Diss.--Fakultät für Sozialwissenschaft--Bochum--Ruhr-Universität, 1998. / Bibliogr. p. 427-458.

Th. 3e cycle--Histoire et civilisation--Paris 7, 1984.

Diss.--Universität Freiburg Schweiz, 1991. / Bibliogr. p. 301-322.

Thesis--Economics--Berlin--Techniche Universität Berlin, 1996. / Bibliogr. p.167-179.

La voie de l’AMPc est une voie impliquée dans la physiopathologie de nombreuses tumeurs endocrines. Les phosphodiestérases sont des enzymes clés de la voie de l’AMPc dans la mesure où elles permettent de réguler finement les niveaux intra-cellulaires d’AMPc en hydrolysant l’AMPc en son catabolite inactif, le 5’AMP. L’hyperplasie macronodulaire bilatérale des surrénales est une étiologie rare de syndrome de Cushing ACTH-indépendant responsable d’un syndrome de Cushing souvent modéré contrastant avec la taille des nodules surrénaliens. Sa physiopathologie est mal connue.Nous avons tout d’abord pu montrer dans ce travail que les variants faux sens de la phosphodiestérase 11A pouvaient participer au développement des tumeurs corticosurrénales bilatérales sécrétrices de cortisol. Ces variants sont, en effet, non seulement retrouvés de façon plus fréquente chez les patients porteurs d’une hyperplasie nodulaire comparés à des sujets contrôles, mais ils ont également des conséquences fonctionnelles in vitro.Nous avons, dans une seconde partie, montré grâce à une étude de transcriptome ayant porté sur un groupe d’adénomes cortisoliques comparés à un groupe d’adénomes non-sécrétant que plusieurs gènes codant pour la voie de l’AMPc étaient impliqués dans la sécrétion cortisolique et que la phosphodiestérase 8 B semblait avoir un rôle prépondérant. Ces résultats ont ensuite été confirmés au niveau protéique. / Pas de résumé en anglais

La Digestion Anaérobie (DA), ou méthanisation, est un procédé qui permet le traitement de déchets organiques et la production d’énergie renouvelable sous forme de biogaz. La DA par voie sèche permet en particulier la valorisation de substrats solides, offrant plusieurs possibilités aux traitements de résidus d’origine agricole tels les fumiers, des substrats constitués d’un mélange de paille, fèces et urine accumulés dans les litières des étables. Parmi les technologies disponibles en méthanisation, les « leach-bed reactors » (LBRs), constituent une option valide mais toutefois peu connue et peu développée soit au niveau scientifique qu’industriel.Dans le but d’optimiser ce procédé, plusieurs problématiques ont été affrontées : (i) la caractérisation bio-physico-chimique du fumier et du potentiel énergétique exprimé dans un LBR; (ii) l’optimisation de l’inoculation des réacteurs et de la température de digestion ; (iii) la co-digestion du fumier avec un substrat facilement biodégradable et la problématique reliées à la gestion des acides gras volatiles (AGVs) ainsi produits.Les résultats montrent que le fumier est un substrat lentement biodégradable qui nécessite un long temps de digestion. Cependant, il s’agit d’un déchet agricole adapté à la valorisation par méthanisation et dont les rendements de dégradation et de production de méthane en LBRs sont intéressants industriellement. Ce substrat est par conséquent une ressource organique précieuse dans le contexte agricole.Il a été montré que le fumier bovin contient une population méthanogène active capable de démarrer un procédé de digestion anaérobie efficacement sans l’ajout d’un inoculum externe spécifique, autant en mode mésophile que thermophile. Une analyse économique a démontré que cette propriété peut être exploitée afin de diminuer les coûts d’investissement initiaux d’un projet à l’échelle industrielle, en favorisant de cette manière le développement de la filière. De plus, les résultats montrent que pour la digestion du fumier en LBRs le mode thermophile ne comporte aucun intérêt par rapport à la production finale de méthane (qui est similaire pour les deux régimes) et que, au contraire, la valorisation par cogénération du méthane produit en thermophile diminue le rendement de production électrique surtout à cause d’une production de méthane très importante en début de digestion. Le régime mésophile parait donc être le mode de fonctionnement le plus adapté dans ce contexte.Enfin, le rôle joué par la percolation du lixiviat sur la mobilisation des AGV accumulés dans la fraction solide a été mis en lumière dans un réacteur de co-digestion traitant une fraction de lentement biodégradable (le fumier) et une fraction facilement biodégradable. Une stratégie a été développée afin d’étudier le problème de l’extraction et de la consommation des AGV dans le but d’améliorer le rendement global du procédé.Pour conclure, ce travail a permis d’optimiser certains paramètres fondamentaux dans la gestion d’un LBR. Cette technologie s’est révélée efficace dans le traitement du fumier, autant en mono-digestion qu’en co-digestion avec un substrat facilement biodégradable. Ces recherches montrent que l’utilisation des LBR est appropriée au contexte agricole et que la modification des paramètres de contrôle permet à ce procédé de répondre efficacement aux problématiques du terrain. Ce travail représente une avancée significative vers la compréhension et le développement des LBRs pour le traitement des résidus agricole et, plus globalement, des énergies renouvelables mobilisant des biomasses agricoles / Anaerobic Digestion (AD) is a process which allows the treatment of organic waste and the production of renewable energy. In particular, dry AD allows the treatment of solid organic substrates, offering several possibilities to the enhancement of agricultural waste such as spent livestock bedding (a mixture of straw, faeces and urine). Among the available biotechnologies in AD, leach-bed reactor (LBRs) is a promising but yet poorly known process both at scientific and industrial level.In order to develop this process, several issues have been studied: (i) the bio-physico-chemical characterization of spent animal bedding and its digestion potential in LBRs; (ii) the optimization of the start-up and the operating temperature of the digesters; (iii) the co-digestion of spent animal bedding with an easily-degradable substrate and the issues connected to the management of the volatile fatty acids (VFAs) produced.The results showed that spent animal bedding is a slowly-degradable substrate which needs a long digestion time. However, it is a substrate suitable to be treated through AD displaying high degradation and methane production rates when processed in LBRs. This substrate is, therefore, a valuable organic resource in the agricultural context.Spent animal bedding was shown to contain an active methanogenic population able to start the process efficiently, both in thermophilic and mesophilic temperature, without requiring a specific external inoculation. An economic study at industrial scale proved that this peculiarity can be used to diminish the investment costs and then promote the development of this process. Moreover, thermophilic temperature was proved to be less advantageous over mesophilic condition. In fact, despite the very close methane yield reached in both temperature range, the different biogas production rates in thermophilic conditions would lead to a reduction of the final electric energy production in this condition. Mesophilic temperature was then shown to be the best operating condition for this process.Finally, the role played by the leachate recirculation in the mobilization of the VFAs accumulating in the solid bulk was highlighted in the case of a reactor co-digesting slowly- (spent livestock bedding) and easily-degradable substrates. A strategy was even proposed to efficiently face such a problem by optimizing both the VFA extraction and consumption with the objectives of increasing the overall process efficiency.In the end, this work allowed to optimize some important parameters for the correct management of the LBRs. This technology was proved to be efficient in the treatment of spent livestock bedding, both as a sole substrate or in co-digestion with an easily-degradable substrate. This research study demonstrates that LBRs is an adapted process for the agricultural context and this technology can easily answer to the full scale issues usually encountered. This work represents a significant advance towards the comprehension and development of LBRs to treat agricultural waste and, more generally, to the development of renewable energies based on biomass

Il est fréquent d’avoir recours à la radiothérapie dans le traitement des mélanomes, en adjuvant ou en métastatique, mais les résultats cliniques sont suboptimaux, car ces tumeurs présentent souvent des mutations de RAF/RAS, activant alors la voie MAPK de façon constitutive. Nous avons donc étudier si le Trametinib, un inhibiteur allostérique puissant et sélectif de MEK1/2, est en mesure d’augmenter l’efficacité de la radiothérapie. Des tests clonogéniques ont été effectués sur des lignées de mélanomes humaines mutées pour BRAF (A375), NRAS (D04,WM1631), KRAS (WM1791c) ainsi que sur une lignée sauvage (PMWK). Les effets du Tramétinib avec ou sans irradiation (IR) sur les protéines effectrices de MEK ont été quantifiés par western-blot. Les effets de l’addition du Trametinib sur le cycle cellulaire, la réparation de l’ADN, la catastrophe mitotique et la senescence ont respectivement été analysés par cytométrie de flux, étude des foyers γH2Ax, et marquage de l’activité de la β-galactosidase. Enfin, des souris immunodéficientes xenogreffées avec des cellules D04 ont été traitées par IR fractionnée après gavage de Trametinib, et la croissance tumorale a été monitorée.Une augmentation de la cytocoxité en présence de l’ajout de Trametinib à l’ IR a été observée pour toutes les lignées, exceptée PMWK. Le taux de radiosensibilisation des cellules étaient respectivement de 1.70, 1.32, 1.22, et 1.70 pour A375, D04, WM1361 et WM1791c. Le Trametinib bloquait de façon efficace la phosphrylation de ERK à des doses de l’ordre du nanomolaire. Ceci corrélait avec un arrêt prolongé des cellules en phase G1, et une réduction de la phase S, connue pour être radiosésistante, ceci jusqu’à 48 heures après IR. Dans les groupes cellulaires prétraités par Trametinib, une population plus importante de cellules étaient positives pour la β-galactosidase, et deux médiateurs majeurs de la sénescence, p53 et pRb se trouvaient être activés. Les souris recevant le traitement combiné (Trametinib 1mg/kg et IR sur 3 jours) avaient un volume tumoral réduit en comparaison du groupe recevant du Trametinib seul (p=0.016), ou une IR seule (p=0.047). Il n’y avait pas de toxicité notable dans le groupe recevant le traitement combiné.Le Trametinib radiosensibilise les lignées cellulaires de mélanomes mutées pour RAF/RAS en induisant un arrêt prolongé en phase G1 du cycle cellulaire, provoquant ainsi une sénescence prématurée. Associer Trametinib et IR semble être parfaitement toléré, mais ne ralentit la croissance tumorale que modestement in vivo. / Radiotherapy is used frequently in patients with melanoma, but results are suboptimal as these tumours frequently exhibit constitutive activation of the MAPK pathway through mutations involving RAS/RAF. Thus, we studied whether Trametinib, a potent and selective allosteric inhibitor of the MEK1/2 enzymes could improve efficacy of radiotherapy.Clonogenic survival assays were carried out in human BRAF (A375), NRAS (D04,WM1631), KRAS (WM1791c) mutant and wild type (PMWK) melanoma. The effects of Trametinib with and without irradiation (IR) on protein levels of MEK effectors were quantitated by immunoblot analyses. Cell cycle effects, DNA damage repair, mitotic catastrophe and senescence were measured using flow cytometry, γH2Ax, nuclear fragmentation and β-galactosidase staining, respectively. Additionally, nude mice with D04 flank tumours were treated with fractionated RT after gavage with Trametinib and monitored for tumours’ growth. All cell lines but PMWK exhibited enhanced cytotoxicity with IR and Trametinib compared to either agent alone. The sensitizer enhancement ratios were 1.70, 1.32, 1.22, and 1.70 for A375, D04, WM1361 and WM1791c, respectively. Trametinib efficiently blocked IR-induced phosphorylation of ERK at doses in the nanomolar range. This increased susceptibility correlated with a prolonged G1 arrest and reduction in the radioresistant S phase up to 48 hours following IR. A larger population of senescence activated β-galactosidase-positive cells was seen in the Trametinib pretreated group, and this correlated with an activation of two of the major mediator of induced senescence, p53 and pRb. Mice receiving the combination treatment (Trametinib 1mg/kg and IR ober 3 days) showed a reduced mean tumour volume compared with mice receiving Trametinib alone (p=0.016), or IR alone (p=0.047). No overt signs of drug toxicity were observed.Trametinib radiosensitized RAF/RAS mutated melanoma cells to radiation by inducing a prolonged G1 arrest and premature senescence. Combining Trametinib and IR is well tolerated but only moderately induces tumour growth inhibition in vivo.

Le mélanome métastatique est un des cancers les plus agressifs avec une croissance constante du nombre de nouveaux cas par an dans le monde.Deux mutations sont principalement à l’origine de ce cancer : BRAF(V600) et NRAS(Q61). Les principaux traitements sont des thérapies ciblant BRAF lui-même ou MEK, prescrites en monothérapie ou en combinaison. La moitié des patients répondent à ce traitement mais malheureusement rechutent dans les 6 mois à 1 an après le début du traitement. Les mécanismes de résistance décrits passent par une réactivation de la voie des MAPK, de la voie PI3K/Akt/mTOR ou par une dérégulation de l’apoptose.Les deux premières voies de signalisation permettent la régulation d’un complexe : le complexe d’initiation de la traduction eIF4F. Ce complexe est composé de 3 protéines : eIF4E, une protéine qui s’associe à la coiffe 7-methyl-guanosine, eIF4A une hélicase et eIF4G une protéine échafaudage dont un des rôles est de maintenir la cohésion de ce complexe.Le complexe eIF4F étant en aval de deux voies dérégulées dans le mélanome, le but de ma thèse a été de mettre en évidence une potentielle implication de ce complexe dans la résistance aux thérapies ciblant BRAF et MEK.Pour cela, dans un premier temps, nous avons traiter des lignées cellulaires de mélanome BRAF(V600) sensibles et résistantes aux anti-BRAF et anti-MEK. Nous avons ensuite quantifié les interactions eIF4E-eIF4G, synonymes d’activation du complexe eIF4F, et les interactions eIF4E-4EBP1, synonymes d’inhibition de la traduction par une technique de Proximity Ligation Assay (PLA). Ces expériences ont permis de conclure que les inhibiteurs de BRAF et de MEK induisaient une dissociation du complexe dans les lignées sensibles, alors qu’il reste maintenu dans les lignées résistantes. Ces résultats ont été confirmés sur des tumeurs de patients répondeurs et non répondeurs à ces mêmes traitements. Par la suite, nous avons reproduits ces expériences avec un panel de lignées cellulaires mutées en NRAS(Q61) et avons observé les mêmes résultats.Nous avons donc pu mettre en évidence l’implication du complexe eIF4F dans la résistance aux thérapies ciblant la voie des MAPK dans les mélanomes mutés en BRAF et en NRAS, mais également découvert une nouvelle cible thérapeutique potentielle.La seconde partie de cette thèse a consisté au test de plusieurs inhibiteurs connus et spécifiques d’eIF4A (silvestrol, flavaglines, hippuristanol, patéamine A) ou de l’interaction eIF4E-eIF4G (4EGI1). Tous ces inhibiteurs ont sensibilisé les lignées résistantes aux thérapies ciblées mais aucun ne pouvait être potentiellement utilisable en clinique.L’utilisation d’un vecteur bicistronique dans le cadre d’un criblage de drogue a permis d’identifier 4 flavaglines qui inhibent significativement le complexe d’initiation de la traduction. L’une d’entre elles (FL3) a été testé in vivo dans un modèle de xénogreffes issues de lignées cellulaires de mélanomes résistantes. Les résultats ont montré un effet synergique de cette drogue en combinaison avec le vemurafenib (anti-BRAF) ainsi qu’une inhibition de la croissance tumorale. En conclusion, nous avons identifié une nouvelle cible thérapeutique et un nouveau biomarqueur de résistance aux thérapies ciblées dans deux contextes mutationnels de mélanome différents : BRAF et NRAS. / In BRAF(V600) or NRAS(Q61)-mutant tumours, most mechanisms of resistance to drugs that target the BRAF and/or MEK kinases rely on reactivation of the RAS–RAF–MEK–ERK mitogen-activated protein kinase (MAPK) signal transduction pathway or on activation of the alternative PI(3)K–AKT–mTOR pathway (which is ERK independent). These two pathways converge to regulate the formation of the eIF4F eukaryotic translation initiation complex. By using an in situ method to detect the eIF4E-eIF4G and eIF4E-4EBP1 interactions, we recently showed that the persistent formation of the eIF4F complex, comprising the eIF4E cap-binding protein, the eIF4G scaffolding protein and the eIF4A RNA helicase, is associated with resistance to anti-BRAF and/or anti-MEK in BRAF(V600)-mutant cancer cell lines. We next focused on NRAS-mutant cancer cell lines and found that this complex is also involved in the resistance to anti-MEK compounds. Strikingly, inhibiting the eIF4F complex in BRAF or NRAS-mutated cell lines is able to overcome resistance and to synergize with drugs targeting BRAF or MEK kinases. As a result, eIF4F appears to be a promising therapeutic target in a BRAF or NRAS-mutation context.

La voie Hippo est une voie conservée impliquée dans la croissance des tissus et la suppression de tumeurs. Des études ont démontré son implication dans le développement des cancers chez l'homme. Cette cascade contrôle l'activité du co-activateur transcriptionnel Yorkie (Yki) chez la drosophile et de la protéine YAP (Yes Associated Protein) chez les mammifères. En raison de l'épissage alternatif de leur transcrits, les protéines Yki et YAP existent sous deux isoformes contenant un domaine WW (Yki1/YAP1) ou deux (Yki2/YAP2). Puisque les domaines WW sont essentiels pour l’interaction avec des partenaires spécifiques, l’inclusion alternative de ce domaine dans la protéine Yki/YAP peut remodeler leur réseau d’interaction et donc leur activité. La régulation et les conséquences fonctionnelles de l’épissage alternatif de yki / YAP in vivo sont inconnues.Dans le cadre de ce doctorat, nous avons constaté que la déplétion du facteur d’épissage B52 chez la drosophile réduit l’inclusion de l’exon alternatif dans l’ARNm de yki et favorise l’expression de l’isoforme Yki1 aux dépens de l’isoforme Yki2. La déplétion en B52 dans l'aile réduit la croissance et l'activité de Yki. Nous montrons que l'isoforme Yki1 est une version atténuée de la protéine Yki qui peut entrer en concurrence avec l'isoforme Yki2 dans le noyau. Pour déterminer le rôle de l’épissage alternatif de yki in vivo et l'importance de l'isoforme courte Yki1, nous avons abrogé cet épissage en utilisant la technologie CRISPR/Cas9 et avons créé des mouches capables d'exprimer uniquement l'isoforme Yki2. Ces mouches yki2only sont viables mais présentent un phénotype aléatoire d’ailes asymétriques. Cette augmentation de l'«asymétrie fluctuante», qui traduit une déviation par rapport au développement normal, suggère que l’épissage alternatif de yki est crucial pour la stabilité développementale. Ces résultats mettent en évidence un nouveau niveau de modulation de la voie Hippo via l’épissage alternatif de yki.L'inclusion alternative du deuxième domaine WW est une caractéristique conservée entre Yki et YAP. Cela conforte l'idée que les isoformes Yki1 et YAP1 ont une fonction importante in vivo et que l'épissage alternatif de yki/YAP est un mécanisme conservé de contrôle de la voie Hippo. Cette étude ouvre de nouvelles perspectives pour la modulation de la voie Hippo dans les cellules cancéreuses en modifiant l’épissage alternatif de YAP. / The Hippo pathway is a conserved pathway involved in tissue growth and tumor suppression. Studies have demonstrated its significance in the development of human cancers. This cascade controls the activity of the transcription co-activator Yorkie (Yki) in flies and Yes-associated protein (YAP) in mammals. Due to Alternative Splicing (AS), both Yki and YAP proteins exist as two isoforms containing one (Yki1/YAP1) or two (Yki2/YAP2) WW domains. Since WW domains are essential for interaction with specific partners, the alternative inclusion of this domain in Yki/YAP protein may remodel their interaction network and therefore their activity. The regulation and functional consequences of AS of yki/YAP in vivo are unknown.In this Ph.D. project, we identified that depletion of splicing factor B52 in Drosophila lowers inclusion of the alternative exon in yki mRNAs and favors the expression of Yki1 isoform at the expense of the Yki2 isoform. B52 depletion in the wing reduces growth and Yki activity. We demonstrate that Yki1 isoform is an attenuated version of Yki protein that can compete with Yki2 isoform in the nucleus. To ascertain the role of yki AS in vivo and the importance of short isoform Yki1, we abrogated this splicing by using CRISPR/Cas9 technology and created flies that can express Yki2 isoform only. yki2only flies are viable but display a random phenotype of asymmetric wing size. This rise in “fluctuating asymmetry” that is the consequence of subtle deviation from normal development, suggests that AS of yki is crucial for the development robustness. Taking together, these results highlight a new layer of modulation of Hippo pathway via AS of yki.Alternative inclusion of the second WW domain is a conserved feature between Yki and YAP. This further supports the idea that Yki1 and YAP1 isoforms have an important function in vivo and that AS of yki/YAP is a conserved mechanism of control of the Hippo pathway. This study opens up new perspectives for modulation of the Hippo pathway in cancer cells by altering YAP AS.

Mémoire numérisé par la Direction des bibliothèques de l'Université de Montréal.