On démontre dans le cas de caractéristique positive un lemme fondamental conjecturé par Jacquet et Mao pour le groupe métaplectique. On utilise les arguments de Bao Châu Ngô pour le lemme fondamental de Jacquet-Ye (B.C. Ngo, 1999) et une étude géométrique de l'extension métaplectique / We prove in the case of positive characteristic a fundamental lemma conjectured by Jacquet and Mao for the metaplectic group. We use the arguments of Bao Châu Ngô for Jacquet-Mao?s fundamental lemma (B.C. Ngo, 1999) and a geometric study of the metaplectic group

Cette thèse en algorithmique du texte étudie la compression, l'indexation et les requêtes sur un texte annoté. Un texte annoté est un texte sur lequel nous ajoutons des informations. Ce peut être par exemple une recombinaison V(D)J, un marqueur de globules blancs, où le texte est une séquence ADN et les annotations sont des noms de gènes. Le système immunitaire d'une personne se représente par un ensemble de recombinaisons V(D)J. Avec le séquençage à haut débit, on peut avoir accès à des millions de recombinaisons V(D)J qui sont stockées et doivent pouvoir être retrouvées et comparées rapidement.La première contribution de ce manuscrit est une méthode de compression d'un texte annoté qui repose sur le principe du stockage par références. Le texte est découpé en facteurs pointant vers les séquences annotées déjà connues. La seconde contribution propose deux index pour un texte annoté. Ils utilisent une transformée de Burrows-Wheeler indexant le texte ainsi qu'un Wavelet Tree stockant les annotations. Ces index permettent des requêtes efficaces sur le texte, les annotations ou les deux. Nous souhaitons à terme utiliser l'un de ces index pour indexer des recombinaisons V(D)J obtenues dans des services d'hématologie lors du diagnostic et du suivi de patients atteints de leucémie. / This thesis in text algorithm studies the compression, indexation and querying on a labeled text. A labeled text is a text to which we add information. For example: a V(D)J recombination, a marker for lymphocytes, where the text is a DNA sequence and the labels are the genes' names. A person's immune system can be represented with a set of V(D)J recombinations. With high-throughput sequencing, we have access to millions of V(D)J recombinations which are stored and need to be recovered and compared quickly.The first contribution of this manuscript is a compression method for a labeled text which uses the concept of storage by references. The text is divided into sections which point to pre-established labeled sequences. The second contribution offers two indexes for a labeled text. Both use a Burrows-Wheeler transform to index the text and a Wavelet Tree to index the labels. These indexes allow efficient queries on text, labels or both. We would like to use one of these indexes on V(D)J recombinations which are obtained with hematology services from the diagnostic or follow-up of patients suffering from leukemia.

Le calcul câblé d'une transformée de Fourier permet d'accélérer très fortement son calcul. Des applications militaires ont vu des solutions pour de faibles nombres d'échantillons et avec des précisions limitées. Repousser ces barrières demande de diminuer la surface d'implantation. Un grand nombre de cellules de calcul, les papillons, utilisant des opérateurs sériels et travaillant en parallèle permet d'obtenir une meilleure précision et une forte vitesse. Le surcroît en surface a été vérifié au cours d'une implantation présentée avec ses perspectives. Une solution multipuce impose le choix d'une architecture à deux niveaux, papillons sériels et bus de communication parallèles, dont l'un est privilégié au niveau taux d'utilisation et fréquence de travail. La précision est fonction de celles des données originales et du nombre d'étapes, donc d'échantillons. Des opérateurs à taille variable permettent de jouer sur la précision et la surface ou la vitesse selon le nombre de barettes de papillons implantées. Les paramètres des opérateurs optimisent l'architecture d'une transformée de Fourier pour une décomposition donnée de celle-ci. Les bases 2 et 4 sont les seules réellement utilisées pour la décomposition au niveau du calcul. L'estimation de la surface et du temps de calcul démontre un gain pour des solutions cablées pour les bases 8 et 12. Les transformées multidimensionnelles présentent un phénomène d'erreur plus faible, à nombre total d'échantillons égal, en raison du plus grand nombre de coefficients exponentiels simples. Celles-ci sont la cible des applications civiles à grand nombre d'échantillons, imagerie ou données dans l'espace. La méthode cristallographique en fait partie, avec en plus la présence de nombreux échantillons à valeur nulle. Ce qui amène à étudier l'erreur dans le cas des matices creuses, pour utiliser dans certains cas des circuits existants au delà de leurs applications originales. Ces différentes voies permettent d'envisager le développement d'architectures cablées pour les transformées de Fourier à grand nombre d'échantillons, particulièrement dans le cas de transformées multidimensionnelles.

L'étude des caractéristiques faciales a suscité l'intérêt croissant de la communauté scientifique et des industriels. En effet, ces caractéristiques véhiculent des informations non verbales qui jouent un rôle clé dans la communication entre les hommes. De plus, elles sont très utiles pour permettre une interaction entre l'homme et la machine. De ce fait, l'étude automatique des caractéristiques faciales constitue une tâche primordiale pour diverses applications telles que les interfaces homme-machine, la science du comportement, la pratique clinique et la surveillance de l'état du conducteur. Dans cette thèse, nous nous intéressons à la surveillance de l'état du conducteur à travers l'analyse de ses caractéristiques faciales. Cette problématique sollicite un intérêt universel causé par le nombre croissant des accidents routiers, dont une grande partie est provoquée par une dégradation de la vigilance du conducteur, connue sous le nom de l'hypovigilance. En effet, nous pouvons distinguer trois états d'hypovigilance. Le premier, et le plus critique, est la somnolence qui se manifeste par une incapacité à se maintenir éveillé et se caractérise par les périodes de micro-sommeil correspondant à des endormissements de 2 à 6 secondes. Le second est la fatigue qui se définit par la difficulté croissante à maintenir une tâche à terme et se caractérise par une augmentation du nombre de bâillements. Le troisième est l'inattention qui se produit lorsque l'attention est détournée de l'activité de conduite et se caractérise par le maintien de la pose de la tête en une direction autre que frontale. L'objectif de cette thèse est de concevoir des approches permettant de détecter l'hypovigilance chez le conducteur en analysant ses caractéristiques faciales. En premier lieu, nous avons proposé une approche dédiée à la détection de la somnolence à partir de l'identification des périodes de micro-sommeil à travers l'analyse des yeux. En second lieu, nous avons introduit une approche permettant de relever la fatigue à partir de l'analyse de la bouche afin de détecter les bâillements. Du fait qu'il n'existe aucune base de données publique dédiée à la détection de l'hypovigilance, nous avons acquis et annoté notre propre base de données représentant différents sujets simulant des états d'hypovigilance sous des conditions d'éclairage réelles afin d'évaluer les performances de ces deux approches. En troisième lieu, nous avons développé deux nouveaux estimateurs de la pose de la tête pour permettre à la fois de détecter l'inattention du conducteur et de déterminer son état, même quand ses caractéristiques faciales (yeux et bouche) ne peuvent être analysées suite à des positions non-frontales de la tête. Nous avons évalué ces deux estimateurs sur la base de données publique Pointing'04. Ensuite, nous avons acquis et annoté une base de données représentant la variation de la pose de la tête du conducteur pour valider nos estimateurs sous un environnement de conduite. / Studying facial features has attracted increasing attention in both academic and industrial communities. Indeed, these features convey nonverbal information that plays a key role in humancommunication. Moreover, they are very useful to allow human-machine interactions. Therefore, the automatic study of facial features is an important task for various applications includingrobotics, human-machine interfaces, behavioral science, clinical practice and monitoring driver state. In this thesis, we focus our attention on monitoring driver state through its facial features analysis. This problematic solicits a universal interest caused by the increasing number of road accidents, principally induced by deterioration in the driver vigilance level, known as hypovigilance. Indeed, we can distinguish three hypovigilance states. The first and most critical one is drowsiness, which is manifested by an inability to keep awake and it is characterized by microsleep intervals of 2-6 seconds. The second one is fatigue, which is defined by the increasing difficulty of maintaining a task and it is characterized by an important number of yawns. The third and last one is the inattention that occurs when the attention is diverted from the driving activity and it is characterized by maintaining the head pose in a non-frontal direction.The aim of this thesis is to propose facial features based approaches allowing to identify driver hypovigilance. The first approach was proposed to detect drowsiness by identifying microsleepintervals through eye state analysis. The second one was developed to identify fatigue by detecting yawning through mouth analysis. Since no public hypovigilance database is available,we have acquired and annotated our own database representing different subjects simulating hypovigilance under real lighting conditions to evaluate the performance of these two approaches. Next, we have developed two driver head pose estimation approaches to detect its inattention and also to determine its vigilance level even if the facial features (eyes and mouth) cannot be analyzed because of non-frontal head positions. We evaluated these two estimators on the public database Pointing'04. Then, we have acquired and annotated a driver head pose database to evaluate our estimators in real driving conditions.

L'identification et la quantification des espèces transmise aux cellules nerveuses lors des échanges moléculaires entre les neurones sous la forme de neurotransmetteurs nous permettent de mieux comprendre certains fonctionnements du cerveau et certaines maladies neurodégénératives. À son tour, cette compréhension nous permettrait à long terme d'améliorer la qualité de vie des patients souffrants de ces maladies. D'un autre côté, la composition des aliments sous la forme de valeurs nutritionnelles nous permet de mieux connaître l'effet de la consommation de ces aliments sur la santé afin d'éviter de graves complications. De plus, la connaissance de cette composition nous permet d'améliorer la qualité de ces produits. Pour extraire la composition et la concentration des neurotransmetteurs dans le cerveau ou les valeurs nutritionnelles des aliments, il faut développer des outils d'analyse chimique et moléculaire très précise et sélective. L'analyse chimique d'un échantillon biologique nécessite deux étapes : (1) l'échantillonnage du liquide biologique et (2) l'étude de la composition de l'échantillon. Cette dernière étape consiste à identifier/quantifier la composition moléculaire des échantillons et à caractériser les propriétés chimiques de ces derniers. Cette étape nécessite donc le développement des instruments et des algorithmes de détection moléculaire avancés qui permettent de déterminer les concentrations physiologiques des neurotransmetteurs et d'autres molécules biologiques. Dans cette étude, nous nous sommes intéressés aux neurotransmetteurs suivants : dopamine hydrochloride, acide L-ascorbique, acétylcholine chloride, y-aminobutyrique, glycine et acide L-glutamique et aux molécules de sucre, incluant le glucose, le fructose et le saccharose. Le choix de l'instrument à utiliser dépend de plusieurs critères, dont les caractéristiques de l'échantillon (viscosité, volume parmi d'autres). Dans le cadre de cette thèse de doctorat, nous examinons les performances de plusieurs méthodes et instruments de détection, soit l'électrochimie, la spectroscopie d'impédance et la spectroscopie UV/Visible et infrarouge (IR), pour la détection de différents types de molécules dans des échantillons aqueux. Par la suite, nous proposons une nouvelle approche d'analyse des échantillons aqueux basée sur la spectroscopie IR. Nous nous intéressons plus particulièrement au spectromètre microscope-FTIR qui nous permet d'effectuer des analyses spectroscopiques IR et de visualiser la distribution spatiale et moléculaire dans l'échantillon. Cependant, le spectromètre microscope-FTIR, dans sa configuration standard, ne permet pas l'analyse des échantillons aqueux à cause de la forte absorption des rayonnements IR par les molécules d'eau. Pour résoudre ce problème, nous avons proposé un nouveau système microfluidique de contrôle et de manipulation des liquides qui a été intégré au spectromètre microscope-FTIR pour analyser des échantillons aqueux. Le nouveau système proposé consiste en un module de réflexion, une couche hydrophobe et un module microfluidique. Le module de réflexion est maintenu à une température élevée pour l'évaporation rapide du solvant. La couche hydrophobe permet à son tour de confiner l'échantillon en un espace restreint pour avoir une distribution plus uniforme des molécules sur la surface du substrat. Ce nouveau système nous a permis d'identifier et de quantifier différents types de molécules tels que les neurotransmetteurs et les molécules de sucres, dont le glucose, le fructose et le saccharose. La limite de détection que nous avons pu atteindre avec notre système est de 10 µMolaire pour les neurotransmetteurs, de 3 mMolaire pour le glucose et le fructose et de 1 mMolaire pour le saccharose. En plus, nous avons proposé un nouvel algorithme pour une identification automatique des neurotransmetteurs par le microscope FTIR. À travers cet algorithme, nous avons pu identifier, dans des solutions synthétiques (homogènes et hétérogènes), les six neurotransmetteurs suivants : la dopamine hydrochloride, l'acide L-ascorbique, l'acétylcholine chloride, l'y-aminobutyrique, la glycine et l'acide L-glutamique. La précision de la détection du nouvel algorithme est de 75% à 100% pour les six neurotransmetteurs que nous avons étudiés dans 36 échantillons homogènes et 45 échantillons hétérogènes. / The identification and quantification of species transmitted/received by nerve during molecular exchanges between neurons in the form of neurotransmitters allow us to better understand certain brain functions and certain neurodegenerative diseases. This understanding helps us in the long term to improve the quality of life of patients suffering from these diseases. Also, the composition of foods and their nutritional values, allows us to better understand the effect of foods consumption on human health to avoid severe complications and to improve food quality. To extract the composition and concentration of neurotransmitters in the brain and concentration of sugar for example in foods, it is necessary to develop very precise and selective chemical and molecular analysis tools. Indeed, chemical analysis of a biological sample requires two steps: (1) sampling the biological fluid and (2) studying the composition of the sample. The second step consists of identifying / quantifying the molecular composition of the samples and characterizing the its chemical properties. Therefore, this step requires the development of advanced molecular detection instruments and algorithms that make it possible to determine the physiological concentrations of neurotransmitters and other biological molecules. In this study, we were interested in the following neurotransmitters: dopamine hydrochloride, L-ascorbic acid, acetylcholine chloride, y-aminobutyric, glycine and L-glutamic acid and in sugar molecules including glucose, fructose, and sucrose. The selection of the detection methods/instruments depends on several criteria such as the characteristics of the sample (viscosity, volume among others). In the context of this PhD thesis, we are investigating the performance of several detection methods/instruments such as electrochemistry, impedance spectroscopy and UV / Visible and infrared (IR) spectrometry, for the detection of different types of molecules in aqueous samples. Then, we propose a new chemical analysis approach of aqueous samples based on IR spectrometry. We are particularly interested to microscope-FTIR spectrometer which allows us to perform IR spectroscopic analysis and to visualize the spatial molecular distribution in the analyzed sample. However, the microscope-FTIR spectrometer, in its standard configuration, does not allow the analysis of aqueous samples due to the high absorption of IR radiation by water molecules. To address this problem, we proposed a new microfluidic system for liquid control and handling, which has been integrated with the microscope-FTIR spectrometer to analyze aqueous samples. The new proposed system consists of a reflection module, a hydrophobic layer, and a microfluidic system. The reflection module is heated in order to ensure rapid evaporation of the solvent. The hydrophobic layer allows the sample to be confined in a small area to ensure more uniform distribution of molecules on the surface of the substrate. This new system allowed us to identify and quantify different types of molecules such as neurotransmitters and sugar molecules. The reached detection limit with our system is 10 µM for neurotransmitters, 3 mM for glucose and fructose and 1 mM for sucrose. In addition, we proposed a new algorithm for automatic molecular identification by the FTIR microscope spectrometer. Using this algorithm, we were able to identify the following six neurotransmitters: dopamine hydrochloride, L-ascorbic acid, acetylcholine chloride, y-aminobutyric, glycine and L-glutamic acid, in synthetic solutions (homogeneous and heterogeneous). Finally, the detection accuracy of the new algorithm is 75% to 100% for the six neurotransmitters we studied, in 36 homogeneous and 45 heterogeneous samples.

La spectrométrie est utilisée pour étudier la composition chimique de la matière. Elle aide les chercheurs à étudier et comprendre tout ce qui nous entoure. Plusieurs technologies de spectrométrie sont offertes sur le marché, mais elles ne permettent d’effectuer des mesures que sur un échantillon à la fois. Si un chercheur souhaite comparer l’évolution de plusieurs échantillons sur un temps donné dans un environnement précis, aucune technologie offerte présentement sur le marché ne le permet. L’accessoire développé dans le cadre de ce projet de maîtrise a comme objectif d’ajouter un paramètre dimensionnel à la spectrométrie infrarouge à transformée de Fourier (FTIR). Une fente déplacée linéairement sous un cristal à réflectance totale atténuée (ATR) permet de sélectionner précisément la région de l’échantillon à mesurer. L’accessoire complètement automatisé offre une solution compacte, rapide et abordable pour faire des mesures complexes en spectrométrie. Le prototype de l’accessoire a été développé durant ce projet de maîtrise. Ses performances, notamment en ce qui concerne la précision du positionnement de la fente, sont analysées et optimisées. Une simulation du parcours de la lumière dans le cristal ATR permet de reproduire et de comprendre les premières mesures effectuées avec l’accessoire. Elle permet également de définir la précision requise pour soutirer les performances optimales du cristal ATR utilisé. Des recommandations découlant de l’analyse des premières mesures et de la simulation seront prises en compte pour l’optimisation future de l’accessoire. / Spectrometry is used to study the chemical composition of matter. It helps researchers study and understand everything around us. Several spectrometry technologies are available on the market, but they only allow measurements to be taken on one sample at a time. If a researcher wishes to compare the evolution of several samples over a given time in a specific environment, no technology currently available on the market allows it.The accessory developed as part of this master’s project aims to add a dimensional parameter to Fourier transform infrared spectrometry (FTIR). A linearly displaced rectangular aperture placed under an attenuated total reflectance (ATR) crystal allows precise selection of the region of the sample to be measured. The fully automated accessory offers a compact, fast and affordable solution for making complex spectrometry measurements. The accessory prototype was developed during this master’s project. Its performances, in particular regarding the precision of the positioning of the aperture, is analyzed and optimized. A simulation of the path of light in theATR crystal makes it possible to reproduce and understand the first measurements made with the accessory. Italso makes it possible to define the precision required to extract optimum use of the ATR crystal used. Recommendations from the analysis of the first measurements and the simulation will be taken into account forfuture optimization of the accessory

Titre de l'écran-titre (visionné le 23 janvier 2024) / Un vidéo en mp4 montrant une interprétation à trois dimensions unique de NGC6888 révélant une coquille hautement inhomogène et des structures asymétriques. / Les vents des étoiles massives jouent un rôle majeur dans l'enrichissement du milieu interstellaire. L'étoile Wolf-Rayet WR136 a traversé au cours de sa vie plusieurs périodes de forte perte de masse, qui ont poussé des quantités notables de matière de sa surface jusqu'à la bulle qui l'entoure : NGC6888. Cette nébuleuse, aussi appelée la nébuleuse du Croissant, résulte de l'interaction entre les vents rapides actuels de l'étoile WR et le matériel éjecté pendant sa phase précédente de supergéante rouge ou de lumineuse bleue variable. Ce travail présente les données hyperspectrales de NGC6888 acquises par le spectromètre imageur à transformée de Fourier SITELLE (au télescope Canada-France-Hawaï), qui en permettent l'analyse spatiale et spectrale. Les sept cubes de données répartis sur deux champs de vue couvrent la majeure partie de la nébuleuse avec une résolution spectrale allant jusqu'à 3000, ce qui permet une description spatiale sans précédent de caractéristiques comme la température et la densité électronique, la cinématique et la morphologie. Le doublet de soufre décrit de basses densités électroniques plus faibles que 400 cm⁻³ alors que les raies aurorales [Nɪɪ]λ5755 et [Oɪɪɪ]λ4363 nous permettent de calculer des températures électroniques de 7000 et de plus de 20 000K respectivement, qui montrent encore ici la stratification entre les deux coquilles. Le champ de correction de l'extinction interstellaire sur toute la nébuleuse est déterminé pour la première fois. Les résultats incluent également une analyse en plusieurs couches de la cinématique de la bulle avec des vitesses d'expansion allant jusqu'à un minimum de 75 km s⁻¹ pour la bulle intérieure, filamenteuse et dominée par des émissions en Hα. La coquille extérieure, plus lisse et dominée par le doublet de [Oɪɪɪ]λλ4959,5007 montre plutôt des vitesses d'expansion allant jusqu'à 80 km s⁻¹. Une interprétation à trois dimensions unique de NGC6888 révèle une coquille hautement inhomogène et des structures asymétriques. / The study of nebulae around WR stars can hint us about the mass-loss history of massive stars and about the enrichment of the interstellar medium (ISM). We have observed the southwestern and northern part of the wind-blown bubble NGC6888, a Wolf-Rayet (WR) nebula using the imaging Fourier transform spectrometer SITELLE at the Canada-France-Hawaii Telescope. The observations consist of a total of 7 multispectral cubes covering two fields of view of 11 x 11 arcminutes². This gives an optical overview of NGC6888 allowing the investigation of the spatial and spectral variations of more than 23 characteristic visible lines with a resolution reaching up to 3000. Results include a multi-layered bubble's kinematics analysis with expansion velocities up to 75 km s⁻¹ for the inside bubble, clumpy and dominated in emission by the Hα line. The outside bubble, much smoother and dominated by the [O ɪɪɪ] line doublet shows expanstion velocities up to 80 km s⁻¹. The sulfur doublet [S ɪɪ]λλ6716,6731 describes tenuous electronic densities smaller than 400 cm⁻³ while other faint and auroral lines including [N ɪɪ]λ5755 and [O ɪɪɪ]λ4363 lead to electronic temperatures of approximately 7000 and up to 20 000 K respectively, which is coherent with the values in the literature but shows an evident stratification between the tow shells. A three-dimentional data interpretation reveals an inhomogeneous and asymetrical shell.

Ce mémoire sur le spectromètre imageur à transformée de Fourier SpIOMM développé pour l'observatoire du Mont Mégantic a pour but de valider les résultats astronomiques obtenus avec l'instrument. D'une part, un outil de simulation a été développé pour étudier les erreurs expérimentales et leurs effets sur les données. D'autre part, un cube de données de 328 images de la nébuleuse planétaire NGC 6853 (M27) obtenu à l'été 2004 a été comparé aux publications antérieures relatives à cet objet. Nous établissons une carte spectrale complète pour M27 avec une résolution de 175cm"1 (R=80 à 656 nm). Tant en imagerie qu'en spectroscopie, les données sont de bonne qualité, malgré la présence de certaines aberrations. Nos images se comparent à celles du VLT et une image inédite de l'émission centrale de la raie de Hell est présentée. Nos spectres sont en bon accord avec ceux déjà publiés. / This essay on the imaging Fourier transform spectrometer SpIOMM designed for the Mont Mégantic Observatory has the purpose of demonstrating the validity of the astronomical data collected with the instrument. On one hand, a simulation tool was developed to study the experimental errors and their effect on the spectra. On the other hand, a data cube of 328 images of the planetary nebulae NGC 6853 (M27) was compared to previous publications relative to this object. We establish for M27 a complete spectral map having a resolution of 175cm"1 (R=80 at 656 nm). The astronomical data is of good quality, both in imagery and spectroscopy, in spite of certain peculiarities. Our images compare to the one obtained with the VLT and an unprecedented image of the central Hell emission is presented. Note that our spectra are in good agreement with those published in the past.

Lors de l'été 2005, une équipe de scientifique du centre de recherche et développement pour la Défense Canada (division de Valcartier) a effectuée des essais à l'aide d'un prototype de spectromètre imageur aéroporté. Un échantillon varié de cibles a été utilisé, dont une série d'explosion au sol. Le but de ce mémoire est de déterminer la possibilité, uniquement fondé sur les données recueillies par le spectromètre, d'identifier les différents types d'explosifs ayant été détonnés et mesurés, et ainsi généraliser que ce prototype puisse être utilisé à des fins appliquées aux explosifs. Afin de répondre à ce but, le mémoire aborde premièrement les principes fondamentaux du spectromètre dont il est question, et explique les caractéristiques de fonctionnement de l'instrument, se penchant aussi sur ses limites, ses paramètres et ses possibilités d'exploitation. On traite ensuite de la mise en œuvre des essais et de quelle façon les données ont été recueillies, suivi d'un développement détaillé des manipulations qu'ont subit les données afin de pouvoir être analysées aisément. Finalement, on termine avec l'interprétation des données, permettant ainsi de conclure si un potentiel d'application existe pour un tel instrument, quant aux explosifs en général. / During the summer of 2005, a scientific team of the Defence Research and Development, Canada Centre (Valcartier Division) has carried out a series of tests using an airborn imaging spectrometer prototype. A great sample of tragets was used, including a series of ground explosions. The aim of this thesis is to determine the possibility, only based on the data acquired by the spectrometer, of identifying the different types of explosives detonated and measured, thus generalizing that this prototype can be applied to explosive purposes. In order to meet this goal, the thesis tackles first of ail the fundamental principals of the spectrometer at hand, and examines the operating characteristics of the instrument, explaining also its limits, parameters and utilization possibilities. We then discuss the tests coordination and by what means the data was collected, followed by a detailed appreciation of the manipulation the data has undergone in order to be easily analyzed. The thesis ends with the data interpretation, thus enabling to conclude an application potential of the instrument with regards to explosives in general.

Ce travail s’inscrit dans le cadre du développement d’une médecine davantage personnalisée et préventive, pour laquelle la fusion d’informations multi modale et de différentes représentations d'une même modalité sont nécessaires afin d'aboutir à une quantification fiable des images médicales en oncologie. Dans cette étude nous présentons deux applications de traitement et d'analyse des images médicales: le débruitage des images TEP et la détermination des volumes anatomo-fonctionnels des tumeurs en imagerie multi modale TEP/TDM. Pour le débruitage des images TEP, nous avons mis en place une approche intitulée "WCD" permettant de bénéficier des caractéristiques complémentaires de la transformée en ondelettes et la transformée en Curvelets afin de mieux représenter les structures isotropiques et anisotropiques dans ces images, ce qui permet de réduire le bruit tout en minimisant les pertes d'informations utiles dans les images TEP. En ce qui concerne la deuxième application, nous avons proposé une méthode de segmentationTEP/TDM intitulée "WCHMT" permettant d'exploiter la spécificité des arbres de Markov caché de prendre en compte les dépendances statistiques entre l’ensemble des données. Ce modèle permet de gérer simultanément les propriétés complémentaires de l’imagerie fonctionnelle et l’imagerie morphologique dans un cadre unifié où les données sont représentées dans le domaine des Contourlets. Le débruitage en TEP a abouti à une hausse significative du rapport signal sur-bruit (SNR) en garantissant la moindre variation de l'intensité et du contraste local. Quant à la segmentation multimodale TEP/TDM, elle a démontré une bonne précision lors de la détermination du volume tumoral en terme du coefficient de Dice (DSC) avec le meilleur compromis entre la sensibilité (SE) et la valeur prédictive positive (PPV) par rapport à la vérité terrain. / This thesis is a part of the development of more personalized and preventive medicine, for which a fusion of multi modal information and diverse representations of the same modality is needed in order to get accurate and reliable quantification of medical images in oncology. In this study we present two applications for image processing analysis: PET denoising and multimodal PET/CT tumor segmentation. The PET filtering approach called "WCD" take benefit from the complementary features of the wavelet and Curvelets transforms in order to better represent isotropic and anisotropic structures in PET images. This algorithm allows the reduction of the noise while minimizing the loss of useful information in PET images. The PET/CT tumor segmentation application is performed through a Markov model as a probabilistic quadtree graph namely a Hidden Markov Tree (HMT).Our motivation for using such a model is to provide fast computation, improved robustness and an effective interpretational framework for image analysis on oncology. Thanks to two efficient aspects (multi observation and multi resolution), when dealing with Hidden Markov Tree (HMT), we exploit joint statistical dependencies between hidden states to handle the whole data stack. This model called "WCHMT" take advantage of the high resolution of the anatomic imaging (CT) and the high contrast of the functional imaging (PET). The denoising approach led to the best trade-off between denoising quality and structure preservation with the least quantitative bias in absolute intensity recovery. PET/CT segmentation's results performed with WCHMT method has proven a reliable segmentation when providing high Dice Similarity Coeffcient (DSC) with the best trade-off between sensitivity (SE) and positive predictive value (PPV).