La cartographie par analyse d'association (« Association mapping »- AM) est une nouvelle approche prometteuse visant à identifier les déterminants génétiques (connus sous le nom de QTL) qui sous-tendent les caractères complexes chez les plantes cultivées. Malheureusement, les meilleures approches analytiques à employer pour limiter le nombre de faux positifs dans de telles analyses demeurent à déterminer pour chaque espèce. Le but de ce travail était d'explorer la cartographie AM chez une collection d'orges canadiennes. Diverses approches analytiques ont été comparées pour leur capacité à détecter des QTL simulés ou réels. La population utilisée comprenait 166 cultivars d'orge qui avaient préalablement été génotypes avec 866 marqueurs DArT (Zhang et al., 2009). Ces lignées ont également été génotypées pour sept locus SSR et ces données ont permis de simuler des QTL. La taille des plantes a été mesurée sur deux sites et deux ans pour fournir des données phénotypiques nécessaires à l'analyse des QTL contrôlant ce caractère. Des diverses approches analytiques, celle s'appuyant uniquement sur les relations de parenté entre les lignées (« kinship ») s'est avérée la meilleure. Cette approche a été employée pour identifier des QTL simulés (basés sur les SSR) ou réels. Les résultats nous ont montré que cette méthode était performante pour des caractères ayant une héritabilité modérée à élevée. De plus, les QTL que nous avons identifiés pour la taille des plantes étaient plus reproductibles que ce qui a été rapporté précédemment dans la littérature. Ces résultats suggèrent que la cartographie AM peut être appliquée avec succès dans un programme d'amélioration génétique, du moins pour certains caractères d'intérêt.

L'optique adaptative est une technique consistant à faire réfléchir un front d'onde perturbé à la surface d'un miroir déformable afin de le corriger. La surface d'un ferrofluide est déformable par un champ magnétique permettant son utilisation dans un dispositif d'optique adaptative. Les MeLLFs, constitués d'un film de nanoparticules d'argent à l'interface air-eau stabilisées par un ligand dithiocarbamate sont utilisés pour augmenter la réflectivité des dispositifs. Dans ce projet de maitrise, plusieurs techniques ont été utilisées pour comprendre quels paramètres rendent les MeLLFs plus réfléchissants. Ainsi, des analyses Uv-Visible ont été utilisées pour la détermination de la réflectivité et de l'opacité des MeLLFs. La spectroscopie Raman a été utilisée pour caractériser la fonctionnalisation des nanoparticules par les ligands. Finalement, la microscopie électronique en transmission (MET) a été utilisée pour déterminer la taille des particules et la densité de particules à la surface.

Ce mémoire porte sur l'adaptation de maillage par métrique. Plus précisément, on s'intéresse à développer la métrique discutée dans l'article [10] de Pagnutti & Ollivier-Gooch puis à voir l'amélioration d'une telle méthode d'adaptation de maillage sur la résolution numérique d'une équation aux dérivées partielles par éléments finis. On présente d'abord l'intuition derrière l'adaptation de maillage par métrique, d'où on introduit une approximation de l'erreur d'interpolation. On parle de la convergence d'une solution numérique. Pour se mettre en situation de maillage par métrique classique et l'adaptation hiérachique. Puis, au vif du sujet, on explique l'approche de l'adaptation de maillage de Pagnutti & Ollivier-Gooch. On parle aussi des actions permettant d'adapter nos maillages. Enfin, on résout numériquement des équations aux dérivées partielles avec opérateur laplacien par la méthode des élments finis sur des maillages uniformes et adaptés par nos 3 méthodes d'adaptation. On y considère des cas 1D, 2D et 3D.

Le présent travail sera consacré à l'étude de la contrôlabilité et l'observabilité de l'équation des ondes ainsi qu'à l'obtention de l'observabilité uniforme du système observable discrétisé. Dans un premier temps, les notions de bases ainsi que les résultats importants sur l'observabilité et la contrôlabilité de l'équation des ondes seront donnés pour l'équation des ondes aux conditions limites de Dirichlet. Par la suite, nous étudierons la semi-discrétisation du système observable par la méthode spectrale de Legendre-Galerkin. Finalement, nous tenterons d'obtenir une observabilité uniforme par rapport à la dimension de l'espace d'approximation par une méthode de filtre sur cet espace.

Dans cette thèse, nous présentons un nouvel estimateur d’erreur de type hiérarchique utilisable dans un algorithme d’adaptation de maillages afin d’obtenir une approximation plus précise d’une équation aux dérivées partielles. Nous décrivons les avantages que possèdent ce nouvel estimateur d’erreur versus ceux qui existent déjà dans la littérature et nous justifions sa construction. Plusieurs résultats numériques seront présentés dans les cas uni, bi et tridimensionnels. Nous montrons des exemples académiques (où la solution analytique est connue) pour mesurer l’efficacité et la précision du nouvel estimateur d’erreur. Nous montrons également des exemples d’adaptation de maillages pour des équations modélisant des phénomènes physiques comme l’écoulement d’un fluide autour d’un cylindre, la diffusion instationnaire et le contact entre des corps élastiques déformables. Ces exemples montrent que le nouvel estimateur d’erreur est utilisable pour une très grande classe de problèmes. / In this thesis, we present a new hierarchical error estimator that can be used in a mesh adaptation algorithm to obtain a more accurate approximation to the solution of a partial differential equation. This error estimator has many advantages that other existing error estimators do not have or lack of. For instance, it is, by construction, independant of the differential operator used to model a certain physical phenomena. It is also naturally generalisable to the case of approximations of arbitrary order, and this, without any specific treatment to the underlying theory. Finally, it is efficient, optimal in a sense that will be defined and permits the elements to stretch in a priviledged direction (anisotropy) in order to obtain high accuracy against regularly refined meshes. Many examples are given in the one, two and three dimensional cases. Analytical examples (the solution is known) is given to measure the effiency and precision of the new error estimator. Other examples of mesh adaptation for equations modeling different physical phenomena like the flow of a fluid around a cylinder, unsteady diffusion and contact between deformable elastic bodies are presented. These examples show that the new error estimator can be used for a wide variety of problems.

L'obésité viscérale est souvent associée à un profil métabolique détérioré, aussi défini comme un syndrome métabolique (SMet), et qui inclut une résistance à l'insuline, une dyslipidémie et une hypertension. Les individus obèses ne sont pas tous égaux face au développement du SMet et une dysfonction du tissu adipeux, de même qu'une susceptibilité génétique et épigénétique pourraient expliquer cette hétérogénéité. Une précédente analyse transcriptomique du tissu adipeux viscéral (TAV) a identifié plusieurs gènes différentiellement exprimés entre des hommes avec obésité sévère atteints (SMet+) ou non (SMet-) d'un SMet. Le principal objectif de cette thèse était d'identifier des variations génétiques et épigénétiques parmi des gènes différentiel lement exprimés dans le TAV entre des hommes SMet+ et SMet- et qui sont associées à une variabilité de l'expression génique et aux composantes du SMet chez des individus avec obésité sévère. Des associations significatives ont été observées entre une variation génétique des gènes interferon-gamma-inducible protein 30 (IFI30) et thymic stromal lymphopoietin (TSIP) avec l'hyperglycémie / diabète de type 2 et la pression artérielle, respectivement. Des niveaux plus faibles de méthylation globale de l'ADN du génome, en quantifiant la méthylation des éléments répétitifs du génome de type LINE-1, étaient associés avec un plus grand risque de SMet. Les pourcentages de méthylation près de l'exon 2 du gène dipeptidylpeptidase-4 (DPP4) étaient associés avec son expression génique dans le TAV et avec les concentrations de cholestérol-HDL, mais étaient semblables entre un plus grand groupe d'individus SMet+ et SMet- dans le TAV et les globules blancs périphériques. Finalement, une approche d'analyse in silico a été proposée afin de cibler des gènes candidats de l'obésité dont l'expression serait potentiellement régulée par la méthylation dans leur pomoteur. Cette dernière étude a été effectuée lors d'un stage à l'étranger et l'approche proposée serait applicable dans d'autres contextes pathologiques, dont le SMet. Cette thèse dresse donc un aperçu des connaissances actuelles sur la génétique et l'épigénétique du SMet et les résultats qui y sont présentés contribueront, à leur manière, à améliorer notre compréhension de la pathophysiologie du SMet, ainsi que la susceptibilité génétique et épigénétique à développer des complications métaboliques en présence d'obésité.

Le taux d’allaitement maternel exclusif à six mois au Niger était de 9,9 % en 2009. L’OMS et l’UNICEF recommandent que tous les enfants soient nourris exclusivement au sein pendant les six premiers mois de vie. Le présent document est le résultat d’une enquête sur l’identification des facteurs qui caractérisent les mères qui ont allaité exclusivement jusqu’à six mois. Les mères ont été réparties en deux groupes : celles qui ont allaité exclusivement jusqu’à six mois et celles qui ont allaité, mais avaient introduit d’autres aliments avant cet âge. Des entrevues individuelles ont été réalisées au Centre de Santé Intégré de Tessaoua de février à avril 2011. L’étude a porté sur un échantillon de 296 mères. De l’analyse, il ressort qu’au Niger les facteurs de réussite de l’allaitement maternel exclusif les plus importants sont : le niveau d’instruction, les difficultés pendant la 1ère semaine d’allaitement, l’opinion favorable des amis et de la famille, l’occupation de la mère (travail), l’accouchement au centre de santé, l’initiation dans les minutes suivant l’accouchement et le suivi de grossesse par un professionnel de la santé. Cette étude n’a porté que sur la seule commune urbaine de Tessaoua et sur 14 variables principalement de type nominal ou ordinal. Nous pensons néanmoins que, nos résultats peuvent permettre la mise en œuvre de mesures adéquates pour augmenter le taux d’allaitement maternel exclusif afin d’améliorer la situation nutritionnelle des enfants Nigériens.

L’enrichissement est une technique permettant d’améliorer l’environnement physique, social et psychologique des animaux en captivité. On considère qu’un type d’enrichissement est efficace si ce dernier permet de stimuler les comportements naturels, de diminuer les effets néfastes de la captivité comme le stress et d’éliminer ou d’atténuer les comportements anormaux. Ainsi, l’efficacité peut être mesurée entre autres par l’analyse des comportements chez les individus. Le présent projet vise à déterminer les effets comportementaux de trois types d’enrichissements, soit sonores, environnementaux et alimentaires, sur un groupe de 8 mandrills (Mandrillus sphinx) au Zoo de Granby. Le comportement et le stress des animaux étant influencés par la présence de visiteurs, l’expérimentation a été menée à l’automne (absence de visiteurs) et à l’été (présence de visiteurs), pour inclure les effets de l’achalandage. Le groupe a été soumis à chaque type d’enrichissement sur une période de 5 jours consécutifs. Les enrichissements ont été répétés à deux reprises pour un niveau d’achalandage donné. Nous avons mesuré l’effet de chaque enrichissement et la présence des visiteurs sur des comportements ciblés (anormaux, agonistique, interactions avec les humains), le budget de temps et la stabilité hiérarchique à l’aide de vidéos, d’observations focales et d’observations au niveau du groupe. Des effets significatifs et variables selon l’enrichissement ont été quantifiés sur ces comportements et le budget de temps, permettant de proposer différentes stratégies d’implémentation de ces enrichissements selon le but visé. / Enrichment is a technique to improve physical, psychological and social environment for captive animals. Enrichment efficiency is considered if it stimulates natural behaviours, reduces harmful effects of captivity such as stress and eliminates or reduces abnormal behaviours. Therefore, efficiency can be measured by behaviours analysis. This project aims to identify behavioural of three types of enrichment (musical, environmental and feeding) in a group of 8 mandrills (Mandrillus sphinx) at the Granby Zoo. Considering that behaviour and animal stress can be influenced by the presence of visitors, this project was conduct in fall (no visitors) and summer (with visitors), to induce the effects of human presence. The group was exposed to each type of enrichment over a period of 5 consecutive days. Enrichment was repeated twice for each season. We search primarily to study the effect of each enrichment and the presence of visitors on specific behaviours (stereotypy, agonistic behaviours and human-mandrill interactions), time budget and hierarchy stability with videos (focal or group) and observations. Significant and variable effects according to enrichment were quantified for these behaviours and time budget, to propose different strategies for implementation of these enrichments according to purpose.

La coupe à rétention de bouquets est un type de coupe à rétention variable visant à atténuer l'impact de la coupe totale sur la diversité biologique et sur la qualité visuelle des paysages. Puisque l'utilisation des types de coupe associés à l'aménagement écosystémique est encore récente au Québec, très peu d'études ont été réalisées afin d'en vérifier l'impact réel sur les écosystèmes forestiers. La présente étude vise à déterminer si les bouquets réussissent à préserver des attributs qui sont perdus lors de coupes traditionnelles en comparant la structure et les communautés de plantes de sous-bois retrouvées dans ces deux milieux. Nos résultats indiquent que la diversité végétale des deux milieux est semblable. Cependant, l'approche par traits fonctionnels montre que la tolérance à l'ombre semble jouer un rôle significatif dans la répartition des espèces entre les deux environnements. À court terme, la coupe à rétention de bouquet devrait également préserver une plus grande quantité de bois mort qu'une coupe avec protection de la régénération et des sols (CPRS), ce qui pourrait avoir des effets bénéfiques à long terme pour le maintien de la biodiversité.

Les lentilles produites au Canada sont peu transformées et peu valorisées, bien qu’elles constituent une importante source de protéines dont les effets santé sont de plus en plus reconnus. Certains bénéfices potentiels ayant été répertoriés incluent la séquestration des acides biliaires, l'inhibition de l'enzyme convertissant l'angiotensine-1, l'abaissement du cholestérol, l'équilibre de la glycémie, et des effets préventifs contre la maladie artérielle périphérique, le diabète et le cancer. Cependant, leur faible digestibilité et biodisponibilité liées aux facteurs antinutritionnels limitent l’utilisation des lentilles. Ce projet vise à étudier l’impact du traitement à la chaleur sur la structure et la digestibilité des protéines de lentilles. Dans un premier temps, l’impact des traitements thermiques sur la dénaturation et la gélification des protéines de lentilles a été étudié en faisant varier les conditions du milieu, notamment le pH et la force ionique. Le mécanisme de formation des gels a été étudié par calorimétrie DSC, FTIR et par rhéologie à petites déformations à différents pH 3, 7 et 9 en absence et en présence de CaCl2. Les résultats de DSC ont montré qu’aux pH 3, 7 et 9, il n’y a pas de différence significative (0,05) de la température de dénaturation (Td) enregistrée. Par contre Td augmente en présence de CaCl2 mais reste significative (p ˂ 0,05) à 50 mM de CaCl2. Avec le FTIR, nos résultats ont montré une intensité plus importante des bandes d’agrégation dans les conditions en présence de CaCl2. Cependant, la rhéologie dynamique à petite déformation a montré qu’à pH 9 en présence et en absence de CaCl2, le module d’élasticité (G’) reste plus élevé que les autres pH dans les mêmes conditions. Dans un deuxième temps, l’impact du traitement à la chaleur sur la digestibilité des protéines de lentilles a été étudié in vitro. La sensibilité aux enzymes digestives des protéines natives et dénaturées à la chaleur a été étudiée et comparée à celle des protéines gélifiées. Les résultats de la deuxième partie ont montré que les protéines dénaturées avaient une sensibilité plus élevée à l’hydrolyse par les enzymes protéolytiques que les protéines natives. Les protéines gélifiées à pH 9 ont générées des peptides avec un poids moléculaires environ 3 kDa et moins, plus petits par rapport aux gels à pH 3 et 7. De même, la présence de CaCl2 (50 mM) dans les différentes conditions de pH n’a pas ii modifié la sensibilité à la dégradation des gels formés. Bien que le CaCl2 favorise l’agrégation des protéines de lentilles, la chaleur semble nécessaire à l’exposition des sites d’attaques des enzymes protéolytiques, comparé à l’hydrolyse protéique des échantillons sans traitement thermique. / Most lentils produced in Canada are not processed and valorized, although they constitute an important source of proteins, the health benefits of which are now well recognized. These health benefits include the sequestration of bile acids, inhibition of angiotensin-converting-enzyme-1, lowering of cholesterol, maintaining blood sugar levels, and preventive effects against peripheral arterial disease, diabetes and cancer. However, the low digestibility and bioavailability deriving from anti-nutritional factors limit the use of lentils. This project aims to study the impact of heat treatment on the structure and digestibility of lentils’ proteins. Initially, the impact of heat treatment on the denaturation and gelation of the proteins of lentils was studied by varying environmental conditions such as the pH and ionic strength. The mechanism of formation of gels was studied by DSC, FTIR and small deformation rheology at pH 3, 7 and 9, in absence and presence of CaCl2. The results obtained from DSC indicate that at pH 3, 7 and 9, there is no significant difference (p ˂ 0.05) between the denaturation temperatures (Td). However, the Td increases in the presence of CaCl2 and is significantly higher (p ˂ 0.05) when the concentration of CaCl2 reaches 50 mM. Furthermore, FTIR results show a higher intensity of the aggregation bands in the presence of CaCl2. On the other hand, small deformation rheology indicates that at pH 9, in the presence or absence of CaCl2, the elastic modulus (G’) is the highest. The impact of heat treatment on the digestibility of lentils’ proteins was then studied in vitro. The effects of digestive enzymes on native, heat denatured and gelled proteins were evaluated. The data indicate that the denatured proteins are more sensitive to proteolytic hydrolysis than the native proteins. At pH 9, the gelled proteins generate peptides with a molecular weight around 3 kDa or less, which are much smaller compared to that obtained at pH 3 and pH 7. Similarly, the presence of CaCl2 (50 mM) in different pH conditions does not affect the degradation of the gels. Although CaCl2 promotes the aggregation of lentil proteins, heat treatment is necessary to reveal the target sites of proteolytic enzymes.