SIMTar (SNPs Interfering in MicroRNA Targets) é uma ferramenta computacional que realiza a predição de interferência de SNPs em sítios alvos de miRNAs. Dada uma lista de SNPs, SIMTar analisa uma janela ao redor de cada SNP e verifica se tal SNP cria ou rompe um sítio de miRNA utilizando como base programas de predição de sítios de miRNAs nos vários alelos desta janela. Se o resultado da predição para um dado miRNA é diferente para diferentes alelos, então tal SNP está potencialmente interferindo em tal sítio. O presente trabalho teve como objetivo melhorar o processo de identificação de interferência de SNPs em sítios alvos de miRNAs, usando um novo programa de predição de sítios de miRNAs, assim como a incorporação de resultados biológicos experimentais. A hipótese deste trabalho é que com estas modificações poderia-se diminuir a expectativa de falsos positivos sem diminuir a sensibilidade. Os resultados obtidos validam a hipótese e ainda mostram que o SIMTar possui vantagens quando comparado com outras ferramentas ou bancos de dados de propósito similar. / SIMTar (SNPs Interfering in MicroRNA Targets) is a computational tool that performs the prediction of SNPs interference in miRNA target sites. Given a list of SNPs, SIMTar analyzes a window around each SNP and checks whether such SNP creates or breaks a miRNA site based on miRNA target prediction programs in the various alleles of this window. If the prediction result for a given miRNA is different for different alleles, then such SNP is potentially interfering in such site. The present study had the aim to improve the SNPs interference identification in miRNA sites, using a new prediction program of miRNAs targets, as well as the incorporation of experimental biological results. The hypothesis of this study is that with these modifications the expectation of false positives could be reduced without diminishing the sensitivity. The results obtained validate the hypothesis and also show that the SIMTar has advantages when compared to other tools or databases with similar purpose.

SIMTar (SNPs Interfering in MicroRNA Targets) é uma ferramenta computacional que realiza a predição de interferência de SNPs em sítios alvos de miRNAs. Dada uma lista de SNPs, SIMTar analisa uma janela ao redor de cada SNP e verifica se tal SNP cria ou rompe um sítio de miRNA utilizando como base programas de predição de sítios de miRNAs nos vários alelos desta janela. Se o resultado da predição para um dado miRNA é diferente para diferentes alelos, então tal SNP está potencialmente interferindo em tal sítio. O presente trabalho teve como objetivo melhorar o processo de identificação de interferência de SNPs em sítios alvos de miRNAs, usando um novo programa de predição de sítios de miRNAs, assim como a incorporação de resultados biológicos experimentais. A hipótese deste trabalho é que com estas modificações poderia-se diminuir a expectativa de falsos positivos sem diminuir a sensibilidade. Os resultados obtidos validam a hipótese e ainda mostram que o SIMTar possui vantagens quando comparado com outras ferramentas ou bancos de dados de propósito similar. / SIMTar (SNPs Interfering in MicroRNA Targets) is a computational tool that performs the prediction of SNPs interference in miRNA target sites. Given a list of SNPs, SIMTar analyzes a window around each SNP and checks whether such SNP creates or breaks a miRNA site based on miRNA target prediction programs in the various alleles of this window. If the prediction result for a given miRNA is different for different alleles, then such SNP is potentially interfering in such site. The present study had the aim to improve the SNPs interference identification in miRNA sites, using a new prediction program of miRNAs targets, as well as the incorporation of experimental biological results. The hypothesis of this study is that with these modifications the expectation of false positives could be reduced without diminishing the sensitivity. The results obtained validate the hypothesis and also show that the SIMTar has advantages when compared to other tools or databases with similar purpose.

LIMA, Karine Thiers Leitão. Polimorfismos do gene da plastoquinol oxidase (PTOX) em ecotipos de Arabidopsis thaliana (projeto 1001 genomas): correlações de expressão gênica e de variantes estruturais da proteína com a distribuição geográfica dos ecotipos. 2017. 110 f. Dissertação (Mestrado em Bioquímica)-Universidade Federal do Ceará, Fortaleza, 2017. / Submitted by Jairo Viana (jairo@ufc.br) on 2017-03-28T19:52:31Z No. of bitstreams: 1 2017_dis_ktllima.pdf: 4068096 bytes, checksum: f6b3738f233a7c99cf008ea14382bf0d (MD5) / Approved for entry into archive by Jairo Viana (jairo@ufc.br) on 2017-03-28T19:56:59Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2017_dis_ktllima.pdf: 4068096 bytes, checksum: f6b3738f233a7c99cf008ea14382bf0d (MD5) / Made available in DSpace on 2017-03-28T19:56:59Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2017_dis_ktllima.pdf: 4068096 bytes, checksum: f6b3738f233a7c99cf008ea14382bf0d (MD5) Previous issue date: 2017 / Arabidopsis thaliana was the first plant to have its entirely genome sequenced and fits as the main model for plant studies. In addition, it inhabits several environments making it an interesting target to investigate genetic variations, such as polymorphisms. The study of DNA polymorphisms is important for research because it helps to identify and develop specific molecular markers. The single nucleotide polymorphisms (SNPs) are the main types of polymorphisms explored and once identified are used to understand the adaptation and evolution of species, in addition contribute to the improvement of a particular cultivar. Plastoquinol oxidase (PTOX) is an oxidoreductase that acts on the stress response in plants. Thus, investigating the SNPs in this gene in A. thaliana may contribute to the discovery of molecular markers and suggests it as a possible target gene for plant breeding. The aim of this study was to identify the SNPs in the PTOX gene of 1190 accessions of A. thaliana, to predict the three-dimensional structures for the main polymorphisms, to analyze the gene expression in several conditions and to correlate them with the environment. We collected the genomic data and annotated the PTOX gene manually. And using the Columbia-0 ecotype as a reference all non-synonymous SNPs were identified. The coordinates of the accessions were used to classify the climate, rainfall and geographical morphology. The three-dimensional structure was predicted by the servers PHYRE2, I-TASSER and Modeller 9.16; and the polymorphic structural variants were performed by the PyMOL mutagenesis tool. The structures were submitted to molecular docking by the DockThor server. Gene expression was performed by TopHat software. In the bioinformatics analyzes 32 SNPs were found, of which 16 were non-synonyms and of these 11 changed to a different class amino acid. The amino acids from positions 13, 78, 81 and 323 were those with the highest mutation rate of all: 40%, 31%, 31% and 49%, respectively, and were found associated with rainfall and light intensity. The modified structure at position 323 seems favors a stronger interaction of the enzyme with the substrate, plastoquinol, than Columbia-0. For expression data the PTOX gene is constitutively expressed under normal conditions and induced under stress conditions, especially those involving light intensity. We concluded that the changes (SNPs) in the PTOX gene sequence suggest to be related to the environmental adaptation, that is, this influences the selection of mutant genotypes. / Arabidopsis thaliana foi a primeira planta a ter seu genoma inteiramente sequenciado e se encaixa como principal modelo para estudos de plantas. Além disso, habita vários ambientes tornando-se um alvo interessante para investigar variações genéticas, como os polimorfismos. Esse estudo de polimorfismos no DNA é importante para a pesquisa, pois ajuda a identificar e desenvolver marcadores moleculares específicos. Aqueles polimorfismos de um único nucleotídeo (SNPs) são os principais tipos de polimorfismos explorados e uma vez identificados são utilizados para compreender a adaptação e evolução da espécie, além de contribuir no melhoramento de determinado cultivar. A plastoquinol oxidase (PTOX) é uma oxidoredutase que atua na resposta ao estresse em plantas. Dessa forma, investigar os SNPs nesse gene em A. thaliana podem contribuir para descoberta de marcadores moleculares e indicá-lo como possível gene alvo para melhoramento em plantas. O objetivo deste estudo foi identificar os SNPs no gene PTOX de 1190 acessos de A. thaliana, prever as estruturas tridimensionais para os principais polimorfismos, analisar a expressão gênica em diversas condições e correlacioná-los com o ambiente. Coletamos os dados genômicos e anotamos o gene da PTOX manualmente, tomando como referência o ecotipo Columbia-0. Em seguida, todos os SNPs não-sinônimos foram identificados. As coordenadas dos acessos foram utilizadas para classificar o clima, a pluviosidade e a morfologia geográfica. A estrutura tridimensional foi predita pelo servidor PHYRE2, I-TASSER e Modeller 9.16; e as variantes estruturais polimórficas foram realizadas pela ferramenta mutagênese do PyMOL. As escolhidas foram submetidas ao “docking” molecular pelo servidor DockThor. A expressão gênica foi realizada pelo software TopHat. Nas análises de bioinformática 32 SNPs foram encontrados, dentre estes 16 foram não-sinônimos e destes 11 acarretaram a mudança para um aminoácido de classe diferente. Os aminoácidos das posições 13, 78, 81 e 323 foram aqueles que apresentaram maior taxa de mutação de todos: 40%, 31%, 31% e 49%, respectivamente, e apresentaram associação com a pluviosidade e a intensidade da luz. A estrutura modificada na posição 323 parece favorecer uma interação mais forte da enzima com o substrato, o plastoquinol, do que Columbia-0. Para os dados de expressão o gene da PTOX é expresso constitutivamente em condições normais e induzido em condições de estresse, especialmente aquelas que envolvem intensidade de luz. Concluímos que as mudanças (SNPs) na sequência do gene da PTOX sugerem estar relacionadas com a adaptação ambiental, ou seja, esta influencia a seleção de genótipos mutantes.

Made available in DSpace on 2014-06-12T15:53:53Z (GMT). No. of bitstreams: 2 arquivo5243_1.pdf: 854827 bytes, checksum: fb13a669eb1c6cefe0fff9ed7f1d9ffe (MD5) license.txt: 1748 bytes, checksum: 8a4605be74aa9ea9d79846c1fba20a33 (MD5) Previous issue date: 2006 / O câncer de cólon uterino é apontado mundialmente como o mais incidente em mulheres, e o HPV tem sido descrito como o principal causador dessa patogenia. Durante o processo patogênico, o HPV interfere nos mecanismos gênicos da célula, daí a grande importância dos estudos desenvolvidos com a técnica de microarranjos que têm apresentado à comunidade científica diversos genes relacionados à infecção. Como os polimorfismos de base única (SNPs) vêm sendo associados a susceptibilidade ou não a doença, o presente trabalho descreve o programa SNP8, o qual foi desenvolvido para a análise de SNPs que possam ocorrer em regiões codificadoras (CDS) do genoma humano. O programa SNP8 é de livre acesso pela internet e requer apenas informações a respeito do gene que se pretende estudar, como nome, ID e símbolos oficiais. Em seguida o programa inicia a busca e alinha as seqüências RefSeq Exons, encontradas no banco público do NCBI (http://www.ncbi.nlm.nih.gov) e das ESTs, encontradas no banco público do UCSC Genome Browser (genome.ucsc.edu). Os SNPs encontrados entre essas seqüências são armazenados para posteriores análises. Em um processo passo, o programa busca as seqüências de SNPs já anotadas no banco público do NCBI e as compara com os SNPs previamente armazenados pelo programa. As comparações que coincidem são descartadas e as que não coincidem são propostas como potenciais novos SNPs, os quais são alinhados com a seqüência CDS do gene em estudo para a determinação da posição desses potenciais novos SNPs no CDS. Durante a validação do programa foram encontrados muitos potenciais novos SNPs em regiões CDS, dos quais 53,12% foram não sinônimos e 46,88% foram sinônimos. Esses SNPs foram confirmados por 30 70% do total de ESTs analisadas para cada gene. Com a descoberta desses potenciais novos SNPs para genes importantes relacionados a patogenia do HPV, nós sugerimos uma análise de confirmação desses potenciais SNPs encontrados pelo programa SNP8, o que acarretaria numa ampliação do banco dbSNP, de onde os dados foram retirados. Devido ao programa SNP8 trabalhar com dados atualizados dos bancos de dados do NCBI e do UCSC Genome Browser, a comunidade científica está melhor informada dos diferentes SNPs que podem ser encontrados exclusivamente em regiões CDS do genoma humano

Violence is a dreadful phenomenon spread throughout the world, resulting in unfortunate events that can ultimately cause death. It is known that some countries play a much worrying role in this scenario than others. Brazil is one of them. The present study has focused on identifying the use of cocaine within 105 postmortem cases arriving at the Institute of Legal Medicine of São Paulo (IML-SP) through analytic toxicological methods and latter applying genetic testing to see whether the presence of certain single nucleotide polymorphisms (SNPs) is more predominant within users rather than non-users, which would help to better understand one\'s susceptibility to abuse the drug. Both blood and hair samples have been analysed through ultra-performance liquid chromatography coupled to electrospray ionization tandem mass spectrometry (UPLC-ESI-MS/MS) in order to distinguish between recent or chronic cocaine use among violent individuals whose violence has ultimately leaded to their death. Two dilute-and-shoot methods have been validated and used for this purpose, and the final residue was analysed through the UPLC-ESIMS/ MS system. From the 105 postmortem cases, a rather high proportion of cocaine and its metabolites was found. A chronic use of the drug was denoted in 53% of the cases, which were positive for cocaine and benzoylecgonine, followed by 43% for norcocaine, 40% for cocaethylene and 13% for anhydroecgonine methyl ester, in hair. As for blood, reflecting the use of cocaine prior to death, 51% of the cases have shown to be positive for benzoylecgonine, followed by 41% for cocaine, 23% for cocaethylene and 20% for norcocaine. These findings suggest a probable association between the use of the drug and risky/violent behaviours. Genetic wise, a significant difference has been observed for SNP rs4263329 from the BCHE gene in its dominant model, with higher frequencies of the genotypes A/G and G/G seen in cocaine users rather than non-users (OR=8.91; 95%CI=1.58-50.21; ρ=0.01). Likewise, also SNP rs6280 from the DRD3> gene presented a significant association in both its additive and dominant model, suggesting that the C allele may be playing a role in cocaine use as both genotypes T/C and C/C were significantly more frequent in users than non-users. This association was not lost when adjusted for covariants using logistic regression (OR=4.96; 95%CI=1.07; ρ=0.04). Finally, a statistically significant association (ρ = 0.003) was also encountered among individuals with both A/G and G/G genotypes within SNP rs4263329 and the use of cocaine HCl (f(A/G+G/G)=44.7%) versus crack-cocaine (f(A/G+G/G)=7.7%) and nonusers (f(A/G+G/G)=16.2%). In conclusion, this study has found significant associations within two SNPs related to cocaine use, however, due to several inherent limitations, these must be confirmed by further studies with a higher number of subjects and within a more controlled setting. Definite assumptions may not be made at this point and future researches are to be conducted. / A violência é um fenômeno aterrador espalhado por todo o mundo, resultando em eventos que podem, em última instância, causar a morte. Sabe-se que, em alguns países esse cenário é mais preocupante que em outros. O Brasil é um deles. O presente estudo teve como objetivo identificar o uso de cocaína em 105 casos postmortem provenientes do Instituto de Medicina Legal de São Paulo (IML-SP) por meio de métodos toxicológicos analíticos e posterior aplicação de testes genéticos para verificar se a presença de determinados polimorfismos de nucleotídeo único (SNPs) é mais predominante dentro dos usuários do que dos não usuários, o que explicaria uma possível suscetibilidade de um indivíduo ao abuso da droga. Amostras de sangue e cabelo foram analisadas através de cromatografia líquida de ultra-eficiência acoplada a espectrometria de massas e ionização por electrospray (UPLC-ESI-MS/MS) para distinguir entre uso recente ou crônico de cocaína entre indivíduos violentos cuja violência levou à sua morte. Para tal, dois métodos de extração baseados na técnica de \"dilute-and-shoot\" foram validados e utilizados para esse fim, e o resíduo final foi analisado através de um sistema UPLC-ESI-MS/MS. Dos 105 casos postmortem, foi encontrada uma proporção significativa de cocaína e seus produtos de biotransformação. O uso crônico da droga foi denotado em 53% dos casos, sendo estes positivos para cocaína e benzoilecgonina, seguidos de 43% para norcocaína, 40% para cocaetileno e 13% para anidroecgonina metil éster, no cabelo. Quanto ao sangue, refletindo o uso de cocaína antes da morte, 51% dos casos mostraram-se positivos para benzoilecgonina, seguido de 41% para cocaína, 23% para cocaetileno e 20% para norcocaína. Esses dados corroboram a hipótese provável da relação entre o uso da droga e comportamentos de risco/violentos. Quanto à genética, uma diferença significativa foi observada para o SNP rs4263329 do gene BCHE em seu modelo dominante, com maiores frequências dos genótipos A/G e G/G vistos em usuários de cocaína ao contrário de não usuários (OR=8,91; 95%IC=1,58-50,21; ρ=0,01). Da mesma forma, também o SNP rs6280 do gene DRD3 apresentou uma associação significativa tanto no seu modelo aditivo quanto dominante, sugerindo que o alelo C pode estar desempenhando um papel no uso de cocaína, pois ambos os genótipos T/C e C/C foram significativamente mais frequentes nos usuários do que não usuários. Essa associação não foi perdida quando ajustada para co-variáveis usando regressão logística (OR=4,96; 95%IC=1,07; ρ=0,04). Finalmente, uma associação estatisticamente significativa (ρ=0,003) também foi encontrada entre indivíduos com ambos os genótipos A/G e G/G dentro do SNP rs4263329 e o uso de cocaína HCl (f(A/G + G/G)=44,7%) versus crack (f(A/G + G/G)=7,7%) e não usuários (f(A/G + G/G)=16,2%). Em conclusão, este estudo encontrou associações significativas em dois SNPs relacionados ao uso de cocaína, no entanto, devido a várias limitações inerentes, estas devem ser confirmadas por mais estudos com um maior número de indivíduos e dentro de um cenário mais controlado. Hipóteses definitivas não poderão ser feitas neste momento e futuras pesquisas devem ser conduzidas.

Submitted by Fabio Sobreira Campos da Costa (fabio.sobreira@ufpe.br) on 2016-08-19T12:29:52Z No. of bitstreams: 2 license_rdf: 1232 bytes, checksum: 66e71c371cc565284e70f40736c94386 (MD5) Tese - Hildson Dornelas - Doutorado em Genética.pdf: 1858452 bytes, checksum: 4316ac97c9fa83b7550daecee991807e (MD5) / Made available in DSpace on 2016-08-19T12:29:52Z (GMT). No. of bitstreams: 2 license_rdf: 1232 bytes, checksum: 66e71c371cc565284e70f40736c94386 (MD5) Tese - Hildson Dornelas - Doutorado em Genética.pdf: 1858452 bytes, checksum: 4316ac97c9fa83b7550daecee991807e (MD5) Previous issue date: 2016-03-19 / A artrite reumatoide (AR) é uma doença inflamatória, crônica e autoimune com manifestações articulares e sistêmicas, e atinge cerca de 1% da população mundial. Fatores genéticos, ambientais e imunológicos estão envolvidos na sua patogênese. Assim, investigamos a possível associação entre polimorfismos de base única (SNP): IL-6 (rs180079518), IL-12B (rs3212227) IL-17A (rs2275913), IL-17F (rs763780), IL-18 (rs549908), IL23R (rs10889677), TNF-α (rs1800629), IFN-γ (rs2430561), com características clínicas e susceptibilidade à AR. Para tal, realizamos um estudo de caso-controle com 90 pacientes e 189 controles saudáveis. A genotipagem foi realizada através da reação de polimerização em cadeia - polimorfismo de comprimento de fragmentos de restrição (PCR-RFLP). Nossos resultados mostraram que a média de início da doença foi de 45 anos com predominância feminina (9:1). A atividade da doença estava aumentada em 50% dos pacientes, enquanto 71% e 65% foram positivos para o fator reumatoide (FR) e para o anticorpo contra peptídeos citrulinados cíclicos (anti-CCP), respectivamente. Observamos associação entre o risco para AR com polimorfismos nos genes IL-18 (OR=3.77, p<0.0001) e IL-23R (OR=3.46, p<0.001). Além disso, foi observada também associação entre SNPs nos genes IL-17F com DAS28 (OR=5.44, p=0.031), IL-6 com FR (OR=4.47, p=0.0038) e anti-CCP (OR=3.91, p=0.0057). Nosso estudo mostrou associações entre polimorfismos em genes de importantes citocinas envolvidas na AR com a sua susceptibilidade e características clinicas desta doença na população do interior do Estado de São Paulo, Sudeste do Brasil. / Rheumatoid arthritis (RA) is a chronic inflammatory autoimmune disease with articular and systemic manifestations and affects about 1% of adults worldwide. Genetic, environmental and immunological factors are observed in the pathogenesis of this disease. Thus, our study investigated the possible association between single nucleotide polymorphisms (SNP): IL-6 (rs180079518), IL-12B (rs3212227) IL-17A (rs2275913), IL-17F (rs763780), IL-18 (rs549908), IL23R (rs10889677), TNF-α (rs1800629), IFN-γ (rs2430561), with the clinical features and RA susceptibility. For this, we conducted a case-control study with 90 patients and 189 healthy controls. Genotyping was performed by Polymerase chain reaction - restriction fragment length polymorphism (PCR-RFLP). Our results showed that the onset of RA had a mean age of 45 years with predominance of women (9:1). About 50% of RA patients had high degree of disease activity, while 71% and 65% were rheumatoid factor (RF) and anticitrullinated protein antibodies (ACPA) positive, respectively. It was observed associated between the risk of rheumatoid arthritis and the polymorphisms in genes IL-18 (OR=3.77 (IC=2.01-7.05), p<0.0001) and IL-23R (OR=3.46 (IC=1.96-6.09), p<0.001). Furthermore, was observed relationship of the SNPs in genes, IL-17F with DAS28 (OR=5.44 (IC=1.29-22.85) and IL-6 with RF (OR=4.47 (IC=1.69-11.79), p=0.0038) and ACPA (OR=3.91(IC=1.56-9.78), p=0.0057). Our study presents evidence of associations between polymorphisms in genes of important cytokines involved in RA with susceptibility to RA and their clinical characteristics in population in the state of São Paulo, Southeastern Brazil.

Violence is a dreadful phenomenon spread throughout the world, resulting in unfortunate events that can ultimately cause death. It is known that some countries play a much worrying role in this scenario than others. Brazil is one of them. The present study has focused on identifying the use of cocaine within 105 postmortem cases arriving at the Institute of Legal Medicine of São Paulo (IML-SP) through analytic toxicological methods and latter applying genetic testing to see whether the presence of certain single nucleotide polymorphisms (SNPs) is more predominant within users rather than non-users, which would help to better understand one\'s susceptibility to abuse the drug. Both blood and hair samples have been analysed through ultra-performance liquid chromatography coupled to electrospray ionization tandem mass spectrometry (UPLC-ESI-MS/MS) in order to distinguish between recent or chronic cocaine use among violent individuals whose violence has ultimately leaded to their death. Two dilute-and-shoot methods have been validated and used for this purpose, and the final residue was analysed through the UPLC-ESIMS/ MS system. From the 105 postmortem cases, a rather high proportion of cocaine and its metabolites was found. A chronic use of the drug was denoted in 53% of the cases, which were positive for cocaine and benzoylecgonine, followed by 43% for norcocaine, 40% for cocaethylene and 13% for anhydroecgonine methyl ester, in hair. As for blood, reflecting the use of cocaine prior to death, 51% of the cases have shown to be positive for benzoylecgonine, followed by 41% for cocaine, 23% for cocaethylene and 20% for norcocaine. These findings suggest a probable association between the use of the drug and risky/violent behaviours. Genetic wise, a significant difference has been observed for SNP rs4263329 from the BCHE gene in its dominant model, with higher frequencies of the genotypes A/G and G/G seen in cocaine users rather than non-users (OR=8.91; 95%CI=1.58-50.21; &#961;=0.01). Likewise, also SNP rs6280 from the DRD3> gene presented a significant association in both its additive and dominant model, suggesting that the C allele may be playing a role in cocaine use as both genotypes T/C and C/C were significantly more frequent in users than non-users. This association was not lost when adjusted for covariants using logistic regression (OR=4.96; 95%CI=1.07; &#961;=0.04). Finally, a statistically significant association (&#961; = 0.003) was also encountered among individuals with both A/G and G/G genotypes within SNP rs4263329 and the use of cocaine HCl (f(A/G+G/G)=44.7%) versus crack-cocaine (f(A/G+G/G)=7.7%) and nonusers (f(A/G+G/G)=16.2%). In conclusion, this study has found significant associations within two SNPs related to cocaine use, however, due to several inherent limitations, these must be confirmed by further studies with a higher number of subjects and within a more controlled setting. Definite assumptions may not be made at this point and future researches are to be conducted. / A violência é um fenômeno aterrador espalhado por todo o mundo, resultando em eventos que podem, em última instância, causar a morte. Sabe-se que, em alguns países esse cenário é mais preocupante que em outros. O Brasil é um deles. O presente estudo teve como objetivo identificar o uso de cocaína em 105 casos postmortem provenientes do Instituto de Medicina Legal de São Paulo (IML-SP) por meio de métodos toxicológicos analíticos e posterior aplicação de testes genéticos para verificar se a presença de determinados polimorfismos de nucleotídeo único (SNPs) é mais predominante dentro dos usuários do que dos não usuários, o que explicaria uma possível suscetibilidade de um indivíduo ao abuso da droga. Amostras de sangue e cabelo foram analisadas através de cromatografia líquida de ultra-eficiência acoplada a espectrometria de massas e ionização por electrospray (UPLC-ESI-MS/MS) para distinguir entre uso recente ou crônico de cocaína entre indivíduos violentos cuja violência levou à sua morte. Para tal, dois métodos de extração baseados na técnica de \"dilute-and-shoot\" foram validados e utilizados para esse fim, e o resíduo final foi analisado através de um sistema UPLC-ESI-MS/MS. Dos 105 casos postmortem, foi encontrada uma proporção significativa de cocaína e seus produtos de biotransformação. O uso crônico da droga foi denotado em 53% dos casos, sendo estes positivos para cocaína e benzoilecgonina, seguidos de 43% para norcocaína, 40% para cocaetileno e 13% para anidroecgonina metil éster, no cabelo. Quanto ao sangue, refletindo o uso de cocaína antes da morte, 51% dos casos mostraram-se positivos para benzoilecgonina, seguido de 41% para cocaína, 23% para cocaetileno e 20% para norcocaína. Esses dados corroboram a hipótese provável da relação entre o uso da droga e comportamentos de risco/violentos. Quanto à genética, uma diferença significativa foi observada para o SNP rs4263329 do gene BCHE em seu modelo dominante, com maiores frequências dos genótipos A/G e G/G vistos em usuários de cocaína ao contrário de não usuários (OR=8,91; 95%IC=1,58-50,21; &#961;=0,01). Da mesma forma, também o SNP rs6280 do gene DRD3 apresentou uma associação significativa tanto no seu modelo aditivo quanto dominante, sugerindo que o alelo C pode estar desempenhando um papel no uso de cocaína, pois ambos os genótipos T/C e C/C foram significativamente mais frequentes nos usuários do que não usuários. Essa associação não foi perdida quando ajustada para co-variáveis usando regressão logística (OR=4,96; 95%IC=1,07; &#961;=0,04). Finalmente, uma associação estatisticamente significativa (&#961;=0,003) também foi encontrada entre indivíduos com ambos os genótipos A/G e G/G dentro do SNP rs4263329 e o uso de cocaína HCl (f(A/G + G/G)=44,7%) versus crack (f(A/G + G/G)=7,7%) e não usuários (f(A/G + G/G)=16,2%). Em conclusão, este estudo encontrou associações significativas em dois SNPs relacionados ao uso de cocaína, no entanto, devido a várias limitações inerentes, estas devem ser confirmadas por mais estudos com um maior número de indivíduos e dentro de um cenário mais controlado. Hipóteses definitivas não poderão ser feitas neste momento e futuras pesquisas devem ser conduzidas.

The aim of this thesis was to analyze populations of pigs of breed Czech Large White and to evaluate their genetic variability and diversity. Eleven single-nucleotide polymorphisms (SNPs) were analyzed in porcine candidate genes. In total, 139 individuals from two populations of different status in breeding program were evaluated. Polymorphisms were genotyped by PCR-RFLP in loci: HMGCR, TCF7L2, MC4R, EDG4, HFABP, FTO, LEPR6, LEPR18, PDK4, PLINHin, PLINNIa. Population-genetic analysis was done in program POPGENE 1.31. All observed loci were polymorphic. The occurrence of rare allele T of locus EDG4 in population of breeding program was considered. Genetic diversity in population of commercial breed was higher than diversity of breeding population. All observed populations were in Hardy-Weinberg equation.

Submitted by Amanda Silva (amanda.osilva2@ufpe.br) on 2015-03-13T15:25:35Z No. of bitstreams: 2 DISSERTAÇÃO Vanessa Germoglio.pdf: 959900 bytes, checksum: 108ce5014d5a8e3daf5964a2e7a38ab8 (MD5) license_rdf: 1232 bytes, checksum: 66e71c371cc565284e70f40736c94386 (MD5) / Made available in DSpace on 2015-03-13T15:25:35Z (GMT). No. of bitstreams: 2 DISSERTAÇÃO Vanessa Germoglio.pdf: 959900 bytes, checksum: 108ce5014d5a8e3daf5964a2e7a38ab8 (MD5) license_rdf: 1232 bytes, checksum: 66e71c371cc565284e70f40736c94386 (MD5) Previous issue date: 2014 / FACEPE / O Lúpus Eritematoso Sistêmico (LES) é uma doença autoimune que afeta diversos órgãos e sistemas. Embora os fatores que contribuem para a patogenia da doença não estejam totalmente esclarecidos, sabe-se que o LES é um distúrbio multifatorial que envolve a ativação de células B e T autorreativas contra uma variedade de componentes intracelulares. A proteína Semaforina 4A (Sema4A) é preferencialmente expressa em células dendríticas, B e T e está envolvida na ativação de células T, regulando a resposta imune mediada por essas células, podendo dessa forma estar envolvida no desencadeamento da doença. O presente estudo investigou a associação dos polimorfismos de base única (SNPs) rs7695 [C>T], rs3738582 [C>G], rs12401573 [C>T] e rs3738581 [C>T] com a susceptibilidade ao LES e às suas manifestações clínicas. O grupo amostral foi constituído por duas populações brasileiras com LES, sendo 158 pacientes e 189 controles provenientes do Sudeste, e 122 pacientes e 159 controles provenientes do Nordeste. As análises estatísticas e o equilíbrio de Hardy-Weinberg (HW) foram realizadas através dos programas SNPStats e R 2.15.0. Todos os grupos analisados estavam em equilíbrio de HW. O SNP rs3738581 (C>T) foi associado à doença nas duas populações estudadas com todos os genótipos conferindo susceptibilidade ao LES (Sudeste: T/T OR = 3,60 e C/T OR = 2,36; Nordeste: T/T OR = 13,17 e C/T OR = 2,12). Em relação ás manifestações clínicas, na população do Sudeste foi observada associação entre alterações neurológicas em 3 dos SNPs testados (rs7696, rs12401573 e rs3738581); e ainda SAAF (rs7695) e alterações hematológicas (rs3738581). Na população do Nordeste foram observadas associações entre úlceras orais (rs7696) e “rash” malar (rs12401573). Todas as associações foram estatisticamente significantes após a correção de Bonferroni (p-value < 0,0125). Esse é o primeiro estudo relatando associação do gene SEMA4A e a susceptibilidade ao LES, envolvendo uma das principais características responsáveis pela mortalidade dos pacientes, que são as alterações neurológicas.

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