diferença estatisticamente significativa entre os gêneros para o comprimento do ligamento inguinal e a área da região inguinal. As correlações do crescimento da área inguinal e de todos os parâmetros biométricos estudados (idade gestacional, comprimento e peso) foram positivas e significativas (P<0,05). A área inguinal cresceu com alometria positiva em relação à idade gestacional, comprimento e peso. No entanto, não se detectou diferenças morfológicas entre os gêneros no crescimento da área inguinal, comprimento, peso e idade gestacional dos fetos. A fim de mostrar se diferenças morfológicas entre os dois gêneros estão correlacionadas com os fetos divididos por trimestres, verificou-se que as taxas de crescimento foram diferentes quando a média das áreas foi correlacionada com a idade gestacional e o comprimento. No entanto, não se conseguiu ver a diferença quando se comparou com o peso. Com este estudo, pode-se concluir que, no segundo e terceiro trimestre de gestação, a área da região inguinal tem uma forte correlação com a idade gestacional e o comprimento fetal. Apenas houve diferenças morfológicas entre os gêneros no segundo trimestre de gestação quando foram correlacionadas as taxas de crescimento da área inguinal com o comprimento e a idade gestacional. No entanto, uma relação entre estes achados e o desenvolvimento de uma hérnia inguinal não pode ser estabelecida e mais estudos são necessários

Made available in DSpace on 2014-06-12T23:03:09Z (GMT). No. of bitstreams: 2 arquivo8362_1.pdf: 521239 bytes, checksum: 5951b3ffccd36e06ab031a29f9079945 (MD5) license.txt: 1748 bytes, checksum: 8a4605be74aa9ea9d79846c1fba20a33 (MD5) Previous issue date: 2003 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / Com a finalidade de contribuir para a Avaliação do Potencial Sustentável dos Recursos Vivos da Zona Econômica Exclusiva Norte, estudos sobre o ictionêuston foram desenvolvidos visando identificar as larvas, quantificar os indivíduos de cada família, verificar os padrões de distribuição espacial e Identificar áreas berçário. A área estudada está situada no Estado do Maranhão, cuja Zona Econômica Exclusiva se estende desde as Reentrâncias Maranhenses/MA (00o59 S - 45o23 43 W) até a foz do rio Parnaíba (02º26 19 S - 41º36 03 W). As amostras foram coletadas em arrastos diurnos e noturnos com o auxílio de duas redes cônicas, superpostas, com abertura de malha de 500&#956;m: uma superior, destinada a coleta do nêuston superior (epinêuston), e outra inferior para coletar o nêuston inferior (hiponêuston). Na boca da rede inferior foi fixado um fluxômetro (Hydrobios), para auxiliar nos cálculos do volume de água filtrada pelas redes. Dados de salinidade e de temperatura foram obtidos para fins comparativos com o auxílio de CTD (Conductivity, Temperature and Depth) da marca Sea-Bird. Foi realizada a triagem de todas as amostras com auxílio de estereomicroscópio (lupa binocular), separando-se todas as larvas de peixes (ictionêuston) dos demais grupos zooplanctônicos. Foram obtidas 456 larvas. Destas, 52% corresponderam ao nêuston superior e 48% ao nêuston inferior. Foram identificadas em nível de família 97% do total das larvas. Destas 1% foi identificado apenas em nível de ordem (Beloniforme e Anguiliformes). As larvas de peixes identificadas pertencem a 12 ordens (Clupeiformes, Myctophiformes, Perciformes, Pleuronectiformes, Tetraodontiformes, Gasterosteiformes, Beloniformes, Stomiformes, Aulopiformes, Gadiformes, Lophiiformes e Anguiliformes) e a 23 famílias (Bothidae, Gobiidae, Scaridae, Carangidae, Myctophidae, Bregmacerothidae, Paralichthyidae, Gonostomathidae, Paralepididae, Bramidae, Pomacentridae, Exocoetidae, Monacanthidae, Pleuronectidae, Scombridae, Clupeidae, Engraulidae, Gempylidae, Priacanthidae, Syngnathidae, Apogonidae, Ceratiidae e Serranidae). A Zona Econômica Exclusiva Norte esteve representada por famílias que ocorrem na região costeira, em recifes e na zona pelágica, as quais pela variação com relação ao ciclo diário indicaram ocorrência de migração vertical. O nêuston superior apresentou uma maior riqueza e densidade de larvas de peixes do que o nêuston inferior. A família Carangidae, típica de ambiente pelágico com forte associação recifal, foi a que melhor representou a área estudada, sendo responsável pela maior abundância, tendo-se distribuído nas províncias nerítica e oceânica, com maior concentração na província nerítica, na qual as maiores densidades estiveram presente, fato que evidencia a presença de áreas de berçários e/ou desova nesta província

Esta pesquisa tem como objetivo analisar os processos de migrações pendulares verificados entre os municípios pertencentes à Região Metropolitana de Manaus. Para isto buscaremos compreender como se deu o processo de constituição desta região, bem como a relação de sua criação com a lógica de criação de Regiões Metropolitanas no Brasil. Duas de suas características que a colocam em situação de diferença é, em princípio, sua dimensão, 101.475 Km², e sua distribuição, dada em uma área de características predominantemente rural, florestal e sem conurbação, onde a cidade mais próxima do centro da cidade Manaus é a do Careiro da Várzea, a 22 km de distância e a mais distante é a de Itacoatiara, com 177 km, ambas por linha reta, sendo que a primeira se liga a capital apenas através de barcos, e a segunda através de rodovia. A Região Metropolitana de Manaus se apresenta como um arquipélago onde Manaus pode ser compreendida como resultado de uma urbanização macrocefálica, praticamente vinte vezes maior que o segundo municípios, Itacoatiara, e mais de cem vezes o de menor população, Careiro da Várzea, sendo que esses municípios se apresentam como resultado de uma urbanização ainda insipiente, apresentando muitas características rurais. Frente a isto buscamos quantificar e qualificar os fluxos de trabalhadores e estudantes diários, observados entre os municípios, tendo como ênfase de análise os municípios com maior propensão à integração com a cidade de Manaus, Careiro da Várzea e Iranduba, pois são as que se encontram separadas da capital apenas por curso d´água. Entre Manaus e Iranduba especificamente analisaremos como a construção da Ponte sobre o Rio Negro possibilitará o processo de urbanização acelerada em Iranduba, bem como a especulação gerada pelo capital imobiliário no município. Frente a isto buscamos compreender qual o papel do Poder público, no modelo de desenvolvimento que se espera para a região. / This research has as objective Analyze the processes of commuting recorded between the municipalities in the Metropolitan Region of Manaus. This is why we will understand how the process of constitution of the region, as well as the relation of its creation with the logic of creation of Metropolitan regions in Brazil. Two of its characteristics that place in a situation of difference, it is, in principle, its size, 101.475 Km², and its distribution, given in an area of features predominantly rural, forestry and without conurbation, where the closest city to the center of the city Manaus is the Careiro da Varzea, 22 Km away and the more distant is the Itacoatiara with 177 km, both by straight line, being that first binds to the capital only through boats, and the second through road. The Metropolitan Region of Manaus is presented as an archipelago where Manaus can be understood as the result of an urbanization macrocephalic, with a population almost 20 times higher than the second municipalities, Itacoatiara, and more than a hundred times the smaller the population, Careiro da Varzea, Being that these municipalities are presented as a result of urbanization is still insipient, presenting many rural characteristics. Front of the that we seek to quantify and qualify the flows of workers and students daily, observed between the municipalities, with the emphasis of analysis the municipalities with the highest propensity for integration with the city of Manaus, Careiro da Várzea and Iranduba, because they are the ones that are separated of the capital only for watercourse. Between Manaus and Iranduba specifically we will examine how the construction of the Bridge over the Rio Negro will enable the process of accelerated urbanization in Iranduba, as well as speculation generated by real estate capital of the municipality. Because of that we seek to understand what is the role of the public Power, In the model of development that is expected for the region.

Calibrachoa La Llave & Lex. (Solanaceae) é um gênero sul-americano com 27 espécies, a maioria delas ocorrendo no sul do Brasil. Com base na distribuição destas espécies e gêneros relacionados, o grupo parece ter ancestrais de origem andina, e distribui-se amplamente pelo pampa, restringindo-se cada vez mais a terras altas nos estados de Santa Catarina e Paraná, exclusivamente em áreas de campo, com poucas espécies associadas a bordas de mata. Na região sudeste apresenta poucas populações de uma espécie relativamente abundante (C. linoides) e uma espécie endêmica isolada em altitudes superiores a 1000 m em Minas Gerais (C. elegans). Além desta, mais quatro espécies são consideradas microendêmicas com registro de uma ou poucas populações. Este foi o primeiro trabalho que empregou dados de sequência de DNA em abordagens filogenéticas no gênero, sendo utilizados os espaçadores intergênicos plastidiais trnH-psbA, psbB-psbH, trnL-trnF e trnG-trnS, e o íntron do gene plastidial trnL na análise de 25 das 27 espécies consideradas. As duas espécies não incluídas no estudo foram C. felipponei e C. scabridula. Além dos estudos filogenéticos tradicionais, foi realizada uma abordagem filogeográfica que incluiu todas as espécies estudadas, através de um conjunto maior de amostras cobrindo a distribuição geográfica da maioria delas. Também foram obtidas as idades para os principais clados formados, com a taxa de substituição de nucleotídeos disponível para dois espaçadores. A idade do gênero foi estimada em 1,63 milhões de anos, sendo que a taxa de especiação encontrada é comparável à de espécies de rápida radiação em ilhas. As filogenias mostraram baixos valores de suporte, além de falta de resolução entre espécies próximas. A realização de análises filogeográficas, através de networks de relacionamento entre haplótipos, permitiu acessar relações mais detalhadas entre as espécies. Estes estudos demonstraram uma alta frequência de sequências ancestrais em espécies morfologicamente distintas. Todos estes resultados revelam que Calibrachoa é um gênero extremamente recente, sendo que a rápida divergência morfológica encontrada entre as espécies ainda não deixou registro nos marcadores genéticos utilizados. Uma grande divergência genética foi observada entre um clado formado por C. parviflora e C. pygmaea e o clado que compõe as espécies restantes. As duas espécies citadas anteriormente são bem distintas das demais. As idades apresentadas para os clados evidenciam que estas espécies divergiram das demais há cerca de 500.000 anos, um intervalo de tempo considerável se comparado à idade do gênero. Estes resultados, aliados a outras características, sugerem que estas espécies poderiam ser consideradas como um grupo taxonomicamente distinto do restante. Com relação às demais espécies, os clados formados mostraram uma associação com as regiões de terras baixas do Rio Grande do Sul e Argentina, e com regiões de altitude dos Estados do Paraná e Santa Catarina, além de clados correspondentes às espécies microendêmicas de altitude. O network de haplótipos gerado também apresentou grupos de sequências relacionadas, que refletiram os clados encontrados nas filogenias. Estes resultados sugerem que a grande divergência morfológica encontrada entre as espécies do gênero tenha ocorrido devido aos ciclos de expansão e retração das formações de campo e floresta da região subtropical da América do Sul, alterando sucessivas vezes a distribuição das populações de Calibrachoa. Estas mudanças na composição da cobertura vegetal acompanharam as oscilações climáticas resultantes dos ciclos glaciais e interglaciais, que ocorreram pelo menos nove vezes ao longo do último milhão de anos. Além disso, evidências de possíveis expansões recentes, associadas à ocorrência natural de hibridação entre espécies também foram encontradas, demonstrando que, embora existam isolamentos ecológicos e ambientais entre as espécies, alterações causadas na distribuição das mesmas podem acarretar a perda destas barreiras. Estudos complementares, utilizando marcadores de evolução mais rápida, ampliado a outros genomas, e investigações mais detalhadas no nível populacional, podem trazer informações mais completas sobre os processos que deram origem a esta grande variação morfológica em um intervalo de tempo extremamente curto. / Calibrachoa La Llave & Lex. (Solanaceae) is a South American genus, comprised by 27 species, most of them ocurring in southern Brazil. The geographical distribution of related genera suggests an Andean origin, and the species are widely distributed in the Pampean region, with more abundant and concentrated occurrence in the highlands of Brazilian states of Parana and Santa Catarina. In Brazilian southeastern region, some disjunct populations of C. linoides were found, plus an endemic species (C. elegans) isolated at elevations above 1000 m. Another four species are also endemic, with few known individuals so far. This is the first study that used data from DNA sequencing in phylogenetic investigations in Calibrachoa, analysing cpDNA intergenic spacers trnH-psbA, psbB-psbH, trnL-trnF and trnS-trnG, as well as the trnL intron, in 25 of the 27 species considered. The two species not included in this study was C. felipponei e C. scabridula. In addition, a phylogeographical aproach was conducted from a larger sample set covering the majority of the geographical distribution of the assessed species. Ages for the main clades formed were also obtained, using the nucleotide substitution rate available for two spacers. The estimated age of the genus was 1.63 million years, and the speciation rate found is comparable to species of rapid radiation on islands. The phylogenetic trees obtained showed low bootstrap support values, and lack of resolution betwenn closely related species. The haplotype networks provided a more detailed relationship between species. These studies showed the occurence of ancestral sequences in morphologically different species. All these results pointed that Calibrachoa is a very recent genus, with high morphological divergence and low genetic differentiation. However, large genetic divergence was observed between the clade that includes C. parviflora and C. pygmaea, and the clade comprising the remainig species. Calibrachoa parviflora e C. pygmaea were quite distinct from other species. The ages presented showed that these clade diverged from to the rest about 500,000 years ago, a large period of time, when compared to the age of the genus. These results, together with other traits, suggest that these species could be regarded as a taxonomically distinct group of the remaining species. In relation to other species, the clades formed showed an association with geographical regions: the lowlands of Rio Grande do Sul and Argentina, and highlands in the region of Parana and Santa Catarina states. Another three groups were found, corresponding to endemic highlands species. The haplotype network also showed groups of related sequences, which reflected the clades found in the phylogeny. These results suggest that the large morphological differences found between species of the genus has occurred due to cycles of expansion and retraction of the grasslands and forest areas in the subtropical region of South America, changing the geographical distribution of Calibrachoa populations sereval times. These modifications in the landscape composition along repetitive climatic changes, were the result from glacial and interglacial cycles, which occurred at least nine times over the last million years. Moreover, evidences of possible recent expansions associated with the occurrence of natural hybridization between species were found, suggesting that, although environmental and ecological isolation exists between species, recent changes in the distribution of some species could cause the loss of these barriers. Additional studies, using rapidly evolving molecular markers, including other genomes, and more detailed investigations at the populational levels, can provide more complete information about the processes that led to this great morphological variation in a very short time.

Orientador: Erick da Cruz Castelli / Resumo: Os genes do Complexo Principal de Histocompatibilidade (MHC) codificam moléculas envolvidas com a regulação do sistema imune, participando do reconhecimento do que é próprio ou estranho ao indivíduo. O gene HLA-E, parte do MHC, é caracterizado por apresentar baixa, porém, ampla expressão pelos tecidos do corpo. O HLA-E é extremamente conservado e um dos menos polimórficos entre os genes HLA de classe I. A principal função da molécula HLA-E está relacionada ao mecanismo de imunovigilância, através da interação com receptores de células Natural Killer e linfócitos T. Pontos de variação nas regiões regulatórias e codificadora de HLA-E podem alterar sua função através da modificação da expressão gênica ou estrutura da molécula codificada, influenciando a interação com peptídeos e receptores. O presente trabalho propôs a avaliação da variabilidade do segmento estendido do gene HLA-E, incluindo promotor e íntrons, e estrutura de haplótipos por meio de sequenciamento de nova geração ou sequenciamento massivo paralelo. A metodologia foi aplicada para avaliação da variabilidade de 420 amostras do Estado de São Paulo. Considerando um segmento de mais de 7kb, o gene HLA-E mostrou-se conservado, apresentando poucas sequências diferentes e frequentes. Ao todo, 63 pontos de variação foram encontrados e caracterizados em 75 haplótipos estendidos. Foram encontrados 37 haplótipos de região promotora, porém apenas 10 apresentam frequência superior a 1%. Para a região codificadora, foram encont... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: The Major Histocompatibility Complex (MHC) genes encode molecules involved mainly in recognition of self and non self antigens. The HLA-E gene is characterized by low but wide expression among tissues. Thus far, HLA-E is considered a conserved gene and one of the least polymorphic class I HLA genes. The main HLA-E function is related to immune surveillance by the interaction with natural killer cell receptors and T lymphocytes. Variable sites within the HLA-E regulatory and coding segments may influence gene function by modifying its expression pattern or encoded molecule, thus, influencing its interaction with receptors and the peptide. Here we propose an approach to evaluate de complete HLA-E variability, including promoter and introns segments, and the evaluation of the HLA-E haplotype structure by using massively parallel sequencing, or next-generation sequencing. The methodology was applied to survey the variability of a very admixed population such as Brazilians counting 420 samples of São Paulo State. Considering a segment of about 7kb, the HLA-E gene is indeed conserved with few different and frequent sequences. In general, 63 variable sites were detected, arranged 75 extended haplotypes. We found 37 promoter haplotypes, but only 10 presented a frequency greater that 1%. For the coding region, 27 haplotypes were detected, with 15 representing new HLA-E alleles. Nevertheless, the HLA-E conding alleles did encode mainly two different full-length molecules, known as alle... (Complete abstract click electronic access below) / Mestre

Calibrachoa La Llave & Lex. (Solanaceae) é um gênero sul-americano com 27 espécies, a maioria delas ocorrendo no sul do Brasil. Com base na distribuição destas espécies e gêneros relacionados, o grupo parece ter ancestrais de origem andina, e distribui-se amplamente pelo pampa, restringindo-se cada vez mais a terras altas nos estados de Santa Catarina e Paraná, exclusivamente em áreas de campo, com poucas espécies associadas a bordas de mata. Na região sudeste apresenta poucas populações de uma espécie relativamente abundante (C. linoides) e uma espécie endêmica isolada em altitudes superiores a 1000 m em Minas Gerais (C. elegans). Além desta, mais quatro espécies são consideradas microendêmicas com registro de uma ou poucas populações. Este foi o primeiro trabalho que empregou dados de sequência de DNA em abordagens filogenéticas no gênero, sendo utilizados os espaçadores intergênicos plastidiais trnH-psbA, psbB-psbH, trnL-trnF e trnG-trnS, e o íntron do gene plastidial trnL na análise de 25 das 27 espécies consideradas. As duas espécies não incluídas no estudo foram C. felipponei e C. scabridula. Além dos estudos filogenéticos tradicionais, foi realizada uma abordagem filogeográfica que incluiu todas as espécies estudadas, através de um conjunto maior de amostras cobrindo a distribuição geográfica da maioria delas. Também foram obtidas as idades para os principais clados formados, com a taxa de substituição de nucleotídeos disponível para dois espaçadores. A idade do gênero foi estimada em 1,63 milhões de anos, sendo que a taxa de especiação encontrada é comparável à de espécies de rápida radiação em ilhas. As filogenias mostraram baixos valores de suporte, além de falta de resolução entre espécies próximas. A realização de análises filogeográficas, através de networks de relacionamento entre haplótipos, permitiu acessar relações mais detalhadas entre as espécies. Estes estudos demonstraram uma alta frequência de sequências ancestrais em espécies morfologicamente distintas. Todos estes resultados revelam que Calibrachoa é um gênero extremamente recente, sendo que a rápida divergência morfológica encontrada entre as espécies ainda não deixou registro nos marcadores genéticos utilizados. Uma grande divergência genética foi observada entre um clado formado por C. parviflora e C. pygmaea e o clado que compõe as espécies restantes. As duas espécies citadas anteriormente são bem distintas das demais. As idades apresentadas para os clados evidenciam que estas espécies divergiram das demais há cerca de 500.000 anos, um intervalo de tempo considerável se comparado à idade do gênero. Estes resultados, aliados a outras características, sugerem que estas espécies poderiam ser consideradas como um grupo taxonomicamente distinto do restante. Com relação às demais espécies, os clados formados mostraram uma associação com as regiões de terras baixas do Rio Grande do Sul e Argentina, e com regiões de altitude dos Estados do Paraná e Santa Catarina, além de clados correspondentes às espécies microendêmicas de altitude. O network de haplótipos gerado também apresentou grupos de sequências relacionadas, que refletiram os clados encontrados nas filogenias. Estes resultados sugerem que a grande divergência morfológica encontrada entre as espécies do gênero tenha ocorrido devido aos ciclos de expansão e retração das formações de campo e floresta da região subtropical da América do Sul, alterando sucessivas vezes a distribuição das populações de Calibrachoa. Estas mudanças na composição da cobertura vegetal acompanharam as oscilações climáticas resultantes dos ciclos glaciais e interglaciais, que ocorreram pelo menos nove vezes ao longo do último milhão de anos. Além disso, evidências de possíveis expansões recentes, associadas à ocorrência natural de hibridação entre espécies também foram encontradas, demonstrando que, embora existam isolamentos ecológicos e ambientais entre as espécies, alterações causadas na distribuição das mesmas podem acarretar a perda destas barreiras. Estudos complementares, utilizando marcadores de evolução mais rápida, ampliado a outros genomas, e investigações mais detalhadas no nível populacional, podem trazer informações mais completas sobre os processos que deram origem a esta grande variação morfológica em um intervalo de tempo extremamente curto. / Calibrachoa La Llave & Lex. (Solanaceae) is a South American genus, comprised by 27 species, most of them ocurring in southern Brazil. The geographical distribution of related genera suggests an Andean origin, and the species are widely distributed in the Pampean region, with more abundant and concentrated occurrence in the highlands of Brazilian states of Parana and Santa Catarina. In Brazilian southeastern region, some disjunct populations of C. linoides were found, plus an endemic species (C. elegans) isolated at elevations above 1000 m. Another four species are also endemic, with few known individuals so far. This is the first study that used data from DNA sequencing in phylogenetic investigations in Calibrachoa, analysing cpDNA intergenic spacers trnH-psbA, psbB-psbH, trnL-trnF and trnS-trnG, as well as the trnL intron, in 25 of the 27 species considered. The two species not included in this study was C. felipponei e C. scabridula. In addition, a phylogeographical aproach was conducted from a larger sample set covering the majority of the geographical distribution of the assessed species. Ages for the main clades formed were also obtained, using the nucleotide substitution rate available for two spacers. The estimated age of the genus was 1.63 million years, and the speciation rate found is comparable to species of rapid radiation on islands. The phylogenetic trees obtained showed low bootstrap support values, and lack of resolution betwenn closely related species. The haplotype networks provided a more detailed relationship between species. These studies showed the occurence of ancestral sequences in morphologically different species. All these results pointed that Calibrachoa is a very recent genus, with high morphological divergence and low genetic differentiation. However, large genetic divergence was observed between the clade that includes C. parviflora and C. pygmaea, and the clade comprising the remainig species. Calibrachoa parviflora e C. pygmaea were quite distinct from other species. The ages presented showed that these clade diverged from to the rest about 500,000 years ago, a large period of time, when compared to the age of the genus. These results, together with other traits, suggest that these species could be regarded as a taxonomically distinct group of the remaining species. In relation to other species, the clades formed showed an association with geographical regions: the lowlands of Rio Grande do Sul and Argentina, and highlands in the region of Parana and Santa Catarina states. Another three groups were found, corresponding to endemic highlands species. The haplotype network also showed groups of related sequences, which reflected the clades found in the phylogeny. These results suggest that the large morphological differences found between species of the genus has occurred due to cycles of expansion and retraction of the grasslands and forest areas in the subtropical region of South America, changing the geographical distribution of Calibrachoa populations sereval times. These modifications in the landscape composition along repetitive climatic changes, were the result from glacial and interglacial cycles, which occurred at least nine times over the last million years. Moreover, evidences of possible recent expansions associated with the occurrence of natural hybridization between species were found, suggesting that, although environmental and ecological isolation exists between species, recent changes in the distribution of some species could cause the loss of these barriers. Additional studies, using rapidly evolving molecular markers, including other genomes, and more detailed investigations at the populational levels, can provide more complete information about the processes that led to this great morphological variation in a very short time.

Calibrachoa La Llave & Lex. (Solanaceae) é um gênero sul-americano com 27 espécies, a maioria delas ocorrendo no sul do Brasil. Com base na distribuição destas espécies e gêneros relacionados, o grupo parece ter ancestrais de origem andina, e distribui-se amplamente pelo pampa, restringindo-se cada vez mais a terras altas nos estados de Santa Catarina e Paraná, exclusivamente em áreas de campo, com poucas espécies associadas a bordas de mata. Na região sudeste apresenta poucas populações de uma espécie relativamente abundante (C. linoides) e uma espécie endêmica isolada em altitudes superiores a 1000 m em Minas Gerais (C. elegans). Além desta, mais quatro espécies são consideradas microendêmicas com registro de uma ou poucas populações. Este foi o primeiro trabalho que empregou dados de sequência de DNA em abordagens filogenéticas no gênero, sendo utilizados os espaçadores intergênicos plastidiais trnH-psbA, psbB-psbH, trnL-trnF e trnG-trnS, e o íntron do gene plastidial trnL na análise de 25 das 27 espécies consideradas. As duas espécies não incluídas no estudo foram C. felipponei e C. scabridula. Além dos estudos filogenéticos tradicionais, foi realizada uma abordagem filogeográfica que incluiu todas as espécies estudadas, através de um conjunto maior de amostras cobrindo a distribuição geográfica da maioria delas. Também foram obtidas as idades para os principais clados formados, com a taxa de substituição de nucleotídeos disponível para dois espaçadores. A idade do gênero foi estimada em 1,63 milhões de anos, sendo que a taxa de especiação encontrada é comparável à de espécies de rápida radiação em ilhas. As filogenias mostraram baixos valores de suporte, além de falta de resolução entre espécies próximas. A realização de análises filogeográficas, através de networks de relacionamento entre haplótipos, permitiu acessar relações mais detalhadas entre as espécies. Estes estudos demonstraram uma alta frequência de sequências ancestrais em espécies morfologicamente distintas. Todos estes resultados revelam que Calibrachoa é um gênero extremamente recente, sendo que a rápida divergência morfológica encontrada entre as espécies ainda não deixou registro nos marcadores genéticos utilizados. Uma grande divergência genética foi observada entre um clado formado por C. parviflora e C. pygmaea e o clado que compõe as espécies restantes. As duas espécies citadas anteriormente são bem distintas das demais. As idades apresentadas para os clados evidenciam que estas espécies divergiram das demais há cerca de 500.000 anos, um intervalo de tempo considerável se comparado à idade do gênero. Estes resultados, aliados a outras características, sugerem que estas espécies poderiam ser consideradas como um grupo taxonomicamente distinto do restante. Com relação às demais espécies, os clados formados mostraram uma associação com as regiões de terras baixas do Rio Grande do Sul e Argentina, e com regiões de altitude dos Estados do Paraná e Santa Catarina, além de clados correspondentes às espécies microendêmicas de altitude. O network de haplótipos gerado também apresentou grupos de sequências relacionadas, que refletiram os clados encontrados nas filogenias. Estes resultados sugerem que a grande divergência morfológica encontrada entre as espécies do gênero tenha ocorrido devido aos ciclos de expansão e retração das formações de campo e floresta da região subtropical da América do Sul, alterando sucessivas vezes a distribuição das populações de Calibrachoa. Estas mudanças na composição da cobertura vegetal acompanharam as oscilações climáticas resultantes dos ciclos glaciais e interglaciais, que ocorreram pelo menos nove vezes ao longo do último milhão de anos. Além disso, evidências de possíveis expansões recentes, associadas à ocorrência natural de hibridação entre espécies também foram encontradas, demonstrando que, embora existam isolamentos ecológicos e ambientais entre as espécies, alterações causadas na distribuição das mesmas podem acarretar a perda destas barreiras. Estudos complementares, utilizando marcadores de evolução mais rápida, ampliado a outros genomas, e investigações mais detalhadas no nível populacional, podem trazer informações mais completas sobre os processos que deram origem a esta grande variação morfológica em um intervalo de tempo extremamente curto. / Calibrachoa La Llave & Lex. (Solanaceae) is a South American genus, comprised by 27 species, most of them ocurring in southern Brazil. The geographical distribution of related genera suggests an Andean origin, and the species are widely distributed in the Pampean region, with more abundant and concentrated occurrence in the highlands of Brazilian states of Parana and Santa Catarina. In Brazilian southeastern region, some disjunct populations of C. linoides were found, plus an endemic species (C. elegans) isolated at elevations above 1000 m. Another four species are also endemic, with few known individuals so far. This is the first study that used data from DNA sequencing in phylogenetic investigations in Calibrachoa, analysing cpDNA intergenic spacers trnH-psbA, psbB-psbH, trnL-trnF and trnS-trnG, as well as the trnL intron, in 25 of the 27 species considered. The two species not included in this study was C. felipponei e C. scabridula. In addition, a phylogeographical aproach was conducted from a larger sample set covering the majority of the geographical distribution of the assessed species. Ages for the main clades formed were also obtained, using the nucleotide substitution rate available for two spacers. The estimated age of the genus was 1.63 million years, and the speciation rate found is comparable to species of rapid radiation on islands. The phylogenetic trees obtained showed low bootstrap support values, and lack of resolution betwenn closely related species. The haplotype networks provided a more detailed relationship between species. These studies showed the occurence of ancestral sequences in morphologically different species. All these results pointed that Calibrachoa is a very recent genus, with high morphological divergence and low genetic differentiation. However, large genetic divergence was observed between the clade that includes C. parviflora and C. pygmaea, and the clade comprising the remainig species. Calibrachoa parviflora e C. pygmaea were quite distinct from other species. The ages presented showed that these clade diverged from to the rest about 500,000 years ago, a large period of time, when compared to the age of the genus. These results, together with other traits, suggest that these species could be regarded as a taxonomically distinct group of the remaining species. In relation to other species, the clades formed showed an association with geographical regions: the lowlands of Rio Grande do Sul and Argentina, and highlands in the region of Parana and Santa Catarina states. Another three groups were found, corresponding to endemic highlands species. The haplotype network also showed groups of related sequences, which reflected the clades found in the phylogeny. These results suggest that the large morphological differences found between species of the genus has occurred due to cycles of expansion and retraction of the grasslands and forest areas in the subtropical region of South America, changing the geographical distribution of Calibrachoa populations sereval times. These modifications in the landscape composition along repetitive climatic changes, were the result from glacial and interglacial cycles, which occurred at least nine times over the last million years. Moreover, evidences of possible recent expansions associated with the occurrence of natural hybridization between species were found, suggesting that, although environmental and ecological isolation exists between species, recent changes in the distribution of some species could cause the loss of these barriers. Additional studies, using rapidly evolving molecular markers, including other genomes, and more detailed investigations at the populational levels, can provide more complete information about the processes that led to this great morphological variation in a very short time.

Esta pesquisa tem como objetivo analisar os processos de migrações pendulares verificados entre os municípios pertencentes à Região Metropolitana de Manaus. Para isto buscaremos compreender como se deu o processo de constituição desta região, bem como a relação de sua criação com a lógica de criação de Regiões Metropolitanas no Brasil. Duas de suas características que a colocam em situação de diferença é, em princípio, sua dimensão, 101.475 Km², e sua distribuição, dada em uma área de características predominantemente rural, florestal e sem conurbação, onde a cidade mais próxima do centro da cidade Manaus é a do Careiro da Várzea, a 22 km de distância e a mais distante é a de Itacoatiara, com 177 km, ambas por linha reta, sendo que a primeira se liga a capital apenas através de barcos, e a segunda através de rodovia. A Região Metropolitana de Manaus se apresenta como um arquipélago onde Manaus pode ser compreendida como resultado de uma urbanização macrocefálica, praticamente vinte vezes maior que o segundo municípios, Itacoatiara, e mais de cem vezes o de menor população, Careiro da Várzea, sendo que esses municípios se apresentam como resultado de uma urbanização ainda insipiente, apresentando muitas características rurais. Frente a isto buscamos quantificar e qualificar os fluxos de trabalhadores e estudantes diários, observados entre os municípios, tendo como ênfase de análise os municípios com maior propensão à integração com a cidade de Manaus, Careiro da Várzea e Iranduba, pois são as que se encontram separadas da capital apenas por curso d´água. Entre Manaus e Iranduba especificamente analisaremos como a construção da Ponte sobre o Rio Negro possibilitará o processo de urbanização acelerada em Iranduba, bem como a especulação gerada pelo capital imobiliário no município. Frente a isto buscamos compreender qual o papel do Poder público, no modelo de desenvolvimento que se espera para a região. / This research has as objective Analyze the processes of commuting recorded between the municipalities in the Metropolitan Region of Manaus. This is why we will understand how the process of constitution of the region, as well as the relation of its creation with the logic of creation of Metropolitan regions in Brazil. Two of its characteristics that place in a situation of difference, it is, in principle, its size, 101.475 Km², and its distribution, given in an area of features predominantly rural, forestry and without conurbation, where the closest city to the center of the city Manaus is the Careiro da Varzea, 22 Km away and the more distant is the Itacoatiara with 177 km, both by straight line, being that first binds to the capital only through boats, and the second through road. The Metropolitan Region of Manaus is presented as an archipelago where Manaus can be understood as the result of an urbanization macrocephalic, with a population almost 20 times higher than the second municipalities, Itacoatiara, and more than a hundred times the smaller the population, Careiro da Varzea, Being that these municipalities are presented as a result of urbanization is still insipient, presenting many rural characteristics. Front of the that we seek to quantify and qualify the flows of workers and students daily, observed between the municipalities, with the emphasis of analysis the municipalities with the highest propensity for integration with the city of Manaus, Careiro da Várzea and Iranduba, because they are the ones that are separated of the capital only for watercourse. Between Manaus and Iranduba specifically we will examine how the construction of the Bridge over the Rio Negro will enable the process of accelerated urbanization in Iranduba, as well as speculation generated by real estate capital of the municipality. Because of that we seek to understand what is the role of the public Power, In the model of development that is expected for the region.

Submitted by Inácio de Oliveira Lima Neto (inacio.neto@inpa.gov.br) on 2018-07-13T19:08:13Z No. of bitstreams: 2 tese Patrik Barcelos e Silva.pdf: 15156108 bytes, checksum: b6a654c5255348fc8859fd81a64704a4 (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) / Made available in DSpace on 2018-07-13T19:08:13Z (GMT). No. of bitstreams: 2 tese Patrik Barcelos e Silva.pdf: 15156108 bytes, checksum: b6a654c5255348fc8859fd81a64704a4 (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Previous issue date: 2018-05-27 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - CAPES / Macronematinae is the second largest subfamily of Hydropsychidae with about 400 species being the Neotropical region with the largest number of recorded species (214 species). Currently with 16 genera it is divided in two tribes: Macronematini with developed palpi and Polymorphanisini with atrophied palpi. Even present in some studies investigating the phylogenetic relationships among subfamilies of Hydropsychidae, Macronematinae did not have their monophyly tested including all genera of the group in such a way that all their diversity was represented, and until now there is no proposal that tries to understand the relations among the genera of the subfamily. The aim of this study were: study the taxonomy of Neotropical genera, test the monophyly of Macronematinae, and propose a hypothesis of relationship among the subfamily genera. In the present work two new species of Leptonema and immature stages of Centromacronema, Leptonema and Synoestropsis collected in different Brazilian states were described. Phylogenetic analyzes were performed based on morphological data extracted from male adults and larvae as well as molecular data from the COI and 28S fragments. In all cases, five partitions of the independent and combined data were analyzed under the parsimony using the TNT program and Bayesian inference in the Mr. Bayes program methods. The results recovered the monophyly of Macronematinae but did not recover the monophyly of Macronematini and Polymorphanisini. Polymorphanisus was not recovered as monophyletic we suggested the description of a new genus to allocate the species of P. (ocularis): Magnocularis gen. nov., once that they were recovered in a separate clade of the species of P. (nigricornis). In order to adapt the current classification to the obtained results, the following changes were proposed: creation of Leptonemini trib. nov., including Leptonema and Neoleptonema stat. rev. and Macrostemini. trib. nov. including Aethaloptera (transferred from Polymorphanisini), Amphipsyche, Macrostemum [divided in two subgenera: M. (Macrostemum) e M.(Panmacrostemum) subgen.nov.]and Protomacronema. Macronematinae now includes only Baliomorpha, Centromacronema and Macronema, and Polymorphanisini includes Magnocularis gen. nov., Oestropsyche, Polymorphanisus and Synoestropsis. The position of Leptopsyche, Plectromacronema, Pseudoleptonema and Trichomacronema stat. rev. has been the subject of controversy and the addition new information on these genera is necessary to better establish their positions. A new classification is presented with all proposed changes and a key identification of the Macronematinae genera of the world is proposed for adults and larvae. / Macronematinae é a segunda maior subfamília de Hydropsychidae com cerca de 400 espécies, sendo a região Neotropical a com o maior número de espécies registradas (214 espécies). Atualmente com 16 gêneros, está dividida em duas tribos: Macronematini com palpos desenvolvidos e Polymorphanisini com palpos atrofiados. Mesmo presente em alguns estudos que investigaram as relações filogenéticas entre as subfamílias de Hydropsychidae, Macronematinae não teve seu monofiletismo testado incluindo todos os gêneros do grupo de forma que fosse representada toda sua diversidade. Além disso, não existe, até o momento, uma proposta que aborde as relações entre os gêneros da subfamília. Desta maneir os objetivos deste estudo foram estudar a taxonomia de gêneros Neotropicais, testar o monofiletismo de Macronematinae e propor uma hipótese de relacionamento entre os gêneros desta subfamília. No presente trabalho foram descritas duas espécies novas de Leptonema e estágios imaturos de espécies dos gêneros Centromacronema, Leptonema e Synoestropsis coletados em diferentes estados do Brasil. As análises filogenéticas foram realizadas com base em dados morfológicos,obtidos dos adultos machos e das larvas e dados moleculares de fragmentos dos genes COI e 28S. Ao todo foram analisadas cinco partições dos dados independentes e combinados sob os métodos de parcimônia usando o programa TNT e inferência bayesiana no programa Mr. Bayes. Os resultados recuperaram o monofiletismo de Macronematinae, mas não recuperaram o monofiletismo das tribos Macronematini e Polymorphanisini. Polymorphanisus não foi recuperado como monofiléticos, foi sugerido a descrição de um novo gênero para abrigar as espécies de P. (ocularis): Magnocularis gen. nov., uma vez que este foi recuperado em um clado separado das espécies de P. (nigricornis). Para adequar a classificação atual aos resultados obtidos foram propostas as seguintes mudanças: criação de Leptonemini trib. nov., incluindo Leptonema e Neoleptonema stat. rev. e Macrostemini. trib. nov. incluindo Aethaloptera (transferido de Polymorphanisini), Amphipsyche, Macrostemum [dividido em dois subgêneros: M. (Macrostemum) e M. (Panmacrostemum) subgen. nov.] e Protomacronema. Macronematinini passou a incluir apenas Baliomorpha, Centromacronema e Macronema e Polymorphanisini inclui Magnocularis gen. nov., Oestropsyche, Polymorphanisus e Synoestropsis. A posição de Leptopsyche, Plectromacronema, Pseudoleptonema e Trichomacronema stat. rev. foi alvo de controvérsias e a adição de novas informações sobre esses gêneros é necessária para melhor estabelecer seus posicionamentos. Uma nova classificação é apresentada com todas as alterações propostas e uma chave de identificação dos gêneros de Macronematinae do mundo foi proposta para adultos e larvas.