Le dernier rapport du GIEC (2007) souligne que la compréhension du changement climatique en cours est encore incomplète. Le rôle de la stratosphère est notamment mal connu. C'est pourquoi il est important d'étudier sa composition et les processus physicochimiques s'y déroulant. Les mesures d'occultation solaire telles celles de l'instrument satellitaire SAGE III et les mesures in situ sont particulièrement bien adaptées à l'étude de la stratosphère. J'ai étudié dans cette thèse la cohérence entre les mesures existantes.<br />Mon travail a consisté à inverser les transmissions atmosphériques de SAGE III pour obtenir les profils verticaux des concentrations en ozone et en dioxyde d'azote ainsi que des coefficients d'extinction des aérosols dans neuf canaux entre 385 et 1545 nm. Dans les canaux situés autour de 450 nm, un lissage vertical a été effectué sur les transmissions tangentes pour pallier un défaut de neutralité spectrale de l'atténuateur. Dans le canal à 1545 nm, la prise en compte de l'absorption du CO2 a été effectuée avec le modèle MODTRAN 5. Les incertitudes ont été évaluées par une méthode de Monte Carlo. Nous avons alors validé nos produits à l'aide des produits SAGE III officiels (NASA), ceux d'un troisième algorithme d´eveloppé par une équipe de Saint Petersbourg et à l'aide de mesures coïncidentes des instruments SAGE II et POAM III. Ces comparaisons montrent que les produits LOA sont de bonne qualité. Cependant, une étude effectuée à l'aide des mesures in situ de l'instrument sous ballon SPIRALE aux abords du vortex polaire a montré un bon accord pour O3 et un désaccord pour NO2. Ce désaccord montre que la méthode d'occultation solaire pour la mesure d'espèces réactives (tel NO2) dans des conditions dynamiques complexes n'est pas bien adaptée. De plus, les variations diurnes de NO2 rendent les comparaisons directes entre mesures à distance et in situ difficiles.<br />Une étude spécifique sur les aérosols des feux de forêt de l'ouest du Canada (août 2003) a été menée avec les produits SAGE III officiels. Des intrusions d'aérosols issus des feux de forêt dans la basse stratosphère par pyroconvection sont suspectées d'être à l'origine des pics d'extinction observés par SAGE III. Nous avons déduit des mesures SAGE III les propriétés microphysiques de ces aérosols et montré que ces coefficients d'extinction anormalement élevés étaient dus à une augmentation du nombre de particules dans la basse stratosphère. Cependant, la nature chimique de ces aérosols n'a pu être déterminée car les mesures d'extinction ne sont pas assez sensibles à l'indice de réfraction.<br />Depuis la fin des missions SAGE II, SAGE III et POAM III, les instruments satellitaires de la mission ACE-SCISAT sont les seuls instruments d'occultation solaire (hormis SOFIE) fournissant des informations sur la stratosphère. Nous nous sommes ainsi intéressés à la validation de leurs mesures à l'aide des données de SAGE II, SAGE III et SPIRALE. Ce travail s'inscrit dans le cadre de la campagne de validation internationale. Nous avons montré que les coefficients d'extinction des aérosols déduits des mesures de IMAGER sont en désaccord avec ceux de SAGE II et SAGE III et que les rapports de mélange en ozone et en dioxyde d'azote de FTS et de MAESTRO sont en bon accord avec les produits SAGE III. Cependant, nous obtenons également un désaccord concernant NO2 en comparaison avec SPIRALE bien que les autres espèces (CH4, N2O, HNO3, O3, HCl) déduites de FTS ainsi que l'ozone MAESTRO sont en bon accord avec les données SPIRALE.

Major recent improvements in biotechnology have led to an accelerated production of DNA sequences. The completion of the human genome sequence, along with the genomes of more than two hundred other species, has marked the arrival of the genome era. The ultimate goal is to understand the structure and function of genomes and their genes. This thesis has focused on the computational analysis of complementary DNA (cDNA) sequences. These are copies of mRNA transcripts that correspond to the coding regions of genomes. Studying the expression patterns of genes is essential for understanding gene function. Many gene expression profiling techniques generate short sequence tags that derive from transcripts. A pilot study was performed to assess the feasibility of using the pyrosequencing platform for gene expression analysis. The sequences generated by pyrosequencing in most cases (≈ 85%) were long enough (&gt; 18 nucleotides) to uniquely identify the corresponding transcripts through database searches. Aspects of transcript identification by short sequence tags were further investigated in a number of public databases, revealing that a tag length 16-17 nucleotides was sufficient for unique identifi- cation. Longer transcript representations are obtained from expressed sequence tag (EST) sequencing. Method development for the analysis and maintenance of large EST data sets has been performed on data from poplar, which is a tree of commercial interest to the forest biotechnology industry. In 2003 a large ESTsequencing project reached &gt; 100 000 reads, providing a unique resource for tree biology research. ESTs have been grouped into clusters and singletons that represent potential genes. Preliminary analyses have estimated gene content in Populus to be very similar to that of model organism Arabidopsis thaliana. EST data collections provide a rich source for mining polymorphisms. A software application was developed and applied to EST data from two Populus species, and candidate single nucleotide polymorphisms (SNPs) were recorded. A study of genetic variation between the species revealed a striking similarity, with orthologous pairs being &gt; 98% identical on the protein level. Keywords: cDNA, EST, gene expression, SNP, SAGE, polymorphism, assembly, clustering, DNA sequencing, pyrosequencing, mRNA transcript, orthology, tree biotechnology, restriction enzyme

This study examines the long-term record of lower stratospheric water vapor focusing on the 20-year data record from the Stratospheric Aerosol and Gas Experiment II (SAGE II). The SAGE II zonal monthly mean water vapor data was enhanced to include the aerosol heavy late 1980s through the use of aerosol extinction filtering of the data. Comparisons between the SAGE II lower stratospheric water vapor and the Limb Infrared Monitor of the Stratosphere (LIMS), the Microwave Limb Sounder (MLS), and HALogen Occultation Experiment (HALOE) are performed. This study further focuses on the minimum lower stratospheric water vapor (i.e., hygropause) and on the dehydration seen in the hygropause with examination of the transport barrier at both the tropical tropopause and the tropopause folding region between the tropics and extra-tropics that would account for this decadal variation. The effects of aerosol contamination on the SAGE II water vapor retrievals from four volcanic eruptions from 1984 to 1992 were examined, leading to a four level filtering of the SAGE II water vapor data to allow retention of good data from early in the data record. With the improved filtered water vapor data, monthly and seasonal time series analyses show a significant decadal variation in the lower stratosphere for all months where the satellite coverage provided data from the late 1980s to the early 2000s. This decadal variation documents a decrease in the water vapor from below approximately 25 km to below the tropopause with this decrease seen in the hygropause from the tropics to the poles. Analysis of the hygropause for all months provided a statistically significant consistent neutral or decreasing value in the long-term water vapor minimum. March was shown to be the seasonal minimum in the hygropause over this 20-year low aerosol record, followed by a discontinuity in the minimum abundance after 2000. Three transport pathways for transport of water vapor from the moist troposphere to the lower stratosphere include the tropical tropopause, isentropic transport at the sub-tropical jet locations, and meridional transport from the tropics to the midlatitudes above the hygropause. The tropical tropopause temperatures were examined using the new Modern Era Retrospective-analysis for Research and Applications (MERRA) data set. Analysis showed a significant decrease in the tropical and sub-tropical tropopause temperatures over the 20-year timeframe for the DJF season preceding the March minimum. The lower temperatures would provide a colder "cold trap" at the tropopause, further "freeze drying" the air seasonally transported from the upper troposphere to the lower stratosphere, providing the long-term dehydration in the hygropause and lower stratosphere. The Ertel's Potential Vorticity (EPV or PV) was examined as a proxy for the sub-tropical jet movement towards the poles over this long-term record. Changes in this pathway location may affect the efficiency of isentropic transport of moist tropospheric air into the lower stratosphere at these higher latitudes. Analysis using the MERRA zonal EPV and maximum zonal Uwind data showed a statistically significant shift in the locations of the contours towards the SH poles over this 20-year timeframe for the DJF, DJFM seasons and the month of December. The meridional winds above the tropopause show an increase over the 20-year record covered by SAGE II water vapor data. These increasing winds are consistent with the increase in the Brewer-Dobson circulation shown in other studies. The colder tropopause temperatures along with the increasing Brewer-Dobson circulation just above the tropopause, are the likely cause for the decreasing water vapor trend as seen in the SAGE II March hygropause over the 20-years from 1986-2005.

Facilitative interactions can have a powerful influence on the structure of plant communities and must be accounted for in efforts to restore disturbed and invaded habitats, such as the now rare coastal sage scrub (CSS) of California. In this study, I tested for evidence of facilitative effects by the native shrubs Eriogonum fasciculatum var. foliolosum and Artemisia californica on germination and survival of the CSS native annual forb Phacelia distans. P. distans seeds were planted near patches of native shrubs, both under the shrub canopy where any facilitative effects should be strongest, and 0.5 m away in the more exposed grassland. To determine whether the shrub-forb relationship was affected by the presence of invasive annuals, E. fasciculatum sites were assigned either invasive annual removal or non-removal control treatment; no removal treatments were carried out for A. californica. P. distans had significantly higher germination but lower survivorship under the canopy of E. fasciculatum. The results showed no overall effect of invasive removal, but there was a weak interaction effect with location; in shrub-canopy plots, invasive species further lowered survivorship. A. californica showed neither facilitative nor negative effects of this shrub species on either germination or survivorship of P. distans, in contrast with the results for E. fasciculatum. Although E. fasciculatum appears to facilitate the germination of native forbs under its canopy, it also seems to have a negative effect on survival. The weak interaction between location and removal to further decrease survival under the canopy when invasives are present, and the abundance of grasses growing under the canopy, suggest that native shrubs may facilitate the growth of invasive annuals as well as the germination of natives. Consequently, controlling invasive grass abundance may be necessary to capture the benefits of shrub facilitation for the restoration of native CSS herbs.

Dans la foulée de la crise économique qui sévit au Bas-Canada au milieu du XIXe siècle, une nouvelle réalité sociale fait son apparition: des filles-mères en nombre croissant investissent Montréal en quête d'un refuge où accoucher. L'histoire n'a pas fait une grande place à Rosalie Cadron-Jetté (1794-1864) qui a comblé un vide profond en fondant la première maternité montréalaise, l'Hospice de Sainte-Pélagie, ni aux filles-mères qu'elle y a accueillies. À partir des manuscrits des pionnières, ce mémoire reconstitue les débuts épiques de cette oeuvre innovatrice tenue à bout de bras par sa fondatrice. En second lieu, grâce à la base de données qu'elle a tirée du Registre des entrées et des sorties de l'Hospice de Sainte-Pélagie de Montréal, l'auteure présente les principales caractéristiques des 2 701 filles-mères qui y ont été admises entre 1845 et 1866. Souvent très jeunes, ces pensionnaires, domiciliées pour la plupart dans la région montréalaise, étaient catholiques et célibataires. Cette étude permet aussi de cerner les conditions de vie de ces femmes, dont la moitié venaient des campagnes avoisinantes pour travailler comme servantes en ville. L'analyse de ces documents d'archives démontre que deux forces majeures ont perturbé le développement de la maternité. D'une part, le pouvoir religieux incarné par Mgr Ignace Bourget, a mis la jeune institution sous tutelle en obligeant sa fondatrice, Rosalie Cadron-Jetté, à la placer sous la protection d'une communauté religieuse dont il a lui-même assuré la direction. Ce faisant, l'évêque de Montréal y a instauré un climat religieux austère fait de privations, en plus d'entretenir chez les pensionnaires un sentiment de culpabilité. Peu après, les médecins de Montréal ont pris le contrôle médical des lieux en éliminant les religieuses sages-femmes qui, jusqu'alors, accouchaient les filles-mères. Les témoignages des pionnières, comme aussi la correspondance de la communauté, illustrent le conflit qui a opposé les médecins aux sages-femmes et troublé la vie déjà difficile des pensionnaires de la maternité. En examinant le rôle social joué par Rosalie Cadron-Jetté dont la maternité, mieux connue sous le nom de Miséricorde, a recueilli pendant un siècle et demi des milliers de jeunes filles et de femmes enceintes, ce mémoire veut contribuer à accorder à sa fondatrice la place qui lui revient dans l'histoire de l'obstétrique. Et peut-être aussi donner un visage aux filles-mères que la société puritaine du temps a voulu cacher. ______________________________________________________________________________ MOTS-CLÉS DE L’AUTEUR : XIXe siècle, Cadron-Jetté Rosalie, Bourget Mgr Ignace, Filles-mères, Obstétrique, Collège des médecins et chirurgiens du Bas-Canada, Maternité, Sages-femmes.

Mémoire de Sage-femme : Médecine : Nantes : 2007. / Bibliogr.

Reproduction de : Mémoire de Sage-femme : Médecine : Nantes : 2008. / Bibliogr.

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The human genome contains tens of thousands of gene loci which code for an even greater number of protein and RNA products. The highly complex temporal and spatial expression of these genes makes possible all the biological processes of life. Altered gene expression by mutation or deregulation is fundamental for the development of many human diseases. The ultimate aim of this thesis was to identify gene expression changes relevant to cancer. The advent of genome-wide expression profiling techniques, such as microarrays, has provided powerful new tools to identify such changes and researchers are now faced with an explosion of gene expression data. Processing, comparing and integrating these data present major challenges. I approached these challenges by developing and assessing novel methods for cross-platform analysis of expression data, scalable subspace clustering, and curation of experimental gene regulation data from the published literature. I found that combining results from different expression platforms increases reliability of coexpression predictions. However, I also observed that global correlation between platforms was generally low, and few gene pairs reached reasonable thresholds for high-confidence coexpression. Therefore, I developed a novel subspace clustering algorithm, able to identify coexpressed genes in experimental subsets of very large gene expression datasets. Biological assessment against several metrics indicates that this algorithm performs well. I also developed a novel meta-analysis method to identify consistently reported genes from differential expression studies when raw data are unavailable. This method was applied to thyroid cancer, producing a ranked list of significantly over-represented genes. Tissue microarray analysis of some of these candidates and others identified a number of promising biomarkers for diagnostic and prognostic classification of thyroid cancer. Finally, I present ORegAnno (www.oreganno.org), a resource for the community-driven curation of experimentally verified regulatory sequences. This resource has proven a great success with ~30,000 sequences entered from over 900 publications by ~50 contributing users. These data, methods and resources contribute to our overall understanding of gene regulation, gene expression, and the changes that occur in cancer. Such an understanding should help identify new cancer mechanisms, potential treatment targets, and have significant diagnostic and prognostic implications.