在所有智慧財產權中，專利權為效力最強的專屬權利，政府賦予權利人獨佔排他權利作為誘因，藉由其揭露發明來促進產業的良性競爭，這與網際網路強調開放共享的特性基本上似乎有某種程度衝突，網路商業方法專利的爭議問題在Amazon.com控告B&N侵權一案到達頂點。本研究由法律、管理與市場三個層面來進行探討商業方法專利之相關問題。在法律層面，以文獻探討的方式進行，蒐集近來各國最新商業方法專利政策的近況，並進一步探討商業方法專利的可專利性問題。在管理的層面，本研究將蒐集各方學者對於商業方法專利的看法，並對美國專利商標局現行的商業方法專利之相關管理審查機制進行研究，在市場層面部分，則以實證分析的方式來進行，釐清商業方法專利與網站經營兩者間的關聯。 本研究所得到的重要發現如下:在文獻探討中發現，商業方法專利具有可專利性已無庸置疑，目前最大的問題在相關商業方法專利之「非顯而易見性」及「新穎性」兩要件之判斷方法不易，相關商業方法專利資料的建置不夠完善與相關審查人員素質及審查程序不良是造成問題商業方法專利充斥之主要原因。在個案的實證研究部分，得出下列之重要發現： ◇　專利權的有無與網站的存續有關，而網際網路之經營模式亦為影響網站生存的重要因素。 　◇　一般專利數的多寡與網站（公司）之經營規模之關係密切，商業方法專利數的多寡則與網站（公司）之經營模式有重大關聯。 ◇　各類網站經營模式所對應之專利組合不同，專利技術組合中與資料相關之技術多屬基礎性技術，而網站之商業方法專利（線上訂購、線上促銷）多屬關鍵性專利。

在資訊科技與知識經濟緊密結合的新時代，網際網路發達與電子商務普及使得「電子化」當道的商業方法發明成為專利申請的新趨勢。尤其是美國在1990年代末期正式承認商業方法是可專利標的之後，原本就是資訊科技龍頭與全球貿易大國的美國，也因此成為商業方法專利的「新樂園」。 電子商務業者紛紛搶進，積極申請並取得美國的商業方法專利。相較於歐洲直接排除商業方法的可專利性，美國是公認對商業方法專利審查寬鬆的國家。然而，這樣的專利政策也使得美國商業方法專利的品質良莠不齊，進而引發許多專利爭議的訴訟案件。2014年的Alice案可謂美國商業方法專利的分水嶺，美國最高法院藉此宣告商業方法專利寬鬆政策的終結，並將專利適格性作為嚴格審查可專利性的首要門檻。 為深入了解美國商業方法專利的來龍去脈與未來趨勢，本論文首先回顧美國歷年具有指標性的商業方法專利案件，接著探討Alice案後聯邦巡迴上訴法院對專利適格性的法律見解。藉由檢視美國專利商標局頒佈的最新審查基準，以及分析美國發明法針對商業方法專利施行的新措施，本研究發現：一、雖然商業方法仍是美國法定可專利標的，但這個資格認定只是取得進入專利審查的入場券，還必須進一步檢視其專利適格性，才能確定系爭商業方法是法定專利適格標的。二、最高法院在Alice案立下的「兩步驟分析架構」是專利適格性的最高判斷標準。這個標準不但提高專利審查門檻，更將判斷核心聚焦在「科技技術」。三、美國專利商標局據此修改最新審查基準，使得行政審查的判斷準則與司法齊步，將「兩部分析方法」當作可專利性審查的第一道防線。四、發明法案推行「涵蓋商業方法專利複查程序」，是快速有效篩選品質不良之商業方法專利的最佳訴訟途徑。 如今美國已形成立法、司法與行政三方同步嚴格把關商業方法專利的態勢。審視此次美國專利政策的轉變，不但將商業方法專利的審查門檻提高，也順勢讓專利政策回歸專利追求實用技術的立法初衷。有鑒於此，對積極發展電子商務為產業升級的臺灣，無論是產業界或是政府相關單位來說，都有必要關注並積極跟上這次全球專利政策風向的轉變！

美國最高法院於2014 年6 月對Alice v. CLS Bank 案作出判決，對於商業方法專利與軟體專利之專利適格性產生巨大之衝擊。最高法院在Alice v. CLS Bank案專利適格性的判斷上援用了Mayo 案的二步驟測試法則，首先判斷系爭專利是否使用了司法判定不予專利適格標的之類別，再者就專利請求項「個別」及「整體」綜合觀察判斷請求項是否存在發明概念，使其顯著不同於司法判定不予專利適格的類別。而最高法院認為，以消除交割風險為目的之系爭專利與Bilski 案的避險概念相似，屬於商業運作中的基礎經濟實施行為，而為抽象概念。且不論是系爭方法、系統或是媒介專利請求項，皆只是使用了一般電腦功能來完成習知的商業步驟，並未加入了實質的發明概念使其顯著不同於抽象概念，因此系爭專利應不具適格性。然而最高法院除了並未在判決中對於「抽象概念」進行定義外，在發明概念的判斷上，最高法院提出了不能僅是利用普通運算功能之電腦設備來完成抽象概念，而是需與「特定機器」加以結合才能符合專利適格性的要件，但仍未說明「特定機器」之定義，以及方法與「特定機器」間應達到何種程度的結合，才能具備顯著不同於抽象概念的發明概念。 根據實證研究結果之建議，「當下級法院能有機會探索並發展見解時，最高法院將得以在重新審視議題時從下級法院的經驗中得到啟發」。因此在最高法院尚未明確解釋專利適格性判斷的細部分析要件時，下級法院之判決經驗與見解不僅將得以協助最高法院對於「專利適格性」的議題做出更適切的詮釋，更是在短期內瞭解司法判決趨勢之方法。因此，本論文蒐集聯邦法院在「2014 年6 月19日最高法院判決日後至2015 年12 月31 日」間引用Alice. v. CLS Bank 案所作成之判決案件主文中判決結果為「系爭專利具備專利適格性」者，以及針對美國發明法案中對於專利適格性此一議題較切為相關之「涵蓋商業方法專利複審程序」(CBM)為實證研究範圍，藉由判決實證分析方法瞭解下級法院與專利審判暨訴願委員會(PTAB)如何在個案中詮釋與適用二步驟測試法則中的「抽象概念」與「發明概念」，並著重於通過適格性判斷之判決，試以對於軟體專利及商業方法專利權人及發明人未來的專利申請方向提出建議。 針對判決分析之結果，本論文認為通過二步驟測試法則的請求項要件包含：應在請求項限制中對於機器設備作更進一步的功能描述、對於電腦或機器加入「足夠且有意義」的限制條件(例如限定於特定的產業、使用對象或是機器設備)、並盡可能限縮於抽象概念中的一項特定應用方法。此外，企業在考慮申請軟體專利或商業方法專利時，更應將電腦或網路技術層面之功能提升做為主要的專利申請方向。

電腦軟體與商業方法是否為可專利標的，一直是各國專利實務之一大爭點。美國聯邦最高法院甫於2014年6月作出眾所矚目的Alice v. CLS bank案判決，確立了使用Mayo v. Prometheus案的二步分析法來檢驗發明是否屬於美國專利法第101條之適格客體，隨後美國專利商標局亦因應Alice案判決而公布最新的審查基準。再加上我國亦於2014年公布最新的電腦軟體相關發明審查基準，其中對於電腦軟體與商業方法之可專利性亦多所著墨。以上種種皆使得此一爭點近期又成為熱門的話題。 本論文試圖藉由整理美國及歐洲關於電腦軟體與商業方法專利標的適格性之重要案例，歸納出美國及歐洲實務見解之演進歷程，並從美國及歐洲專利制度面討論造成不同見解的原因。再進一步分析美國及歐洲實務見解對我國2014年版電腦軟體相關發明審查基準及相關法院判決的影響。 經由本論文之研究可得知，美國實務已由原本寬鬆的認定標準轉為逐漸限縮電腦軟體與商業方法的專利標的適格性。歐洲實務雖一直堅守以「技術性」要件作為判斷專利標的適格性之核心標準，卻已將原本要求的「技術貢獻」要件移至進步性審查階段。至於我國2014年版電腦軟體相關發明審查基準，則似乎有意兼採美國與歐洲近期的判決見解來進一步限縮電腦軟體與商業方法的可專利性。本論文將比較我國2014年版電腦軟體審查基準與美國及歐洲近期實務見解之間的對應關係，並提供相關的修訂建議。

自美國聯邦巡迴上訴法院於一九九八年State Street Bank一案，肯認商業方法軟體得為法定之專利標的後，全球之金融業、電腦業與網路公司莫不尋求以專利作為保護其商業方法之武器，商業方法專利申請之案件遂絡繹而來。惟商業方法軟體是否得為專利之標的，至今美國學界仍有爭議而見解不一，日本專利局係採與美國專利局相同之立場，然歐洲專利局目前似仍採否定見解。對此一議題，我國已有相當文獻討論，並均採肯定之見解。惟並未對何以可專利性之理由詳予闡述，至於專利侵害之問題，亦未就我國法深入分析。 本文擬自比較法之觀點，分析美國實務運作及學界之論述、歐洲發明專利公約及專利局實務之見解、日本法之規定與特許廳之意見，汲取其中之經驗與見解以為借鏡。第二章首先就商業方法軟體加以定義，並探究現今商業方法軟體之架構及其特殊性，以作為專利標的適格性分析之基礎。第三章分析商業方法軟體之施以專利保護，對產業與實務造成之影響。包括實務所面臨的困難﹙如先前技術資料庫之建立、審查人員之訓練、法院面臨之困難等﹚，及我國軟體產業應如何調適。第四章係探討商業方法軟體之專利標的適格性分析，依次分析美國法之規定與學說實務之見解、歐洲專利公約與專利局之立場、日本特許法之規定與特許廳之態度，以及國內學說實務之見解，並由我國專利法之立法意旨與商業方法軟體架構之特殊性，論述商業方法軟體在現今軟體發展之架構下，應非發明專利保護之標的，另亦就我國智慧財產局所公布之「電腦軟體相關發明專利審查基準」，加以探討並提出個人淺見，並摘錄智慧財產局已核准若干商業方法軟體專利之個案，加以分析。第五章自發明專利保護要件之觀點，探究商業方法軟體專利保護之問題。第六章則自美國法之觀點，分析商業方法軟體於網際網路上，所發生之跨國界專利侵害問題，並試從國際私法之角度，處理此類問題。最後，於第七章提出個人對商業方法軟體專利之淺見，並就我國現行專利制度提出未來保護方向之建議，以為結論。