Problématique : Les fièvres hémorragiques virales (FHV) sont caractérisées de maladies à mortalité rapide parce que causant la mort dans 50% à 90% des cas cliniquement diagnostiqués (Hewlett et Hewlett, 2005). Le virus Ébola a sévi en 2014 en Afrique faisant plus de 28.607 cas et 11.289 décès. Le virus de Lassa infecte chaque année 100 000 à 300 000 personnes en Afrique de l’Ouest et en tue plus de 5000. La République du Bénin a connu entre 2014 et 2018 quatre épidémies confirmées de FHV Lassa et s’est inscrit sur la liste des pays endémiques à la maladie Lassa. Au total 43 décès, dont 5 agents de santé (un médecin et 4 prestataires de soins) sur 93 personnes infectées ont été enregistrés. Chaque flambée épidémique déclenche une crise de panique dans la population et au sein des agents de santé. But : Cette étude qualitative vise à explorer la pratique infirmière en contexte d’épidémie de FHV Lassa au Bénin afin de mieux comprendre les raisons qui expliquent les fortes létalités enregistrées dans la population et dans le rang des agents de santé. Cadre de référence : Le cadre de référence de l’étude intègre trois éléments : la théorie des soins centrés sur la personne de McCormack et McCance (2015), le cadre de soins fondamentaux de Kitson, Robertson‐Malt et Conroy (2013) et les guides des mesures de prévention et de contrôle des FHV de l’Organisation Mondiale de la Santé (OMS, 2014b) et du Centre de Prevention et de Contrôle et des infections (CDC, 2014). Méthode : Dans le cadre de cette recherche, un devis qualitatif de type d’étude de cas multiple est utilisé avec une approche exploratoire, descriptive et explicative. Trois techniques sont utilisées pour la collecte des données, il s’agit de l’entrevue (type narratif), de l’exploration documentaire et de l’observation. Au total cinq groupes de participants sont recrutés : les survivants patients (n= 4), les survivants patients soignants (n= 2), les prestataires de soins infirmiers et obstétricaux (n= 6), les témoins n’ayant pas administré de soins (n=13), les agents formés pour la prévention et la prise en charge des cas de FHV (n= 6) et les autorités et partenaires impliqués dans la gestion des épidémies (n=7). Résultats : Les cinq thèmes issus du cadre de référence ayant servi de thématiques pour la collecte des données ont servi de base pour l’analyse grâce à la méthode d’analyse de Ritchie, Lewis, Nicholls et Ormston (2013). Ces thématiques sont les suivantes : prérequis, environnement de soin, prestation de soin, la satisfaction au soin et les mesures de prévention et de contrôle des FHV. Les résultats ont mis en relief les facteurs qui expliquent les forts taux de létalité enregistrés durant les épidémies, les contraintes auxquelles les infirmières béninoises sont confrontées pendant l’offre des soins en contexte d’épidémie de FHV Lassa et le rôle autonome qu’elles jouent dans cet environnement de soin à haut risque. Discussion : Cette étude a permis d’explorer les soins infirmiers en contexte d’épidémie mortelle et les conditions d’exercice des infirmières dans les formations sanitaires étudiées. Les résultats empiriques ont fourni des informations pertinentes pouvant servir de guides pour la préparation et l’amélioration de la prise en charge infirmière des cas de FHV Lassa. À cet effet, un modèle de prise en charge centré sur le patient atteint de fièvre Lassa a été proposé pour servir d’outil de travail aux infirmières béninoises et d’Afrique. / Problematic: VHF are characterized as quick lethal fatal diseases because they cause death in 50% to 90% of clinically diagnosed cases (Hewlett & Hewlett, 2005). The Ebola virus struck Africa in 2014, causing more than 28,607 cases and 11,289 deaths. The Lassa virus infects 100,000 to 300,000 people in West Africa every year and kills more than 5,000 one. Between 2014 and 2018, the Republic of Benin experienced four confirmed outbreak cases of Lassa VHF and was recorded on the list of endemic countries to Lassa disease. A total of 43 deaths, including 5 health workers (one doctor and 4 health care providers) out of 93 infected persons were recorded. Each outbreak case triggers a panic attack in the population and among health workers. Purpose: This qualitative study aims to explore nursing practice in the context of the Lassa VHF epidemic in Benin in order to understand more the reasons explaining the high mortality rate among the population and among health workers. Framework: The study framework incorporates three elements: McCormack and McCance's theory of person-centred care (2015), Kitson, Robertson-Malt and Conroy's basic care framework (2013) and World Health Organization's (OMS, 2014b) and Centers for Disease Control and Prevention's guides (CDC, 2014) to VHF prevention and control measures. Method: In this research, a qualitative estimate type of multiple case study is used with an exploratory, descriptive and explanatory approach. Three techniques are used for data collection: interviewing (narrative type), document exploration and observation. A total of five groups of participants were recruited: patient survivors (n=4), caregiver survivors (n=2), nursing and obstetrical care providers (n=6), non-caregiver controls (n=13), trained agents for the prevention and management of VHF cases (n=6) and authorities and partners involved in epidemic management (n=7). Results: The five topics from the reference terms that served as themes for data collection served as the basis for the analysis using Ritchie, Lewis, Nicholls and Ormston's (2013) analysis method. These themes are: prerequisites, care environment, care provision, case satisfaction and measures to prevent and control VHF. The results highlighted the factors that explain the high case-fatality rates during epidemics, the constraints faced by Beninese nurses during the provision of care in the context of a Lassa HSF epidemic and the autonomous role they play in this high-risk care environment. Discussion: This study enabled to explore nursing care in the context of a fatal epidemic and the conditions of practice of nurses in the health facilities studied. The empirical results provided relevant informations that can be used as guideline for the preparation and improvement of nursing management of Lassa VHF cases. To this end, a model of management focused on the Lassa fever patient has been proposed as a working tool for nurses in Benin and Africa.

Thèse numérisée par la Direction des bibliothèques de l'Université de Montréal.

Mémoire numérisé par la Direction des bibliothèques de l'Université de Montréal.

Les facteurs déterminant l’épidémiologie et la sévérité de la Dengue restent mal connus. La compréhension de la dynamique des épidémies est indispensable au management de la lutte anti-vectorielle et des futures stratégies vaccinales. Dans un premier travail, la caractérisation moléculaire de 181 souches de Dengue-1 a permis de déterminer l’origine des épidémies en Polynésie Française (2001, 2006) et d’identifier un phénomène de ré-émergence. La fixation d’une mutation (E-S222T) en période endémique pourrait refléter une adaptation du virus au moustique. A l’échelle intra-hôte, la diversité des populations virales était significativement inférieure en cas de forme sévère suggérant une relation entre diversité génétique virale et clinique.Dans un second travail, cette relation a été confirmée (Bolivie, épidémie de Dengue-1, 2009) et l’importance de la composition des populations virales dans le sang capillaire a été soulignée. Dans un troisième travail, nous avons étudié l’influence du climat sur les épidémies de Dengue (Nouvelle Calédonie, 1971-2010) et développé un modèle prédictif de risque épidémique utilisable par les autorités de santé. / The determinant factors of Dengue epidemiology and severity remain unclear. Understanding the epidemic dynamics is crucial to manage vector control and vaccine strategies in the future. In a first work, the molecular characterization of 181 Dengue-1 strains allowed to determine the origin of Dengue outbreaks in French Polynesia (2001, 2006) and to identify a phenomenom of re-emergence. A mutation (E-S222T) has been fixed during the endemic period that may reflect viral adaptation to the mosquito. At the intra-host scale, the genetic variability was significantly lower in patients experiencing severe forms. This suggests a relationship between the diversity of viral populations within hosts and the clinical presentation of the disease.In a second work, this connection has been confirmed (Bolivia, 2009 Dengue-1 outbreak) and the importance of the composition of viral populations in the capillary blood has been underlined.In a third work, the influence of climate on Dengue epidemics has been studied (New Caledonia, 1971-2010) and a predictive model of epidemic risk usable by the health authorities has been developed.

Les Escherichia coli producteurs de Shiga-toxines (STEC) sont des agents pathogènes importants émergents en santé publique. Ces bactéries sont à l’origine des épidémies de colites hémorragiques et de syndrome hémolytique et urémique (SHU). La grande majorité des cas est liée à la consommation d’aliments contaminés par un type particulier de STEC appelés E. coli entérohémorragiques (EHEC) parmi lesquels on trouve les sérogroupes définis comme pathogènes par l’AFSSA : O26, O103, O111, O145 et O157.Les bovins ont depuis longtemps été identifiés comme un important réservoir de STEC. Bien que la transmission des STEC à l'homme soit fréquemment associée à la consommation de viande, les produits laitiers ont également été impliqués dans les cas humains. Le développement de méthodes rapides pour la détection des STEC les plus impliqués en pathologie humaine est donc essentiel pour assurer la sécurité des produits alimentaires. Cependant, la détection des STEC dans les aliments est problématique principalement en raison de la diversité des sérogroupes de STEC et de l'absence de caractéristiques biochimiques communes permettant de les distinguer des autres E. coli.L'objectif de cette thèse était d’optimiser le protocole de détection des STEC dans les aliments de manière à pouvoir proposer aux industriels des protocoles leur permettant une réelle maîtrise du « danger STEC » dans leur filière.Pour se faire, nous sommes intervenus à différentes étapes du protocole. Nous avons notamment sélectionné un milieu d’enrichissement permettant la détection des E. coli O26 dans les fromages au lait cru : EPT+ acriflavine + CT. Nous avons également évalué les performances d’une méthode de détection des E. coli O157 :H7 (VIDAS ECPT UP) dans la viande de boeuf. Cette nouvelle technique est basée sur l’utilisation de protéines recombinante de phage qui ciblent spécifiquement les E. coli O157. A travers cette étude, nous avons démontré la possibilité d’avoir des temps d’enrichissement minimes pour l’analyse d’échantillon de 25g (6h) et la faisabilité d’analyser des échantillons de 375g avec un ratio de dilution de ¼ et un enrichissement de 24h. Enfin nous nous sommes intéressés à l’étape de confirmation en mettant au point un test d’immuno-concentration automatisé (utilisant des protéines de phages spécifiques de nos bactéries cibles) permettant d’immuno-concentrer les 5 sérogroupes les plus connus de STEC (O26, O103, O111, O145 et O157) en une seule fois / Enterohemorrhagic Escherichia coli (EHEC) are an important subset of Shiga toxin–producing E. coli (STEC) associated with foodborne infections. These bacteria can cause hemorrhagic diarrhoeal disease and Haemolytic and Uremic Syndrome which are associated with some predominant serotypes defined by AFSSA institute: O26, O103, O111, O145 and O157.Cattle are the primary reservoir of STEC. Although STEC transmission to humans is frequently associated with consumption of meat, dairy products have also been implicated in human cases. Sensitive and rapid detection methods for STEC are essential for the food industry to ensure a safe food supply. However, the detection of STEC in foods is problematic because it’s an heterogeneous group which displays a broad range of both genotypic and phenotypic differences.The aim of this thesis was to optimize the research protocol of STEC strains in food in order to provide some protocols to the industries for improving risk management protocol.So, we involved in different steps of the protocol: the enrichment of E. coli O26 allowing their detection in raw milk cheeses after 24 h enrichment in EPT+ acriflavine + cefixime-tellurite. Then, we evaluated the VIDAS ECPT UP performances’ for the detection of E. coli O157: H7 in raw ground beef. Through this study, we showed the ability to reduce enrichment time for sample analysis of 25g (6h) and the feasibility of analyzing samples of 375g with a sample to broth ratio of ¼ after 24h enrichment. Thereafter we looked at the confirmation step. We developed and optimized automated VIDAS immuno-concentration of E. coli O157, O26, O103, O111 and O145 (VIDAS ESPT) with the use of recombinant phage proteins for capture

Le choléra est une maladie diarrhéique contagieuse strictement humaine, causée par Vibrio cholerae, un bacille gram négatif. La maladie se traduit par une diarrhée acqueuse profuse parfois accompagnée de vomissements survenant quelques heures à quelques jours après l'ingestion d'eau ou d'aliments souillés par V. cholerae. Dans l'environnement, V. cholerae est retrouvé dans les eaux saumâtres des zones d'estuaire où il colonise la surface de certaines algues et de copépodes, pouvant ainsi persister en l'absence de l'homme pendant des périodes de temps prolongées. C'est le cas dans les zones estuariennes d'Asie du Sud-Est telle que la région du golfe du Bengale, où la maladie est connue depuis la plus haute antiquité. Après avoir été relativement épargnée par les six premières pandémies, l'Afrique continentale a été frappée par la 7ème pandémie en 1970. Depuis cette date, selon l'Organisation Mondiale de la Santé (OMS), plus de 90 % des cas de choléra sont rapportés par l'Afrique sub-saharienne. La République Démocratique du Congo (RDC) fait partie des pays les plus touchés. En RDC, de 2000 à 2008, 208 875 cas et 7 335 décès (létalité de 3,51%) dus au choléra ont été notifiés à l'OMS, soit 15 % des cas et 20 % des décès rapportés dans le monde pour la même période. Ces cas de choléra touchent essentiellement les provinces de l'est de la RDC, situées dans la région des grands lacs. Après plus de trente ans de lutte contre le choléra en RDC, une étude épidémiologique de la dynamique du choléra a été initiée dans ce pays dans le but de comprendre les facteurs de récurrence épidémique et de proposer des ajustements sur les approches opérationnelles. Les principaux résultats de ce travail de recherche ont permis de mettre en évidence qu'à peine 10 % des zones de santé, toutes situées à proximité des lacs de l'est de la RDC, jouent le rôle de zones sanctuaires pour le choléra. Ces résultats ont également permis de mettre en évidence la saisonnalité du choléra, avec moins de cas en saison sèche, et le rôle spécifique des populations de pêcheurs, de commerçants et de mineurs artisanaux dans l'émergence et la diffusion des épidémies de choléra. Il a également été démontré que le choléra n'est pas endémique dans toutes les régions de l'est de la RDC. Le fonctionnement du choléra dans cette région d'Afrique est globalement instable avec des flambées épidémiques suivies de phases d'extinction relativement prolongées, les flambées épidémiques se produisant selon un mode métastable lorsqu'on considère l'Est de la RDC dans son ensemble. Cependant, il a aussi été montré que certains foyers fonctionnant jusque-là sur un mode métastable sont, depuis quelques années, passés à un fonctionnement endémique. C'est le cas des foyers de Kalemie et de Goma. Sur la base de ces résultats, il a été recommandé la mise en place d'un projet de lutte contre le choléra avec pour objectif d'éliminer cette maladie de l'ensemble de la RDC. Ce plan vise à concentrer les efforts de lutte sur les sept foyers sanctuaires identifiés en privilégiant les apports en eau potable parmi l'éventail des moyens de lutte existant. Lorsque les premières actions ont été mises en oeuvre sur le site pilote de Kalemie, nous avons constaté une diminution importante de l'incidence du choléra, tandis que les examens microbiologiques ont confirmé que les quelques cas de diarrhée encore rapportés à Kalemie n'étaient plus dus à V. cholerae mais à d'autres bactéries. L'épidémiologie du choléra telle que nous l'observons dans la région des Grands Lacs africains est différente de celle décrite en zone estuarienne d'Asie du Sud-Est. Même si plusieurs questionnements subsistent concernant les modes de persistance du choléra dans les zones lacustres ou la pérennité du V. cholerae dans les eaux des lacs, les résultats de ce travail sont porteurs d'un nouvel espoir pour la relance de la lutte contre cette maladie négligée.

Le cholera est une maladie diarrhéique aiguë due à la consommation d’eau ou d’aliments contaminés par des souches toxigéniques de Vibrio cholerae. Selon le “paradigme du choléra”, la maladie est provoquée par une exposition à un réservoir environnemental de V. cholerae avec des épidémies directement modulées par des facteurs environnementaux. Cependant, comme divers arguments plaident contre ce dogme, nous avons voulu élucider les mécanismes de la dynamique des épidémies de cholera dans trois foyers situés en Haïti, en République Démocratique du Congo (RDC) et en Afrique de l’Ouest. Nous avons associé une analyse temporo-spatiale des épidémies à une étude génétique des isolats de V. cholerae. En Haïti, nous avons cherché à savoir si les épidémies actuelles étaient dues à des souches toxigéniques de V. cholerae O1 durablement implantées dans l’environnement aquatique. En Afrique de l’Ouest, notre étude a révélé qu’Accra, la capitale du Ghana, était le principal foyer de choléra pour l’ensemble des pays d’Afrique de l’Ouest situés à l’Ouest du Nigeria. Le réseau d’eau d’Accra a probablement joué un rôle dans la propagation rapide de V. cholerae vers la majorité des quartiers de la ville. Les épidémies de choléra ont diffusé vers les autres pays sous la forme de vagues épidémiques et plusieurs épidémies ont été liées à la migration de populations à risque comme certains pêcheurs. En conclusion, notre réflexion globale sur les épidémies de choléra dans ces trois foyers distincts nous donne une vision cohérente des mécanismes d’émergence et de diffusion du choléra. / Cholera is an acute diarrheal disease caused by consumption of water or food contaminated with toxigenic Vibrio cholerae. According to the "cholera paradigm", the disease is contracted by exposure to environmental reservoirs of V. cholerae, with outbreaks driven directly by climatic factors. However, as recent findings argue against this dogma, we aimed to elucidate the dynamics of cholera outbreaks in three global foci: Haiti, Democratic Republic of the Congo (DRC) and West Africa. We combined spatiotemporal analysis of epidemics with genetic assessment of V. cholerae isolates. In Haiti, we assessed whether outbreak re-emergence during the rainy season was due to toxigenic V. cholerae O1 strains that have settled into the aquatic environment. Instead, we found that the re-emergence of outbreaks was likely due to persisting outbreaks during the dry season that were insufficiently controlled, rather than an environmental reservoir of V. cholerae O1. In West Africa, our study revealed that Accra, Ghana was the hotspot of cholera in the entire region of West Africa, west of Nigeria. The Accra water network likely played a role in rapid diffusion of V. cholerae throughout the city. Cholera outbreaks spread from Accra into other countries in a wave-like fashion. Distinct outbreaks were linked via migration of at-risk populations, such as certain fishermen. In conclusion, our global reflection of cholera epidemics in these three distinct foci provides a coherent vision of the mechanisms of cholera emergence and diffusion.

Les épidémies de méningite à méningocoque représentent un problème de santé publique majeur au Niger. L'objectif de la thèse est de contribuer à une meilleure compréhension de la dynamique spatio-temporelle des épidémies et des facteurs de risque, afin d'améliorer les stratégies de contrôle. Des méthodes statistiques d'épidémiologie spatiale sont appliquées aux données de surveillance de 2003 à 2010, à l'échelle des aires de santé.D'importantes caractéristiques de la distribution spatio-temporelle des cas sont d'abord mises en évidence par des méthodes d'autocorrélation spatiale et de scan spatial : faible étendue des agrégats spatio-temporels, hétérogénéité spatiale, variabilité inter-annuelle... L'analyse suggère que l'échelle des aires de santé pourrait être plus efficace pour la réponse aux épidémies.Un modèle explicatif hiérarchique bayésien est ensuite développé à l'échelle des aires de santé. Il suggère que la variabilité spatio-temporelle de l'incidence du méningocoque A résulte de variations dans l'intensité et la durée de facteurs climatiques, et est de plus impactée par des facteurs de contacts spatiaux. Enfin, un modèle prédictif est développé, basé sur les conditions climatiques, les interactions de voisinage et la précocité des cas, pour estimer le risque de survenue d'une épidémie localisée. Le système d'alerte ainsi élaboré pourrait améliorer la détection des épidémies et la vaccination réactive.Nos résultats offrent un nouvel éclairage sur les épidémies de méningite à méningocoque au Niger. Ils permettent de formuler des recommandations opérationnelles qui pourraient contribuer à l'élaboration de stratégies de contrôle et de prévention efficaces. / Epidemics of meningococcal meningitis are a major public health problem in Niger. The objective of the thesis is to contribute to a better understanding of the spatio-temporal dynamics of these epidemics and their risk factors, in order to improve control strategies. Statistical methods of spatial epidemiology are applied to surveillance data from 2003 to 2010, at the scale of health centre catchment areas (HCCAs).First, important features of the spatio-temporal distribution of cases are highlighted by methods of spatial autocorrelation and spatial scan: low extent of the spatio-temporal clusters, spatial heterogeneity, inter-annual variability… The analysis suggests that the HCCA scale could be more efficient for epidemic response. An explanatory Bayesian hierarchical model is then developed at the HCCA level. The model suggests that the spatio-temporal variability of meningococcal A incidence results from variations in the intensity or duration of climatic factors, and is further impacted by factors of spatial contacts.Finally, a predictive model is developed, based on climatic conditions, neighbourhood interactions and early cases, in order to estimate the risk of occurrence of a localized epidemic. The early warning system thus formulated could improve outbreak detection and reactive vaccination. Our results bring new insights into the meningococcal meningitis epidemics in Niger. They allow the formulation of operational recommendations that could contribute to the elaboration of more effective strategies for control and prevention of epidemics.

En raison du changement climatique, une augmentation de la fréquence, de la gravité et de l'étendue spatiale des épidémies d'agents pathogènes forestiers est prévue. Il est donc important de comprendre et de prévoir les risques actuels et futurs d'épidémies de maladies forestières. La rouille des aiguilles du sapin de Douglas, ou Swiss needle cast (SNC) en anglais, une maladie défoliatrice causée par le champignon microscopique Nothophaeocryptopus gaeumannii, a causé d'importantes pertes de croissance du sapin de Douglas (Pseudotsuga menziesii) dans le Nord-Ouest Pacifique (PNW). Comme la plupart des maladies foliaires causées par des pathogènes fongiques, cette maladie est associée à divers facteurs bioclimatiques. Au cours des dernières décennies, des épidémies sans précédent de la maladie dans son aire d'origine soulèvent des questions sur les implications possibles du changement climatique pour la santé et la productivité des forêts et des plantations de sapins de Douglas de grande importance économique et environnementale. Un élément important de la réponse à ce défi de la gestion forestière est constitué par les stratégies d'adaptation au climat, dont la mise en œuvre nécessite une connaissance des potentielles circonstances épidémiologiques futures. La modélisation prédictive fournit un moyen d'évaluer les risques futurs d'épidémies sur la base de scénarios d'émissions grâce aux méthodes d'apprentissage automatique, statistique et des systèmes d'information géographique. Dans ce projet, j'ai modélisé l'adéquation climatique du PNW pour les deux lignées génétiques sympatriques de Nothophaeocryptopus gaeumannii afin d'approfondir notre compréhension de l'épidémiologie de la rouille des aiguilles du sapin de Douglas à grande et fine échelle, de tester les effets des lignées génétiques et du climat sur la gravité de la maladie, et enfin d'avoir un aperçu de la propagation de la maladie dans le Nord-Ouest du Pacifique en 2050 dans le « pire » scénario de changement climatique. Nos résultats soutiennent l'idée que les niches climatiques des lignées se chevauchent mais sont différentes, et suggèrent que l'adéquation climatique pour la lignée 1 de N. gaeumannii est associée à la gravité de la maladie lorsque l'exposition au soleil et le climat hivernal à court terme sont pris en compte dans la modélisation. Nous avons également trouvé des preuves possibles d'une partition verticale des niches des lignées au sein de l'arbre. Enfin, notre analyse indique que les zones plus à l'intérieur des terres de la zone épidémique actuelle deviendront plus à risque d'épidémies de Swiss needle cast dans le « pire » scénario de changement climatique en 2050. / As a result of climate change, a rise in frequency, severity and spatial extent of forest pathogen epidemics is expected. Thus, it is important to understand and predict current and future risks of forest disease outbreaks. Swiss needle cast (SNC), a native defoliating disease caused by the filamentous fungus Nothophaeocryptopus gaeumannii has caused significant Douglas-Fir (Pseudotsuga menziesii) growth losses in the Pacific Northwest. Like most forest pathogens and foliar diseases in particular, this disease is associated with various bioclimatic factors. In recent decades, unprecedented epidemics of the disease in its native range raise questions about the possible implications of climate change for the health and productivity of economically and environmentally important Douglas-fir forests and plantations. An important component of the response to this forest management challenge is climate adaptation strategies, which require knowledge of potential future epidemiological circumstances for their implementation. Predictive modelling provides a way to assess future risks of disease outbreaks based on emissions scenarios and innovative machine learning, statistical methods and geographic information systems. In this project, we model the climatic suitability of the Pacific Northwest for the two sympatric genetic lineages of N. gaeumannii to further our understanding of large- and fine-scale SNC disease epidemiology, test the effects of genetic lineages and climate on disease severity, and ultimately gain insight into the disease's spread in the "business as usual" climate change scenario in 2050. Our findings lend support to the idea that the climatic niches of the lineages are overlapping but different, and our results suggest that climatic suitability for N. gaeumannii's lineage 1 is associated with disease severity when hillshade and short-term winter climate is factored into modelling. We also found possible evidence of vertical niche partitioning of the lineages within the tree. Finally, our analysis indicates that areas further inland from the current epidemic area will be at higher risk for SNC outbreaks in the"business as usual" climate change scenario in 2050.

Le choléra est une épreuve qui interroge l’instrument naval français et ses actions au-delà des seules problématiques de l’hygiène navale ou de la contribution des navigations à la diffusion de l’épidémie. Il est à la fois une épreuve de terrain, locale, collective comme individuelle, et un enjeu de relations internationales. Il requiert un engagement constant et en profondeur de la part du service de santé des armées en général, de la Marine en particulier. Il contribue à la fragilisation d’un espace méditerranéen en pleine recomposition alors que la France de l’après 1815 cherche à y saisir des opportunités pour peser à nouveau dans le concert des nations à travers une plus grande implication dans les crises qui secouent sa façade méridionale. Cette politique offensive, faite de diplomatie conventionnelle et d’interventions militaires, de défense des intérêts commerciaux et de relance d’une politique expansionniste sinon impérialiste, repose en partie sur la sollicitation de forces navales en cours de relèvement. En proposant une étude sur la confrontation entre la puissance navale française en Méditerranée et la circulation du choléra entre 1831 et 1856, il s’agit de comprendre, essentiellement à travers un regard naval, comment, au-delà du péril majeur que ces épidémies successives constituent pour la santé publique en France et en Méditerranée, elles en viennent à représenter une formidable opportunité offerte à la France de s’affirmer comme une puissance sanitaire de premier plan, alors que se préparent deux premières conférences sanitaires internationales de Paris (1851 et 1859) . / Cholera: “a crucial and revealing challenge, helpful to measure the bravery and intellectual value of the Navy’s physicians”. According to Jacques Leonard’s word, cholera defied the French Navy as a whole. It questioned the French naval instrument and actions beyond the mere issues of sea hygiene or the spreading of the epidemic through sailing. It was both a field issue, as well at a local level as at the individual and collective ones, and a meaningful issue in international relations. It required a constant and deep commitment from the military health service in general, and from the Navy health service in particular. It contributed to weakening the Mediterranean area in a period of reconstruction as post-1815 France intended to seize opportunities to become again a prominent member in the community of Nations through a stronger commitment in the crises that were then striking its southern part. This pro-active policy, combining military intervention and conventional diplomacy, the preservation of trading interests and the renewal of an expansionist and even imperialist policy, partly relied on the appeal to restructuring naval forces. By studying the confrontation between French naval power in the Mediterranean and the spreading of cholera from 1831 to 1856, the purpose, here, will be to understand, mainly through a naval perspective, how those successive epidemics evolved from the status of threats to public health to that of becoming an unexpected opportunity to stand a sanitary power, as two international conferences on health were to take place in Paris (1851 and 1859).