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Prevalência da Leishmaniose visceral canina na terra indígena Xakriabá, norte de Minas Gerais, Brasil.

Rocha, Ana Maria Sampaio January 2015 (has links)
Programa de Pós-Graduação em Saúde e Nutrição. Escola de Nutrição, Universidade Federal de Ouro Preto. / Submitted by Marise Leite (marise_mg@yahoo.com.br) on 2016-04-11T14:14:10Z No. of bitstreams: 2 license_rdf: 23148 bytes, checksum: 9da0b6dfac957114c6a7714714b86306 (MD5) DISSERTAÇÃO_PrevalênciaLeishmanioseVisceral.pdf: 2294708 bytes, checksum: 2657834ccbcfb68c037661b4bd0a32c0 (MD5) / Approved for entry into archive by Oliveira Flávia (flavia@sisbin.ufop.br) on 2016-04-13T13:46:15Z (GMT) No. of bitstreams: 2 license_rdf: 23148 bytes, checksum: 9da0b6dfac957114c6a7714714b86306 (MD5) DISSERTAÇÃO_PrevalênciaLeishmanioseVisceral.pdf: 2294708 bytes, checksum: 2657834ccbcfb68c037661b4bd0a32c0 (MD5) / Made available in DSpace on 2016-04-13T13:46:15Z (GMT). No. of bitstreams: 2 license_rdf: 23148 bytes, checksum: 9da0b6dfac957114c6a7714714b86306 (MD5) DISSERTAÇÃO_PrevalênciaLeishmanioseVisceral.pdf: 2294708 bytes, checksum: 2657834ccbcfb68c037661b4bd0a32c0 (MD5) Previous issue date: 2015 / A terra indígena Xakriabá está localizada em área endêmica para a zoonose Leishmaniose Visceral (LV) no norte de Minas Gerais. A LV é uma parasitose relevante, apresentando elevada mortalidade em casos humanos não tratados. Os cães são considerados os mais importantes reservatórios domésticos da LV. O diagnóstico e tratamento precoce dos casos humanos, o controle do inseto vetor e a eutanásia de cães infectados são ações adotadas no controle da doença. Medidas de vigilância e controle da Leishmaniose Visceral Canina (LVC), preconizadas pelo Ministério da Saúde (MS), não tem sido efetivas. Um dos motivos é a permanência de reservatórios caninos nas áreas endêmicas, geralmente por falhas no diagnóstico sorológico, pela demora na retirada sistemática de parte dos cães soropositivos e soroconversão de animais indeterminados não retirados de área contribuindo assim para a manutenção do ciclo da doença. No ano de 2011, os métodos diagnósticos sorológicos para LVC, recomendados pelo MS, eram o Ensaio Imunoenzimático (ELISA) como método de triagem e a Reação de Imunofluorescência Indireta (RIFI) (titulação > 1:40) como teste confirmatório. No entanto, esses testes sorológicos apresentam limitações podendo apresentar taxas subestimadas de infecção (falso-negativos) e resultados sorológicos indeterminados (zona cinza). O objetivo desse trabalho foi determinar as prevalências para LVC por diferentes métodos de diagnóstico utilizando amostras de sangue dessecado em papel de filtro (SDPF). As técnicas sorológicas utilizadas foram o ELISA e a RIFI. O diagnóstico molecular foi realizado a partir da técnica PCR-kDNA para o gênero Leishmania utilizando o iniciador A: 5´ (C/G) (C/G) (G/C) CC(C/A) CTA T(T/A)T TAC ACC AAC CCC 3´ e iniciador B: 5´ GGG GAG GGG CGT TCT GCG AA 3´ que amplificamcam a região conservada do minicírculo do DNA do cinetoplasto do parasito. Os animais foram agrupados em diferentes perfis sorológicos: ELISA+/RIFI+, ELISA+/RIFI-, indeterminado em ELISA/RIFI+, indeterminado em ELISA/RIFI-, ELISA-, e realizada a comparação de proporções do diagnóstico molecular positivo para cada um dos desses grupos. Os resultados da prevalência da infecção determinada pela ELISA foi 33.3% (317/950), pela RIFI 15.4% (69/447) e pela PCR kDNA foi igual a 14,8% (140/948). A porcentagem dos resultados positivos utilizando a técnica molecular do diagnóstico molecular variou significativamente (p<0.001) de acordo com o perfil sorológico: ELISA+/RIFI+ (n=41; 36,6%); ELISA+/RIFI- (n=276; 17,7%), indeterminado em ELISA/RIFI+ (n=28; 57,1%), indeterminado em ELISA/RIFI- (n=100; 15,0%), ELISA- (n= 503; 8,9%). A técnica do ELISA demonstrou que sensibilidade de 45,7 % e especificidade de 68,7 %. Já a técnica de RIFI apresentou a sensibilidade de 32% e a especificidade de 89%. A acurácia da técnica do ELISA foi de 9,5% e do RIFI foi de 24,2%, o que demonstra que o primeiro teste foi menos concordante do que o teste RIFI em relação ao diagnóstico molecular (PCR-kDNA). Dessa forma, o diagnóstico molecular permitiu identificar falhas no diagnóstico quando comparados aos métodos sorológicos no diagnostico infecção do cão, comprometendo as medidas de controle da doença na terra indígena Xakribá. _____________________________________________________________________________________ / ABSTRACT: The indigenous land of Xakriabá is located in an endemic region for zoonosis Visceral Leishmaniasis (VL) in the north of Minas Gerais. VL is a relevant disease with high mortality in untreated human cases. Dogs are considered the most important domestic reservoir of VL. Treatment of human cases, the insect vector control and euthanasia of infected dogs are actions taken to control the disease. Surveillance measures and control of Canine Visceral Leishmaniasis (CVL), recommended by the Health Ministry (HM), have not been effective. One reason is the permanence of canine reservoirs in the endemic areas, usually for failure of serological diagnosis, the delay in the systematic removal of parts of seropositive dogs and seroconversion of indeterminate animals not removed from the area, leading to the preservation of the disease cycle. In 2011, the serological diagnosis methods for LVC, recommended by HM, were the Enzyme-Linked Immunosorbent Assay (ELISA), as a screening method and the Immunofluorescence Assay (IFA) (titration> 1:40), as a confirmatory test. However, these serological tests have limitations and may have underestimated rates of infection (false negatives) and serological indeterminate results (gray zone). The aim of this study was to determine the prevalence for CVL through different methods of diagnosis using samples of dried blood on paper filter (DBPF). The serological techniques used were ELISA and IFA. The molecular diagnosis was made from the PCR-kDNA technique for Leishmania using the starter A: 5'(C / G) (C / G) (G / C) CC (C / A) CTA T (T / A ) T ACC AAC TAC CCC 3' and the starter B: 5'GAG GGG GGG CGT TCT GCG AA 3' which amplify the conserved region of the DNA minicircle of the parasite’s kinetoplast. The animals were grouped into different serological profiles: ELISA + / IFA + ELISA + / RIFI- indeterminate ELISA / IFA + indeterminate ELISA / RIFI-, Elisabeth, and a comparison of the positive molecular diagnostic ratios for each of these groups was performed. The results of the prevalence of certain infection by ELISA was 33.3% (317/950), 15.4% by IFAT (69/447) and PCR kDNA was equal to 14.8% (140/948). The percentage of positive molecular diagnosis varied significantly (p <0.001) according to the serological profile: ELISA + / IFAT + (n = 41; 36.6%); ELISA + / RIFI- (n = 276; 17.7%), unspecified for ELISA / IFA + (n = 28; 57.1%), unspecified for ELISA / RIFI- (n = 100; 15.0%), Elisabeth (n = 503; 8.9%). The ELISA technique showed a sensitivity of 45.7% and the specificity was 68.7%. Already the IFA technique achieved the sensitivity of 32.0% and specificity of 89.0%. The reproducibility of the ELISA technique was 9.5% and IFA was 24.2%, which shows that the first test was less consistent than the IFA in relation to molecular diagnosis (kDNA-PCR). Thus, the molecular diagnosis showed high frequency of failure diagnosis of serological methods regarding the dog's infection, compromising the disease control measures in the indigenous land of Xakribá.
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Análise molecular de isolados do gênero leishmania e clínica de pacientes portadores de leishmaniose tegumentar americana atendidos no Hospital Universitário de Brasília

Graziani, Daniel 26 November 2013 (has links)
Dissertação (mestrado)—Universidade de Brasília, Faculdade de Ciências da Saúde, Programa de Pós-Graduação em Ciências da Saúde, 2013. / Submitted by Albânia Cézar de Melo (albania@bce.unb.br) on 2014-02-03T14:32:42Z No. of bitstreams: 1 2013_DanielGraziani.pdf: 1554428 bytes, checksum: 32ad8e784f99ba3a3cefc15be83c91bf (MD5) / Approved for entry into archive by Guimaraes Jacqueline(jacqueline.guimaraes@bce.unb.br) on 2014-02-04T11:05:32Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2013_DanielGraziani.pdf: 1554428 bytes, checksum: 32ad8e784f99ba3a3cefc15be83c91bf (MD5) / Made available in DSpace on 2014-02-04T11:05:32Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2013_DanielGraziani.pdf: 1554428 bytes, checksum: 32ad8e784f99ba3a3cefc15be83c91bf (MD5) / A Leishmaniose Tegumentar Americana é um grave problema de saúde pública no Brasil e em vários países do mundo. As diferentes manifestações clínicas podem variar desde uma lesão localizada até multiplas lesões distribuidas por todo o corpo. Fatores inerentes às diferentes espécies do parasita contribuem para a diversidade clínica e para a patogênese da doença. O objetivo deste trabalho foi estudar através de metodologias moleculares isolados de Leishmania e relacionar com os aspectos clínicos dos pacientes fontes. A identificação foi realizada através da PCR do gene miniexon, PCR-RFLP e sequenciamento da região ITS1 do rDNA. Foram analisados 38 isolados provenientes de 36 pacientes e foram identificados: 22 L. (V.) braziliensis, 3 L. (V.) panamensis, 1 L. (V.) guyanensis, 1 L. (V.) utingensis, 2 L. (V.) spp, 8 L. (L.) amazonensis e 1 L. (L.) infantum. Os pacientes que predominaram eram do sexo masculino em idade reprodutiva com lesões nos membros superiores e inferiores. Os pacientes infectados pelo subgênero Viannia desenvolveram em 81% dos casos leishmaniose cutânea. Apenas pacientes infectados por L. (V.) braziliensis desenvolveram leishmaniose mucosa. Um paciente infectado por L. (V.) braziliensis e co-infectado por HIV desenvolveu a Síndrome de Reconstituição Imune. Entre os oito pacientes infectados pela espécie L. (L.) amazonensis, seis apresentaram leishmaniose cutânea, um apresentou a forma cutânea disseminada e um apresentou leishmaniose cutânea difusa. O único paciente infectado por L. (L.) infantum apresentou três lesões cutâneas ulceradas. A técnica RAPD permitiu comparar fingerprints de isolados de um mesmo paciente a fim de analisar as modificações ao longo de sucessivas recidivas. Através desta técnica foi possível caracterizar duas cepas de L. (L.) amazonensis como idênticas, isoladas de dois pacientes com formas clínicas graves e raras (LCD e LD). Neste estudo relata-se pela primeira vez como agentes etiológicos da leishmaniose tegumentar no Brasil as espécies: L. (V.) utingensis e L. (L) infantum. A L. (V.) utingensis é descrita pela primeira vez infectando humanos e a L. (L) infantum desencadeando leishmaniose cutânea. Devido ao amplo espectro clínico causado pelas espécies de Leishmania, o diagnóstico molecular pode ser útil para o prognóstico clínico rotineiro da leishmaniose bem como para compreensão da ocorrência e comportamento de cada espécie. ______________________________________________________________________________ ABSTRACT / Leishmaniasis is a serious public health problem in Brazil and in several countries worldwide. The different clinical manifestations may vary since a localized lesion until multiple lesions distributed throughout the body. Factors inherent to the different species of the parasite contribute to the clinical diversity and pathogenesis of the disease. The aim of this work was to study through molecular methodologies of Leishmania's isolates and relate them with clinical aspects of the patient's sources. The identification was performed by PCR miniexon gene, PCR-RFLP and sequencing of ITS1 from rDNA gene. In this study 38 isolates from 36 patients were analyzed and were identified: 22 L. (V.) braziliensis, 3 L. (V.) panamensis, 1 L. (V.) guyanensis, 1 L. (V.) utingensis, 2 L. (V.) spp, 8 L. (L.) amazonensis and 1 L. (L.) infantum. Patients were males in reproductive age with lesions in upper and lower limbs. The patients infected by the Viannia subgenus have developed cutaneous leishmaniasis, in 81% cases. Only patients infected by L. (V.) braziliensis developed ucosal leishmaniasis. One patient infected by L. (V.) braziliensis and co-infected with HIV developed immune reconstitution syndrome. Among the eight patients infected by the L. (L.) amazonensis, six have developed cutaneous leishmaniasis, one presented disseminated cutaneous form and the other had diffuse cutaneous leishmaniasis. The single patient infected by L. (L.) infantum has showed an atypical form of cutaneous leishmaniasis. The RAPD technique allowed us to compare fingerprints of isolates from the same patient, in order to analyze changes over successive recurrences. By using this technique, it was possible to characterize two strains of L. (L.) amazonensis as identical, these was isolated from two patients with severe clinical and rare forms (LCD and LD). The present study reports, for the first time as etiologic agents of cutaneous leishmaniasis in Brazil, the following species: L. (V.) utingensis and L. (L) infantum. L. (V.) utingensis is first described infecting humans and L. (L) infantum unleashing cutaneous leishmaniasis. Due to the wide clinical spectrum caused by Leishmania species, the molecular diagnosis can be useful for routine clinical prognosis of leishmaniasis as well as for understanding the occurrence and behavior of each species.
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Desenvolvimento de biossensores eletroquímico e piezelétrico de DNA para diagnósticos clínicos

José de Brito Silva, Jorge January 2004 (has links)
Made available in DSpace on 2014-06-12T15:53:13Z (GMT). No. of bitstreams: 2 arquivo5105_1.pdf: 1249968 bytes, checksum: 7bb0ccd96815e88755b0c108dfde3dc1 (MD5) license.txt: 1748 bytes, checksum: 8a4605be74aa9ea9d79846c1fba20a33 (MD5) Previous issue date: 2004 / No mundo investimento para o desenvolvimento de novos métodos de diagnóstico genético e de doenças infecciosas tem se tornado muito freqüente. Biossensores de DNA (genossensores) aparecem como uma nova e eficiente alternativa, com boa sensibilidade e baixo custo. Neste trabalho, o desenvolvimento de novos suportes alternativos para imobilização de ácidos nucléicos tem sido pesquisados com sucesso. A composição do grafite endurecido com polimercaptanas resultam em um suporte rígido, muito fácil de manipular, rápido endurecimento a temperatura ambiente e afinidade química com o DNA. Este suporte mostra um bom resultado da imobilização e na sensibilidade. Ao mesmo tempo foi mostrada uma nova metodologia de hibridização de probe de DNA com sua própria fita complementar, sem indicadores químicos ou métodos eletroquímicos. Uma fina camada de filme de quitosana foi preparada quimicamente e basificada com NaOH e foi usada para modificar um eletrodo de ouro a partir de um cristal de quartz microbalanceado (QCM). Este filme mostrou uma boa performance na imobilazação dos ácidos nucléicos, com uma melhor estabilidade de imobilização em comparação com ácidos nucléicos diretamente imobilizados sobre a superfície do eletrtodo (QCM). Biossensores piezoelétricos foram desenvolvidos para detecção de ácidos nucléicos de leucemia. Este aparelho mostrou uma boa performance sem modificação do eletrodo. Uma nova metodologia de hibridização via dry-adsorption em diferentes condições de temperatura mostrou excelente resultado 60°C. O biossensor LMC exibiu uma excelente especificidade quando se executou o ensaio de hibridização com diferentes seqüências de RNAs e ss-cDNA (E.coli). O biossensor LMC (QCM) é uma ferramenta satisfatória para o diagnóstico da LMC
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Painel de exoma direcionado como diagnóstico molecular para pacientes com deficiência auditiva sindrômica

Lima, Yasmin Soares de 30 July 2017 (has links)
Dissertação (mestrado)—Universidade de Brasília, Instituto de Ciências Biológicas, Programa de Pós-Graduação em Biologia Animal, 2017. / Submitted by Raquel Almeida (raquel.df13@gmail.com) on 2017-10-13T17:50:42Z No. of bitstreams: 1 2017_YasminSoaresdeLima_PARCIAL.pdf: 1676261 bytes, checksum: a9863110a17ae3d6d0d1d388c1aaa89a (MD5) / Approved for entry into archive by Raquel Viana (raquelviana@bce.unb.br) on 2017-10-25T13:23:57Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2017_YasminSoaresdeLima_PARCIAL.pdf: 1676261 bytes, checksum: a9863110a17ae3d6d0d1d388c1aaa89a (MD5) / Made available in DSpace on 2017-10-25T13:23:57Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2017_YasminSoaresdeLima_PARCIAL.pdf: 1676261 bytes, checksum: a9863110a17ae3d6d0d1d388c1aaa89a (MD5) Previous issue date: 2017-10-25 / A deficiência auditiva é o distúrbio sensorial mais comum no mundo. No Brasil, cerca de 5% da população apresenta algum tipo de deficiência auditiva e 1,12% declaram não ouvir som algum. Aproximadamente 50-60% dos casos de deficiência auditiva no mundo possuem uma etiologia genética. Destes, 30% são sindrômicos, sendo que mais de 100 genes j á foram associados com a deficiência auditiva não sindrômica. Painéis baseados em sequenciamento de nova geração vêm sendo comumente utilizados na busca da etiologia genética da deficiência auditiva não sindrômica e outras doenças genéticas, demonstrando-se ser uma eficaz ferramenta. Nesse trabalho, propusemos um painel Ion Ampliseq™ customizado especialmente para a deficiência auditiva sindrômica contendo 51 genes associados às síndromes mais comuns somado ao gene GJB2, principal causa de deficiência auditiva não sindrômica. Pacientes com e sem diagnóstico clínico foram selecionados. Dos 26 pacientes sequenciados com êxito, foram encontradas mutações potencialmente causativas em nove deles, todos com diagnóstico clínico prévio, enquanto foi possível realizar o diagnóstico molecular em seis, obtendo-se uma taxa diagnóstica de 23%. Foram identificadas cinco mutações sem sentido, duas de sentido trocado e duas frameshift. O painel demonstrou maior efetividade em realizar o diagnóstico molecular em pacientes com diagnóstico clínico em comparação aos pacientes sem diagnóstico clínico, com exceção a Síndrome Óculo-Aurículo-Vertebral, em que não foram encontradas mutações potencialmente causativas nos genes propostos incluídos no painel. Em conclusão, o painel demonstrou efetividade na realização do diagnóstico molecular especialmente para aqueles com diagnóstico clínico. A grande heterogeneidade genética, o envolvimento de genes ainda não identificados, e consequentemente, não incluídos no painel, além da não cobertura de regiões intrônicas e/ou reguladoras podem estar envolvidas na não identificação de variantes que pudessem determinar o quadro dos demais pacientes. Ainda, foi proposto de um fluxograma de abordagem diagnóstica baseado nos resultados observados neste trabalho. / Hearing impairment is the most common sensory disorder in the world. In Brazil, about 5% of the population has some type of hearing loss and 1.12% declares not hearing any sound. Approximately 50-60% of the world's hearing loss cases have a genetic etiology. 30% of these cases are syndromic, and more than 100 genes have been associated with non-syndromic hearing loss. Panels based on next generation sequencing have been commonly used in the search for the genetic etiology of non-syndromic hearing loss and other genetic disorders, proving to be an effective tool. In this work, we proposed a specially designed Ion Ampliseq ™ panel for syndromic hearing loss containing 51 genes associated with the most common syndromes plus the GJB2 gene, the main cause of non-syndromic hearing loss. Patients with and without clinical diagnosis were selected. From the 26 successfully sequenced patients, potentially causative mutations were found in nine of them, all with a previous clinical diagnosis, while it was possible to perform the molecular diagnosis in six of them, obtaining a diagnostic rate of 23%. We identified five nonsenses mutations, two missenses and two frameshift. The panel demonstrated greater effectiveness in performing the molecular diagnosis in patients with clinical diagnosis compared to patients without clinical diagnosis, except for Oculo-Auriculo- Vertebral Syndrome, in which no potentially causative mutations were found in the proposed genes included in the panel. In conclusion, the panel demonstrated effectiveness in performing the molecular diagnosis especially for those with clinical diagnosis. The large genetic heterogeneity, the involvement of unidentified genes, and consequently, not included in the panel, besides the non-coverage of intronic and / or regulatory regions may be involved in the non-identification of variants that could diagnosticate the other patients. In addition, a flowchart of a diagnostic approach was proposed, based on the results observed in this study.
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Identificação fenotípica de Dientamoeba fragilis (Jepps & Dobell, 1918) e Blastocystis hominis (Brumpt, 1912) em pacientes atendidos no ambulatório do Hospital Universitário de Brasília: caracterização molecular preliminar de isolados diagnosticados

Minuzzi, Thaís Tâmara Castro e Souza 22 February 2010 (has links)
Dissertação (mestrado)—Universidade de Brasília, Faculdade de Ciências da Saúde, 2010. / Submitted by Shayane Marques Zica (marquacizh@uol.com.br) on 2011-03-28T17:43:27Z No. of bitstreams: 1 2010_ThaisTamaraCastroeSouzaMinuzzi.pdf: 2051503 bytes, checksum: fa740b34d164e848b2f9c9371a1c27fd (MD5) / Approved for entry into archive by Marília Freitas(marilia@bce.unb.br) on 2011-03-29T12:20:27Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2010_ThaisTamaraCastroeSouzaMinuzzi.pdf: 2051503 bytes, checksum: fa740b34d164e848b2f9c9371a1c27fd (MD5) / Made available in DSpace on 2011-03-29T12:20:27Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2010_ThaisTamaraCastroeSouzaMinuzzi.pdf: 2051503 bytes, checksum: fa740b34d164e848b2f9c9371a1c27fd (MD5) / Dientamoeba fragilis e Blastocystis hominis são parasitos do trato gastrointestinal de humanos que podem estar associados a infecções intestinais e diarréias, sendo, porém, negligenciados nos testes de diagnóstico hospitalar. 158 amostras fecais foram coletadas de pacientes atendidos no ambulatório do Hospital Universitário de Brasília (HUB), durante o período de maio de 2008 a janeiro de 2009, com objetivo de identificar os protozoários parasitos com ênfases em D. fragilis e B. hominis. As amostras coletadas foram fixadas diretamente em SAF (acetato de sódio, ácido acético e formol) para a realização de exames coprológicos, auxiliados com técnicas de concentração, de preparação de lâminas permanentes coradas com Hematoxilina Férrica e biometria de trofozoítos de D. fragilis e cistos e trofozoítos de B. hominis. Estas amostras foram coletadas e sedimentadas frescas para realizar a amplificação do DNA de D. fragilis e B. hominis por intermédio da PCR (Polymerase Chain Reaction). Das 158 amostras fecais coletadas, 69% são pacientes do sexo feminino e 31% são pacientes do sexo masculino. Destas, 56,3% das amostras fecais (n = 89) foram positivas para algum parasito intestinal, sendo que 28 amostras foram positivas para D. fragilis e 44 para B. hominis. Houve poliparasitismo em 46 amostras sendo que ocorreu associação D. fragilis e B. hominis em 8 amostras. Com base na ferramenta molecular, a PCR foi otimizada com sucesso somente para B. hominis. Estudos moleculares confirmaram a presença do B. hominis em 6 de 8 amostras positivas em microscopia de luz e em 2 dos 5 amostras negativas. Esses resultados confirmam uma elevada frequência destes protozoários intestinais na população ambulatorial selecionada e podem ser justificados pelos métodos de diagnósticos utilizados que raramente são seguidos em laboratórios de diagnóstico clínico. _______________________________________________________________________________ ABSTRACT / Dientamoeba fragilis and Blastocystis hominis are parasites of the gastrointestinal tract of humans that may be associated with intestinal infections and diarrhea, but are neglected in hospital diagnostic tests. 158 fecal samples were collected from patients attending the ambulatory service of the University of Brasilia (HUB) teaching hospital in Brasilia, Federal District, Brazil. During the period May 2008 to January 2009 aiming to identify the protozoan parasites with emphasis on D. fragilis and B. hominis. Samples were collected directly into sodium acetate–acetic acid–formalin (SAF) and also as unfixed specimens, during a period of may 2008 and january 2009. Stool tests, helped with concentration techniques, preparation of permanent slides stained with hematoxylin and biometry of trophozoites of D. fragilis and cysts and trophozoites of B. hominis, were performed for phenotypic characterization. The PCR (Polymerase Chain Reaction) was used with specific primers and optimized successfully only for B. hominis. Of the 158 fecal samples collected, 69% were female and 31% male. Of these, 56.3% of samples (n = 89) were positive for some intestinal parasite, and 28 samples were positive for D. fragilis and 44 for B. hominis. From 46 individuals an association of D. fragilis and B. hominis were identified in 8 patients. Molecular studies confirmed the presence of B. hominis in 6 of 8 positive samples in light microscopy and in 2 of 5 negative samples. These results confirm a high frequency of these protozoans in outpatient population selected and can be justified by the diagnostic methods used which are rarely followed in clinical diagnostic laboratories.
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Regiões gênicas de interesse para o desenvolvimento de um diagnóstico do Papillomavirus Humano: abordagem in silico

Henrique Madeiros Castelletti, Carlos January 2006 (has links)
Made available in DSpace on 2014-06-12T15:53:46Z (GMT). No. of bitstreams: 2 arquivo5241_1.pdf: 1391958 bytes, checksum: 9f7ccf6aa1b11b65906eaff7ba2deb15 (MD5) license.txt: 1748 bytes, checksum: 8a4605be74aa9ea9d79846c1fba20a33 (MD5) Previous issue date: 2006 / O câncer do colo do útero é o segundo câncer em número de casos entre as mulheres e o sétimo de maior incidência no mundo com 493 mil novos casos por ano, com uma taxa de mortalidade de 50 a 55%. A estimativa para o Brasil é de 19.260 novos casos para 2006, com um risco estimado de 20,31 casos a cada 100 mil mulheres. No Brasil, assim como nos outros países em desenvolvimento, a freqüência do teste de Papanicolau é baixa e os casos são normalmente diagnosticados em fase avançada. Em todo o mundo o Papillomavirus Humano (HPV), diretamente associado ao câncer do colo do útero, é um problema de saúde pública. A análise do genoma, através da genômica comparativa, dos HPVs de alto e baixo risco pode indicar regiões de grande importância associadas à sua patogenicidade. O presente trabalho propõe uma metodologia capaz de classificar o risco à carcinogenicidade utilizando as seqüências de cinco proteínas, E6, E7, E1, L1 e L2 que estão presente em 78 genomas de HPV disponíveis nos bancos de dados públicos. Utilizando-se dos Modelos Ocultos de Markov (HMM) foram selecionadas 24 regiões nas cinco proteínas. Destas 24 regiões, oito foram escolhidas após aplicação de modelo discriminativo baseado em Máquinas de Vetores de Suporte (SVM) acoplado a um algoritmo genético. Diferentes combinações destas oito regiões produziram um conjunto de classificadores capazes de predizer com 100% de eficiência o tipo de risco do HPV. Esta técnica permitiu determinar regiões de potencial importância na carcinogenicidade do HPV. Tais resultados sugerem regiões gênicas de interesse para o desenvolvimento de um método de diagnóstico da presença do DNA viral, contribuindo na prevenção do câncer do colo do útero
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Genotipagem dos isolados de Giardia duodenalis em famílias de pescadores da colônia de Porto Said, Botucatu, São Paulo

Arbex, Ana Paula Oliveira [UNESP] 24 February 2015 (has links) (PDF)
Made available in DSpace on 2015-12-10T14:23:06Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2015-02-24. Added 1 bitstream(s) on 2015-12-10T14:29:21Z : No. of bitstreams: 1 000848444.pdf: 1048998 bytes, checksum: b28bb1d076d5877b7947ca3acc33cbf2 (MD5) / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / As enteroparasitoses ainda persistem como problema de saúde pública, sobretudo nos países em desenvolvimento, onde o protozoário Giardia duodenalis (sin. Giardia intestinalis, Giardia lamblia) destaca-se como uma das causas mais frequentes de diarreia em crianças. Assim, no presente estudo investigou-se a prevalência de das infecções causadas por Giardia e outros parasitas intestinais e funcionários da Creche e Escola Municipal de Educlação Infantil (CEMEI) do distrito de Vitoriana, Botucatu-SP, incluindo-se também os familiares e cães das crianças cujos exames de fezes foram positivos para Giardia. Paralelamente, por meio de análise multilocular empregando os genes-alvo beta-giardina (bg), triose fosfato isomerase (tpi) e glutamato desiderogenase (gdh), caracterizou-se geneticamente os isolados de G. duodenalis detectados nessa população. Para isso, foram analisadas três amostras de fezes de 123 crianças (0 a 6 anos), 14 funcionários, 44 familiares e 20 cães. As amostras foram processadas por centrífugo-sedimentação e centrífugo-flutuação e examinadas em microscópio óptico. Parasitas intestinais foram identificados em 50 das 123 amostras de fezes de crianças (41,6%), e parasitismo por Giardia foi detectado em 21,9% das crianças (27/123). Das 27 famílias que tinham crianças parasitadas por Giardia, apenas 16 (44 indivíduos) forneceram amostras de fezes. Nestas, cistos de Giardia não foram detectados em nenhuma das amostras dos funcionários e dos cães examinadas. Com respeito ao parasitismo por Giardia nas crianças que frequentam a creche, as análises revelaram que as crianças mais jovens estão em maior risco de contrair a infecção por Giardia (OR = 0,69; IC95% = 00.49-0.97; p = 0,03). Além disso, verificou-se que o risco de infecção aumenta quanto maior for o número de indivíduos no domicílio (OR = 1,8; IC95% = 1,07-3,07; p = 0,03). Para a caracterização molecular dos isolados de Giardia, o DNA... / The intestinal parasites persist as a public health problem, especially in developing countries, where the protozoan Giardia duodenalis (syn. Giardia intestinalis, Giardia lamblia) stands out as one of the most common causes of diarrhea in children. The present study was conducted to investigate the prevalence of Giardia and other intestinal parasites in children and workers of a daycare center of Vitoriana, a district of Botucatu municipality, São Paulo State, including also the household members and dogs of the children tested positive for Giardia. In addition, we proposed to investigate the genetic diversity of G. duodenalis infection in these population using three gene loci beta-giardin (bg), triose phosphate isomerase (tpi) and glutamate dehydrogenase (gdh). For this, three samples were analyzed from 123 children feces (0-6 years), 14 workers, 44 families members and 20 dogs. Samples were processed by centrifugal sedimentation and flotation and examined under a light microscope. Intestinal parasites were identified in 50 of 123 fecal samples from children (41.6%), and Giardia was the most frequent parasite detecte (21.9%). Out of the 27 families of children tested positive for Giardia, only 16 (44 individuals) provided stool samples. In these samples, cysts were detected in two samples. Focusing on Giardia infection among children attending day care, the analysis showed that younger children are at higher risk of acquiring Giardia infection (OR = 0.69; 95% CI = 00.49-0.97; p = 0.03). In addition, children living in families with a higher household density were more likely to be infected (OR = 1.8; 95% IC = 1.07-3.07; p = 0.03). DNA extracted from 186 stool samples (35 negative and 151 positive samples for microscopic examination) were amplified and the products sequenced generating 59 sequences as follow: 15 for bg, 25 for tpi and 19 for gdh. Out of the 29 isolates assessed, the sequencing analysis ... / FAPESP: 2011/52100-3
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Genotipagem dos isolados de Giardia duodenalis em famílias de pescadores da colônia de Porto Said, Botucatu, São Paulo /

Arbex, Ana Paula Oliveira. January 2015 (has links)
Orientador: Semiramis Guimarâes Ferraz Viana / Banca: Carlos Magno Castelo Branco Fortaleza / Banca: Jose Ricardo Jensen / Resumo: As enteroparasitoses ainda persistem como problema de saúde pública, sobretudo nos países em desenvolvimento, onde o protozoário Giardia duodenalis (sin. Giardia intestinalis, Giardia lamblia) destaca-se como uma das causas mais frequentes de diarreia em crianças. Assim, no presente estudo investigou-se a prevalência de das infecções causadas por Giardia e outros parasitas intestinais e funcionários da Creche e Escola Municipal de Educlação Infantil (CEMEI) do distrito de Vitoriana, Botucatu-SP, incluindo-se também os familiares e cães das crianças cujos exames de fezes foram positivos para Giardia. Paralelamente, por meio de análise multilocular empregando os genes-alvo beta-giardina (bg), triose fosfato isomerase (tpi) e glutamato desiderogenase (gdh), caracterizou-se geneticamente os isolados de G. duodenalis detectados nessa população. Para isso, foram analisadas três amostras de fezes de 123 crianças (0 a 6 anos), 14 funcionários, 44 familiares e 20 cães. As amostras foram processadas por centrífugo-sedimentação e centrífugo-flutuação e examinadas em microscópio óptico. Parasitas intestinais foram identificados em 50 das 123 amostras de fezes de crianças (41,6%), e parasitismo por Giardia foi detectado em 21,9% das crianças (27/123). Das 27 famílias que tinham crianças parasitadas por Giardia, apenas 16 (44 indivíduos) forneceram amostras de fezes. Nestas, cistos de Giardia não foram detectados em nenhuma das amostras dos funcionários e dos cães examinadas. Com respeito ao parasitismo por Giardia nas crianças que frequentam a creche, as análises revelaram que as crianças mais jovens estão em maior risco de contrair a infecção por Giardia (OR = 0,69; IC95% = 00.49-0.97; p = 0,03). Além disso, verificou-se que o risco de infecção aumenta quanto maior for o número de indivíduos no domicílio (OR = 1,8; IC95% = 1,07-3,07; p = 0,03). Para a caracterização molecular dos isolados de Giardia, o DNA... / Abstract: The intestinal parasites persist as a public health problem, especially in developing countries, where the protozoan Giardia duodenalis (syn. Giardia intestinalis, Giardia lamblia) stands out as one of the most common causes of diarrhea in children. The present study was conducted to investigate the prevalence of Giardia and other intestinal parasites in children and workers of a daycare center of Vitoriana, a district of Botucatu municipality, São Paulo State, including also the household members and dogs of the children tested positive for Giardia. In addition, we proposed to investigate the genetic diversity of G. duodenalis infection in these population using three gene loci beta-giardin (bg), triose phosphate isomerase (tpi) and glutamate dehydrogenase (gdh). For this, three samples were analyzed from 123 children feces (0-6 years), 14 workers, 44 families members and 20 dogs. Samples were processed by centrifugal sedimentation and flotation and examined under a light microscope. Intestinal parasites were identified in 50 of 123 fecal samples from children (41.6%), and Giardia was the most frequent parasite detecte (21.9%). Out of the 27 families of children tested positive for Giardia, only 16 (44 individuals) provided stool samples. In these samples, cysts were detected in two samples. Focusing on Giardia infection among children attending day care, the analysis showed that younger children are at higher risk of acquiring Giardia infection (OR = 0.69; 95% CI = 00.49-0.97; p = 0.03). In addition, children living in families with a higher household density were more likely to be infected (OR = 1.8; 95% IC = 1.07-3.07; p = 0.03). DNA extracted from 186 stool samples (35 negative and 151 positive samples for microscopic examination) were amplified and the products sequenced generating 59 sequences as follow: 15 for bg, 25 for tpi and 19 for gdh. Out of the 29 isolates assessed, the sequencing analysis ... / Mestre
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Diagnóstico molecular de Bordetella spp mediante la reacción en cadena de la polimerasa semianidada

Tamayo Vásquez, Nicolás Fernando January 2018 (has links)
Memoria para optar al Título Profesional de Médico Veterinario / El objetivo de este estudio fue implementar una protocolo de diagnóstico para Bordetella spp a través de la detección del gen flaA, que codifica la proteína estructural flagelina, mediante la reacción en cadena de la polimerasa semianidada. Para esto se diseñaron 3 partidores in silico mediante el uso del programa OligoPerfect™, los cuales fueron posteriormente sintetizados por la empresa BIOSCAN. Utilizando como muestras tres cepas de Bordetella bronchiseptica, se obtuvieron los fragmentos de los tamaños esperados (362 pb y 170 pb) y, tras la secuenciación del fragmento de 362 pb, se determinó un porcentaje de identidad nucleotídica del 95% respecto al dato oficial registrado en GenBank, a través del programa Clustal Ω . Este valor fue corroborado al ingresar la misma secuencia al programa online BLAST, el cual también entregó un porcentaje de identidad nucleotídica del 95% respecto al gen de la proteína flagelina de Bordetella spp / The objective of this study was to implement a diagnostic protocol for Bordetella spp, by the chain reaction of the semi-nested polymerase, through the detection of the flaA gene, which encodes the structural protein flagellin. For this, 3 in silico primers were designed through the use of the OligoPerfect ™ program, which were later synthesized by the BIOSCAN company. Using three strains of Bordetella bronchiseptica as samples, fragments of the expected sizes were obtained (362 bp and 170 bp) and, after the sequencing of the larger amplicon, a percentage of 95% nucleotide identity was determined with respect to the official data registered in GenBank, through the Clustal Ω program. This value was corroborated when entering the same sequence to the BLAST online program, which also delivered a 95% nucleotide identity percentage with respect to the flagellin protein gene of Bordetella spp
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Análise molecular em pacientes com neoplasias hematopoiéticas : alterações cromossômicas e expressão do gene SIDT1

Magalhães, Stenia Gonçalves 03 July 2013 (has links)
Dissertação (mestrado)—Universidade de Brasília, Faculdade de Medicina, Programa de Pós-Graduação em Ciências Médicas, 2013. / Submitted by Jaqueline Ferreira de Souza (jaquefs.braz@gmail.com) on 2013-11-12T13:47:22Z No. of bitstreams: 1 2013_SteniaGoncalvesMagalhaes_Parcial.PDF: 33635 bytes, checksum: c1ca8c430aea7ee69607855309d66338 (MD5) / Approved for entry into archive by Guimaraes Jacqueline(jacqueline.guimaraes@bce.unb.br) on 2013-11-20T13:20:28Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2013_SteniaGoncalvesMagalhaes_Parcial.PDF: 33635 bytes, checksum: c1ca8c430aea7ee69607855309d66338 (MD5) / Made available in DSpace on 2013-11-20T13:20:28Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2013_SteniaGoncalvesMagalhaes_Parcial.PDF: 33635 bytes, checksum: c1ca8c430aea7ee69607855309d66338 (MD5) / A leucemia é um grupo heterogêneo de neoplasias hematológicas resultante de várias alterações genéticas. A análise das alterações cromossômicas em pacientes com leucemia tem uma aplicação direta no diagnóstico, prognóstico e tratamento. Além disso, o estudo da expressão gênica oferece uma importante fonte para compreender as consequências moleculares das alterações genéticas em leucemia. Os objetivos desse trabalho foram: (a) identificar a presença de alterações cromossômicas em pacientes ao diagnóstico com hipótese de LLA B, LMA e LMC atendidos no Hospital de Base do Distrito Federal, possibilitando a incorporação do protocolo de diagnóstico molecular; (b) analisar o perfil da expressão do gene SIDT1 em amostras clínicas leucêmicas ao diagnóstico, linhagens de células leucêmicas e em indivíduos não leucêmicos. Deste modo, a detecção das alterações cromossômicas foi realizada em 48 amostras com suspeita de leucemia. As alterações cromossômicas recorrentes detectadas foram: BCR-ABL1, p190 (1), E2A-PBX1 (1), PML-RAR_ (2) e BCR-ABL1, p210 (9). A análise quantitativa da expressão do gene SIDT1 foi realizada em 80 amostras a partir de três grupos de pacientes leucêmicos (LLA, LMA e LMC) antes de iniciar o tratamento, sete linhagens de células leucêmicas (697, RS4, 11, Nalm-6, Jurkat, REH, HL-60 e K562) e amostras de indivíduos não leucêmicos, as quais foram utilizadas como controle. Os resultados da análise demonstraram que o gene SIDT1 foi regulado negativamente nas sete linhagens de células leucêmicas humanas analisadas, principalmente para as linhagens de células 697, REH e HL-60 quando comparado com as amostras não leucêmicas. A linhagem celular K562 não apresentou qualquer expressão do gene SIDT1. Nas amostras clínicas analisadas também foi observado que o gene SIDT1 foi regulado negativamente principalmente na LMA. O estudo das alterações cromossômicas possibilitou incorporar a metodologia de diagnóstico molecular no Hospital de Base do Distrito Federal, como exame de rotina dos pacientes com suspeita de leucemia para auxiliar na avaliação dos pacientes. Estudos futuros são necessários para compreender a desregulação do gene SIDT1 ocasionada por diferentes tipos de alterações cromossômicas. _______________________________________________________________________________________ ABSTRACT / Leukemia is a heterogeneous group of hematologic malignancies resulting from multiple genetic alterations. The analysis of chromosomal abnormalities in leukemia patients has a direct application in the diagnosis, prognosis and treatment. Furthermore, the study of gene expression provides an important source for understanding the molecular consequences of genetic alterations in leukemia. The aims of this study were: (a) to identify the presence of chromosomal abnormalities in patients with a presumptive diagnosis of B ALL, AML and CML treated at Hospital de Base do Distrito Federal, enabling the incorporation of molecular diagnostic protocol; (b) to analyze the expression profile of SIDT1 gene in clinical samples of leukemia patients at diagnosis, leukemic cell lines and in non-leukemic. Therefore, the detection of chromosomal abnormalities was performed on 48 samples of suspected leukemia. The recurrent chromosomal alterations were detected: BCR-ABL1, p190 (1), E2A-PBX1 (1), PML-RAR_ (2) and BCR-ABL1, p210 (9). Quantitative analysis of SIDT1 gene expression was performed in 80 samples from three groups of leukemia patients (ALL, AML and CML) before starting treatment, seven lines of leukemic cells (697, RS4, 11, Nalm-6, Jurkat, HEK, HL-60 and K562) and non-leukemic samples from individuals, which were used as controls.. The analysis results showed that the SIDT1 gene is negatively regulated in the seven human leukemia cell lines examined, especially for cell lines 697, HL-60 and REH when compared to the non-leukemic samples. The K562 cell line showed no expression of the SIDT1 gene. SIDT1 gene has also been observed to be negatively regulated in the samples, especially in AML. The study of chromosomal abnormalities allowed to incorporate the molecular diagnostics methodology in the Hospital de Base do Distrito Federal, as a routine examination for patients with suspected leukemia to assist in the evaluation of patients. Future studies are needed to understand the dysregulation of SIDT1 gene caused by different types of chromosomal alterations.

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