兩岸關係研究除了在方法論、理論概念層面中出現「宏觀結構」與「微觀理性」的衝突外，針對兩岸的交流互動的發展模式、政策動力、具體影響又衍生出「國家中心」與「社會中心」的爭議。這使得學術社群在解釋胡錦濤對台政策的內內容，出現了「蕭規曹隨」與「制度創新」以及「政治主宰」與「經濟誘導」等兩組對立的問題群組。 為了從方法論上建構研究分析的新框架，處理「理性與結構」的衝突，本研究採取「歷史制度主義」的認知觀點，假設「胡錦濤的理性抉擇及其政策行動，是鑲嵌於歷史情境與結構轉型的系絡內容中」。這意味胡錦濤的對台政策並非是在憑空與任意的環境條件下進行，其理性抉擇是歷史情境與結構轉型下的產物，具有「情境理性」的屬性。更重要的是，結構轉型的過程與內容，不僅提供對台政策作為的「初始條件」，也產生了「路徑依賴」的變遷與發展軌跡。 此外，中共對台政策固然有其合法性的政治邏輯與前提，但是不能忽略經濟社會因素對於政策產出的輔助性、補充性的思維；經濟社會的誘因功能雖然促成兩岸關係的互賴整合，卻難以取代國家權力的主導性作用。更重要的是，對台政策的分析，不可能孤立或外在於中國大陸政治、經濟社會發展脈絡中，應當與改革開放以來的整體規劃互為接軌。因此，「國家統合主義」的思維提供了本研究理論的切入點換言之。