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Otimização da produção de mudas clonais de eucalipto com o uso de bioestimulantes / The optimization to producing eucalyptus clones with biostimulants

Leone, Gabriela Ferraz 15 March 2019 (has links)
Devido à grande importância que o gênero Eucalyptus apresenta, cada vez mais estudos relacionados à otimização da propagação de espécies do gênero vêm sendo conduzidos. Os principais entraves estão relacionados à sua clonagem e a recalcitrância que algumas espécies apresentam ao enraizamento e, por essa razão, o presente trabalho teve como objetivo avaliar o uso de bioestimulantes na mini e microestaquia de Eucalyptus spp. O presente trabalho se preocupou com o desenvolvimento de protocolos que não alteram excessivamente a prática empregada pelas empresas silviculturais. Para tanto, o trabalho foi dividido em 4 partes, sendo a primeira composta por uma revisão sobre enraizamento (item 2), visando elucidar todos os principais fatores que podem influenciar neste evento morfogênico. A partir desta revisão, se iniciaram estudos práticos com espécies e híbridos do gênero. O primeiro estudo (item 3) baseou-se na avaliação da morfofisiologia de miniestacas de três espécies de eucalipto (E. urograndis, E. benthamii e E. urophylla) em contato com AIB em pó e subsequente aplicação de tratamentos com bioestimulantes (ácido tânico e Algaren BZn®) utilizados de forma isolada e/ou em associação diretamente na base das miniestacas. O segundo estudo (item 4) avaliou a atuação destes mesmos tratamentos com bioestimulantes, em microcepas de Eucalyptus urograndis em fase de alongamento in vitro das brotações e sua posterior aclimatização. Por fim, o terceiro estudo (item 5) foi baseado na utilização dos tratamentos com bioestimulantes em microestacas de E. urophylla em fase de aclimatização em miniestufas, sendo os bioestimulantes aplicados na base das microestacas e na base das miniestufas (diretamente na bandeja). Em todos os experimentos foram coletados dados referentes aos parâmetros morfofisiológicos e, observou-se no primeiro e segundo experimento, que o ácido tânico na concentração de 250mg/L, foi o melhor tratamento empregado. Já, para o terceiro experimento, o Algaren BZn® na concentração de 1ml/L, apresentou resultados mais favoráveis. De acordo com as análises histológicas da rizogênese para todos os experimentos, verificou-se que as raízes adventícias desenvolvidas apresentaram origem cambial e conexão direta com o sistema vascular da parte aérea, indicando serem funcionais. O que permitiu constatar que, de forma geral, a adição de bioestimulantes otimizou a produção de mudas clonais de Eucalyptus. / According to the great importance that Eucalyptus genus presents, more studies are related to genus species propagation optimization have been conducted. Being the rooting recalcitrance that some species presents the main obstacle related to its cloning, this work had the aim to evaluate the biostimulants use in mini and microcuttings rooting process of Eucalyptus spp. For this, the present work was concerned with the protocols development that does not excessively alter the practice employed by silvicultural business. For this, the work was divided into 4 parts, the first have a rooting review (item 2), in order to elucidate all the main factors that may influence this morphogenic event. From this review, practical studies with species and hybrids of the genus were started. The first study (item 3) was based on the minicuttings morphology evaluation of the three eucalyptus species (E. urograndis, E. benthamii and E. urophylla) in contact with IBA in talc and the subsequent application of biostimulant treatments (tannic acid and Algaren BZn®) used in isolation and/or in combination directly on minicuttings base. The second study (item 4) evaluated the performance of these same treatments with biostimulants in E. urograndis microcuttings on the shoots elongation stage in vitro and their subsequent acclimatization. Finally, the third study (item 5) was based on the biostimulant treatments use in E. urophylla microcuttings in acclimatization phase in ministuff. The biostimulants were applied at microcuttings base and at ministuff base (directly on the trays). In all experiments, data regarding morphophysiological parameters were collected and it was observed in the first and second experiments that tannic acid at 250mg/L concentration was the best treatment used. For the third experiment, the Algaren BZn® in the concentration of 1 ml/L, presented more favorable results. According to the rhizogenesis histological analyzes for all the experiments, it was verified that the adventitious roots developed presented cambial origin and had a direct vascular connection with the aerial part, indicating its functionality. This showed that, in general, the biostimulants addition optimized the production of clonal Eucalyptus seedlings.
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Taxonomia comparada, filogeografia e dinâmica populacional de Dichelops furcatus (Fabricius) e Dichelops melacanthus (Dallas) (Hemiptera: Heteroptera: Pentatomidae): uma abordagem integrativa / Comparative taxonomy, phylogeography and population dynamics of Dichelops furcatus and Dichelops melacanthus (Hemiptera: Heteroptera: Pentatomidae): an integrative approach

Moraes, Tamara 06 February 2019 (has links)
Os percevejos barriga-verde (Dichelops spp.) (Hemiptera: Heteroptera: Pentatomidae) são considerados pragas emergentes em diferentes plantas cultivadas no Brasil. Dichelops furcatus (Fabricius) e Dichelops melacanthus (Dallas) são morfologicamente semelhantes, e os caracteres morfológicos são extremamente variáveis entre as espécies, trazendo em questão a delimitação e padrão de distribuição geográfico das mesmas. Baseado em ampla amostragem ao longo da distribuição de Dichelops spp., os objetivos gerais deste estudo foram: 1) estudar a diversidade morfológica de D. furcatus e D. melacanthus utilizando morfometria linear e geométrica; 2) definir ferramentas para a identificação das espécies reconhecidas a partir de dados morfológicos quantitativos; 3) a partir de ferramentas moleculares, testar a delimitação das espécies, estudar a diversidade e estruturação genética, e o padrão de distribuição geográfico das populações de D. furcatus e D. melacanthus no Brasil. Para isso, foram fotografadas as principais estruturas diagnósticas da morfologia geral (cabeça, pronoto e escutelo) dos indivíduos das populações estudadas e os dados de morfometria linear e geométrica analisados estatisticamente. DNA de indivíduos das duas espécies de diferentes populações do Brasil foi extraído, e dois genes mitocondriais (COI e 16s) foram amplificados por PCR e sequenciados. Resultados de morfometria geométrica mostraram grande sobreposição na forma entre as espécies, tornando esse método ineficiente na delimitação de D. furcatus e D. melacanthus. A morfometria linear foi eficiente em delimitar D. furcatus e D. melacanthus. Os resultados de diversidade e estruturação mostraram alta diversidade genética e alta estruturação genética entre as populações de ambas as espécies, suportando a existência de duas linhagens de D. furcatus e duas linhagens de D. melacanthus. / The green-belly stink bugs Dichelops spp. (Hemiptera: Heteroptera: Pentatomidae) are considered emergent pests in different cultivated plants in Brazil. Dichelops furcatus (Fabricius) and Dichelops melacanthus (Dallas) are morphologically similar, and the morphological characteristics are variable within the species, sometimes overlapping between them, bringing into question the species delimitation. Based on wide sampling throughout the whole distribution of Dichelops spp., the goals of this study were: 1) to study the morphological diversity of D. furcatus e D. melacanthus using both traditional and geometric morphometrics, and 2) define tools for the species identification recognized from quantitative morphological data; 3) to study the genetic diversity, population structuring, and the geographical distribution pattern of D. furcatus and D. melacanthus populations in Brazil using molecular data. For that, digital photographs of the main morphological structures (head, pronotum and scutellum) were taken and statistical analysis of traditional and geometric morphometrics were made. DNA from individuals of both species from different populations of Brazil was extracted, and two mitochondrial genes (COI and 16s) were amplified by PCR and sequenced. Results from geometric morphometrics show that shape of pronotum, head and scutellum were strongly overlapping between species, making this method inefficient in separating D. furcatus from D. melacanthus. However, traditional morphometrics was efficient in separating the species. Results showed high genetic diversity and high genetic structuring between populations of both species, supporting the existance of two lineages for D. furcatus and two lineages for D. melacanthus.
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Produção de biofilme e perfil de suscetibilidade a antifúngicos de isolados de Candida spp. em episódios de candidemia no Hospital das Clínicas da FMRP-USP / Biofilm production and antifungal susceptibility profile of Candida spp. isolates from candidemia episodes from the Hospital das Clínicas da FMRP-USP

Cardoso, Bárbara 14 June 2017 (has links)
Candida spp. constitui o grupo mais importante de fungos patogênicos oportunistas, que está associado a elevadas taxas de mortalidade. As principais espécies causadoras de infecções sanguíneas são: C. albicans, C. glabrata, C. parapsilosis e C. tropicalis. Conhecer a distribuição das espécies e padrões de suscetibilidade aos antifúngicos é fundamental para o estabelecimento de medidas de controle da candidemia. A patogenicidade dessas leveduras depende de alguns fatores de virulência como a capacidade de escapar dos mecanismos de defesa do hospedeiro e a capacidade de formação de biofilme. Biofilmes são comunidades microbianas organizadas aderidas a uma superfície sólida, biótica ou abiótica, e envolvidas por uma matriz polissacarídica extracelular. Eles podem apresentar resistência a antimicrobianos e ser fontes de infecções crônicas e persistentes, e a sua relação fungo-hospedeiro é pouco conhecida. O objetivo desse estudo foi avaliar o impacto da formação de biofilme sobre o perfil de suscetibilidade a antifúngicos, de espécies de Candida isoladas em episódios de candidemia no Hospital das Clínicas da Faculdade de Medicina de Ribeirão Preto da Universidade de São Paulo. Foram isoladas 70 amostras de Candida spp. através de hemoculturas, e características dos pacientes foram avaliadas, através da análise dos prontuários médicos. A espécie mais prevalente foi C. albicans, seguida por C. parapsilosis (sensu latu), C. glabrata e C. tropicalis a menos frequente. A Concentração Inibitória Mínima dos antifúngicos anfotericina B (AMB), caspofungina (CAS), fluconazol (FLC) e voriconazol (VOR) foi determinada em células planctônicas dos 70 isolados de Candida spp., de acordo com as diretrizes do CLSI. Dentre os isolados, um de C. albicans foi resistente ao FLC e VOR; todos os isolados de C. glabrata e um isolado de C. parapsilosis foram suscetíveis dose dependente ao FLC, dois isolados de C. glabrata foram suscetíveis dose dependente à CAS e um isolado de C. tropicalis foi suscetível dose dependente ao VOR. A capacidade de formação de biofilme pelos isolados foi analisada, e de acordo com a atividade metabólica, todos os isolados de C. albicans, C. glabrata e C. tropicalis foram capazes de formar biofilme em placas de poliestireno, em 24 horas, e 50% dos isolados de C. parapsilosis não foram capazes de formar biofilme. Biofilmes de cada espécie foram visualizados por microscopia eletrônica de varredura, e demonstraram diferenças estruturais de acordo com cada espécie. A Concentração Erradicatória Mínima dos antifúngicos aos biofilmes de todos os isolados foi determinada. AMB e CAS mostraram atividade contra biofilmes de Candida spp., contudo, biofilmes de certos isolados requereram concentrações maiores que as necessárias para inibir o crescimento de células planctônicas; FLC e VOR, no geral, não possuem ação eficaz contra biofilmes de Candida spp.. Quando isolados de C. albicans, com diferentes perfis de formação de biofilme, foram avaliados quanto a sua virulência in vivo no hospedeiro invertebrado Galleria mellonella, foi obervada uma tendência de maior virulência no grupo de isolados previamente classificados com alta formação de biofilme. Os resultados obtidos refletem a influência da formação de biofilme na suscetibilidade dos isolados clínicos aos antifúngicos comumente utilizados na prática médica / Candida spp. is part of the most important group of opportunistic pathogenic fungi, which is associated with high mortality rates. The main species causing bloodstream infections are: C. albicans, C. glabrata, C. parapsilosis and C. tropicalis. The knowledge about these species´ distribution and their antifungal susceptibility profiles is essential to establish measures to control candidemia. The pathogenesis of these yeasts depends on some virulence factors, such as their ability to escape host defense and their capacity of forming biofilm. Biofilms are organized microbial communities adhered to a biotic or abiotic solid surface and surrounded by an extracellular matrix; they can be resistant to antimicrobial agents and the source of chronic and persistent infections, and its fungal-host relationship is still little known. The aim of this study was to evaluate the impact of biofilm formation on antifungal susceptibility profile of Candida species isolated from candidemia episodes at the Hospital das Clínicas da Faculdade de Medicina de Ribeirão Preto da Universidade de São Paulo. A total of 70 Candida spp. samples were isolated through blood culture, and the patients\' characteristics were evaluated through the analysis of their medical records. The most isolated species was C. albicans, followed by C. parapsilosis (sensu latu), C. glabrata, and C. tropicalis the least frequent. The Minimal Inhibitory Concentration for the antifungal agents amphotericin B (AMB), caspofungin (CAS), fluconazole (FLC) and voriconazole (VOR) were determined in planktonic cells for the 70 Candida spp. isolates, following CLSI guidelines. Among the isolates, one C. albicans isolate was resistant to FLC and VOR; all the C. glabrata and one C. parapsilosis isolates were susceptible dose dependent to FLC; two C. glabrata isolates were susceptible dose dependent to CAS, and one C. tropicalis isolate was susceptible dose dependent to VOR . The isolates´ ability to form biofilm was analyzed and according to the metabolic activity, all the C. albicans, C. glabrata and C. tropicalis isolates were able to form biofilm in polystyrene plates, in 24 hours, and 50% of the C. parapsilosis isolates were not able to form biofilm. Biofilms of each species were visualized through scanning electron microscopy and structural differences were seen according to each species. The Minimal Eradication Concentrations of the antifungal to the biofilms were determined. AMB and CAS showed activity against Candida spp. biofilms, however, some isolates needed concentrations much higher than the used to inhibit planktonic growth; FLC and VOR in general were not efficient against Candida spp. biofilms. When C. albicans isolates, which showed different biofilm formation profiles, were tested about their in vivo virulence using the invertebrate host Galleria mellonella, it was possible to observe a propensity of the high biofilm formers isolates to be more virulent. The results reflect the effect of biofilms on clinical isolates susceptibility to antifungal drugs commonly used during medical practice.
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Interferência de plantas daninhas com hábito trepador na cultura do milho /

Braga, Isa Marcela Rodrigues Furlini January 2018 (has links)
Orientador: Silvano Bianco / Resumo: Um dos cultivos mais tradicionais, o milho tem assumido importante papel socioeconômico no Brasil, colocando-se em posição relevante no que se refere a valor da produção agropecuária, área plantada e volume produzido, em especial nas regiões Sul, Sudeste e Centro-Oeste. Entre os fatores bióticos capazes de proporcionar redução no rendimento das culturas encontram-se as plantas daninhas. Algumas plantas daninhas de hábito trepador como as corda-de-viola e melão-de-são-caetano problemáticas em plantios agrícolas apresentam alta capacidade de dispersão e produção de sementes, podendo infestar áreas de plantio de milho, por serem facilmente dispersas por agentes dispersores. Estas podem afetar a produção produtividade, devido, principalmente, às interferências negativas impostas por sua presença, como a competição por água, nutrientes, luz e possíveis efeitos alelopáticos; bem como por serem hospedeiras de pragas, agentes causadores de doenças. Foram desenvolvidos dois estudos na Unesp/FCAV para verificar se corda-de-viola e melão-de-são-caetano causam danos a produtividade do milho. e quais seriam. Os resultados destes trabalhos relacionados a interferência causada pelo melão-de-são-caetano nos permitiram concluir que melão-de-são-Caetano interfere no crescimento, desenvolvimento e produtividade do milho ‘Maximus’ já a partir de 1 planta m-2, sendo que o efeito se acentua com o aumento da densidade. Os experimentos com corda de viola nos permitiu concluir que Ipomoea hederifolia... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: One of the most traditional crops, corn has assumed an important socioeconomic role in Brazil, placing itself in a relevant position regarding the value of agricultural production, planted area and volume produced, especially in the South, Southeast and Midwest regions. Among the biotic factors capable of reducing crop yields are weeds. Some climbing weeds such as morningglory and Momordica Charantia problems in agricultural plantations have high dispersion and seed production capacity, and can infest maize planting areas, as they are easily dispersed by dispersing agents.These can affect production productivity, due mainly to the negative interferences imposed by their presence, such as competition for water, nutrients, light and possible allelopathic effects; as well as being host to pests, disease-causing agents. Two studies were developed at the Unesp / FCAV to verify if the viola cord and the Momordica Charantia cause damage to maize productivity. and what they would be. The results of these studies related to the interference caused by the Momordica Charantia allowed us to conclude that Momordica Charantia interferes in the growth, development and productivity of 'Maximus' maize already from 1 plant m-2, being that the effect is accentuated with increasing density.The experiments with morningglory allowed us to conclude that Ipomoea hederifolia does not interfere with the growth of 'Impacto' maize plants up to the density of 16 m-2 plants, but from 2 m-2 plants there ar... (Complete abstract click electronic access below) / Doutor
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Candida spp. em escovas dentais e eficácia de antimicrobianos na sua desinfecção / Candida spp. on toothbrushes and efficacy of antimicrobial agents for their disinfection.

Rodrigues, Andresa Piacezzi Nascimento 21 May 2009 (has links)
Os objetivos foram avaliar a presença de Candida spp. em escovas dentais; a eficácia do Periogard® e do Neem Sattiva®, em spray, na desinfecção destas escovas; a atividade antimicrobiana, in vitro, do Neem Sattiva®, do Periogard® e da solução de gluconato de clorexidina a 0,5% por meio da Diluição Inibitória Máxima (DIMax); e a capacidade de Candida spp. formar biofilme, in vitro, sobre as cerdas e hastilhas de escovas dentais (empregando a técnica de cultura microbiana e a microscopia eletrônica de varredura). Participaram do estudo clínico randomizado 61 estudantes de Odontologia da FORP USP. O estudo foi realizado em três etapas. Em cada etapa, os voluntários receberam escovas novas e realizaram a escovação dentária sem dentifrício, por dois minutos. Cada solução foi borrifada sobre as cerdas das escovas por seis vezes. Após quatro horas à temperatura ambiente, as escovas foram submetidas ao processamento microbiológico para o isolamento e identificação das espécies de Candida. A DIMax dos antissépticos foi realizada utilizando o método da diluição em ágar. As escovas dentais de 37,3% dos indivíduos estavam contaminadas por Candida spp. (C. albicans, C. parapsilosis e Candida sp.). O Periogard® e o Neem Sattiva®, em spray, inibiram o crescimento de Candida spp. em 40,9 e 9,1% das escovas, respectivamente. Portanto, o spray de Periogard® foi mais eficaz que o spray de Neem Sattiva® para esse propósito. As DIMaxs do Neem Sattiva®, do Periogard® e da solução de clorexidina a 0,5% frente a 63 cepas de Candida spp. foram 1/10, 1/20 e 1/40, respectivamente. Candida spp. foram capazes de formar biofilme, in vitro, sobre hastilhas (polietileno de baixa densidade) de escovas dentais. O mesmo não ocorreu nas cerdas de náilon. / The purposes were to evaluate the presence of Candida spp. on toothbrushes; the efficacy of Periogard® and Neem Sattiva®, in spray, in the disinfection of these toothbrushes; the in vitro antimicrobial activity of Neem Sattiva®, Periogard® and solution containing 0.5% chlorhexidine gluconate by the Maximum Inhibitory Dilution (MID); and the ability of Candida spp. to form biofilm in vitro on the bristles and small sticks of toothbrushes (using the microbial culture technique and scanning electron microscopy). In the randomized clinical study participated 61 students matriculated at the Dentistry course of the FORP USP. The study was performed into three phases. In each phase, volunteers received new toothbrushes and performed toothbrushing with no dentifrice, during two minutes. Each solution was sprayed six times on the toothbrush bristles. After four hours at room temperature, toothbrushes were submitted to microbiological processing for the isolation and identification of Candida species. MID of antiseptics was performed using the agar dilution method. Toothbrushes used by 37.3% of subjects were contaminated by Candida spp. (C. albicans, C. parapsilosis and Candida sp.). Periogard® and Neem Sattiva®, in spray, inhibited growth of Candida spp. in 40.9 and 9.1% of toothbrushes, respectively. Therefore, Periogard® spray was more efficacious than Neem Sattiva® spray for this purpose. MID of Neem Sattiva®, Periogard® and solution containing 0.5% chlorhexidine against 63 Candida spp. strains were 1/10, 1/20 and 1/40, respectively. Candida spp. were able to form biofilm in vitro on the toothbrush small sticks (low-density polyethylene). This did not occur on the nylon bristles.
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Caracterização molecular de genes blaCTX-M presentes em Klebsiella spp. isoladas em hospital universitário do Brasil / Molecular characterization of blaCTX-M genes found in Klebsiella spp. isolated in brazilian university hospital

Clímaco, Eduardo Carneiro 09 March 2007 (has links)
Entre as ß-lactamases, as enzimas CTX-M têm despertado atenção especial pela alta incidência e grande capacidade de propagação. Eventos como recombinação gênica, transferência plasmideal e multirresistência podem ser a razão da manutenção e da ampla disseminação dos genes blaCTX-M. Este é um trabalho retrospectivo que teve como objetivo caracterizar genes blaCTX-M presentes em Klebsiella spp. Foram estudadas 27 linhagens de Klebsiella pneumoniae e 8 linhagens de Klebsiella oxytoca, produtoras de ?-lactamase de espectro estendido, isoladas de pacientes hospitalizados no período de janeiro a junho de 2000. A detecção e identificação dos genes blaCTX-M, assim como dos elementos relacionados com a mobilização destes genes, foi realizada por PCR e seqüenciamento. A localização genética e a mobilidade dos genes blaCTX-M foram pesquisadas por análise plasmideal e hibridação e por conjugação. Os perfis de sensibilidade das linhagens estudadas e das linhagens transconjugantes foram comparados pela determinação da concentração inibitória mínima de antibióticos das classes das cefalosporinas, cefamicinas, aminoglicosídeos e quinolonas. Foram encontrados genes blaCTX-M em plasmídeos conjugativos em 13 (37%) linhagens estudadas: blaCTX-M-9 em 4 K. oxytoca, e blaCTX-M-2 em 9 K. pneumoniae. Os genes blaCTX-M-9 estavam associados ao elemento de inserção ISEcp1, enquanto os genes blaCTX-M-2 estavam associados a integrons de classe I contendo ISCR1. O genes blaCTX-M-2, carreado por plasmídeo, pode estar relacionado com disseminação horizontal entre vários clones de K. pneumoniae, enquanto o gene blaCTX-M-9 foi encontrado sendo carreado por um único clone de K. oxytoca. Este estudo determinou a incidência e a diversidade de enzimas CTX-M no período estudado, além de fornecer dados epidemiológicos que podem explicar a sua prevalência no mundo e contribuir para o entendimento e controle da disseminação deste tipo de resistência. / CTX-M enzymes, the world\'s most prevalent ß-lactamases disseminate very easily. Genetic recombination, plasmid transference and multiresistance could be responsible for the wide spread of blaCTM-X genes. This retrospective study aims to characterize blaCTX-M genes found in Klebsiella spp. The strains were isolated in hospital patients from January to June 2000 and consisted of 27 ESBL-producing Klebsiella pneumoniae and 8 ESBL-producing Klebsiella oxytoca. PCR and sequencing were used in the detection and identification of blaCTX-M genes and genetic elements associated with their mobilization. Determination of genetic localization and mobility of blaCTX-M genes was by plasmid analyses, hybridization and transfer assays. The minimal inhibitory concentrations (MICs) of cephalosporins, cefamicins, aminoglycosides and quinolone antimicrobials evaluated the antibiotic susceptibility profile of transconjugants and strains in the study. The blaCTX-M genes were found in 13 strains (37%): blaCTX-M-9 in 4 K. oxytoca and blaCTX-M-2 in 9 K. pneumoniae. The insertion sequence ISEcp1 was associated with blaCTX-M-9 and blaCTX-M-2 was found in a class I integron bearing ISCR1. Plasmid blaCTX-M-2 genes dissemination was due to horizontal transfer among many K. pneumoniae clones, while blaCTX-M-9 dissemination was associated with a particular clone of K. oxytoca. The study characterized incidence and diversity of CTX-M enzymes during the period studied. Moreover it showed epidemiological data, which may explain CTX-M prevalence worldwide and contribute for the understanding and control of the resistance spread.
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Listeria monocytogenes em queijo minas meia cura: análise quantitativa, qualitativa e perfil molecular das cepas isoladas / Listeria monocytogenes in Minas meia cura cheese: quantitative analysis, qualitative and molecular characterization of isolates

Raimundo, Daniele Cristine 06 March 2013 (has links)
O queijo minas meia cura, popular entre os consumidores no Brasil, não é regulamentado, o que pressupõe que estes produtos sejam de origem informal, fabricados com leite cru, sem controle das condições higiênicas e sanitárias ou do processo de cura. Esta pesquisa se dispôs a estudar os fatores, tanto relacionados ao queijo (pH, Aw e U%) quanto aos relacionados à Listeria monocytogenes (análise qualitativa, quantitativa nas amostras que forem positiva e identificação e caracterização genotípica) como também pesquisar possível atividade antagônica das bactérias lácteas sobre a Listeria monocytogenes.Foram analisadas 165 amostras provindas de barracas de feiras do município de São Paulo. As análises físico-químicas classificaram as amostras como queijo de média umidade (57,6%) e de baixa umidade (34,5%); quanto ao pH, o valor mínimo registrado foi de 4,3 e o máximo foi de 7,5; e os valores da Aw variaram de 0,86 a 0,98. Listeria monocytogenes foi isolada em 3% das amostras (5/165) pelo método qualitativo, enquanto os testes de quantificação (feitos nas amostras positivas) não revelaram o agente, sugerindo que o nível de contaminação apresentava-se entre os limites de detecção das técnicas, a saber: 1 UFC/25g ou 0,04 UFC/g para a qualitativa e 3 NMP/g para a quantitativa . Em ambas as técnicas de caracterização genotípica (AFLP e PFGE) foram gerados cinco pulsotipos, cada um representando uma amostra. De 480 colônias isoladas das amostras, 6,66% apresentaram antagonismo pela L. monocytogenes. A freqüência de Listeria monocytogenes em queijo tipo minas meia cura é relativamente baixa e, quando presente, encontra-se em baixos níveis de contaminação. No entanto, do ponto de vista geográfico, o agente encontra-se no queijo tipo minas meia cura de todas as regiões do município de São Paulo. / Minas meia-cura cheese, popular among brazilian consumers, has not been regulated indicating that the cheese available in the market is informal and made from raw milk, uncontrolled hygienic-sanitary conditions nor the curing process. This study aimed evaluating factors related to the product (pH, Aw and U%) as well as the ones related to Listeria monocytogenes (qualitative analysis followed by quantitative analysis of the positive ones and genetic identification). Antagonic activity of some lactic bacteria against Listeria monocytogenes was also investigated. Samples (165) were bought at open markets in São Paulo city. By the content in humidity, samples were classified as cheese of medium (57,6%) and low humidity (34,5%); concerning pH the lowest value was 4,3 and the highest 7,5, values of Aw ranged from 0,86 a 0,98. Listeria monocytogenes was isolated from 3% of the samples (5/165) by qualitative test but none of them showed any growth in quantitative test suggesting that the level of contamination were somewhere in between the detection limits of the tests: 1 CFU/25 g or 0,04 CFU/g for qualitative method and 3 MPN/g for quantitative one. In both genotypic characterization techniques (AFLP and PFGE) five pulsotypes were generated, each one representing a sample. Of 480 colonies isolated from the samples, 6.66% showed antagonism by L. monocytogenes. The frequency of Listeria monocytogenes in Minas meia cura cheese is relatively low and when present the level of contamination is low. However it is wide distributed in Sao Paulo city.
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Pesquisa de genes codificadores de adesinas em Staphylococcus spp. isolados de amostras clínicas em cães e gatos / Search for adhesins-encoding genes in Staphylococcus spp. Isolated from dogs and cats

Bacca, Juan David Valencia 13 March 2015 (has links)
Os Staphylococcus spp., são bactérias Gram positivas com importância clinica, as quais são capazes de causar uma ampla variedade de doenças em seres humanos e animais. O uso excessivo de antimicrobianos pode selecionar bactérias resistentes aos antimicrobianos de uso comum em Veterinária, o que representa uma grande ameaça para a saúde animal, e a saúde publica no mundo inteiro. Apesar de sua importância clinica, existe um conhecimento limitado sobre a patogênese das infecções estafilococicas em animais de estimação, e os fatores de virulência bacterianos específicos envolvidos em estas doenças. A Infecção estafilocócica iniciasse a partir da adesão do micro-organismo ao tecido do hospedeiro. A adesão é favorecida pela presença de fatores de virulência conhecidos como adesinas, que estão agrupadas em uma família conhecidas como as microbial surface components recognising adhesive matrix molecules (MSCRAMM). Após o isolamento e identificação dos micro-organismos, 118 estirpes de Staphylococcus spp., foram identificadas, 111 (94.07%), estirpes em cães, e 7 (5.93%) em gatos. Entre os Staphylococcus, sete espécies diferentes foram isoladas: 82 (69.49%) Staphylococcus pseudointermedius, 19 (16.10%) Staphylococcus epidermidis, 7 (5.93%) Staphylococcus xylosus, 4 (3.39%) Staphylococcus chromogenes, 3 (2.54%) Staphylococcus spp., 2 (1.69%) Staphylococcus aureus, 1 (0.85%) Staphylococcus schleiferi. A susceptibilidade a 26 agentes antimicrobianos foi determinada em todos os isolados. A pesquisa pelas MSCRAMM e o gene formador de biofilme nas estirpes de Staphylococcus spp., foi realizada usando a reação em cadeia da polimerasa (PCR), foram usados diferentes pares de primers para detectar os genes que codificam para a proteína ligadora de colágeno (cna), proteína ligadora de laminina (eno), proteína ligadora de elastina (ebpS), proteína ligadora de fibrinogênio (fib), proteína A ligadora de fibronectina (FnbA), proteína B ligadora de fibronectina (FnbB), e proteína associada a formação de biofilme (Bap). A resistência apresentada pelas estirpes isoladas aos diversos antimicrobianos foi observada com frequência, a percentagem de resistência geral das cepas de Staphylococcus spp isoladas foi: 54,32% para eritromicina, 40,79% para clindamicina, e 29,91% para norfloxacina. A susceptibilidade a oxacilina tambem foi testada, o 85,96% das estirpes isoladas foram susceptíveis. Todos os genes foram identificados com exceção do Bap e EbpS, o gene mais frequentemente isolado foi o Eno (89,9%), a associação entre os genes Eno/Fib/FnbA e Eno/FnbB foram também detectadas. Nossos resultados evidenciaram que os membros do gênero Staphylococcus apresentam frequentemente resistência in vitro aos antimicrobianos usados comumente. É necessário fazer um uso criterioso de antibióticos em animais de estimação em Medicina Veterinária. A informação sobre o assunto pode permitir o desenvolvimento de estratégias mais eficazes para o tratamento e controle das infeções causadas por Staphylococcus spp., em pequenos animais / Staphylococcus spp., are clinically important Gram-positive bacteria that are capable of causing a wide variety of diseases in humans and animals. The overuse of antimicrobials can select resistant bacteria strains, that represents a major threat to animal and public health worldwide. Despite its clinical importance, there is only very limited knowledge about the pathogenesis of staphylococcal infections in small animals, and the specific bacterial virulence factors involved in causing these diseases. Staphylococcal infection initiates from the adhesion of the microorganism to the tissue of the host. Adhesion is favoured by the presence of virulence factors known as adhesins, which are grouped in a family known as the microbial surface components recognising adhesive matrix molecules (MSCRAMM). After isolation and identification of microorganisms, 118 Staphylococcus strains were identified, 111 (94.07%) strains from canine and 7 (5.93%) from feline origin. Among Staphylococcus, seven different species were isolated: 82 (69.49%) Staphylococcus pseudointermedius, 19 (16.10%) Staphylococcus epidermidis, 7 (5.93%) Staphylococcus xylosus, 4 (3.39%) Staphylococcus chromogenes, 3 (2.54%) Staphylococcus spp., 2 (1.69%) Staphylococcus aureus, 1 (0.85%) Staphylococcus schleiferi. The susceptibility to 26 antimicrobials was determined in all the isolates. The search for MSCRAMM and biofilm-encoding genes in the strains of Staphylococcus spp. was performed using a polymerase chain reaction (PCR). Primers were used to detect the genes encoding for collagen-binding protein (cna), laminin-binding protein (eno), elastin-binding protein (ebpS), fibrinogen-binding protein (fib), fibronectin-binding protein A (fnbA) and fibronectin-binding protein B (fnbB) and biofilm formation-encoding genes (bap). Resistance of isolates to antibiotics was frequently observed, the percentage of resistance in the general Staphylococcus strains was: 54,32% to erythromycin, 40,79% to clindamycin, and 29,91% to norfloxacin. Susceptibility to oxacilin was also tested, 85,96%) % of the isolates were susceptible. All genes were detected except for ebpS and bap. The most frequently detected gene in both species was eno (89, 9%). Association of genes Eno/Fib/FnbA and Eno/FnbB were also detected. Our results highligthed that members of the Staphylococcus genus often exhibit in vitro resistance to commonly used antimicrobials. Its necessary a judicious use of antibiotics in small animals Veterinary Medicine. Such information on the subject allows the development of more efficient strategies for treatment and control of Staphylococcus infection in small animals
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Dados hiperespectrais de dossel e sua correlação com nitrogênio aplicado a cultura da cana-de-açúcar / Hyperspectral data of canopy and it nitrogen applied in sugarcane crop

Barros, Pedro Paulo da Silva 18 July 2016 (has links)
A utilização de dados provenientes do sensoriamento remoto é alternativa para otimizar a utilização de insumos, dentre eles o nitrogênio. O presente trabalho teve como objetivo verificar a possibilidade de uso de um sensor hiperespectral em dossel na cultura da cana-de-açúcar, verificando sua capacidade em discriminar a resposta da cultura as diferentes doses de nitrogênio e estimar o teor foliar de nitrogênio, em três áreas experimentais. O trabalho foi dividido em três capítulos: O primeiro capitulo utiliza os dados hiperespectrais somente da variedade SP 81-3250, única comum em todas as áreas, de todas as datas de coleta das três áreas experimentais para verificar o potencial dos dados em diferenciar as doses de nitrogênio aplicado (0, 50, 100 e 150 kg.ha-1) e qual melhor época. Os dados espectrais foram avaliados pela estatística multivariada da análise discriminante, em que os centroides das diferentes doses foram submetidos a análise de variância. Os resultados obtidos foram que os meses de dezembro, janeiro e fevereiro discriminou todas as doses nas três áreas, o mesmo não ocorreu no mês de agosto. As bandas que apresentaram maiores significância foram na região do verde, red-edge e infravermelho próximo. No segundo capitulo foi avaliado a sensibilidade dos dados hiperespectrais em estimar a biomassa do ponteiro da cana-de-açúcar. Para isso foi utilizado somente os dados de Piracicaba. A análise espectral foi realizada aos 137, 169 e 193 Dias Após o Corte (DAC) e a avaliação biométrica foi realizada aos 345 DAC. Durante o corte de dois metros de linha, realizado manualmente. A biomassa do ponteiro foi submetida ao teste de Shapiro-Wilk, análise de variância pelo Teste F e as médias quando significativas, comparadas pelo Teste de Tukey. Posteriormente foi realizada a análise de correlação de Pearson da biomassa do ponteiro e cada comprimento de onda. Análise mostrou que existe correlação positiva entre a biomassa do ponteiro e a reflectância do dossel aos 137 DAC e 169 DAC, porém aos 193 DAC não houve nenhum comprimento de onda com correlação significativa. O comprimento de onda de 685 nm aos 137 DAC obteve a maior correlação, de 0,33. No terceiro capitulo teve por objetivo selecionar variáveis a partir de dados hiperespectrais de dossel da cana-de-açúcar para geração de modelos para predição do Teor Foliar de Nitrogênio. Para isso foi utilizado os dados das três áreas experimentais, que receberam doses de 0, 50, 100 e 150 kg.ha-1 de nitrogênio. Para redução da dimensionalidade dos dados foi utilizada a metodologia sparse Partial Least Square (sPLS), posteriormente foi feito a combinação linear das variáveis selecionadas, por meio de Regressão Linear Múltipla por Stepwise (SMLR). O modelo geral teve valores de R² ajustado e RMSE respectivamente de 0,50 e 1,67 g kg-1. Os modelos gerados para Piracicaba, Jaú e Santa Maria obtiveram R² ajustado, respectivamente, de 0,31, 0,53 e 0,54. Sensores hiperespectrais de dossel podem ser utilizados para predição do TFN e monitoramento de aplicação de nitrogênio em cana-de-açúcar. / The use of data from remote sensing is an alternative to optimize the use of agricultural inputs, including nitrogen. The present study aimed to verify the possibility of using a hyperspectral sensor in sugarcane canopy, verifying its ability to discriminate crop response to different rates of nitrogen and estimating leaf nitrogen content in three experimental areas. The work is divided in three chapters: The first chapter uses hyperspectral data of the variety SP 81-3250, which is the only one present in all the areas for all dates of collection in three of experimental areas, to check the potential of the data and the best time to differentiate between rates of nitrogen (0, 50, 100 and 150 kg.ha-1). Spectral data were evaluated by multivariate discriminant analysis, wherein the centroids of the rates were submitted to an Analysis of Variance. The results showed that the all doses in three areas of study were discriminated for the months of December, January and February, but the same thing hasn\'t happened in the month of August. The bands that showed statistically significant power difference were found in the green, red, and near-infrared edge spectral regions. In the second chapter, the sensitivity of hyperspectral data was evaluated to estimate the sugarcane biomass (pointes) for the data from Piracicaba. Spectral analysis was performed at 137, 169 and 193 Days After Harvest (DAH) and evaluation of sugarcane yield was performed 345 DAH. Biomass was analyzed using The Shapiro-Wilk test of normality, F test (analysis of variance), respectively, and when significant, compared by the Tukey test. Biomass (pointer) and each wavelength were analyzed by Pearson\'s correlation analysis. The results showed that there is a positive correlation between biomass (pointer) and the canopy reflectance to 137 DAH and 169 DAH, however there was no wavelength with a significant correlation to 193 DAH. The best power relationship was obtained at 685 nm, at 137 days. The third chapter aimed to select variables from hyperspectral data of sugarcane canopy to generate models for prediction of Foliar Nitrogen Content, for three experimental areas that received nitrogen rates (0, 50, 100 and 150 kg.ha-1). Sparse Partial Least Square (sPLS) was used to reduce the dimensionality of the data. Subsequently, the linear combination of selected variables was done through Stepwise Multiple Linear Regression (SMLR). The RMSE and adjusted R-squared statistics were 0.50 and 1.67 g.kg-1, respectively. The models to Piracicaba, Jaú and Santa Maria presented adjusted R-squared 0.31, 0.53, and 0.54, respectively. Hyperspectral sensors for canopy can be used for prediction of the TFN and monitoring of nitrogen application in sugarcane.
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Caracterização fisiológica de variedades de cana-de-açúcar submetidas ao estresse oxidativo causado pelo herbicida paraquat / Physiological characterization of sugarcane varieties subject to oxidative stress caused by the herbicide paraquat

Pavani, Alan Arthuso 22 November 2013 (has links)
O déficit hídrico é um dos principais fatores limitantes da produtividade agrícola e a aplicação de alguns herbicidas específicos, no controle de plantas daninhas induz, como consequência de seus mecanismos de ação, um acúmulo de elétrons no fotossistema II, formando assim, radicais livres, que promovem a peroxidação dos lipídeos, que por sua vez destroem as membranas celulares, através do fenômeno conhecido como estresse oxidativo, semelhante ao provocado pela reação da planta submetida ao déficit hídrico O objetivo deste trabalho foi caracterizar fisiologicamente as variedades SP83-2847, SP83-5073, SP80-3280 e CTC2, submetidas a níveis de estresse oxidativo, ocasionados pela aplicação de doses do herbicida paraquat. O conteúdo relativo de clorofila (CC), a eficiência quântica potencial do fotossistema II (Fv/Fm), a nota visual de fitotoxicidade (NF) e a fitomassa fresca (MF) foram utilizados como parâmetros fisiológicos de avaliação. O estresse oxidativo foi imposto pela aplicação do herbicida paraquat nas doses 0 (D0), 25 (D1), 50 (D2), 100 (D3) e 200 (D4) g/ha de paraquat (1,1\'-dimetil-4,4\'-bipiridilio dicloreto). As avaliações foram realizadas nos períodos de 24, 48 e 960 horas após a aplicação dos tratamentos. O conteúdo relativo de clorofila (CC) estimado através do índice SPAD, a eficiência quântica potencial do fotossistema II (Fv/Fm), a nota visual de fitotoxicidade (NF) e a massa fresca (MF) são influenciados negativamente pelos tratamentos doses do paraquat. Os padrões de resposta ao estresse oxidativo ocasionado pela aplicação do paraquat nas variedades conhecidas como tolerantes ao déficit hídrico não indicam claramente que são diferentes dos padrões de resposta ao estresse oxidativo ocasionado pelo déficit hídrico, fato que não corrobora claramente com a hipótese de que variedades tolerantes ao estresse oxidativo ocasionado por herbicidas também seriam tolerantes ao déficit hídrico. / Drought is the main factor that limits crop yields, and the use of specific herbicides, to control weeds, induces, as a consequence of their mechanisms of action, an accumulation of electrons in the photosystem II, forming free radicals that promote the lipid peroxidation, hence destroying the cell membranes, by the known phenomenon oxidative stress, similar to the reaction of plants to drought. The objective of this study was to characterize physiologically the varieties SP83-2847, SP83-5073, SP80-3280 and CTC2, under levels of stress caused by the application of doses of the herbicide paraquat. The relative chlorophyll content (CC), the potential quantum efficiency of photosystem II (Fv / Fm), the visual rating of phytotoxicity (NF) and the fresh biomass (MF) were used as physiological parameters. Oxidative stress was imposed by the application of the herbicide paraquat at doses of 0 (D0), 25 (D1), 50 (D2), 100 (D3) and 200 (D4) g/ha of paraquat (1,1 \'-dimethyl -4,4 \'-bipyridylium dichloride). The evaluations were performed by periods of 24, 48 and 960 hours after treatment. The chlorophyll content (CC) estimated by the SPAD, the technique of potential quantum efficiency of photosystem II (Fv / Fm), phytotoxicity visual ratings (NF) and the fresh biomass (FM) are negatively influenced by treatments and doses of paraquat . The response patterns to oxidative stress caused by paraquat application of the known varieties tolerant to drought are not clearly indicate that are different form patterns of response to oxidative stress caused by drought, which did not clearly corroborates the hypothesis that tolerant varieties of oxidative stress caused by herbicides would also be tolerant to drought.

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