各國政府常藉由租稅優惠方式鼓勵非營利醫院從事醫療相關社區公益活動。我國政府為此亦在各稅法中訂定許多與非營利醫院 (醫療財團法人) 相關的減免稅規定，並以醫療法規範非營利醫院從事社區公益活動的最低支出水準。由此可知，租稅利益與社區公益活動是非營利醫院的兩大重要特色。但究竟我國政府藉由租稅優惠 (稅式支出) 鼓勵非營利醫院從事社區公益活動的政策執行效果如何？在現今財政缺口擴大，財富分配不均的社會，檢討租稅優惠政策的適切性，不失為一項重要議題。過去文獻大多係探討影響非營利醫院從事社區公益活動的因素，以及衡量醫院的租稅利益或社區公益活動的提供數量。本研究旨在藉由結合非營利醫院的兩大特色，評估給予非營利醫院租稅優惠的政策效果。 本研究利用2006-2010年我國44家非營利醫院形成之追蹤資料做為樣本。針對各醫院每年度的租稅利益與社區公益活動進行估算，先以 t 檢定了解兩者在整體數量上是否有顯著性差異，評估租稅優惠產生之稅式支出與社區公益活動支出的大小相對關係；再以固定效果模型探討此兩項重要變數之間是否有顯著的正向關聯，評估以租稅優惠鼓勵非營利醫院多從事社會公益活動的免稅效果是否存在。此外，本研究依不同的衡量方式，將租稅利益區分為最廣義、廣義及狹義；將社區公益活動分為應計基礎及現金基礎。實證結果顯示僅有在狹義租稅利益的定義下，社區公益支出才會大於稅式支出；唯有以應計基礎衡量社區公益活動的支出水準時，免稅效果才會存在。在結論部分則建議主管機關應更加關切非營利醫院從事社區公益活動的實際支出情形，且得以直接補助取代稅式支出，以強化補助與社區公益活動支出的關聯性，提高醫院參與公益活動的誘因；並積極改善目前教育研究發展活動與醫療社會服務活動投入比例失衡的問題。

財團法人醫院在台灣醫療服務市場是相當重要的醫療提供者，占國內醫療服務重大比例。全民健康保險制度實施後，由於健保制度免除民眾部分必要負擔費用，誘使醫療服務需求的快速成長，造成醫療資源的浪費，健保局為了控制醫療費用的成長，推行了一系列供給面成本分擔支付制度的醫療改革，醫院在有限的醫療資源下，競爭壓力不斷升高，「效率」變成醫院經營管理的目標。 醫院間有非價格競爭的行為，醫武競賽造成醫院成本上升，若醫院選擇以負債融通資金，會增加醫院的財務風險，提高發生財務危機的可能性，但傳統財務理論指出公司增加負債額度可提高經營績效。 本研究採財務比率當作財團法人醫院的效率指標，主要目的在於分析財團法人醫院債務融資與效率間的關聯是否適用傳統財務理論，也就是財團法人醫院負債比率與效率是否為正向關係。利用民國91、92、93年財團法人醫院財務報表與醫療機構現況及醫療服務量統計資料，採用30家財團法人醫院的綜合年度資料為樣本，共82個觀察值，進行實證迴歸分析。 實證迴歸結果顯示：（1）財團法人醫院負債比率與營運效率、資本投資效率皆顯著負相關，財團法人醫院選擇以負債融通資金無法提升醫院績效，但財團法人醫院負債比率與員工效率顯著正相關。（2）財團法人醫院社區公益活動支出變數與營運效率顯著負相關，財團法人醫院實踐公益目標的同時勢必面臨效率降低的情況。

非營利組織具有提供公共服務，補充政府職能之不足的功能，隨著經濟社會發展多元化，人民生活素質大幅提升，非營利組織也日益蓬勃發展，以各式各樣的型態，普遍存在於社會的各個層面。非營利醫院，同時兼具非營利組織角色及醫療產業兩方面的特質，任由市場價格機能運作，會造成醫療服務在供給及需求兩方面均有不足的情形，故非營利醫院的存在有其必要性，而政府為鼓勵私人興辦非營利醫院，多採取租稅減免的優惠。 　　本研究以我國醫療財團法人作為研究對象，使用94至96年度的會計師查核簽證財務報告，並依現行稅法的租稅優惠規定，估算營利事業所得稅及營業稅的稅式支出金額。主要目的係為了解目前對醫療財團法人所實施的租稅優惠，其稅收影響數為何，同時分析稅式支出金額，占全國營利事業所得稅及營業稅之稅收比重，並比較醫療財團法人之免稅利益及其對整體社會貢獻程度。 　　估算結果發現， 54家醫療財團法人94、95、96年度之營利事業所得稅稅式支出占全國營利事業所得稅稅收比例為0.64%、0.72%、0.45%；至於營業稅稅式支出之金額，則分別占各年度全國營業稅稅收比例的0.55%、0.59%、0.56%。若以醫療財團法人之社區公益活動支出，占社會福利總支出金額之比例，作為醫療財團法人對社會的貢獻程度，則95及96年度醫療財團法人對社會之貢獻程度，分別大於其享有之免稅利益，代表就整體醫療市場而言，醫療財團法人可基於其對政府在社會福利支出項目之輔助功能，而合理享有免稅的資格；然而就個體的醫療財團法人而言，則必須考慮其個別所享有的租稅利益及社區公益基金之實際支用情況。 　　社區公益活動是醫療財團法人享有免稅地位主要原因之一，故在政策上，似宜仿效美國，建立社區公益活動與免稅利益之間的關聯性，其作用不僅可合理化醫療財團法人免稅地位的取得，促使醫療財團法人實際支用社區公益活動之公益金，亦可作為政府評估及測度對醫療財團法人免稅政策的實施成效。