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Analytical strategies for the comprehensive profiling of histone post translational modifications by mass spectrometry and implications for functional analyses

Drogaris, Paul 11 1900 (has links)
Le long bio-polymère d'ADN est condensé à l’intérieur du noyau des cellules eukaryotes à l'aide de petites protéines appelées histones. En plus de leurs fonctions condensatrices,ces histones sont également la cible de nombreuses modifications post-traductionnelles(MPT), particulièrement au niveau de leur section N-terminale. Ces modifications réversibles font partie d’un code d’histones épi-génétique transmissible qui orchestre et module dynamiquement certains événements impliquant la chromatine, tels l’activation et la désactivation de gènes ainsi que la duplication et la réparation d’ADN. Ces modifications sont impliquées subséquemment dans la signalisation et la progression de cancers, tels que la leucémie. En conséquence, l'élucidation des modifications d’histones est importante pour comprendre leurs fonctions biologiques. Une méthodologie analytique a été mise au point en laboratoire pour isoler, détecter, et quantifier les MPT d’histones en utilisant une approche rapide à deux volets à l’aide d’outils bioinformatiques spécialisés. La méthodologie développée en laboratoire a été validée en utilisant des histones de souche sauvage ainsi que deux types d’histones mutants déficients en enzymes acétyltransferase. Des trois sources d’histones utilisées, la seule MPT qui a démontré un changement significatif est l’acétylation de l’histone H3 à lysine 56 (H3K56ac). L’expression et la stoechiométrie de cette MPT, issue de cellules de souche sauvage et de cellules mutantes, ont été déterminées avec précision et comparées. Les fonctions de balayage polyvalentes d'un instrument à trappe ionique quadrupôle linéaire hybride ont été utilisées pour améliorer la détection de protéines intactes. Le mode de balayage « enhanced multiply charged » (EMC) a été modifié pour contenir et détecter les ions de protéines intactes situées dans la trappe ionique linéaire. Ce mode de balayage nommé « targeted EMC » (tEMC) a permis de quadrupler le niveau de sensibilité (signal/interférence), et quintupler la résolution du mode de balayage conventionnel. De plus, la capacité de séparation des charges du tEMC a réduit de façon significative les effets de « space charge » dans la trappe ionique linéaire. La résolution supérieure du mode tEMC a permis de différencier plusieurs isoformes modifiées, particulièrement pour l’histone H3. L’analyse des peptides d’histones trypsiques à l’aide du mode de balayage « MRM » a permis le séquençage et la quantification de MPT avec un haut degré de précision. La seule MPT qui était sous-exprimée entre l’histone de souche sauvage et le mutant DOT1L fut la méthylation de l’histone H3 lysine 79(H3K79me1). Les effets de deux inhibiteurs d’enzymes HDAC (HDACi) sur l’expression de MPT d’histone ont été évalués en utilisant la méthodologie analytique mentionnée. Les histones extraites de cellules normales et cancéreuses ont été exposées à du Vorinostat(SAHA) ou du Entinostat (MS-275) pour une période de 24 à 72 heures. Deux histones furent principalement affectées, soit H3 et H4. Étonnamment, les mêmes effets n'ont pas été détectés lorsque les cellules normales ont été traitées avec le HDACi pour une période de 48 à 72 heures. Une méthode absolue de quantification avec une courbe d’étalonnage a été développée pour le peptide H3K56ac. Contrairement à certaines publications, nos résultats démontrent que cette MPT est présente dans les cellules mammifères avec une stoechiométrie très basse (< 0,1%) et n'est pas surexprimée de façon significative après le traitement au HDACi. / In eukaryotic cells, the lengthy DNA biopolymer is condensed into the cell nucleus with the aid of small packaging proteins called histones. In addition to their packing functions,histones are also targets of numerous post translational modifications (PTMs), especially on their N-terminus. These reversible modifications are believed to be constituents of a heritable epigenetic “histone code” that dynamically orchestrate and modulate chromatin based events such as gene activation and silencing, DNA replication and repair, and are also involved in the downstream signaling and progression of cancers, such as leukemia. Thus, the elucidation of histone PTMs is important in understanding their biological function. An analytical workflow was designed and set-up in the laboratory to isolate, detect, and quantitate histone PTM, using a two-pronged, unbiased, and rapid approach with specialized bioinformatic tools. The workflow was validated using histones from wildtype, and 2 mutants deficient in acetyltransferase activity. Between the three histone sources, the only PTM that demonstrated any change was acetylation at histone H3 lysine 56 (H3K56ac). The down-regulation and stoichiometry of this PTM was accurately assessed between wild-type and mutant cells. The versatile scan functions of a hybrid quadrupole-linear ion trap instrument were exploited to enhance the detection of intact histone proteins. The enhanced multiply charged (EMC) scan was modified in order to contain and detect intact protein ions within the linear ion trap. This targeted EMC (or tEMC) resulted in not only a 4-fold increase in signal-to-noise, but also a 5-fold increase in resolution. Furthermore, the charge separation capability of the tEMC dramatically reduced space charge effects within the linear ion trap. The superior resolution of the tEMC mode allowed for the discimination of many modified histone isoforms, especially for histone H3. Using the bottom-up strategy with multiple reaction monitoring (MRM), histone peptides were quantified and sequenced with a high degree of precision. The only PTM that was down-regulated between wild-type and DOT1L mutant histones was methylation at histone H3 lysine 79 (H3K79me1). The effects of two clinically relevant small molecule HDAC inhibitors (HDACi) on histone PTMs patterns were assessed using the analytical workflow developed. Histones derived from both normal and cancer cells were exposed to either Vorinostat (SAHA) or Entinostat (MS-275) over a 24- to 72 hour period. The two core histones primarily affected were H3 and H4. Surprisingly, the same effects were not observed when normal cells were treated with three doses of SAHA at 24-hour intervals over a 72-hour period. An absolute quantitation method using a calibration curve was developed for H3K56ac. In opposition to other published literature, our findings demonstrate that this PTM is present in very low stoichiometry (< 0.1%) in mammalian cells, and exhibits no significant up-regulation in different cell lines treated with several types of HDACi.
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Analytical strategies for the comprehensive profiling of histone post translational modifications by mass spectrometry and implications for functional analyses

Drogaris, Paul 11 1900 (has links)
Le long bio-polymère d'ADN est condensé à l’intérieur du noyau des cellules eukaryotes à l'aide de petites protéines appelées histones. En plus de leurs fonctions condensatrices,ces histones sont également la cible de nombreuses modifications post-traductionnelles(MPT), particulièrement au niveau de leur section N-terminale. Ces modifications réversibles font partie d’un code d’histones épi-génétique transmissible qui orchestre et module dynamiquement certains événements impliquant la chromatine, tels l’activation et la désactivation de gènes ainsi que la duplication et la réparation d’ADN. Ces modifications sont impliquées subséquemment dans la signalisation et la progression de cancers, tels que la leucémie. En conséquence, l'élucidation des modifications d’histones est importante pour comprendre leurs fonctions biologiques. Une méthodologie analytique a été mise au point en laboratoire pour isoler, détecter, et quantifier les MPT d’histones en utilisant une approche rapide à deux volets à l’aide d’outils bioinformatiques spécialisés. La méthodologie développée en laboratoire a été validée en utilisant des histones de souche sauvage ainsi que deux types d’histones mutants déficients en enzymes acétyltransferase. Des trois sources d’histones utilisées, la seule MPT qui a démontré un changement significatif est l’acétylation de l’histone H3 à lysine 56 (H3K56ac). L’expression et la stoechiométrie de cette MPT, issue de cellules de souche sauvage et de cellules mutantes, ont été déterminées avec précision et comparées. Les fonctions de balayage polyvalentes d'un instrument à trappe ionique quadrupôle linéaire hybride ont été utilisées pour améliorer la détection de protéines intactes. Le mode de balayage « enhanced multiply charged » (EMC) a été modifié pour contenir et détecter les ions de protéines intactes situées dans la trappe ionique linéaire. Ce mode de balayage nommé « targeted EMC » (tEMC) a permis de quadrupler le niveau de sensibilité (signal/interférence), et quintupler la résolution du mode de balayage conventionnel. De plus, la capacité de séparation des charges du tEMC a réduit de façon significative les effets de « space charge » dans la trappe ionique linéaire. La résolution supérieure du mode tEMC a permis de différencier plusieurs isoformes modifiées, particulièrement pour l’histone H3. L’analyse des peptides d’histones trypsiques à l’aide du mode de balayage « MRM » a permis le séquençage et la quantification de MPT avec un haut degré de précision. La seule MPT qui était sous-exprimée entre l’histone de souche sauvage et le mutant DOT1L fut la méthylation de l’histone H3 lysine 79(H3K79me1). Les effets de deux inhibiteurs d’enzymes HDAC (HDACi) sur l’expression de MPT d’histone ont été évalués en utilisant la méthodologie analytique mentionnée. Les histones extraites de cellules normales et cancéreuses ont été exposées à du Vorinostat(SAHA) ou du Entinostat (MS-275) pour une période de 24 à 72 heures. Deux histones furent principalement affectées, soit H3 et H4. Étonnamment, les mêmes effets n'ont pas été détectés lorsque les cellules normales ont été traitées avec le HDACi pour une période de 48 à 72 heures. Une méthode absolue de quantification avec une courbe d’étalonnage a été développée pour le peptide H3K56ac. Contrairement à certaines publications, nos résultats démontrent que cette MPT est présente dans les cellules mammifères avec une stoechiométrie très basse (< 0,1%) et n'est pas surexprimée de façon significative après le traitement au HDACi. / In eukaryotic cells, the lengthy DNA biopolymer is condensed into the cell nucleus with the aid of small packaging proteins called histones. In addition to their packing functions,histones are also targets of numerous post translational modifications (PTMs), especially on their N-terminus. These reversible modifications are believed to be constituents of a heritable epigenetic “histone code” that dynamically orchestrate and modulate chromatin based events such as gene activation and silencing, DNA replication and repair, and are also involved in the downstream signaling and progression of cancers, such as leukemia. Thus, the elucidation of histone PTMs is important in understanding their biological function. An analytical workflow was designed and set-up in the laboratory to isolate, detect, and quantitate histone PTM, using a two-pronged, unbiased, and rapid approach with specialized bioinformatic tools. The workflow was validated using histones from wildtype, and 2 mutants deficient in acetyltransferase activity. Between the three histone sources, the only PTM that demonstrated any change was acetylation at histone H3 lysine 56 (H3K56ac). The down-regulation and stoichiometry of this PTM was accurately assessed between wild-type and mutant cells. The versatile scan functions of a hybrid quadrupole-linear ion trap instrument were exploited to enhance the detection of intact histone proteins. The enhanced multiply charged (EMC) scan was modified in order to contain and detect intact protein ions within the linear ion trap. This targeted EMC (or tEMC) resulted in not only a 4-fold increase in signal-to-noise, but also a 5-fold increase in resolution. Furthermore, the charge separation capability of the tEMC dramatically reduced space charge effects within the linear ion trap. The superior resolution of the tEMC mode allowed for the discimination of many modified histone isoforms, especially for histone H3. Using the bottom-up strategy with multiple reaction monitoring (MRM), histone peptides were quantified and sequenced with a high degree of precision. The only PTM that was down-regulated between wild-type and DOT1L mutant histones was methylation at histone H3 lysine 79 (H3K79me1). The effects of two clinically relevant small molecule HDAC inhibitors (HDACi) on histone PTMs patterns were assessed using the analytical workflow developed. Histones derived from both normal and cancer cells were exposed to either Vorinostat (SAHA) or Entinostat (MS-275) over a 24- to 72 hour period. The two core histones primarily affected were H3 and H4. Surprisingly, the same effects were not observed when normal cells were treated with three doses of SAHA at 24-hour intervals over a 72-hour period. An absolute quantitation method using a calibration curve was developed for H3K56ac. In opposition to other published literature, our findings demonstrate that this PTM is present in very low stoichiometry (< 0.1%) in mammalian cells, and exhibits no significant up-regulation in different cell lines treated with several types of HDACi.
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Comparative Surface Tension Predictions via Grand Canonical Transition Matrix Monte Carlo Simulation

Long, Garrett Earle 02 August 2018 (has links)
No description available.
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Essais sur des questions internationales en économie des ressources naturelles

Keutiben Njopmouo, Octave 07 1900 (has links)
Cette thèse s'articule autour de trois essais portant sur des questions internationales en économie des ressources naturelles. Le premier essai examine la production et l'échange des ressources non-renouvelables dans un modèle spatial et souligne le rôle de la superficie des pays et du coût des transports dans la détermination du sens de l'échange. Le deuxième essai considère le tarif d'extraction de la rente de rareté liée aux ressources naturelles non-renouvelables avec le modèle spatial développé dans premier essai. Le cadre spatial (plus général) permet de représenter des pays qui sont à la fois importateurs et producteurs de la ressource, ce qui n'est pas possible dans les modèles traditionnels de commerce international où les pays sont traités comme des points (sans dimension). Le troisième essai aborde la question des droits de propriétés sur les zones maritimes et examine l'allocation d'une population de pêcheurs entre les activités productives et non-productives dans une communauté côtière. Le premier chapitre propose un modèle spatial de commerce international des ressources non-renouvelables. Le cadre spatial considère explicitement la différence de taille géographique (superficie) entre les pays et permet ainsi de tenir compte du fait que les gisements naturels et leurs utilisateurs soient dispersés dans l'espace, même à l'intérieur d'un pays. En utilisant un modèle spatial à la Hotelling, nous examinons l'évolution dans le temps du sens de l'échange entre deux pays (ou régions) qui diffèrent du point de vue de leur technologie de production, de leur superficie et de leur dotation en gisement d'une ressource naturelle non-renouvelable. Le chapitre met en évidence le rôle de la taille géographique dans la détermination du sens de l'échange, à côté des explications traditionnelles que sont l'avantage comparatif et les dotations des facteurs. Notre analyse est fondamentalement différente des autres contributions dans la littérature sur le commerce international des ressources naturelles parce qu'elle souligne l'importance de la taille géographique et du coût de transport par rapport à d'autres facteurs dans la détermination des flux de ressource à l'équilibre. Le coût unitaire de transport joue un rôle capital pour déterminer si la différence de superficie entre les pays influence le sens de l'échange à l'équilibre plus que les autres facteurs. Le chapitre discute aussi du caractère régional des échanges qui a été observé pour certaines ressources telles que le minerai de fer et la bauxite. Le chapitre deux aborde la question de la répartition de la rente de rareté liée aux ressources naturelles non-renouvelables entre les pays producteurs et les pays consommateurs. Cette question a été abordée dans la littérature sous une hypothèse quelque peu restrictive. En effet, dans la plupart des travaux portant sur ce sujet le pays importateur est automatiquement considéré comme dépourvu de gisement et donc non producteur de la ressource. Pourtant la réalité est qu'il existe des ressources pour lesquelles un pays est à la fois producteur et importateur. Le cadre d'analyse de ce second essai est le modèle spatial développé dans le premier essai, qui permet justement qu'un pays puisse être à la fois importateur et producteur de la ressource. Le pays importateur détermine alors simultanément le tarif optimal et le taux d'extraction de son propre stock. Nous montrons que le tarif optimal croît au taux d'intérêt et de ce fait, ne crée aucune distorsion sur le sentier d'extraction de la ressource. Le tarif optimal permet de récupérer toute la rente lorsque le pays exportateur ne consomme pas la ressource. Néanmoins, la possibilité pour le pays exportateur de consommer une partie de son stock limite la capacité du pays importateur à récupérer la rente chez le pays exportateur. La présence de gisements de la ressource dans le pays importateur réduit la rente du pays exportateur et de ce fait renforce la capacité du pays importateur à récupérer la rente chez le pays exportateur. Le tarif initial est une fonction décroissante du stock de ressource dans le pays importateur. Cet essai aborde également la question de la cohérence dynamique du tarif obtenu avec la stratégie en boucle ouverte. Le troisième chapitre examine un problème d'allocation de l'effort entre les activités productives (par exemple la pêche) et les activités non productives (par exemple la piraterie maritime) dans une population de pêcheurs. La répartition de la population entre les activités de pêche et la piraterie est déterminée de façon endogène comme une conséquence du choix d'occupation. Nous établissons l'existence d'une multiplicité d'équilibres et mettons en évidence la possibilité d'une trappe de piraterie, c'est-à-dire un équilibre stable où une partie de la population est engagée dans les actes de piraterie. Le modèle permet d'expliquer l'augmentation significative des attaques de piraterie dans le Golfe d'Aden au cours des dernières années. Le chapitre discute aussi des différents mécanismes pour combattre la piraterie et souligne le rôle crucial des droits de propriété. / This thesis consists of three essays on international issues in natural resource economics. The first essay proposes a spatial model of trade in exhaustible resources and emphasizes the role of geographical size and transport costs in the determination of trade patterns. The second essay considers the rent-extracting tariff in a spatial (more general) framework in which the importing country can be simultaneously a producer and an importer of the resource, a feature which is not possible in the traditional trade model, where countries are assumed dimensionless. The third essay tackles the issue of property rights in maritime zones and examines the allocation of a population of fishermen between productive and unproductive activities in a coastal community. The first chapter proposes a model of trade in exhaustible resources that explicitly accounts for the fact that countries have different geographical sizes while resource sites and their users are spatially distributed, even within a country. Using a spatial model à la Hotelling, we examine the evolution over time of the pattern of trade between two countries (or regions) which differ in terms of their technology, their geographical size, and their endowment of some nonrenewable natural resource. The model emphasizes the importance of geographical size in determining trade patterns besides the traditional explanations of comparative advantage and factor endowments. Indeed, three forces influence the direction of international trade in the presence of transport costs. The analysis fundamentally differs from other contributions in the natural resource literature because it emphasizes the importance of geographical size and of transport cost relative to other factors in the determination of the equilibrium resource flows. The unit cost of transport is shown to play a decisive role in determining whether the international asymmetry in terms of geographical sizes of countries has a greater influence than other factors on the equilibrium pattern of trade. The chapter also discusses the regional character of trade which has been observed for some resources such as iron ore and bauxite. Most findings in the literature on tariff and exhaustible resources have been derived under a serious abstraction. Indeed, virtually all contributions on that issue have assumed that no stocks of the resource are available within the importing country's borders and therefore the importing country is not itself a producer. Reality is in fact quite different: there are many instances of countries that are simultaneously importers and producers of a natural resource. The second chapter makes use of the spatial trade model of chapter one to depart from the usual assumption and allow the importing country to have access to a stock of the resource of its own and to determine simultaneously the optimal tariff and the rate of depletion of its own stock. The optimal tariff is shown to increase at the rate of interest and is therefore nondistortionary. Moreover, the optimal tariff captures all the rent if the exporting country gets no utility from consuming the resource. Allowing the exporting country to consume the resource restricts the ability of the importer to capture all of the foreign rent. The presence of resource deposits in the importing country reduces the available rent to foreign producers and, in essence, reinforces the ability of the importer to capture the foreign rent. In effect, the initial tariff is shown to be a decreasing function of the initial resource stock in the importing country. The essay also discusses the time consistency of the open-loop tariff. The third chapter examines how agents in a coastal community allocate effort between productive (fishing) and unproductive (piracy) activities. The allocation of population between fishing activity and piracy attacks is determined endogenously as a consequence of the occupation choice. We prove the existence of multiple equilibria and emphasize the possibility of a piracy trap, that is a steady state equilibrium where part of the population is engaged in piracy acts. The chapter offers an explanation for the significant increase in piracy attacks in the Gulf of Aden in the recent years. The chapter also discusses different schemes in combating piracy and highlights the crucial role of property rights.
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Essays on exchange rate policies and monetary integration / Essais sur les politiques de change et l’intégration monétaire

Sangare, Ibrahima 14 December 2015 (has links)
Cette thèse étudie le choix des régimes de change dans des contextes économiques particuliers. La première partie (Chapitres 1 et 2) considère le cas des petits pays dont les dettes sont libellées en monnaies étrangères et celui d’une région constituée de tels petits pays lorsqu’il existe une similitude dans la composition des paniers définissant leurs taux de change effectifs. La deuxième partie de la thèse (Chapitres 3 et 4) se penche sur la considération des différents régimes de change dans le contexte monétaire de trappe à liquidité comparativement à un environnement monétaire traditionnel. En se basant sur une modélisation théorique de type DSGE, l’économétrie bayésienne et des données de panel, la thèse utilise principalement l’analyse des fonctions de réponses, de bien-être et de désalignements monétaires comme critères de comparaison de plusieurs régimes monétaires alternatifs. Les principaux enseignements de cette thèse se résument ainsi. Le change flexible semble être le meilleur régime pour des petites économies ouvertes comme ceux de l’Asie du Sud-Est. Au niveau régional, il est montré le ciblage effectif conduit à une stabilité des taux de change bilatéraux de la région, une sorte de fixité des taux de change qui ressemblerait à une zone monétaire de facto. Dans le contexte monétaire de trappe à liquidité, on trouve que,contrairement à la croyance commune lors la crise de la zone euro, l’union monétaire est plus performante que des politiques nationales de change flexible. Seule une intervention sur le taux de change nominal pourrait permettre au régime de change indépendant de dominer l’union monétaire. A travers une analyse théorique et empirique de l’effet de la trappe à liquidité sur l’ampleur des désalignements monétaires, il est aussi montré que la contrainte ZLB tend à réduire le désalignement monétaire dans une union monétaire comparativement aux politiques nationales de flottement.Cela plaide en faveur du renforcement de l’intégration monétaire au sein d’une union durant la période de trappe à liquidité. / This thesis investigates the choice of exchange rate regimes in specific economic contexts. The first part of this work (Chapters 1 and 2) considers the case of small open economies with foreign-currency denominated debt and that of a region where there is a similarity among trade-weighted currency baskets of countries. The second part of the thesis (Chapters 3 and 4) focuses on the study of exchange rate regimes and monetary integration in a liquidity trap environment relative to “tranquil” times. Based on dynamic stochastic general equilibrium (DSGE) models and Bayesian and Panel data econometrics, the thesis mainly uses the analyses of impulse responses, welfare and currency misalignments as comparison criteria among alternative currency regimes.The key lessons from this work are summarized as follows. For small open economies heavily in debted in foreign currency, like those of Southeast Asia, the flexible exchange is the best regime, followed by intermediate and fixed exchange rate regimes. At the regional level, it is shown that the exchange rate targeting regime leads to a stability of intra-regional bilateral exchange rates, which is a sort of fixity of exchange rates similar to a “de facto currency area”. In the context of a liquidity trap, we find that, contrary to common belief during the Euro area crisis, the currency union welfare dominates the independent floating regime. Only a central bank intervention in the form of a managed float policy could allow the independent floating to outperform the monetary union.Through both the empirical and theoretical analyses of the liquidity trap effects on currency misalignments, it is shown that the ZLB constraint tends to reduce currency misalignments compared with the independent floating policy. This suggests a reinforcement of the monetary integration within a monetary union during the liquidity trap
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Essais sur des questions internationales en économie des ressources naturelles

Keutiben Njopmouo, Octave 07 1900 (has links)
Cette thèse s'articule autour de trois essais portant sur des questions internationales en économie des ressources naturelles. Le premier essai examine la production et l'échange des ressources non-renouvelables dans un modèle spatial et souligne le rôle de la superficie des pays et du coût des transports dans la détermination du sens de l'échange. Le deuxième essai considère le tarif d'extraction de la rente de rareté liée aux ressources naturelles non-renouvelables avec le modèle spatial développé dans premier essai. Le cadre spatial (plus général) permet de représenter des pays qui sont à la fois importateurs et producteurs de la ressource, ce qui n'est pas possible dans les modèles traditionnels de commerce international où les pays sont traités comme des points (sans dimension). Le troisième essai aborde la question des droits de propriétés sur les zones maritimes et examine l'allocation d'une population de pêcheurs entre les activités productives et non-productives dans une communauté côtière. Le premier chapitre propose un modèle spatial de commerce international des ressources non-renouvelables. Le cadre spatial considère explicitement la différence de taille géographique (superficie) entre les pays et permet ainsi de tenir compte du fait que les gisements naturels et leurs utilisateurs soient dispersés dans l'espace, même à l'intérieur d'un pays. En utilisant un modèle spatial à la Hotelling, nous examinons l'évolution dans le temps du sens de l'échange entre deux pays (ou régions) qui diffèrent du point de vue de leur technologie de production, de leur superficie et de leur dotation en gisement d'une ressource naturelle non-renouvelable. Le chapitre met en évidence le rôle de la taille géographique dans la détermination du sens de l'échange, à côté des explications traditionnelles que sont l'avantage comparatif et les dotations des facteurs. Notre analyse est fondamentalement différente des autres contributions dans la littérature sur le commerce international des ressources naturelles parce qu'elle souligne l'importance de la taille géographique et du coût de transport par rapport à d'autres facteurs dans la détermination des flux de ressource à l'équilibre. Le coût unitaire de transport joue un rôle capital pour déterminer si la différence de superficie entre les pays influence le sens de l'échange à l'équilibre plus que les autres facteurs. Le chapitre discute aussi du caractère régional des échanges qui a été observé pour certaines ressources telles que le minerai de fer et la bauxite. Le chapitre deux aborde la question de la répartition de la rente de rareté liée aux ressources naturelles non-renouvelables entre les pays producteurs et les pays consommateurs. Cette question a été abordée dans la littérature sous une hypothèse quelque peu restrictive. En effet, dans la plupart des travaux portant sur ce sujet le pays importateur est automatiquement considéré comme dépourvu de gisement et donc non producteur de la ressource. Pourtant la réalité est qu'il existe des ressources pour lesquelles un pays est à la fois producteur et importateur. Le cadre d'analyse de ce second essai est le modèle spatial développé dans le premier essai, qui permet justement qu'un pays puisse être à la fois importateur et producteur de la ressource. Le pays importateur détermine alors simultanément le tarif optimal et le taux d'extraction de son propre stock. Nous montrons que le tarif optimal croît au taux d'intérêt et de ce fait, ne crée aucune distorsion sur le sentier d'extraction de la ressource. Le tarif optimal permet de récupérer toute la rente lorsque le pays exportateur ne consomme pas la ressource. Néanmoins, la possibilité pour le pays exportateur de consommer une partie de son stock limite la capacité du pays importateur à récupérer la rente chez le pays exportateur. La présence de gisements de la ressource dans le pays importateur réduit la rente du pays exportateur et de ce fait renforce la capacité du pays importateur à récupérer la rente chez le pays exportateur. Le tarif initial est une fonction décroissante du stock de ressource dans le pays importateur. Cet essai aborde également la question de la cohérence dynamique du tarif obtenu avec la stratégie en boucle ouverte. Le troisième chapitre examine un problème d'allocation de l'effort entre les activités productives (par exemple la pêche) et les activités non productives (par exemple la piraterie maritime) dans une population de pêcheurs. La répartition de la population entre les activités de pêche et la piraterie est déterminée de façon endogène comme une conséquence du choix d'occupation. Nous établissons l'existence d'une multiplicité d'équilibres et mettons en évidence la possibilité d'une trappe de piraterie, c'est-à-dire un équilibre stable où une partie de la population est engagée dans les actes de piraterie. Le modèle permet d'expliquer l'augmentation significative des attaques de piraterie dans le Golfe d'Aden au cours des dernières années. Le chapitre discute aussi des différents mécanismes pour combattre la piraterie et souligne le rôle crucial des droits de propriété. / This thesis consists of three essays on international issues in natural resource economics. The first essay proposes a spatial model of trade in exhaustible resources and emphasizes the role of geographical size and transport costs in the determination of trade patterns. The second essay considers the rent-extracting tariff in a spatial (more general) framework in which the importing country can be simultaneously a producer and an importer of the resource, a feature which is not possible in the traditional trade model, where countries are assumed dimensionless. The third essay tackles the issue of property rights in maritime zones and examines the allocation of a population of fishermen between productive and unproductive activities in a coastal community. The first chapter proposes a model of trade in exhaustible resources that explicitly accounts for the fact that countries have different geographical sizes while resource sites and their users are spatially distributed, even within a country. Using a spatial model à la Hotelling, we examine the evolution over time of the pattern of trade between two countries (or regions) which differ in terms of their technology, their geographical size, and their endowment of some nonrenewable natural resource. The model emphasizes the importance of geographical size in determining trade patterns besides the traditional explanations of comparative advantage and factor endowments. Indeed, three forces influence the direction of international trade in the presence of transport costs. The analysis fundamentally differs from other contributions in the natural resource literature because it emphasizes the importance of geographical size and of transport cost relative to other factors in the determination of the equilibrium resource flows. The unit cost of transport is shown to play a decisive role in determining whether the international asymmetry in terms of geographical sizes of countries has a greater influence than other factors on the equilibrium pattern of trade. The chapter also discusses the regional character of trade which has been observed for some resources such as iron ore and bauxite. Most findings in the literature on tariff and exhaustible resources have been derived under a serious abstraction. Indeed, virtually all contributions on that issue have assumed that no stocks of the resource are available within the importing country's borders and therefore the importing country is not itself a producer. Reality is in fact quite different: there are many instances of countries that are simultaneously importers and producers of a natural resource. The second chapter makes use of the spatial trade model of chapter one to depart from the usual assumption and allow the importing country to have access to a stock of the resource of its own and to determine simultaneously the optimal tariff and the rate of depletion of its own stock. The optimal tariff is shown to increase at the rate of interest and is therefore nondistortionary. Moreover, the optimal tariff captures all the rent if the exporting country gets no utility from consuming the resource. Allowing the exporting country to consume the resource restricts the ability of the importer to capture all of the foreign rent. The presence of resource deposits in the importing country reduces the available rent to foreign producers and, in essence, reinforces the ability of the importer to capture the foreign rent. In effect, the initial tariff is shown to be a decreasing function of the initial resource stock in the importing country. The essay also discusses the time consistency of the open-loop tariff. The third chapter examines how agents in a coastal community allocate effort between productive (fishing) and unproductive (piracy) activities. The allocation of population between fishing activity and piracy attacks is determined endogenously as a consequence of the occupation choice. We prove the existence of multiple equilibria and emphasize the possibility of a piracy trap, that is a steady state equilibrium where part of the population is engaged in piracy acts. The chapter offers an explanation for the significant increase in piracy attacks in the Gulf of Aden in the recent years. The chapter also discusses different schemes in combating piracy and highlights the crucial role of property rights.
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Technologie de l’information et de la communication et développement économique : les enjeux et les opportunités au Niger / Information and communication technology and economic development : the challenges and the opportunities in Niger

Oumarou, Mahamane Laouali 28 September 2011 (has links)
Le Niger est un pays enclavé d’Afrique de l’Ouest. Son positionnement à la périphérie des pôles essentiels de la sous région explique en partie son retard de développement. A cela, s’ajoute, un nouveau retard, qualifié de fracture numérique. Son parc d’infrastructures vétuste ne lui permet pas de profiter des flux mondiaux d’information pour bénéficier des avantages de la compétitivité de la nouvelle société de l’information. Sous l’impulsion de récents débats internationaux sur les nouvelles technologies, il apparaît que le développement économique du Niger nécessiterait une appropriation des TIC par la population. Dès lors, ces nouvelles technologies de l’information sont à l’épicentre des questions de développement qui se posent au Niger. Cette recherche s’est donnée le but d’analyser le système actuel des TIC au Niger et sa capacité à enclencher le développement économique dans un contexte de mondialisation des économies fondé sur l’information et la connaissance grâce à l’usage des TIC. Elle examine en premier lieu, le potentiel des ressources techniques, humaines et des plans et politiques gouvernementaux en matière des TIC, à l’échelle territoriale. A la suite de cette analyse et des questionnements qu’elle pose, des théories économiques ont émergé : l’économie de l’information et ses dérivées. En second lieu, cette étude explore, décrit, explique, interprète et illustre ces théories dans un contexte d’accès aux TIC. Les exemples illustratifs montrent que les TIC corrigent certaines de ces prédictions. Elles améliorent le capital humain, affinent les anticipations des agents et réduisent le risque des décisions économiques. C’est en cela que les TIC peuvent être considérées comme un facteur de développement économique au Niger. Dans cette révolution des NTIC, les économies n’ont nécessairement pas besoin de passer par l’étape de l’industrialisation comme à l’ancienne. L’exemple de la Chine et des dragons asiatiques le témoigne. / Niger is a landlocked country in West Africa. Its position on the outskirts of essential poles in the under-region partly explains its delayed development. To this is added, a further delay, called digital divide. Its fleet of obsolete infrastructure does not allow it to take full advantage of global flows of information to take advantage of the competitiveness of the new information society. Spurred on by recent international discussions on new technologies, it appears that the economic development of Niger would require an appropriation of ICTs by the population. Therefore, these new information technologies are at the epicenter of development issues facing the Niger. This research was given the objective to analyze the current system of ICT in Niger and its ability to set off economic development in a context of globalization of economies based on information, knowledge and expertise, by using ICTs. Following this analysis and the questions it poses, some economic theories have emerged, the information economy and its derivatives. In the second time, this study explores, describes, explains, interprets and illustrates these theories in the context of ICTs access. Illustrative examples show that ICT correct some of these predictions. ICT improves human capital, refine agents' anticipations and reduce the risk of economic decisions. That’s why, ICTs can be considered as an economic development factor in Niger. In this revolution of new technologies, the economies have not necessarily need to go through the stage of industrialization as the old theories. The example of China and the Asian dragons shows that.

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