Atualmente representada por aproximadamente 19 gêneros e cerca de 1300 espécies, Polygalaceae é uma família cosmopolita concentrada em regiões tropicais e temperadas, estando ausente na Nova Zelândia e nas zonas Antártica e Ártica. No território brasileiro, a família está representada pelos gêneros Barnhartia Gleason, Bredemeyera Willd., Diclidanthera Mart., Monnina Ruiz & Pav., Moutabea Aublet, Polygala L. e Securidaca L., somando cerca de 240 espécies. O presente estudo trata da revisão taxonômica da família Polygalaceae na Região Sul do Brasil que inclui os Estados do Paraná, Santa Catarina e Rio Grande do Sul. Embora inúmeros trabalhos de revisão taxonômica e trabalhos regionais envolvendo a família Polygalaceae tenham sido realizados em grande parte do território brasileiro durante os últimos 30 anos, a carência de coletas na Região Sul bem como a necessidade de um estudo mais detalhado da família nestes Estados são os principais objetivos que levaram ao desenvolvimento deste estudo. A tese consiste de três capítulos: 1) Revisão taxonômica da família Polygalaceae na Região Sul do Brasil. Foram confirmados quatro gêneros para os Estados sulinos: Bredemeyera, Monnina, Polygala e Securidaca. Houve um predomínio absoluto do gênero Polygala na Região Sul do Brasil, com 40 espécies, sendo seguido por Monnina (nove), Securidaca (três) e finalmente, Bredemeyera com apenas uma espécie. Neste capítulo são apresentados três artigos que tratam dos gêneros de Polygalaceae confirmados para a Região Sul, incluíndo descrições dos táxons, ilustrações, chaves analíticas bem como dados sobre floração e frutificação, hábitat e distribuição geográfica. 2) Novas espécies de Polygala L. para a Região Sul do Brasil. Neste capítulo são apresentados dois artigos de espécies novas de Polygala descritas durante a elaboração da presente tese. 3) Estudo molecular com espécies de Polygala L. da Região Sul do Brasil. O uso de marcadores ISSR auxiliou na delimitação de algumas espécies bem como deu suporte para a descrição de uma nova espécie de Polygala para o Rio Grande do Sul e Santa Catarina. Neste capítulo é apresentado o artigo intitulado: Use of ISSR to characterize species of Polygala L. (Polygalaceae) from Southern Brazil. / Nowadays represented by approximately 19 genera and 1300 species, Polygalaceae is a cosmopolitan family concentrated specially in the tropical and temperate regions, being absent in New Zealand and in the Artic and Antartic zones. In the Brazilian territory, the family is represented by the genera Barnhartia Gleason, Bredemeyera Willd., Diclidanthera Mart., Monnina Ruiz & Pav., Moutabea Aublet, Polygala L. e Securidaca L., totalizing approximately 240 species. The present work treats about the taxonomic survey of the Polygalaceae family in Southern Brazil which includes Paraná, Santa Catarina and Rio Grande do Sul states. Despite several taxonomic revisions and regional floras with Polygalaceae were realized in the Brazilian territory in the last 30 years, the necessity of more collections and the need of a detail study with the family in the Southern Brazil were the objectives who lead to the development of this thesis. The present thesis consists of three chapters: 1) Taxonomic revision of the Polygalaceae in Southern Brazil. Were confirmed four genera for the Southern Brazil: Bredemeyera, Monnina, Polygala e Securidaca. Has being notice a predominance of the genus Polygala in the Southern Brazil, with 40 species, being followed by Monnina (nine species), Securidaca (three species) and finally, Bredemeyera with only one species. In this chapter are presented three articles who treats the genus of Polygalaceae confirmed for the Southern Brazil, including morphological descriptions, illustrations, analytical keys and also data about flowering and fruiting time, habitat and geographical distribution. 2) New species of Polygala L. from Southern Brazil. Two articles about new species of Polygala described during this thesis are being presented in this chapter. 3) Molecular studies with Polygala species from Southern Brazil. The use of ISSR markers was helpful in the delimitation of some species, thus, supported to the description of a new species of Polygala to the Rio Grande do Sul and Santa Catarina states. In this chapter are presented the article entitled: Use of ISSR to characterize species of Polygala L. (Polygalaceae) from Southern Brazil.

A taxonomic revision of the bothriocephalid tapeworms from the lizardfishes of the genus Saurida, based on the morphology and biometry, was carried out. A new material from four species of lizardfishes from Indonesia was examined and compared with literature and available type material. Results indicate only 2 species valid (Oncodiscus sauridae Yamaguti, 1934; Penetrocephalus ganapattii (Rao, 1954) Rao 1960).

A superfamília Majoidea é dividida em seis famílias: Epialtidae, Hymenosamatidae, Inachidae, lnachoididae, Majidae e Oregoniidae. A família Epialtidae engloba 76 gêneros, dentre eles Acanthonyx e Epialtus com 17 e 11 espécies, respectivamente. No litoral brasileiro, ocorrem três espécies do gênero Acanthonyx, A. dissimulatus, A. scutiformis e A. petiverii; e duas de Epialtus, E. bituberculatus e E. brasiliensis. As dúvidas quanto à sistemática destes gêneros, a diversidade de formas de seus indivíduos e a escassez de revisões abordando-os, destaca a necessidade de uma revisão taxonômica das espécies brasileiras combinando diferentes ferramentas metodológicas como morfologia e análise molecular. Uma lista de caracteres foi analisada e apresentada nas descrições de A. dissimulatus, A. petiverii, A. scutiformis, E. bituberculatus e E. brasiliensis. Adicionalmente, exemplares das cinco espécies reportadas para o Brasil, oriundas de diferentes localidades, tiveram DNA amplificado usando marcadores para os genes mitocondriais 16S e COI. As sequências resultantes foram comparadas no sistema BLAST para confirmação de suas identidades, editadas e alinhadas em CIustal W no programa BioEdit. As distâncias genéticas foram calculadas no programa MEGA5 e representadas por meio de matrizes. Os filogramas foram construídos pelo método de Máxima Verossimilhança na plataforma online CIPRES. As redes de haplótipos foram obtidas pelo Median-Joining no programa Network. As três espécies de Acanthonyx são muito semelhantes e difíceis de identificar. Os filogramas e as redes de haplótipos mostraram que E. brasiliensis inseriu-se no grupo de E. bituberculatus, e que A. dissimulatus e A. scutiformis se inserem em A. petiverii, permitindo questionar a validade taxonômica destas espécies. Os dados moleculares corroboraram a morfologia de Acanthonyx; a divisão dos espécimes de A. petiverii em dois grupos distintos e bem suportados indicou que há diferenças genéticas entre estas populações, mas que ainda ocorre fluxo gênico. Entre as espécies de Epialtus, não houve alta divergência genética e o compartilhamento de haplótipos indicou fluxo gênico entre E. brasiliensis e E. bituberculatus, indicando a presença de uma única espécie no Brasil. Dessa forma, pode ser que a presença ou ausência do espinho proximal ventral nos últimos pares de pernas locomotoras seja um caráter plástico em relação ao meio em que vivem. Nos filogramas e nas redes de haplótipos, os espécimes de Epialtus separaram-se em Caribe e Brasil, mas não foram distinguidos morfologicamente. Por fim, sugere-se a sinonimização de A. dissimulatus e A. scutiformis com A. petiverii, e a ocorrência de E. bituberculatus no Caribe e E. brasiliensis no Brasil. / The Superfamily Majoidea consists of six families: Epialtidae, Hymenosamatidae, Inachidae, Inachoididae, Majidae and Oregoniidae. The family Epialtidae includes 76 genera, among them Acanthonyx and Epialtus with 17 and 11 valid species, respectively. In the Brazilian coast there are three Acanthonyx species, A. dissimulatus, A. scutiformis and A. petiverii; and two Epialtus, E. bituberculatus and E. brasiliensis. Doubts about the systematic of these genus, the high diversity of forms and the lack of revisions addressing them, highlight the necessity for a taxonomic revision of the Brazilian species using different methodological tools such as morphology and molecular analysis together. A list of characters was analyzed and descriptions were made for A. dissimulatus, A. petiverii, A. scutiformis, E. bituberculatus and E. brasiliensis. For molecular data, DNA of specimens from different localities was amplified using markers for the mitochondrial genes 16S and COI. AII sequences were confirmed in BLAST system; they were edited and aligned using Clustal W with interface to BioEdit. Genetic distances were calculated in the program Mega5 and represented through matrices. The construction of the trees was performed using Maximum Likelihood in the online platform CIPRES. Haplotype networks were based on Median-Joining analysis and performed in the program Network. The three species of Acanthonyx were similar morphologically and could not be separated. Trees and the haplotype network showed that E. brasiliensis was into the group of E. bituberculatus; and A. dissimulatus and A. scutiformis were within A. petiverii branch, which means that taxonomic status of these species may be questioned. There is a correspondence between morphologic and molecular data among the three species of Acanthonyx; the division in two distinct groups observed in specimens of A. petiverii was weII supported and indicated that there are genetic differences between these populations, but gene flow still occurs. Between both species of Epialtus, the results from molecular markers were in conflict with the morphological classification, and sharing of haplotypes indicated gene flow between E. brasiliensis and E. bituberculatus, which means that there is only one species in Brazil. Hence, the presence or absence of the spine on the propodus\'s ventral surface in the Iast ambulatory pereopods can be related to ecological plasticity developed in response to the environment where these crabs Iive. Phylograms and the haplotype network showed that specimens of Epialtus were separated in two groups, Caribbean and Brazil, but they were not distinguished morphologically. In this way, we propose that A. dissimulatus and A. scutiformis as junior synonyms of A. petiverii; and the occurrence of E. bituberculatus in the Caribbean and E. brasiliensis in Brazil.

Atualmente representada por aproximadamente 19 gêneros e cerca de 1300 espécies, Polygalaceae é uma família cosmopolita concentrada em regiões tropicais e temperadas, estando ausente na Nova Zelândia e nas zonas Antártica e Ártica. No território brasileiro, a família está representada pelos gêneros Barnhartia Gleason, Bredemeyera Willd., Diclidanthera Mart., Monnina Ruiz & Pav., Moutabea Aublet, Polygala L. e Securidaca L., somando cerca de 240 espécies. O presente estudo trata da revisão taxonômica da família Polygalaceae na Região Sul do Brasil que inclui os Estados do Paraná, Santa Catarina e Rio Grande do Sul. Embora inúmeros trabalhos de revisão taxonômica e trabalhos regionais envolvendo a família Polygalaceae tenham sido realizados em grande parte do território brasileiro durante os últimos 30 anos, a carência de coletas na Região Sul bem como a necessidade de um estudo mais detalhado da família nestes Estados são os principais objetivos que levaram ao desenvolvimento deste estudo. A tese consiste de três capítulos: 1) Revisão taxonômica da família Polygalaceae na Região Sul do Brasil. Foram confirmados quatro gêneros para os Estados sulinos: Bredemeyera, Monnina, Polygala e Securidaca. Houve um predomínio absoluto do gênero Polygala na Região Sul do Brasil, com 40 espécies, sendo seguido por Monnina (nove), Securidaca (três) e finalmente, Bredemeyera com apenas uma espécie. Neste capítulo são apresentados três artigos que tratam dos gêneros de Polygalaceae confirmados para a Região Sul, incluíndo descrições dos táxons, ilustrações, chaves analíticas bem como dados sobre floração e frutificação, hábitat e distribuição geográfica. 2) Novas espécies de Polygala L. para a Região Sul do Brasil. Neste capítulo são apresentados dois artigos de espécies novas de Polygala descritas durante a elaboração da presente tese. 3) Estudo molecular com espécies de Polygala L. da Região Sul do Brasil. O uso de marcadores ISSR auxiliou na delimitação de algumas espécies bem como deu suporte para a descrição de uma nova espécie de Polygala para o Rio Grande do Sul e Santa Catarina. Neste capítulo é apresentado o artigo intitulado: Use of ISSR to characterize species of Polygala L. (Polygalaceae) from Southern Brazil. / Nowadays represented by approximately 19 genera and 1300 species, Polygalaceae is a cosmopolitan family concentrated specially in the tropical and temperate regions, being absent in New Zealand and in the Artic and Antartic zones. In the Brazilian territory, the family is represented by the genera Barnhartia Gleason, Bredemeyera Willd., Diclidanthera Mart., Monnina Ruiz & Pav., Moutabea Aublet, Polygala L. e Securidaca L., totalizing approximately 240 species. The present work treats about the taxonomic survey of the Polygalaceae family in Southern Brazil which includes Paraná, Santa Catarina and Rio Grande do Sul states. Despite several taxonomic revisions and regional floras with Polygalaceae were realized in the Brazilian territory in the last 30 years, the necessity of more collections and the need of a detail study with the family in the Southern Brazil were the objectives who lead to the development of this thesis. The present thesis consists of three chapters: 1) Taxonomic revision of the Polygalaceae in Southern Brazil. Were confirmed four genera for the Southern Brazil: Bredemeyera, Monnina, Polygala e Securidaca. Has being notice a predominance of the genus Polygala in the Southern Brazil, with 40 species, being followed by Monnina (nine species), Securidaca (three species) and finally, Bredemeyera with only one species. In this chapter are presented three articles who treats the genus of Polygalaceae confirmed for the Southern Brazil, including morphological descriptions, illustrations, analytical keys and also data about flowering and fruiting time, habitat and geographical distribution. 2) New species of Polygala L. from Southern Brazil. Two articles about new species of Polygala described during this thesis are being presented in this chapter. 3) Molecular studies with Polygala species from Southern Brazil. The use of ISSR markers was helpful in the delimitation of some species, thus, supported to the description of a new species of Polygala to the Rio Grande do Sul and Santa Catarina states. In this chapter are presented the article entitled: Use of ISSR to characterize species of Polygala L. (Polygalaceae) from Southern Brazil.

Este trabalho trata da revisão taxonômica das espécies de Morion do Continente Americano (M. arida, M. boliviensis, M. brasiliensis, M. cordata, M. costigera, M. cycloma, M. lafertii, M. monilicornis e M. simplex), sendo que apenas uma não ocorre na região Neotropical (M. monilicornis). Foi realizado um estudo morfológico detalhado de todas as espécies, visando encontrar novos caracteres diagnósticos para testar a hipótese taxonômica vigente e para facilitar a identificação das espécies. Não foram identificadas espécies novas e as nove spécies mostraram-se válidas. A análise de novas estruturas, além de revelar características antes não estudadas (como braquipteria em M. brasiliensis) deu mais robustez à hipótese existente. Também foram confeccionados mapas de distribuição geográfica de todas as espécies, o que revelou que algumas apresentam distribuição bastante restrita (principalmente as espécies braquípteras), enquanto outras têm uma distribuição bastante ampla. Uma chave dicotômica para a identificação das espécies foi preparada, visando facilitar a identificação das mesmas. / This study is a taxonomic revision of the New World Morion, which has nine valid species (M. arida, M. boliviensis, M. brasiliensis, M. cordata, M. costigera, M. ycloma, M. lafertii, M. monilicornis and M. simplex), of which, only one of them is not recorded in the Neotropical region (M. monilicornis). A detailed morphological study was done aiming for finding out new diagnostic characteristics in order to test the current taxonomic hypothesis and to make specific identification easier. These nine species were analyzed and remained valid; no new one was found. The analysis of new structures made it possible to find some characters never studied before (e.g., M. brasiliensis brachyptery) and strengthened the previous hypothesis. The maps representing the geographic distribution of all species revealed that some of them have a limited area of occurrence (mainly the flightless species), although others are widespread. A dichotomic identification key was also done to facilitate species identification.

Esta tese compreende a revisão taxonômica, filogenia e morfologia do gênero Alcantarea (E. Morren ex Mez) Harms, bromeliáceas rupícolas endêmicas dos afloramentos rochosos do leste do Brasil. Apresenta-se inicialmente uma caracterização geral de Bromeliaceae, os objetivos e justificativas da tese, que segue estruturada em capítulos. O capítulo 1 apresenta a caracterização morfológica e a revisão do gênero baseada nos trabalhos de campo, de herbários e bibliografia. São apresentadas as descrições para as espécies, chave para identificação, ilustrações, mapa de distribuição e estado de conservação dos táxons. Entre os resultados desse capítulo destaca-se que são reconhecidas 26 espécies, sendo cinco novas e descritas pelo autor no decorrer do projeto (A. martinellii Versieux & Wand., A. patriae Versieux & Wand., A. tortuosa Versieux & Wand., A. trepida Versieux & Wand., A. turgida Versieux & Wand.), quatro novos sinônimos são apresentados (A. brasiliana (L.B. Sm.) J.R. Grant, A. edmundoi (Leme) J.R. Grant, A. lurida Leme, A. mucilaginosa Leme) e um neótipo é designado. Em quase sua totalidade os táxons estão individualmente ilustrados em detalhe e são também apresentadas pranchas fotográficas. Amplo material foi coletado e incorporado aos herbários e uma coleção-viva foi montada no Instituto de Botânica. Apesar de geralmente formarem grandes populações em locais de difícil acesso, seis táxons são considerados ameaçados de extinção em razão de áreas de ocorrência restritas e por perda do habitat e para seis espécies não foi possível determinar o estado de conservação em razão de insuficiência de dados. No capítulo 2 é apresentada a filogenia de Alcantarea baseada em caracteres moleculares. Foram empregados dois marcadores do cloroplasto (trnK-rps16, trnC-petN), um gene nuclear de baixa cópia (Floricaula/Leafy) e também 20 loci de microssatélites nucleares. Os resultados obtidos nas análises Bayesianas e de Parcimônia apontam para o bem suportado monofiletismo de Alcantarea. Nesta análise Alcantarea surge como grupo-irmão das espécies de Vriesea do leste do Brasil. Entre os marcadores, o Floricaula/Leafy apresenta os melhores resultados e se mostra com uma região potencial para outros estudos com Bromeliaceae. Os microssatélites delimitam grupos de espécies, com forte correspondência biogeográfica e também sugerem que a hibridização interespecífica seja um fenômeno freqüente em Alcantarea, sendo observados indivíduos de uma mesma espécie aparecendo proximamente relacionados a grupos díspares. No capítulo 3 é delimitado o complexo Alcantarea extensa com ocorrência predominante no Espírito Santo e ao leste de Minas Gerais, sendo esse complexo corroborado pelos dados dos microssatélites (cap. 2). São pelo menos 10 táxons que apresentam pouca variação na morfologia floral, vegetativa e proximidade geográfica entre as populações. Ainda neste capítulo é apresentada a ocorrência de viviparidade nos frutos de Alcantarea e uma nova espécie é descrita. No capítulo 4 é apresentada a caracterização morfo-anatômica foliar. Várias das características anatômicas observadas contribuem para a sobrevivência em ambientes xéricos (campo rupestre/inselbergs). Entre elas destacam-se a epiderme com paredes espessadas, abundante cobertura de ceras epicuticulares, hipoderme mecânica, parênquima aqüífero, parênquima esponjoso preenchendo canais de ar estreitos e estômatos restritos à face abaxial. Os dados obtidos nos capítulos 1, 2 e 4 serviram de base para decisão de manter Alcantarea como gênero distinto, independente de Vriesea. Os caracteres moleculares indicam que se trata de um grupo monofilético bem suportado e irmão de Vriesea s.s. O histórico taxonômico; a morfologia das pétalas longas, liguladas, espiraladas e efêmeras; as sementes bicomosas; a posição do ovário semi-ínfero também sustentam tal segregação. Em adição, os caracteres diagnósticos disponíveis para o caso da união de Alcantarea e Vrisea são inconsistente e baseados exclusivamente em simplesiomorfias. Sugere-se o potencial dos caracteres anatômicos tais como a extensão do parênquima aqüífero, o formato dos canais de ar, a extensão das projeções das fibras do feixe vascular, que conferem nervuras mais salientes, e a presença de nectários septais mais desenvolvidos como características adicionais, facilmente observáveis e que separam tais gêneros. / This thesis comprises the taxonomic revision, phylogeny, and morphology of the genus Alcantarea (E. Morren ex Mez) Harms, composed of rupiculous bromeliads endemic to eastern Brazil rock outcrops. An overall characterization of Bromeliaceae is presented initially then followed by the objectives and justification of the thesis, which is structured in chapters. Chapter 1 presents the morphological characterization and revision of the genus based in field, herbaria and bibliography. Species descriptions, identification key, map and taxa conservation statuses are presented. The highlight results of this chapter are that 26 species are recognized, five of them being new and described by the author during the project (A. martinellii Versieux & Wand., A. patriae Versieux & Wand., A. tortuosa Versieux & Wand., A. trepida Versieux & Wand., A. turgida Versieux & Wand.), four new synonyms are presented (A. brasiliana (L.B. Sm.) J.R. Grant, A. edmundoi (Leme) J.R. Grant, A. lurida Leme, A. mucilaginosa Leme), and one neotype is designated. Almost all taxa are illustrated in detail, and photographic plates are also presented. A large number of specimens were collected and incorporated in herbaria and a living-collection was built at the Instituto de Botânica. In spite of usually forming large populations in difficult to access places six taxa are threatened of extinction due to restricted occurrence areas and habitat loss. In addition, it was not possible to determine conservation statuses for six species due to data deficiency. In Chapter 2 the molecular phylogeny of Alcantarea is presented. Two chloroplast markers (trnK-rps16, trnC-petN), one low copy nuclear gene (Floricaula/Leafy), and also 20 nuclear microsatellites loci were employed. Results point to a well supported monophyly of Alcantarea, in both bayesian and parsimony analyses. In these analyses Alcantarea emerges as the sister genus of eastern Brazilian Vriesea. Floricaula/Leafy provides better resolution and is recommended for future studies within Bromeliaceae. Microsatellites delimit species groups with strong biogeographic correspondence and also suggest that hybridization is frequent , once individuals of the same species appear closely related to different species groups. In chapter 3, a species complex predominantly from Espírito Santo and eastern Minas Gerais States is delimited and named Alcantarea extensa complex and its status as a complex is supported by microsatellite analysis (Ch. 2). At least 10 taxa that show low floral and vegetative morphological variation and posses geographic proximity among populations are included in this complex. A new species and viviparous seeds in Alcantarea fruit are also described in this chapter. Leaf anatomical characterization for nine species of Alcantarea is presented in chapter 4. Several of the observed features contribute to the survival of Alcantarea in xeric environments (campo rupestre/inselbergs) as the thick-walled epidermis, abundant covering of epicuticular waxes, mechanic hypodermis, aquiferous parenchyma, narrow air-lacunae filled up with the spongy parenchyma, and stomata restricted to the abaxial surface. Data obtained in chapters 1, 2, and 4 provided evidence to keep Alcantarea as a distinct genus, independent from Vriesea. Molecular data indicate that it is a monophyletic and well supported group sister of Vriesea s.s. The taxonomic history; the morphological distinctiveness of the long, ligulate, spiraled and ephemeron petals; seeds with basal and apical appendages and semi-inferior ovary also support this segregation. In addition, diagnostic characters available for the recognition of Alcantarea and Vrisea united are inconsistent and based on sympleisiomorphies exclusively. It is also suggested that the anatomical features such as the extension of the aquiferous parenchyma, the shape of the air channels and the extensions of the fibers bundles that forms more salient nerves and the presence of more developed septal nectaries are additional useful features to separate both taxa.

La forêt atlantique brésilienne est un des points sensibles de biodiversité avec une richesse spécifique et des risques d’extinction élevés. Cette forêt est située le long de la côte atlantique brésilienne, s’étendant jusqu’au Paraguay vers le Sud et à l’Argentine dans l’intérieur des terres. Du fait des gradients longitudinal et altitudinal, de la géologie complexe et de la diversité des sols, cette forêt comprend une diversité exceptionnelle de paysages et d’écosystèmes qui ont permis à cette riche biodiversité de se développer. Cependant, cette dernière encourt des risques extrêmes d’extinction du fait des densités et des tailles de populations humaines locales les plus élevées en Amérique du Sud. La forêt atlantique est ainsi aujourd’hui réduite à moins de 5% de sa surface originelle, répartie dans des fragments épars. En dépit de cette richesse spécifique reconnue, beaucoup reste à comprendre au sujet de plusieurs composantes de la biodiversité et de leur origine. Parmi les groupes encore mal connus figurent en particulier les insectes. Dans le but de combler cette lacune, j’ai étudié dans cette thèse un genre de blatte endémique de la forêt atlantique, Monastria Saussure, 1864 (Blattodea, Blaberinae). Je me suis focalisé sur sa taxonomie, sa phylogéographie et sur la contribution des données de collections d’histoire naturelle à la modélisation de l’aire de distribution. L’étude de la taxonomie a consisté à entreprendre la révision du genre avec la re-description des espèces espèces déjà connues et la description de nouvelles espèces. Les descriptions des espèces connues étaient fort anciennes et la description (et redescription) a donc inclus la définition de nouveaux caractères, ainsi qu’une étude des genitalia. Des problèmes nomenclaturaux anciens ont été également résolus, une clé d’identification des espèces ainsi qu’une clé d’identification des larves des genres de Blaberinae endémiques de la forêt atlantique ont été construites. La deuxième étude concernait l’analyse de la diversification et de la distribution du genre Monastria dans la forêt atlantique brésilienne. Cette analyse a indiqué l’importance des impacts différentiels des changements de température durant le dernier maximum glaciaire entre les parties Nord et Sud de la forêt atlantique, ceci résultant dans le patron de distribution présent. La troisième étude est une évaluation de l’intérêt des données disponibles dans les collections d’histoire naturelle concernant Monastria pour inférer son aire de répartition en se basant sur des modèles de niches écologiques (ENM), et en utilisant les données issues de l’échantillonnage de terrain ciblé sur Monastria pour valider les résultats. Nous montrons ici que le lot de données des collections est biaisé dans l’espace environmental. Le sur-échantillonnage dans une classe de climat conduit à construire des modèles d’aires favorables plus restreints que ceux de la distribution réelle de Monastria. Ces biais augmentent donc la spécificité des modèles et réduisent leur sensibilité. Pour résoudre ce problème, nous avons conçu deux sortes d’analyse de raréfaction et montré que la suppression aléatoire de points dans la classe climatique la plus biaisée augmente de manière très efficace la sensibilité du modèle de niche climatique. / The Brazilian Atlantic forest is one of the biodiversity hotspots with the richest species diversity and threat. It is located along the Brazilian Atlantic coast going south til Paraguay and Argentina in the interior of the continent. Due to its longitudinal and altitudinal gradients, complex geology and diversity of soils it harbors an enormous diversity of landscapes and ecosystems that gave rise to its rich biodiversity. However, this biodiversity is extremely threatened because this region is the one with the highest population size and density in south America. So, the Atlantic forest is now limited to less than 5% of its original surface and distributed in scattered fragments. Despite the recognized species richness, much remains to be known about several components of this biodiversity and their origin. Among the groups still poorly known are the insects. In order to contribute to bridge this gap, in this thesis I studied one genus of cockroach endemic from the Atlantic forest, Monastria Saussure, 1864 (Blaberidae, Blaberinae). I focused on the taxonomy, phylogeography and on the contribution of the data existing in natural history collections to model the distribution range. The study of the taxonomy consisted in the revision of the genus with the re-description of already known species and description of new ones. Since the known species were described very early, the description (and re-description) comprised the definition of new characters, and consideration paid to genitalia. In addition to that, old nomenclatural problems were solved, a key to species’ identification was provided, a key to the identification of nymphs of the genera of Blaberinae endemic to the Atlantic forest were provided. The second study was aimed to understand the diversification and distribution of the genus Monastria in the Brazilian Atlantic Forest. This analysis indicates the importance of differential impacts of shifts in temperature between the Southern and Northeastern part of the Atlantic forest in the Last Glacial Maximum for explaining the present pattern of distribution. The third study is an evaluation of the data concerning Monastria available in Natural History Collections for estimating its distribution range based on Ecological Niche Models (ENM), and using the data from the field work designed to assess the presence of Monastria to validate the results. Here we showed that the dataset is biased in the environmental space. This oversampling in a climate class leads to models with suitable areas much smaller than that of the real distribution of Monastria. These biases increase model’s specificity and reduced sensitivity. To overcome this problem, we designed two forms of rarefaction and showed deleting points at random in the most biased climate class is very powerful to increase the sensitivity of the ENM.

For over a century, the origins and mechanisms underlying the diversification of the enormous cosmopolitan genus Carex (>2,100 species; Cariceae, Cyperaceae or sedge family) have remained largely speculative. Although its unique morphology (e.g., unisexual flowers, perigynia) clearly indicated it was a natural group, it obscured its relationships to all other Cyperaceae because the morphological gap between it and the rest of the family was so wide. Consequently, no plausible sister group to Carex has ever been proposed. Early molecular analyses narrowed the problem by placing Carex within a strongly-supported clade with the enigmatic monospecific genus Khaosokia, and tribes Dulichieae and Scirpeae (hereafter CDS), a group consisting of 2,250 species, or approximately 41% of all Cyperaceae. However, poor taxonomic sampling and the limited number of molecular markers used in these studies meant that the sister group to Carex remained a mystery. The goals of this thesis were to resolve evolutionary relationships within the CDS clade, to identify the sister group to Carex, and to develop a new natural tribal classification of CDS that could be used in future biogeographic and comparative analyses of Carex and its relatives. Initial phylogenetic analyses using two plastid markers (matK, ndhF) identified seven major CDS lineages, and suggested that Carex could be nested within a paraphyletic Scirpeae. However, backbone support for these relationships was low due to an ancient rapid radiation (~10 million years) followed by long divergence of the seven major lineages (~40 million years). The addition of conventional sequence-based markers from the plastid genome (rps16) and nuclear ribosomal region (ETS-1f, ITS) indicated that a traditional molecular approach would not resolve these key backbone nodes. Consequently, a recently developed flowering-plant-specific anchored enrichment probe kit targeting hundreds of conserved nuclear genes combined with next generation sequencing was used to resolve the CDS backbone. Although the resulting phylogenomic dataset was able to resolve the CDS backbone with high support, the topology and branch lengths only reaffirmed the isolated position of Carex. However, comparative morphological analyses of specimens at key herbaria not only suggested that Sumatroscirpus, a rare genus thought to be endemic to Sumatra, could be sister to Carex, but they also provided an easily accessible site to collect DNA in Northern Vietnam. Subsequent phylogenetic analyses of plastid (matK, ndhF, rps16) and nuclear ribosomal (ETS-1f, ITS) markers strongly supported Sumatroscirpus as the sister to Carex, and molecular dating estimates suggested they shared a common ancestor in the late Eocene (~36 million years ago). Comparative studies and ancestral state estimates of key morphological characters were congruent with this hypothesis, suggesting that the perigynium is not unique to Carex, but in fact a synapomorphy shared with Sumatroscirpus. This means that the initial key innovation in the remarkable diversification of Carex is not the perigynium, but could be the release of mechanical constraints that permitted the evolution of the remarkable morphological diversity of Carex perigynia seen today. A taxonomic revision of Sumatroscirpus revealed that this purportedly monospecific genus actually consisted of four species, and it extended its range over 2,400 km to the north into Northern Vietnam, Myanmar, and Southwestern China. The phylogenetic framework provided by the previous studies enabled a new tribal and generic classification of CDS to be proposed. Seven monophyletic tribes are recognised including four new tribes (Calliscirpeae, Khaosokieae, Sumatroscirpeae, Trichophoreae), and a new genus (Rhodoscirpus). Morphological synapomorphies are identified for all recognized tribes, and a worldwide treatment, including identification keys, is provided for Sumatroscirpus species, CDS genera, and Cyperaceae tribes.

Submitted by Ricardo Cedraz Duque Moliterno (ricardo.moliterno@uefs.br) on 2017-10-09T21:51:42Z No. of bitstreams: 1 TESE_LUISA RAMOS.pdf: 12171909 bytes, checksum: dfd039e3c7457072b9d4c4c178c30162 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-10-09T21:51:42Z (GMT). No. of bitstreams: 1 TESE_LUISA RAMOS.pdf: 12171909 bytes, checksum: dfd039e3c7457072b9d4c4c178c30162 (MD5) Previous issue date: 2015-01-10 / Amaranthaceae is a family of about 180 genera and 2,500 species, divided in 8 subfamilies, and distributed in tropical and temperate areas of both hemispheres. It represents the most species-rich lineage within the Caryophyllales. For Brazil are recognized 158 species in 27 genera, with three endemic, and most of them included in Gomphrenoideae.This subfamily includes two major Brazilian genera,Gomphrena with 45 species and Alternanthera with 36 species. Alternanthera is a monophyletic group of about 100 species of pantropical distribution, characterized by sessile or pedunculate axillaryinflorescences, with the partial inflorescence unit reduced to a single flower. Flowers are sessile or pedicellate, protected by a bract and two bracteoles, bisexual, with (4-)5 tepals, (4-)5 stamens, with fused filaments forming a basal tube, free towards the tube end and alternating with pseudo-staminodes.The latest revision of Alternanthera for Brazil dates backto that of the Flora Brasiliensis,of more than 160 years ago, fully justifyinga new revision, the principal objective of our thesis. It isdivided into four chapters, followingan introduction. Chapter 1 includes a morphological study of the Alternanthera species in Brazil, using 107 characters, of which 99 were considered informative and have been evaluated using DELTA, resulting in a description of vegetative and floral organs of Alternanthera,with the focuson the most important of them for the group's taxonomy anda discussionof their terminology.Chapter 2 isa study of the Alternanthera brasiliana complex of five species, using the statistical exploratory analysis. Only four species in the complexwere recognized, with a proposalto synonymize Alternanthera ramosissimatoA. brasiliana.Chapter 3 is the text of a paperon the new species Alternanthera catingae, submitted for publication in Phytotaxa. Chapter 4 is a revision of the Brazilian species of Alternanthera, based on the study of 1,900 specimens deposited in 19 herbaria and using the adopted typological species concept.In addition to the traditional revisionary methodology, modernanalytic tools were used inthe evaluation of species occurring in Brazil. We recognized 35 species, with one, A.catingae, new to science, synonymizedsix species, and made one new combination. The work should be an important contributionto the study of the Brazilian Amaranthaceae, especially in terms of reaching the objective of making the Flora of Brazil go online in 2020. / As Amaranthaceae constituem uma fam?lia com cerca de 180 g?neros e 2.500 esp?cies, com distribui??o nas faixas tropicais e temperadas dos dois hemisf?rios e representam a mais rica linhagem de esp?cies dentre as Caryophyllales. Inclui 8 subfam?lias . Para o Brasil s?o referidas 158 esp?cies distribu?das em 27 g?neros, dos quais tr?s s?o end?micos, grande parte desses g?neros s?o inclu?dos em Gomphrenoideae. Esta subfam?lia inclui os maiores g?neros representados no Brasil, Gomphrena com 45 esp?cies e Alternanthera com 36 esp?cies. Alternanthera ? um grupo monofil?tico com cerca de 100 esp?cies, possui distribui??o pantropical e ? caracterizado por apresentar infloresc?ncias axilares, s?sseis ou pedunculadas, com unidade parcial da infloresc?ncia reduzida a ?nica flor. As flores s?o s?sseis ou pediceladas, protegidas por uma br?ctea e duas bract?olas, bissexuadas, com (4?)5 t?palas, (4?)5 estames com filetes fundidos formando um tubo basal, livres acima do tubo e alternados com pseudo-estamin?dios. A ?ltima revis?o de Alternanthera para o Brasil foi elaborada para a Flora brasiliensis mais de 160 anos atr?s, justificando-se plenamente a nova revis?o proposta, que ? o principal objetivo desta tese. Os resultados obtidos encontram-se distribu?dos em quatro cap?tulos, que se seguem ap?s a Introdu??o. No Cap?tulo 1 ? apresentado o estudo morfol?gico das esp?cies de Alternanthera do Brasil, onde foram levantados 107 caracteres dos quais 99 foram considerado informativos e foram avaliados utilizando o Programa DeLTA. Como resultado, ? produzida uma descri??o dos ?rg?os vegetativos e florais de Alternanthera destacando os mais importantes para taxonomia do grupo, bem como uma discuss?o dos diferentes termos utilizados na morfologia do grupo. No Cap?tulo 2 ? apresentado o estudo do ?complexo Alternanthera brasiliana? composto por cinco esp?cies, atrav?s da abordagem de estat?stica explorat?ria. Como resultado foram reconhecidas apenas quatro esp?cies no grupo, com a proposta de sinonimiza??o de Alternanthera ramosissima em A. brasiliana. No Cap?tulo 3 ? inclu?do o texto original da nova esp?cie Alternanthera catingae, enviado para publica??o na revista Phytotaxa. No Cap?tulo 4 ? apresentada a revis?o das esp?cies brasileiras de Alternanthera realizada a partir da an?lise de mais de 1900 esp?cimes do g?nero, depositados em 19 herb?rios, com a utiliza??o do conceito tipol?gico de esp?cies. Al?m da metodologia tradicional utilizada em trabalhos de revis?o, foram utilizadas tamb?m ferramentas diferenciadas para an?lise e avalia??o das esp?cies que ocorrem no Brasil. Foram reconhecidas 35 esp?cies, das quais uma nova para a ci?ncia, A.catingae, seis sin?nimos de esp?cies cujos tipos s?o do p?is, e uma nova combina??o. O trabalho aqui apresentado se constitui um importante avan?o para o estudo das Amaranthaceae brasileiras, especialmente visando a flora do Brasil on line para 2020.

RESUMO – (O gênero Cestrum L. (Solanaceae) no Brasil extra-amazônico). O gênero Cestrum L. (Solanaceae) é exclusivamente americano e pertence à tribo Cestreae (Cestroideae). O Brasil extra-amazônico é formado pelos biomas Caatinga, Cerrado, Pampa, Pantanal e Mata Atlântica, sendo este último o bioma com a maior diversidade específica do gênero. A necessidade de uma revisão taxonômica para as espécies de Cestrum, ocorrentes nesta área, motivou a realização deste trabalho, visando o reconhecimento e identificação das mesmas. Para o Brasil extraamazônico são reconhecidas 25 espécies nativas de Cestrum, C. axillare Vell., C. bracteatum Link & Otto, C. corcovadense Miers, C. corymbosum Schltdl., C. euanthes Schltdl., C. gardneri Sendtn., C. intermedium Sendtn., C. latifolium Lam., C. mariquitense Kunth, C. martii Sendtn., C. obovatum Sendtn., C. parqui L’Hér., C. pedicellatum Sendtn., C. reflexum Sendtn., C. retrofractum Dunal, C. salzmannii Dunal, C. schlechtendalii G. Don, C. strictum Schott ex Sendtn., C. strigilatum Ruiz & Pav., C. subpulverulentum Mart., C. subumbellatum Vignoli-Silva & M. Nee, C. tenuifolium Francey, C. tubulosum Sendtn., C. velutinum Hiern e C. viminale Sendtn. As características do indumento, das nervuras secundárias das folhas, das pseudoestípulas, das inflorescências, dos hipsofilos, do cálice, da corola e dos grãos de pólen são relevantes para a identificação das espécies. São apresentadas chaves analíticas para as espécies nativas e duas cultivadas (C. diurnum L. e C. nocturnum L.), descrições para o gênero e para as espécies nativas, discussões sobre a morfologia das espécies, hábitat e distribuição geográfica, além de comentários, ilustrações e material examinado. São propostos 79 lectotipificações, quatro neotipificações, uma epitipificação, um nome novo e 57 novos sinônimos. Os dados sobre a revisão nomenclatural dos nomes de espécies citados para o Brasil extra-amazônico, assim como sobre a morfologia polínica de 23 espécies nativas são apresentados e discutidos detalhadamente. O estudo polínico permite concluir que os táxons estudados apresentam certa heterogeneidade polínica quanto à forma, aos atributos das aberturas e à ornamentação da sexina, o que possibilita identificar palinologicamente as espécies. / (The genus Cestrum L. (Solanaceae) in extra-Amazonian Brazil). The genus Cestrum L. (Solanaceae) occurs only in America and belongs to the tribe Cestreae (Cestroideae). The extra-Amazonian Brazil is formed by the biomas “Caatinga”, “Cerrado”, “Pampa”, “Pantanal” and “Mata Atlântica”, being this last the bioma with the biggest of specific Cestrum richness. The goal of this paper is to provide a taxonomic review that allows the recognition and identification of the extra-Amazonian Brazilian species. In this region, 25 native species are found: C. axillare Vell., C. bracteatum Link & Otto, C. corcovadense Miers, C. corymbosum 10 Schltdl., C. euanthes Schltdl., C. gardneri Sendtn., C. intermedium Sendtn., C. latifolium Lam., C. mariquitense Kunth, C. martii Sendtn., C. obovatum Sendtn., C. parqui L’Hér., C. pedicellatum Sendtn., C. reflexum Sendtn., C. retrofractum Dunal, C. salzmannii Dunal, C. schlechtendalii G. Don, C. strictum Schott ex Sendtn., C. strigilatum Ruiz & Pav., C. subpulverulentum Mart., C. subumbellatum Vignoli-Silva & M. Nee, C. tenuifolium Francey, C. tubulosum Sendtn., C. velutinum Hiern and C. viminale Sendtn Attributes of the indument, secondary veins of leaves, pseudostipules, inflorescences, hipsophylls, calyx, corolla and pollen grains are important for the identification. This study presents an analytical keys for native species and for two cultivated ones (C. diurnum L. and C. nocturnum L.), descriptions for the genus and the native species, discussion on the species morphology, habitat and geographic distribution, as well as commentaries, illustrations and a list of the examined material. are proposed 79 lectotypifications, four neotypifications, a epitypification, a new name and 57 new synonymous. The data about nomenclatural revision of the species names cited for extra-Amazonian Brazil, along with a pollinic morphology of 23 native species, is presented and discussed in detail. The polynic study confirm that the taxa presents some pollinic heterogeneity in the form, attributes of aperture and sexine ornamentation which can be used in the genus taxonomy.