L’objectif général de la thèse était d’étudier le rôle des déterminants sociaux dans l’asthme avec un intérêt particulier pour des aspects méthodologiques de caractérisation du contexte social de résidence.La première partie de la thèse visait à étudier l’hypothèse d’une association entre le niveau socioéconomique (NSE) et la pollution de l’air qui est un facteur de risque important de l’asthme. Nous avons étudié spécifiquement l’association entre le NSE évalué à un niveau individuel (niveau d’études et catégorie socioprofessionnelle) et contextuel (taux de chômage du quartier de résidence) en lien avec l’exposition au dioxyde d’azote (NO2), un marqueur du trafic routier, dans 16 villes d’Europe occidentale (n=5692, 3 cohortes). Dans les analyses stratifiées par ville, nous avons observé que le NSE individuel n’était généralement pas associé au NO2, alors que l’indicateur contextuel était associé positivement et significativement au NO2 dans la majorité des villes.La deuxième partie de la thèse visait à mieux comprendre l’association entre le NSE et le contrôle de l’asthme, objectif majeur de la prise en charge thérapeutique. Ce travail a d’abord porté sur des aspects méthodologiques d’évaluation du contexte social de résidence dans la cohorte E3N (Etude Epidémiologique auprès des femmes de la Mutuelle Générale de l’Education Nationale). La comparaison de trois indices de désavantage (n=63888) a mis en évidence l’intérêt de l’indice FDep (French Deprivation Index) pour caractériser le contexte de résidence de cette cohorte spécifique de femmes âgées avec un NSE relativement élevé comparé à celles de la population générale française. Ce travail a ensuite porté sur l’étude de l’association entre le NSE, individuel et contextuel, et le contrôle de l’asthme dans l’étude Asthma-E3N, une étude cas-témoin sur la santé respiratoire, nichée dans la cohorte E3N. Parmi les 2258 femmes avec un asthme actuel, les femmes avec un niveau d’études moyen (OR= 1.2 (1.0 ; 1.6)) ou bas (1.9 (1.4 ; 2.6)) avaient significativement un moins bon contrôle de leur asthme que celles avec un niveau d’études élevé (≥Bac+3). Les femmes qui résidaient dans les quartiers les plus désavantagés avaient plus fréquemment un asthme non contrôlé, quel que soit leur niveau d’études.Ces résultats montrent l’importance de prendre en compte le niveau socioéconomique au niveau individuel et contextuel dans l’étude des facteurs de risque de l’asthme. / The general aim of the thesis was to study the role of social determinants in asthma with a particular focus on methodological aspects to characterize neighborhood social context.The first part of the thesis aimed to investigate the hypothesis of a differential exposure to air pollution, an important risk factor for asthma. Specifically, we studied the association between socioeconomic position (SEP) assessed at individual-level (educational level and occupational status) and neighborhood-level (unemployment rate) and exposure to nitrogen dioxide (NO2), a marker of traffic exhaust, in 16 western European cities. In stratified analyses, including 5692 participants from three European cohorts, association between individual SEP and NO2 were generally weak and inconsistent in direction. The neighborhood unemployment rate was positively and significantly associated with NO2 in most of the cities studied.The second part of the thesis aimed to better understand the association between socioeconomic position and asthma control, the main target of asthma management. We first focused on methodological aspects to characterize neighborhood social context in the E3N cohort. We compared three indices of deprivation and showed that the French Deprivation Index was the most appropriate to measure neighborhood social context in this specific cohort composed of elderly women with higher socioeconomic profile than the elderly women in the general French population. We then investigated the association between SEP, at individual- and area-level, and asthma control in Asthma-E3N, a case-control study on asthma nested in the E3N cohort. Including 2258 women with current asthma, the analysis showed that women with medium and low educational level had more often uncontrolled asthma than women with high educational level. Women living in deprived neighborhood had more often uncontrolled asthma independently of their educational level.

IntroductionLes raisons de l’excès de risque d’asthme chez la femme ne sont pas établies. La réversion du sexe ratio autour de la puberté a fait évoquer le rôle des hormones sexuelles féminines dans l’asthme. Cependant l’histoire naturelle de l’asthme après 50 ans a été très peu étudiée. L’objectif général de cette thèse était d’apporter des nouveaux éléments de connaissance sur l’histoire naturelle de l’asthme de la femme. Les objectifs spécifiques étaient l’étude de l’incidence de l’asthme allergique et non-allergique de la femme et de son évolution avec le vieillissement (différences par rapport aux hommes après 50 ans, et association avec la ménopause) et l’étude de certains facteurs de risque associés à l’asthme de la femme.Matériels et méthodesL’incidence et l’évolution de l’asthme ont été étudiées chez 2 125 hommes et 2 298 femmes, initialement âgés de 20 à 44 ans et suivis pendant 20 ans dans la cohorte européenne sur la santé respiratoire « ECRHS ». Les associations entre la ménopause et l’asthme de la femme ont été étudiées dans un échantillon de 67 872 femmes, initialement âgées de 41 à 68 ans et suivies pendant 12 ans au sein de la cohorte E3N. Les données sur les expositions environnementales de l’Etude des facteurs Génétiques et Environnementaux de l’Asthme (EGEA) ont été utilisées pour étudier l’association entre l’usage domestique d’eau de Javel et l’asthme auprès de 607 femmes âgées de 44 ans en moyenne. L’asthme allergique est défini par la présence de tests cutanés positifs.RésultatsDans la cohorte ECRHS, les femmes étaient plus à risque que les hommes de développer de l’asthme non-allergique (Odds-Ratio (OR) ; Intervalle de confiance à IC95% : 4,0 [2,5-6,5]). Cette différence était moins marquée pour l’asthme allergique (OR 1,7 [1,0-2,7]), et on n’observait pas de différence dans la progression de l’asthme.L’analyse de la cohorte E3N ne montre pas de différence dans l’incidence de l’asthme entre les femmes pré-ménopausées et post-ménopausées de même âge, chez les femmes de corpulence normale (Hazard Ratio(HR) :1,1 [0,8-1,3]). Cependant, chez les femmes obèses, l’incidence de l’asthme augmentait lors de la transition vers la ménopause (aHR :1.9[1.0-3.7]) et en post-ménopause (HR :2,9 [1,1-4,1]). La ménopause chirurgicale était également associée à un plus grand risque d’asthme.Dans la cohorte EGEA, seuls 2% d’hommes contre 37% des femmes utilisaient hebdomadairement l’eau de Javel pour faire le ménage. Chez les femmes, l’usage fréquent d’eau de Javel était associé à un plus grand risque d’asthme non-allergique (OR :1,7 [IC :1,0-3,0]), mais il n’y a pas d’association avec l’asthme allergique. Chez les femmes asthmatiques, l’usage d’eau de javel était associé à une neutrophilie plus élevée.ConclusionA l’issue de ce travail, nous avons montré que le risque accru d’asthme chez la femme persistait au-delà de la période reproductive, et que la chute des hormones sexuelles féminines à la ménopause n’était pas indépendamment associée à l’incidence de l’asthme. D’autres facteurs, dont l’interaction entre les facteurs métaboliques et hormonaux, et les expositions genre-dépendantes pourraient expliquer l’excès de risque d’asthme non-allergique chez la femme. / IntroductionThe reason for the higher asthma incidence in women during the reproductive years is still unknown. The gender switch in asthma incidence around puberty has been put forward to suggest a role of female sex hormones in asthma. However, there are limited findings in the natural history of asthma after age of 50 and whether the transition through menopause is associated with change in asthma incidence is unknown.The objective of this thesis was to investigate the natural history of allergic and non-allergic asthma in women in term of incidence, evolution with aging (menopause) and risk factors of asthma in women with a focus on the gender differences.Materials and methodsThe gender differences in allergic and non-allergic asthma was assess in 2.125 men and 2.298 women free of asthma at baseline (aged 20-44) followed for 20 years as a part of the European Community Respiratory Health Survey (ECRHS). The association between asthma incidence and menopausal status was assessed in 67,872 women free of asthma at baseline (aged 41-68 years) and regularly followed-up as a part of the French E3N cohort. Association between the domestic use of cleaning bleach and allergic and non-allergic asthma have been assess in 607 women (mean age 44 years) participating in the first follow-up of the Epidemiological Study on the Genetics and Environment of Asthma (EGEA). Allergy was define by a positive skin prick test.ResultsWith data from ECRHS we showed that the incidence of non-allergic asthma was higher in women as compared to men (Odds Ratio (OR): 4.0 [95% Confident Interval (CI95%): 2.5-6.5]. The female predominance was less marked for allergic asthma (OR :1.7 [IC :1.0-2.7]). However, in asthmatics there was no gender differences in the progression of asthma. With data from E3N we showed that among normal-weight women, there was no difference in asthma incidence between premenopausal and naturally postmenopausal women of the same age (Hazard Ratio(HR) :1,1 [0,8-1,3]). However, in obese women, the transition through menopause (HR: 1.9[1.0-3.7]) and the later period after menopause (HR:2.1 [1.1-4.1]) were associated with a higher asthma incidence. Surgically post-menopausal women were also at increased risk of developing asthma (HR:1.33[95%CI 1.01-1.75]).In EGEA, only 2% of men and 37% of women reported using bleach weekly for home cleaning. Women using bleach were at increased risk for non-allergic asthma (OR 3.3; 95%CI 1.5-7.1), and more particularly for non-allergic adult-onset asthma (OR 4.9; 95%CI 2.0-11.6). No association was observed for allergic asthma. Among women with asthma, frequent use of bleach was significantly associated with higher blood neutrophil cell counts.ConclusionGender differences in asthma incidence still persist in older adults however, changes in female sex hormones level occurring around natural menopause was not independently associated with change in asthma incidence in women. Our findings do not support the hypothesis that female sex hormones are independently associated with asthma incidence. The interaction between metabolic and hormonal factors and the gender difference in environment factor such as bleach use might explain the gender switch in asthma incidence around puberty and the female predominance in asthma more particularly for non-allergic asthma in adulthood.

Mémoire numérisé par la Direction des bibliothèques de l'Université de Montréal.

Contexte: Depuis plusieurs années, la fréquence et l’amplitude des températures chaudes extrêmes ont augmenté partout dans le monde. Ces évènements de chaleur extrême ont d’importants effets sur la santé. Pour ne citer qu’un exemple, la canicule de l’été 2003 en Europe a causé plus de 70 000 décès supplémentaires. La pression sélective dans l’évolution humaine conduisant à l’adaptation au climat a été mise en évidence par l’étude de Wyckelsma et al. rapportant que la variante de fonction rs1815739 au niveau du gène ACTN3 offre une résilience au froid grâce à la génération de chaleur musculaire. Cela confirme la pertinence de notre étude pangénomique visant à identifier des facteurs génétiques modifiant le risque de décès lors de températures chaudes extrêmes. Méthodes: Nous avons mené une étude cas-témoins à partir des données de la UK Biobank, qui compte environ 500 000 participants, pour recueillir les génotypes et les informations sur les lieux et dates de décès essentiels à notre étude. Les données environnementales de 2006 à 2020 ont été extraites du Met Office Integrated Data Archive System UK Hourly Temperature. Pour chaque décès, 4 individus témoins ont été sélectionnés aléatoirement parmi les individus de la UK Biobank ayant survécu jusqu’à la fin de la période de suivi. Nous avons effectué une analyse de régression logistique conditionnelle pour évaluer l'effet d'interaction entre les variants génétiques et l’exposition à la chaleur (dépassement du seuil de température extrême). Résultats: Nous avons recensé 27 284 décès entre 2006 et 2020, dont 939 sont survenus lors de dépassement du seuil de température extrême. Notre analyse pangénomique a identifié les variants génétiques rs1851364 sur le chromosome 3 et rs147921336 sur le chromosome 18 modifiant l’effet du dépassement du seuil de chaleur extrême sur l’augmentation du risque de décès (P<5x10-8). La présence d’au moins un allèle C pour chacun de ces variants génétiques double le risque de moralité lors d’une exposition à la chaleur. Conclusion: La génétique semble moduler l’effet des températures chaudes extrêmes associé à une augmentation du risque de décès chez l’humain. Ces résultats contribuent à une meilleure connaissance des mécanismes biologiques impliqués dans la susceptibilité aux températures extrêmes. / Context In recent years, the frequency and amplitude of extreme heat events have increased worldwide. These extreme heat events have significant effects on health. To take just one example, the 2003 heatwave in Europe caused over 70,000 additional deaths. The selective pressure in human evolution leading to climate adaptation was highlighted by the study of Wyckelsma et al. reporting that the function variant rs1815739 at the level of the ACTN3 gene offers resilience to cold through muscle heat generation. This supports the relevance of our genome-wide study aimed at identifying genetic factors modifying the risk of death during extreme hot temperatures. Methods We conducted a case-control study using data from the UK Biobank, which includes over 500,000 participants, to obtain information on genotypes and locations and dates of deaths required for our study. Environmental data from 2006 to 2020 were extracted from the Met Office Integrated Data Archive System UK Hourly Temperature. For each death, 4 control individuals were selected randomly from the pool of individuals in the UK Biobank who survived to the end of our study’s follow-up period. We performed a conditional logistic regression analysis to assess the interaction effect between genetic variants and heat exposure (exceeding the extreme temperature threshold). Results There were 27,284 deaths that occurred between 2006 and 2020, 939 of which occurred when the extreme temperature threshold was exceeded. Our genome-wide analysis identified that genetic variants rs1851364 on chromosome 3 and rs147921336 on chromosome 18 modified the effect of exceeding the extreme heat threshold on the increased risk of death (P<5x10-8 ). The presence of at least one allele C for each of these genetic variants doubles the risk of morality during heat exposure. Conclusion Genetics seems to modulate the effect of extreme hot temperatures associated with an increased risk of death in humans. These results contribute to a better understanding of the biological mechanisms involved in susceptibility to extreme temperatures.

Objectifs : Estimer la prévalence du VIH, ainsi que ses associations avec les facteurs de risque potentiel d’infection, les tendances de 2001 à 2007 de ces indicateurs et décrire les profils de vulnérabilité chez les travailleuses du sexe (TS) et leurs clients potentiels (camionneurs, militaires et miniers) à l’échelle de la Guinée. Méthode : 339 TS et 954 clients potentiels en 2001, 598 et 3401 respectivement en 2007, ont été interviewés puis dépistés pour le VIH, sur l’ensemble du territoire national selon un protocole semblable. Les analyses multivariées ont été faites par la régression log-binomiale. Résultats : Parmi les TS, la prévalence du VIH est passée de 40,7% en 2001 à 34,5% en 2007 (p=0,15). Elle était associée à l’analphabétisme [(rapport de proportion noté RP)=1,41 ; p=0,02 en 2001 et RP = 1,28 ; p = 0,03 en 2007)] et aux antécédents d’infection sexuellement transmissibles (IST) {RP= 1,89 ; p=0,001 en 2001}. Parmi les clients potentiels, les prévalences du VIH étaient de 4,5% chez les miniers et de 7,0% chez les camionneurs en 2001 tandis qu’elles étaient de 5,2% chez les militaires et de 6,4% chez les miniers en 2007. Ces prévalences étaient positivement associées dans au moins un sous groupe ou une enquête aux antécédents d’IST, à la consommation d’alcool, à la déclaration de partenaires sexuelles payantes et négativement, à l’abstinence sexuelle en situation de risque. Les indicateurs de tendance analysés n’étaient ensemble favorables au contrôle de l’épidémie que seulement chez les TS. Conclusion : Le VIH était fortement concentré parmi les TS et dans une moindre proportion parmi leurs clients potentiels. Les plus infectées par le virus étaient les TS analphabètes ainsi que leurs clients potentiels consommateurs d’alcool ou qui avaient des antécédents d’IST. La prévention ciblée doit être renforcée parmi les sous groupes à plus haut risque, conformément à la stratégie recommandée dans les épidémies concentrées. / Objectives: To estimate HIV prevalence, its associations with potential risk factors, and trends from 2001 to 2007, and to describe vulnerability among commercial sex-workers (CSWs) as well as among their potential clients who were truck-drivers, military army and miners from all over the country of Guinea, West Africa. Methods: 339 CSWs and 954 potential clients in 2001, 598 and 3401 respectively in 2007 were interviewed then tested for HIV over all the country. Data were analysed by multivariate log-binomial regression. Results: Among CSWs, HIV prevalence (40.7% in 2001 and 34.5% in 2007; p=0.15) was associated with illiteracy [(Prevalence Ratio noted PR)=1.41; p=0.02 in 2001 and PR=1.28; p=0.03 in 2007) and with sexually transmitted diseases [ (STDs); PR=1.89; p=0.001 in 2001]. HIV prevalence among potential clients (varying from 4.5% to 7.0% in 2001 and from 5.2% to 6.4% in 2007) was positively associated once at least, with sexually transmitted diseases (STDs), alcohol consumption, declaring paying sexual partners and negatively, with reported capacity of restraining from risky sexual intercourse. Trends of indicators analysed were together not favourable for controlling epidemic with the exception of those observed among among CSWs. Conclusion: HIV prevalence was very high and strongly concentrated among CSWs and their potential clients, relatively to data obtained observed in the general population of Guinea. Sexually active networks were also observed, as well as more vulnerable sub-groups among illiterate CSWs and among potential clients who were alcohol consumers, or who declared STD symptoms. Reinforcement of prevention targeting specific sub-groups is needed.

OBJECTIF : Les systèmes de surveillance de la tuberculose montrent que chez les adultes, cette maladie est beaucoup plus fréquente chez les hommes que chez les femmes mais on ne sait pas si ceci est un bon reflet de l'épidémiologie. Si ces résultats sont dus à une meilleure détection chez les hommes, on devrait observer des différences dans la sévérité selon les sexes. Notre étude compare la sévérité de cas de tuberculose-maladie chez les femmes et chez les hommes adultes du Rwanda. MÉTHODOLOGIE : Nous avons analysé la cohorte de patients tuberculeux de 15 ans et plus diagnostiqués en 2006 dans le district de Huye et la capitale Kigali. Une TB était considérée comme sévère si elle menait au décès ou si c'était une forme extrapulmonaire ou disséminée. L'association entre sévérité et genre a été évaluée par régression logistique en ajustant pour les principaux facteurs de risque (âge, VIH et type de TB). Les probabilités de survie des deux sexes à 6 mois ont été calculées par la méthode de Kaplan-Meier et le test de Wilcoxon. Les rapports de taux d'incidences de mortalité (RT) entre les deux sexes ont été estimés par le modèle de Cox. RÉSULTATS : 1673 personnes ont été inclues dans notre étude dont 40% étaient des femmes et 60% des hommes. Le risque de sévérité est comparable entre les deux genres [RC=1,04; IC 95% :0,74-l, 48 pour le décès et 0,96; IC 95% :0,68-l, 35 pour tout critère de sévérité]. Par rapport aux hommes, les femmes étaient plus souvent âgées de <35 ans [65% vs 54%; p<0,001], plus souvent porteuses du VIH [59% vs 42%; p<0,001)] et atteintes d'une TB extrapulmonaire [32% vs 25%; p<0,001)]. Les probabilités de survie des femmes sont comparables à celles des hommes (x² Wilcoxon=0,02; p=0,90 pour les VIH+; x² Wilcoxon=2,32; p=0,13 pour les VIH-). Les taux de mortalité sont également comparables entre les deux genres [RT=0,96; IC 95% :0,70-l, 31] mais pour les deux genres, la létalité est plus élevée durant les deux premiers mois du traitement. CONCLUSION : même si la maladie déclarée est plus fréquente chez les hommes que chez les femmes, la sévérité est comparable entre les deux genres. Ceci suggère que la différence est d'ordre épidémiologique dans la transmission de la maladie, mais les éléments contextuels locaux (tel que l'infection VIH plus prévalente chez les femmes) laissent penser aussi que les modèles de détection de cas de tuberculose sont peut-être moins sensibles pour les femmes que pour les hommes.

Cette étude décrit le taux de passage à l'insuline chez les aînés diabétiques de type 2 qui ont initié un traitement antihyperglycémiant oral entre le 1er janvier 1998 et le 31 décembre 2002, ainsi que les déterminants de ce passage. Les données ont été tirées du fichier de surveillance du diabète de l'Institut national de santé publique du Québec. La survie a été calculée par la méthode de Kaplan-Meier; une régression de Cox a été menée afin d'identifier les déterminants. Parmi les 50 527 individus inclus, 1 618 sont passés à l'insuline pour un taux d'incidence de 9,9x1000 an -1 . Les déterminants du passage sont : la dose initiale du traitement, l'antihyperglycémiant initial, la comorbidité, l'usage d'un tests de glycémie, de thiazides, de corticostéroïdes oraux et de bêtabloqueurs ainsi que le nombre d'hospitalisation dans l'année précédant la date du début du traitement antihyperglycémiant.

Il y a environ 13 000 Inuit qui vivent dans les quatorze communautés côtières du Nunavik, consommant des aliments locaux issus de la chasse, la pêche, la trappe et la cueillette. Malgré les bienfaits documentés liés à la consommation d'aliments locaux et à leur mode de vie traditionnel, sur leur santé et leur bien-être, certaines particularités culturelles (e.g. consommation de viande crue et d'eau naturelle, surpeuplement des logements) peuvent faire augmenter les risques d'exposition à certaines maladies infectieuses. L'enquête de santé Qanuirlipitaa? 2017 (Q2017) a été mise sur pied afin d'établir un portrait de la santé des habitants du Nunavik. Le volet portant sur les maladies zoonotiques et gastro-entériques visait, entre autres, à améliorer les connaissances en lien avec l'épidémiologie du parasite Toxoplasma gondii et de la bactérie Helicobacter pylori. Au total, 1326 Nunavimmiuts ont participés à Q2017 dont 303 avaient également participé à l'enquête de santé Qanuippitaa? 2004. Les autorités en santé publique s'intéressent à Toxoplasma gondii car il est un parasite excrété par les félins et qui cause des problèmes principalement chez les femmes enceintes qui n'y ont jamais été exposées et les individus immunosupprimés. Au Nunavik, une séroprévalence élevée d'anticorps contre T. gondii a été observée durant l'enquête de 2004 (~60%) et l'on soupçonne que la consommation d'aliments locaux et/ou d'eau naturelle contaminés par le parasite soient les principales sources d'exposition. En vue d'élaborer les questions de Q2017, une méta-analyse portant sur l'association entre la présence d'anticorps contre T. gondii et la consommation de viande crue ou peu cuite, toutes espèces animales confondues, a été effectuée. En utilisant un modèle à effet aléatoire, des mesures d'association ont été estimées selon différents devis d'étude (cohorte, cas-témoins et transversales) tout en tenant compte de l'hétérogénéité et de la qualité des études. Nos résultats appuient que les personnes mangeant de la viande crue ou peu cuite présentent un risque (rapport de prévalence ou d'incidence variant de 1,2 à 1,3) et une chance (rapports de cote variant de 1,7 à 3,0) plus élevés d'avoir des anticorps contre T. gondii, par rapport à celles qui cuisent la viande. Lors de Q2017, 43% des Nunavimmiuts possédaient des anticorps contre T. gondii. Grâce à trois différents modèles de régression de type Poisson robuste employant différentes variables, nous avons observé que la séroprévalence était corrélée avec la consommation de mollusque (rapports de prévalence [RP] variant de 1,02 à 1,21) dans un modèle et chaque augmentation de deux consommations de béluga (RP variant de 1,01 à 1,03), de foie de phoque (RP variant de 1,01 à 1,02) et d'oies (RP variant de 1,01 à 1,02), dans les deux autres modèles. La consommation d'eau provenant d'une source naturelle (RP de 1,47) ou municipale (RP de 1,42) étaient aussi positivement corrélée à une séroprévalence plus élevée comparativement à la consommation d'eau embouteillée dans un modèle, quoique les résultats étaient aussi compatibles avec la valeur nulle. Les autorités en santé publique du Nunavik s'intéressent aussi à Helicobacter pylori, une bactérie qui prolifère dans l'estomac humain, provoquant une inflammation chronique (gastrite) menant jusqu'à des ulcères gastro-duodénaux et le cancer. La bactérie a été détecté chez 71% des participants qui ont fourni des selles tandis que les anticorps ont été détectés chez 73% et 77% de ceux qui ont fourni du sérum, en 2017 et en 2004, respectivement. La colonisation par H. pylori au Nunavik est considérée élevée par rapport au reste de la province, mais est similaire aux autres communautés autochtones nord-américaines. Un diagnostic antérieur d'infection à H. pylori, de gastrite ou d'ulcères gastro-duodénaux a été observé, respectivement, dans 28,4%, 11,2% et 2,4% des dossiers médicaux. La présence d'H. pylori était associée positivement au fait d'habiter la Côte d'Hudson (PR de 1,11), à l'âge (relation curvilinéaire), au nombre de personnes dans le ménage (PR de 1,03) et négativement à la consommation d'eau embouteillée (PR variant de 0,72 à 0,86) tandis que la consommation d'alcool était légèrement associée à une réduction de la prévalence (PR de 0,96). La sensibilité et la spécificité de la sérologie, comparativement à la détection des antigènes dans les selles, sont de 0,85 et 0,67.

La géosimulation est une approche qui permet la modélisation et la simulation de phénomènes dynamiques. Elle est appliquée dans un grand nombre de domaines tels que l’urbanisme, la gestion de l’environnement et la santé publique. La géosimulation se base sur des données géo-référencées qui fournissent le contexte spatial virtuel de la simulation. La dynamique du phénomène simulé est généralement fondée sur des modèles, des algorithmes et/ou des équations mathématiques. Dans le domaine de la santé publique qui nous concerne ici, plusieurs approches de simulation ont été proposées pour simuler la propagation des maladies vectorielles ou zoonoses. Une zoonose est une maladie propagée par un virus ou une bactérie transmise par des insectes (ex. moustiques, tiques) à des animaux (rongeurs, oiseaux, mammifères) qui peuvent être infectés, et à leur tour transmettre le virus ou la bactérie à des insectes sains qui les piquent. Éventuellement les insectes peuvent aussi piquer les humains et leur transmettre la maladie. Dans ces approches, on représente habituellement la dynamique de la zoonose par des modèles mathématiques (dits ‘à base de compartiments’) en faisant l’hypothèse que l’espace est homogène. Ainsi elles ne tiennent pas compte de l’influence du ‘paysage’ (en particulier de la couverture du sol). Pourtant prendre en compte les caractéristiques spatiales est important si on veut simuler de façon plausible la dynamique des zoonoses en tenant compte des zones favorables à la survie ou à la prolifération de certaines espèces (ex. moustiques, tiques) de leur dispersion par les espèces transportrices (ex. oiseaux, chevreuils) et de leurs comportements de mobilité. Dans le projet ZoonosisMAGS, dans lequel s’insère ce travail de maîtrise, on vise à développer une approche générique de simulation de la propagation des zoonoses en utilisant des données géo-référencées et en créant un environnement géographique virtuel efficace pour tenir compte de l’influence de la couverture du sol. Pour la dynamique du phénomène qui reflète l’évolution des espèces (des stades œuf, larve, nymphe à adulte), leurs interactions et leur statut épidémiologique (sain, susceptible, infecté) on utilise un modèle enrichi à base de compartiments qui représente les stades d’évolution biologiques et épidémiologiques des différentes espèces impliquées dans la zoonose. Les populations de chaque espèce en interaction et à divers stades de maturité sont associées aux cellules qui représentent les unités de l’environnement géographique virtuel. La transition des individus d’une espèce d’un compartiment à un autre, ainsi que l’interaction entre les espèces se fait à travers des calculs d’expressions mathématiques à chaque pas de simulation, et ceci pour chaque cellule. Par exemple, dans le cadre d’une simulation de la propagation de la maladie de Lyme sur 365 jours d’une année, sur une région d’environ 300km2, on doit évaluer environ 150 expressions mathématiques pour une trentaine de compartiments et environ 20000 cellules à chaque pas de temps. On comprend qu’un défi majeur est celui de l’efficacité de la spécification et de l’évaluation des expressions mathématiques. Aussi, nous traitons dans ce mémoire une première problématique qui concerne la spécification et l’évaluation efficace des expressions mathématiques et booléennes pour de telles simulations. C’est dans ce contexte que nous avons développé un système qui permet à l’usager de spécifier les expressions mathématiques requises par de telles simulations, ainsi qu’un système qui les évalue par la suite de manière très efficace. La spécification des modèles de compartiments des espèces, de leurs interactions et de l’infection peut être une tâche complexe pour certaines zoonoses comme la maladie de Lyme. À cet effet, nous avons traité une deuxième problématique visant à simplifier la tâche de spécification des modèles en créant un module graphique couplé au système d’expressions mathématiques. En nous basant sur la librairie de dessin Visio, nous avons développé un tel système qui est complètement intégré au simulateur ZoonosisMAGS (version C++). Dans ce mémoire nous présentons le contexte de la recherche, les étapes d’analyse et de conception des systèmes développés. Nous montrons à travers des cas d’utilisation comment ces systèmes sont pratiquement utilisés grâce aux interfaces utilisateurs pratiques que nous avons développées. Nous rendons compte de tests d’efficacité qui ont été conduits pour montrer la contribution de notre travail à travers les résultats d’exécution des expressions mathématiques dans une simulation utilisant un modèle à base de compartiments de la maladie de Lyme.

BACKGROUND: In the United States, implementation of the 7-valent conjugate vaccine into childhood immunization schedules has had an effect on the burden of pneumococcal disease in ail ages of the population. In order to evaluate the impact in Canada, it is essential to have an estimate of the burden of pneumococcal disease before routine use of the vaccine. METHODS: The incidence and costs of pneumococcal disease in the Canadian population in 2001 were estimated from various sources, including published studies, provincial databases, and expert opinion. RESULTS: In 2001, there was an estimated 565 000 cases of pneumococcal disease in the Canadian population, with invasive infections representing 0.7% of cases, pneumonia 7.5%, and acute otitis media 91.8%. There was a total 3000 deaths, mainly as a result of pneumonia and largely attributable to the population > 65 years of age. There was 54 330 life years lost due to pneumococcal disease, and 37 430 quality-adjusted life years lost due to acute disease, long-term sequelae and deaths. Societal costs were estimated at $193 million, with 82% borne by the health System and 18% borne by families. Invasive pneumococcal infections represented 17% of the costs, and non-invasive infections represented 83%, with approximately half of the latter proportion attributable to acute otitis media and myringotomy. CONCLUSION: The burden of pneumococcal disease before routine use of the pneumococcal conjugate vaccine was significant in ail age groups of the Canadian population. This estimate will provide a baseline for further analysis of the direct and indirect impacts of the vaccine. / PROBLÉMATIQUE : Aux États-Unis, l'ajout du vaccin pneumococcique conjugué 7-valent au calendrier d'immunisation régulier des enfants a eu un effet sur le fardeau des maladies pneumococciques et ce, dans toutes les tranches d'âge de la population. Il importe, afin de mesurer cet impact au Canada, d'estimer le fardeau des maladies pneumococciques avant que l'usage de ce vaccin ne soit répandu. MÉTHODOLOGIE : L'incidence des maladies pneumococciques parmi la population canadienne et les coûts qui y sont associés ont été estimés à partir de données provenant de plusieurs sources, telles que des publications scientifiques, des banques de données provinciales et les avis de plusieurs experts. RÉSULTATS : En 2001, on estimait à 565 000 le nombre de cas d'infections pneumococciques parmi la population canadienne. Les infections invasives représentaient 0,7 % des cas, les pneumonies, 7,5 % et les otites moyennes aiguës, 91,8 %. On recensait 3 000 décès résultant essentiellement de pneumonies, principalement parmi la population âgée de 65 ans et plus. Au total, les infections pneumococciques étaient responsables de 54 330 années perdues, et les infections aiguës, les séquelles à long terme et les décès étaient à l'origine d'une perte de 37 430 années de vie de pleine qualité. Les coûts sociétaux ont été estimés à 193 millions de dollars, supportés à 82 % par le système de santé et à 18% par les familles. Les infections invasives et les infections non invasives représentaient 17 % et 83 % des coûts, respectivement. Près de la moitié du coût des infections non invasives était attribuable aux otites moyennes aiguës et aux myringotomies. CONCLUSION : Avant l'introduction de l'usage régulier de vaccin conjugué 7-valent, le fardeau des maladies pneumococciques était significatif dans tous les groupes d'âge de la population canadienne. Les résultats de cette étude constituent une base de référence pour les analyses futures des impacts directs et indirects du vaccin.