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Identificação de fitoplasmas associados à síndrome do amarelecimento foliar da cana-de-açúcar e ao superbrotamento de primavera (Bougainvillea spectabilis) no estado de São Paulo / Identification of phytoplamas associated with sugarcane yellow leaf syndrome and bougainvillea proliferation in São Paulo state

Eliane Gonçalves da Silva 01 April 2008 (has links)
Os fitoplasmas são procariotos sem parede celular pertencentes à classe Mollicutes. Um grande número de doenças de plantas cultivadas estão associadas aos fitoplasmas, incluindo tanto aquelas que afetam grandes culturas como aquelas ocorrentes em diversas espécies de ornamentais. Em cana-de-açúcar, uma doença conhecida como síndrome do amarelecimento foliar ou amarelinho causou danos expressivos à cultura e provocou a substituição de uma cultivar muito produtiva e extensivamente plantada no estado de São Paulo. A doença também foi registrada em outros países e investigações sobre a etiologia evidenciaram a ocorrência de vírus e fitoplasma como agentes. Em primavera (Bougainvillea spectabilis), uma espécie de origem brasileira bastante apreciada como ornamental, foram observados sintomas de clorose foliar, superbrotamento de ramos, deformações foliares e florais e declínio, sintomas característicos de infecção causada por fitoplasmas. O presente trabalho teve como finalidade investigar a etiologia desta nova doença encontrada em primavera, denominada de superbrotamento, e identificar molecularmente o fitoplasma envolvido com a síndrome do amarelecimento foliar da cana-de-açúcar. Para isso, amostras de plantas sintomática e assintomáticas de cana-de-açúcar e primavera foram submetidas à extração do DNA total. A partir deste DNA, a detecção molecular foi conduzida com PCR duplo usando-se os iniciadores P1/Tint na primeira reação e R16 F2n/R2 na segunda reação. Posteriormente à detecção, foi realizada a identificação através de PCR duplo com iniciadores específicos e análises de RFLP com as enzimas de restrição AluI, RsaI, KpnI, MseI, HhaI, HpaII, e MboI. Análises filogenéticas foram baseadas nas sequências nucleotídicas do 16S rDNA dos fitoplasmas detectados na cana e na primavera, bem como nas sequências de outros fitoplasmas disponíveis em banco de dados. O teste de transmissão usou plantas infectadas de primavera e plantas sadias de vinca, interligados por filamentos de cuscuta. Os resultados mostraram que fragmentos genômicos de aproximadamente 1.2kb foram amplificados em 33% e 60% das amostras de DNA extraído de plantas sintomáticas de cana-de-açúcar e de primavera, respectivamente. O uso de iniciadores específicos demonstrou a presença de fitoplasmas dos grupos 16SrI e 16SrIII associados ao superbrotamento da primavera e de um fitoplasma do grupo 16SrI associado à síndrome do amarelecimento foliar. Análises de RFLP, confirmaram a ocorrência de fitoplasmas membros dos grupos 16SrI e 16SrIII em plantas de primavera, e revelaram que estes fitoplasmas poderiam ser classificados nos subgrupos 16SrI-B e 16SrIII-B. A identificação evidenciou que o fitoplasma encontrado em cana-de-açúcar é um representante do grupo 16SrI, sub-grupo B. Análises filogenéticas e de mapas de sítios putativos de restrição, confirmaram os resultados obtidos com os testes de PCR e com as análises de RFLP para os fitoplasmas relacionados às duas doenças estudadas. A transmissão dos fitoplasmas presentes em primavera para plantas de vinca através da cuscuta demonstrou, biologicamente, que ambos são agentes causais do superbrotamento. Em quase todas as amostras de cana-de-açúcar positivas para fitoplasma também foi detectada a presença de um luteovírus, através do uso de RT-PCR, demonstrando que o amarelecimento foliar da cana-de-açúcar no estado de São Paulo está associado a um complexo formado por fitoplasma e vírus. No caso da primavera, este trabalho se constituiu no primeiro relato da ocorrência de fitoplasmas como agente de doença nessa espécie. / Phytoplasmas are wall-less prokaryote belonging to class Mollicutes. Several hundred plant species, including food crops and ornamental species have been reported as hosts of phytoplasmas, which are associated with important diseases. In sugarcane, a disease known as yellow leaf syndrome caused serious damage and led to replacement of a cultivar with high yield and widely distributed in the São Paulo State. The syndrome has also been described in other countries and studies about etiology evidenced the occurrence of virus and phytoplasmas as causal agents. In bougainvillea (Bougainvillea spectabilis), a native specie from Brazilian territory, were observed typical symptoms of phytoplasmas, characterized by leaf chorosis, proliferation of branches, deformation of leaves and flowers, decline, and death. The aim of this study was to investigate the etiology of the disease observed in bougainvillea and to identify molecularly the phytoplasma associated with sugarcane yellow leaf. Thus, DNA was extracted from samples collected of naturally symptomatic plants of sugarcane and bougainvillea. Nested PCR primed by P1/Tint-R16F2n/R2 was used for detection, while specific primers were used for identification. RFLP with restriction enzymes AluI, RsaI, KpnI, MseI, HhaI, HpaII, MboI and phylogenetic analysis based on nucleotide sequences of 16S rDNA were also used to identify the phytoplasmas detected in sugarcane and boungainvillea. Transmission of phytoplasmas from bougainvillea to periwinkle by dodder was conducted to demonstrate the pathogenecity of this agents. Results showed that genomic fragments of 1.2kb were amplified, evidencing the presence of phytoplasmas in 33% and 60% of symptomatic sugarcane and bougainvillea plants, respectively. PCR with specific primer pairs demonstrated that phytoplasmas affiliated to groups 16SrI and 16SrIII were associated with bougainvillea proliferation, while a phytoplasma belonging to group 16SrI was present in sugarcane plants exhibiting symptoms of yellow leaf. RFLP and phylogenetic analysis revealed that phytoplasmas found in bougainvillea could be classified within subgroups 16SrI-B and 16SrIII-B, and that phytoplasma detected in sugarcane is a representative of subgroup 16SrI-B. Almost the totality of symptomatic sugarcane plants showed the presence of virus, by using RT-PCR, indicating that a coinfection of virus and phytoplasma could be responsible by inducing the disease. Positive results for transmission revealed that both phytoplasmas found in boungainvillea are causal agents of the disease. This is the first report of phytoplasma as agent of disease in that species.
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Identificação molecular de fitoplasmas associados ao amarelo da abobrinha-de-moita e à filodia de frutos do morangueiro / Molecular identification of phytoplasmas associated with summer squash yellow and strawberry fruit phyllody

Melo, Luciano de Aquino 13 March 2009 (has links)
Frequentemente, fitoplasmas têm sido associados com doenças em cucurbitáceas, tanto cultivadas, como silvestres e daninhas. Em abobrinha-de-moita cultivada no Vale do Ribeira, Estado de São Paulo, foi observado superbrotamento de hastes, malformação da parte aérea e folhas deformadas e enrugadas, sugerindo uma possível infecção por fitoplasmas. A associação de fitoplasmas com morangueiro parece ser rara no Brasil. No entanto, nos municípios de Domingos Martins e Santa Maria de Jetibá, Estado do Espírito Santo, foram observadas plantas de morango apresentando expressiva filodia de frutos, sintoma suspeito de infecção por fitoplasmas. O presente trabalho teve por objetivos detectar e identificar molecularmente os possíveis fitoplasmas associados às plantas doentes. O DNA total das amostras, extraído com um kit comercial ou pelo protocolo 2X CTAB, foi amplificado por dupla PCR com os primers universais P1/Tint e R16F2n/R16R2. Os produtos amplificados com o primeiro par de primers foram reamplificados usando os pares R16(I)F1/R16(I)R1 e R16(III)F2/R16(III)R1, visando a identificação e os produtos de dupla PCR, amplificados com o segundo par de primers, utilizados na análise por RFLP e no sequenciamento. Para as análises filogenéticas adotaram-se seqüências nucleotídicas de fitoplasmas pertencentes a diversos grupos. Observações feitas ao microscópio eletrônico de transmissão revelaram a presença de corpúsculos pleomórficos típicos de fitoplasmas no floema de morangueiro. Por dupla PCR com os primers universais, foi consistentemente detectada a presença de fitoplasmas nos tecidos das plantas doentes. Com o uso dos primers específicos foi possível a identificação de um fitoplasma afiliado ao grupo 16SrIII em abobrinha-de-moita e de fitoplasmas afiliados aos grupos 16SrI e 16SrIII em morangueiro. A análise por RFLP confirmou os resultados obtidos com os primers específicos e demonstrou a presença de um fitoplasma afiliado ao grupo 16SrXIII nas amostras de morangueiro. O sequenciamento permitiu a obtenção de duas seqüências a partir das amostras de morangueiro. A primeira seqüência nucleotídica, SFP-Br1 (EU719107), apresentou 99% de similaridade com as seqüências dos fitoplasmas afiliados ao grupo 16SrIII e a análise filogenética mostrou um maior relacionamento com o subgrupo 16SrIII-B. A segunda seqüência nucleotídica, SFP-Br-3 (EU719109), apresentou 98% de similaridade com as seqüências dos fitoplasmas afiliados ao grupo 16SrXIII. A análise filogenética mostrou este fitoplasma como um representante do grupo 16SrXIII, porém localizado em um novo ramo, diverso daqueles conhecidos para representantes deste grupo. Os coeficientes de similaridade calculados para SFP-Br3 e para os subgrupos 16SrXIII-A, 16SrXIII-B e 16SrXIII-C variaram de 0,91 a 0,96, o que distinguiu o fitoplasma presente no morangueiro dos outros subgrupos de fitoplasmas afiliados ao grupo 16SrXIII já existentes. Assim, através de análise molecular, foi possível relatar a abobrinha-de-moita como um novo hospedeiro de fitoplasmas do grupo 16SrIII, bem como detectar e identificar distintos fitoplasmas nas plantas de morango, inclusive um novo representante, aqui denominado de 16SrXIII-D. / Phytoplasmas have been associated with some diseases of cucurbit as cultivated as sylvester and weed species. Symptoms of witches broom and leaf malformation were observed in summer squash cultivated in the Vale do Ribeira, São Paulo State, suggesting infection by phytoplasma. The association of phytoplasmas with strawberry diseases seems to be rare in Brazil. Nevertheless, in Domingos Martins and Santa Maria de Jetibá cities, located in Espirito Santo State, strawberries plants with expressive fruit phyllody were observed. This kind of symptom also suggested infection associated to phytoplasma. So, the present work was conducted in order to detect and identify possible phytoplasmas associated to simptomatic plants through molecular analysis. The DNA, extracted with a commercial kit or through 2X CTAB protocol, was amplified by nested PCR with universal primers P1/Tint and R16F2n/R16R2. The amplified products with the first primers pairs were reamplified using the primers R16(I)F1/R16(I)R1 and R16(III)F2/R16(III)R1 for specific identification; and the products of nested PCR, amplified from second primers pair, were submitted to RFLP analysis and to sequencing. For phylogenetic analysis were included sequences of phytoplasmas belonging to many groups. Results showed that pleomorphic bodies were present in the phloem of diseased strawberries plants, by using electronic microscopy. The amplifications by nested PCR with universal primers allowed the detection of phytoplasmas in the tissues of symptomatic strawberry and squash plants. PCR assays with specific primers revealed a phytoplasma of 16SrIII group in summer squash and phytoplasmas of 16SrI and 16SrIII groups in strawberry plants. RFLP analysis confirmed the occurrence of a member of 16SrIII group in summer squash and demonstrated the presence of phytoplasmas affiliated to 16SrI, 16SrIII and 16SrXIII groups in strawberry samples. The sequencing allowed the attainment of two sequences from strawberries samples. The first sequence, designated SFP-Br1 (EU719107) representing a phytoplasma affiliated to 16SrIII group, showed 99% of similarity with other sequences of phytoplasmas affiliated with this group. The phylogenetic analysis showed that this phytoplasma was more related with the subgroup 16SrIII-B. The second sequence, designated SFP-Br3 (EU719109) representing a phytoplasma affiliated to 16SrXIII group, showed 98% of similarity with members of this group. The phylogenetic analysis revealed this phytoplasma belonging to 16SrXIII group, but located on a new different branch from those previously known. The similarity coefficient indicated variations between SFP-Br3 and the three phytoplasmas affiliated to 16SrXIII-A, 16SrXIII-B and 16SrXIII-C sub-groups, varying on 0.91 to 0.96, distinguishing the strawberry phytoplasma from the other sub-groups of phytoplasma affiliated with the 16SrXIII group already existing. This way, through molecular analysis, it was possible to relate summer squash as a new host of 16SrIII group phytoplasma, as well as detecting and identifying distinct phytoplasmas on strawberry plants and characterize a new 16SrXIII-D subgroup.
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Identificação molecular de fitoplasmas associados ao amarelo da abobrinha-de-moita e à filodia de frutos do morangueiro / Molecular identification of phytoplasmas associated with summer squash yellow and strawberry fruit phyllody

Luciano de Aquino Melo 13 March 2009 (has links)
Frequentemente, fitoplasmas têm sido associados com doenças em cucurbitáceas, tanto cultivadas, como silvestres e daninhas. Em abobrinha-de-moita cultivada no Vale do Ribeira, Estado de São Paulo, foi observado superbrotamento de hastes, malformação da parte aérea e folhas deformadas e enrugadas, sugerindo uma possível infecção por fitoplasmas. A associação de fitoplasmas com morangueiro parece ser rara no Brasil. No entanto, nos municípios de Domingos Martins e Santa Maria de Jetibá, Estado do Espírito Santo, foram observadas plantas de morango apresentando expressiva filodia de frutos, sintoma suspeito de infecção por fitoplasmas. O presente trabalho teve por objetivos detectar e identificar molecularmente os possíveis fitoplasmas associados às plantas doentes. O DNA total das amostras, extraído com um kit comercial ou pelo protocolo 2X CTAB, foi amplificado por dupla PCR com os primers universais P1/Tint e R16F2n/R16R2. Os produtos amplificados com o primeiro par de primers foram reamplificados usando os pares R16(I)F1/R16(I)R1 e R16(III)F2/R16(III)R1, visando a identificação e os produtos de dupla PCR, amplificados com o segundo par de primers, utilizados na análise por RFLP e no sequenciamento. Para as análises filogenéticas adotaram-se seqüências nucleotídicas de fitoplasmas pertencentes a diversos grupos. Observações feitas ao microscópio eletrônico de transmissão revelaram a presença de corpúsculos pleomórficos típicos de fitoplasmas no floema de morangueiro. Por dupla PCR com os primers universais, foi consistentemente detectada a presença de fitoplasmas nos tecidos das plantas doentes. Com o uso dos primers específicos foi possível a identificação de um fitoplasma afiliado ao grupo 16SrIII em abobrinha-de-moita e de fitoplasmas afiliados aos grupos 16SrI e 16SrIII em morangueiro. A análise por RFLP confirmou os resultados obtidos com os primers específicos e demonstrou a presença de um fitoplasma afiliado ao grupo 16SrXIII nas amostras de morangueiro. O sequenciamento permitiu a obtenção de duas seqüências a partir das amostras de morangueiro. A primeira seqüência nucleotídica, SFP-Br1 (EU719107), apresentou 99% de similaridade com as seqüências dos fitoplasmas afiliados ao grupo 16SrIII e a análise filogenética mostrou um maior relacionamento com o subgrupo 16SrIII-B. A segunda seqüência nucleotídica, SFP-Br-3 (EU719109), apresentou 98% de similaridade com as seqüências dos fitoplasmas afiliados ao grupo 16SrXIII. A análise filogenética mostrou este fitoplasma como um representante do grupo 16SrXIII, porém localizado em um novo ramo, diverso daqueles conhecidos para representantes deste grupo. Os coeficientes de similaridade calculados para SFP-Br3 e para os subgrupos 16SrXIII-A, 16SrXIII-B e 16SrXIII-C variaram de 0,91 a 0,96, o que distinguiu o fitoplasma presente no morangueiro dos outros subgrupos de fitoplasmas afiliados ao grupo 16SrXIII já existentes. Assim, através de análise molecular, foi possível relatar a abobrinha-de-moita como um novo hospedeiro de fitoplasmas do grupo 16SrIII, bem como detectar e identificar distintos fitoplasmas nas plantas de morango, inclusive um novo representante, aqui denominado de 16SrXIII-D. / Phytoplasmas have been associated with some diseases of cucurbit as cultivated as sylvester and weed species. Symptoms of witches broom and leaf malformation were observed in summer squash cultivated in the Vale do Ribeira, São Paulo State, suggesting infection by phytoplasma. The association of phytoplasmas with strawberry diseases seems to be rare in Brazil. Nevertheless, in Domingos Martins and Santa Maria de Jetibá cities, located in Espirito Santo State, strawberries plants with expressive fruit phyllody were observed. This kind of symptom also suggested infection associated to phytoplasma. So, the present work was conducted in order to detect and identify possible phytoplasmas associated to simptomatic plants through molecular analysis. The DNA, extracted with a commercial kit or through 2X CTAB protocol, was amplified by nested PCR with universal primers P1/Tint and R16F2n/R16R2. The amplified products with the first primers pairs were reamplified using the primers R16(I)F1/R16(I)R1 and R16(III)F2/R16(III)R1 for specific identification; and the products of nested PCR, amplified from second primers pair, were submitted to RFLP analysis and to sequencing. For phylogenetic analysis were included sequences of phytoplasmas belonging to many groups. Results showed that pleomorphic bodies were present in the phloem of diseased strawberries plants, by using electronic microscopy. The amplifications by nested PCR with universal primers allowed the detection of phytoplasmas in the tissues of symptomatic strawberry and squash plants. PCR assays with specific primers revealed a phytoplasma of 16SrIII group in summer squash and phytoplasmas of 16SrI and 16SrIII groups in strawberry plants. RFLP analysis confirmed the occurrence of a member of 16SrIII group in summer squash and demonstrated the presence of phytoplasmas affiliated to 16SrI, 16SrIII and 16SrXIII groups in strawberry samples. The sequencing allowed the attainment of two sequences from strawberries samples. The first sequence, designated SFP-Br1 (EU719107) representing a phytoplasma affiliated to 16SrIII group, showed 99% of similarity with other sequences of phytoplasmas affiliated with this group. The phylogenetic analysis showed that this phytoplasma was more related with the subgroup 16SrIII-B. The second sequence, designated SFP-Br3 (EU719109) representing a phytoplasma affiliated to 16SrXIII group, showed 98% of similarity with members of this group. The phylogenetic analysis revealed this phytoplasma belonging to 16SrXIII group, but located on a new different branch from those previously known. The similarity coefficient indicated variations between SFP-Br3 and the three phytoplasmas affiliated to 16SrXIII-A, 16SrXIII-B and 16SrXIII-C sub-groups, varying on 0.91 to 0.96, distinguishing the strawberry phytoplasma from the other sub-groups of phytoplasma affiliated with the 16SrXIII group already existing. This way, through molecular analysis, it was possible to relate summer squash as a new host of 16SrIII group phytoplasma, as well as detecting and identifying distinct phytoplasmas on strawberry plants and characterize a new 16SrXIII-D subgroup.
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Fontes e doses de fósforo em alho vernalizado livre de vírus / Phosphorus sources and doses in vernalized virus-free garlic

Jacon, Camila Paula Rossetto Pescatori [UNESP] 05 August 2016 (has links)
Submitted by Camila Paula Rossetto Pescatori Jacon (capescatori@fca.unesp.br) on 2016-11-22T10:47:40Z No. of bitstreams: 1 Tese completa impressa.pdf: 5118013 bytes, checksum: 4331829f5c23efb70accd8824afcccfc (MD5) / Approved for entry into archive by Felipe Augusto Arakaki (arakaki@reitoria.unesp.br) on 2016-11-25T16:33:07Z (GMT) No. of bitstreams: 1 jacon_cprp_dr_bot.pdf: 5118013 bytes, checksum: 4331829f5c23efb70accd8824afcccfc (MD5) / Made available in DSpace on 2016-11-25T16:33:07Z (GMT). No. of bitstreams: 1 jacon_cprp_dr_bot.pdf: 5118013 bytes, checksum: 4331829f5c23efb70accd8824afcccfc (MD5) Previous issue date: 2016-08-05 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / A utilização de plantas livres de vírus, associada a outras tecnologias, pode proporcionar maior produtividade no cultivo de alho vernalizado. No entanto, essas plantas apresentam comportamento produtivo distinto das plantas infectadas, tornando necessária a adequação das técnicas de manejo empregadas na cultura até então. Estudos sobre a nutrição das plantas de alho livres de vírus ainda não são conclusivos. Visando alcançar alta produtividade, e considerando as características dos solos tropicais, os adubos fosfatados têm sido utilizados em altas doses. Então, o presente trabalho teve o objetivo de verificar o efeito da adubação fosfatada no cultivo de alho vernalizado livre de vírus. Para tanto foram conduzidos três experimentos em anos subsequentes, em área de produção, na região de Santa Juliana – MG. No primeiro experimento foram avaliadas duas fontes (100% superfosfato simples: SS e 50% superfosfato simples + 50% termofosfato: SS+T) e 5 doses de fósforo (0, 100, 200, 300, 400 mg dm-3) em 4 repetições. Observou-se que houve pouca influência das fontes de fósforo utilizadas nos resultados e que as maiores doses de P utilizadas ocasionaram redução na produção e qualidade dos bulbos. No experimento 2 foram avaliadas 5 doses de P (0, 70, 140, 210, 180 e 350 mg dm- 3 ) em 4 repetições, utilizando-se a fonte SS+T. Verificou-se que, da mesma forma que no primeiro experimento, nas doses mais elevadas de P ocorreu redução da produção. Devido a uma chuva ocorrida na fase de diferenciação, ocorreu o superbrotamento, verificando-se aumento da incidência de plantas com essa anomalia com a elevação das doses de P. O terceiro experimento foi conduzido avaliando-se 5 doses de P (0, 50, 100, 150, 200 e 250 mg dm-3) em 4 repetições e também foi verificada redução na produção na dose mais elevada de P. A dose de 200 mg dm-3 de P, utilizando-se a fonte superfosfato simples + termofosfato, em solo com alto teor inicial de fósforo, proporcionou maior produção e porcentagem de bulbos nas classes mais valorizadas. / The use of virus-free garlic plants, associated with other technologies can increased productivity in vernalized garlic growing. However, these plants have different productive behavior from the infected plants, requiring the adequacy of management techniques used for the culture until then. Studies on virus-free garlic plants nutrition of are not conclusive. In order to achieve high productivity and considering the characteristics of tropical soil, phosphate fertilizers have been used in high doses. So, this study aimed to vertify the effect of phosphate fertilization on vernalized virus-free garlic growing. Therefore three experiments were carried out in subsequent years in growing field, in the Santa Juliana - MG. In the first experiment were evaluated two sources (SS and SS + T) and 5 doses of phosphorus (0, 100, 200, 300, 400 mg dm-3) in 4 replications. It was observed that the results were little influenced by the P sources and that higher doses of P applied occasioned reduction in yield and quality of the bulbs. In experiment 2 were evaluated five doses of P (0, 70, 140, 210, 180 and 350 mg dm-3) in 4 replicates using SS+T. It was found that, as in the first experiment, at the higher doses of P, there was a decrease of production. Due to a rain occurred in the differentiation stage, there was incidence of secondary bulb growth and it was verified that plants with this anomaly increased with P doses rising. The third experiment was carried out evaluating five levels of P (0, 50, 100, 150, 200 and 250 mg dm-3) in 4 replicates and it was also verified that there was a decrease in production at the highest dose. The use of 200 mg dm-3 of P, with the source superphosphate + thermophosphate, in soil with high phosphorus initial level, provided higher yield and percentage of bulbs in more valued classes.
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Caracterização molecular e análise filogenética do fitoplasma agente do superbrotamento da mandioca (Manihot esculenta) no estado de São Paulo / Molecular characterization and phylogenetic analysis of the phytoplasma agent of the witches\' broom of cassava (Manihot esculenta) in São Paulo State.

Daniela Flôres 02 February 2010 (has links)
A mandioca (Manihot esculenta) é uma das principais culturas exploradas no mundo, sendo o Brasil o segundo maior produtor. Cultivada em todas as regiões brasileiras, a mandioca é importante na indústria e na alimentação humana e animal. Em plantios instalados em campo experimental e comercial, nas cidades de Piracicaba/SP e Bragança Paulista/SP, respectivamente, foram observadas plantas exibindo sintomas de enfezamento generalizado, superbrotamento de ramos, deformação, clorose das folhas e redução do tamanho das folhas. Com base na sintomatologia, suspeitou-se da ocorrência de fitoplasmas nas plantas doentes. Assim, o objetivo do presente trabalho foi detectar e identificar possíveis fitoplasmas, bem como demonstrar que estes procariotos são os agentes da doença. Para isto, amostras de plantas sintomáticas e assintomáticas foram coletadas e o DNA total foi extraído e usado em duplo PCR, conduzido com os pares de primers P1/Tint e R16F2n/16R2, visando à detecção de fitoplasmas. A amplificação de fragmentos genômicos de 1,2 Kb a partir do 16S rDNA confirmou a presença de fitoplasmas em 76% das amostras de Piracicaba e em 95% das amostras coletadas em Bragança Paulista. A identificação molecular com o uso de primers específicos demonstrou que todos os fitoplasmas encontrados pertenciam ao grupo 16SrIII. As análises de RFLP, usando-se digestão enzimática dos produtos de duplo PCR com as enzimas de restrição AluI, KpnI, HpaI, HpaII, HhaI, HinfI, MseI e RsaI e as análises filogenéticas, baseadas na sequência nucleotídica do 16S rDNA, revelou que o fitoplasma detectado em todas as amostras positivas eram afiliados ao grupo 16SrIII, subgrupo B. A prova de patogenicidade foi demonstrada pela transmissão experimental do fitoplasma presente em plantas de mandioca para plantas de vinca, por meio de Cuscuta subinclusa. Este é o primeiro relato de que um fitoplasma do grupo 16SrIII-B é o agente causal do superbrotamento em mandioca no Estado de São Paulo. / Cassava (Manihot esculenta) is one of the main cultures explored in the world and Brazil is the second largest producer. Cultivated in all Brazilian regions, cassava is important in the industry, food and both human and animal feed. In plantings installed on trial and commercial fields located in Piracicaba/SP, Bragança Paulista/SP, respectively, plants have been exhibited symptoms of general stunt, witches broom , and size reduction of leaves with deformation and chlorosis. Based on the symptoms, it has suspected the occurrence of phytoplasmas in diseased plants. Thus, this study has carried on detecting and identifying the presence of phytoplasmas and demonstrates that those prokaryotes are the disease agents. Samples from symptomatic and asymptomatic plants have been collected and total DNA extracted and used in nested PCR, conducted with primer pairs P1/Tint and R16F2n/16R2 in order to detect phytoplasmas. Amplification of genomic fragments of 1.2 Kb from the 16S rDNA has confirmed the presence of phytoplasmas in 76% of samples from Piracicaba and 95% of samples collected in Bragança Paulista. The molecular identification using specific primers has revealed that all the phytoplasmas found in diseased plants belonged to group 16SrIII. The RFLP analysis, using enzymatic digestion of PCR products with restriction enzymes AluI, KpnI, HpaI, HpaII, HhaI, HinfI, MseI and RsaI and phylogenetic analysis, based on the nucleotide sequence of 16S rDNA has revealed the detected phytoplasma in all positive samples have affiliated to the group 16SrIII, subgroup B. Pathogenicity proof has demonstrated by experimental transmission of the phytoplasma present in cassava plants to periwinkle, through the Cuscuta subinclusa. This is the first report that a phytoplasma group 16SrIII-B is the causal agent of cassava witches broom, in Sao Paulo State.
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Caracterização molecular e análise filogenética do fitoplasma agente do superbrotamento da mandioca (Manihot esculenta) no estado de São Paulo / Molecular characterization and phylogenetic analysis of the phytoplasma agent of the witches\' broom of cassava (Manihot esculenta) in São Paulo State.

Flôres, Daniela 02 February 2010 (has links)
A mandioca (Manihot esculenta) é uma das principais culturas exploradas no mundo, sendo o Brasil o segundo maior produtor. Cultivada em todas as regiões brasileiras, a mandioca é importante na indústria e na alimentação humana e animal. Em plantios instalados em campo experimental e comercial, nas cidades de Piracicaba/SP e Bragança Paulista/SP, respectivamente, foram observadas plantas exibindo sintomas de enfezamento generalizado, superbrotamento de ramos, deformação, clorose das folhas e redução do tamanho das folhas. Com base na sintomatologia, suspeitou-se da ocorrência de fitoplasmas nas plantas doentes. Assim, o objetivo do presente trabalho foi detectar e identificar possíveis fitoplasmas, bem como demonstrar que estes procariotos são os agentes da doença. Para isto, amostras de plantas sintomáticas e assintomáticas foram coletadas e o DNA total foi extraído e usado em duplo PCR, conduzido com os pares de primers P1/Tint e R16F2n/16R2, visando à detecção de fitoplasmas. A amplificação de fragmentos genômicos de 1,2 Kb a partir do 16S rDNA confirmou a presença de fitoplasmas em 76% das amostras de Piracicaba e em 95% das amostras coletadas em Bragança Paulista. A identificação molecular com o uso de primers específicos demonstrou que todos os fitoplasmas encontrados pertenciam ao grupo 16SrIII. As análises de RFLP, usando-se digestão enzimática dos produtos de duplo PCR com as enzimas de restrição AluI, KpnI, HpaI, HpaII, HhaI, HinfI, MseI e RsaI e as análises filogenéticas, baseadas na sequência nucleotídica do 16S rDNA, revelou que o fitoplasma detectado em todas as amostras positivas eram afiliados ao grupo 16SrIII, subgrupo B. A prova de patogenicidade foi demonstrada pela transmissão experimental do fitoplasma presente em plantas de mandioca para plantas de vinca, por meio de Cuscuta subinclusa. Este é o primeiro relato de que um fitoplasma do grupo 16SrIII-B é o agente causal do superbrotamento em mandioca no Estado de São Paulo. / Cassava (Manihot esculenta) is one of the main cultures explored in the world and Brazil is the second largest producer. Cultivated in all Brazilian regions, cassava is important in the industry, food and both human and animal feed. In plantings installed on trial and commercial fields located in Piracicaba/SP, Bragança Paulista/SP, respectively, plants have been exhibited symptoms of general stunt, witches broom , and size reduction of leaves with deformation and chlorosis. Based on the symptoms, it has suspected the occurrence of phytoplasmas in diseased plants. Thus, this study has carried on detecting and identifying the presence of phytoplasmas and demonstrates that those prokaryotes are the disease agents. Samples from symptomatic and asymptomatic plants have been collected and total DNA extracted and used in nested PCR, conducted with primer pairs P1/Tint and R16F2n/16R2 in order to detect phytoplasmas. Amplification of genomic fragments of 1.2 Kb from the 16S rDNA has confirmed the presence of phytoplasmas in 76% of samples from Piracicaba and 95% of samples collected in Bragança Paulista. The molecular identification using specific primers has revealed that all the phytoplasmas found in diseased plants belonged to group 16SrIII. The RFLP analysis, using enzymatic digestion of PCR products with restriction enzymes AluI, KpnI, HpaI, HpaII, HhaI, HinfI, MseI and RsaI and phylogenetic analysis, based on the nucleotide sequence of 16S rDNA has revealed the detected phytoplasma in all positive samples have affiliated to the group 16SrIII, subgroup B. Pathogenicity proof has demonstrated by experimental transmission of the phytoplasma present in cassava plants to periwinkle, through the Cuscuta subinclusa. This is the first report that a phytoplasma group 16SrIII-B is the causal agent of cassava witches broom, in Sao Paulo State.

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