O interior do Estado de São Paulo, anteriormente ocupado por matas semidecíduas e cerrado, hoje está praticamente tomado por diferentes culturas ou pastagens, restando apenas algumas pequenas manchas de cerrado e de mata, apontando para uma drástica perda do rico patrimônio genético florestal. A região de Ribeirão Preto é uma das mais devastadas do Estado de São Paulo, principalmente nas regiões próximas aos mananciais e indústrias de cana-de-açúcar e suas matas encontram-se hoje totalmente fragmentadas e reduzidas a 2 % de sua área original. Ante a urgência de se resgatar as espécies arbóreas nativas da flora regional, foi implantado o Projeto Floresta USP, no campus da USP de Ribeirão Preto, sendo 30 ha de reflorestamento heterogêneo e 45 ha correspondem ao Banco de Germoplasma (BG-USP/RP). Tabebuia roseo-alba (ipê-branco; Bignoniaceae) é uma das 44 espécies presentes nesse Banco pelo fato de ser pouco observada em condições naturais, necessitando de estudos que visem o entendimento da sua diversidade genética nos remanescentes florestais e no próprio BG-USP/RP para a adoção correta das estratégias de manejo e conservação. Os marcadores microssatélites são indiscutivelmente os mais indicados para este tipo de estudo, em razão de seu elevado conteúdo informativo, sua robustez analítica, transferibilidade e facilidade de obtenção de dados genéticos via PCR. Este estudo teve por objetivos analisar a diversidade genética de matrizes e progênies de T. roseo-alba e verificar a maternidade dessas progênies conservadas no BG-USP/RP, utilizando 10 pares de primers SSR transferidos de Tabebuia aurea. O DNA foi extraído de folhas de todos os indivíduos, as condições de amplificação e separação por eletroforese vertical em géis de poliacrilamida padronizadas e os géis corados com nitrato de prata. A partir dos dados gerados foram estimados parâmetros genéticos de diversidade com auxílio dos programas GDA 1.0, FSTAT 2.9.3, Cervus 3.0 e Structure 2.2.3. Houve um sucesso de 90% na amplificação das regiões microssatélites para os 10 locos SSR analisados, mas foram empregados neste estudo apenas 8 locos SSR, que estão em equilíbrio de ligação e apresentaram um valor médio de PIC altamente informativo (0,745). Nas matrizes e progênies do Banco analisadas foi observada uma alta riqueza alélica (85 e 96 alelos), e uma elevada diversidade genética (0,746 e 0,775), respectivamente, sendo que a heterozigosidade média observada foi menor que a esperada, evidenciando um déficit de heterozigotos. O índice de fixação para as matrizes de T. roseo-alba foi alto (Fis =0,638) e significativamente diferente de zero (P<0,05), sugerindo a atuação de algum fator gerador de endogamia como cruzamentos entre indivíduos aparentados, auto-fecundação, efeito Wahlund e a presença de alelos nulos segregando nestes locos. Adicionalmente, as progênies também apresentaram um alto valor de Fis (0,696), indicando que o sistema de cruzamento de T. roseo-alba deve ser o principal fator pelo alto coeficiente de endogamia. A análise conjunta dos locos tanto nas matrizes como nas progênies apresentou altas probabilidades de exclusão de paternidade, confirmando que esta bateria de locos tem alto potencial para estudos de análise de paternidade/maternidade em T. roseo-alba. Análises de maternidade mostraram que apenas 62 % das progênies de T. roseo-alba do BG-USP/RP têm sua origem materna identificada, mas o fornecimento de sementes para programas de reflorestamento não ficará comprometido uma vez que foram transferidos 95,3 % dos alelos das matrizes para as progênies do BG-USP/RP, contribuindo para a conservação ex situ desta importante espécie florestal. / The State of Sao Paulo, originally covered with semideciduous forests and Brazilian savannah (Cerrado), is nowadays almost completely covered with different cultures or pastures. Therefore only some small forests and Brazilian savannah fragments remain, pointing to a drastic loss of the rich forest genetic patrimony. The Region of Ribeirão Preto is one of the most devastated areas within the State of Sao Paulo. Especially areas that are located next to water sources and sugar cane plantations are affected. The original forests have nearly totally been fragmented and their actual extension has been reduced to about 2% of the original zone. The USP Forest Project has been implanted at the Sao Paulo University in Ribeirao Preto given the urgency to rescue the native forest species of the regional flora. There are 30 ha of heterogeneous reforestation and 45 ha that belong to the Germplasm Bank (BG-USP/RP). Tabebuia roseo-alba (White Tabebuia tree; Bignoniaceae) is one of the 44 species conserved at this Bank due to the fact that it is nowadays rarely encountered in the natural environment. There is na exigence of studies that aim at the agreement of its genetic diversity in the forest remnants and at the BG-USP/RP for the correct adoption of management and conservation strategies. Microsatellite markers are unquestionably indicated for this type of study because of their high information content, analytical robustness, transferability and easiness of genetic data attainment via PCR. This study aimed to analyze the genetic diversity of mother trees and their progeny individuals of T. roseo-alba and verify the maternity of these progeny individuals conserved at the BG-USP/RP, using 10 primer pairs SSR transferred from Tabebuia aurea. DNA was extracted from fresh leaves of all samples, the amplification and electrophoresis conditions were standardized and the polyacrilamyde gels stained with silver nitrate. Genetic parameters were estimated using the programs GDA 1.0, FSTAT 2.9.3, Cervus 3.0 and Structure 2.2.3. There was a 90% success in the amplification of the microsatellite regions for 10 loci SSR, but 8 loci SSR had been used in this study. These loci are in linkage equilibrium and presented an average PIC value highly informative (0.745). A high allelic richness was observed for the mother trees (85 alleles) and the progeny individuals at the Bank (96 alleles) and also a high genetic diversity (0.746 e 0.775, respectively), being that the Ho average was smaller than the He average, evidencing a heterozigote deficit. The fixation index for the mother trees of T. roseo-alba was high (Fis =0.638) and significantly different from zero (P < 0.05)), suggesting the performance of some factor that caused endogamy such as crossings between related individuals, self-fertilization, the Wahlund effect and the null alleles presence segregating in these loci. Additionally, the progeny individuals also presented a high Fis value (0.696), indicating that the T. roseo-alba mating system might be the main factor for the high endogamy coefficient. The joint analysis of these loci in the mother trees and progeny individuals presented high paternity exclusion probabilities, confirming that this loci battery has a high potential for paternity/maternity analysis studies in T. roseo-alba. Maternity analyses showed that only 62 % of the T. roseo-alba progeny individuals at the BG-USP/RP have their maternal origin identified. The supplying with T. roseo-alba seeds for reforestation programs will not be endangered because 95.3 % of the mother tree alleles have been transferred to the progeny individuals at the BG-USP/RP, contributing to the ex situ conservation of this important forest species.

O bioma Mata Atlântica contém muitas espécies frutíferas, sendo que o cambuci (Campomanesia phaea) se destaca por ser rico em vitamina C, com propriedades antioxidantes e adstringentes, que combatem radicais livres, além levar ao fortalecimento do sistema imunológico. Apesar do grande potencial de exploração, o cambuci é uma espécie semi-domesticada, e, atualmente, não há informações sobre sua diversidade genética. O conhecimento da variabilidade genética do cambuci é importante para o estabelecimento de estratégias de conservação, além de orientar pesquisas relacionadas a programas de coleta de material genético para bancos de germoplasma, já que a espécie se encontra em áreas prioritárias para conservação no Brasil. Existem diversos tipos de marcadores moleculares, sendo que os marcadores microssatélites têm sido considerados ideais para a caracterização e avaliação da diversidade genética em diversas culturas, por serem altamente polimórficos, de fácil interpretação e serem amplificados via PCR. Assim, buscou-se neste trabalho desenvolver marcadores microssatélites e avaliar a diversidade genética de 145 acessos de cambuci distribuídos em cinco populações, coletadas na vertente da Serra do Mar no Estado de São Paulo - Brasil (Juquitiba, Paraibuna, Mogi das Cruzes, Ribeirão Pires e Salesópolis). A biblioteca genômica enriquecida em microssatélites para cambuci gerou 16 loci microssatélites. Seis loci apresentaram perfis polimórficos, revelando dois a seis alelos em um total de 26 alelos. A partir das frequências alélicas, foram avaliados os parâmetros de diversidade, tais como número médio de alelos por loco (A = 3,83), porcentagem média de loci polimórficos (P = 0,57), heterozigosidade esperada (HE = 0,57) e heterozigosidade observada (HO = 0,54). A análise da estrutura genética permitiu verificar que a maior parte da diversidade genética se encontra dentro das populações (HS = 0,57) enquanto que a diversidade entre as populações foi baixa (GST = 0,19). A análise de agrupamento, baseada na distância genética de Nei, indicou que as cinco populações estão próximas entre si geneticamente, e os dados sustentam a hipótese que a distância genética entre elas pode ser atribuída pela distância geográfica, com exceção da população de Salesópolis à qual não foi possível fazer essa analogia. A partir dos dados obtidos pelos marcadores microssatélites, foi possível separar 18 genótipos distribuídos entre as cinco populações que representa toda diversidade genética das populações para formar uma coleção nuclear. / The Atlantic Forest biome has many fruit species, and cambuci (Campomanesia phaea) stands out due to its high content of vitamin C and its antioxidant and astringent properties, which combat free radicals, besides strengthening the immune system. Despite the great market potential, cambuci is a semi-domesticated species for which there is currently no information about its genetic diversity. The knowledge of the cambuci genetic variability is important for the establishment of conservation strategies, besides giving direction to research actions related to genetic material collection programs for the construction germplasm banks, considering that this species is located in conservation priority areas of Brazil. There are several types of molecular markers, and microsatellite markers have been considered ideal for the characterization and evaluation of genetic diversity in several crops because they are highly polymorphic, easily interpreted, and amplified via PCR. Thus, this work aimed to develop microsatellite markers and to evaluate the genetic diversity in 145 cambuci accesses distributed in five different populations collected at the Serra do Mar slope in the State of São Paulo - Brazil (Juquitiba, Paraibuna, Mogi das Cruzes, Ribeirão Pires and Salesópolis). The genomic library enriched in microsatellites for cambuci generated 16 microsatellite loci. Six loci had polymorphic profiles, revealing two to six alleles in a total of 26 alleles. From the allele frequencies, different diversity parameters were evaluated, such as the average number of alleles per locus (A = 3.83), mean percentage of polymorphic loci (P = 0.57), expected heterozygosity (He = 0.57), and observed heterozygosity (Ho = 0.54). The genetic structure analysis allowed to verified that most of the genetic diversity is found within the populations (Hs = 0.57), while the diversity among the populations was low (GST = 0.19). The cluster analysis, based on the genetic distance of Nei, indicated that the five populations are genetically close to each other, and the data support the hypothesis that the genetic distance among them can be attributed to geographic distance, except for the population of Salesópolis that was not possible to make this analogy. From the data obtained by the microsatellite markers, it was possible to separate 18 genotypes distributed among the five populations that represent all the genetic diversity of the populations to form a core collection.

Orientador: Mario Luiz Teixeira de Moraes / Resumo: O objetivo principal do trabalho foi o de quantificar a variabilidade genética em progênies de seringueira fundamentando-se na avaliação de caracteres quantitativos e na caracterização molecular do tipo microssatélites (SSR). A primeira população do estudo é originária da floresta primária de Rio Branco- Acre (população selvagem-PS), e a outra, trata-se de uma população, originada de matrizes clonais (população melhorada-PM). Encontram-se instaladas na forma de teste de progênies na Fazenda de Ensino, Pesquisa e Extensão da Faculdade de Engenharia de Ilha Solteira/UNESP (FEPE), localizada em Selvíria, MS. Para as duas populações foram avaliados os seguintes caracteres silviculturais de crescimento, altura (ALT), altura comercial (AC), diâmetro médio de copa (DMC), forma do fuste (FOR), perímetro do caule (PAP e P50) e produção de borracha seca (PBS), aos oito (PM) e 23 (PS) anos de idade. O delineamento experimental utilizado foi o de blocos casualizados, compostos por 31 famílias, quatro repetições e parcelas lineares de 10 plantas, no espaçamento de 3 x 3 m (PM). Para PS o delineamento experimental foi de blocos causalizados com 37 famílias distribuídas em três repetições, de forma desbalanceada com no máximo 10 plantas por progênies no espaçamento de 5 x 3 m (PS). As estimativas dos parâmetros genéticos foram feitas utilizando-se a metodologia de modelo linear misto univariado aditivo REML/BLUP e ganhos na seleção pelo método índice multiefeitos (IME). O DNA genômico foi e... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: The main objective of this work is to quantify the genetic variability in progenies of rubber tree, based on the quantitative characterization and the molecular characterization of the microsatellite type (SSR). The first population of the study originated in the primary forest of Rio Branco-Acre (wild population-PS), and the other population is a population originated from clonal matrices (improved population-PM). They are installed as progeny tests at the Teaching, Research and Extension Farm, That belongs to Engeneering College of the Julio Mesquita Filho State University of São Paulo, In Selvira, State of South Mato Grosso Brazil. For the two populations, the following silvicultural characteristics of growth, height (ALT), commercial height (AC), average crown diameter (DMC), stem shape (FOR), stem perimeter (PAP and P50) and dry rubber yield (PBS) at eight (PM) and 23 (PS) years old. The experimental design consisted of randomized blocks, composed of 31 families, four replications and linear plots of 10 plants, spaced 3 x 3 m (MP). For PS the experimental design was of causalized blocks with 37 families distributed in three replications, unbalanced with a maximum of 10 plants per progeny in the spacing of 5 x 3 m (PS). Estimates of the genetic parameters were made using the mixed linear univariate model (REML / BLUP) methodology and gains in selection by multi-effects index (MEI). Genomic DNA was extracted, quantified and genotyped for the two study populations. The anal... (Complete abstract click electronic access below) / Doutor

Made available in DSpace on 2016-08-12T19:15:42Z (GMT). No. of bitstreams: 1 AnaCAD_DISSERT.pdf: 992908 bytes, checksum: 8c8ed25d36c890fc913b87012539bb33 (MD5) Previous issue date: 2011-02-25 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / The melon plant is distributed worldwide and is the kind that has the highest phenotypic variability of the genus, especially observed in its fruit. There is great variability which consists an important source of germplasm for genetic improvement programs. Therefore, the knowledge of the genetic variability of vegetable species and how it distributes itself, provides the rational and sustainable use of genetic resources. The objective of the present study was to do a morphological and molecular characterization of accessions of melon plant collected in brazilian northeastern. Were evaluated 40 accesses and three commercial cultivars in a trial conducted in randomized complete block with two repetitions in Mossoró-RN. The morphological characterization was performed through 17 descriptors, one of the seed, fourteen of fruit and two of the inflorescence. The molecular characterization was performed by RAPD markers using 18 primers and by microsatellite (SSR) with 15 primers synthesized for Cucumis melo. It was verified that the morphological markers, RAPD and SSR were satisfactory to allow the detection of polymorphism among the genotypes evaluated. The grouping methods of Tocher and the hierarchical partially agreed on morphological and molecular characterizations. The RAPD marker was more discriminating in relation to microsatellite by the fact of cluster the accesses in most groups. The germplasm bank of UFERSA has high genetic variability among the accessions. / O meloeiro está distribuído em todo o mundo, e é a espécie que possui a maior variabilidade fenotípica do gênero, observada principalmente nos seus frutos. Existe grande variabilidade que consiste em importante fonte de germoplasma para programas de melhoramento. Portanto, o conhecimento da variabilidade genética de espécies vegetais e como ela se distribui, proporciona o uso racional e sustentável dos recursos genéticos. O objetivo do presente trabalho foi realizar a caracterização morfológica e molecular de acessos de meloeiro coletados no Nordeste brasileiro. Foram avaliados 40 acessos e três cultivares comerciais em um experimento conduzido em blocos completos casualizados com duas repetições no município de Mossoró-RN. A caracterização morfológica foi feita através de 17 descritores, sendo um da semente, quatorze de frutos e dois da inflorescência. A caracterização molecular foi realizada pelos marcadores RAPD utilizando 18 primers e por microssatélites (SSR) com 15 primers sintetizados para Cucumis melo. Verificou-se que os marcadores morfológicos, RAPD e SSR foram satisfatórios em permitir a detecção de polimorfismo entre os genótipos avaliados. Os métodos de agrupamento de Tocher e o hierárquico concordaram parcialmente nas caracterizações morfológicas e moleculares. O marcador RAPD foi mais discriminante em relação ao microssatélite pelo fato de agrupar os acessos em mais grupos. O banco de germoplasma da UFERSA possui alta variabilidade genética entre os acessos.

Made available in DSpace on 2016-08-12T19:18:57Z (GMT). No. of bitstreams: 1 AnaCAD_DISSERT.pdf: 992908 bytes, checksum: 8c8ed25d36c890fc913b87012539bb33 (MD5) Previous issue date: 2011-02-25 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / The melon plant is distributed worldwide and is the kind that has the highest phenotypic variability of the genus, especially observed in its fruit. There is great variability which consists an important source of germplasm for genetic improvement programs. Therefore, the knowledge of the genetic variability of vegetable species and how it distributes itself, provides the rational and sustainable use of genetic resources. The objective of the present study was to do a morphological and molecular characterization of accessions of melon plant collected in brazilian northeastern. Were evaluated 40 accesses and three commercial cultivars in a trial conducted in randomized complete block with two repetitions in Mossoró-RN. The morphological characterization was performed through 17 descriptors, one of the seed, fourteen of fruit and two of the inflorescence. The molecular characterization was performed by RAPD markers using 18 primers and by microsatellite (SSR) with 15 primers synthesized for Cucumis melo. It was verified that the morphological markers, RAPD and SSR were satisfactory to allow the detection of polymorphism among the genotypes evaluated. The grouping methods of Tocher and the hierarchical partially agreed on morphological and molecular characterizations. The RAPD marker was more discriminating in relation to microsatellite by the fact of cluster the accesses in most groups. The germplasm bank of UFERSA has high genetic variability among the accessions. / O meloeiro está distribuído em todo o mundo, e é a espécie que possui a maior variabilidade fenotípica do gênero, observada principalmente nos seus frutos. Existe grande variabilidade que consiste em importante fonte de germoplasma para programas de melhoramento. Portanto, o conhecimento da variabilidade genética de espécies vegetais e como ela se distribui, proporciona o uso racional e sustentável dos recursos genéticos. O objetivo do presente trabalho foi realizar a caracterização morfológica e molecular de acessos de meloeiro coletados no Nordeste brasileiro. Foram avaliados 40 acessos e três cultivares comerciais em um experimento conduzido em blocos completos casualizados com duas repetições no município de Mossoró-RN. A caracterização morfológica foi feita através de 17 descritores, sendo um da semente, quatorze de frutos e dois da inflorescência. A caracterização molecular foi realizada pelos marcadores RAPD utilizando 18 primers e por microssatélites (SSR) com 15 primers sintetizados para Cucumis melo. Verificou-se que os marcadores morfológicos, RAPD e SSR foram satisfatórios em permitir a detecção de polimorfismo entre os genótipos avaliados. Os métodos de agrupamento de Tocher e o hierárquico concordaram parcialmente nas caracterizações morfológicas e moleculares. O marcador RAPD foi mais discriminante em relação ao microssatélite pelo fato de agrupar os acessos em mais grupos. O banco de germoplasma da UFERSA possui alta variabilidade genética entre os acessos.

Made available in DSpace on 2015-03-26T13:42:31Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 483682 bytes, checksum: 46d5690ba1fa20fbb43c21ec1603c096 (MD5) Previous issue date: 2013-07-29 / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico / Coffee breeding in Brazil promoted the development of cultivars with much higher productive potential, compared to traditional cultivars. Currently, 123 cultivars of Coffea arabica are registered in the National Register of Cultivars RNC/MAPA, of which eight are protected. Cultivars can only be registered if they are distinct, uniform and stable (DUS). Morphological descriptors have been generally used for DUS examination of a cultivar. However, commercial cultivars are increasingly coming phenotypically closer. This hinders a precise discrimination of these materials by such descriptors. Therefore, it is extremely important to develop an alternative to assist in DUS testing, because it will provide great benefits. The use of molecular markers can discriminate more accurately and safely cultivars candidates to registration and/or protection. Among the various types of molecular markers, microsatellites have been the most widely used because they are codominant, multi- allelic, highly polymorphic and locus-specific. This study aimed to establish a set of microsatellite markers for molecular characterization (fingerprinting) of coffee cultivars carrying rust resistance (Hemileia vastratrix Berk. Et Br). Thirty-four cultivars/progenies of C. arabica were assessed. For each cultivar/progeny, six plants were analyzed, which totaled 204 individuals. Thus, it was possible to verify the occurrence of genetic variability within and among the genetic materials evaluated. Thirty-one microsatellite primers were tested; 27 amplified, of which 20 were polymorphic. Based on the data of 16 polymorphic markers selected, a dendrogram was constructed, and a molecular profile of the cultivars was established in two distinct ways. The analysis of the dendrogram allowed distinguishing 29 of the 34 cultivars/progenies assessed. Fingerprinting analysis allowed defining 31 unique molecular profiles. / Os ganhos alcançados com o melhoramento genético do cafeeiro no Brasil resultaram na obtenção de cultivares com potencial produtivo muito superior ao das cultivares tradicionais. Atualmente, 123 cultivares de Coffea arabica estão registradas no Registro Nacional de Cultivares RNC/MAPA; destas, oito são protegidas. Para que uma cultivar possa ser registrada e ou protegida é obrigatório que ela seja distinta, homogênea e estável (DHE). Na comprovação de DHE de uma cultivar os descritores morfológicos tem sido os mais utilizados. No entanto, as cultivares comerciais são cada vez mais próximas fenotipicamente. Isso dificulta a discriminação precisa desses materiais por meio desses descritores. Assim sendo, uma alternativa que venha auxiliar nos testes de DHE é de extrema necessidade e proporcionará grandes benefícios. Nesse sentido, o uso de marcadores moleculares pode discriminar com maior precisão e segurança as cultivares as quais se deseja o registro e ou a proteção. Dentre os vários tipos de marcadores moleculares, os microssatélites tem sido os mais utilizados por serem codominantes, multialélicos, altamente polimórfico e loco específico. O presente trabalho objetivou estabelecer um conjunto de marcadores microssatélite para a caracterização molecular (fingerprinting) de cultivares de café portadoras de resistência à ferrugem (Hemileia vastatrix Berk. et Br.). Foram analisadas 34 cultivares/progênies de C. arabica. Para cada cultivar/progênie foram analisadas seis plantas, constituindo um total de 204 indivíduos. Dessa forma, pôde-se verificar a possível ocorrência de variabilidade genética entre e dentro dos materiais genéticos avaliados. Trinta e um primers microssatélites foram testados, 27 amplificaram, sendo 20 polimórficos. A partir dos dados de 16 marcadores polimórficos selecionados foi construído um dendrograma e de duas maneiras distintas, foi estabelecido o perfil molecular das cultivares. Pela análise do dendrograma foi possível distinguir 29 das 34 cultivares/progênies avaliadas. Pela análise de fingerprinting foi definido 31 perfis moleculares únicos.

Submitted by Cecília Luzia Dourado (douradocl.cl@gmail.com) on 2017-05-23T14:32:39Z No. of bitstreams: 1 Cecília_Dourado_Tese_final.pdf: 2809054 bytes, checksum: 3b7bae6fc7d04f1ab484508fc4a7496d (MD5) / Approved for entry into archive by Luiz Galeffi (luizgaleffi@gmail.com) on 2017-05-23T18:22:13Z (GMT) No. of bitstreams: 1 dourado_cl_dr_ilha.pdf: 2809054 bytes, checksum: 3b7bae6fc7d04f1ab484508fc4a7496d (MD5) / Made available in DSpace on 2017-05-23T18:22:13Z (GMT). No. of bitstreams: 1 dourado_cl_dr_ilha.pdf: 2809054 bytes, checksum: 3b7bae6fc7d04f1ab484508fc4a7496d (MD5) Previous issue date: 2016-11-10 / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / O objetivo principal do trabalho foi o de quantificar a variabilidade genética em progênies de seringueira fundamentando-se na avaliação de caracteres quantitativos e na caracterização molecular do tipo microssatélites (SSR). A primeira população do estudo é originária da floresta primária de Rio Branco- Acre (população selvagem-PS), e a outra, trata-se de uma população, originada de matrizes clonais (população melhorada-PM). Encontram-se instaladas na forma de teste de progênies na Fazenda de Ensino, Pesquisa e Extensão da Faculdade de Engenharia de Ilha Solteira/UNESP (FEPE), localizada em Selvíria, MS. Para as duas populações foram avaliados os seguintes caracteres silviculturais de crescimento, altura (ALT), altura comercial (AC), diâmetro médio de copa (DMC), forma do fuste (FOR), perímetro do caule (PAP e P50) e produção de borracha seca (PBS), aos oito (PM) e 23 (PS) anos de idade. O delineamento experimental utilizado foi o de blocos casualizados, compostos por 31 famílias, quatro repetições e parcelas lineares de 10 plantas, no espaçamento de 3 x 3 m (PM). Para PS o delineamento experimental foi de blocos causalizados com 37 famílias distribuídas em três repetições, de forma desbalanceada com no máximo 10 plantas por progênies no espaçamento de 5 x 3 m (PS). As estimativas dos parâmetros genéticos foram feitas utilizando-se a metodologia de modelo linear misto univariado aditivo REML/BLUP e ganhos na seleção pelo método índice multiefeitos (IME). O DNA genômico foi extraído, quantificado e genotipado para as duas populações de estudo. As análises do sistema de reprodução e diversidade foram baseadas no modelo misto de reprodução e modelo de cruzamentos correlacionados. Foram detectadas diferenças significativas pelo teste da razão de verossimilhança na análise de deviance das procedências para os caracteres, diâmetro médio de copa (DMC), perímetro a 50 cm do solo (P50), perímetro a 1,30m do solo (PAP) e produção de borracha seca (PBS), para PM. Para população selvagem foram significativos, os caracteres ALT, DMC, P50 e PAP. Os caracteres que apresentaram maior magnitude para as herdabilidades foram a PBS, para população melhorada e PAP, PBS para a população selvagem, com herdabilidades acima de 60%. As estratégias de seleção de 50%, 40% e 22% dos indivíduos para o caractere PBS e PAP utilizando o índice multiefeitos revelaram de altos e baixos ganhos na seleção as duas populações. Para PM foi mais indicado a estratégia de seleção entre e dentro e para PS a seleção individual. Os ganhos obtidos na seleção foram de 54% para o caráter PBS na população melhorada e de 0,46% para o caráter PAP para população selvagem. A heterozigosidade observada foi de 0,839 a 0,747 para adultos e de 0,425 a 0,399 para as progênies, para as duas populações estudas. A taxa de cruzamento multiloco ( ) variou de 0,726 (PM) a 0,798 (PS), indicando que grande parte das sementes foram originadas por cruzamentos, mas houve presença de autofecundação, caracterizado por um sistema de reprodução misto. A endogamia apresentada foi gerada por cruzamentos correlacionados e não por autofecundação. Devido ao ao tamanho efetivo (Ne) menor que 4, resultou na necessidade de coletar-se sementes para fins de conservação genética, recuperação ambiental e melhoramento florestal de pelo menos 94 e 89 árvores, para PM e PS respectivamente. / The main objective of this work is to quantify the genetic variability in progenies of rubber tree, based on the quantitative characterization and the molecular characterization of the microsatellite type (SSR). The first population of the study originated in the primary forest of Rio Branco-Acre (wild population-PS), and the other population is a population originated from clonal matrices (improved population-PM). They are installed as progeny tests at the Teaching, Research and Extension Farm, That belongs to Engeneering College of the Julio Mesquita Filho State University of São Paulo, In Selvira, State of South Mato Grosso Brazil. For the two populations, the following silvicultural characteristics of growth, height (ALT), commercial height (AC), average crown diameter (DMC), stem shape (FOR), stem perimeter (PAP and P50) and dry rubber yield (PBS) at eight (PM) and 23 (PS) years old. The experimental design consisted of randomized blocks, composed of 31 families, four replications and linear plots of 10 plants, spaced 3 x 3 m (MP). For PS the experimental design was of causalized blocks with 37 families distributed in three replications, unbalanced with a maximum of 10 plants per progeny in the spacing of 5 x 3 m (PS). Estimates of the genetic parameters were made using the mixed linear univariate model (REML / BLUP) methodology and gains in selection by multi-effects index (MEI). Genomic DNA was extracted, quantified and genotyped for the two study populations. The analyzes of the breeding and diversity system were based on the mixed breeding model and correlated crosses model. Significant differences were detected by the likelihood ratio test in the deviance analysis for the characters, mean crown diameter (DMC), stem perimeter at 50 cm from soil (P50), stem perimeter at 1,30m from soil (PAP) and dry rubber yield (PBS) for PM. For wild populations were significant, the characters ALT, DMC, P50 and PAP. The characters that presented the greatest magnitude for the heritabilities were PBS, for improved population and PAP, PBS for the wild population, with heritabilities above 60%. The selection strategies of 50%, 40% and 22% of individuals for the PBS and PAP using the multi-effects index revealed high and low gains in the selection of the two populations. For PM it was more indicated the strategy of selection between and within and for PS the individual selection. The gains obtained in the selection were 54% for the PBS character in the improved population and 0,46% for the PAP character for the wild population. The observed heterozygosity was 0,839 to 0,747 for adults and 0,425 to 0,399 for the progenies, for the two populations studied. The multilocus crossing rate ( ) varied from 0,726 (MP) to 0,798 (PS), indicating that most of the seeds originated by crosses, but there was a presence of self-fertilization, characterized by a mixed mating system.The presented inbreeding was generated by correlated crosses and not by self-fertilization. Due to the effective size (Ne) of less than 4, it resulted in the need to collect seeds for purposes of genetic conservation, environmental recovery and forest improvement of at least 94 and 89 trees, for PM and PS respectively. / FAPESP: 2013/03074-5

Made available in DSpace on 2014-08-20T14:06:13Z (GMT). No. of bitstreams: 1 dissertacao_ daniela_ priori.pdf: 1667098 bytes, checksum: 34e76681ceb9a2d408f534549b9ee012 (MD5) Previous issue date: 2011-02-25 / Genetic resources conserved in genebanks have a great value in terms of conservation of rare types, when they are threatened by abandonment of farming or as a unique resource for plant breeding programs. Among the accessions conserved in genebanks important sources of genetic variability can be found for obtaining more productive genotypes tolerant to biotic and abiotic stresses and improved nutritional quality. To have success in that demand is necessary that the accessions contained in genebanks are characterized and evaluated in terms of both qualitative and quantitative characters. The characterization and evaluation of accessions conserved in genebanks must be priorities in the strategy for management of genetic resources, as they provide better knowledge of the germplasm available, is essential for use in breeding programs. In Brazil, there is little information on genetic resources of Cucurbits, especially as regards Cucurbita ficifolia, Cucurbita argyrosperma. Large number of Cucurbita landraces grown in the country could be better exploited as sources of genes for breeding programs, after genetic characterization. Much of the genetic diversity of different Cucurbita landraces grown in southern Brazil has been lost due to neglect of cultivation or its replacement by commercial hybrid varieties. This work was carried in order to contribute to general knowledge related to genetic resources of Cucurbita argyrosperma, Cucurbita ficifolia and Cucurbita pepo, and with specific objectives to assess the transferability of primers designed to C. pepo in C. argyrosperma and C. ficifolia and to evaluate the genetic variability within and among landraces of C. pepo grown in Rio Grande do Sul through analysis of microsatellite markers. Ten accessions of C. pepo, nine of C. argyrosperma and five of C. ficifolia belonging to the Active Germplasm Bank of Cucurbitaceae from Embrapa Temperate Agriculture were submitted to molecular characterization. The genetic distance between these accessions was determined. The transferability of SSR loci from C. pepo to C. argyrosperma and C. ficifolia was 85% and 80% respectively. The analysis of these 24 accessions with 35 loci generated a total of 105 SSR markers, ranging from one to four alleles per locus, of which 56 (53,33%) were polymorphic, showing that there is genetic diversity in the accessions analyzed. The presence and absence of markers allowed to find 100 loci, varying from one to five alleles per locus, with overall average of three alleles per marker analyzed. Among the 34 loci tested, 29 (85.2%) were polymorphic, showing that there is genetic variability among the accessions of C. pepo analyzed. Data evaluation was done by molecular analysis of molecular variance (AMOVA). It was observed that 54.60% of genetic variability is attributable to variation between accessions and 45.39% is attributed to differences within accessions. A comparative analysis was made between the ten accessions studied, analyzed two by two by AMOVA. From 45 comparisons between the ten accessions significant differences there were detected between 35 comparisons, with average of 57.10% of molecular variation attributed to differences between accessions. Genetic variation among counties where the accessions were collected was not significant, indicating that there is not population subdivision according to geographic region. Results indicate that the microsatellites were efficient for the characterization and molecular analysis of genetic divergence. These studies contributed to increase the knowledge related to these genetic resources. SSR primers developed for Cucurbita pepo can be used for molecular characterization of C. argyrosperma and C. ficifolia. Landraces of C. argyrosperma and C. ficifolia showed low genetic variation, while C. pepo shows great variability. The largest proportion of variability in C. pepo is distributed between accessions and not within accessions. / Os recursos genéticos conservados em bancos de germoplasma apresentam grande valor do ponto de vista da conservação de tipos raros, quando os mesmos são ameaçados pelo abandono do cultivo ou como recurso insubstituível para programas de melhoramento genético vegetal. Dentre os acessos contidos nos bancos de germoplasma podem ser encontradas importantes fontes de variabilidade genética para a obtenção de genótipos mais produtivos, tolerantes a estresses bióticos e abióticos e com melhor qualidade nutricional. Para que haja sucesso nessa demanda é necessário que os acessos contidos nos bancos de germoplasma sejam caracterizados e avaliados, tanto em termos de caracteres qualitativos quanto quantitativos. No Brasil, há pouca informação sobre os recursos genéticos de Cucurbitáceas, de modo especial no que se refere à Cucurbita argyrosperma e Cucurbita ficifolia. Grande número de variedades locais de Cucurbita cultivadas no país poderiam ser melhor exploradas como fontes de genes para programas de melhoramento, após a devida caracterização. Muito da diversidade genética das variedades locais de diferentes espécies de Cucurbita cultivadas no Sul do Brasil vem sendo perdida devido ao abandono do cultivo ou à sua substituição por variedades híbridas comerciais. Este trabalho foi realizado com o objetivo geral de contribuir para o conhecimento relacionado aos recursos genéticos de Cucurbita argyrosperma, C. ficifolia e C. pepo, e objetivos específicos de avaliar a transferibilidade de loci de microssatélites de C. pepo para C. argyrosperma e C. ficifolia; e avaliar a variabilidade genética entre e dentro de variedades locais de C. pepo cultivadas no Rio Grande do Sul por meio da análise de marcadores microssatélites. Foram analisados dez acessos de C. pepo, nove de C. argyrosperma e cinco de C. ficifolia do acervo do Banco Ativo de Germoplasma de Cucurbitáceas da Embrapa Clima Temperado. A distância genética entre esses acessos foi determinada. A transferibilidade de locos SSR de C. pepo para C. argyrosperma e C. ficifolia foi de 85% e 80%, respectivamente. A análise dos 24 acessos de Cucurbita por meio de 35 loci SSR gerou um total de 105 marcadores SSR, com variação de um a quatro alelos por loco, dos quais 56 (53,33%) foram polimórficos, evidenciando que há diversidade genética entre os acessos analisados. Através dos dados de presença e ausência de marcadores obtidos com 34 combinações de primers, foram encontrados 100 locos com variação de um a cinco alelos por loco, com média geral de três alelos por marcador analisado. Dentre os 40 locos analisados, 29 (85,3%) foram polimórficos, evidenciando que há variabilidade genética entre os acessos de C. pepo analisados. A avaliação dos dados moleculares foi feita pela análise molecular da variância (AMOVA). Deste modo, foi possível verificar que 54,60% da variabilidade genética é atribuída à variação entre acessos e 45,39% é atribuída a diferenças dentro dos acessos. Foi feita a análise comparativa entre os dez acessos estudados, analisados dois a dois, pela análise AMOVA. Das 45 comparações entre os dez acessos, foram significativas as diferenças entre 35 delas, com média de 57,10% da variação molecular atribuída às diferenças entre acessos. A variação genética entre os municípios onde os acessos foram coletados não foi significativa, indicando que não ocorre subdivisão de populações em função da região geográfica. Os resultados obtidos indicam que os microssatélites foram eficientes para a caracterização molecular e a análise da divergência genética. É possível utilizar primers de microssatélites desenvolvidos para C. pepo na caracterização molecular de C. argyrosperma e C. ficifolia. Variedades locais de C. argyrosperma e C. ficifolia apresentam pouca variabilidade genética, enquanto que C. pepo evidencia grande variabilidade genética. A maior proporção da variabilidade em C. pepo encontra-se distribuída entre os acessos, e não dentro dos acessos.

Made available in DSpace on 2014-12-17T15:18:11Z (GMT). No. of bitstreams: 1 MilenaFA.pdf: 1164866 bytes, checksum: 847b20831744976f00087ef23a650106 (MD5) Previous issue date: 2009-02-27 / Coordena??o de Aperfei?oamento de Pessoal de N?vel Superior / Gossypium mustelinum Miers ex Watt is the only cotton species native from Brazil. It is endemic of the semi-arid region from North-east of the country, where it occur near from resilient water sources. The threats to the in situ conservation of the populations are caused by human interference in its habitat, mainly by excessive cattle graze and deforestation. Establish efficient strategies of in situ conservation depend on the accomplishment of a diagnosis of how the specie is found in its natural environment, and the knowledge about the genetic structure of the populations. The objectives of this work were i) to determine the in situ conditions of two populations present in rivers from basin of Rio Paragua?u at the Bahia State, ii) to evaluate the structure and genetic variability presented in both populations, iii) to establish in situ and ex situ conservation strategies. It were realized collection in november 2007, when was realized in situ characterization of G. mustelinum. SSR markers were used for analyze 218 genotypes deriving from two populations of the G. mustelinum, localized at Toc? river and the Capivara river. The allelic frequencies, the heterozigosity and the F statics were estimated. All the plants were classified as wild and natives, and there was no evidence of the use the plants or its parts. The populations showed different conservation conditions in situ. Few plantlets were found in sites with excessive cattle feed, an indication that the damages in young plants should be high enough to compromise the renovation of the populations. On the other hand, populations were well preserved when the anthropic damages was low or inexistent. The 14 SSR primer pairs amplified 17 loci with a medium number of 5 alleles per locus (a total of 85 alleles). The high level of endogamy estimated (FIS=0,808) and the low observed heterozygosity (H0=0,093) were indicatives that the populations reproduce mainly by selfing, geitonogamy and crosses between related individuals. The genetic diversity was high (HE=0,482) and the differentiation between the populations was very high (FST=0,328). At least two sites from both populations of G. mustelinum must be preserved to achieve suitable in situ conservation. Actions that preserve the gallery forest and keep the cattle away should implemented, and could be as simple as erecting a fence. It is not possible anticipated if the in situ preservation will be possible. Therefore collections and ex situ preservation of representative specimens are essential to conserve the genetic diversity of native G. mustelinum / Gossypium mustelinum Miers ex Watt ? a ?nica esp?cie de algod?o nativa do Brasil. ? uma esp?cie end?mica do semi-?rido nordestino do pa?s, ocorrendo pr?ximo a fontes de ?gua mais duradouras. Os riscos para conserva??o in situ das popula??es est?o associados a interfer?ncia humana em seu habitat, principalmente devido ao excessivo pastejo por bovinos e caprinos, al?m do desmatamento em matas ciliares. Estabelecer estrat?gias eficazes de conserva??o in situ depende da realiza??o de um diagn?stico da esp?cie em seu ambiente natural, e do conhecimento acerca da estrutura gen?tica das popula??es. Os objetivos deste trabalho foram: i) determinar as condi??es in situ de duas popula??es presentes em rios da bacia do Rio Paragua?u no estado da Bahia, ii) avaliar a estrutura e variabilidade gen?tica presente em ambas as popula??es, iii) e estabelecer estrat?gias de conserva??o in situ e ex situ. Foram realizadas coletas em novembro de 2007, quando foi realizada a caracteriza??o in situ de G. mustelinum. Marcadores SSR foram usados para analisar 218 gen?tipos de duas popula??es, localizadas nos rios Toc? e Capivara. As freq??ncias al?licas, a heterozigozidade e as estat?sticas F foram estimadas. Todas as plantas foram classificadas como selvagens e nativas, e nenhuma evidencia de explora??o antr?pica foi observada. As popula??es apresentavam diferentes condi??es de conserva??o in situ. Poucas plantas foram encontradas em locais onde havia pr?tica de pecu?ria extensiva, um ind?cio de que os danos causados a plantas jovens sejam maiores, comprometendo a renova??o das popula??es. Em contraste, popula??es foram encontradas em adequadas condi??es de preserva??o quando os danos causados pela a??o antr?pica eram pequenos ou inexistentes. Os 14 pares de primers SSR amplificaram 17 locos com n?mero m?dio de 5 alelos por loco (85 alelos no total). O alto ?ndice de endogamia estimado (FIS=0,808) e a baixa quantidade de heterozigotos (Ho=0,093) indicam que as popula??es propagam-se preferencialmente por autofecunda??o, geitonogamia e cruzamentos entre indiv?duos aparentados. A diversidade gen?tica total foi alta (HE=0,482) e a diferencia??o entre as popula??es foi muito elevada (FST=0,328). No m?nimo duas sub-popula??es devem ser preservadas em cada rio para uma adequada conserva??o in situ. A??es de preserva??o das matas ciliares e que impe?am o acesso do gado ?s popula??es devem ser implementadas, erguendo cercas pr?ximas as plantas. N?o ? poss?vel prever se as sugest?es propostas para preserva??o in situ ser?o implementadas. Coletas devem ser intensificadas e a??es para preserva??o ex situ devem ser realizadas para conserva??o da diversidade gen?tica presente nesta esp?cie nativa do Brasil

O interior do Estado de São Paulo, anteriormente ocupado por matas semidecíduas e cerrado, hoje está praticamente tomado por diferentes culturas ou pastagens, restando apenas algumas pequenas manchas de cerrado e de mata, apontando para uma drástica perda do rico patrimônio genético florestal. A região de Ribeirão Preto é uma das mais devastadas do Estado de São Paulo, principalmente nas regiões próximas aos mananciais e indústrias de cana-de-açúcar e suas matas encontram-se hoje totalmente fragmentadas e reduzidas a 2 % de sua área original. Ante a urgência de se resgatar as espécies arbóreas nativas da flora regional, foi implantado o Projeto Floresta USP, no campus da USP de Ribeirão Preto, sendo 30 ha de reflorestamento heterogêneo e 45 ha correspondem ao Banco de Germoplasma (BG-USP/RP). Tabebuia roseo-alba (ipê-branco; Bignoniaceae) é uma das 44 espécies presentes nesse Banco pelo fato de ser pouco observada em condições naturais, necessitando de estudos que visem o entendimento da sua diversidade genética nos remanescentes florestais e no próprio BG-USP/RP para a adoção correta das estratégias de manejo e conservação. Os marcadores microssatélites são indiscutivelmente os mais indicados para este tipo de estudo, em razão de seu elevado conteúdo informativo, sua robustez analítica, transferibilidade e facilidade de obtenção de dados genéticos via PCR. Este estudo teve por objetivos analisar a diversidade genética de matrizes e progênies de T. roseo-alba e verificar a maternidade dessas progênies conservadas no BG-USP/RP, utilizando 10 pares de primers SSR transferidos de Tabebuia aurea. O DNA foi extraído de folhas de todos os indivíduos, as condições de amplificação e separação por eletroforese vertical em géis de poliacrilamida padronizadas e os géis corados com nitrato de prata. A partir dos dados gerados foram estimados parâmetros genéticos de diversidade com auxílio dos programas GDA 1.0, FSTAT 2.9.3, Cervus 3.0 e Structure 2.2.3. Houve um sucesso de 90% na amplificação das regiões microssatélites para os 10 locos SSR analisados, mas foram empregados neste estudo apenas 8 locos SSR, que estão em equilíbrio de ligação e apresentaram um valor médio de PIC altamente informativo (0,745). Nas matrizes e progênies do Banco analisadas foi observada uma alta riqueza alélica (85 e 96 alelos), e uma elevada diversidade genética (0,746 e 0,775), respectivamente, sendo que a heterozigosidade média observada foi menor que a esperada, evidenciando um déficit de heterozigotos. O índice de fixação para as matrizes de T. roseo-alba foi alto (Fis =0,638) e significativamente diferente de zero (P<0,05), sugerindo a atuação de algum fator gerador de endogamia como cruzamentos entre indivíduos aparentados, auto-fecundação, efeito Wahlund e a presença de alelos nulos segregando nestes locos. Adicionalmente, as progênies também apresentaram um alto valor de Fis (0,696), indicando que o sistema de cruzamento de T. roseo-alba deve ser o principal fator pelo alto coeficiente de endogamia. A análise conjunta dos locos tanto nas matrizes como nas progênies apresentou altas probabilidades de exclusão de paternidade, confirmando que esta bateria de locos tem alto potencial para estudos de análise de paternidade/maternidade em T. roseo-alba. Análises de maternidade mostraram que apenas 62 % das progênies de T. roseo-alba do BG-USP/RP têm sua origem materna identificada, mas o fornecimento de sementes para programas de reflorestamento não ficará comprometido uma vez que foram transferidos 95,3 % dos alelos das matrizes para as progênies do BG-USP/RP, contribuindo para a conservação ex situ desta importante espécie florestal. / The State of Sao Paulo, originally covered with semideciduous forests and Brazilian savannah (Cerrado), is nowadays almost completely covered with different cultures or pastures. Therefore only some small forests and Brazilian savannah fragments remain, pointing to a drastic loss of the rich forest genetic patrimony. The Region of Ribeirão Preto is one of the most devastated areas within the State of Sao Paulo. Especially areas that are located next to water sources and sugar cane plantations are affected. The original forests have nearly totally been fragmented and their actual extension has been reduced to about 2% of the original zone. The USP Forest Project has been implanted at the Sao Paulo University in Ribeirao Preto given the urgency to rescue the native forest species of the regional flora. There are 30 ha of heterogeneous reforestation and 45 ha that belong to the Germplasm Bank (BG-USP/RP). Tabebuia roseo-alba (White Tabebuia tree; Bignoniaceae) is one of the 44 species conserved at this Bank due to the fact that it is nowadays rarely encountered in the natural environment. There is na exigence of studies that aim at the agreement of its genetic diversity in the forest remnants and at the BG-USP/RP for the correct adoption of management and conservation strategies. Microsatellite markers are unquestionably indicated for this type of study because of their high information content, analytical robustness, transferability and easiness of genetic data attainment via PCR. This study aimed to analyze the genetic diversity of mother trees and their progeny individuals of T. roseo-alba and verify the maternity of these progeny individuals conserved at the BG-USP/RP, using 10 primer pairs SSR transferred from Tabebuia aurea. DNA was extracted from fresh leaves of all samples, the amplification and electrophoresis conditions were standardized and the polyacrilamyde gels stained with silver nitrate. Genetic parameters were estimated using the programs GDA 1.0, FSTAT 2.9.3, Cervus 3.0 and Structure 2.2.3. There was a 90% success in the amplification of the microsatellite regions for 10 loci SSR, but 8 loci SSR had been used in this study. These loci are in linkage equilibrium and presented an average PIC value highly informative (0.745). A high allelic richness was observed for the mother trees (85 alleles) and the progeny individuals at the Bank (96 alleles) and also a high genetic diversity (0.746 e 0.775, respectively), being that the Ho average was smaller than the He average, evidencing a heterozigote deficit. The fixation index for the mother trees of T. roseo-alba was high (Fis =0.638) and significantly different from zero (P < 0.05)), suggesting the performance of some factor that caused endogamy such as crossings between related individuals, self-fertilization, the Wahlund effect and the null alleles presence segregating in these loci. Additionally, the progeny individuals also presented a high Fis value (0.696), indicating that the T. roseo-alba mating system might be the main factor for the high endogamy coefficient. The joint analysis of these loci in the mother trees and progeny individuals presented high paternity exclusion probabilities, confirming that this loci battery has a high potential for paternity/maternity analysis studies in T. roseo-alba. Maternity analyses showed that only 62 % of the T. roseo-alba progeny individuals at the BG-USP/RP have their maternal origin identified. The supplying with T. roseo-alba seeds for reforestation programs will not be endangered because 95.3 % of the mother tree alleles have been transferred to the progeny individuals at the BG-USP/RP, contributing to the ex situ conservation of this important forest species.