The Nelore breed represents the vast majority of Brazilian Zebuine cattle (Bos taurus indicus). The great adaptability of the Nelore breed to Brazilian tropical climate, however, is not associated with meat tenderness (MT). It is known that MT is influenced by several environmental factors, but also genetic composition. In the first chapter, we report a genome-wide analysis of copy number variation (CNV) inferred from Illumina® Bovine High Density SNP-chip data for a Nelore population of 723 males including 30 sires. We detected >2600 CNV regions (CNVRs) representing ≈6.5% of the Bos taurus genome. The CNVR size was 65 kb on average, ranging from 5 kb to 4.3 Mb. A total of 1155 CNVRs (43.6%) overlapped 2750 genes. They are enriched for important functions such as immune response, olfactory reception and processes involving guanosine triphosphate (GTP). The GTP processes have known influence in skeletal muscle physiology and morphology. Quantitative trait loci for MT, partly specific for Nelore, overlapped a substantial fraction of CNVRs and two CNVRs were found proximal to glutathione metabolism genes that are associated with MT as well. Comparing our results with previous studies revealed an overlap in ≈1400 CNVRs (>50%). We selected 9 CNVRs that overlapped regions associated with MT and we validated them in all 30 sires by qPCR. There was identified many genomic regions of structural variation in Nelore with important implications on the MT phenotype. In the second chapter, a total of 34 animals of the population were subjected to transcriptome analysis and meat tenderness (MT) phenotyping. We identified 170 CNV fragments (CNVFs) residing in 20 CNVRs, which occurred in different frequencies between animals with tougher and softer meat genetic potential. A considerable fraction of the identified CNVFs affected gene expression of the MT genes, which play important roles in glycogen metabolism, connective tissue turnover, membrane transporters and glutathione pathways. We also detected that several CNVRs substantially influenced the expression of overlapped and nearby genes, where the increase or decrease of copy number correlated well with the change in gene expression. Among them are two CNVRs at chromosomes 12 and 23, which are in the vicinity of previously described QTLs for MT in Nelore breed. Several CNVFs, which are more frequent in animals with genetic potential for softer or tougher MT, showed significant differences in gene expression. Those regions are linked to important biological functions with highly relevant influences on MT and skeletal muscle physiology. / A raça Nelore é predominante no rebanho zebuíno brasileiro (Bos taurus indicus). A grande adaptabilidade da raça Nelore ao clima tropical brasileiro, no entanto, não está associada à maciez de carne (MT). Sabe-se que MT é influenciada por vários fatores ambientais e pela composição genética. Foi realizada uma análise de todo o genoma para inferir Variação no Número de Cópias de Segmentos Genômicos (Copy Number Variation - CNV) a partir de dados oriundos de chip de SNP (Illumina® Bovine High Density), para uma população de 723 machos Nelore, incluindo 30 ancentrais da população. Foram detectadas >2600 regiões de CNV (CNVRs) representando ≈6.5% do genoma bovino. O tamanho médio do CNVR foi de 65 kb, variando de 5 kb até 43 Mb. Um total de 1155 CNVRs (43.6%) obtiveram sobreposição com 2750 genes. Estes genes foram enriquecidos para as funções importantes, tais como resposta imunológica, recepção olfativa e processos que envolvem o trifosfato de guanosina (GTP). As vias metabólicas do GTP conhecidamente influenciam a fisiologia e a morfologia do músculo esquelético. Loci de características quantitativas (QTLs) para MT, alguns específicos para Nelore, sobrepuseram uma fração substancial das CNVRs encontradas. Dois CNVRs foram encontrados em região proximal à genes do metabolismo da glutationa os quais também são associados com MT. Comparando os resultados com estudos anteriores ≈1400 CNVRs (>50%) foram sobrepostos. Nove CNVRs em regiões associadas com MT foram validados nos 30 ancentrais por qPCR. Em conclusão, foram identificadas regiões genômicas de variação estrutural no Nelore, com potenciais implicações sobre o fenótipo MT. No segundo capítulo, um total de 34 animais da população foi submetido à análise do transcriptoma e análise de potencial genético para MT. Foram identificados 170 fragmentos de CNV (CNVFs) mapeados em 20 CNVRs, os quais mostraram frequências significativamente diferentes entre animais com potencial genético para carne mais dura ou mais macia. Uma fração considerável dos CNVFs identificados afetaram a expressão gênica de genes MT (anteriormente descritos como associados à MT ou fisiologia do músculo esquelético), os quais desempenham um papel importante no metabolismo de glicogênio, volume do tecido conjuntivo, transportadores de membrana e vias metabólicas da glutationa. Um número considerável de CNVRs foram associados à expressão de genes sobrepostos e nas proximidades, onde o aumento ou diminuição do número de cópias foi associado com a mudança na expressão gênica. Dois CNVRs associados foram mapeados para os cromossomo 12 e 23, estando próximos a QTLs anteriormente descritos para MT na raça Nelore. Vários CNVFs, entre animais com potencial genético para carne mais macia ou dura, mostraram diferenças significativas na expressão gênica. Essas regiões estão ligadas a importantes funções biológicas com influências altamente relevantes para MT e para a fisiologia do músculo esquelético.

[pt] O crescimento explosivo e a acessibilidade generalizada da World Wide Web (WWW) levaram ao aumento da atividade de pesquisa na área da recuperação de informação para páginas Web. A WWW é um rico e imenso ambiente em que as páginas se assemelham a uma comunidade grande de elementos conectada através de hiperlinks em razão da semelhança entre o conteúdo das páginas, a popularidade da página, a autoridade sobre o assunto e assim por diante, sabendo-se que, em verdade, quando um autor de uma página a vincula à outra, está concebendo-a como importante para si. Por isso, a estrutura de hiperlink da WWW é conhecida por melhorar significativamente o desempenho das pesquisas para além do uso de estatísticas de distribuição simples de texto. Nesse sentido, a abordagem Hyperlink Induced Topic Search (HITS) introduz duas categorias básicas de páginas Web, hubs e autoridades, que revelam algumas informações semânticas ocultas a partir da estrutura de hiperlink. Em 2005, fizemos uma primeira extensão do HITS, denominada de Extended Hyperlink Induced Topic Search (XHITS), que inseriu duas novas categorias de páginas Web, quais sejam, novidades e portais. Na presente tese, revisamos o XHITS, transformando-o em uma generalização do HITS, ampliando o modelo de duas categorias para várias e apresentando um algoritmo eficiente de aprendizagem de máquina para calibrar o modelo proposto valendo-se de múltiplas categorias latentes. As descobertas aqui expostas indicam que a nova abordagem de aprendizagem fornece um modelo XHITS mais preciso. É importante registrar, por fim, que os experimentos realizados com a coleção ClueWeb09 25TB de páginas da WWW, baixadas em 2009, mostram que o XHITS pode melhorar significativamente a eficácia da pesquisa Web e produzir resultados comparáveis aos do TREC 2009/2010 Web Track, colocando-o na sexta posição, conforme os resultados publicados. / [en] The rapid growth and generalized accessibility of the World Wide Web (WWW) have led to an increase in research in the field of the information retrieval for Web pages. The WWW is an immense and prodigious environment in which Web pages resemble a huge community of elements. These elements are connected via hyperlinks on the basis of similarity between the content of the pages, the popularity of a given page, the extent to which the information provided is authoritative in relation to a given field etc. In fact, when the author of a Web page links it to another, s/he is acknowledging the importance of the linked page to his/her information. As such the hyperlink structure of the WWW significantly improves research performance beyond the use of simple text distribution statistics. To this effect, the HITS approach introduces two basic categories of Web pages, hubs and authorities which uncover certain hidden semantic information using the hyperlink structure. In 2005, we made a first extension of HITS, called Extended Hyperlink Induced Topic Search (XHITS), which inserted two new categories of Web pages, which are novelties and portals. In this thesis, we revised the XHITS, transforming it into a generalization of HITS, broadening the model from two categories to various and presenting an efficient machine learning algorithm to calibrate the proposed model using multiple latent categories. The findings we set out here indicate that the new learning approach provides a more precise XHITS model. It is important to note, in closing, that experiments with the ClueWeb09 25TB collection of Web pages, downloaded in 2009, demonstrated that the XHITS is capable of significantly improving Web research efficiency and producing results comparable to those of the TREC 2009/2010 Web Track.

En el Perú, la inseguridad ciudadana, en general, sigue siendo uno de los grandes motivos de temor para la población. Este problema se ha ido incrementando a través de los años por diversos factores como el desempleo, la falta de valores en la sociedad, una mala calidad de educación, escasez de los recursos con los que cuentan las entidades responsables para combatir este inconveniente, entre otros. Las comisarías cuentan con diversos procesos que sostienen los diferentes servicios que brindan a la comunidad. Estos procesos tales como registro de denuncias, información y gestión de trámites personales, difusión a la comunidad de un mapa de delitos, entre otros, suelen ser en su mayoría manuales, lentos y con información desactualizada. Los factores mencionados impiden a las comisarías brindar un buen servicio a la comunidad y no cumplir con salvaguardar la seguridad ciudadana. Además, se identificó la carencia de un medio de comunicación rápido y en tiempo real entre las comisarías y la comunidad. La solución propuesta consiste en un sistema Web y un sistema Móvil, los cuales permitan dar soporte informático a la gestión de los servicios que brinda una comisaría y proporcionar información para la seguridad de los ciudadanos. La memoria descriptiva cuenta con 7 capítulos que presentan la organización del proyecto de tesis. En el capítulo 1 se describe el problema que se desea resolver, los objetivos, resultados, métodos y procedimientos, las tecnologías utilizadas, el plan de proyecto y la sustentación de la solución propuesta. En el capítulo 2 se describe el marco conceptual de la solución planteada y el estado del arte donde se exponen ejemplos que resuelven parte del problema en la actualidad. En el capítulo 3 se describen los requisitos funcionales y se desarrolla el análisis de la solución que consiste en explicar la viabilidad del sistema en términos técnicos y de costo, y se identifican el diagrama de clases inicial que constituye una base para el trabajo posterior. En el capítulo 4 se describe la arquitectura seleccionada para cumplir con los requisitos planteados del sistema, además se presenta también en este capítulo el diseño de la interfaz gráfica de la aplicación, definiendo los criterios para la selección del diseño y las principales pantallas de la aplicación con sus respectivas características. En el capítulo 5 se detalla cómo se ha aplicado la tecnología seleccionada en la solución del problema. En el capítulo 6 se presentan las observacion / Tesis

En la actualidad, la World Wide Web es una de las fuentes principales de información, siendo un espacio que se encuentra en constante crecimiento, puesto que cada vez mas personas cuentan con acceso a internet. Sin embargo, esto genera múltiples problemas entre los que podemos mencionar como la duplicidad de información, que dificulta la búsqueda de información relevante a los usuarios, quienes utilizan herramientas como motores de búsqueda para esta tarea. Ante esta situación surgió la Web Semántica, extensión de la Web tradicional, en donde la información es comprensible tanto para las personas como para las máquinas. Para publicar información en este espacio existen un conjunto de prácticas conocido como Linked Data, que permiten que la información se estructure según su significado y relación entre los datos que la componen, lo que facilita la labor de búsqueda y permite el descubrimiento de nueva información, generando valor a usuarios como investigadores, que constantemente se encuentran en búsqueda de conocimientos. Toda la información en constante crecimiento contenida en la Web Semántica puede ser accedida simplemente mediante navegadores convencionales; sin embargo, esta se encuentra en su mayoría en formato RDF, por lo que el usuario común no podrá comprender su contenido. Para que la información pueda ser de utilidad, se necesitan conocimientos en conceptos como RDF y XML, lo que limita gran parte del potencial actual de la Web Semántica a los especialistas en dicha área. El presente proyecto implementa un navegador de Linked Data, mediante el cual los usuarios pueden consultar información en el dominio de las ciencias de la computación, dicha información es obtenida de la Web Semántica, permitiendo el descubrimiento de información relevante, contribuyendo así a la expansión de dicha tecnología, que busca unificar y estructurar toda la información contenida en la web. Para la elaboración del proyecto, se implementó un módulo de procesamiento de consultas, en donde el usuario ingresa una cadena de búsqueda, al igual que en un motor de búsqueda tradicional y mediante esta cadena se obtienen posibles propiedades, que son enviadas a manera de consultas en lenguaje SPARQL, a partir de cuyos resultados se construyen estructuras RDFs que muestran los conceptos y la información presentada en una interfaz gráfica para que el usuario pueda visualizarla y navegar a través de dichos conceptos, permitiendo el descubrimiento de información relevante. / Tesis

Este proyecto consiste en el análisis, diseño e implementación de un sistema de información de apoyo a la gestión educativa en centros de educación especial. El propósito de esta plataforma es posibilitar la administración y atención de los planes curriculares funcionales (en adelante programas educativos) y terapéuticos para personas con necesidades especiales, así como consolidar el conocimiento de trastornos y promover la participación y evaluación continua entre padres y especialistas. La administración del proyecto adoptó las prácticas establecidas por el Project Management Institute. No obstante fueron recogidos un número específico de procesos de gestión según el alcance de la solución. Como metodología de desarrollo de software fue seleccionada la metodología Agile Unified Process (AUP) por su mayor afinidad y claridad de actividades en las etapas de diseño y construcción de este producto. Durante la concepción de la arquitectura se evaluaron múltiples patrones de arquitectura Web como MVC, MVP y N–capas resultando finalmente una estructura de cuatro capas con funciones específicas e independientes entre sí: manteniendo las capas de Presentación y Acceso a Datos separadas. Así como la capa de Lógica de negocio fue subdividida para la seguridad y navegabilidad entre las páginas (capa de Aplicación) como para conservación de las reglas de negocio (capa Lógica). La implementación fue llevada a cabo mediante el IDE Microsoft Visual Web Developer 2010 Express y el lenguaje de programación C# soportado bajo .NET Framework 4.0. Para la construcción de las páginas (capa de Presentación) se trabajó con ASP.NET Webforms y controles dinámicos de la librería Ajax Control Toolkit. La capa de Acceso a Datos fue construida bajo la tecnología Microsoft ADO.NET Entity Framework y en conexión con una base de datos PostgreSQL. Para la etapa de pruebas el servidor Web seleccionado fue Internet Information Services (IIS) Express 7.5 una réplica del servidor IIS 7.5 estándar diseñada para ambientes de desarrollo y sin restricciones de uso. / Tesis

La arquitectura orientada a modelos (MDA) fue formalmente introducida por el OMG (Object Management Group) en el año 2001 como un término que abarcaba un gran número de aplicaciones para el modelado y elaboración de especificaciones de arquitectura. Desde entonces, estas especificaciones y su uso han ido evolucionando en forma considerable, y el término MDA es ahora ampliamente reconocido en la industria de tecnologías de información. Sin embargo, MDA va mas allá de ser un conjunto de tecnologías o de un modo específico para generar código, actualmente provee un marco de trabajo para la administración de diferentes maneras de racionalizar y automatizar la especificación, desarrollo, distribución e integración del software. Por ello, el presente proyecto busca dar soporte a la metodología MDA a través del desarrollo de un marco de trabajo de generación de código open source para aquellas aplicaciones que no presenten un modelo de negocio complejo y cuyo desarrollo requiera ser automatizado. / Tesis

by Tsui Yuen. / Thesis (M.Phil.)--Chinese University of Hong Kong, 1999. / Includes bibliographical references (leaves 144-151). / Chapter 1 --- Introduction --- p.1 / Chapter 1.1 --- Computer-assisted Education --- p.2 / Chapter 1.2 --- Motivation and Problems --- p.4 / Chapter 1.3 --- Objectives and Approaches --- p.7 / Chapter 1.4 --- Organization of Thesis --- p.9 / Chapter 2 --- Related Work --- p.10 / Chapter 2.1 --- Existing Research Projects --- p.10 / Chapter 2.2 --- Structural and Navigational Hypertext Presentation --- p.11 / Chapter 2.3 --- Multimedia Integration for Hypermedia Courseware --- p.13 / Chapter 2.4 --- Standalone Java Applets --- p.14 / Chapter 2.5 --- Software Tools Using Browser Plugins --- p.17 / Chapter 2.6 --- Chapter Summary --- p.18 / Chapter 3 --- SIS Education Scenarios --- p.19 / Chapter 3.1 --- Library System --- p.21 / Chapter 3.2 --- Groupware System --- p.24 / Chapter 3.3 --- Student-Monitoring System --- p.25 / Chapter 3.4 --- Management System --- p.26 / Chapter 3.5 --- Chapter Summary --- p.27 / Chapter 4 --- Software Architecture of SIS --- p.29 / Chapter 4.1 --- Client-server Model --- p.29 / Chapter 4.2 --- Software Configuration --- p.31 / Chapter 4.3 --- Software Design --- p.33 / Chapter 4.3.1 --- Module 1: Access Authorization Identifier (AAI) --- p.34 / Chapter 4.3.2 --- Module 2: Multimedia Presentation Tools (MPT) --- p.35 / Chapter 4.3.3 --- Module 3: Intelligent Questions Selector (IQS) --- p.38 / Chapter 4.3.4 --- Module 4: Online Examination Center (OEC) --- p.40 / Chapter 4.3.5 --- Module 5: Student History Recorder (SHR) --- p.41 / Chapter 4.3.6 --- Module 6: Student Performance Analyzer (SPA) --- p.42 / Chapter 4.3.7 --- Module 7: Electronic Mail Manager (EMM) --- p.43 / Chapter 4.3.8 --- Module 8: Result Querying Agent (RQA) --- p.44 / Chapter 4.3.9 --- Module 9: Group Activity Area (GAA) --- p.45 / Chapter 4.3.10 --- Module 10: Integrated Systems Logger (ISL) --- p.48 / Chapter 4.4 --- Chapter Summary --- p.50 / Chapter 5 --- Demonstration --- p.52 / Chapter 5.1 --- Login Dialog Boxes --- p.52 / Chapter 5.2 --- Services Menu for Students --- p.53 / Chapter 5.3 --- Teaching Materials for Students --- p.54 / Chapter 5.4 --- Teaching Materials for Students ´ؤ Chinese --- p.56 / Chapter 5.5 --- Teaching Materials for Students - English --- p.60 / Chapter 5.6 --- Teaching Materials for Students - Mathematics --- p.64 / Chapter 5.7 --- Tests for Students --- p.66 / Chapter 5.8 --- Tests for Students - Chinese --- p.66 / Chapter 5.9 --- Tests for Students - English --- p.68 / Chapter 5.10 --- Queries for Students --- p.70 / Chapter 5.11 --- Discussion Area for Students --- p.71 / Chapter 5.12 --- Educational Television for Students --- p.72 / Chapter 5.13 --- Flow of Services for Students --- p.75 / Chapter 5.14 --- Services Menu for Teachers --- p.76 / Chapter 5.15 --- Teaching Materials for Teachers --- p.77 / Chapter 5.16 --- Teaching Materials for Teachers - Chinese --- p.78 / Chapter 5.17 --- Teaching Materials for Teachers - English --- p.82 / Chapter 5.18 --- Tests Papers for Teachers --- p.86 / Chapter 5.19 --- Queries for Teachers --- p.87 / Chapter 5.20 --- Preparation of Test Papers for Teachers --- p.88 / Chapter 5.21 --- Modification of Questions for Teachers --- p.91 / Chapter 5.22 --- Flow of Services for Teachers --- p.95 / Chapter 5.23 --- Chapter Summary --- p.96 / Chapter 6 --- System Implementation --- p.97 / Chapter 6.1 --- Characteristics of Java --- p.97 / Chapter 6.2 --- Platform Independence --- p.98 / Chapter 6.3 --- Integration with Existing Packages for Java Technology --- p.100 / Chapter 6.4 --- Cryptography of User Passwords --- p.103 / Chapter 6.5 --- Transmission of Data Packages --- p.105 / Chapter 6.6 --- Multithreading for Multitasking --- p.108 / Chapter 6.7 --- Management of User Interfaces --- p.110 / Chapter 6.8 --- Data Structures for Temporary Storage --- p.112 / Chapter 6.9 --- Messages Broadcasting in Chat Rooms --- p.116 / Chapter 6.10 --- Playback of Audio and Video Data Files --- p.121 / Chapter 6.11 --- Progress of System Implementation --- p.125 / Chapter 6.12 --- Chapter Summary --- p.128 / Chapter 7 --- Discussion and Future Work --- p.129 / Chapter 7.1 --- Wide Spread of the World Wide Web --- p.129 / Chapter 7.2 --- Communication between Schools and Families --- p.130 / Chapter 7.3 --- Pedagogical Uses --- p.130 / Chapter 7.4 --- Virtual Student Community --- p.131 / Chapter 7.5 --- Differences between SIS and Other Web-based Educational Systems --- p.132 / Chapter 7.6 --- Future Work --- p.133 / Chapter 7.7 --- Chapter Summary --- p.138 / Chapter 8 --- Summary --- p.139 / Bibliography --- p.144

Hu Ke. / Thesis (M.Phil.)--Chinese University of Hong Kong, 2001. / Includes bibliographical references (leaves 56-58). / Abstracts in English and Chinese.

Message brokers are the backbone of modern publish subscribe messaging systems. These brokers can degrade or fail for a variety of reasons. This research specifically looks at the detection, prediction and mitigation of bottlenecks in brokers. The message-oriented-middleware framework here uses either a cluster of brokers on a Local Area Network (LAN) or a federation of brokers on a Wide Area Network (WAN) to route messages, facilitate multicasting and ameliorate demand surges and geographically related faults. Sensors have been constructed to monitor brokers and controllers to run the bottleneck detection algorithms. An overlay manager controls broker and topic pairing. Each topic is assigned a primary and secondary broker. When a failure is predicted, the overlay manager routes messages from the failing broker by switching topics to its secondary broker(s). The application for bottleneck forecasting is to allow us to pre-empt a broker failure and hence reroute messages to other brokers to increase resilience and reliability. The key contributions of this research are an abstract model of message-oriented-middleware broker based on the Apache Qpid message broker coupled with the use of analytical autoregressive exogenous (ARX) models that describes the broker behaviour during bottleneck conditions. The Apache Qpid message broker is a message broker that implements the Advanced Message Queuing Protocol (AMQP) for publish-subscribe messaging. ARX models are autoregressive models where the output depends on the previous output as well as external stimuli. These components are integrated to produce a generalised technique for calibrating broker performance and detection of bottlenecks in the broker. This research show how models were initially constructed using a complete range of input data. As bottlenecks occur only when the broker is heavily loaded, input data during idle periods can cause corruption to the model fit. Models were constructed with segmented input data, with each segment covering the range of one peak period. The segmented input allows the modelling of the broker behaviour only when it is experiencing a bottleneck. The result of this is a much-improved fit of the predictive models. The work here is compared against previous work using Markov-chains for creating predictive models. The results of both approaches are compared and reported.

El presente proyecto de tesis consiste en el análisis, diseño e implementación de un sistema Web B2C (Business to Consumer) que permita a múltiples pequeñas y medianas empresas peruanas vender sus productos en línea y publicitar sus locales de atención con la finalidad de promover también la venta física de productos en dichos locales. La propuesta de este sistema surge como consecuencia del análisis del estado del comercio electrónico en el Perú. El sistema propuesto será altamente configurable y adaptable a los diferentes rubros de negocio de las empresas afiliadas. El presente documento ha sido estructurado en 5 capítulos como se describe a continuación. En el capítulo 1 se presenta la identificación del problema que originó la propuesta de la presente solución, los objetivos y resultados esperados. También se detallan las metodologías de gestión de proyectos y de desarrollo de software que se seguirán. Finalmente se analizan herramientas similares existentes en el mercado y se justifica la realización del presente proyecto. En el capítulo 2 se identifican los requerimientos del sistema, los actores, módulos y clases de análisis. También se presentan los principales diagramas de estado que permitirán comprender el flujo de la información en el sistema. En el capítulo 3 se presenta la arquitectura de la solución desde diferentes vistas y también los principios básicos del diseño de la interfaz de usuario. En el capítulo 4 se presentan las principales características de la construcción de la solución propuesta y se describen las pruebas que se realizarán. Finalmente, en el capítulo 5 se presentan las conclusiones del presente proyecto y las recomendaciones para trabajos futuros. / Tesis