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Place des outils d'analyse des séries temporelles dans la surveillance épidémiologique pour la détection des épidémies et leur analyse : élaboration de nouveaux outils de détection et d'analyse étiologique des épidémies appliqués à la surveillance épidémiologique / Time series analysis in health surveillance for outbreak detection and their etiological analysis

Bédubourg, Gabriel 17 December 2018 (has links)
La surveillance épidémiologique est le recueil systématique et continu d’informations sur l’état de santé des populations, leur analyse, leur interprétation et leur diffusion à tous les décideurs ayant besoin d’être informés. Un de ses objectifs est la détection des événements inhabituels, i.e. des épidémies, nécessitant la mise en place rapide de contre-mesures. Les objectifs de ce travail de thèse sont : (i) d’évaluer les principales méthodes statistiques de détection publiées et communément employées dans différents systèmes de surveillance épidémiologique, (ii) de proposer une nouvelle approche reposant sur la combinaison optimale de méthodes de détection statistique des épidémies et (iii) de développer une nouvelle méthode statistique d’analyse étiologique d’une épidémie à partir des données de surveillance épidémiologique collectées en routine par le système.Pour atteindre ces objectifs, nous évaluons les principales méthodes statistiques de la littérature, à partir d’un jeu publié de données simulées. Puis nous proposons une approche originale pour la détection des épidémies sur le principe de la combinaison de méthodes sélectionnées lors de l’étape précédente. Les performances de cette approche sont comparées aux précédentes selon la méthodologie utiliséeà la première étape. Enfin, nous proposons une méthode d’analyse étiologique d’une épidémie à partir des données de surveillance en employant des modèles statistiques adaptés aux séries chronologiques. / Public health surveillance is the ongoing, systematic collection, analysis, interpretation, and dissemination of data for use in public health action to reduce morbidity and mortality of health-related events and to improve health. One of its objectives is the detection of unusualevents, i.e. outbreaks, requiring the rapid implementation of countermeasures.The objectives of this work are: (i) to evaluate the main published statistical methods for outbreak detection commonly implemented in different public health surveillance systems, (ii) to propose a new approach based on the optimal combination of statistical methods foroutbreak detection and benchmark it to other methods; and (iii) develop a new statistical method for the etiological analysis of an outbreak from public health surveillance data routinely collected by the system. To achieve these objectives, as a first step, we evaluate the main statistical methods, from a published set of simulated public health surveillance data. Statistical methods have been evaluated for an operational purpose: for all simulated time series, we used the tuning parameters recommended by their authors for each algorithm when available. We propose sensitivity and specificity metrics suitable for these tools. Then we propose an original approach for outbreak detection based on combination of methods selected in the previous step. The performance of this approach is compared to the previous ones according to the methodology implemented in the first step.Finally, we propose a method for the etiological analysis of an outbreak from surveillance data by using statistical models suitable for time series analysis
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Modélisation de processus coévolutifs sur réseaux : applications à l'épidémiologie

Marceau, Vincent. 18 April 2018 (has links)
Tableau d'honneur de la Faculté des études supérieures et postdoctorales, 2011-2012 / Les réseaux sont des structures mathématiques abstraites qui sont utilisées pour modéliser une grande variété de systèmes complexes. Ils trouvent une application importante en épidémiologie, où on les utilise pour modéliser les contacts entre les individus d'une population afin d'étudier comment un agent viral pourrait s'y propager. Jusqu'à maintenant, la majorité des modèles mathématiques en épidémiologie sur réseaux ont été développés dans le cadre du paradigme de V épidémie isolée, dans lequel le seul processus étudié est la propagation d'un agent viral. En réalité, plusieurs processus peuvent toutefois avoir lieu simultanément et interagir au sein d'une même population. On parle alors de processus coévolutifs. Ce mémoire est consacré au développement des outils nécessaires à la modélisation de processus coévolutifs en épidémiologie sur réseaux. On s'intéresse plus particulièrement à deux types de coévolution, soit la coévolution d'un agent viral avec la topologie du réseau et la coévolution de deux agents viraux.
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Les niveaux et les facteurs déterminants de la mortalité infantile en Nouvelle-France et au début du Régime Anglais (1621-1779)

Amorevieta-Gentil, Marilyn 12 1900 (has links)
A l’époque de la Nouvelle-France, il n’était pas rare que des enfants de moins d’un an décèdent. Les parents acceptaient avec sagesse et résignation le décès de leurs enfants. Telle était la volonté du Tout-Puissant. Grâce au Registre de la Population du Québec Ancien (R.P.Q.A.) élaboré par le Programme de Recherche en Démographie Historique (P.R.D.H), l’ampleur de la mortalité infantile a pu être mesurée selon plusieurs critères, quelques facteurs déterminants examinés ainsi qu’une composante intergénérationnelle identifiée. Couvrant pour la première fois la totalité de l’existence de la colonie, nos résultats confirment l’importance de la mortalité des enfants aux XVIIe et XVIIIe siècles (entre 140 et 260‰ avant correction pour le sous-enregistrement des décès). Des disparités tangibles ont été constatées entre les sexes, selon le lieu de naissance ainsi que selon la catégorie professionnelle à laquelle appartient le père de l’enfant. L’inégalité des probabilités de survie des tout-petits reflète l’iniquité physiologique entre les genres, avec une surmortalité masculine de l’ordre de 20%, et l’influence de l’environnement dans lequel vit la famille : les petits de la ville de Québec décédaient en moyenne 1,5 à 1,2 fois plus que les petits des campagnes. Montréal, véritable hécatombe pour l’instant inexpliquée, perdait 50% de ses enfants avant l’âge d’un an, ce qui représente 1,9 fois plus de décès infantiles que ceux des enfants de la campagne, qui jouissent malgré tout des bienfaits de leur environnement. Les effets délétères de l’usage de la mise en nourrice, qui touche plus de la moitié des enfants des classes aisées citadines, ravagent leur descendance de plus en plus profondément. L’examen de la mortalité infantile sous ses composantes endogène et exogène révèle que la mortalité de causes exogènes explique au moins 70% de tous les décès infantiles. La récurrence des maladies infectieuses, l’absence d’hygiène personnelle, l’insalubrité des villes constituaient autant de dangers pour les enfants. Dans une perspective davantage familiale et intergénérationnelle où l’enfant est partie intégrante d’une fratrie, des risques significatifs ont été obtenus pour plusieurs caractéristiques déterminantes. Les mères de moins de 20 ans ou de plus de 30 ans, les enfants de rang de naissance supérieur à 8, un intervalle intergénésique inférieur à 21 mois ou avoir son aîné décédé accroissent les risques de décéder avant le premier anniversaire de l’ordre de 10 à 70%, parce que le destin d’un enfant n’est pas indépendant des caractéristiques de sa mère ou de sa fratrie. Nous avons aussi constaté une relation positive entre la mortalité infantile expérimentée par une mère et celle de ses filles. La distribution observée des filles ayant perdu au moins 40% de leurs enfants au même titre que leur mère est 1,3 à 1,9 fois plus grande que celle attendue pour les filles ayant eu 9 enfants et moins ou 10 enfants et plus. Il existerait une transmission intergénérationnelle de la mortalité infantile même lorsqu’on contrôle pour la période et la taille de la famille. / During Quebec’s colonial era, children often died before reaching their first anniversary. Parents accepted with wisdom and resignation the death of their children; thus was the will of the Almighty. Thanks to the Registre de la Population du Québec Ancien (R.P.Q.A.) put together by the Programme de Recherche en Démographie Historique (P.R.D.H), the level of infant mortality has been measured, some determining factors analyzed and an intergenerational component identified. Covering for the first time the entire French colonial period, our results confirm the importance of infant mortality in the 17th and 18th centuries (from 140 to 260 per thousand before applying corrections to account for the under-registration of deaths). Significant disparities on account of sex, birthplace and father’s profession have been observed. Inequalities in probabilities reflect physiological differences between males and females with a 20 per cent higher risk for boys and the influence of urban or rural residence: the city of Quebec’s children died on average 1,5 à 1,2 times more than rural children. Montreal, showing extraordinarily high levels of infant mortality, still unexplained, lost 50 per cent of its children before age one, which represented 1,9 times more infant deaths than those of rural children who enjoyed a better environment. The deleterious effects of wet-nursing practices, concerning more than half of children born in wealthy urban families, devastated more and more their descendants. Furthermore, the study of the endogenous and exogenous components of infant mortality revealed that the mortality of exogenous causes explains more than 70 per cent of all infant deaths. The recurrence of infectious diseases, the lack of personal hygiene, and the insalubrities of urban environments posed serious dangers for children. From a familial and intergenerational perspective, which views each child as an integral part of a sibship, significative risks have been observed for several determining characteristics. Teenage mothers (<20) or mothers over 35, a high birth rank (8+), a short birth interval (less than 21 months) and the death of the previous child increase infant mortality of the index child from 10 to 70%, because a child’s fate is not independent of his mother and sibling characteristics. We also found that infant mortality clustered within certain families. A positive relationship between infant mortality experienced by mothers and daughters has been found. The observed distribution of daughters having lost at least 40 per cent of their children when their mothers also lost the same proportion of their children is 1,3 to 1,9 times higher than the one expected. An intergenerational transmission of infant mortality probably existed, when controlling for period and sibship size.
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Les niveaux et les facteurs déterminants de la mortalité infantile en Nouvelle-France et au début du Régime Anglais (1621-1779)

Amorevieta-Gentil, Marilyn 12 1900 (has links)
A l’époque de la Nouvelle-France, il n’était pas rare que des enfants de moins d’un an décèdent. Les parents acceptaient avec sagesse et résignation le décès de leurs enfants. Telle était la volonté du Tout-Puissant. Grâce au Registre de la Population du Québec Ancien (R.P.Q.A.) élaboré par le Programme de Recherche en Démographie Historique (P.R.D.H), l’ampleur de la mortalité infantile a pu être mesurée selon plusieurs critères, quelques facteurs déterminants examinés ainsi qu’une composante intergénérationnelle identifiée. Couvrant pour la première fois la totalité de l’existence de la colonie, nos résultats confirment l’importance de la mortalité des enfants aux XVIIe et XVIIIe siècles (entre 140 et 260‰ avant correction pour le sous-enregistrement des décès). Des disparités tangibles ont été constatées entre les sexes, selon le lieu de naissance ainsi que selon la catégorie professionnelle à laquelle appartient le père de l’enfant. L’inégalité des probabilités de survie des tout-petits reflète l’iniquité physiologique entre les genres, avec une surmortalité masculine de l’ordre de 20%, et l’influence de l’environnement dans lequel vit la famille : les petits de la ville de Québec décédaient en moyenne 1,5 à 1,2 fois plus que les petits des campagnes. Montréal, véritable hécatombe pour l’instant inexpliquée, perdait 50% de ses enfants avant l’âge d’un an, ce qui représente 1,9 fois plus de décès infantiles que ceux des enfants de la campagne, qui jouissent malgré tout des bienfaits de leur environnement. Les effets délétères de l’usage de la mise en nourrice, qui touche plus de la moitié des enfants des classes aisées citadines, ravagent leur descendance de plus en plus profondément. L’examen de la mortalité infantile sous ses composantes endogène et exogène révèle que la mortalité de causes exogènes explique au moins 70% de tous les décès infantiles. La récurrence des maladies infectieuses, l’absence d’hygiène personnelle, l’insalubrité des villes constituaient autant de dangers pour les enfants. Dans une perspective davantage familiale et intergénérationnelle où l’enfant est partie intégrante d’une fratrie, des risques significatifs ont été obtenus pour plusieurs caractéristiques déterminantes. Les mères de moins de 20 ans ou de plus de 30 ans, les enfants de rang de naissance supérieur à 8, un intervalle intergénésique inférieur à 21 mois ou avoir son aîné décédé accroissent les risques de décéder avant le premier anniversaire de l’ordre de 10 à 70%, parce que le destin d’un enfant n’est pas indépendant des caractéristiques de sa mère ou de sa fratrie. Nous avons aussi constaté une relation positive entre la mortalité infantile expérimentée par une mère et celle de ses filles. La distribution observée des filles ayant perdu au moins 40% de leurs enfants au même titre que leur mère est 1,3 à 1,9 fois plus grande que celle attendue pour les filles ayant eu 9 enfants et moins ou 10 enfants et plus. Il existerait une transmission intergénérationnelle de la mortalité infantile même lorsqu’on contrôle pour la période et la taille de la famille. / During Quebec’s colonial era, children often died before reaching their first anniversary. Parents accepted with wisdom and resignation the death of their children; thus was the will of the Almighty. Thanks to the Registre de la Population du Québec Ancien (R.P.Q.A.) put together by the Programme de Recherche en Démographie Historique (P.R.D.H), the level of infant mortality has been measured, some determining factors analyzed and an intergenerational component identified. Covering for the first time the entire French colonial period, our results confirm the importance of infant mortality in the 17th and 18th centuries (from 140 to 260 per thousand before applying corrections to account for the under-registration of deaths). Significant disparities on account of sex, birthplace and father’s profession have been observed. Inequalities in probabilities reflect physiological differences between males and females with a 20 per cent higher risk for boys and the influence of urban or rural residence: the city of Quebec’s children died on average 1,5 à 1,2 times more than rural children. Montreal, showing extraordinarily high levels of infant mortality, still unexplained, lost 50 per cent of its children before age one, which represented 1,9 times more infant deaths than those of rural children who enjoyed a better environment. The deleterious effects of wet-nursing practices, concerning more than half of children born in wealthy urban families, devastated more and more their descendants. Furthermore, the study of the endogenous and exogenous components of infant mortality revealed that the mortality of exogenous causes explains more than 70 per cent of all infant deaths. The recurrence of infectious diseases, the lack of personal hygiene, and the insalubrities of urban environments posed serious dangers for children. From a familial and intergenerational perspective, which views each child as an integral part of a sibship, significative risks have been observed for several determining characteristics. Teenage mothers (<20) or mothers over 35, a high birth rank (8+), a short birth interval (less than 21 months) and the death of the previous child increase infant mortality of the index child from 10 to 70%, because a child’s fate is not independent of his mother and sibling characteristics. We also found that infant mortality clustered within certain families. A positive relationship between infant mortality experienced by mothers and daughters has been found. The observed distribution of daughters having lost at least 40 per cent of their children when their mothers also lost the same proportion of their children is 1,3 to 1,9 times higher than the one expected. An intergenerational transmission of infant mortality probably existed, when controlling for period and sibship size.
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Optimisation du protocole de recherche des Escherichia coli producteurs de Shiga-toxines (STEC) dans les aliments

Savoye, Fanny 28 March 2011 (has links) (PDF)
Les Escherichia coli producteurs de Shiga-toxines (STEC) sont des agents pathogènes importants émergents en santé publique. Ces bactéries sont à l'origine des épidémies de colites hémorragiques et de syndrome hémolytique et urémique (SHU). La grande majorité des cas est liée à la consommation d'aliments contaminés par un type particulier de STEC appelés E. coli entérohémorragiques (EHEC) parmi lesquels on trouve les sérogroupes définis comme pathogènes par l'AFSSA : O26, O103, O111, O145 et O157.Les bovins ont depuis longtemps été identifiés comme un important réservoir de STEC. Bien que la transmission des STEC à l'homme soit fréquemment associée à la consommation de viande, les produits laitiers ont également été impliqués dans les cas humains. Le développement de méthodes rapides pour la détection des STEC les plus impliqués en pathologie humaine est donc essentiel pour assurer la sécurité des produits alimentaires. Cependant, la détection des STEC dans les aliments est problématique principalement en raison de la diversité des sérogroupes de STEC et de l'absence de caractéristiques biochimiques communes permettant de les distinguer des autres E. coli.L'objectif de cette thèse était d'optimiser le protocole de détection des STEC dans les aliments de manière à pouvoir proposer aux industriels des protocoles leur permettant une réelle maîtrise du " danger STEC " dans leur filière.Pour se faire, nous sommes intervenus à différentes étapes du protocole. Nous avons notamment sélectionné un milieu d'enrichissement permettant la détection des E. coli O26 dans les fromages au lait cru : EPT+ acriflavine + CT. Nous avons également évalué les performances d'une méthode de détection des E. coli O157 :H7 (VIDAS ECPT UP) dans la viande de boeuf. Cette nouvelle technique est basée sur l'utilisation de protéines recombinante de phage qui ciblent spécifiquement les E. coli O157. A travers cette étude, nous avons démontré la possibilité d'avoir des temps d'enrichissement minimes pour l'analyse d'échantillon de 25g (6h) et la faisabilité d'analyser des échantillons de 375g avec un ratio de dilution de ¼ et un enrichissement de 24h. Enfin nous nous sommes intéressés à l'étape de confirmation en mettant au point un test d'immuno-concentration automatisé (utilisant des protéines de phages spécifiques de nos bactéries cibles) permettant d'immuno-concentrer les 5 sérogroupes les plus connus de STEC (O26, O103, O111, O145 et O157) en une seule fois
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Le discours hygiéniste et la mise en ordre de l'espace urbain de Fortaleza, au Brésil / The hygienist discourse and the organisation of urban space in Fortaleza, Brazil

Costa, Maria Clélia Lustosa 16 May 2012 (has links)
Cette thèse analyse les transformations de l'espace urbain qui ont eu lieu depuis la moitié du XIXe siècle dans la ville de Fortaleza - capitale de l'état du Ceará - à partir du discours médical-hygiéniste. La transformation urbaine qui s'est produite s'insère dans un contexte international d'hégémonie du discours médical qui prêchait l'hygiène et l'assainissement des villes. Ces idées ont eu un rôle fondamental dans le processus de formation et d'ordonnancement de l'espace urbain. Pour comprendre et expliquer la constellation d'idées et de pratiques il a fallu étudier le rôle du médecin dans l'élaboration d'une nouvelle forme de penser la ville à partir de l'hygiène et de la santé, l'application et l'adaptation des modèles d'hygiène et d'urbanisation européens - principalement français -, inventoriant les actions réactives et préventives de l'Etat pendant les sécheresses et les épidémies ; les politiques de prévention contre les maladies et les campagnes contre les épidémies. La Géographie a contribué à comprendre le rôle des idées et à l'impact des changements de mentalité pour la génération de nouvelles configurations territoriales et des paysages géographiques. La diffusion de théories médicales entre la population et les gouvernants a eu un effet significatif dans l'ordonnancement des villes brésiliennes. / From the hygienic and medical point of view, this thesis analyses the transformation of the urban space that took place in the city of Fortaleza - Capital of Ceará State (Brazil) - since mid XIX Century. The occurred urban transformation is comprised in an international context of the hegemony of the medical discourse that preached city's hygiene and sanitation. These ideas played a fundamental role in the process of formation and organisation of the urban space; in order to understand and explain the constellation of ideas and practices, it was necessary to study the role of the doctor in the design of a new way of thinking the city from the hygiene and health perspective, in addition to its application and adaptation to the European hygienic and urbanisation patterns - notably the French ones -, listing the State reactive and preventive actions during droughts and epidemics; the preventive policies against illness and campaign against epidemics. Geography contributed to the understanding of the role of ideas and of the impact of changes in the mentality for the creation of new territorial layouts and geographical landscapes. The dissemination of medical theories amongst the population and public authorities had significant impact in the organisation of Brazilian cities.
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Impact du climat sur l'écologie et la transmission du paludisme : analyse du risque palustre dans le septentrion malien / Impact of climate on malaria vectors ecology and transmission : analysis of malaria risk in the northern Mali.

Fane, Moussa 21 December 2011 (has links)
Le paludisme est la maladie tropicale la plus redoutable au monde. Un enfant africain meurt de paludisme toutes les 30 secondes. La complexité spécifique du paludisme serait liée à une forte interaction du Plasmodium et de son vecteur avec l’environnement. Les cartes de distribution géographique montrent que la présence et l’impact du paludisme en santé publique varient considérablement avec le climat. L’éco-épidémiologie du paludisme au Sahara est encore mal connu. L’absence de pluies pendant des années peut entraîner une rupture prolongée de la transmission, comme les années 1970 à 1973, où le paludisme s’était retiré du sahel du fait de la sécheresse. Lorsqu’il pleut abondamment, la transmission sporadique peut se transformer rapidement en épidémies de paludisme qui surprennent de temps en temps la population faiblement ou non immunisée. Le sahel est caractérisé par une variabilité accrue du climat dont les bases sont encore mal cernées. L’effet majeur prévisible du changement climatique serait la transformation de tout le cycle de l’eau dont les manifestations importantes en Afrique seront les sécheresses et les inondations. Les inondations provoquent d’importants déplacements de populations. Les pluies diluviennes devraient faciliter la propagation du paludisme et la colonisation de nouveaux territoires, voire une possibilité de migration retour de l’anophèle plus au Nord jusqu’au sud de l’Europe. Le manque d’immunité des populations nord-sahéliennes peut occasionner des phénomènes épidémiques de grande ampleur et à grande échelle. Notre étude visait à comprendre les mécanismes d’impact du climat sur le paludisme dans le Sahel malien. Nos ressources financières ne permettaient pas de mener une étude longue à l’échelle du climat. Néanmoins, nous avons voulu démontrer "ce qui peut se passer avec le paludisme au Sahara" en cas de pluies abondantes associées au changement climatique. Nous avons procédé à une analyse régionale des relations brutes entre facteurs environnementaux et transmission du paludisme, affinée par une étude locale sachant que la transmission est corrélée in fine aux variables climatiques locales. Contraints par les menaces terroristes au nord du Mali, l’étude locale à été conduite dans une localité du Sahel écologiquement proche du Sahara.Nous avons analysé l’évolution de la variabilité climatique par des modèles numériques en relation avec les données entomologiques intégrées aux données satellitaires du terrain, analysé comment la distribution spatiale des gîtes aquatiques et des habitats humains rythment la fréquence des pontes et des piqûres qui assure le transfert du Plasmodium entre les populations humaines et vectorielles. A large échelle, l’étude montre que la transmission du paludisme est globalement liée à la pluviométrie mais la durée de transmission relève des contraintes topographiques locales. L’abondance des anophèles est liée à la pluviométrie dans les zones exondées et au routage des eaux de pluies dans les zones inondées. L’étude a prouvé un divorce entre la densité des moustiques et le risque de transfert du Plasmodium. Anopheles gambiae infligeait à lui seule 16 fois plus de piqûres inondées qu’exondées. Le taux d’infection de gambiae était 3,5 fois plus élevé en zone exondée qu’inondée et son risque de transmission 2,68 fois plus élevé en zone exondée qu’inondée. A l’échelle réduite du village, gambiae était produit de façon continue bien qu’il pleuve seulement 2-3 mois sur 12 de l’année. Parallèlement, une transmission estivale de mare était relayée par une transmission hivernale. / Nous pensons que ces résultats aideront les acteurs de santé publique à mieux comprendre l’épidémiologie du paludisme au Sahel, en vue d’orienter d’avantage la recherche sur des outils additionnels de lutte pour freiner la propagation du paludisme grâce à la gestion environnementale. Ils fournissent une piste prédictive du comment le changement climatique impactera la transmission du paludisme en Afrique.
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Consanguinity, epidemics and early life survival in colonial Quebec, 1720-1830

Gagnon-Sénat, Jessica 08 1900 (has links)
La consanguinité, soit l'union productive de conjoints partageant des allèles identiques provenant d'un ancêtre commun, s'est accumulée au fil du temps au Québec ancien. Parallèlement, le Québec a été victime de plusieurs épidémies. Le but de cette étude est d'évaluer la relation entre la mortalité des enfants et la consanguinité dans les périodes épidémiques du Québec ancien entre 1720 et 1830. D'une part, l'hypothèse émise est que les enfants ayant des gènes homologues sur plusieurs loci auraient un taux de mortalité significativement plus élevé comparativement aux enfants non consanguins, en raison du désavantage des homozygotes. D'autre part, les individus consanguins peuvent avoir une survie plus favorable en raison de l'effet d’enracinement, combien de générations une famille est établie dans la colonie, présent dans la mesure de la consanguinité. De plus, l'avantage social d'une famille étroitement liée peut favoriser la survie de l'enfant en accordant plus de soutien social aux parents et de surveillance de l'enfant. Les courbes de survie de Kaplan-Meier sont représentées graphiquement et des modèles de régression de Cox sont exécutés pour explorer et démêler partiellement les rôles des facteurs génétiques et environnementaux. Les immigrants, les naissances multiples et les individus sans généalogie du Registre de la population du Québec ancien (RPQA) et de l'Infrastructure intégrée des microdonnées historiques de la Population du Québec (IMPQ) sont exclus. Au total, 610 412 individus sont analysés dans les modèles de Cox. Les rapports de risque pour les épidémies augmentent avec l'âge et les rapports de risque pour la consanguinité éloignée ressemblent souvent au groupe référence, les non consanguins. De plus, les effets diffèrent selon le sexe et le groupe d'âge. Généralement, si les enfants avec une consanguinité proche, ceux identifiés comme consanguins avec seulement trois générations ascendantes, ne subissent pas de surmortalité dans un groupe d'âge précédent, les modèles de Cox signalent une survie défavorable de ces individus lors des épidémies. Des effets sous-jacents tels que des processus de sélection et des variables de contrôle relatives à l’enracinement peu robustes guident les résultats de l'interaction entre les épidémies et la consanguinité, de sorte que la prémisse reste à valider. / Consanguinity, the productive union of spouses sharing identical alleles from a common ancestor, accumulated over time in Colonial Quebec. Concurrently, Quebec was the victim of several epidemics. The aim of this study is to evaluate the relationship between child mortality and consanguinity in epidemic periods of Colonial Quebec between 1720 and 1830. On the one hand, it is hypothesized that children with homologous genes on many loci would have a significantly higher mortality rate compared to non consanguineous children, due to homozygote disadvantage. On the other hand, consanguineous individuals may have a more favourable survival because of the effect of settlement, how many generations a family has been in the colony, present in the measure of consanguinity. Further, the social benefit of a closely bound family may favour child survival by providing more social support to the parents and child supervision. Kaplan-Meier survival curves are graphed, and Cox regression models are run to explore and partially disentangle the roles of genetic and environmental factors. Immigrants, multiple births and individuals lacking a genealogy from the Registre de population du Québec ancien (RPQA) and Infrastructure intégrée des microdonnées historiques de la Population du Québec (IMPQ) are excluded. Altogether, 610,412 individuals are analysed in the Cox models. Hazard ratios for epidemics increase with age and distant consanguinity hazard ratios often resemble the no consanguinity reference group. Further, the effects differ by sex and age group. Generally, if closely consanguineous children, those identified as consanguineous with only three ascending generations, do not undergo excess mortality in a previous age group, the Cox models signal an unfavourable survival of these individuals during epidemics. Underlying effects such as selection processes and unrobust control variables for settlement guide the results of the interaction between epidemics and consanguinity, so the premise, though convincing, remains to be validated.
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Le Conseil d'hygiène de la Province de Québec et la lutte contre la variole au Québec : l'épidémie de 1901-1902 et le cas du Saguenay-Lac-Saint-Jean

Chabot, Line 25 April 2018 (has links)
Tableau d’honneur de la Faculté des études supérieures et postdoctorales, 2001-2002 / Le Conseil d'hygiène de la province de Québec (CHPQ) a été créé à la suite de l'épidémie de variole de 1885, qui avait coûté la vie à un grand nombre de Montréalais. Le but initial était de fournir à l'ensemble des Québécois un milieu de vie plus sain, notamment en organisant un plan d'intervention prophylactique destiné à combattre les maladies contagieuses. La lutte contre la variole a donc été le premier engagement du CHPQ qui a immédiatement mis sur pied un réseau de collaboration avec les municipalités, leur imposant l'obligation de former leur propre bureau d'hygiène et le devoir de rallier à la cause les médecins et la population. L'épidémie de 1901-1902 a été l'occasion pour l'organisme provincial d'exécuter son plan et de prescrire avec force, jusque dans les régions les plus éloignées du territoire, une série de mesures préventives. Elle a surtout permis d'imposer un règlement de vaccination obligatoire. Malheureusement, les hygiénistes ont dû parfois faire face à l'indifférence des responsables locaux et de certains médecins, comme nous l'avons constaté dans le Saguenay. Cette épidémie a néanmoins favorisé la mise en oeuvre d'un système qui, à long terme, allait éliminer définitivement la variole. / Québec Université Laval, Bibliothèque 2014
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Utilisation du système téléphonique Info-Santé CLSC pour la surveillance des gastro-entérites d'origine hydrique

Gilbert, Marie-Line 11 April 2018 (has links)
La surveillance actuelle en santé publique semble insuffisante pour la détection rapide des épidémies. Un système de surveillance épidémiologique des maladies possiblement d'origine hydrique permettrait d'investiguer rapidement les éclosions et d'adopter des mesures préventives. En effet, le nombre toujours croissant des épidémies reliées à l'eau potable montre la vulnérabilité de la population face à sa qualité. La possibilité d'utiliser le système téléphonique Info-Santé CLSC pour la surveillance des gastro-entérites d'origine hydrique a été évaluée dans le cadre d'une étude épidémiologique utilisant les données d'appels au service téléphonique Info-Santé CLSC pour maladies entériques et les données de qualité de l'eau potable (turbidité) de l'usine de traitement d'eau de la Ville de Québec pour les années 2000 à 2002. Les résultats ont permis d'identifier une relation statistiquement significative entre la turbidité de l'eau potable de la Ville de Québec et les appels pour maladies entériques faits au système Info-Santé CLSC. Ces résultats ainsi que ceux provenant d'une enquête sur le fonctionnement d'Info-Santé CLSC et ceux obtenus à la suite d'une comparaison avec le système MED-ECHO permettent de conclure que le système Info-Santé CLSC est prometteur pour la surveillance des maladies entériques d'origine hydrique.

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