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Transport des acides aminés et virulence nutritionnelle de Francisella tularensisGesbert, Gaël 25 September 2014 (has links) (PDF)
Francisella tularensis, agent étiologique de la tularémie, est un pathogène intracellulaire facultatif capable d'infecter de nombreuses cellules de mammifères. Pour se multiplier activement dans le cytoplasme des cellules hôtes, la bactérie doit être en mesure de capter dans cet environnement tous les composés nécessaires à son métabolisme, et notamment des acides aminés qui représentent ses principales sources de carbone et d'azote. Les pathogènes à multiplication intracellulaire ont mis en place un ensemble de mécanismes, visant i) la manipulation des voies métaboliques de l'hôte, pour accroître le pool de nutriments disponibles, et ii) l'expression de transporteurs dédiés, pour la captation optimale de ces nutriments. Cet ensemble de mécanismes est regroupé sous le terme de " virulence nutritionnelle ". Chez Legionella pneumophila, plusieurs membres d'une sous-famille de transporteurs actifs secondaires (désignés Pht, ou transporteurs phagosomaux), responsables de la captation des acides aminés lors de la phase intracellulaire de la bactérie, ont été caractérisés. Dans ce travail, nous avons établi le rôle de deux membres de la sous-famille des transporteurs Pht (désignés AnsP et IleP), dans le transport d'acides aminés et la virulence de Francisella. La protéine AnsP est un transporteur d'asparagine. La délétion du gène codant pour ce transporteur n'a pas d'effet sur la croissance de Francisella en milieu synthétique, mais entraîne une diminution drastique de sa multiplication intracellulaire dans tous les types cellulaires testés, ainsi qu'une atténuation importante de la virulence chez la souris. La perte de virulence du mutant asnP est réversible aussi bien in vivo qu'in vitro par ajout d'asparagine en excès. F. tularensis, qui est prototrophe pour l'asparagine en milieu minimum, devient donc auxotrophe dans le cadre de sa croissance intracellulaire, et nécessite un transport de cet acide aminé via AnsP. Ce changement de besoins en asparagine entre le milieu extérieur et le milieu intracellulaire illustre bien le phénomène d'adaptation nutritionnel que réalise la bactérie dans le cadre d'une infection. La délétion du second transporteur, IleP, entraine un défaut de croissance en milieu minimum, réversible par ajout de thréonine, un précurseur métabolique de l'isoleucine chez F. tularensis subsp. novicida. Des expériences d'incorporation d'isoleucine marquée ont permis de mettre en évidence la fonction de transporteur d'isoleucine de la protéine IleP. La délétion du gène codant pour IleP entraine également un défaut de multiplication in vitro, associé à un léger retard de sortie du phagosome ainsi qu'une atténuation importante de la virulence chez la souris. Ce transporteur assure donc la captation de l'isoleucine dans des conditions où l'utilisation de la thréonine, ne permet pas d'assouvir les besoins de la bactérie. De façon remarquable, la voie de biosynthèse de l'isoleucine via la thréonine est interrompue chez les sous-espèces tularensis et holarctica. La croissance de ces sous espèces, plus virulentes que novicida, dans la cellule infectée devient donc strictement dépendante du transport de l'isoleucine par IleP. Cet exemple constitue une parfaite illustration de la spécialisation des souches pathogènes aux conditions nutritionnelles de leur hôte. En conclusion, l'ensemble des travaux présentés dans cette thèse a permis de démontrer la participation de deux transporteurs d'acides aminés à la virulence nutritionnelle de la bactérie Francisella.
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Allocations stratégiques des ressouces reproductives, gamétiques et non gamétiques, chez deux espèces d'insectes / Strategic allocation of gametic and non-gametic ressources in two insect speciesJarrige, Alicia 11 December 2015 (has links)
Pour les mâles, non seulement la reproduction est une activité particulièrement couteuse, mais les ressources dont ils disposent pour y faire face s’avèrent souvent largement contraintes. En effet, la production de l’éjaculat (sperme et substances non gamétiques) peuvent générer des couts énergétiques substantiels, voire être limités au cours de la vie des mâles. Par ailleurs, les traits impliqués dans l’attraction des femelles ou la compétition entre mâles rivaux peuvent également être liés à d’importantes dépenses énergétiques et/ou des risques de dommages physiques. Enfin, la sélection sexuelle post-éjaculat (compétition spermatique et choix femelle cryptique) peut fortement affecter leurs chances de paternité. Sous ces conditions, il est attendu que les mâles allouent stratégiquement leurs ressources reproductives au regard (i) des opportunités d’accouplement présentes et futures, (ii) de la qualité reproductive de la femelle et (iii) du risque et/ou de l’intensité de la compétition spermatique. Toutefois, la nature des allocations stratégiques chez les mâles et les contraintes qui influencent leur évolution restent encore mal comprises, en particulier parce que les interactions potentielles entre sélection sexuelle pré- et post-copulatoire peuvent soumettre les mâles à des épisodes sélectifs plus complexes que ceux existants chez les femelles. / Contrasting with a long assumed assumption, reproduction is particularly costly for males. Not only can ejaculate production (sperm and other non gametic materials) induce substantial energetic costs and be drastically limited along males’ life, but the traits involved in mate attraction or competition between rival males might further incur energetic cost and/or risks of injuries. In addition, post-copulatory mechanisms such as sperm competition and cryptic female choice might strongly bias male’s chances of paternity. Under these conditions, males are expected to strategically allocate their reproductive resources according to i) present and future mating opportunities, ii) the female reproductive quality and iii) the risk or intensity of sperm competition. However, the means by which males allocate their reproductive resources as well as the factors affecting their evolution remains poorly understood, in particular because potential interactions between pre and post-copulatory sexual selection makes the selective episodes in males often far more complex than those existing in females. Therefore, during my PhD, I investigated the strategic allocations of male reproductive resources in two insect species: the moth Achroia grisella and the bushcricket Ephippiger diurnus.
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Développement de systèmes photochimiques à base de Quantum Dots hydrosolubles de type coeur CdSe et coeur-coquille CdSe/ZnS / Development of photochemical systems based core CdSe or core-shell CdSe/ZnS water-soluble Quantum DotsChauviré, Timothée 15 December 2014 (has links)
L'utilisation de nanoparticules semi-conductrices colloïdales, appelées quantum dots, est nouvelle pour des applications en photocatalyse redox. Ces nano-objets possèdent une forte absorption dans le visible modulable avec leur taille. De plus, la présence d'une couche de ligands peut rendre ces nanostructures éco-compatibles. Dans ce manuscrit de thèse, une étude de la photocatalyse redox avec des nanoparticules cœur CdSe et cœur-coquille CdSe/ZnS a été réalisée dans le visible en solvant aqueux. Les quantum-dots hydrosolubles sont tout d'abord fonctionnalisés par des ligands de type acide aminé. Trois systèmes photochimiques ont ensuite été testés avec les substrats suivants : dérivés d'acides aminés, vanilline et 8oxodG. L'activité photochimique des nanoparticules semi-conductrices a pu être démontrée et évaluée par la détection de produits de réaction. Le mécanisme de transfert de charge photoinduit a par ailleurs été élucidé par des techniques spectroscopiques durant l'irradiation. / The use of colloidal semiconductor nanoparticles, called quantum dots, is recent in redox photocatalysis. Those nanostructures exhibit strong and size depending visible absorption properties. The ligand shell on the nanoparticle surface can be furthermore managed to realize green applications. Thus the study of redox photocatalysis with core CdSe nanoparticles and core-shell CdSe/ZnS was carried out with visible light in aqueous solvent. Firstly, we synthetized hydrophilic quantum-dots stabilized by amino acids ligands. Secondly, we perform three different studies of photocatalytic systems with the following substrates : modified amino acids, vanillin and 8oxodG. The nanoparticle's photochemical activity was first demonstrated and evaluated by the detection of photochemical products. The photoinduced charge transfer mechanism was elucidated during irradiation by spectroscopic techniques.
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Evaluation du potentiel de sensibilisation de produits chimiques en fonction de leur réactivité / Evaluation of the sensitization of chemicals according to their reactivityGuldemann, Joan 17 July 2013 (has links)
L’allergie est une pathologie touchant un très grand nombre de personnes à travers le monde en particulier dans les pays industrialisés. Actuellement seule l’éviction totale de l’allergène évite toute nouvelle réaction allergique. Jusqu’à présent différents types de tests ont été développés afin de déterminer le pouvoir allergisant d’un grand nombre de composés. Parmi ces tests certains font appel à l’utilisation de la voie animale. Cependant, dans le cadre de la législation sur les cosmétiques ces tests sont amenés à disparaître. Dans ce contexte il est nécessaire de développer des stratégies intégrées combinant à la fois des tests in silico, in chemico et in vitro. Ce travail de thèse propose d’analyser des données de réactivité issues de tests « in chemico » réalisés au laboratoire, et de les comparer avec des données biologiques issues de tests « in vitro » sur l’activation de la voie Keap1/Nrf2/ARE chez les lignées de cellules dendritiques de type THP-1 et MoDCs (INSERM UMR-996). Ainsi, la réactivité de 10 composés connus pour leur implication dans des réactions allergiques a été étudiée au cours de ce travail permettant d’apporter des éléments de réponse sur l’existence d’une corrélation entre la capacité d’une molécule à réagir avec une protéine, et donc à être sensibilisante, et le stress oxydant induisant la maturation des cellules dendritiques. / Contact dermatitis is one of the most common health problems and is highly prevalent in industrialized countries. Currently, only the total eviction of the allergen can prevent further allergic reactions. Since several years, different tests have been developed to determine the sensitization potential of a large number of compounds. Some of them are based on animal models. However, the cosmetic legislation now bans this kind of tests. In this context, the development of integrated strategies based on in silico, in chemico and on in vitro assays seems to be necessary. The aim of this PhD work is to compare reactivity data from in chemico tests realized at the laboratory, with biological data obtained from in vitro tests concerning the activation of the Keap1/Nrf2/ARE pathway in THP-1 and MoDCs dendritic cells (INSERM UMR-996). The reactivity of 10 compounds known for their implication in allergic contact dermatitis has been studied to show if a correlation exists between the potential of sensitization of allergens and the oxidative stress inducing dendritic cells maturation.
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Signals and mechanisms controlling the ubiquitylation and down-regulation of the yeast general amino acid permeaseMerhi, Ahmad 20 May 2011 (has links)
Cell surface transport proteins play a crucial role in all cells, from unicellular organisms to mammals, by conferring to the plasma membrane selective permeability to a wide range of ions and small molecules. The activity of these proteins is very often regulated by controlling their amount at the plasma membrane where they are removed by means of selective endocytosis in response to signals and changes in the environment.<p>One of the membrane proteins of the yeast Saccharomyces cerevisiae whose regulation has been extensively studied is the general amino acid permease. Previous studies on Gap1 and other yeast permeases revealed that ubiquitin plays a key role in the membrane trafficking of these proteins by providing a signal that triggers their internalization in endocytic vesicles and that promote their sorting into intra-endosomal vesicles for subsequent delivery into the lumen of the vacuole, the lysosome of yeast. <p>In the first part of this work, we report the isolation of 64 mutant forms of the Gap1 protein and their exploitation in a systematic functional study of the predicted intracellular regions of the permease. The phenotypic analysis of these mutants revealed an important role of certain amino acid sequences in the (i) transport of the permease through the secretory pathway (ii) intrinsic activity of the permease at the plasma membrane (iii) stability of the protein at the cell surface (iv) sorting of the protein into intra-endosomal vesicles. Further investigation of some of these mutants allowed us to unravel an original mechanism for the degradation of the permease that is independent of its ubiquitylation.<p>In the second part of the work, we used yet other Gap1 mutants to study the signals and pathways inducing the ubiquitylation and endocytosis of the permease. Also, we further investigated the molecular mechanisms inducing Gap1 ubiquitylation. <p>All these results together allow us to better understand the mechanisms controlling the ubiquitin dependent down-regulation of plasma membrane proteins. / Doctorat en Sciences / info:eu-repo/semantics/nonPublished
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Application du carisbamate comme agent neuroprotecteur et modificateur de l’épileptogénèse dans le modèle Lithium-Pilocarpine : évaluation de l’expression protéique et des altérations neurochimiques cérébrales / Carisbamate as neuroprotective agent and epileptogenesis-modifier in the lithium-pilocarpine model : evaluation of protein expression and brain neurochemical changesMarques Carneiro Da Silva, Jose Eduardo 14 April 2015 (has links)
Le carisbamate est la 1ère molécule à avoir un effet modificateur de l’épileptogenèse, dont environ 50% des animaux traités développent des crises d’absence, au lieu des crises limbiques normalement observées dans le modèle de la pilocarpine. Le principal objectif de cette thèse a été celui d’étudier les altérations qui se produisent par le traitement par le carisbamate. Pour cela nous avons effectué une cartographie de l’activité cérébrale, avec un immunomarquage de la protéine c-Fos, et nous avons vérifié les concentrations des monoamines et acides aminés dans l’hippocampe, le thalamus et dans le cortex piriforme par HPLC, 4h après le début du status epilepticus (SE). Enfin, nous avons vérifié le profil d’expression protéique dans l’hippocampe, 2 mois après le SE par électrophorèse bidimensionnelle.Les résultats indiquent que le carisbamate augmente l’activité des noyaux MD et LD du thalamus. Les résultats suggèrent aussi que la dopamine, la noradrenaline, le GABA et la sérotonine peuvent participer à la significative neuroprotection et à l’effet modificateur de l’épileptogenèse du carisbamate. L’étude de protéomique suggère également une réduction globale du métabolisme énergétique cellulaire chez les rats traité par le carisbamate qui développent des crises d’absence. / The carisbamate is the 1st molecule showing an epileptogenesis modifying effect, that about 50% of treated animals develops absence instead limbic seizures, commonly seen in the pilocarpine model. The aim of this thesis was to study the changes that follows carisbamate treatment. Therefore, we made a brain activity cartography, by labelling c-Fos protein, and we quantified the concentrations of amino acids and monoamines in hippocampus, thalamus and piriform cortex, 4h after the status epilepticus (SE). Moreover, we studied the protein expression profile in the hippocampus, 2 month after SE, by two-dimensional electrophoresis.The results points towards an increased activity of MD and LD thalamic nuclei in carisbamate treated rats. Furthermore, dopamine, noradrenaline, GABA and serotonin appears to play a role in neuroprotection and in the epileptogenesis modifying effect of carisbamate. The proteomic study revealed a global reduction of cellular energetic metabolism of carisbamate treated rats that develops absence seizures.
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Synthèse stéréosélective d'aminoacides boronatés et silylés pour le piégeage de fluorures, à visée imagerie médicale / Stereoselective synthesis of boronated and silylated amino acids for fluorine trapping, referred to medical imagingAudi, Hassib 18 December 2012 (has links)
La synthèse stéréosélective d'une nouvelle classe d'amino acides boronatés est réalisée par réaction de Wittig, puis borylation catalysée par un complexe d'iridium. Des amino esters portant un noyau aromatique en position δ de la chaîne latérale, sont tout d'abord préparés par réaction de Wittig d'un sel de phosphonium dérivé d'amino acide avec l'aldéhyde aromatique correspondant, puis estérification et hydrogénation. La borylation de ces amino esters avec le bis(pinacolato)diborane (B2Pin2) en présence d'un complexe d'iridium comme catalyseur, conduit aux dérivés correspondants boronatés avec des rendements atteignant 74% . Enfin, des dérivés iodés ou trifluoroboratés sont facilement obtenus à partir des amino acides boronatés, par réaction avec Nal ou avec KHF2. L'hydrolyse des trifluoroborates d'amino acides en solution tampon a été étudiée par RMN 19F. Dans le cas des amino esters difluorophényle et thiophényle, ces composés montrent une très bonne stabilité à l'hydrolyse. D'un autre côté, la synthèse stéréosélective d'amino acides silylés est également obtenue par réaction de Wittig du sel de phosphonium dérivé d'amino acide avec le 4-di-t-butylsilanobenzaldéhyde. L'amino acide silylé a été utilisé pour la préparation d'un dipeptide avec un rendement de 80%, puis son dérivé fluorosilane sans racémisation, par réaction avec KF. Le dipeptide fluorosilylé obtenu montre une excellente stabilité à l'hydrolyse après 10 jours. Finalement, la méthode de synthèse mise au point, se révèle très efficace pour la préparation d'amino acides boronatés et silylés, et pour leur application au marquage par l'iode ou les fluorures / The stereoselective synthesis of new boronato amino acid derivatives, using Wittig and C-H iridium-catalyzed borylation as key step reactions, is described. Firstly, the synthesis of amino ester precursors bearing an aromatic moiety in -position of the lateral chain, was achieved by Wittig reaction of a phosphonium salt derived from amino acid with the corresponding aromatic aldehyde, then esterification and hydrogenation. The reaction of the amino esters with the bis(pinacolato)diborane reagent (B2Pin2) in presence of an iridium complex as catalyst, leads to the corresponding boronato derivatives in yields up to 74 %. Finally, the iodo- or trifluoroborato derivatives were easily prepared from the boronato amino acid by reaction either with NaI or with KHF2. The hydrolysis of the trifluoroborato amino acid derivatives was studied in buffer solution using 19F NMR monitoring. In the case of the difluorophenyl and thiophenyl amino esters, the corresponding trifluoroborates derivatives show good to excellent stability toward hydrolysis. In addition, the stereoselective synthesis of silano amino acid has been developped by Wittig reaction of the phosphonium salt derived from amino acid with the 4-di-t-butylsilanobenzaldehyde. The silano amino acid was used to prepare a dipeptide with 80% yield, and the corresponding fluorosilane derivative without racemization, by reaction with KF. The hydrolysis of the fluorosilylated dipeptide in aqueous media shows an excellent stability, up to 10 days. Finally, this stereoselective synthesis of hetero substituted amino acids, offers a promising tool for the application of the boronated and silyled derivatives to the fluoride labeling
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Intérêt d'une supplémentation nutritionnelle adaptée dans l'optimisation de la performance physique de travail du chien d'utilité / Interest of a dedicated nutritionnal supplementation in working dog physical performance during workClero, Delphine 24 June 2015 (has links)
La nutrition est un élément clé du maintien de la performance opérationnelle chez le chien de service, lequel fait souvent face à des périodes de travail intense suivies de périodes de récupération de courte durée, l’enchaînement des efforts se répétant fréquemment sur plusieurs jours. Afin d’optimiser la performance, d’éviter l’émergence de pathologies liées à l’effort physique et aux contraintes mentales, et d’améliorer la récupération, l’alimentation est maintenant intégrée de manière prépondérante dans la préparation des athlètes de haut niveau que sont ces chiens. Les objectifs de ce travail furent de : (1) concevoir un supplément nutritionnel de mise/maintien en condition et en étudier les impacts biologiques lorsqu’il est distribué avant et pendant l’effort physique, en s’intéressant plus particulièrement à son adaptation au métabolisme spécifique de l’effort demandé ; (2) concevoir un supplément nutritionnel de récupération et en étudier les impacts biologiques lorsque distribué après l’effort physique en s’axant sur les capacités de récupération à court terme. Le premier supplément développé dans cette thèse se présente sous forme extrudée spécialement conçu, et contenant des acides gras à chaînes courtes et moyennes, associés à un complexe antioxydant. Distribué une heure avant, et au bout de vingt minutes d’effort dans un protocole de course en continu chez le chien de recherche de personnes, il a généré une amélioration de la réponse de l’organisme à l’exercice via un impact positif sur les paramètres physiologiques cardiovasculaires, l’augmentation des triglycérides circulants en début d’effort, et la moindre expression plasmatique de marqueurs pro-inflammatoires et du stress oxydatif dans le groupe supplémenté. Notre deuxième étude, portant sur une supplémentation post-effort chez le chien militaire, a pour objectif d’observer l’impact d’un mélange de maltodextrines (1,5g/kg de poids corporel) et protéines auparavant sélectionnée (0,3g/kg de poids corporel) distribué immédiatement après effort, durant trois périodes d’exercice intense séparées par une heure de repos au cours d’une même journée. Nos résultats montrent une moindre augmentation plasmatique des marqueurs de l’inflammation et des témoins de lésions musculaires dans le groupe supplémenté. Des études complémentaires sont indispensables à envisager pour adapter la supplémentation à chaque typologie d’effort (endurance, mixte, résistance), en testant différents apports qualitatifs et quantitatifs. Elles permettront également de préciser les moments optimaux de distribution de celle-ci (prise unique ou fractionné, délai par rapport à l’effort), et de l’adapter aux conditions environnementales (en particulier les climats chauds, sources de nombreux problèmes chez les chiens de service projetés en opérations extérieures). / Nutrition is a key point in order to maintain performance during operationnal missions in the service dog, who often faces intense periods of work, followed by short resting periods, with a high number of working periods during several consecutive days. To optimise performance, reduce pathologies related to an intense physical exercise and mental stress and improve recovery, nutrition is now considered as one of the most important point in those elite athletes. This work objective were : (1) to develop a nutritionnal supplementation to set and maintain physical conditions when distributed before and during physical exercise, focusing our approach on the necessary adaptation to the specific metabolism involved during the exercise ; (2) to develop a nutritionnal supplementation for the recovery period, distributed just after the exercise and study the consequences of its distribution on biological markers during short term recovery period. The first supplement develop in this work contain short and medium chains fatty acids associated with an antioxidant complex. Given one hour before the work, and after a twenty minutes run during a continuous running test performed on search and rescue dogs, this supplement shows positive impacts on cardiovascular parameters, an increase of triglycerids at the onset of exercise, a reduction of plasmatic expression of proinflammatory and oxidative stress markers in the supplemented group. Our second study focusses on postexercise nutritionnal supplementation in the military dog, in order to observe impacts on a mix of maltodextrins (1.5g/kg body weight) and proteins (0.3g/kg body weight) provided just after the exercise, during three periodsof intense exercise separated by one hour rest periods during a single day. Our results include a reduction of plasmatic inflammatory markers production and of mucular lesions markers in the supplemented group. Further studies are required in order to adapt nutitionnal supplementation to each type of exercise (endurance, mix, resistance), by testing different qualitative and quantitative inputs. They will also permit to precise optimal timing for its distribution (single or fractionned inputs, timing before or after the exercise), and to adapt it to environmental conditions (especially hot climate, that is a cause of numerous problems for service dogs sent to oversees operations).
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Formation photoinduite du radical hydroxyle dans la phase aqueuse du nuage : impact sur les acides carboxyliques et les acides aminés / Hydroxyl radical photogeneration in cloud aqueous phase : impact on carboxylic acids and amino acidsBianco, Angelica 04 November 2016 (has links)
Les nuages représentent un milieu multiphasique complexe et réactif. Une grande partie de composés chimiques atmosphériques de la phase particulaire ou gazeuse se dissout dans les gouttelettes de nuage où peuvent subir des transformations chimiques, photochimiques et microbiologiques. L'eau de nuage a été échantillonnée à la station du puy de Dôme et caractérisée par des mesures physico-chimiques. La première partie de mon travail de thèse est focalisée sur la réactivité de l’eau du nuage. La formation d’espèces réactives, le radical hydroxyle, est étudiée par photolyse directe de sources inorganiques et photolyses nano-pulsée et sa vitesse de formation a été corrélée à la concentration de sources. Les propriétés spectroscopiques et la dégradation d'un composé modèle, l'acide tartronique, ont été étudiés. Les expériences faite par irradiation continue (photolyse directe et induite par le radical hydroxyle) et par photolyse pulsée ont permis de comprendre la réactivité de ce composé dans le milieu nuageux. La deuxième partie de mon travail est focalisée sur la caractérisation et la réactivité de la matière organique dans la phase aqueuse des nuages. La détection et la quantification de tryptophane par spectroscopie de fluorescence et l'étude de sa réactivité ainsi que la détection et quantification d‘acides aminés représente une partie importante de ce travail. Les acides aminés ont été détectés pour la première fois dans l'eau de nuage grâce à l'utilisation d'une méthode chromatographique de dérivation et détection par fluorescence. Ce travail à démontré que les acides aminés peuvent représenter entre 4 et 21 % de la concentration en carbone de la matière organique dissoute dans le nuage. La réactivité des acides aminés avec le radical hydroxyle a été comparée avec celle des acides carboxyliques et de la matière organique dissoute. Ce résultat montre clairement que le rôle des acides aminés comme piège de radicaux hydroxyles ne peut plus être négligé. / Clouds represent a multiphase complex and reactive medium in which gases, liquid particles and aerosols are in continuous interaction. A large fraction of atmospheric chemical compounds present in the particulate and gaseous phases can be transferred to the cloud droplets where can undergo chemical, photochemical and microbiological transformations. Cloud waters were sampled at the puy de Dôme station. The first part of my PhD work is focused on the photoreactivity of cloud water. Formation of a reactive species such as hydroxyl radical, by direct photolysis of inorganic sources was investigated, as well as the correlation between the concentration of sources and the hydroxyl radical formation rate. The spectroscopic proprieties and fate of tartronic acid, were investigated under cloud water conditions. Moreover, photochemical experiments were performed using continuous irradiation (direct and hydroxyl radical mediated photolysis) and nanosecond flash photolysis in order to assess the reactivity of this compound in cloud aqueous phase. The second part of my work is centered on the characterization of organic matter in clouds. Two studies are presented: i) Detection and quantification of tryptophan by fluorescence spectroscopy and the assessment of its reactivity; ii) detection and quantification of amino acids. Amino acids are detected for the first time in cloud water using a derivatization method and this work show that they represent the 9% of the dissolved organic matter in cloud. Their reactivity with hydroxyl radical was compared to the reactivity of carboxylic acids and dissolved organic matter. These results clearly demonstrate that amino acids represent a major sink of hydroxyl radicals in cloud water.
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Étude quantique de sites métalliques dans des peptides et protéines modèles / Quantum study of metal sites in model peptides and proteinsGiard, Aude 03 November 2014 (has links)
La nicotianamine est une molécule naturelle qui joue un rôle essentiel dans la régulation des concentrations en métaux de transition dans les plantes. Sa structure comprend trois acides carboxyliques et trois fonctions amines. L'objectif du travail présenté dans ce manuscrit est d'établir un protocole permettant de reproduire les propriétés de chélation de cette molécule grâce à des calculs de chimie quantique. L'intérêt est d'appliquer ce protocole à des analogues synthétiques de la nicotianamine, afin de prédire leurs propriétés.Le protocole que nous avons mis au point s'articule autour de quatre axes : le calcul des pKa, l'étude des propriétés de chélation, le calcul de tenseur g de résonance paramagnétique électronique et l'analyse des propriétés vibrationnelles. Ces différents points ont nécessité le développement de méthodes de calcul et d'outils innovants. Les calculs de chimie quantique qui ont été effectués sont basés sur la théorie de la fonctionnelle de la densité. On a utilisé des fonctionnelles hybrides, associées à un modèle de solvant implicite ou semi-explicite qui permet de prendre en compte l'effet du milieu.Nous avons proposé une méthode graphique originale adaptée à la nicotianamine permettant le calcul de ses six pKa ainsi que celui des pka des complexes formés avec les métaux de transition. Cette méthode conduit à une bonne précision sur les calcul de pKa dans l'intervalle de pH physiologique. Ces pKa renseignent sur le comportement de la nicotianamine dans différents milieux végétaux. Nous avons aussi envisagé plusieurs protocoles pour l'étude des propriétés de chélation de la nicotianamine.Pour compléter l'étude des complexes de la nicotianamine, nous avons paramétré une méthode simple et rapide de calcul du tenseur g de systèmes moléculaires contenant du cuivre paramagnétique. Enfin, nous avons développé un programme graphique permettant l'analyse des modes de vibration infrarouges de systèmes moléculaires comme les complexes métal-nicotianamine étudiés. / Nicotianamine is a triamino acid that plays an essential role in regulation and transportation of transition metals in plants by a chelation process. Functional analogues of this molecule have already been synthesised that we hope to use for selective soil decontamination thanks to their property changes with respect to nicotianamine. Therefore, the aim of the present work is to find a predictive protocol for the chelating properties of these analogues, using the know example of nicotianamine. We worked out a predictive protocol focusing on the four following points : pKas, chelation, EPR tensors and vibrational properties. It uses quantum chemistry methods such as hybrid DFT functionals and implicit solvent models.The pKa calculations for nicotianamine and metal-nicotianamine complexes were performed using a novel graphical method well suited to these systems. The pKas are useful to understand the effect of the various plants pHs on the complexes. Then we computed the chelation constants and the structures of metal-nicotianamine complexes. As a complement to the study of these complexes, we set up protocols to calculate the EPR tensors of the copper-nicotianamine complex and to analyse the infra-red vibrations of the complexes, using respectively a parametrised method and a local code.
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