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在法人格獨立之原則下，公司對董事、監察人是否提起訴訟，原則上應由公司之意思機關決定，並由公司之代表人代表公司進行。然而，當公司內部機關失靈，代表人怠於為公司行使權利時，我國公司法在第214條以下訂立少數股東例外情形下可代位公司對不法之董事提起訴訟之代表訴訟制度。但我國現行公司法下之股東代表訴訟制度，存有起訴之門檻過高、起訴股東負擔之訴訟風險與成本過大之重大缺失，導致實務上甚少股東代表訴訟之實際案例。因此，立法者於民國98年增訂證券投資人及期貨交易人保護法(下稱投保法)第10條之1，使財團法人證券及期貨交易人保護中心(下稱投保中心)可以自己名義為公司提起代表訴訟，不受公司法起訴門檻之限制。探究增定投保法第10條之1之背景可能係考量目前環境仍不適合全面免除少數股東提起代表訴訟之起訴門檻，以避免股東濫行起訴而影響公司正常經營。故立法者藉由具有公益性質之投保中心，在主管機關之監理下，於投資人保護法限制之範圍內對公司之不法董事或監察人提起代表訴訟，以追求小股東權益之維護與公司經營利益與董事、監察人負擔責任三者間最大平衡。 然而，立法者於公司法之外，另於投保法制訂股東代表訴訟之制度，將產生投保中心提起之股東代表訴訟在雙軌制度下是否回歸適用公司法規定之爭議。又股東代表訴訟制度於投保法修法後仍存有許多爭議，投保法第10條之1之規定僅解決起訴誘因不足之問題。縱透過投保中心依投保法規定代位公司起訴，投保中心提起之代表訴訟亦存有維護公司利益與維護公益之內涵是否一致之爭議。又投保中心提起之股東代表訴訟常遇到證據偏在造成舉證困難之問題，縱以刑事附帶民事程序方式提起訴訟，仍存有訴訟程序進度緩慢，且刑事判決認定之結果難以解決民事求償程序中具體判斷公司之損害現今是否仍然存在、損害範圍為何及有無重大性之問題。是本文除在第五章介紹投保法現行規範及實務運作之狀況外，另於第六章透過英美法制之比較，針對股東代表訴訟中當事人之範圍、其他股東之程序保障、內部救濟程序先行之效力三大爭議進行我國現行股東代表訴訟制度之檢討，冀希能作為未來股東代表訴訟修法方向之參考。

控制公司與從屬公司在法律面各具有獨立法人格，但在經濟面共同為聯盟經濟體。法律上允許控制公司與從屬公司不對等的控制支配關係存在，控制公司對從屬公司之財務、經營或人事具有控制支配力，可使從屬公司為或不為一定行為，當該行為不合於一般營業常規（本研究簡稱非常規交易）時，從經濟學角度，非常規交易或因集團整體運作需要，或因風險彼此瞭解或共同承擔等，致交易條件與一般常規不同，並非絕對無效率或涉有不法目的，完全禁止反有礙市場效率，故先進國家如美國、德國及我國等，對於非常規交易行為立法採不禁止，只是管制方式不同。我國公司法重視從屬公司權益之保障，制約控制公司適當補償或損害賠償責任；證券交易法則就行為致公司遭受重大損害，以刑責相繩；所得稅法基於租稅公平，按營業常規予以調整納稅，所謂不同法律立法目的所欲保護的法益不同，對於非常交易行為課以的法律效果也不同。 　　本研究以公司法第369條之4規定作為探討主軸，除認識、剖析我國公司法、證券交易法及所得稅法對非常規交易的規範目的及構成要件外，釐清控制關係、非常規交易等意涵也是很重要的，概實務案例上，非常規交易的確是不法利益輸送或掏空公司資產行為最常藉用的手法，主要原因除了控制與從屬關係外，非常規交易複雜難辨亦是原因之一。又控制公司支使從屬公司為非常規交易行為可能產生三種法律後果，一為直接損害從屬公司的權益；二為直接損害控制公司少數股東或債權人權益；三為同時損害從屬公司少數股東及其債權人權利。我國公司法、證交法及所得稅法基於不同立法目的而律定規範制約控制者責任，引進控制股東之受託義務、公司法人格否認、揭穿公司面紗原則、深石原則及代位訴訟等法理基礎與實務判例來作制約，保障受害者權益，立法意義值得肯定。但沒有一種責任機制能夠在所有情況下都發揮作用，水能載舟，亦能覆舟，加強控制公司責任，並賦予從屬公司或少數股東相對應的防衛工具，某種程度也影響了企業集團整體利益之運作，又法律正義權益平衡的設計，恐因舉證責任的關係，而難以落實。國內非常規交易規範行之有年，但商業交易行為推陳出新，以及跨境交易查證困難等，法制上及實務上面臨一些問題，本研究試著歸納並提出建議意見，希望法律正義得以伸張，經濟發展與利益保護得以衡平。 / The controlling company and the subsidiary company is independent in law, but in the economic side together for the Union economy. The law allows them to non-arm’s length transactions. From an economic perspective, it is not absolute inefficiency, so the advanced countries does not prohibit, but different control mode. Different legal legislative purpose is seeking to protect legal interests of different, so legal effect is different. 　　In this study, First, introducing and analyzing the legislative purposes and constituent elements of non-arm’s length transactions in the Company Act, the Securities and Exchange Act and the Income Tax Act. Second, understanding and clarifying the meaning of control relationship, non-arm’s length transactions, etc. Third, jurisprudencing fiduciary duty, disregard of the corporate fiction, piercing the corporate veil, doctrine of deep stone and derivative suit. Finally, summarizing cases from the substantive issues, concludes with recommendations observations.