Traditional cell culture models have limitations in extrapolating functional mechanisms that underlie strategies of microbial virulence. Indeed during the infection the pathogens adapt to different tissue-specific environmental factors. The development of in vitro models resembling human tissue physiology might allow the replacement of inaccurate or aberrant animal models. Three-dimensional (3D) cell culture systems are more reliable and more predictive models that can be used for the meaningful dissection of host–pathogen interactions. The lung and gut mucosae often represent the first site of exposure to pathogens and provide a physical barrier against their entry. Within this context, the tracheobronchial and small intestine tract were modelled by tissue engineering approach. The main work was focused on the development and the extensive characterization of a human organotypic airway model, based on a mechanically supported co-culture of normal primary cells. The regained morphological features, the retrieved environmental factors and the presence of specific epithelial subsets resembled the native tissue organization. In addition, the respiratory model enabled the modular insertion of interesting cell types, such as innate immune cells or multipotent stromal cells, showing a functional ability to release pertinent cytokines differentially. Furthermore this model responded imitating known events occurring during the infection by Non-typeable H. influenzae. Epithelial organoid models, mimicking the small intestine tract, were used for a different explorative analysis of tissue-toxicity. Further experiments led to detection of a cell population targeted by C. difficile Toxin A and suggested a role in the impairment of the epithelial homeostasis by the bacterial virulence machinery. The described cell-centered strategy can afford critical insights in the evaluation of the host defence and pathogenic mechanisms. The application of these two models may provide an informing step that more coherently defines relevant molecular interactions happening during the infection.

La qüestió sobre la cognició en organismes sense sistema nerviós és el principal objectiu del meu treball d’investigació. Des del moment que vaig començar a estudiar els fonaments de la biosemiòtica i els seus orígens a basant-me en els estudis del biòleg marí Jakob Johann Von Uexküll (1864-1944), s’ha anat ampliant la meva pròpia formació filosòfica i científica, tot adquirint una visió fenomenològica del sentit del que anomenem la vida. De fet Uexküll va ser rebutjat dels estudis de biologia del moment, tot i ser un dels pioners que estudià els estímuls reflexes en els nervis perifèrics dels invertebrats marins. La seva afinitat per la qüestió vital vista des del punt de vista del subjecte d’estudi( subjecte viu) va ser un dels eixos que el va n confrontar amb la visió del desenvolupament neo-darwinista del moment, el mecanicisme, i el reduccionismes físics – químics de la fisiologia biològica. La seva aliança amb el vitalisme del sempre mal interpretat Hans Driesch va acabar sent objecte de rebuig en el si de la comunitat científica, encara que fou el pare de al etologia i mestre de Konrad Lorenz. Em vaig adonar que els desenvolupaments sobre el problema del que és la vida, no forment part del corpus de la biologia. De facto, no puc aixoplugar el concepte de vida, donat que parlem d’un “Ding an Sich”, és a dir un numen. En realitat la pregunta per la vida és una pregunta per la pel “fenomen de la vida”, o fenomen vital, donat que és el que raonablement podem preguntar-nos segons les categories Kantianes de la raó. La pregunta per la vida hauria de ser una pregunta ontològica, passa a ser una pregunta epistemològica, gnoseològica, podent ser qüestionada de forma fenomenològica _com objecte de cognició/ de consciencia del subjecte cognoscent/conscient , i com a tal “subjecte de vivent”. Mutatis mutandis, la pregunta per la cognició en si és una pregunta irresoluble. Les ciències cognitives ofereixen aproximacions que ens permeten enquadrar la cognició dintre dels processos de percepció, d’apreciació, de sensibilitat, de representació, etc. La intel·ligència artificial ha evolucionat significativament oferint nous paradigmes de la vida artificial i les seves hibridacions orgàniques, responent a la condició de la possibilitat sobre conductes adaptatives clau per a un desenvolupament de la robòtica auto organitzada . En aquests estudis l’encarnació de la cognició- personalment tendeixo més a parlar “d’incorporació”- és la base per al desenvolupament de nous estudis, com la fenomenologia de la cognició, o la neurofenomenología que permetin oferir un estudi objectiu del subjecte cognoscent. Però la cognició segueix sent matèria dels sistemes vius complexos, o millor dit d’animals superiors, éssers humans i “animats”. Però que s’ha fet dels organismes inferiors? També fins fa molt poc s’ha arribat a veure el comportament de les abelles i les formigues i altres invertebrats més enllà dels agregats etològics. L’estudi dels sistemes complexos ens permet veure com un fenomen de col·lectivitat es converteix en un fenomen de cooperativitat , inclòs es pot parlar d’intel·ligència col·lectiva, posant en entre dit el gen egoista del que ens sentim tan orgullosos. Però si anem més avall, cap als organismes primitius, carents de sistema nerviós, llavors el fenomen de la cognició s’havia esfumat. No trobàvem una raó per parlar d’aquest fenomen. Però va ser Humberto Maturana que l’any 1970, va deixar anar una afirmació que ha portat cua. En el seu llibre “Biology of Cognition”, en la seva pàgina 13 diu específicament: “els sistemes vius són sistemes cognitius i el procés de viure és un procés de cognició . Aquesta premissa és vàlida per a tots els organismes, tinguin o no sistema nerviós”. L’afirmació de Maturana estableix la condició de co-emergència entre l’auopoiesis i la percepció del mitjà circumdant com un procés cognitiu que identifica amb els processos autopoiètics en els organismes biològics, tant en els éssers unicel·lulars com els pluricel·lulars A aquesta afirmació, Maturana afegeix un segon referent als processos cognitius: “Si un sistema viu entra en una interacció cognitiva, el seu estat intern es transforma d’una manera rellevant per al seu manteniment, i aquest entra en una nova interacció, sense pèrdua d’identitat. En un organisme sense un sistema nerviós (o el seu equivalent funcional) les seves interaccions són de naturalesa química o física (una molècula és absorbida i s’inicia un procés enzimàtic, o un fotó és capturat i s’esdevé un pas en la fotosíntesi ). Per l’esmentat organisme les relacions sostingudes entre els esdeveniments físics queden forma del seu domini d’interaccions”. És a dir, que els processos cognitius en organisme sense sistema nerviós són plausibles i encara que, les interaccions són de naturalesa fisicoquímica, el seu procés cognitiu està a fora de l’esmentat domini, més aviat sosté una relació significativa per al procés autpoiètic. Aquesta relació principalment és d’emergència per a un observador cognoscent que estudiï el fenomen. D’un altra manera no és pot apreciar cap mena de cognició, ni per observadors que prenguin consciència d’allò percebut ni pels propis organismes. De fet és el problema de Tomas Nagel sobre el rat penat extrapolat a qualsevol organisme: com ser un organisme, sent l’esmentat organisme? La meva hipòtesis de partida es basa en que els processos cognitius poden ser identificables en els organismes sense sistema nerviós. La meva pregunta no es refereix a la cognició en si, sinó per aquells processos que la fan possible, que permeten que s’automantingi i s’enriqueixi de forma biogènica – como ho anomena Pamela Lyon- en aquests organismes sense cervell Vaig escollir als mixomicets, per diverses raons que explico al preàmbul i que estan íntimament lligades a les afirmacions de Uexküll sobre la capaciat de tenir un Umwelt específic. Però quin Umwelt va percebre un organisme que no pot representar-se en el seu interior en l’entorn que l’envolta, i molt menys com hi pot haver “portadors de significació” ( en termes propis d Uexküll) en l’entorn? Poden tal vegada distingir allò que esdevé fonamental per la seva supervivència d’allò que no ho és? Com perceben? com són les transduccions de senyals de l’exterior per a una ameba? no només des d’un punt de vista bioquímic ( que és complex però assumible en el desenvolupament de la biomedicina i la microbiologia), sinó des de la perspectiva de una semiòtica aplicada a les característiques biològiques dels propis organismes. Me centrat en els mixomicets. Concretament en el plasmodi Physarum polycephalum, pel seu caràcter excepcional de ser un organisme unicel·lular gegant, però plurinucleat, amb unes capacitats encara més excepcionals. No obstant aquesta presenta el seu company pseudoplasmodi, pluricel·lular, no menys excepcional, el Dictyostelium doscoideum. També faig referència inevitablement a les procariotes més coneguda com la Escherichia Coli. He desenvolupat el meu treball dividint-lo en dos aspectes fonamentals d’estudi: La primera part, va de l’epistemologia cap als organismes. És a dir partim específicament des de la teoria del coneixement i les disciplines científiques. Començo amb els fonament de la biosemiòtica, per a seguir desprès amb la fenomenologia de la cognició en biologia. Després aprofundim en els subsistemes, mostrant exemples concrets dels organismes i els seus components interns , fonamentalment del citoplasma. D’aquesta manera pretenem enfocar la plausibilitat d’un discurs sobre la “proto-cognició” en aquests subsistemes (agents proto-cel·lulars i intracel·lulars i fenòmens d’estabilitat, tant estructurals com homeodinàmics). Després d’aquest estadi passem al fenomen de biocomunicació per a parlar de la mecanostransducció de senyals com una fase fonamental per la presa de decisions i la seva capacitat de discriminar per prendre sentit endògenament del que passa exògenament. D'aquí passem a l'estudi de la biologia cognitiva, des de la perspectiva de la fenomenologia. Això comporta una aproximació històrica que ens permet veure les conceptualitzacions en biologia teòrica i experimental dels primers enfrontaments sobre la concepció de la cognició - entesa abans com "psicologia" .- dels protozous i de com el seu discurs, igual que el de Uexküll no ha perdut vigor (salvant les distàncies diacròniques d'aquests discursos científics que, sent fills de la seva època, mereixen una atenció considerable). Després passem als fonaments no representacionistes de la cognició per situar el discurs en l'encaix adequat a la realitat dels organismes. I al final vam parlar de la biologia cognitiva i els principis mínims cognitius que estructuren l'estat de la qüestió sobre el seu plausibilitat en els organismes sense sistema nerviós, i que, de fet, és la tesi en qüestió. La segona part va dels organismes a l'epistemologia des del seu desenvolupament metodològic d'investigació. Per això hem prioritzat donar a conèixer breument què és un mixomicet i més concretament el plasmodi Physarum polycephalum, els seus fonaments fisiològics i morfològics que fan que siguin uns organismes excepcionals. Després hem partit d'una breu història dels mixomicets des de la història de la biologia, de la micologia, fins a l'actualitat, que forma part de la protistología. A partir d'aquest moment el desenvolupament de les investigacions va en concordança amb la qüestió sobre la condició de possibilitat de cognició, oferint interessants i excepcionals desenvolupaments que permeten, com a mínim qüestionar profundament per una formulació més categòrica del fenomen de l'agència amb el marc de la cognició com a part indiscutible de l'assumpte. La qüestió no pot quedar resolta, tampoc es pretén. Més aviat l'objectiu és el seu correcte encaix dins de les disciplines corresponents, i oferir una orientació, coherent i constructiva del fenomen de la cognició, que no és tautològica al fenomen de la vida, però la conté, tant natural com artificialment. O com ens diu Aristòtil, "Estar en un subjecte vol dir allò que es dóna en una cosa / subjecte concret (πρᾶγμα) sense ser part separable (μέρος) seva, no podent existir fora (χωρίς) d'allò en el que està" (Categories, II, 1a 24- 25). Paraules clau: Cognició, biosemiòtica, transdisciplinarietat, Physarum Polycephalum, principis mínims cognitius, semàntica molecular, tensegritat, memòria intermèdia, biogènic, autopoiesi, biohermenéutica, biologia de sistemes, regulació, agencialitat, conducta adaptativa, enactividad autopoiética, encaix teleonómico, organicisme qualitatiu, proto -qualia. / The question cognition organisms without nervous system is the main goal of my research.From the moment I began to study the fundamentals of biosemiòtica and its origins basing on studies of marine biologist Jakob Johann von Uexküll (1864-1944), has expanded my own training philosophical and scientific acquiring a phenomenological sense of what we call life.In fact Uexküll was rejected studies biology at the time, despite being one of the pioneers who studied reflexes stimuli in peripheral nerves of marine invertebrates. His affinity for the vital issue seen from the standpoint of the study subject (subject alive) was one of the key n that was confronted with the vision of the development of neo-Darwinian times, mechanistic, reductionist and physical - chemical biological physiology. His alliance with the vitality of Hans Driesch misinterpreted always ended up being subject to rejection within the scientific community, although he was the father and teacher of the ethology Konrad Lorenz.I noticed that the developments on the issue of what is life, not part of the corpus of biology. De facto, I can not shelter the concept of a vine, as we speak of a "Ding an Sich" is a numen. In fact the question of life is a question of the "phenomenon of life," or vital phenomenon, since it is what we can reasonably ask categories according to Kant reason. The question for life should be a question ontological becomes a question epistemology, epistemological, and may be questioned in a phenomenological _com object of cognition / conscientious subject cognicer / conscious, and as such "subject of living." Mutatis mutandis, the question cognition itself is an insoluble question.Cognitive science provide approaches that enable us to fit within cognition processes of perception, appreciation, sensitivity, representation, etc.Artificial intelligence has evolved significantly by offering new paradigms of artificial life and their hybrids organic response to the condition of the possibility of adaptive behaviors key to developing self organized robotics.In these studies the embodiment of cognition personally tend to speak of "incorporation" - is the basis for the development of new studies, such as phenomenology of cognition, or allowing neurofenomenología provide an objective study of the subject cognoscent .But cognition is still subject of complex living systems, or rather of higher animals, humans and "animated".But less has been done agencies? Also, until recently, has come to see the behavior of bees and ants and other invertebrates beyond behavioral added.The study of complex systems allows us to see as a collective phenomenon becomes a phenomenon of cooperativity, including one can speak of collective intelligence, putting finger between the selfish gene which we are so proud . But if we go down to the primitive organisms, no special nervous system, then the phenomenon of cognition had vanished.There we found a reason to talk about this phenomenon.But that was Humberto Maturana 1970, released a statement which led tail.In his book "Biology of Cognition" in its page 13 specifically says "living systems are cognitive systems and the process of life is a process of cognition.This assumption is valid for all agencies, whether or not the nervous system. " Maturana's assertion establishes the status of co-emergence between auopoiesis and perception surrounding medium as a cognitive process that identifies the autopoietic processes in biological organisms, both unicellular beings as multicellular This statement adds a second Maturana regarding cognitive processes: "If a living system enters a cognitive interaction, its internal state is transformed in a way relevant for maintenance, and it enters a new interaction, without loss of identity.In an organism without a nervous system (or its functional equivalent) of their interactions are physical or chemical nature (a molecule is absorbed and starts an enzymatic process or a photon is captured and a step in photosynthesis occurs ).For that agency relationships between physical events are held is your domain interactions. " That is, the body without cognitive processes in the nervous system and is plausible although interactions are physical-chemical nature, their cognitive process is out of this domain, rather maintains a significant relationship to the process autpoiètic.This relationship is primarily for emergency cognoscent an observer to study the phenomenon. In an otherwise not be seen any cognition or observers aware of what they perceived themselves or by organizations. In fact the problem is Tomas Nagel on the bat extrapolated to any organization: how to be a body being that agency? My hypothesis is based on cognitive processes can be identified in organisms without nervous system. My question is not about cognition itself, but for those processes that make it possible, allowing for biogenic s'automantingi and enriched - as it is called Pamela Lyon- these brainless organisms I chose to slime molds, for various reasons explained in the preamble and which are closely linked to assertions about Uexküll capaciat have a specific Umwelt.But what Umwelt perceived a body that can not represent themselves inside the environment around him, much less how there can be "carriers of meaning" (in terms of own Uexküll) in the environment?They can perhaps distinguish what is essential for survival of what is not? How do they perceive? such as signal transduction from outside to an amoeba?not only from a biochemical point of view (which is complex but manageable in the development of biomedicine and microbiology), but from the perspective of semiotics applied to the biological characteristics of the organisms themselves. I focused on slime molds s.Physarum plasmodium polycephalum in particular, for their exceptional be a giant single-celled organism, but plurinucleat with capacities mé s still outstanding.But this presents its companion pseudoplasmodi, multicellular no less exceptional doscoideum the Dictyostelium.I refer also inevitably known as prokaryotes Escherichia coli. I have developed my work dividing it into two fundamental aspects of study: The first part was epistemology towards organisms. That is we start specifically from the theory of knowledge and scientific disciplines. Beginning with the foundation of biosemiòtica, to continue after the phenomenology of cognitive biology. After deepen subsystems, showing specific examples of organisms and their internal components, primarily the cytoplasm.In this way we aim to focus the plausibility of a speech on the "proto-cognition" in these subsystems (agents proto-cellular and intracellular phenomena and stability, both structural homeodinàmics). After this stage we biocomunicació the phenomenon to discuss the mecanostransducció signals a fundamental stage for decision making and ability to discriminate to make sense of what happens endogenously exogenously. Hence we study biology, cognitive perspective of phenomenology. This entails an historical approach that allows us to see in biology experimental and theoretical conceptualizations of the first confrontations on the concept of cognition - understood before as "psychology" .- protozoa and how his speech, like that of Uexküll not lost force (bridging the gap of these diachronic scientific discourse that, being children of their time, deserve considerable attention). Then we go to the foundations of cognition representacionistes not to place discourse appropriate to fit the reality of bodies.And finally we talked about the biology and cognitive minimal cognitive principles that outline the state of affairs on their plausibility in organisms without nervous system, which in fact is the theory in question. The second part of the bodies epistemology from its methodological development research. So we give priority to know briefly what a slime molds and more specifically the Physarum plasmodium polycephalum, its physiological and morphological grounds that make organisms are exceptional. Then we started a brief history of slime molds from the history of biology, mycology, until today, part of protistology From this moment the development of investigations in accordance with the question about the condition of possibility of cognition, offering interesting and exceptional developments that allow at least deeply challenged by a categorical formulation of the phenomenon of agency As part of cognition as indisputable part of the case. The issue can not be resolved, nor intended. Rather, the goal is the proper fit within the relevant disciplines, and provide guidance consistent and constructive phenomenon of cognition, which is tautological phenomenon of life, but contains both natural and artificial. Or as Aristotle tells us, "Being a subject means that something given / specific subject (πρᾶγμα) without being separable part (μέρος) own, can not exist outside (χωρίς) of what they are" (Categories II, 1st 24- 25). Keywords: Cognition, biosemiòtica, interdisciplinary, Physarum polycephalum principles minimal cognitive semantics molecular tensegrity, buffer, biogenic, autopoiesis, biohermenéutica, systems biology, regulation, agencialitat, adaptive behavior, enactividad autopoietic lace teleonómico, organicismo qualitative Proto -qualia.

El tiempo en el que opera la percepción histórica del mundo occidental, a partir del cual afirmamos que vivimos “en el tiempo”, se entiende como lineal, objetivo, absoluto, simultáneo y espacializado. Y estas cinco características se ven esencialmente afectadas a partir de ciertas constataciones: la primera es que, dado que el único elemento a partir del cual se puede medir el tiempo (en sus variantes astronómicas, mecánicas y atómicas) es circular, surgen problemas acerca de la linealidad; igual sucede con la objetividad si se cae en la cuenta de que el tiempo que se percibe internamente (regido por los ritmos circadianos y la dialéctica termodinámica entre generación y corrupción) no sirve para medir este supuesto tiempo externo; el único criterio a partir del cual se puede establecer un único tiempo entre los sujetos A y B es el movimiento terrestre y sus derivaciones, lo que pone en duda el carácter ontológico de la característica de absolutidad y, en consecuencia, también de simultaneidad; por último, resulta cuanto menos sospechoso que el tiempo, que se entiende popularmente como independiente del espacio –aun cuando nada se mueve, se afirma que el tiempo pasa–, sea siempre dependiente de éste para su correcta medición. Se evidencia, por lo tanto, que el tiempo bajo el que el hombre se rige de manera sistemática, y sobre el que afirma categóricamente que no hay reinterpretación posible, se vuelve problemático ante evidencias que ponen en tela de juicio sus características más intrínsecas. Ante esta inexactitud en la propia definición, se propone en las páginas que siguen un recorrido a través de las distintas concepciones que han forzado el concepto hasta evidenciar que su estructura más fundamental puede no ser como suele creerse. El objetivo del presente trabajo es doble, y sus dos partes dan cuentas de esta duplicidad. Por un lado, se realiza un análisis de la acepción absolutista del concepto de “tiempo”, acepción que ha pasado a ser desde la modernidad la única forma en la que Occidente vive el fenómeno de la temporalidad. Para ello, se analiza a la luz de las alternativas de comprensión de la temporalidad que diversas aproximaciones teóricas han propuesto: primero, en formulaciones prenewtonianas; segundo, en formulaciones físicas contemporáneas; tercero, en formulaciones fenomenológicas y ontológicas contemporáneas. Todo ello ofrecerá un mapa al lector del marco en el que se produjo la legitimación de la acepción absolutista del concepto de “tiempo” en frente de todas las demás, y finalmente dará cuentas de cómo este proceso de legitimación operó intersubjetivamente hacia una profunda transformación del concepto. El reverso del mismo objetivo fundamental de este trabajo reside en un trabajo arqueológico –en sentido foucaultiano– de los motivos por los que se transformó el concepto y llevó a Newton y a Kant a la necesidad de legitimar una transformación que, en realidad, había tenido lugar gradualmente por contingencias históricas. Se hallarán las bases para tal transformación en tres importantes contingencias históricas que han caracterizado profundamente el mundo occidental: el patriarcado, el monoteísmo judeo-cristiano y el capitalismo. / Time from which the historical perception of the Western world operates, from which we can assert that we live “in time”, is understood as a linear, objective, absolute, simultaneous and spatial time. And some ascertainments specially affect these five characteristics: taking into account that the only element from which time can be perceived is cyclic (in its astronomic, mechanic and atomic variants), some problems appear regarding linearity; the same happens with objectivity if we think that the time we perceive internally (regulated by circadian rhythms and the thermodynamic dialectic between generation and corruption) does not allow us to measure this assumed external time; the only guideline that can be used to set up a unique time between the subjects A and B is the Earth movement and its derivations. This calls into question the ontological position of the quality of absoluteness and the quality of simultaneity. Lastly, it is at least suspicious that time, which is understood as independent from space (even if nothing moves, it is said that time passes by), is always dependent from it for its correct measurement. It is evident, in consequence, that the time that rules systematically over the man, and that it is categorically understood that there is no possible reinterpretation, becomes a problem in front of the pair of questions that put under scrutiny its most intrinsic features. In front of this inaccuracy of its definition itself, a tour is proposed in the next pages; this tour will guide the reader through diverse conceptions that have forced the concept to make clear that maybe its most fundamental structure is not as we think. Thus, the aim of this work is two-sided, and is correlatively presented in two parts. Firstly, the absolutist definition of the concept “time” is put under analysis, a definition that from the modernity has been the only way from which Western culture has lived the temporality phenomenon. To accomplish this issue, the concept is analyzed through alternatives of comprehension of temporality that some theoretical approaches have suggested: first, pre-Newtonian approaches; second, contemporary Physics approaches; third, contemporary phenomenological and ontological approaches. These three approaches will offer a map to the reader about the frame in which the legitimation of the absolutist definition of the concept “time” over the rest was produced. Finally, the tour will show how this process of legitimation occurred inter-subjectively to a deep transformation of the concept. The reverse of the same fundamental aim of this work is based on an archeological framework (in Foucaltian terms) of the causes that led to the transformation of the concept and brought Newton and Kant to the need to legitimate a transformation that actually had been taking place gradually by historic contingences. The basis of this transformation will be find in three major historic contingences that have deeply defined the Occidental world: patriarchy, Judeo-Christian monotheism and capitalism.

Researches concerning the Quaternary sedimentary dynamics in the European Alps have become of increasing interest in the late decades, producing a large volume of literature. This thesis uses high-resolution seismic reflection data and seismic stratigraphic methods to examine the formation and evolution of a major alluvial/glacial fan in the eastern Italian Alps. Alluvial fan environments, often pose significant challenges for high-resolution seismic exploration, due to high heterogeneity of deposits and rugged topography. Using both non-conventional field (dense wide aperture array) and processing techniques (Common Reflection Surface stack), we were able to obtain high-quality seismic reflection and refraction images across a representative transect of Venosta Valley. By using stratigraphic, geophysical and morphologic data this work characterizes the fan and valley deposits and their evolution throughout post-glacial times. Using this information, we model the evolution of the valley fill in the framework of post-glacial climate fluctuations. The results provide an understanding of the landscape geomorphic evolution in response to the main climatic changes and also can represent a tool in policy decision regarding natural hazards.

Serogroup B Neisseria meningitidis (MenB) is the cause of the invasive meningococcal disease (IMD). Bexsero is the first genome-derived vaccine against MenB. Neisserial adhesin A (NadA) is one of the three protein antigens included in Bexsero. The main aim of this work was to obtain detailed insights into the structure of vaccine NadA variant 3 (NadAv3) and into the molecular mechanisms governing its transcriptional regulation by NadR (Neisseria adhesin A Regulator). A deep understanding of nadA expression is important for understanding the contribution of NadA to vaccine-induced protection against meningococcal disease. NadA expression is regulated by the ligand-responsive transcriptional repressor NadR. The functional, biochemical and high-resolution structural characterization of NadR is presented in the first part of the thesis (Part One). These studies provide detailed insights into how small molecule ligands, such as hydroxyphenylacetate derivatives, found in relevant host niches, modulate the structure and activity of NadR, by ‘conformational selection’ of inactive forms. In the second part of the thesis (Part Two), strategies involving both protein engineering and crystal manipulation to increase the likelihood of solving the crystal structure of NadAv3 are described. The first approach was the rational design of new constructs of NadAv3, based on the recently solved crystal structure of a close sequence variant (NadAv5). Then, a comprehensive set of biochemical, biophysical and structural techniques were applied to investigate all the generated NadAv3 constructs. The well-characterized trimeric NadAv3 constructs represented a set of high quality reagents which were validated as probes for functional studies and as a platform for continued attempts for protein crystallization. Mutagenesis studies and screenings to identify a new crystal form of NadAv3 were performed to improve crystal quality; structure determination is ongoing. The atomic resolution structure of NadAv3 will help to understand its biological role as both an adhesin and a vaccine antigen.

Neisseria meningitidis is a strictly human pathogen and is a major cause of septicemia and meningitis worldwide. Factor H binding protein (fHbp) is a surface-exposed lipoprotein that binds human factor H (hfH) allowing the bacterium to evade the host innate immunity response. Of note, fHbp is a key antigen in two vaccines against N. meningitidis serogroup B. Although the fHbp gene is present in most circulating meningococcal strains, its level of expression varies among isolates and may influence strain susceptibility to anti-fHbp antisera. The aim of the study was to understand the sequence determinants that control fHbp expression in globally circulating strains. We analyzed the upstream fHbp intergenic region (fIR) of a panel of 105 invasive strains and we identified nine fIR sequence types which represent 77% of the isolates. By mass spectrometry we obtained an absolute quantification of fHbp in the same panel of strains and found a correlation between the fIR type and fHbp amounts. By the generation of a series of isogenic recombinant strains, where fHbp expression was under the control of each of the nine fIR types, we were able to confirm that the fIR sequence determines a specific level of expression and investigate the major determinants involved. The quantity of fHbp on the surface of the bacteria correlated directly with the susceptibility to killing mediated by anti-fHbp antibodies in immune sera. The influence of fHbp to mediate the evasion from generic complement-mediated killing presumably through binding of hfH was assessed and survival in human non-immune serum was less correlated with protein amounts measured from an in vitro growth culture. Overall, we demonstrated that the expression level of this antigen can be inferred by the DNA sequence of the fHbp intergenic region. Therefore, our findings can contribute to understand and predict vaccine coverage mediated by fHbp.

In this research the phenomenon of monoclonal antibodies (mAbs) cooperative bactericidal activity and the structure of the N.meningitidis antigen NadA var.3 are investigated using Transmission Electron Microscopy (TEM). The mAbs cooperativity is a mechanism that occurs when mAbs that individually show low or no bactericidal activity become bactericidal when coupled together. Revealing the structural bases of cooperative bactericidal activity is fundamental for a thorough understanding of antibody-based mechanisms of protection. Meningococcal factor H binding protein (fHbp), surface-exposed lipoprotein presents in the vaccine against serogroup B Neisseria meningitidis, Bexsero®. A comparison of the structure of the murine cooperative complex with the human cooperative one has been performed revealing a higher level of flexibility and instability of the first complex. Moreover we have been able to prove a simultaneous binding of factor H (fH) to the immune cooperative complex. The 3D structures of the cooperative complexes demonstrated that the angle formed between fHbp-antibodies is orientated only depending on the epitope location on the antigen. Non-cooperative human complexes show a structural dissimilarities compared with the cooperative couples mainly for the absence of the complex formation due to the partial epitopes overlapping, as proved by Hydrogen/Deuterium Exchange Mass Spectrometry (HDX_MS). The NadA var. 3, the variant included in Bexsero® vaccine, structure was determined by the Cryo-Electron Microscopy (Cryo-EM) technique combined with Single Particle (SP) reconstruction method. The 3D reconstruction of NadA var.3, generated from Cryo-TEM data, shows an elongated and thin stalk decorated by a globular compact head characterized by a three-fold symmetry. Moreover the 3D EM map shows three evident points of interruption in the density of the stalk region presumably correlated with the three interruptions present in the coiled-coil periodicity of NadA var.3 the sequence. This result indicates a possible alternative mechanism of the antigen flexibility.

Estudi de l'obra impresa per Diego de Gumiel a Girona, Barcelona, Valladolid i València entre el 1494 i el 1517. Consta de: 1. Anàlisi tipogràfica i temàtica de les obres, amb interpretació dels resultats. 2. Entorn professional (la impremta en les quatre ciutats) i biografia de l'impressor basada en la documentació recopilada. 3. Dades sobre la difusió i lectura de les obres impreses per Gumiel: relació entre impremta i poder i estudi de les biblioteques de l'època. 4. La traducció al segle XV. Anàlisi de les traduccions impreses per Diego de Gumiel; interpretació dels resultats. 5. Anàlisi lingüística comparativa del "Tirant lo Blanch" (Barcelona, 1497) i el "Tirante el Blanco" (Valladolid, 1511); interpretació dels resultats. 6. Anàlisi lingüística textual de la traducció: possibles aragonesismes al "Tirante el Blanco" de 1511; relació lingüística amb la "Question de amor de dos enamorados" de 1513. 7. Apèndix documental. / Estudio de la obra impresa por Diego de Gumiel en Gerona, Barcelona, Valladolid y Valencia entre 1494 y 1517. Consta de: 1. Análisis tipográfico y temático de las obras, con interpretación de los resultados. 2. Entorno profesional (la imprenta en las cuatro ciudades) y biografía del impresor basada en la documentación recopilada. 3. Datos sobre la difusión y lectura de las obras impresas por Gumiel: relación entre imprenta y poder y estudio de las bibliotecas de la época. 4. La traducción en el siglo XV. Análisis de las traducciones impresas por Diego de Gumiel; interpretación de los resultados. 5. Análisis lingüístico comparativo del “Tirant lo Blanch” (Barcelona 1497) y el “Tirante el Blanco” (Valladolid, 1511); interpretación de los resultados. 6. Análisis lingüístico textual de la traducción: posibles aragonesismos en el “Tirante el Blanco” de 1511; relación lingüística con la “Question de amor de dos enamorados” de 1513. 7. Apéndice documental. / Study of the printed work by Diego de Gumiel in Gerona, Barcelona, Valladolid and Valencia between 1494 and 1517. Parts: 1. Typographic and thematic analysis of the prints, interpretation of the results. 2. Professional environment (printing in the four cities) and biography of the printer based on the collected documentation. 3 Data on the spread and reading of Gumiel’s printed books: relationship between press and power and study of the libraries of the time. 4. Translation in the 15th century. Analysis of Gumiel’s printed translations; interpretation of the results. 5. Comparative linguistic analysis of the "Tirant lo Blanch" (Barcelona, 1497) and "Tirante el Blanco" (Valladolid, 1511); interpretation of the results. 6 Linguistic textual analysis of translation: possible aragonesismos into "Tirante el Blanco" 1511; linguistic relationship with "Question de amor de dos enamorados" (1513). 7 Appendix documentary.

The contribution of Clostridium difficile toxin A and B (TcdA and TcdB) to cellular intoxication has been extensively studied, but their impact on bacterial colonization remains unclear. By setting-up two- and three-dimensional in vitro models of polarized gut epithelium, we investigated how C. difficile infection is affected by host cell polarity and whether TcdA and TcdB contribute to such events. Indeed, we observed that C. difficile adhesion and penetration of the epithelial barrier is substantially enhanced in poorly polarized or EGTA-treated cells, indicating that bacteria bind preferentially to the basolateral cell surface. In this context, we demonstrated that sub-lethal concentrations of C. difficile TcdA are able to alter cell polarity by causing redistribution of plasma membrane components between distinct surface domains. Taken together, the data suggest that toxin-mediated modulation of host cell organization may account for the capacity of this opportunistic pathogen to gain access to basolateral receptors leading to a successful colonization of the colonic mucosa.

Bakgrund: Enligt Skolverkets rapport Läromedlens roll i undervisningen (2006) använder lärare i grundskolan läromedel, ofta en lärobok, som huvudsakliga utgångspunkt i planeringen av undervisningen, men även som verktyg i själva undervisningen. I samma rapport framgår att lärare ofta anser att om de bara följer en lärobok säkerställer det att undervisningen följer läro- och kursplaner. Att läroböcker ges en såpass hög legitimitet av lärare skapar intresse av att undersöka om det är lämpligt. Enligt Thomas Englund (2005) skapas läroplaner i en politisk kamp mellan olika ideologier och slutresultatet kan klassas som ideologiskt. Det är därmed av intresse att bedriva forskning inom området och göra en jämförande ideologisk analys av Lgr 11 och läroböcker. Syfte: Syftet med uppsatsen är att jämföra ideologin så som den uttrycks i Samhälle i dag 9 (2013) med ideologin så som den uttrycks i Lgr 11. Metod: Utifrån Ball & Daggers (2011) ideologidefinition och med hjälp av centrala begrepp så som demokrati och mångkultur och med stöd i tidigare forskning genomförs en kvalitativ textanalys dels av grundskolans viktigaste styrdokument, samt Samhälle i dag 9 Fokus (2013) Resultat: Analysen visar att läroboken på många punkter följer den ideologi som uttrycks i Lgr 11 men även avviker från den vid ett flertal punkter. Lgr 11 uttrycker krav på undervisningen att olika perspektiv alltid ska finnas med i bilden. I detta avseende avviker läroboken och redovisar allt som oftast endast ett perspektiv på verkligheten. Läroboken uttrycker även en starkt positivistisk epistemologi där det endast existerar en verklighet och läsaren förväntas fyllas med denna kunskap rakt av