Submitted by Diogo Misoguti (diogo.misoguti@gmail.com) on 2016-08-08T18:42:52Z No. of bitstreams: 1 Publico-20160808.pdf: 1416606 bytes, checksum: 61ffaff6596a702eeebabe55ae7c3578 (MD5) / Approved for entry into archive by Diogo Misoguti (diogo.misoguti@gmail.com) on 2016-08-08T18:43:49Z (GMT) No. of bitstreams: 1 Publico-20160808.pdf: 1416606 bytes, checksum: 61ffaff6596a702eeebabe55ae7c3578 (MD5) / Made available in DSpace on 2016-08-08T18:43:49Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Publico-20160808.pdf: 1416606 bytes, checksum: 61ffaff6596a702eeebabe55ae7c3578 (MD5) Previous issue date: 2009 / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / Objetivos: Avaliar (i) o perfil de sensibilidade aos antimicrobianos e caracterizar os tipos de β-lactamases de espectro ampliado, entre isolados clínicos de Klebsiella spp. (KSP); (ii) os mecanismos de resistência em isolados clínicos de Klebsiella pneumoniae (KPN) que apresentaram diminuição de sensibilidade aos carbapenens; (iii) a acurácia do teste de Hodge para detecção de carbapenemases Material e Métodos: Foram avaliadas 167 amostras de KSP isoladas do primeiro episódio de infecção de corrente sanguínea (ICS) de pacientes hospitalizados em 15 centros médicos de diferentes regiões do país, participantes do programa de vigilância SCOPE Brasil, entre junho de 2007 e dezembro de 2008. Todas as amostras foram submetidas a re-identificação e teste de sensibilidade pelo sistema automatizado BD Phoenix. As amostras foram classificadas em dois grupos de acordo com a sensibilidade in vitro aos agentes β-lactâmicos e detecção de ESβL: (i) KSP produtora de ESβL e (ii) KSP não produtora de ESβL. As amostras representativas do grupo KSP produtora de ESβL foram submetidas a testes fenotípicos e moleculares. Os principais tipos de β-lactamases foram caracterizados pela reação em cadeia da polimerase (PCR), seguido pelo sequenciamento dos produtos amplificados. Testes adicionais foram realizados para o subgrupo KPN produtora de ESβL e resistente a ertapenem (KPN-ESβL-RE). Resultados: As espécies mais comuns foram K. pneumoniae (n=158), seguida por K. oxytoca (n=8) e K. ozaenae (n=1). Altas taxas de resistência aos antimicrobianos foram constatadas, sendo que 56,3% das amostras foram classificadas como produtoras de ESβL. As ESβL mais frequentes foram CTXM-2, CTX-M-15, SHV-5 e SHV-12. Isolados clínicos contendo concomitantemente dois tipos de ESβL (CTX e SHV) foram detectados somente nas regiões Nordeste e Sudeste. O mecanismo de resistência detectado nas amostras KPN-ESβL-RE foi a produção de cefotaximase, associada à alteração das porinas OmpK35 e/ou OmpK36. O teste de Hodge apresentou baixa acurácia nessas amostras. Conclusões: Evidenciamos a disseminação de CTX-M-2 e a emergência de CTX-M-15, associada a alterações nas porinas OmpK35 e OmpK36 em amostras de KSP isoladas de ICS em hospitais brasileiros. Nenhuma carbapenemase foi detectada / Objectives: To evaluate (i) the antimicrobial susceptibility profile of Klebsiella spp. (KSP) clinical isolates and characterize the extended spectrum β-lactamases. (ii) the resistance mechanisms in Klebsiella spp. clinical isolates that showed decrease of carbapenem susceptibility. (iii) the accuracy of the Hodge Test for carbapenemase activity detection. Material and Methods: 167 KPS strains were evaluated in this study. The strains were isolated from the first bloodstream infection episode of patients hospitalized at 15 medical centers from different regions of the country participating of SCOPE Brazillian surveillance program, between June, 2007 and December, 2008. The isolates were re-identified and susceptibility tested by the automated system BD Phoenix and classified in two groups according antimicrobial susceptibility profile and ESβL detection: (i) KSP ESβL-producing and (ii) KSP ESβL-non-producing. KSP ESβL-producing were submitted to phenotypic and molecular tests. The β-lactamase types were characterized by PCR, followed by DNA sequencing. Additional tests were performed for ertapenem resistant K. pneumoniae ESβL-producing (KPN-ESβL-ER). Results: The most common species were K. pneumoniae (n=158), followed by K. oxytoca (n=8) and K. ozaenae (n=1). High rates of antimicrobial resistance were observed and 56.3% of isolates were classified as ESβL-producing. The most frequent ESβL were CTX-M-2, CTX-M-15, SHV-5 and SHV-12. Clinical isolates with two ESβL types (CTX and SHV) were only detected in the northeast and southeast regions. The resistance mechanism detected in the KPN-ESβL-ER isolates was the cefotaximase production associated with OmpK35 and/or OmpK36 porin alteration. The Hodge test showed low accuracy in these isolates. Conclusions: We showed the dissemination of CTX-M-2 and emergence of CTX-M-15, associated with OmpK35 and OmpK36 porin modification, in KSP strains isolated from bloodstream infection in Brazilian hospitals. No carbapenemase was detected. / FAPESP: 2006/57700-0

Submitted by Liliane Ferreira (ljuvencia30@gmail.com) on 2018-08-08T13:21:02Z No. of bitstreams: 2 Dissertação - Andressa Liberal Santos - 2018.pdf: 2603632 bytes, checksum: 0a1312a46fb6a806189f5479682576a2 (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) / Rejected by Luciana Ferreira (lucgeral@gmail.com), reason: Olhe a citação : Dissertação (Mestrado em Biologia da Relação Parasito-Hospedeiro (IPTSP)) - Universidade Federal de Goiás, Goiânia, 2018. on 2018-08-08T13:28:59Z (GMT) / Submitted by Liliane Ferreira (ljuvencia30@gmail.com) on 2018-08-09T11:46:17Z No. of bitstreams: 2 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Dissertação - Andressa Liberal Santos - 2018.pdf: 2603632 bytes, checksum: 0a1312a46fb6a806189f5479682576a2 (MD5) / Approved for entry into archive by Luciana Ferreira (lucgeral@gmail.com) on 2018-08-09T12:21:53Z (GMT) No. of bitstreams: 2 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Dissertação - Andressa Liberal Santos - 2018.pdf: 2603632 bytes, checksum: 0a1312a46fb6a806189f5479682576a2 (MD5) / Made available in DSpace on 2018-08-09T12:21:53Z (GMT). No. of bitstreams: 2 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Dissertação - Andressa Liberal Santos - 2018.pdf: 2603632 bytes, checksum: 0a1312a46fb6a806189f5479682576a2 (MD5) Previous issue date: 2018-06-28 / Enterobacteria are microorganisms involved with bacteria and the health of women with care. Treatment of bacterial infections is most often done with the use of antibiotics and one of the major classes of antimicrobials is one of the β-lactams. Among the main mechanisms of resistance to the observational β-lactam antibiotics: alteration of the antimicrobial target; alteration of β-lactam permeability; Flow pumps and the entry of enzymatic signals that destroy the β-lactate totally or with the development of an alternative metabolic pathway. These enzymes are known as beta-lactamases and are encoded by specific genes. Thus, the objective of this study was to correlate the resistance profile of enterobacteria, using phenotype methodologies and identifying 14 genes that encode as beta-lactamase enzymes: blaOXA genes; blaIMP; blaNDM; blaSME; blaDHA; blaCMY, blaTEM, blaKPC, blaSPM, blaCTX-M, blaVIM, blaSIM, blaGim and blaSHV. The phenotypic methodologies used were the Antimicrobial Sensitivity Test for Disk-Diffusion (antibiogram), and complementary tests for the detection of resistance mechanisms of beta-lactamases (ESBL, MBL, AmpC and Carbapenemase). The molecular methodology used was Real Time PCR using the Sybr Green system. Among the results found in the tests it was observed that 74.28% were resistant to ampicillin, 34.28% were resistant to aztreonam, 62.85% were resistant to amoxicillin associated with clavalunate, 51.42% were resistant to ceftazidime, 41 , 42% were resistant to cefoxitin, 54.28% were resistant to cefazolin, 44.28% were resistant to cefepime, 41.42% were resistant to cefuroxime, 8.57% were resistant to cefuroxime, 35.71% were resistant an imipenem and 41.42% were resistant to piperacillin associated with tazobactam. Among the total samples, the mechanism of resistance that presented the highest expression was ESBL (17.14%). The genes studied that were detected in a greater number of genera were blaGIM and blaSIM (66.66% of the samples). The gene that was amplified in a smaller number of samples was blaVIM (16.66%). It is concluded that although there is a low correlation between the methodologies analyzed, the levels of antimicrobial resistance in enterobacteria are high and worrying, and a way to minimize the accelerated emergence of resistance includes the development or improvement of techniques that generate diagnoses with high efficiency and speed. / As enterobactérias são microrganismos envolvidos com infecções bacterianas adquiridas na comunidade e nos ambientes dos cuidados com a saúde. O tratamento das infecções bacterianas na maioria das vezes é realizado com a utilização de antibióticos e uma das maiores classes de antimicrobianos é a dos β-lactâmicos. Entre os principais mecanismos de resistência aos antimicrobianos β-lactâmicos observa-se: alteração do alvo antimicrobiano; alteração da permeabilidade ao β-lactâmico; bombas de e-fluxo e a presença de mecanismos enzimáticos que destroem o β-lactâmico totalmente ou parcialmente com desenvolvimento de uma via metabólica alternativa. Essas enzimas são conhecidas como beta-lactamases e são codificadas por genes específicos. Dessa forma, o objetivo deste estudo foi o de correlacionar o perfil de resistência das enterobactérias, utilizando metodologias fenotípicas e identificar 14 genes que codificam as enzimas beta-lactamases: genes blaOXA; blaIMP; blaNDM; blaSME; blaDHA; blaCMY, blaTEM, blaKPC, blaSPM, blaCTX-M, blaVIM, blaSIM, blaGIM e blaSHV. As metodologias fenotípicas utilizadas foram o Teste de Sensibilidade aos Antimicrobianos por disco-difusão (antibiograma), e testes complementares para detecção dos mecanismos de resistência das beta-lactamases (ESBL, MBL, AmpC e Carbapenemase). A metodologia molecular utilizada foi a PCR em Tempo Real, utilizando o sistema Sybr Green. Entre os resultados fenotípicos encontrados nas bactérias observou-se que 74,28% foram resistentes a ampicilina, 34,28% foram resistentes a aztreonam, 62,85% foram resistentes a amoxicilina associado ao clavalunato, 51,42% foram resistentes a ceftazidima, 41,42% foram resistentes cefoxitina, 54,28% foram resistentes a cefazolina, 44,28% foram resistentes a cefepime, 41,42% foram rsistentes a ceftriaxona, 8,57% foram resistentes a cefuroxima, 35,71% foram resistentes a imipenem e 41,42% foram resistentes a piperacilina associada tazobactam. Entre o total de amostras, o mecanismo de resistência que apresentou maior expressão foi o ESBL (17,14%). Os genes estudados que foram detectados em um maior número de gêneros foram o blaGIM e o blaSIM (66,66% das amostras). O gene amplificado em menor número de amostras foi o blaVIM (16,66%). Conclui-se que apesar de haver baixa correlação entre as metodologias analisadas, os níveis de resistência a antimicrobianos em enterobactérias são altos e preocupantes e uma maneira de minimizar a acelerada emergência de resistência é desnvolver e aprimorar técnicas de diagnósticos com alta eficiência e rapidez.

Submitted by Luciana Ferreira (lucgeral@gmail.com) on 2018-07-16T11:25:09Z No. of bitstreams: 2 Dissertação - Adailton Pereira dos Santos - 2018.pdf: 2470326 bytes, checksum: b19858377cb05cc2abd767e4560cd12a (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) / Approved for entry into archive by Cláudia Bueno (claudiamoura18@gmail.com) on 2018-07-17T13:12:23Z (GMT) No. of bitstreams: 2 Dissertação - Adailton Pereira dos Santos - 2018.pdf: 2470326 bytes, checksum: b19858377cb05cc2abd767e4560cd12a (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) / Made available in DSpace on 2018-07-17T13:12:23Z (GMT). No. of bitstreams: 2 Dissertação - Adailton Pereira dos Santos - 2018.pdf: 2470326 bytes, checksum: b19858377cb05cc2abd767e4560cd12a (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Previous issue date: 2018-06-29 / β-lactamases are enzymes that hydrolyze the β-lactam ring, inactivating the action of β-lactam antibiotics. The objective of this work was to diagnose phenotypically and molecularly 14 β- lactamase resistance genes expressed in Pseudomonas aeruginosa and to correlate the results found. A total of 99 samples of Pseudomonas aeruginosa were selected and the antibiogram was performed. Real-time PCR is being performed using the Sybr Green system to amplify the genes corresponding to the resistances found in phenotyping. Three/14 (21.4%) genes blaSME, blaOXA, blaGIM were found simultaneously in three samples. According to the statistical test, when evaluating the amplification results obtained for PPT, the molecular method was more sensitive for the detection of the gene coding for multidrug resistance, presenting values of (p <0.05). This information suggests that gene research is more sensitive and specific compared to the antibiogram. / As β-lactamases são enzimas que hidrolisam o anel β-lactâmico, inativando a ação de antibióticos β-lactâmicos. O objetivo deste trabalho foi diagnosticar fenotipicamente e molecularmente 14 genes de resistência à β-lactamases expressos em Pseudomonas aeruginosa e correlacionar os resultados encontrados. Um total de 99 amostras de Pseudomonas aeruginosa foi selecionado e o antibiograma foi realizado. A PCR em tempo real foi realizada usando o sistema Sybr Green para amplificar os genes correspondentes às resistências encontradas na fenotipagem. Das 99 amostras, 14 foram identificadas como fenotipicamente resistentes ao ATM antimicrobiano. Três/14 (21,4%) genes blaSME, blaOXA, blaGIM foram encontrados simultaneamente em três amostras. De acordo com o teste estatístico, ao avaliar os resultados de amplificação obtidos para o PPT, o método molecular foi ma s sensível para a detecção do gene que codifica a resistência a múltiplos fármacos, apresentando valores de (p <0,05). Esta informação sugere que a pesquisa genética é mais sensível e específica em comparação com o antibiograma.