CAPES / O leite é um alimento com poder nutricional considerável e, por ser rico em componentes nutritivos, apresenta-se como um ótimo meio de crescimento para microrganismos. Portanto, o leite “cru”, deve passar por um tratamento térmico para reduzir ou eliminar as bactérias nocivas. O consumo de leite que tenha passado por um tratamento inadequado pode levar a infecções devido a diversos agentes patogênicos como, por exemplo, a Salmonella spp.. Por ser altamente nociva, a presença desta bactéria em alimentos é intolerável, tornando obrigatórios os testes microbiológicos de amostras de alimentos para determinar a presença deste microrganismo. Os métodos convencionais para a detecção da Salmonella spp. são lentos e trabalhosos, exigem o uso de volumes consideráveis de meios líquidos e sólidos e reagentes. Desta forma, metodologias alternativas que apresentem vantagens, tais como um custo relativamente baixo, rapidez, não ser destrutiva, ser livre de uso de reagentes, e consequentemente, não gerar Q Residuals, são demandas urgentes no controle de qualidade deste tipo de alimento. Assim, esta pesquisa teve como objetivo oferecer uma metodologia alternativa baseada em Espectroscopia no Infravermelho Próximo (NIR) para discriminar entre presença e ausência de Salmonella spp. em leite integral e desnatado UHT (Ultra High Temperature). Para isso, foram adquiridas diferentes amostras de leite integral e desnatado, ambos tratados de forma UHT. O tratamento dos dados foi realizado em software Matlab®, utilizando-se ferramentas do PLS toolbox®. Os modelos PLS-DA obtidos foram centrados na média, utilizando-se validação cruzada com algoritmo “deixe um fora”. O modelo para a discriminação de amostras de leite desnatado foi construído utilizando-se 4 variáveis latentes e apresentou RMSEC = 0,1639; RMSECV = 0,2084 e RMSEP = 0,0971. Já para leite integral, o modelo foi construído utilizandose 6 variáveis latentes com valores de RMSEC = 0,1351; RMSECV = 0,2076 e RMSEP = 0,0928. Os resultados mostraram que a metodologia sugerida foi capaz de discriminar as amostras contaminadas das não contaminadas com êxito, apresentando potencial para implementação no setor de controle de qualidade deste tipo de alimento. / Milk is a food with significant nutritional value and for being rich in nutritional constituents is presented as a great growth medium for microorganisms. Therefore, the "raw" milk, must undergo a thermal treatment to reduce or eliminate the most harmful bacteria. The consumption of milk that has passed through improper treatment, can lead to infections due to various pathogens such as, Salmonella spp.. For being highly detrimental, the presence of these bacteria in food is intolerable, making the microbiological food testing’sto determine the presence of this microorganism, absolutely required. Conventional methods to detect Salmonella spp. are laborious, requiring the use of significant amounts of liquid and solid media and reagents, besides demanding time-consuming procedures. Therefore, alternative methods which provide advantages, such as, relatively low cost, fast, non-destructive, free of reagents and, consequently, which does not generate waste are urgent demand did to the quality control of this kind of food. Thus, this research aimed to offer an alternative methodology based on Near Infrared (NIR) spectroscopy to discriminate between the presence and absence of Salmonella spp. in whole and skimmed UHT milk. Different samples of whole and skimmed milk, both treated through UHT were submitted to data analysis conducted in Matlab ® software, using PLS toolbox® tools. The PLS-DA models were median centered and cross-validated using leave one out algorithm. The model to discriminate skimmed milk samples was constructed using four latent variables and presented RMSEC = 0.1639; RMSECV = 0.2084 and RMSEP = 0.0971. To the whole milk, the model was built using six latent variables with RMSEC = 0.1351 values; RMSECV = 0.2076 and RMSEP = 0.0928. The results showed that the suggested methodology was able to differentiate between contaminated and uncontaminated samples successfully, presenting potential to be implemented in the quality control sector of milk industry.

CAPES / O leite é um alimento com poder nutricional considerável e, por ser rico em componentes nutritivos, apresenta-se como um ótimo meio de crescimento para microrganismos. Portanto, o leite “cru”, deve passar por um tratamento térmico para reduzir ou eliminar as bactérias nocivas. O consumo de leite que tenha passado por um tratamento inadequado pode levar a infecções devido a diversos agentes patogênicos como, por exemplo, a Salmonella spp.. Por ser altamente nociva, a presença desta bactéria em alimentos é intolerável, tornando obrigatórios os testes microbiológicos de amostras de alimentos para determinar a presença deste microrganismo. Os métodos convencionais para a detecção da Salmonella spp. são lentos e trabalhosos, exigem o uso de volumes consideráveis de meios líquidos e sólidos e reagentes. Desta forma, metodologias alternativas que apresentem vantagens, tais como um custo relativamente baixo, rapidez, não ser destrutiva, ser livre de uso de reagentes, e consequentemente, não gerar Q Residuals, são demandas urgentes no controle de qualidade deste tipo de alimento. Assim, esta pesquisa teve como objetivo oferecer uma metodologia alternativa baseada em Espectroscopia no Infravermelho Próximo (NIR) para discriminar entre presença e ausência de Salmonella spp. em leite integral e desnatado UHT (Ultra High Temperature). Para isso, foram adquiridas diferentes amostras de leite integral e desnatado, ambos tratados de forma UHT. O tratamento dos dados foi realizado em software Matlab®, utilizando-se ferramentas do PLS toolbox®. Os modelos PLS-DA obtidos foram centrados na média, utilizando-se validação cruzada com algoritmo “deixe um fora”. O modelo para a discriminação de amostras de leite desnatado foi construído utilizando-se 4 variáveis latentes e apresentou RMSEC = 0,1639; RMSECV = 0,2084 e RMSEP = 0,0971. Já para leite integral, o modelo foi construído utilizandose 6 variáveis latentes com valores de RMSEC = 0,1351; RMSECV = 0,2076 e RMSEP = 0,0928. Os resultados mostraram que a metodologia sugerida foi capaz de discriminar as amostras contaminadas das não contaminadas com êxito, apresentando potencial para implementação no setor de controle de qualidade deste tipo de alimento. / Milk is a food with significant nutritional value and for being rich in nutritional constituents is presented as a great growth medium for microorganisms. Therefore, the "raw" milk, must undergo a thermal treatment to reduce or eliminate the most harmful bacteria. The consumption of milk that has passed through improper treatment, can lead to infections due to various pathogens such as, Salmonella spp.. For being highly detrimental, the presence of these bacteria in food is intolerable, making the microbiological food testing’sto determine the presence of this microorganism, absolutely required. Conventional methods to detect Salmonella spp. are laborious, requiring the use of significant amounts of liquid and solid media and reagents, besides demanding time-consuming procedures. Therefore, alternative methods which provide advantages, such as, relatively low cost, fast, non-destructive, free of reagents and, consequently, which does not generate waste are urgent demand did to the quality control of this kind of food. Thus, this research aimed to offer an alternative methodology based on Near Infrared (NIR) spectroscopy to discriminate between the presence and absence of Salmonella spp. in whole and skimmed UHT milk. Different samples of whole and skimmed milk, both treated through UHT were submitted to data analysis conducted in Matlab ® software, using PLS toolbox® tools. The PLS-DA models were median centered and cross-validated using leave one out algorithm. The model to discriminate skimmed milk samples was constructed using four latent variables and presented RMSEC = 0.1639; RMSECV = 0.2084 and RMSEP = 0.0971. To the whole milk, the model was built using six latent variables with RMSEC = 0.1351 values; RMSECV = 0.2076 and RMSEP = 0.0928. The results showed that the suggested methodology was able to differentiate between contaminated and uncontaminated samples successfully, presenting potential to be implemented in the quality control sector of milk industry.

Orientador: Marcelo Brocchi / Dissertação (mestrado) - Universidade Estadual de Campinas, Faculdade de Ciências Médicas / Made available in DSpace on 2018-08-23T20:40:21Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Ota_MeirePriscilla_M.pdf: 2076382 bytes, checksum: 656fb21011c6e51639a88741d801237c (MD5) Previous issue date: 2013 / Resumo: S. enterica provoca desde enterocolítes até infecções sistêmicas sendo S. enterica I 4,5,12:i:- (flagelar monofásica) responsável por diversos surtos de salmonelose em diversas partes do mundo. Sua incidência tem aumentado consideravelmente nas últimas décadas e ela é caracterizada pela ausência da variação de fase flagelar, processo no qual dois tipos de flagelinas são expressos. Este trabalho teve como objetivo estudar a estabilidade do operon fljBA, responsável pela variação de fase flagelar, sob diferentes condições de cultivo. Para isso, o gene cat (resistência ao cloranfenicol) foi inserido próximo ao operon fljBA em linhagens de S. enterica Typhimurium uma vez que este sorovar deu origem a S. enterica I 4,5,12:i:- por deleção de fljBA. A estabilidade do operon foi verificada in vitro e in vivo e após tratamento da cultura com mitomicina C, antibiótico indutor de profagos. Este último tratamento foi utilizado em virtude da presença do fago Fels-2 próximo ao operon fljBA, uma vez que dados da literatura sugerem que a deleção do operon foi em decorrência da excisão/recombinação imprecisa de profagos. Os resultados obtidos sugerem que a deleção do operon parece ser um evento raro, dado que em nenhuma condição testada houve a reversão da resistência frente ao cloranfenicol. Essas observações abrem discussões sobre a essencialidade da variação de fase flagelar na patogenicidade de S. enterica. É possível que os clones que deram origem a S. enterica I 4,5,12:i:- apresentem características genotípicas e fenotípicas compensatórias a perda de variação de fase. Ainda neste trabalho a ausência dos genes fljA e fljB foram confirmadas em amostras clínicas de S. enterica I 4,5,12:i:- isoladas no Brasil, mas a análise de isolados provenientes de granjas sugerem a existência de um novo padrão de deleção do operon fljBA, dados estes que precisam ser melhor investigados. Além disso, foi desenvolvida uma reação de PCR-Duplex para detecção de S. enterica I 4,5,12:i:- (Clone Americano) e diferenciação deste de outros sorovares, particularmente Typhimurium. Este PCR se mostrou eficiente na identificação e diferenciação de S. enterica I 4,5,12:i:- (clone Americano) podendo ser utilizado como técnica complementar as técnicas tradicionais de sorotipagem, visto ser um método rápido, preciso e acurado. Os testes sorológicos são laboriosos e devido ao fato do flagelo de fase II nem sempre ser expresso, amostras do sorovar Typhimurium podem ser erroneamente identificadas como S. enterica I 4,5,12:i: / Abstract: S. enterica causes from enterocolitis to systemic infections with S. enterica serovar I 4,5,12:i:- (monophasic flagelar) responsible for multiple salmonellosis outbreaks worldwide. Its incidence increased considerable in recent years and it is characterized by absence of flagellar phase variation, a process in which normally two flagellins are expressed. This work aimed to study the instability of fljBA operon, responsible for flagellar phase variation under different conditions growth. For this goal, cat gene (resistant for chloramphenicol) was inserted next to fljBA operon in S. enterica Typhimurium strains once this serovar originated S. enterica I 4,5,12:i:- by fljBA deletion. Stability of operon was verified "in vitro", "in vivo" and culture treatment with Mitomycin C, prophages antibiotic inductor. This last treatment was used due the presence of Fels-2 prophage next to fljBA operon since previous works suggest that the deletion of operon is a result of imprecise excision/recombination of prophages. Results from this work suggest that the deletion of operon appear to be a rare event, since in none of condition tested were observed reversion of resistance mark to chloramphenicol. This observation leads to discussions about the essentiality of flagellar phase variation in pathogenicity of S. enterica. It is possible that clones whom originated S. enterica I 4,5,12:i:- presented compensatory genotypic and phenotypic features to the loss of phase variation. Absence of fljA and fljB genes was confirmed in clinic samples of S. enterica serovar I 4,5,12:i:- isolated in Brazil, but poultry samples suggest the presence of a new deletion pattern of fljBA operon, data that needs to be better investigated. Furthermore a Duplex-PCR were designed aiming S. enterica I 4,5,12:i:- (American Clone) and differentiation of it along others serovars, specially Typhimurium. This PCR showed efficient to identification and differentiation of S. enterica I 4,5,12:i:- (American Clone) technique that can be used as a complementary assay to traditional serotyping, since it is a fast, precise and accurate test. Serological tests are laborious and due phase flagellar II not always be expressed, samples of serovar Typhimurium can be misidentified as S. enterica I 4,5,12:i:- / Mestrado / Clinica Medica / Mestra em Clínica Médica

CAPES / A Salmonella spp. é um dos principais micro-organismos patogênicos envolvidos em Doenças Transmitidas por Alimentos (DTA’s), com destaque para surtos envolvendo a ingestão de carne suína. Nesse sentido, o objetivo deste estudo foi avaliar a segurança alimentar na produção de carne suína e embutidos quanto a presença de Salmonella spp. no processo produtivo. As amostras foram coletadas em um frigorífico que abate suínos e fabrica embutidos, localizado na região dos Campos Gerais - PR. Inicialmente, para padronização da PCR foi necessário determinar um protocolo de extração, bem como, ajustes metodológicos para amplificação de DNA. Para esses testes realizados, foi utilizada amostra de Salmonella spp previamente isolada de alimento. O protocolo de extração testado foi lise térmica e para reação de amplificação foram avaliadas três concentrações de DNA e diferentes temperaturas de hibridização para estabelecimento do padrão ideal. O protocolo escolhido mostrou-se bastante eficiente para extração do DNA de Salmonella spp, pois permitiu a obtenção de DNA em quantidade e com qualidade suficiente para amplificação de bandas. Para a amplificação, a melhor condição encontrada foi a concentração de DNA de aproximadamente 40 ng e uma temperatura de hibridização de57 ºC.Com o intuito de validar a análise molecular via PCR, realizouse um estudo comparativo inicial com a microbiologia convencional para comprovação dos resultados obtidos pela análise molecular. Inicialmente foram escolhidos dezessete pontos durante as diferentes etapas do processo produtivo do frigorífico em estudo. Duas carcaças foram acompanhadas durante todo o processo e amostras foram coletadas, contemplando desde a etapa de escaldagem até o embutimento do produto final. A utilização da técnica de PCR mostrou-se vantajosa nos seguintes aspectos: tempo de análise total de aproximadamente 30 horas; maior sensibilidade comparado ao método convencional. Decorrida a validação, foi realizada nova coleta, contemplando etapas desde pré-abate até a obtenção do embutido, perfazendo um total de 62 amostras, com intuito de avaliar contaminação durante a produção de carne suína e embutidos. Como resultado, foi verificado que 60% das amostras estavam contaminadas por Salmonella spp, em diversas etapas do processo produtivo. A partir dessa avaliação, foram selecionados alguns pontos contaminados e elaborado um plano de ações corretivas, a fim de controlar e diminuir os perigos microbiológicos existentes no local. Através de novas análises via PCR foi possível verificar que o plano de ações foi eficiente em 100% das amostras. / The Salmonella spp is major pathogens involved in Food borne Diseases (FBD), especially outbreaks involving the ingestion of meet and this products. The aim of this study was to evaluate the food safety in pork and sausages production for the Salmonella spp. presence in the process. The samples were collected in a refrigerator that slaughter pigs and manufactures sausages, located in the Campos Gerais - PR. Initially, to standardize the PCR was necessary to determine an extraction protocol, as well as methodological adjustments to the PCR reaction. For these tests it was used sample of Salmonella isolated from food. The extraction protocol was tested by heating process and for amplification reaction were evaluated three different concentration of DNA and hybridization temperatures to establish the ideal standard. The chosen protocol proved to be very efficient for the Salmonella ssp DNA extraction because it allowed obtaining DNA in sufficient quality and quantity for amplification bands. For amplification, the best condition was found a concentration of approximately 40 ng DNA and a hybridization temperature of 57 ° C. In order to validate the molecular analysis by PCR, we carried out a comparative study with the initial conventional microbiology for proof of all results obtained by molecular analysis. Seventeen points were chosen during the different stages of production process. Two carcasses were monitored throughout the procedure and samples were collected, comprising the scalding step to the final product inlay. The PCR usage technique proved advantageous in the following aspects: total analysis time of approximately 30 hours; higher sensitivity compared to conventional. After validation, we performed a new collection, covering stages from pre-slaughter until embedded obtaining, making a total of 62 samples, in order to assess contamination during production of pork and sausages. As a result, it was found that 60% of the samples were contaminated with Salmonella spp, in various stages of production. From this evaluation, we selected some points contaminated and developed a corrective action plan in order to control and reduce microbiological hazards on the premises. Through further analysis by PCR was possible to verify that the action plan was effective in 100% of samples.