Submitted by Ana Lúcia Torres (bfmhuap@gmail.com) on 2017-09-25T19:28:09Z No. of bitstreams: 2 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Detecção e caracterização molecular de vírus associados com gastrenterite aguda (dissertação - Maria da Penha Trindade Pinheiro Xavier).pdf: 1727960 bytes, checksum: bdf6aa7830668ed27e7f7023599907e5 (MD5) / Approved for entry into archive by Ana Lúcia Torres (bfmhuap@gmail.com) on 2017-09-25T20:01:49Z (GMT) No. of bitstreams: 2 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Detecção e caracterização molecular de vírus associados com gastrenterite aguda (dissertação - Maria da Penha Trindade Pinheiro Xavier).pdf: 1727960 bytes, checksum: bdf6aa7830668ed27e7f7023599907e5 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-09-25T20:01:49Z (GMT). No. of bitstreams: 2 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Detecção e caracterização molecular de vírus associados com gastrenterite aguda (dissertação - Maria da Penha Trindade Pinheiro Xavier).pdf: 1727960 bytes, checksum: bdf6aa7830668ed27e7f7023599907e5 (MD5) Previous issue date: 2008 / Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Departamento de Virologia / Estudos baseados em comunidades fornecem informações que representam geograficamente o perfil das doenças diarreicas infantil. Entretanto, nos países em desenvolvimento são poucos os estudos que relatam a circulação das principais viroses gastrentéricas em uma mesma comunidade. Este estudo apresenta dos dados da investigação da frequência da infecção dos norovírus e sapovírus em crianças com gastrenterite aguda participantes de um estudo longitudinal em comunidades carentes da cidade de Salvador, BA, Brasil. A caracterização molecular de outros vírus entéricos previamente detectados nesta mesma população também foi realizada. Este estudo representa a continuidade de um projeto anterior desenhado para estabelecer o perfil dos patógenos entéricos mais prevalentes nessas comunidades. Neste estudo, 139 amostras fecais coletadas no período de julho de 2001 a janeiro de 2002 foram analisadas por RT-PCR usando inicialmente um conjunto de oligonucleotídeos para detecção de calicivírus (norovirus e sapovirus) e um específico para norovírus. Sete amostras (5,0%) foram positivas para calcivírus e 11 amostras (7,9%) foram para norovírus. Uma amostra foi caracterizada como SaV e sete amostras como genovírus do grupo GII, por sequenciamento de nucleotídeos. A caracterização molecular do rotavírus do grupo A (RV-A) e astrovírus (HAstV) previamente detectados, revelou a circulação do RV-A genótipos G1P[8] e G9P[8] e HAstV genótipos 6, 7 e 8. Não foram observadas infecções mistas. Estes achados apontam para a grande diversidade dos genótipos dos mais importantes vírus associados às gastrenterites agudas circulando em comunidades carentes / Community-based studies provide information geographically representing the profile of childhood diarrheal diseases. However, in the developing countries there are few studies that report the circulation of the main gastro-enteric viruses in the same community. This study presents data from the investigation of the frequency of norovirus and sapovirus infection in children with acute gastroenteritis who participated in a longitudinal study in poor communities in the city of Salvador, BA, Brazil. The molecular characterization of other enteric viruses previously detected in this same population was also performed. This study represents the continuity of an earlier project designed to establish the profile of the most prevalent enteric pathogens in these communities. In this study, 139 fecal samples collected from July 2001 to January 2002 were analyzed by RT-PCR using a set of oligonucleotides for the detection of calicivirus (norovirus and sapovirus) and one specific for norovirus. Seven samples (5.0%) were positive for calcivirus and 11 samples (7.9%) were for norovirus. One sample was characterized as SaV and seven samples as genovirus of group GII, by nucleotide sequencing. The molecular characterization of the rotavirus group A (RV-A) and astrovirus (HAstV) previously detected, revealed the circulation of the RV-A genotypes G1P [8] and G9P [8] and HAstV genotypes 6, 7 and 8. They were not observed infections. These findings point to the great diversity of genotypes of the most important viruses associated with acute gastroenteritis circulating in poor communities

Submitted by Marlene Santos (marlene.bc.ufg@gmail.com) on 2016-05-04T18:41:09Z No. of bitstreams: 2 Dissertação - Denisy Marques Mendanha de Oliveira - 2013.pdf: 1154542 bytes, checksum: e32fe195aaa52077c2e1d030caeadea3 (MD5) license_rdf: 19874 bytes, checksum: 38cb62ef53e6f513db2fb7e337df6485 (MD5) / Approved for entry into archive by Luciana Ferreira (lucgeral@gmail.com) on 2016-05-05T13:05:48Z (GMT) No. of bitstreams: 2 Dissertação - Denisy Marques Mendanha de Oliveira - 2013.pdf: 1154542 bytes, checksum: e32fe195aaa52077c2e1d030caeadea3 (MD5) license_rdf: 19874 bytes, checksum: 38cb62ef53e6f513db2fb7e337df6485 (MD5) / Made available in DSpace on 2016-05-05T13:05:48Z (GMT). No. of bitstreams: 2 Dissertação - Denisy Marques Mendanha de Oliveira - 2013.pdf: 1154542 bytes, checksum: e32fe195aaa52077c2e1d030caeadea3 (MD5) license_rdf: 19874 bytes, checksum: 38cb62ef53e6f513db2fb7e337df6485 (MD5) Previous issue date: 2013-04-17 / The calicivirus (CV) are important etiologic agents of acute gastroenteritis, affecting people of different ages and in various parts of the world. The present study aimed at the detection and molecular characterization of caliciviruses - norovirus (NoV) and sapovirus (SaV) - from fecal samples from children attending a daycare in Goiânia, Goiás. Were collected and analyzed 539 fecal samples 56 children from October 2009 to October 2011. The viral detection and genotyping was done by polymerase chain reaction post-transcription (RT-PCR) and by genomic sequencing using primers designed for partial regions of the viral capsid. From the 56 children participants of the study, 29 (51.8%) had at least one positive sample for CV during the study period. Positive children, 21 (37.5%) had at least one sample for NoV, 16 (28.6%) for SaV and eight (14.3%) positivity to both the virus. The CV were detected in children of both genders, and a higher positivity rate was detected among children aged 13 to 24 months, when compared to the other age groups. A significantly higher positivity for CV was observed in samples from asymptomatic children, and a defined seasonality pattern was not detected for these agents. In terms of molecular characterization for NoV the circulation of samples GII.6, GII.2, GII.1, GII.4, GI.1 and GI.7 was observed, whereas for SaV samples were detected GI.1 and GI.3. During the study period five outbreaks took place, being three of NoV, GII.6, GII.2 and GII.1, two SaV GI.1 and GI.3. Two children presented by prolonged NoV excretion, one for two months and another for 23 days. Twelve (20.4%) children had more than infection for NoV and / or SaV. This study showed circulation of CV at the daycare, a higher rate of infection in asymptomatic children, and prolonged de NoV excretion, which may have contributed to the occurrence of outbreaks and to the dissemination of these agents in such environment. / Os calicivírus (CV) são importantes agentes etiológicos da gastroenterite aguda, acometendo pessoas de diversas idades e em várias partes do mundo. O presente estudo teve como objetivo a detecção e caracterização molecular de amostras de calicivírus - norovírus (NoV) e sapovírus (SaV) - provenientes de amostras fecais de crianças frequentadoras de uma creche em Goiânia, Goiás. Foram coletadas e analisadas 539 amostras fecais de 56 crianças no período de outubro de 2009 a outubro de 2011. A detecção viral e genotipagem foi feita pela reação em cadeia pela polimerase pós-transcrição (RT-PCR) e por sequenciamento genômico, utilizando iniciadores desenhados para regiões parciais do capsídeo viral. Das 56 crianças participantes do estudo, 29 (51,8%) apresentaram pelo menos uma amostra positiva para CV durante o período do estudo. Das crianças positivas, 21 (37,5%) apresentaram pelo menos uma amostra para NoV e 16 (28,6%), para SaV, sendo que 8 (14,3%) apresentaram positividade para ambos os vírus. Os CV foram detectados em crianças de ambos os gêneros, sendo observada uma maior positividade entre as crianças com idade entre 13 a 24 meses. Foi observada ainda detecção significativamente maior nas crianças assintomáticas não tendo sido observado padrão definido de sazonalidade para esses agentes. Em termos da caracterização molecular para NoV, foi observado circulação de amostras GII.6, GII.2, GII.1, GII.4, GI.1 e GI.7 enquanto que para SaV as amostras detectadas foram GI.1 e GI.3. Durante o período do estudo foi observado a ocorrência de cinco surtos sendo três deles por NoV, amostras, GII.6, GII.2 e GII.1, e dois por SaV, GI.1 e GI.3. Duas crianças apresentaram excreção prolongada por NoV, uma por dois meses e outra por 23 dias. Doze (21,4%) crianças apresentaram mais de uma infecção por NoV e/ou SaV. Este estudo mostrou circulação de CV no ambiente de creche, maior índice de infecção em crianças assintomáticas, além de excreção prolongada de NoV, o que pode ter contribuído para a ocorrência de surtos e a disseminação destes agentes naquele ambiente.

Submitted by Luciana Ferreira (lucgeral@gmail.com) on 2017-11-13T10:36:11Z No. of bitstreams: 2 Dissertação - Thairiny Neres Silva - 2017.pdf: 2022674 bytes, checksum: a9ff46169fe46df4f2909e2719e18791 (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) / Approved for entry into archive by Luciana Ferreira (lucgeral@gmail.com) on 2017-11-13T10:36:47Z (GMT) No. of bitstreams: 2 Dissertação - Thairiny Neres Silva - 2017.pdf: 2022674 bytes, checksum: a9ff46169fe46df4f2909e2719e18791 (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) / Made available in DSpace on 2017-11-13T10:36:47Z (GMT). No. of bitstreams: 2 Dissertação - Thairiny Neres Silva - 2017.pdf: 2022674 bytes, checksum: a9ff46169fe46df4f2909e2719e18791 (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Previous issue date: 2017-10-03 / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de Goiás - FAPEG / Sapoviruses are important agents causing acute gastroenteritis worldwide, and are most often detected in children under five years of age. The present study aimed to evaluate the positivity and viral load index of sapovirus in faecal samples and nasopharyngeal swab of children, in association with the symptoms presented by these children. The study included 102 children hospitalized at the Hospital Materno Infantil, presenting symptoms of gastroenteritis, attended between May 2014 and May 2015, with a sample of faeces and a nasopharyngeal swab sample from each of them. Samples of faeces and nasopharyngeal swabs from all children were submitted to extraction of the genetic material from a commercial kit and screened for sapovirus by RT-qPCR. The viral load was determined by constructing a standard curve from recombinant plasmid. A faecal sample and a nasopharyngeal swab sample were obtained and 47% of the children were positive for sapovirus in at least one of the samples collected, being 10.7% positive only in faecal samples and 28.4% positive only in the samples of nasopharyngeal swab. Regarding viral load, a median of 7.77 x 108 CG / mL was found for stool samples. Regarding the viral load of the nasopharyngeal swab samples, a median 1.54 x 108 CG / mL was observed and a statistically significant result was observed (13/14 p = 0.01), for the samples with viral load above the median obtained in the rainy season. The median viral load of samples from positive children in both clinical specimens was 2.33 x 108 CG / mL in the faeces and 2.67 x 108 CG / mL in the nasopharyngeal swab. Two of these children presented a considerably higher viral load when compared to the others. It is hoped that the data obtained may contribute to a better understanding of the molecular epidemiology of sapoviruses, as well as to the development of better preventive measures, in order to limit the risk of transmission of sapoviruses, especially in a hospital environment. This is the first study to carry out the research and detection of sapovirus in a respiratory tract sample, which could suggest a possible alternative route of viral transmission. / Sapovírus são importantes agentes causadores de gastroenterite aguda no mundo todo, sendo mais frequentemente detectados em crianças menores de cinco anos. O presente estudo teve como objetivo, avaliar o índice de positividade e carga viral de sapovírus em amostras de fezes e swab nasofaringeano de crianças, em associação com os sintomas apresentados por essas crianças. Participaram do estudo 102 crianças hospitalizadas no Hospital Materno Infantil, apresentando sintomas de gastroenteríte, atendidas entre o período de maio de 2014 a maio de 2015, sendo obtidas uma amostra de fezes e uma amostra de swab nasofaringeano de cada uma delas. As amostras de fezes e de swab nasofaringeano de todas as crianças, foram submetidas a extração do material genético a partir de kit comerciale triadas para sapovírus por RT-qPCR. A carga viral foi determinada através da construção de uma curva padrão, a partir de plasmídeo recombinante. Foram obtidas uma amostra de fezes e uma de amostra de swab nasofaringeano sendo 47% das crianças foram positivas para sapovírus em pelo menos uma das amostras coletadas, sendo 10,7% positivas apenas nas amostras de fezes e 28,4% positivas apenas nas amostras de swab nasofaringeano. Em relação a carga viral constatou-se uma mediana 7,77 x 10 8 CG/mL para as amostras de fezes. Em relação a carga viral das amostras de swab nasofaringeano, foi observada uma mediana 1,54 x 10 8 CG/mL e um resultado estatisticamente significativo foi observado (13/14 p= 0,01), para as amostras com carga viral acima da mediana obtidas no período chuvoso. A mediana da carga viral das amostras proveniente das crianças com positividade em ambos espécimes clínicos foi de 2,33 x 10 8 CG/mL nas fezes e de 2,67 x 10 8 CG/mL nos swab nasofaringeano. Duas dessas crianças apresentaram carga viral consideravelmente mais elevada, quando comparada com as demais. Espera-se que os dados obtidos possam contribuir para um melhor entendimento da epidemiologia molecular dos sapovírus, bem como para que melhores medidas preventivas sejam desenvolvidas, a fim de limitar os riscos de transmissão dos sapovírus, especialmente em ambiente hospitalar. Este é o primeiro estudo a realizar a pesquisa e detecção de sapovírus em amostra do trato respiratório, o que poderia sugerir uma possível rota alternativa de transmissão viral.