Orientador: Bruno Ettore Pavan / Resumo: Para aumentar a eficiência da seleção de indivíduos superiores, o uso de delineamentos experimentais e de métodos adequados de seleção são fundamentais. Este trabalho teve como objetivo verificar a influência de dois tamanhos de parcelas experimentais e comparar os ganhos obtidos com três índices de seleção e seleção direta e indireta aplicados aos valores genotípicos individuais em testes de progênies de E. camaldulensis, para os caracteres forma de fuste, DAP e altura total das árvores. O EXP 1 e EXP 2 foram implantados em delineamento de blocos casualizados, com 133 progênies e espaçamento de 3,0 m x 1,8 m. O EXP 1 foi composto por parcelas experimentais de 5 plantas e quatro repetições e no EXP 2 utilizou-se uma planta por parcela e 20 repetições. As estimativas de componentes de variância e parâmetros genéticos foram obtidas utilizando o método REML/BLUP. Os indivíduos foram selecionados com base nos valores genéticos aditivos individuais, por meio de seleção direta e indireta dos caracteres e por meio dos índices de seleção da soma de postos, dos ganhos genéticos esperados e do somatório Z. O experimento com uma planta por parcela se mostrou mais eficiente na seleção, proporcionando ganhos superiores para caracteres de crescimento e similares para forma de fuste, sendo recomendado para testes de progênies do gênero Eucalyptus. O EXP 2 proporcionou maiores ganhos genéticos com a seleção devido à maior herdabilidade estimada. Os índices de seleção da soma de postos e do ... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: In order to increase the efficiency of selection of superior individuals, the use of experimental design and appropriate selection methods are crucial. This study aimed to investigate the influence of two sizes of plots and compare the gains made with three levels of selection, direct and indirect selection applied to individual genotypic values in E. camaldulensis progeny tests for the variables stem shape, DAP and total height of the trees. The EXP 1 and EXP 2 were established in a randomized complete block design with 133 progenies and spacing of 3.0 m x 1.8 m. The EXP 1 consisted of plots of 5 plants and four replications, and EXP 2 used a plant per plot and 20 replications. Estimates of variance components and genetic parameters were obtained using the REML / BLUP method. Those individuals were selected based on individual genetic additive values, through direct and indirect selection of characters and through the selection indexes of rank, the expected genetic gains and the sum Z. The experiment with one plant per plot was more efficient in the selection, providing superior gains for growth traits and similar to stem shape, being the right one for Eucalyptus progeny tests. In EXP 2 larger genetic gains were obtained with selection due to higher estimated heritability. The selection index of the rank and the sum Z were the most effective with slight superiority index of rank, due to the greater ease of selection by this index. / Mestre

Submitted by Jean Medeiros (jeanletras@uepb.edu.br) on 2018-04-03T17:29:33Z No. of bitstreams: 1 PDF - Geovana Priscilla da Silva.pdf: 23114530 bytes, checksum: 21a71f5f627139e01477f343ef133e79 (MD5) / Approved for entry into archive by Secta BC (secta.csu.bc@uepb.edu.br) on 2018-04-10T15:07:16Z (GMT) No. of bitstreams: 1 PDF - Geovana Priscilla da Silva.pdf: 23114530 bytes, checksum: 21a71f5f627139e01477f343ef133e79 (MD5) / Made available in DSpace on 2018-04-10T15:07:16Z (GMT). No. of bitstreams: 1 PDF - Geovana Priscilla da Silva.pdf: 23114530 bytes, checksum: 21a71f5f627139e01477f343ef133e79 (MD5) Previous issue date: 2018-02-20 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - CAPES / Cotton is one of the most important crops worldwide because of its fiber is used as raw mat e- rial for the textile industry and the processing of fiber generates by-products of great commer- cial value. In Brazil, cotton is cultivated in several regions in different production systems, causing a high interaction genotypes x environments, which makes difficult to obtain adapted and stable materials. The objective of this work was to estimate the genetic parameters, sele c- tion index and phenotypic stability of upland cotton cultivars cultivated in the State of Mato Grosso. Sixteen genotypes were evaluated in eight environments of the State of Mato Grosso from the Regional Cotton Varieties Test from Cotton Breeding Program of Embrapa Cotton for the Savanna conditions in 2008/09 season. The evaluated characteristics were: seed cotton yield, fiber percentage, lint yield, fiber length, fiber strength and micronaire index. Individual and joint analyzes of variance were performed and the genetic parameters were estimated. The Mulamba & Mock selection index was applied and the adaptability and stability analysis was performed based on the GGE biplot multivariate methodology. Using the Mulamba & Mock index, the most productive and adapted genotypes were FM 993, FM 910, followed by CNPA MT 04-2080, BRS BURITI and CNPA MT 04-2088. In relation to the capture ratio of the GxA interaction in the first two axes by GGE biplot methodology it was observed 68.52% and 88.94%, for PROD and PRODF respectively. It was observed similarity in the behavior of the genotypes for the PROD and PRODF characteristics, the majority of the genotypes were stable in the set of environments, except for: BRS BURITI, DELTA OPAL and LD CV 02. As for the set of environments, it was observed that the Pedra Preta environment was the one that most contributed to the GxA interaction. There is genetic variability among the genotypes for the agronomic and fiber quality characteristics, and can be used for crosses in other cotton breeding programs, aiming at the incorporation of specific characteristics. The GGE biplot methodology proved to be very efficient to select stable and adapted genotypes in the cotton crop. / O algodoeiro é uma das mais importantes culturas do mundo, porque sua fibra é usada como matéria prima para a indústria têxtil e o beneficiamento da fibra gera subprodutos de grande valor comercial. No Brasil é cultivado em diversas regiões em diferentes sistemas de prod u- ção, causando uma elevada interação genótipos x ambientes, o que dificulta a obtenção de materiais adaptados e estáveis. O objetivo deste trabalho foi estimar os parâmetros genéticos, o índice de seleção e a estabilidade fenotípica de cultivares de algodoeiro herbáceo cultivados no Estado do Mato Grosso. Foram avaliados dezesseis genótipos em oito ambientes do Estado do Mato Grosso oriundos do Ensaio Regional de Cultivares de Algodoeiro para as condições do Cerrado, safra 2008/09. As características avaliadas foram: produtividade de algodão em caroço, porcentagem de fibras, produtividade da fibra, comprimento de fibras, resistência da fibra e o índice de micronaire. Realizou-se análises de variância individual, conjunta e esti- mou-se os parâmetros genéticos. Em seguida foi aplicado o índice de seleção de Mulamba & Mock e realizada a análise de adaptabilidade e estabilidade baseada na metodologia multiva- riada GGE biplot. Através do índice de Mulamba & Mock, os genótipos mais produtivos e adaptados foram: FM 993, FM 910, seguidos de CNPA MT 04 - 2080, BRS BURITI e CNPA MT 04 - 2088. Em relação a proporção de captura da interação GxA nos dois primeiros eixos pela metodologia GGE biplot para PROD e PRODF, observou-se 68,52% e 88,94%, respecti- vamente. Notou-se similaridade no comportamento dos genótipos para as características PROD e PRODF, a maioria dos genótipos apresentaram-se estáveis no conjunto de ambientes, com exceção de: BRS BURITI, DELTA OPAL e LD CV 02. Quanto ao conjunto de ambientes, verificou-se que o ambiente Pedra Preta foi o que mais contribuiu para a interação GxA. Exis- te variabilidade genética entre os genótipos para as características agronômicas e de qualidade de fibras, podendo serem utilizados para cruzamentos em outros programas de melhoramento do algodoeiro visando a incorporação de características especificas. A metodologia GGE b i- plot mostrou-se bastante eficiente para selecionar genótipos estáveis e adaptados na cultura do algodoeiro.

O milho-doce é um tipo especial de milho, de alto valor nutricional que acumula polissacarídeos solúveis de caráter adocicado no endosperma. O consumo deste vegetal está crescendo no Brasil. Sendo esse um dos maiores países produtores de milho do mundo, há também um enorme potencial de produção de milho-doce. Atualmente, existem 53 cultivares de milho-doce registradas no país, mas apenas uma predomina nas lavouras desta cultura. Nota-se uma demanda por novas cultivares de milho-doce adaptadas às condições tropicais, com altas produtividades e excelente qualidade dos grãos. Há também uma escassez de informações sobre a avaliação e obtenção de cultivares de milho-doce. Os objetivos deste trabalho compreenderam: (i) verificação da viabilidade da utilização de um testador com elevado nível de endogamia e mais selecionado, em relação aos testadores com menores níveis de endogamia e menos selecionados, para obtenção de testcrosses; (ii) verificação do progresso realizado nas médias dos testcrosses; (iii) estimação das correlações entre a produtividade de espigas e os componentes de produção; (iv) aplicação de um índice de seleção para caracterizar e selecionar os melhores testcrosses e (v) verificação da variância genética disponível após a seleção e autofecundação. Foram avaliadas duas populações de milho-doce, em que uma é testadora da outra. Os três tipos de testadores utilizados foram obtidos a partir de uma mistura de linhagens selecionadas da geração anterior, sendo assim eles possuíam duas etapas de seleção e três níveis de endogamia. Visando a seleção de linhagens, 176 testcrosses foram avaliados em duas épocas de plantio, em delineamento casualizado em blocos com três repetições. Foram avaliados os caracteres dias para florescimento masculino(FM), altura das plantas(AP), número de espigas comerciais(EC), produtividade das espigas comerciais(PE), comprimento das espigas(CE), diâmetro das espigas(DE) e enchimento de ponta(EP). Foram observadas diferenças significativas entre as médias dos testcrosses nas análises de variância individuais e conjuntas. As interações entre testcrosses e testadores, nas análises individuais, não apresentaram diferenças significativas, indicando que não houve mudança no ordenamento dos testcrosses quando se utilizaram diferentes testadores. Para a mesma interação, nas análises conjuntas foram estimadas as correlações de Spearman, que se mostraram, na grande maioria, significativas, ou seja, foi detectada correlação entre o ranqueamento dos testcrosses. Para todos os caracteres avaliados, os testcrosses exibiram médias iguais ou superiores à melhor testemunha. Não houve evidências claras da diminuição da variância genética dos testcrosses quando foram utilizados testadores mais endogâmicos e mais selecionados. O testador com endogamia equivalente à das linhagens testadas e mais selecionado mostrou-se tão eficiente quanto os testadores com endogamia menor e menos selecionado. Foram observados valores consideráveis para os progressos realizados nas médias dos testcrosses, na maioria superiores a 1%, quando a seleção se deu nos testadores e nas linhagens, destacando que a utilização de testadores selecionados maximiza as médias dos testcrosses. Observaram-se correlações genéticas positivas (rG≥0,556) entre a produtividade de espigas comerciais e os caracteres EC, CE, DE e EP. O índice utilizado classificou os testcrosses em relação a todos os caracteres avaliados simultaneamente e permitiu a seleção dos melhores. / Sweet corn is a special type of corn, with high nutritional value, which accumulates soluble polysaccharides in the endosperm, so it is sweeter than other types of corn. The consumption of sweet corn is increasing in Brazil. Being one of the major producers of corn in the world, there is also an enormous potential for the production of sweet corn. Currently, there are 53 sweet corn varieties registered in the country, but only one prevails in crops of this species. There is a demand for new varieties adapted to tropical conditions with high grain yield and superior grain quality. Additionally, there is not enough information about evaluation and development of sweet corn varieties for the Brazilian conditions. The goals of this project were: (i) to verify the feasibility of using a tester with high level of inbreeding and more selected in relation to testers with lower levels of inbreeding and less selected to obtain testcrosses; (ii) to verify the improvement of the testcross means; (iii) to estimate correlations between ear yield and production components; (iv) to apply a selection index to rank and select the best testcrosses and (v) to verify the genetic variance available after selection and selfing in the testcrosses. Two populations, where one was the tester of the other, were evaluated. In each cycle of selection testers were obtained from a mixture of selected inbred lines of the previous generation, leading to two levels of selection and three levels of inbreeding. For selection of inbred lines, 176 testcrosses were evaluated in two seasons, in randomized completed blocks with three replications. The traits days to male flowering (FM), plant height (AP), number of commercial ears (EC), ear yield (PE), ear length (CE), ear diameter (DE) and tip fill (EP) were evaluated. There were significant differences between testcross in the individual and the combined analysis of variance. Interactions between testcrosses and testers, from the individual analysis, in general, were not significant, indicating no change in the ranking of testcrosses when using different testers. For this interaction, from the joint analysis, Spearman\'s rank correlations were estimated and showed significance in most cases. For all variables, the testcross means were either equal to or greater than the best control. The level of selection underlying the constitution of a tester did not affect the genetic variance among testcrosses. The tester stemming from more selected inbred lines was as good as testers derived from less selected lines. There was progress in the testcross means, generally higher than 1%; the use of selected testers maximized testcross means. Positive genetic correlations (rG ≥ 0.556) were detected between ear yield and EC, CE, DE and EP traits. The selection index ranked the testcrosses for all traits evaluated simultaneously and allowed selecting the superior ones.

É inegável a importância do melhoramento genético. Na literatura reporta-se que na ausência do melhoramento a produtividade dos cultivos agrícolas poderia ter diminuído. Deste modo, é fundamental avaliar o progresso genético para otimizar a eficiência da seleção e avaliar as técnicas empregadas. O progresso genético foi estudado em várias culturas no Brasil e no mundo. Apesar de feitas interpretações do relacionamento entre caracteres, não foram encontrados na literatura métodos ou estimativas relacionadas ao progresso simultâneo quando mais de um caráter sofre seleção. Como os melhoristas se atém a seleção de mais de um caráter, ao estimar o progresso genético dever-se-ia considerar esse aspecto. Nesse sentido, vislumbrou-se a possibilidade de se reunir a informação de mais de um caráter, tal qual um índice em que restrições sobre o original de Smith representam os progressos individuais estimados. Isto posto, o objetivo deste trabalho foi estimar os progressos genéticos no melhoramento do tabaco para os caracteres de interesse e apresentar uma alternativa interpretativa de reunir os progressos individuais na estimativa do progresso simultâneo. Mensurou-se o progresso genético dos caracteres agronômicos e morfológicos ao longo de 40 anos de melhoramento de tabaco do grupo varietal Virginia pela avaliação de nove linhagens oriundas de quatro fases distintas no delineamento casualizado em blocos com quatro repetições em quatro locais representativos da cultura. Com base nas estimativas e no desenvolvimento teórico do índice com restrições apresentado, reuniram-se as estimativas referentes aos progressos individuais como uma forma de representar o progresso genético simultâneo. A análise de regressão mostrou ganhos significativos por era de 275,29kg há-1 para a produtividade de folhas curadas, o que representa um progresso de 10% da média do ciclo inicial. A altura de plantas, número de folhas expandidas, bem como a largura e comprimento das folhas também mostraram incrementos significativos. Devido à interação genótipos por ambientes, os progressos estimados na média dos quatro locais não são bons preditores dos progressos por local. O índice de qualidade geral e a remuneração do produtor não apresentaram os progressos esperados em razão de essas avaliações terem sido realizadas apenas nas fases finais da seleção. A estimativa do progresso simultâneo aferiu um incremento de 6% por era no cômputo dos caracteres avaliados e reflete o sucesso na seleção e melhoramento simultâneo desses caracteres. O índice desenvolvido não necessita arbitrar pesos econômicos, atende às restrições, e mostrou-se eficaz em reunir os progressos genéticos dos caracteres além de poder ser empregado com o propósito da seleção em níveis não independentes de seleção. / The importance of plant breeding is unquestionable. In the literature, it is reported that in the absence of crop improvement crop yield could have decreased. Therefore, it is crucial to evaluate the genetic progress in order to optimize the efficiency of the selection procedures and evaluate the employed techniques. Data on genetic progress were studied throughout the world as well as in Brazil. Besides the understanding of the underlying relationships between traits, there are no current methods or estimates regarding simultaneous progress, i.e., whenever more than one trait undergo selection. As the breeders generally carry out selection considering more than one trait, when estimating the genetic progress, this particular issue should be considered. In this context, it has become possible to summarize information from more than one trait, as an index, based on the classic Smith index with constraints which represent the estimates of individual traits progress. Thus, the objective of the present work was to estimate genetic progress in a tobacco breeding program and to present an interpretative and promising alternative to address the individual progress and hence estimate the simultaneous progress. The genetic progress of agronomic and morphological traits was estimated over a period of 40 years in which selection was carried out for obtaining superior inbred lines of the Virginia variety group. Nine inbred lines, derived from four distinct eras, were evaluated in randomized complete block designs with four replicates in four Brazilian representative sites of the tobacco crop. Based on both the results and theoretical developments of the constrained index, the estimates of individual progress were combined in order to represent the simultaneous genetic progress. The regression analysis showed a significant gain per era of 275.29kg ha-1 for cured leaf weight, corresponding to a progress of 10% relative to the estimated intercept. Traits such as plant height, expanded leaves, as well as width and length of leaves also showed a significant increase. Given the genotype by environment interaction, the estimated marginal progress of the four sites was not a good predictor of the progress at each site. On the other hand, the leaf quality index and the corresponding commercial value did not show the aimed trend due to the fact that both evaluations were performed at the final trials. The simultaneous progress increased the set of traits by 6% per era relative to the intercept. This reflects the sucess of selection and simultaneous improvement of traits. The proposed index does not require attributing economic weights, satisfies the restrictions, is effective in summarizing the genetic progress of multipletraits and can be applied considering multitrait selection through non independent culling levels.

Genomic selection consists of using predicted effects of genetic markers to predict breeding values and/or genotypic values of genotyped individuals. With this approach, selection can be carried based only on those predicted breeding values, reducing the need for further phenotypic evaluations. This represents a great advance in terms of cost and effectiveness of selection in breeding programs of all kinds of crops. In the first chapter of this work, we explore one of the ways genomic selection can be used to increase efficiency when breeding clonally propagated crops for multiple traits. Using stochastic simulations, we show that an economic selection index should be preferred over independent culling. Our results show that the use of genomic selection may render the cost-efficiency benefit of independent culling obsolete when all early generation individuals are genotyped and accurate prediction of all traits becomes available simultaneously. Despite the potential benefits of selecting based on predicted breeding values, for some clonally propagated species the complexity of their genomes limits the implementation of genomic selection in breeding programs. Since including allele dosage information has been shown to improve performance of genomic selection models in autotetraploid species, our objective in the second chapter of this work was to assess the accuracy of genome-wide prediction in the highly complex polyploid sugarcane when incorporating allele dosage information. In this chapter, we expanded GBLUP genomic selection models developed for autotetraploids to include higher levels of ploidy. Two types of model were used, one with additive effects only and one with additive and digenic dominance effects. We observed a modest improvement in the performance of the prediction model when ploidy and allele dosage estimates were included, indicating that this is a possible way of improving genomic selection in sugarcane. The results obtained in both studies can assist researchers and breeders of clonally propagated crops, opening new research opportunities and indicating the most efficient ways to implement genomic selection. / A seleção genômica consiste no uso de efeitos preditos de marcadores genéticos para predizer os valores genéticos e/ou genotípicos de indivíduos genotipados. Desta forma, a seleção de genótipos superiores pode ser feita baseada apenas em valores genéticos preditos, reduzindo a necessidade de avaliações fenotípicas subsequentes. Isto representa um grande avanço em termos de custos e eficiência da seleção em programas de melhoramento de todos os tipos de culturas. No primeiro capítulo deste trabalho, nós exploramos uma das maneiras com que a seleção genômica pode ser utilizada para aumentar a eficiência no melhoramento simultâneo para múltiplos caráteres em espécies de propagação vegetativa. Utilizando simulações estocásticas, nós mostramos que um índice de seleção econômico deve ser utilizado no lugar da eliminação independente (independent culling). Os resultados mostram que o uso da seleção genômica pode tornar o custo-benefício da eliminação independente obsoleto se indivíduos em gerações iniciais forem genotipados e predições acuradas para todos os caráteres estiverem disponíveis desde o início. Apesar dos potenciais benefícios de realizar a seleção com base em valores genéticos preditos, para algumas espécies de propagação vegetativa a complexidade de seus genomas é um fator limitante para a efetiva implementação da seleção genômica em programas de melhoramento. Considerando que incluir a informação de dosagem alélica melhorou a performance de modelos de seleção genômica em espécies autotetraploides, nosso objetivo no segundo capítulo deste trabalho foi avaliar a acurácia da predição genômica com informação de dosagem alélica em cana-de-açúcar, que é uma complexa espécie poliploide. Neste capítulo, nós expandimos modelos GBLUP de seleção genômica desenvolvidos para autotetraploides para incluir níveis mais altos de ploidia. Dois modelos foram utilizados, um modelo com somente efeitos aditivos e um modelo com efeitos aditivos e efeitos de dominância digênica. Nós observamos uma modesta melhora na performance do modelo preditivo quando estimativas de ploidia e dosagem alélica foram incluídas, indicando que esta é uma possível maneira de aprimorar a seleção genômica em cana-de-açúcar. Os resultados obtidos nos dois estudos podem auxiliar pesquisadores e melhoristas de espécies de propagação vegetativa, abrindo portas para novas pesquisas e indicando as maneiras mais eficientes para implementação da seleção genômica.

Made available in DSpace on 2014-07-29T15:13:42Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Tese Fernando Brito Lopes.pdf: 2440791 bytes, checksum: e2b0f0d68c27ff72334b6e2591e57e68 (MD5) Previous issue date: 2011-08-05 / The objectives and selection criteria used for dairy goats in Brazil are determined empirically. Brazil has climate, soil and environmental diversity, as well as distinct socioeconomic and political realities, producing distinctions among the political administrative regions of the country. The aim of this study was to obtain spatial distribution of physical, climatic and socioeconomic aspects that best discriminate the Brazilian dairy goats production, identifying the characteristics of higher socio-economic relevance for intensive or semi-intensive rearing of dairy goats, derive economic weights for selection objectives and propose selection indices whose criteria are easy to be collected by breeders of dairy goats in Brazil. The spatial analysis was performed using local climatic variables, physical and socioeconomic. The selection objectives were defined by their relative economic importance to farming systems. The economic value of each characteristic was calculated as the difference between the average profit before and after the upgrade, after increasing by 1% each feature, keeping the average remaining unchanged. It was proposed eight selection indices. The traits included in each indice were: I and V indices, milk production (MP) and lactation length (LL); II and VI indices, MP, LL, and age at first calving (AFC); III and VII indices, MP , LL, AFC and calving interval (CI) and IV and VIII indices, MP, LL, AFC, CI, somatic cell count (SCC) and total solids (TS). To test the selection indices were simulated dairy goats herds using selection intensities of 10%, 25% and 50%. For each herd, were simulated MP, LL, AFC, CI, SCC and TS. To compare the means was used the Tukey test (p<0.01). Multivariate analysis revealed distinctions between the Brazilian Regions. Climatic factors were most important for discrimination between the regions of Brazil. Thus, animal breeding programs should be implemented according to the specificities of each region. The average profit of the semi-intensive system was higher than the intensive system, R $ 0.18 and $ 0.14, respectively. Productive and reproductive traits were improved by selecting animals for PL, DL, IPP and IDP simultaneously. Having differentiated payment for milk of better quality, for the levels of EST and SCC, we suggest the use of indices with these selection criteria. The choice and use of these indices depend on the definition of the objectives of selection and ease of measurement of selection criteria to be used. / Os objetivos e critérios de seleção utilizados para caprinos leiteiros no Brasil são determinados empiricamente. Há diversidade edafoclimática e realidades socioeconômicas e políticas distintas no Brasil. Isto contribui para diferenciar as regiões político administrativas do país. Assim, Objetivou-se espacializar os fatores físicos, climáticos e socioeconômicos que melhor discriminam a produção de caprinos leiteiros no Brasil; identificar as características de maior relevância sócio-econômica para sistemas intensivo e semi-intensivo de criação de caprinos leiteiros, derivar ponderadores econômicos para os objetivos de seleção e propor índices de seleção cujos critérios sejam fáceis de serem coletados por criadores de caprinos leiteiros no Brasil. As análises de espacialização municipal foram realizadas utilizando variáveis climáticas, físicas e socioeconômicas. Os objetivos de seleção foram definidos por meio de sua importância econômica relativa aos sistemas de criação. O valor econômico de cada característica foi calculado pela diferença entre o lucro médio antes e depois do melhoramento, após aumentar cada característica em 1%, mantendo a média das demais inalterada. Foram propostos oito índices de seleção. As características incluídas em cada índice foram: índices I e V, produção de leite (PL) e duração da lactação (DL); índices II e VI, PL, DL e idade ao primeito parto (IPP); índices III e VII, PL, DL, IPP e intervalo de partos (IDP); e, índices IV e VIII, PL, DL, IPP, IDP, contagem de células somáticas (CCS) e extrato seco total (EST). Para testar os índices de seleção propostos, foram simulados rebanhos de caprinos leiteiros, utilizando intensidades de seleção de 10%, 25% e 50%. Em cada rebanho, foram simuladas PL, DL, IPP, IDP, CCS e EST. Para comparação das médias utilizou-se o teste de Tukey (p<0,01). As análises multivariadas evidenciaram distinções entre as regiões político administrativas do Brasil. Os fatores climáticos foram os mais importantes na discriminação entre as regiões brasileiras. Assim, programas de melhoramento genético animal devem ser implementados de acordo com as especificidades de cada região. O lucro médio do sistema semi-intensivo foi maior que o sistema intensivo, R$ 0,18 e R$ 0,14, respectivamente. Características produtivas e reprodutivas foram melhoradas ao selecionar os animais para PL, DL, IPP e IDP, simultaneamente. Havendo pagamento diferenciado por leite de melhor qualidade, em relação aos teores de EST e CCS sugere-se a utilização dos índices com estes critérios de seleção. A escolha e utilização destes índices dependerão da definição dos objetivos de seleção e da facilidade de mensuração dos critérios de seleção a serem utilizados.

Submitted by Franciele Moreira (francielemoreyra@gmail.com) on 2018-10-15T13:46:38Z No. of bitstreams: 2 Dissertação - Helton Salles da Silva - 2017.pdf: 3105351 bytes, checksum: 0468af71a8e8a4810e5e7793d972203c (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) / Approved for entry into archive by Luciana Ferreira (lucgeral@gmail.com) on 2018-10-15T14:48:27Z (GMT) No. of bitstreams: 2 Dissertação - Helton Salles da Silva - 2017.pdf: 3105351 bytes, checksum: 0468af71a8e8a4810e5e7793d972203c (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) / Made available in DSpace on 2018-10-15T14:48:27Z (GMT). No. of bitstreams: 2 Dissertação - Helton Salles da Silva - 2017.pdf: 3105351 bytes, checksum: 0468af71a8e8a4810e5e7793d972203c (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Previous issue date: 2017-08-30 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - CAPES / The common bean culture (Phaseolus vulgaris L.) plays an important role in human feeding and its use occurs in a wide range of planting’s systems. Therefore, it is indeed necessary to develop cultivars adapted to these different systems and which serves both the needs of producers and consumers. Different factors have contributed to decrease the crop yield, among these, we highlight the common bacterial blight (CBB) caused by Xanthomonas axonopodis pv. Phaseoli and Xanthomonas fuscans subsp. Fuscans. In this sense, the main objectives of the present study was to: (i) evaluate the genetic potential and to select superior progenies from a population of recurrent selection for resistance to CBB in common bean of the black commercial group; (ii) study the adaptability and stability of families S0:4, S0:5 and S0:6 in different environments; (iii) estimate the genetic gains obtained with the selection of the ten best families; and (iv) select families that are resistant to CBB while associated to other variables of agronomic importance such as grain yield, plant bedding and resistance to anthracnose. Sixty families of a C0 population were evaluated in the years 2015 and 2016 in different environments, in randomized blocks design with three replicates. After the evaluations, analyzes of individual and joint variance were performed, as well as the application of the ranks sum index using “Genes” software. Subsequently, analyzes of adaptability and phenotypic stability were performed in the selected families, using the methodology of Nunes et al. From the simultaneous selection for grain yield and resistance to CBB, ten families considered more promising were selected. Then, a new selection was made, including the plant bedding criteria and, lastly, the variable anthracnose resistance was included. Selection gains were obtained for all the variables. Most of the selected families presented better individual results in relation to the resistance to CBB variable. And the great majority of the selected families presented themselves adapted and stable, mainly in comparison with other bean treatments. Among the families with the best performance, the families SRCP.55 and SRCP.318 were highlighted for grain yield, resistance to CBB and anthracnose. By selecting these families, it is expected that they may be used in hybridization stages carried out in new studies, either as parents in other programs as sources of resistance to CBB, or in their use as new cultivars. / A cultura do feijoeiro-comum (Phaseolus vulgaris L.) tem grande importância na alimentação humana e seu emprego se dá nos mais variados sistemas de plantio. Logo, há a necessidade de desenvolvimento de cultivares adaptadas a esses diferentes sistemas e que atendam concomitantemente às necessidades de produtores e consumidores. Diferentes fatores têm contribuído para diminuir a produtividade da cultura, dentre estes, destaca-se o crestamento bacteriano comum (CBC) causado por Xanthomonas axonopodis pv. phaseoli e Xanthomonas fuscans subsp. fuscans. Neste sentido, o presente trabalho teve como objetivos: (i) avaliar o potencial genético e selecionar progênies superiores oriundas de uma população de seleção recorrente para resistência ao CBC em feijoeiro-comum do grupo comercial preto. (ii) estudar a adaptabilidade e estabilidade das famílias S0:4, S0:5 e S0:6 em diferentes ambientes; (iii) estimar ganhos genéticos obtidos com a seleção das dez melhores famílias; (iv) selecionar famílias resistentes ao CBC associadas a outras variáveis de importância agronômica como produtividade de grãos, acamamento de planta e resistência à antracnose. Foram avaliadas 60 famílias de uma população C0 nos anos de 2015 e 2016 em diferentes ambientes, no delineamento em blocos ao acaso com três repetições. Após as avaliações, foram feitas análises de variância individual e conjunta, bem como a aplicação do índice da soma de “ranks” utilizando-se o programa “Genes”. Posteriormente, as famílias selecionadas foram submetidas às análises de adaptabilidade e estabilidade fenotípica, de acordo com a metodologia de Nunes et al. Foram selecionadas, partindo-se da seleção simultânea para produtividade de grãos e resistência ao CBC, dez famílias consideradas mais promissoras. Em seguida, foi feita nova seleção, incluindo-se o acamamento de planta e sendo incluída, por fim, a variável resistência à antracnose. Obteve-se ganhos de seleção para todas as variáveis. A maior parte das famílias selecionadas apresentou melhores resultados individuais em relação à variável de resistência ao CBC. E a grande maioria das famílias selecionadas mostraram-se adaptadas e estáveis, principalmente, quando comparadas às testemunhas. Dentre as famílias de melhor desempenho, se destacaram as famílias SRCP.55 e SRCP.318 para produtividade de grãos, resistência ao CBC e antracnose. Com a seleção dessas famílias, espera-se que as mesmas possam vir a ser utilizadas em etapas de hibridizações realizadas em novos estudos, seja como genitores em outros programas como fontes de resistência ao CBC, seja também em sua utilização como novas cultivares.

Submitted by Luciana Ferreira (lucgeral@gmail.com) on 2018-10-26T11:12:48Z No. of bitstreams: 2 Dissertação - Danilo Valente Almeida - 2018.pdf: 5553896 bytes, checksum: 61990cf86f4e74d18c068de3d8e168b3 (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) / Approved for entry into archive by Luciana Ferreira (lucgeral@gmail.com) on 2018-10-29T10:35:58Z (GMT) No. of bitstreams: 2 Dissertação - Danilo Valente Almeida - 2018.pdf: 5553896 bytes, checksum: 61990cf86f4e74d18c068de3d8e168b3 (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) / Made available in DSpace on 2018-10-29T10:35:59Z (GMT). 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Thus, this work has for objectives: I) To investigate the genetic variability and the environment and genotype-environment interaction effects on seed iron (FeC), zinc (ZnC), crude fiber (CF) and protein content (PC), cooking time (CT), grain yield (GY), 100 grain weight (GW), sieve yield (SY), grain color at harvest (GCH) and grain color after 90 days of storage (GCS); II) To evaluate the degree of information of evaluations for grain quality conducted in an environment; III) To estimate genetic parameters and genetic gains for FeC, ZnC, CF, PC and CT; IV) To estimate phenotypic, genetic and environmental correlations between grain quality traits and GY; V) To select advanced common bean lines with carioca grain type superior for grain quality. 81 common bean lines with carioca grain type were evaluated in Preliminary Tests (PT) in triple lattice design 9x9 with plots of two 4-meter rows. In these trials the traits GY, SY and GW were evaluated and FeC, ZnC, CF, PC and CT were evaluated in only one PT. In this trial the phenotypic and genetic parameters and the genetic gains were estimated. The 20 superior lines were selected considering FeC, ZnC, CF, PC and CT and then evaluated in Validation Tests (VT), conducted in 9environments, between 2015 and 2017, in randomized complete block design with 3 replicates and plots of one 4-meters row. Analysis of variance and joint analysis were performed for all the grain quality traits FeC, ZnC, CF, PC, CT, GY, SY, GCH, GCS and GW evaluated on VT. The phenotypic, genetic and environmental correlations were estimated between the traits FeC, ZnC and GY. The phenotypic adaptability and stability parameters were estimated based on the method proposed by Nunes et al. (2005) and the selection of the best genotypes for grain quality was performed based on the index of Mulamba & Mock (1978). The preliminar evaluation of the grain quality traits was efficient and suficient for selecting the superior genotypes for FeC, CF, PC and CT, however, based on the GxE interaction detected, it is recommended to evaluate in at least 2 environments. Significant effects of genotype, environment and genotype-environment were detected for all the traits evaluated on VT. Based on the genetic variability detected, genetic gains can be obtained with the selection for FeC, ZnC, PC and CT, but for CF the available variability is a challenge to obtain important gains. The phenotypic and genetic correlations between FeC and ZnC were significant, wich indicate simultaneous gains for these traits. The lines CNFC 16627, CNFC 16518, CNFC 16602, CNFC 16615 and CNFC 16520 can be used for the improvement of carioca grain quality. / O feijoeiro-comum (Phaseolus vulgaris L.) está entre as principais culturas destinadas à alimentação, exercendo importante papel na garantia da segurança alimentar. O feijão é fonte importante de proteínas, além de fornecer quantidade considerável de fibras e micronutrientes como ferro e zinco. Neste sentido, a procura por genótipos de grãos de alto valor nutritivo e queatendam aos padrões de comercialização está entre os objetivos do programa de melhoramento do feijoeiro-comum, em especial o feijão carioca, de maior preferência, tendo em vista a demanda por alimentos mais nutritivos e de preparo rápido. Nesse sentido o presente trabalho tem por objetivos: I) investigar o efeito de genótipos, ambientes e da interação de genótipos com ambientes para os teores de ferro (TFe), zinco (TZn), fibra bruta (FB), proteína (PB), tempo de cocção (TC), produtividade de grãos (PG), rendimento de peneira (RP), massa de cem grãos (M100), cor de grãos na colheita (CGC) e cor de grãos após armazenamento (CGA); II) Avaliar o grau de informatividade de avaliações para qualidade de grãos realizada em apenas um ambiente; III) estimar parâmetros genéticos e ganhos de seleção para TFe, TZn, FB, PB e TC; IV) estimar correlações genéticas, fenotípicas e ambientais entre caracteres de qualidade de grãos e PG; V) Selecionar linhagens-elite de feijoeiro-comum do grupo carioca superiores para qualidade de grãos. Foram avaliadas 81 linhagens de feijoeiro-comum do grupo carioca em Ensaios Preliminares de Linhagem (EPL) em um látice triplo 9x9, com parcelas de duas linhas de 4 metros. Nestes ensaios foram avaliados os caracteres PG, RP e M100, sendo que TFe, TZn, FB, PB e TC foram avaliados em apenas um ambiente. Neste ensaio foram estimados os parâmetros genéticos, fenotípicos e os ganhos esperados com a seleção. As 20 linhagens superiores foram selecionadas considerando TFe, TZn, FB, PB e TC que foram posteriormente avaliadas nos Ensaios de Validação (EV), em 9 ambientes, em delineamento de blocos casualizados, com três repetições e parcelas de uma linha de 4 metros. Foram realizadas análises de variância individuais e conjunta para todos os caracteres de qualidade de grãos e PG. Foram estimadas correlações genéticas, fenotípicas e ambientais entre TFe, TZn e PG. A adaptabilidade e estabilidade fenotípica foram estimadas pelo método de Nunes et al. (2005) e a seleção dos genótipos superiores para qualidade de grãos, realizada com base no índice de Mulamba & Mock (1978). Foi constatado efeito significativo de ambientes, genótipos e da interação de genótipos com ambientes para todos os caracteres avaliados. A avaliação preliminar dos caracteres de qualidade de grãos foi eficiente e suficiente para a seleção de genótipos superiores para TFe, FB, PB e TC, no entanto, devido a interação GxA detectada, recomenda-se que a avaliação seja feita em pelo menos dois ambientes. Com base na variabilidade genética existente, ganhos genéticos podem ser obtidos com a seleção para TFe, TZn, PB e TC, mas para FB a variabilidade disponível é um desafio para a obtenção de ganhos importantes. Foram constatadas correlações genéticas e fenotípicas entre TFe e TZn, o que possibilita ganhos simultâneos para esses caracteres. As linhagens CNFC 16627, CNFC 16518, CNFC 16602, CNFC 16615 e CNFC 16520 são indicadas para o melhoramento da qualidade de grãos em feijão carioca.

Submitted by Franciele Moreira (francielemoreyra@gmail.com) on 2018-11-12T11:55:30Z No. of bitstreams: 2 Dissertação - Ailton José Crispim Filho - 2018.pdf: 3672012 bytes, checksum: b365991a12b8e3c0cfd0eacb8a2eb939 (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) / Approved for entry into archive by Luciana Ferreira (lucgeral@gmail.com) on 2018-11-12T13:02:35Z (GMT) No. of bitstreams: 2 Dissertação - Ailton José Crispim Filho - 2018.pdf: 3672012 bytes, checksum: b365991a12b8e3c0cfd0eacb8a2eb939 (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) / Made available in DSpace on 2018-11-12T13:02:35Z (GMT). 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The objective of this study was: (i) to evaluate the genetic potential of the “Composto Calor” maize population (CCR1) for grain yield and its components to recurrent selection; (ii) compare the genetic gains obtained by the direct selection in grain yield with those obtained by the Z Index and the Mulamba & Mock Index; and (iii) to estimate genetic and phenotypic correlations between agronomic traits and the cause and effect relationships of the yield components with grain yield to establish criteria in the indirect selection process. Thus, 141 half-siblings progenies and three checks were evaluated using a 12 x 12 triple lattice design in 2017/2018 growing season in the UFG, Goiânia-GO and second crop 2017/2018 in the UFJ, Jataí-GO. The traits evaluated were: number of days to anthesis, number of days to silking, anthesis-silking interval, plant height, ear height, ear ratio, stalk lodging, ear prolificacy, kernels per row, number of grains per row, ear diameter, ear length, cob diameter, grains length, ear weight and grain yield. Significant differences were found among progenies for all traits, indicating the presence of variability. The genetic gains with selection ranged from -38.19% for anthesis-silking interval to 10.86% for grain yield, and the selection index of Mulamba & Mock showed better indirect response for this last trait. All traits exhibited at least one significant genetic or phenotypic correlation estimate, indicating that changes in one trait may change the mean of other correlated. Therefore, the CCR1 population has potential to recurrent selection, the selection index of Mulamba & Mock is more efficient in the selection of the progenies to be recombined in successive selection cycles, and plant height, ear diameter, and ear weight are the most appropriate traits to perform selection aiming to achieve indirect genetic gains for grain yield. / A seleção recorrente com progênies de meios-irmãos é o método mais utilizado no melhoramento de populações de milho. Para que esse método seja eficiente, é necessário contar com populações que possuam variabilidade genética potencial a ser explorada para caracteres agronômicos de interesse. Nesse sentido, são estimados, a cada ciclo, parâmetros genéticos e fenotípicos, a fim de verificar a magnitude e manutenção da variabilidade presente, os possíveis ganhos com a seleção e, assim, o potencial e permanência da população no programa de seleção recorrente. Esses parâmetros orientam sobre as melhores estratégias de seleção a serem adotadas para a condução do programa de melhoramento. Objetivou-se com este estudo: (i) avaliar o potencial genético da população de milho “Composto Calor” (CCR1) em produtividade de grãos e seus componentes para seleção recorrente; (ii) comparar os ganhos genéticos obtidos com a seleção direta na produtividade de grãos aos obtidos pelos índices de seleção Z e de Mulamba & Mock; e (iii) estimar as correlações genéticas e fenotípicas entre os caracteres, e as relações de causa e efeito dos componentes de produção com a produtividade de grãos para estabelecer critérios no processo de seleção indireta. Para isso, 141 progênies de meios-irmãos e três testemunhas comerciais foram avaliadas em delineamento látice triplo 12 x 12 na primeira safra de 2017/2018 na UFG, Goiânia-GO, e na segunda safra de 2017/2018 na UFJ, Jataí-GO. Os caracteres avaliados foram: florescimento masculino, florescimento feminino, intervalo de florescimento, altura de plantas, altura de espigas, posição relativa das espigas, acamamento e quebramento de plantas, prolificidade, número de fileiras de grãos na espiga, número de grãos por fileiras, diâmetro de espigas, comprimento de espigas, diâmetro de sabugos, comprimento de grãos, peso de espigas e produtividade de grãos. Foram encontradas diferenças significativas entre as progênies para todos os caracteres, indicando presença de variabilidade genética. Os ganhos genéticos com a seleção variaram de -38,19% para intervalo de florescimento a 10,86% para produtividade de grãos, sendo que o índice de seleção de Mulamba & Mock apresentou melhor resposta indireta neste último caráter. Todos os caracteres apresentaram ao menos uma estimativa de correlação genética ou fenotípica significativa, indicando que mudanças em um dado caráter, podem alterar a média de outros correlacionados. Conclui-se que a população CCR1 tem potencial para ser utilizado em um programa de seleção recorrente, sendo o índice de seleção de Mulamba & Mock mais eficiente na seleção das progênies a serem recombinadas nos sucessivos ciclos de seleção, e que a altura de plantas, diâmetro de espigas e peso de espigas são os caracteres mais apropriados para realizar a seleção visando ganhos genéticos indiretos na produtividade de grãos.

As frutíferas nativas do Brasil são subexploradas comercialmente, sendo que os programas de melhoramento genético são bastante incipientes, devido a muitas limitações associadas à fisiologia e biologia dessas espécies, embora apresentem potencial econômico tanto para o consumo in natura como para o processamento industrial. No Brasil, o maracujá-doce (Passiflora alata) está conquistando novos clientes e mercados, e tem atingido preços até três vezes maiores do que os do maracujá-azedo, amplamente cultivado no país. Os frutos do maracujá-doce são muito apreciados, embora apenas a seleção empírica tenha sido praticada. Evidentemente, seria muito vantajoso obter uma variedade geneticamente superior em termos de qualidade e produção de frutos. Nesse sentido, nosso grupo de pesquisa tem focado esforços visando a caracterizar geneticamente uma população segregante de maracujá-doce. Aqui, foram avaliados 30 genótipos desta população, previamente selecionados como superiores. Estes foram plantados sob três condições experimentais: Anhumas (2014/2015 e 2015/2016) e Piracicaba (2015/2016). Foi utilizado o delineamento em blocos casualizados, sendo que as análises genético-estatísticas tiveram por base a abordagem de modelos mistos para a predição dos valores genéticos (BLUPS). Foram estimados parâmetros genéticos e fenotípicos, herdabilidade, correlações genéticas e resposta esperada à seleção relativamente a peso (PF), comprimento (CF) diâmetro (DF) do fruto, espessura (EC) e peso (PC) da casca, peso (PP) e rendimento de polpa (RP), teor de sólidos solúveis totais (SST) e Produtividade. Os resultados mostraram haver altas correlações genéticas entre os principais atributos do fruto, assim como valores elevados de herdabilidade (desde 0,45 para PF a 0,94 para EC), valores que favorecem a prática de seleção. Em seguida, foi aplicado índice multiplicativo para fins de seleção e seis genótipos foram indicados como superiores, quais sejam: 49, 21, 107, 125, 140 e 122. Nossos resultados devem auxiliar outros estudos e iniciativas de seleção de genótipos mais produtivos, evidenciando a grande utilidade de ferramentas estatísticas modernas para se obter maior resposta à seleção. Em paralelo, foi estudada a resposta do maracujá-doce à infecção causada por Xanthomonas axonopodis. Dois genes, previamente identificados como superexpressos no maracujá-azedo, e que codificam as enzimas lipoxigenase-2 e (+)-neomentol desidrogenase foram aqui analisados via qPCR. No maracujá-doce observou-se maior expressão da (+)-neomentol desidrogenase, enzima associada à resposta de hipersensibilidade. Os sintomas da doença sugerem que a resposta de hipersensibilidade é particular no maracujá-doce, já que ocorre a queda precoce das folhas, evitando a disseminação sistêmica da bactéria. / Brazilian native fruit species are under-exploited commercially, and breeding programs are quite incipient due to many limitations associated with the physiology and biology of these species, although having economic potential both for in natura consumption as well as for industrial processing. In Brazil, the sweet passion fruit (Passiflora alata) is conquering new customers and markets, and has riched up to triple the sour passion fruit prices, widely grown in the country. The fruits of the sweet passion fruit are much appreciated, although only empirical selections have been practiced. Evidently, it would be very beneficial to obtain a genetically superior variety in terms of fruit quality and production. In this scenario, our research group has focused efforts to genetically characterize a segregating population of sweet passion fruit. Here, we evaluated 30 genotypes previously selected from this population by field-cultivating them under three experimental conditions: Anhumas (2014/2015 and 2015/2016) and Piracicaba (2015/2016). A randomized block design was used, and the genetic-statistical analyzes were based on a mixed-effects model approach in order to predict the genetic values (BLUPS). We estimated genetic and phenotypic parameters, as heritability, genetic correlations and expected response to selection for weight (WF), length (LF) diameter (DF) of the fruit, thickness (TS) and weight (WS) of the shell, weight (WP) and pulp yield (PY), total soluble solids (SS) and fruit yield. We found high genetic correlations between the main fruit attributes, as well as high values of heritability (from 0.45 for WF up to 0.94 for TS), values that may favor selection practices. Then, we applied a multiplicative selection index and six superior genotypes were selected, which are: 49, 21, 107, 125, 140 and 122. Our results may assist other studies and initiatives of selection of more productive genotypes, showing the great usefulness of modern statistical tools to obtain greater responses to selection. In parallel, we studied the response of sweet passion fruit to infection caused by Xanthomonas axonopodis. Two genes, previously identified as overexpressed in sour passion fruit, and that encode the enzymes lipoxygenase-2 and (+)-neomentol dehydrogenase were herein analyzed via qPCR. In the sweet passion fruit an increased expression of (+)- neomentol dehydrogenase, an enzyme associated with hypersensitivity response, was observed. The disease symptoms suggest that the response of hypersensitivity is particular in sweet passion fruit, since it provokes the premature fall of the leaves, thereby preventing the systemic bacterial dissemination.