Le gène HIC1 a été caractérisé comme un gène suppresseur de tumeur situé en 17p13.3, une région hyperméthylée ou délétée dans de nombreux cancers. HIC1 code un répresseur transcriptionnel caractérisé par plusieurs domaines fonctionnels. Au niveau de la région centrale, se retrouve un motif conservé MK314HEP important pour la répression des gènes cibles de HIC1 au sein duquel la Lysine 314 est soit SUMOylée soit acétylée. HIC1 est au centre de boucles de régulation complexes mettant en jeu le gène suppresseur de tumeurs TP53 et la désacétylase SIRT1. En réponse aux cassures double brin de l’ADN (DSBs) non réparables, HIC1 réprime l’expression de SIRT1 favorisant ainsi l’apoptose médiée par p53. De plus, dans ces conditions on observe une augmentation de la SUMOylation de la Lysine 314 de HIC1 de manière dépendante de la kinase ATM, ce qui favorise l’interaction avec le complexe répresseur NuRD. HIC1 joue également un rôle dans la réparation des DSBs. Nous avons montré que la SUMOylation de HIC1 n’était pas nécessaire pour la réparation des DSBs. Grâce à une analyse de protéomique, nous avons identifié un site potentiel de phosphorylation LS694QG par des kinases de la famille PIKK. Ainsi, nous avons montré dans des fibroblastes humains BJ-hTERT, que la protéine HIC1 est rapidement phosphorylée sur la Sérine 694 par la kinase ATM en réponse aux DSBs. De plus, par la technique de « Comet Assay » nous avons montré que cette phosphorylation est importante pour la réparation.HIC1 jouerait donc un double rôle dans la réponse aux dommages à l’ADN : soit il agirait en tant que répresseur transcriptionnel dans le cas de DSBs non réparables, soit il faciliterait la réparation des DSBs. / The tumor suppressor gene HIC1 is located in 17p13.3, a region frequently hypermethylated or deleted in many cancers. HIC1 encodes a transcriptional repressor characterized by several functional domains. In the central region, the conserved MK314HEP motif is an Acetylation/SUMOylation switch motif centered on K314 which regulates the recruitment of MTA1, a component of NuRD repressor complexes. A regulatory feedback loop between HIC1, SIRT1 and P53 has been described. HIC1 directly represses the transcription of SIRT1, thereby modulating P53-dependent DNA damage responses. Furthermore, after induction of non-repairable DSBs (DNA Double Strand Breaks), we observed a SUMOylation increase dependant on the ATM kinase. Moreover, HIC1 also plays an important role in the repair of DSBs. Furthermore, comet assays with a non SUMOylable HIC1 point mutant (E316A) demonstrated that SUMOylation of Lysine K314 is dispensable for DNA repair. In addition, upon induction of repairable DSBs, we have identified by proteomic analyses, a potential phosphorylation site “LS694QG” for the PIKK family kinases ATM and DNA-PKcs. Moreover, we have shown that HIC1 is rapidly phosphorylated by ATM upon DNA damage induction in normal human fibroblasts (BJ-hTert). Furthermore, comet assays with a non phosphorylable HIC1 point mutant have shown that this phosphorylation is very important for the contribution of HIC1 to the repair of DSBs. Thus, HIC1 plays different role during the DNA damage response to DNA double strand breaks depending on their intensity.

Le gène H19 est soumis à l’empreinte génomique parentale et ne code aucune protéine. Le produit de ce gène, le long ARN non codant (lncRNA) H19, agit en tant qu’ARN et est impliqué dans le développement embryonnaire ainsi que dans la tumorigenèse. Le lncRNA H19 est le précurseur du miR-675. Mes travaux de thèse ont permis d’identifier de nouveaux mécanismes impliqués dans la régulation de la tumorigenèse mammaire par le gène H19. Nous avons mis en évidence que le lncRNA H19 régule négativement la protéine p53 dans les cellules cancéreuses mammaires. Mes travaux ont démontré que le lncRNA H19 interagit physiquement avec la protéine p53 et MDM2 afin d’induire sa dégradation et empêcher sa translocation dans le noyau. Ce nouveau mode d’action d’H19 dans les cancers du sein pourrait expliquer le manque de pertinence clinique de l’étude du statut mutationnel de p53 par immunohistochimie dans ce cancer. J’ai également mis en évidence que non seulement le lncRNA H19 est impliqué dans la régulation des cellules souches cancéreuses, mais également le miR-675-5p. En effet, les tumeurs exprimant des signatures géniques associées aux marqueurs de cellules souches cancéreuses sont des tumeurs qui surexpriment le gène H19. De plus, la modulation de l’expression du lncRNA H19 et de son microARN régule les capacités fonctionnelles associées aux cellules souches cancéreuses mammaires. Pour finir, j’ai initié un projet permettant l’identification, sans a priori, des gènes cibles du lncRNA H19 et de son microARN dans les cellules cancéreuses mammaires. Pour conclure, j’ai mis en évidence l’implication du lncRNA H19 et du miR-675-5p dans différents processus impliqués dans la tumorigenèse mammaire. / The H19 gene is subject to genomic imprinting and does not encode protein. The product of this gene, the long non coding RNA (lncRNA) H19, act as an RNA and is involved in development and the tumorigenesis. The H19 RNA is the precursor of miR-675. My thesis work identified new mechanism involved in the regulation of breast tumorigenesis by H19. We have demonstrated that the lncRNA H19 negatively regulates the p53 protein in breast cancer cell lines. My work revealed that H19 interacts with p53 and MDM2 to induce the degradation of p53 and impedes its nuclear localization. This new mechanism of H19 in breast cancer could explain the lack of clinical relevance of the p53 mutational state measured by immunohistochemistry in breast cancer. My work also revealed that not only the lncRNA H19 is involved in the regulation of breast cancer stem cells but also the miR-675-5p. Indeed, we have shown a correlation between overexpression of H19 and expression of a cancer stem cell phenotype in patient tumors. Furthermore, the modulation of H19 or miR-675 expression regulates the functional capacities associated with breast cancer stem cells. I also initiated a project that will allow the identification of H19 and miR-675 target genes in breast cancer cell lines. To conclude, I highlighted the implication of the lncRNA H19 and miR-675 in different process involved in breast cancer tumorigenesis.

Regulator of Chromatin Condensation 1 (RCC1) is the only known guanine nucleotide exchange factor that acts on the Ras-like G protein Ran and plays a key role in cell cycle regulation. Although there is growing evidence to support the relationship between RCC1 and cancer, detailed pancancer analyses have not yet been performed. In this genome database study, based on The Cancer Genome Atlas, Genotype-Tissue Expression and Gene Expression Omnibus databases, the potential role of RCC1 in 33 tumors’ entities was explored. The results show that RCC1 is highly expressed in most human malignant neoplasms in contrast to healthy tissues. RCC1 expression is closely related to the prognosis of a broad variety of tumor patients. Enrichment analysis showed that some tumor-related pathways such as “cell cycle” and “RNA transport” were involved in the functional mechanism of RCC1. In particular, the conducted analysis reveals the relation of RCC1 to multiple immune checkpoint genes and suggests that the regulation of RCC1 is closely related to tumor infiltration of cancer-associated fibroblasts and CD8+ T cells. Coherent data demonstrate the association of RCC1 with the tumor mutation burden and microsatellite instability in various tumors. These findings provide new insights into the role of RCC1 in oncogenesis and tumor immunology in various tumors and indicate its potential as marker for therapy prognosis and targeted treatment strategies.

Melanocytic neoplasms have been genetically characterized in detail during the last decade. Recurrent CTNNB1 exon 3 mutations have been recognized in the distinct group of melanocytic tumors showing deep penetrating nevus-like morphology. In addition, they have been identified in 1–2% of advanced melanoma. Performing a detailed genetic analysis of difficult-to-classify nevi and melanomas with CTNNB1 mutations, we found that benign tumors (nevi) show characteristic morphological, genetic and epigenetic traits, which distinguish them from other nevi and melanoma. Malignant CTNNB1-mutant tumors (melanomas) demonstrated a different genetic profile, instead grouping clearly with other non-CTNNB1 melanomas in methylation assays. To further evaluate the role of CTNNB1 mutations in melanoma, we assessed a large cohort of clinically sequenced melanomas, identifying 38 tumors with CTNNB1 exon 3 mutations, including recurrent S45 (n = 13, 34%), G34 (n = 5, 13%), and S27 (n = 5, 13%) mutations. Locations and histological subtype of CTNNB1-mutated melanoma varied; none were reported as showing deep penetrating nevus-like morphology. The most frequent concurrent activating mutations were BRAF V600 (n = 21, 55%) and NRAS Q61 (n = 13, 34%). In our cohort, four of seven (58%) and one of nine (11%) patients treated with targeted therapy (BRAF and MEK Inhibitors) or immune-checkpoint therapy, respectively, showed disease control (partial response or stable disease). In summary, CTNNB1 mutations are associated with a unique melanocytic tumor type in benign tumors (nevi), which can be applied in a diagnostic setting. In advanced disease, no clear characteristics distinguishing CTNNB1-mutant from other melanomas were observed; however, studies of larger, optimally prospective, cohorts are warranted.

Metabolic alterations in hepatocellular carcinoma (HCC) are fundamental for the development of diagnostic screening and therapeutic intervention since energy metabolism plays a central role in differentiated hepatocytes. In HCC research, hepatoma cell lines (HCLs) like HepG2 and Huh7 cells are still the gold standard. In this study, we characterized the metabolic profiles of primary human hepatoma cells (PHCs), HCLs and primary human hepatocytes (PHHs) to determine their differentiation states. PHCs and PHHs (HCC-PHHs) were isolated from surgical specimens of HCC patients and their energy metabolism was compared to PHHs from non-HCC patients and the HepG2 and Huh7 cells at different levels (transcript, protein, function). Our analyses showed successful isolation of PHCs with a purity of 50–73% (CK18+). The transcript data revealed that changes in mRNA expression levels had already occurred in HCC-PHHs. While many genes were overexpressed in PHCs and HCC-PHHs, the changes were mostly not translated to the protein level. Downregulated metabolic key players of PHCs revealed a correlation with malign transformation and were predominantly pronounced in multilocular HCC. Therefore, HCLs failed to reflect these expression patterns of PHCs at the transcript and protein levels. The metabolic characteristics of PHCs are closer to those of HCC-PHHs than to HCLs. This should be taken into account for future optimized tumor metabolism research.

To optimize neoadjuvant radiochemotherapy of pancreatic ductal adenocarcinoma (PDAC), the value of new irradiation modalities such as proton therapy needs to be investigated in relevant preclinical models. We studied individual treatment responses to RCT using patient-derived PDAC organoids (PDO). Four PDO lines were treated with gemcitabine, 5-fluorouracile (5FU), photon and proton irradiation and combined RCT. Therapy response was subsequently measured via viability assays. In addition, treatment-naive PDOs were characterized via whole exome sequencing and tumorigenicity was investigated in NMRI Foxn1nu/nu mice. We found a mutational pattern containing common mutations associated with PDAC within the PDOs. Although we could unravel potential complications of the viability assay for PDOs in radiobiology, distinct synergistic effects of gemcitabine and 5FU with proton irradiation were observed in two PDO lines that may lead to further mechanistical studies. We could demonstrate that PDOs are a powerful tool for translational proton radiation research.

In breast cancer, the genetic profiling of circulating cell-free DNA (cfDNA) from blood plasma was shown to have good potential for clinical use. In contrast, only a few studies were performed investigating urinary cfDNA. In this pilot study, we analyzed plasma-derived and matching urinary cfDNA samples obtained from 15 presurgical triple-negative breast cancer patients. We used a targeted next-generation sequencing approach to identify and compare genetic alterations in both body fluids. The cfDNA concentration was higher in urine compared to plasma, but there was no significant correlation between matched samples. Bioinformatical analysis revealed a total of 3339 somatic breast-cancer-related variants (VAF ≥ 3%), whereof 1222 vs. 2117 variants were found in plasma-derived vs. urinary cfDNA, respectively. Further, 431 shared variants were found in both body fluids. Throughout the cohort, the recovery rate of plasma-derived mutations in matching urinary cfDNA was 47% and even 63% for pathogenic variants only. The most frequently occurring pathogenic and likely pathogenic mutated genes were NF1, CHEK2, KMT2C and PTEN in both body fluids. Notably, a pathogenic CHEK2 (T519M) variant was found in all 30 samples. Taken together, our results indicated that body fluids appear to be valuable sources bearing complementary information regarding the genetic tumor profile.

L’impact de l’environnement dans le développement de certaines pathologies est avéré bien qu’il soit difficile à évaluer. L’Homme est chroniquement exposé à des cocktails de xénobiotiques -des molécules étrangères à l’organisme- dont la nature, la concentration et les interactions sont variables avec des effets néfastes ou bénéfiques pour la santé humaine. Parmi ceux-ci, les polluants environnementaux jouent un rôle non négligeable dans l’apparition de certains cancers. Au contraire, des molécules naturelles comme le resvératrol, possède des propriétés anti-cancéreuses. Au cours de la cancérogenèse, les cellules tumorales acquièrent un phénotype métabolique réversible caractérisé par une glycolyse et une production de lactate élevées en présence ou non d’oxygène (effet Warburg). La flexibilité du métabolisme permet aux cellules cancéreuses d’assurer des niveaux d’énergie et de métabolites et de co-facteurs suffisants pour maintenir leur phénotype tumoral dans un microenvironnement qui fluctue. Dans cette étude, les effets de différents xénobiotiques seuls ou en mélange ont été évalués sur la progression du phénotype tumoral dans des cellules tumorales humaines. Dans une 1ère partie, les effets de 2 polluants organiques persistants agissant via des voies de signalisation différentes, la tétrachlorodibenzo-para-dioxine (TCDD) et l’a-endosulfan, un pesticide organochloré, ont été étudiés, seuls ou en mélange, sur le phénotype tumoral des cellules tumorales coliques humaines (Caco2). Nous avons montré que la TCDD (25 nM) et l’a-endosulfan (10µM) diminuent les capacités oxydatives des cellules tumorales. Cet effet est plus marqué lorsque les cellules sont exposées au mélange des 2 polluants, suggérant un effet synergique. Ces altérations sont associées à une diminution drastique de la respiration mitochondriale, corrélée à une forte réduction de l’activité du complexe I de la chaine respiratoire des mitochondries. Ces observations sont en partie liées à une diminution de l’expression de NDUFS3, l’une des sous unité du complexe I. Parallèlement, nous avons mis en évidence que l’exposition aux polluants entraine l’engagement des cellules tumorales vers une transition épithélio-mésenchymateuse (EMT). Ces données suggèrent que les polluants favorisent la progression tumorale en altérant le métabolisme énergétique des cellules tumorales coliques humaines et en favorisant la mise en place d’une EMT. Le lien entre ces 2 processus ainsi que les voies de signalisation impliquées restent à élucider. Dans une 2ème partie, nous avons évalué les effets du resvératrol (RSV), un composé naturel présent entre autre dans le vin, sur sur la progression du phénotype tumoral. Ce polyphénol a été largement décrit pour ses effets bénéfiques sur le cancer et pour ses capacités à modifier le métabolisme, notamment en mimant la restriction calorique. Nous avons montré que le RSV, à une concentration proche des doses sériques mesurées chez l’Homme (10 µM), diminue la prolifération cellulaire sans affecter la viabilité. Le RSV réoriente le métabolisme énergétique des cellules tumorales en augmentant leurs capacités oxydatives et en diminuant leurs capacités glycolytiques et l’activité de la voie des pentoses phosphates. Nous avons identifié le complexe pyruvate déshydrogénase comme une cible du RSV, mis en évidence que le calcium est impliqué dans cette régulation et que les effets métaboliques induits par le RSV sont relayés en partie par la voie CamKKß/AMPK. L’ensemble de ces résultats démontre que l’environnement, via les xénobiotiques, peut moduler le phénotype tumoral, et que le métabolisme tumoral, en raison de son extrême flexibilité, est une cible majeure de ces modulations. / The impact of the environment in the development of several human diseases is well established but difficult to evaluate. Humans are chronically exposed to xenobiotics mixture - foreign chemicals substances which are not normally present within the organism – with different nature, concentration and interactions leading to deleterious or beneficial effects on human health. Among these xenobiotics, environmental pollutants play a significant role in the development of some cancers. On the contrary, a natural molecule like resveratrol has anti-cancer properties. During carcinogenesis, tumor cells acquire a reversible metabolic phenotype characterized by a high glycolysis and a massive lactate production with or without oxygen (Warburg effect). The flexibility of the metabolism allows cancer cells to provide sufficient levels of energy, metabolites and cofactors to maintain their tumor phenotype in a fluctuating microenvironment. In this study, the effects of several xenobiotics alone or in a mixture were assessed on human cancer cell progression. In the first part, the effects of 2 persistent organic pollutants acting by different signaling pathways, tetrachlorodibenzo-para-dioxin (TCDD) and a-endosulfan, an organochlorine pesticide, were studied alone or in a mixture, on human colonic cancer cells (Caco2) progression. We have shown that TCDD (25 nM) and a-endosulfan (10µM) decrease the oxidative capacity of tumor cells. This effect is more pronounced when cells are exposed to the mixture, suggesting a synergistic effect. These alterations are associated with a drastic decrease in mitochondrial respiration, correlated with a strong reduction in the activity of the mitochondrial respiratory chain complex I. These observations are in part linked to a decrease of NDUFS3 gene expression, one of the subunit of the complex I. We have also found that the dysregulation of tumor cell metabolism was associated with an epithelial-mesenchymal transition (EMT). Our data show that pollutants strengthen the Warburg effect associated with an EMT, which suggests that the pollutants affect the progression of the tumor phenotype. The signaling pathways involved in these observations are under investigation. In the second part, we assessed the effects of resveratrol (RSV), a natural compound present among other in wine, on cancer cell progression. This polyphenol has been widely described for its benefits on cancer and its ability to mimic caloric restriction. We have shown that the RSV, with a close concentration of serum doses measured in humans (10 µM), decreases cell proliferation without modulate cell viability. RSV redirects the energy metabolism of tumor cells by increasing their oxidative capacity, decreasing their glycolytic capacity and reducing the activity of the pentose phosphate pathway. We have identified the complex pyruvate dehydrogenase as a target of the RSV and highlighted that the calcium is involved in the regulation of PDH activity. We have also shown that the RSV induces its metabolic effects in part through CamKKß/AMPK signaling pathway. These results demonstrate that the xenobiotics can modulate tumor phenotype, and tumor metabolism, because of its extreme flexibility, is a major target of these modulations.

Le cortex surrénalien produit des hormones stéroïdes, principalement le cortisol, l’aldostérone et des androgènes. Le cortex surrénalien peut être le siège de tumeurs –adénomes ou cancers-, hyperplasies et dysplasies. Ces lésions sont dans leur grande majorité bénignes. Elles peuvent être associés à une hypersécrétion d’hormone stéroïde, le plus souvent de cortisol (syndrome de Cushing) ou d’aldostérone. Il existe aussi des tumeurs non sécrétantes. Si des classifications moléculaires ont été établies pour les carcinomes, à ce jour il n’existe pas de classification pangénomique des tumeurs bénignes corticosurrénaliennes, qui pourrait renseigner sur les mécanismes de sécrétion autonome et de prolifération de ces lésions. Enfin le déterminisme génétique des dysplasies et hyperplasies n’est que partiellement connu. Au cours de ma thèse, j’ai pu analyser un jeu de données « omics » complet des lésions bénignes corticosurrénaliennes pour plus d’une centaine d’échantillons, incluant du séquençage haut-débit (exome/ciblé pour les mutations, RNA-seq pour l’analyse des microARNs), des puces transcriptome et méthylome, et des puces SNP pour la recherche d’altérations chromosomiques. J’ai pu identifier une classification moléculaire pangénomique relativement convergente entre les différentes « omics », qui concorde avec les types tumoraux et sécrétoires, mais identifie également des sous-groupes nouveaux au sein de ces lésions. Il ressort notamment que les mutations dans ces lésions sont des déterminants essentiels de la classification moléculaire. Ainsi sont regroupées les lésions selon la voie de signalisation ou le gène altéré, notamment la voie PKA/AMPc pour les lésions produisant du cortisol, la voie Wnt/beta-caténine pour les adénomes ne sécrétant pas ou peu de cortisol, et ARMC5 pour un sous-groupe d’hyperplasies macronodulaires. Ces groupes très distincts contiennent également des lésions sans mutation identifiée, avec vraisemblablement des mécanismes alternatifs d’altération de ces voies de signalisation. Dans le groupe des hyperplasies macronodulaires mutées ARMC5, la comparaison avec l’ensemble des autres lésions bénignes fait ressortir une signature d’expression ovarienne forte, marquée par l’expression de FOXL2 et de ses cibles CYP19A1 et PTHLH. Cette marque de différentiation spécifiquement gonadique au sein de la surrénale fait discuter une anomalie de développement. Cette analyse génomique intégrée identifie également des altérations épigénétiques de la stéroïdogenèse. Notamment les tumeurs sécrétant beaucoup de cortisol sont globalement hyperméthylées dans leurs îlots CpG. Par ailleurs l’hyperméthylation de CYP21A2 est vraisemblablement un mécanisme de déficits en 21-hydroxylase intratumoral. Des signatures de miRNA semblent également avoir un impact sur la stéroïdogenèse. Au cours de ma thèse j’ai également analysé l’exome des hyperplasies macronodulaires non mutées ARMC5. Je n’ai pas identifié de nouvelle mutation somatique récurrente. Au niveau de l’exome germinal, j’ai identifié plusieurs gènes candidats récurrents, qui ouvrent la voie à des analyses génétiques (extension de cohorte) et de biologie cellulaire complémentaires. Ce travail est la première caractérisation génomique d’envergure des lésions bénignes de la corticosurrénale. Même si tous les mécanismes ne sont pas élucidés dans le détail, ces données représentent une ressource importante pour orienter les recherches à venir dans la tumorigenèse surrénalienne bénigne et la stéroïdogenèse. / The adrenal cortex produces steroid hormones, mainly cortisol, aldosterone and androgens. The adrenal cortex can be the site of tumors - adenomas or cancers -, hyperplasias and dysplasias. These lesions are in their great majority benign. They may be associated with hypersecretion of steroid hormone, most commonly cortisol (Cushing's syndrome) or aldosterone. There are also non-secreting tumors. Although molecular classifications have been established for carcinomas, to date there is no genome-wide classification of benign adrenocortical tumors, which could provide information on the mechanisms of autonomic secretion and proliferation of these lesions. Finally, the genetic determinism of dysplasia and hyperplasia is only partially known. During my thesis, I analyzed a complete "omics" dataset of benign adrenocortical lesions for more than a hundred samples, including high-throughput sequencing (exome / targeted for mutations, RNA-seq for microRNA analysis), transcriptome and methylome microarrays, and SNP microarrays for chromosomal alterations. I was able to identify a relatively convergent genome-wide molecular classification between the different "omics", which is consistent with the tumor and secretory types, but also identifies new subgroups within these lesions. In particular, it appears that mutations in these lesions are essential determinants of molecular classification. Thus, the lesions are grouped according to the signaling pathway or the altered gene, in particular the PKA / cAMP pathway for lesions producing cortisol, the Wnt / beta-catenin pathway for adenomas that do not secrete little or no cortisol, and ARMC5 for a subgroup of macronodular hyperplasia. These very distinct groups also contain lesions with no identified mutation, presumably with alternative mechanisms of alteration of these signaling pathways. In the group of ARMC5 mutated macronodular hyperplasia, the comparison with all other benign lesions shows a strong ovarian expression signature, marked by the expression of FOXL2 and its targets CYP19A1 and PTHLH. This mark of specifically gonadal differentiation in the adrenal gland causes a development anomaly to be discussed. This integrated genomic analysis also identifies epigenetic alterations of steroidogenesis. In particular, tumors secreting a lot of cortisol are globally hypermethylated in their CpG islands. In addition, hypermethylation of CYP21A2 is probably a mechanism of intratumoral 21-hydroxylase deficiency. MiRNA signatures also appear to have an impact on steroidogenesis. During my thesis I also analyzed the exome of unmutated macronodular hyperplasia ARMC5. I did not identify a new recurrent somatic mutation. At the level of the germinal exome, I identified several recurrent candidate genes, which open the way for complementary genetic analyzes (cohort extension) and cell biology. This work is the first major genomic characterization of benign lesions of the adrenal cortex. Although not all mechanisms are fully elucidated, these data represent an important resource for guiding future research into benign adrenal tumorigenesis and steroidogenesis.

Σκοπός της παρούσας εργασίας ήταν η μελέτη της έκφρασης των γονιδίων NFY-C και RORA σε αδενοκαρκινώματα παχέος εντέρου και η σχέση της έκφρασης του NFY-C με την κατάσταση του γονιδίου p53. Η NFY-C πρωτεΐνη είναι μια από τις τρεις υπομονάδες του μεταγραφικού παράγοντα NFY, ο οποίος προσδένεται στους υποκινητές πολλών ευκαρυωτικών γονιδίων, περιλαμβανομένων γονιδίων που σχετίζονται με τον κυτταρικό κύκλο, επάγοντας τη μεταγραφή τους. Η ογκοκατασταλτική πρωτεΐνη p53 συνδέεται με τον NFY για τη μεταγραφή γονιδίων. Η πρωτεΐνη RORA είναι ένας υποδοχέας στεροειδών ορμονών, ο οποίος εμπλέκεται σε μια σειρά κυτταρικών διαδικασιών. Στην παρούσα μελέτη προσδιορίστηκαν τα επίπεδα mRNA του NFY-C και του RORA με ποσοτική RT-PCR σε 81 δείγματα καρκινικού ιστού παχέος εντέρου και 53 δείγματα φυσιολογικού ιστού παχέος εντέρου από ασθενείς με αδενοκαρκίνωμα παχέος εντέρου και διερευνήθηκε η σχέση τους με τα κλινικοπαθολογικά χαρακτηριστικά των ασθενών. Η πρωτεϊνική έκφραση του NFY-C προσδιορίστηκε με ανοσοϊστοχημεία σε 92 δείγματα νεοπλασματικού ιστού και 36 δείγματα φυσιολογικού ιστού παχέος εντέρου. Η κατάσταση των εξωνίων 5, 6, 7 και 8 του γονιδίου p53 προσδιορίστηκε με τη μέθοδο PCR-SSCP. Τα επίπεδα mRNA και πρωτεΐνης του NFY-C ήταν αυξημένα στους καρκινικούς ιστούς σε σχέση με τους φυσιολογικούς και διέφεραν ανάμεσα σε όγκους διαφορετικής εντόπισης. Τα υψηλά επίπεδα mRNA του NFY-C σχετίστηκαν με μεγαλύτερο ελεύθερο νόσου διάστημα (TTP) σε ασθενείς σταδίου Β. Η NFY-C πρωτεΐνη εντοπίστηκε μόνο στο κυτταρόπλασμα του κυττάρου και όχι στον πυρήνα και η έκφρασή της διέφερε ανάμεσα σε όγκους διαφορετικού σταδίου. Τα επίπεδα mRNA του RORA ήταν μειωμένα στους καρκινικούς ιστούς σε σχέση με τους φυσιολογικούς και διέφεραν ανάμεσα σε όγκους διαφορετικής εντόπισης. Η πρωτεϊνική έκφραση του NFY-C σχετίζεται με την κατάσταση του p53 ως προς την επιβίωση των ασθενών και το TTP. Συμπερασματικά, οι διαφορές έκφρασης των μορίων NFY-C και RORA υποδηλώνουν έναν πιθανό ρόλο στην καρκινογένεση του παχέος εντέρου. / The aim of the current study was to evaluate NFY-C and RORA expression and investigate the correlation of NFY-C expression with p53 status in patients with colorectal carcinoma. NFY-C protein is one of the three subunits of nuclear factor Y, which binds to the promoters of many eucaryotic genes, including cell cycle – related genes, inducing their transcription. p53 tumor supressor protein binds to NFY and induce gene expression. RORA protein is a steroid hormone receptor, which is implicated in many cellular processes. In the current study NFY-C and RORA mRNA levels were evaluated by quantitative RT-PCR in 81 neoplastic colorectal tissue specimens and 53 normal tissue specimens from patients with colorectal adenocarcinoma and were analysed in relation to clinicopathological parameters of the patients. Protein expression of NFY-C was assessed by immunochemistry in 92 malignant and 36 normal samples from patients with colorectal adenocarcinoma. p53 status of the exons 5, 6, 7 and 8 was detected using PCR-SSCP method. NFY-C mRNA and protein levels were elevated in malignant tissues compared to normal tissues and were related to the primary site of the tumor. Elevated mRNA levels of NFYC of stage B patients were significantly correlated with time to disease progression. NFY-C protein was detected only in the cytoplasm and not in the nucleus and its expression was correlated with the stage of the disease. RORA mRNA levels were decreased in normal tissues compared to malignant tissues and were related to the primary site. Protein expression of NFY-C in combination with p53 status is associated with overall survival and time to disease progression of the patients. In conclusion, the differential expression of NFY-C and RORA indicates a possible role for these molecules in colon carcinogenesis.