The cause of amyotrophic lateral sclerosis (ALS), a cruel neurodegenerative disease, remains unclear. Trans-activating response region (TAR) DNA-binding protein of 43 kDa (TDP-43) has been suggested to have an important role in ALS pathogenesis. In this thesis, we show that a disease linked mutation in matrin 3 (MATR3), a DNA/RNA-binding protein, corresponds to an increased tendency for TDP-43 to aggregate into large and more numerous cytoplasmic inclusions that are the hallmark of ALS. Immunocytochemistry experiments show that MATR3 colocalizes with TDP-43 in vitro. These experiments also show TDP-43 is a component of both MATR3 granules and stress granules, and that MATR3 inclusions are directly adjacent to stress granules or eIF3α inclusions. We hypothesize that, while not being a part of stress granule complex, MATR3 granules are involved in RNA processing via the stress granule pathway by relaying crucial components such as TDP-43. We have also found that compound 8J is able to disaggregate and relocate TDP-43 and MATR3 positive inclusions in vitro. While the mechanism of action of compound 8J remains unclear, fluorescence activated cell sorting (FACS) experiment showed that there was a significant increase in viability in double wild type (matrin 3 and TDP-43) cells when treated with C8J (p-value <.001), which suggests that the TDP-43 and MATR3 cytoplasmic inclusions that were previously observed have a net cytotoxic effect. Together with the in vitro result on C8J, this result also suggests that C8J enhances the survivability of cells by restoring TDP-43 back to the nucleus. MATR3 biochemistry seems to connect to neurodegenerative diseases in several ways. Identifying the pathological connections between MATR3 and TDP-43 physiology will provide us with a greater understanding of ALS pathology.

In this thesis we study the finite quotients of 3-manifold groups, concerning both residual properties of the groups and the properties of the 3-manifolds that can be detected using finite quotients of the fundamental group. A key theme is the analysis of when two 3-manifold groups can have the same families of finite quotients. We make a detailed study of this 'profinite rigidity' problem for Seifert fibre spaces and prove complete classification results for these manifolds. From Seifert fibre spaces we continue on this trajectory and extend our classification results to all graph manifolds. We illustrate this classification with examples and several consequences, including for graph knots and for mapping class groups. The third part of the thesis concerns the behaviour of the finite p-group quotients of 3-manifold groups. In general these quotients may be scarce and poorly behaved. We give results showing that some of these issues may be resolved by passing to finite-sheeted covers of the manifold involved. We also prove theorems concerning the p-conjugacy separability of certain graph manifold groups. The concluding chapter of the thesis collects other results linking low-dimensional topology and finite quotients of groups. In particular we prove that finite quotients of a right-angled Artin group distinguish it from other right-angled Artin groups, and we give an argument detecting the prime decomposition of certain 3-manifold groups from the finite p-group quotients.

Submitted by Cintia Franco Rodrigues Mendonça (cin.franco.unesp@gmail.com) on 2018-08-16T01:04:26Z No. of bitstreams: 1 Dissertação_final.pdf: 2426720 bytes, checksum: 8440ff67ed036967311abb878d2e2139 (MD5) / Approved for entry into archive by Ana Carolina Gonçalves Bet null (abet@iq.unesp.br) on 2018-08-16T11:31:39Z (GMT) No. of bitstreams: 1 mendonça_cfr_me_araiq_int.pdf: 2474970 bytes, checksum: fc7a9704c114879d777e8bb6f3a8ad16 (MD5) / Made available in DSpace on 2018-08-16T11:31:39Z (GMT). No. of bitstreams: 1 mendonça_cfr_me_araiq_int.pdf: 2474970 bytes, checksum: fc7a9704c114879d777e8bb6f3a8ad16 (MD5) Previous issue date: 2018-02-20 / Outra / Atualmente, o glifosato é o herbicida de maior uso para o controle de ervas daninhas, sendo muito utilizado em culturas resistentes, como soja e milho. O glifosato é aplicado diretamente sobre a folhagem das plantas, porém uma parte acaba indo para o solo. Do solo, tanto o glifosato quanto seu metabólito, ácido aminometilfosfônico (AMPA) podem ser lixiviados para águas superficiais ou subterrâneas. Por conta disto, têm se gerado preocupações quanto ao seu potencial tóxico. A presente dissertação teve como objetivo avaliar a contaminação com glifosato e AMPA das águas superficiais de microbacias situadas na Bacia do Paraná 3 (Paraná-BR). Selecionou-se microbacias situadas próximas a regiões com plantios de soja e milho, assim como o período de coleta das amostras foi escolhido dentro do época de plantio destas culturas. Estudou-se dois métodos de preparo das amostras de água: reação de derivatização com cloroformiato de 9- fluorenilmetila (FMOC-Cl) seguida de extração e pré-concentração dos analitos com extração em fase sólida (SPE) utilizando cartuchos C18; pré-concentração dos analitos por liofilização seguida de reação de derivatização com FMOC-Cl. Para a determinação de glifosato e AMPA empregou-se cromatografia líquida de alta eficiência (HPLC) com detector de fluorescência. Os resultados demonstraram que a liofilização apresenta maior eficiência no preparo das amostras. Após a escolha do método de preparo realizou-se sua avaliação de desempenho pelos parâmetros de repetitividade, seletividade, linearidade, limite de detecção de quantificação, sensibilidade e estabilidade. Os resultados demonstraram concentrações na faixa de 0,31 a 8,13, μg L-1 de glifosato, estando abaixo da concentração máxima permitida pelas resoluções brasileiras: 65 μg L-1 para águas doces classe II (CONAMA 357/05) e 500 μg L-1 para águas de consumo (MS 2914/11); com exceção de uma amostra coletada em período chuvoso, apresentando glifosato na concentração de 65 μg L-1. O metabólito AMPA foi encontrado na faixa de 0,32 –14,78 μg L-1, estando abaixo da concentração máxima permitida pela resolução MS 2914/11: 500 μg L-1. / Today , glyphosate is the herbicide of greatest consumption for the control o f weeds, widely used in resistant crops such as soybean and corn . Glyphosate is applied directly to the foliage of plants, but part of it ends up going to the soil. From the soil, both glyphosate and its metabolite , aminomethylphosphonic acid ( AMPA ) can be carried to surface water or under ground water. Because of this, concerns have been raised about its toxic potential. In this dissertation, the objective is to evaluate the contamination of surface waters of watersheds located in the Paraná Basin 3 (Paraná - BR) with glyphosate and AMPA. Microbasin located near regions with soybean and corn plantations were chosen, as well as the period of sampling was chosen within the time of planting of these crops . Two methods of preparation of the water samples were stud ied: 9 - Fluorenylmethyl chloroformate ( FMOC - Cl ) derivatization reaction and extraction and pre - concentration of analytes with s olid p hase e xtraction (SPE) using C 18 cartridges; pre - concentration of the analytes with lyophilization followed by derivatization reaction with FMOC - Cl. High p erformance l iquid c hromatography (HPLC) with fluorescence detector was used f or glyphosate and AMPA analysis . The results showed that lyophilization has a better performance in the preparation of the samples. After the choice of the preparation method, its performance evaluation was performed based on evaluation of repeatability, selectivity, linearity, sensitivity and stability were evaluated. The results showed concentrations in the range of 0.31 to 8.13, μg L - 1 of glyphosate , being below the maximum concentration allowed by the Brazilian resolutions: 65 μg L - 1 for Class II (CONAMA 357/05) and 500 μg L - 1 for drinking water (MS 2914/11); with the exception of a sample collected in the rainy season, presenting glyphosate at the concentration of 65 μg L - 1 . The AMPA metabolite was found in the range of 0.32 - 14.78 μg L - 1 , being below the maximum concentration allowed by resolution MS 2914/11: 500 μg L - 1 . / Fundação Parque Tecnológico de Itaipu (FPTI): 901696/2016

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A proteína gliceraldeído-3-fosfato desidrogenase (GAPDH) é uma enzima essencial na via da glicólise e da gliconeogênese, catalisando a fosforilação oxidativa do substrato gliceraldeído-3-fosfato em 1,3- bifosfoglicerato na presença de NAD+ e fosfato inorgânico, sendo também capaz de catalisar a reação inversa. A enzima é um homotetrâmero, tendo monômeros com massa de 36 kDa. Além desta atividade, a proteína pode ainda desempenhar outras funções importantes em vários processos celulares. A partir da descrição da expressão diferencial do gene gpdh1 (GAPDH) do fungo entomopatogênico Metarhizium anisopliae em condições que mimetizam a infecção, desenvolvemos este estudo para caracterizar a sua possível participação em outros processos celulares. Diversas análises foram realizadas para caracterizar o gene gpdh1 e sua proteína cognata. Os padrões de expressão, tanto em nível transcricional como em nível protéico foram avaliados sob condições de regulação fisiológica, evidenciando um padrão de regulação hierárquico em resposta às diferentes fontes de carbono adicionadas a culturas do fungo. Utilizando 2D-SDS-PAGE, anti-soro anti GAPDH e espectrometria de massas, identificamos isoformas de GAPDH sendo expressas pelo fungo, sendo uma majoritária. Com base nos relatos encontrados na literatura de localização da proteína GAPDH na superfície celular de diferentes patógenos, direcionamos o trabalho no sentido de verificar a localização sub-celular da GAPDH em Metarhizium. Utilizando técnicas de imuno-microscopia, mostramos a localização na superfície celular dos diferentes estágios de desenvolvimento do fungo. Mostramos também que a GAPDH localizada na superfície celular mantém a sua atividade enzimática. Utilizando ensaios de adesão de conídios de M. anisopliae em asas de insetos (Dysdercus peruvianus), mostramos que a GAPDH pode desempenhar uma função importante no processo de adesão do fungo na superfície do hospedeiro. Este trabalho descreve pela primeira vez a presença de isoformas de GAPDH, a sua localização na superfície celular e sua possível participação na adesão ao hospedeiro. / GAPDH is essential in glycolysis and gluconeogenesis pathways and catalyzes the oxidative phosphorylation of glyceraldehyde-3-phosphate into 1,3- biphosphoglycerate in the presence of nicotinamide adenine nucleotide (NAD+) and inorganic phosphate, as well as the reverse reaction. The enzyme is an homotetramer of 36 kDa subunits. GAPDH has other important roles in various cellular processes. The gene gpdh1 (GAPDH) was found to display differential expression during growth of the entomopathogenic fungus Metarhizium anisopliae cultured in conditions mimicking host infection. This led us to search for other possible functions of the GAPDH in the fungus. Therefore, we characterized the expression patterns of GAPDH, both at the transcription and protein level; we characterized isoforms of the protein; we immunolocalized GAPDH in different cell types and assayed its participation in adhesion to host surface. The expression of transcripts and GAPDH is hierarchily regulated by the carbon source available in the cultures (glucose, glycerol, ethanol and complex substrates, such as chitin and cuticle). By using 2D-SDS-PAGE, anti- GAPDH serum and mass spectrometry, isoforms of the protein were detected. As GAPDH has been reported at cell surface of pathogenic microorganisms, we directed efforts to localize GAPDH in Metarhizium. By using immunomicroscopy we showed the presence of GAPDH at the surface of the different developmental cell types of the fungus. We have also shown that the GAPDH at cell surface has enzyme activity. In adhesion assays, using Metarhizium conidia and insect wings (Dysdercus peruvianus), we showed that the GAPDH may be important during the adhesion step of the fungus to the host during infection. In this work, for the first time, we show that GAPDH from Metarhizium anisopliae has isoforms; that the active GAPDH is present at the fungal cell surface and is probably important for fungal to host adhesion.

A enzima indol-3-glicerol fosfato sintase (IGPS) catalisa a formação irreversível do anel do composto 1-o-carboxifenilamino desoxiribulose-5-fosfato (CdRP), através de uma decarboxilação e de uma desidratação, liberando o composto indol-3-glicerol fosfato (IGP), o quinto passo na via de biossíntese do triptofano. Neste trabalho, é descrita a clonagem, expressão, purificação e caracterização cinética da IGPS, além da identificação de um intermediário reacional. Para a realização destes estudos, o substrato da enzima (CdRP) foi sintetizado quimicamente, purificado e caracterizado espectroscopicamente e espectrometricamente. A fluorescência do CdRP mostrou-se dependente de pH, possivelmente devido ao efeito de transferência intramolecular de prótons no estado excitado (ESIPT). Efeitos de temperatura foram analisados, indicando uma energia de ativação de 8.4 kcal mol-1 para a reação catalisada pela IGPS. Efeitos isotópicos de solvente mostraram que a transferência de próton é apenas modestamente limitante para a reação, e estudos de inventário de prótons demonstraram que apenas um próton é responsável pelo efeito isotópico de solvente observado. Perfis de pH foram realizados para avaliar a presença de catálise ácido-base, mostrando que um resíduo desprotonado de pKa aparente igual a 6.0 é necessário para a catálise e que um resíduo com pKa aparente igual a 6.8 é necessário para a ligação do CdRP. Sugerimos que ambos os pKa estejam reportando para um mesmo resíduo, que poderia ser um glutamato conservado em todas as IGPS caracterizadas até o presente. Um modelo é proposto para explicar o ESIPT, assim como uma seqüência cinética baseada nos perfis de pH. Para identificar possíveis intermediários reacionais, a técnica de ESI-MS foi empregada para estudar a reação catalisada pela IGPS, e um intermediário químico foi interceptado e caracterizado. / The enzyme indole-3-glycerol phosphate synthase (IGPS) catalyzes the irreversible ring closure of 1-o-carboxyphenylamino deoxyribulose-5-phosphate (CdRP), through a decarboxylation and a dehydration, releasing indole-3-glycerol phosphate (IGP), the fifth step in the biosynthesis of tryptophan. In the present work, we describe cloning, expression, purification, and kinetic characterization of IGPS. In order to perform kinetic studies, CdRP was chemically synthesized, purified, and espectroscopically and spectrometrically characterized. CdRP fluorescence was pH-dependent, probably owing to excited-state intramolecular proton transfer (ESIPT) effect. Temperature effects were analyzed, indicating an activation energy of 8.4 kcal mol-1 for the IGPS catalyzed reaction. Solvent isotope effects showed that a proton transfer is only modestly limiting for the reaction, and proton inventory studies pointed to a single proton responsible for the observed solvent isotope effect. pH-rate profiles were carried out to probe for acid/base catalysis, showing that a deprotonated residue with an apparent pKa of 6.0 is required for catalysis and a deprotonated residue with an apparent pKa of 6.8 is necessary for CdRP binding. It was suggested that both apparent pKa report on the same residue, which might be a glutamate conserved amongst all IGPS characterized so far. A model is proposed to explain the ESIPT, and a kinetic sequence is suggested based on the pH-rate profiles. ESIMS was employed to identify possible chemical intermediates of the IGPS catalyzed reaction, and one chemical intermediate was intercepted and characterized.

Submitted by Alessandra Portugal (alessandradf@ioc.fiocruz.br) on 2013-09-24T19:55:31Z No. of bitstreams: 1 EDNÉA OLIVEIRA DE ABREU.pdf: 1590342 bytes, checksum: 44ea9449e253c4217f2f2125f7a56bb5 (MD5) / Made available in DSpace on 2013-09-24T19:55:31Z (GMT). No. of bitstreams: 1 EDNÉA OLIVEIRA DE ABREU.pdf: 1590342 bytes, checksum: 44ea9449e253c4217f2f2125f7a56bb5 (MD5) Previous issue date: 2012 / Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Rio de Janeiro, RJ, Brasil / A galectina-3 (Gal-3), lec ctina solúvel ligante de ß-galactosídeos, é encontrada em diferentes compartimentos celulares, modulando diversos processos b biológicos, como proliferação e apoptose. No timo, órgão linfoide central onde aas células T se diferenciam, está presente e no córtex e na medula. Interage com gglicoproteínas de superfície celular e compponentes da matriz extracelular (ECM), influenciando a migração de timócitos, fu undamental para sua diferenciação, com ppropriedades de- adesivas. Em estudos pr révios, notamos uma acentuada diminuiçãão da massa e celularidade do timo de e animais deficientes para o gene da GGal-3 (Gal-3-/-). Considerando a capacidade e da Gal-3 em modular processos biológicos que podem estar envolvidos neste fenômen no, tivemos por objetivo avaliar fatores en nvolvidos com o processo de atrofia tímica oobservado na ausência de Gal-3. Primeirame ente, verificamos a possibilidade da Gal-3 modular a expressão dos genes StAR e CYP11A1, que codificam proteínas envollvidas na síntese de glicorticoides, hormôn nios capazes de causar atrofia tímica. Obsservamos aumento da expressão de StAR nna adrenal e de ambos os genes no timo do os animais Gal-3-/-, correlacionando com os m maiores níveis de corticosterona no soro e n no timo desses animais. Por citometria de fl luxo, analisamos possíveis alterações nas ssubpopulações de timócitos e não observa amos diferenças significativas nas porcentag gens de subpopulações de células definidas p pelos marcadores CD4 e CD8. Porém, ao analisarmos o subgrupo de células duplo--negativas (DN), demonstramos um aumen nto de timócitos DN1 e diminuição de DNN3, isolados de animais Gal-3-/-. Em núme eros absolutos observamos uma diminuição ssignificativa dos timócitos em todas as subp populações analisadas. Na análise das taxas d de morte celular, através da marcação por a anexina V, apesar de não haver diferença s significativa nos timócitos totais, houve aum mento de morte nos timócitos duplo-positivos (DP) de animais Gal-3-/-. Por outro lado, nna análise de proliferação espontânea por iincorporação de bromodeoxiuridina, observ vamos diminuição de proliferação nos timóci itos totais, sendo significativa nas células D DN, DP e simples-positivas (SP)CD4. A aná álise morfológica do timo de animais Gal-33-/-mostrou manutenção das regiões cortica ais e medulares, porém, observamos a preseença de estruturas semelhantes a corpúsculo os de Hassall na medula. Além disso, análiise por imunofluorescência revelou desorga anização da rede epitelial tímica desses anim mais, com detecção de extensas áreas sem c células epiteliais. Ao analisarmos a celularid dade de outros órgãos linfoides, observamoss diminuição no número de células totais da a medula óssea, baço e linfonodos mesentéric cos, mas não nos linfonodos subcutâneos. Em m conjunto, nossos dados sugerem que a Gal--3 contribui para a manutenção da homeosta ase do timo, modulando a diferenciação, prol liferação e morte de timócitos. / Galectin-3 (Gal-3), a sol b-galactoside-binding lectin, is fou nd at different luble usubcellular compartments s, modulating various biological proce esses, such as proliferation and apoptosis . In the thymus, the central lymphoid organ in which T cells differentiate, this lectin is ffound in the cortex and in the medulla. Gal--3 interacts with glycoproteins on the cell surface and in extracellular matrix compponents (ECM), influencing thymocyte mig gration, which is fundamental for their diffeerentiation, with de-adhesive properties. In p previous studies, we noted a serious decrease i in thymus weight and cellularity in Gal-3 defficient mice (Gal-3-/-). Considering Gal-3 abiility to modulate biological processes that ma ay be involved in this phenomenon, the aim off this project was to evaluate factors involved d in the process of thymic atrophy observed i in the absence of Gal-3. We first verified a p possible modulation in the expression of StAR R and CYP11A1 genes, which encode proteinns involved in the synthesis of glucocorticoid ds, hormones that can cause thymic atrophy, bby Gal-3. We observed an increase in the exp pression of StAR in the adrenal and of both h genes in the thymus of Gal-3-/-mice, corr relating with the increased levels of corticost terone in the serum and thymus of these animaals. We analyzed by flow cytometry possiblle alterations in thymocyte subpopulations and we did not observe significant differen nces in the percentages of cell subsets defin ned by CD4 and CD8. However, the analysiis of double-negative (DN) cells showed an iincrease of DN1 and a decrease in DN3 thym mocytes isolated from Gal-3-/-animals. In abso olute numbers we observed a significant decre ease in all thymocyte subpopulations analyzedd. In the analysis of cell death ratio by annexiin V labeling, although no significant differen nces were seen in total thymocytes, there wa as an increase in double-positive (DP) thym mocyte death in Gal-3-/-animals. On the other hand, the spontaneous proliferatioon analysis by bromodeoxyuridin incorpor ration showed a decrease in proliferation of t total thymocytes, being statistically signific cant in DN, DP and simple-positive (SP) )CD4 cells. The morphological analysis of tthe thymus of Gal-3-/-mice showed well defiined cortical and medullary regions, but we o observed the presence of structures similar to Hassall’s bodies in the medulla. Moreoverr, immunofluorescence analysis showed evvident epithelial network disorganization wi ith extensive TEC-free areas. We also analyzeed the cellularity of other lymphoid organs a and observed a decrease in the number of tot tal bone marrow, spleen and mesenteric lym mph node cells but not in subcutaneous lymp ph nodes. Taken together, our data sugges st that Gal-3 contributes to the maintena ance of thymus homeostasis, modulating thymocyte differentiation, proliferation aand cell death.

OBJETIVOS - Verificar o efeito do exercício agudo e da suplementação com PUFA n-3 sobre parâmetros de estresse oxidativo e inflamatórios em pacientes diabéticos tipo 2. DESENHO DA PESQUISA E MÉTODOS - Participaram do estudo 30 diabéticos tipo 2 sem complicações decorrentes da doença. Realizou-se coleta de sangue em jejum de 12 h e de urina para analises bioquímicas. Após foram submetidos a eletrocardiograma concomitante ao teste de cargas progressivas. Na semana seguinte foi realizado o 1º teste submáximo com coleta de sangue antes e após o exercício para analise de estresse oxidativo e proteína C reativa ultra-sensível (CRP-hs). Organizou-se aleatoriamente 2 grupos: placebo (recebeu cápsulas contendo gelatina) e PUFA n-3 (recebeu cápsulas ricas em ômega-3). Após período de suplementação de 8 semanas foi repetido o protocolo do teste submáximo. RESULTADOS - Não foram verificadas alterações significativas no HDL, LDL, COL, glicemia e HbA1C. Após o período de suplementação, o grupo PUFA n-3 reduziu significativamente os valores de triglicerídeos (p=0,005) e VLDL (p=0,003) e aumentou a capacidade antioxidante total (p=0,047) e a atividade da enzima superóxido dismutase (p=0,017). Não foram verificadas alterações nos marcadores de lipoperoxidação e ácido úrico. A CRP-hs aumentou após o exercício em ambos os grupos, e não alterou-se com a suplementação. CONCLUSÕES - Uma única sessão de exercício não foi capaz de gerar danos oxidativos, no entanto proporcionou aumento de CRP-hs. A suplementação com PUFA n-3 reduzir os níveis de triglicerídeos e aumentou as defesas antioxidantes sem alterar parâmetros oxidativos.

To date there has been limited empirical exploration of the utility of behavior report form’s embedded symptom validity scales. The purpose of this study was to address this by examining the Conners - Third Edition (Conners 3) Parent Report Form’s ability to detect purposeful exaggeration of symptoms of inattention, hyperactivity, and impulsivity in an effort to obtain a diagnosis of Attention-Deficit/Hyperactivity Disorder (ADHD). This was accomplished by using a malingering simulation experimental design whereby a group of parents, whose children did not have a diagnosis of ADHD, were entreated to simulate symptoms of ADHD on the Conners 3. Their simulated reports were then compared to the responses of parents whose children had a diagnosis of ADHD, as well as to the Conners 3’s normative sample. Results indicate that simulators, provided with information easily obtained from the internet and minimal coaching, were largely able to fabricate profiles indicative of ADHD. Furthermore, they were able to accomplish this ADHD without raising concern regarding the validity of the report based upon the Conners 3’s embedded symptom validity scales. While simulators did produce significantly more severe symptom elevations compared to the ADHD comparison group, their profiles were not so extreme as to aid in discriminating over-reporting. The ramification of these findings in the context of the need for stand-alone symptom validity testing is discussed.

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