L’initiation de la traduction est un processus complexe qui fait intervenir une douzaine de facteurs d’initiation. L’élément clef de ce mécanisme est le facteur eIF4E qui grâce à sa liaison avec la coiffe, recrute l’ensemble du complexe d’initiation au niveau de l’ARNm et permet l’assemblage du ribosome au voisinage du codon d’initiation. Chez Arabidopsis thaliana, il existe à coté de la protéine eIF4E, une isoforme : eIF(iso)4E. Ces deux protéines participent à l’initiation de la traduction. L’existence de ces deux protéines évoque un phénomène de redondance fonctionnelle qui est attestée par la létalité du double mutant alors que les simples mutants sont viables. Cependant, l’étude phénotypique de mutants pour les gènes eIF4E et eIF(iso)4E a permis de montrer que cette redondance est partielle et inégale. En effet, les mutants pour le gène eIF4E présentent un retard de croissance, un retard de floraison, une baisse de la fertilité, une sénescence précoce et une activité traductionnelle réduite. Inversement, le phénotype des plantes mutantes pour le gène eIF(iso)4E est comparable à celui du sauvage. Les mutations dans les gènes eIF4E et eIF(iso)4E induisent une hypersensibilité à la lumière Enfin, en présence d’un inhibiteur de TOR la croissance de la racine des plantes de la lignée mutante pour le gène eIF(iso)4E est moins inhibée que celle des plantes de la lignée sauvage. / More than 12 initiation factors are involved in eukaryotic translation initiation. The key step of this mechanism is the binding of eIF4E with the cap of the mRNA. This step allows the recruitment of the initiation complex and the assembly of the ribosome close to the start codon. Arabidopsis thaliana encodes a second eIF4E protein: eIF(iso)4E. Those two proteins perform translation initiation. The existence of those two proteins suggests that they may be functionally redundant. Double mutant lethality testifies for functional redundancy. However, phenotypic studies of mutant lines for gene eIF4E and eIF(iso)4E showed that redundancy is partial and unequal. Indeed, the eIF4E mutant lines exhibit growth delay in rosette and roots, bolting delay, impaired fertility and early senescence in leaves. Translational activity is also largely impaired. On the contrary, a mutant line for the eIF(iso)4E gene has the same phenotype as wild type line. Mutant lines for eIF4E and eIF(iso)4E are more sensitive to light and accumulate anthocyanins even in normal light. On the molecular level, the amounts of mRNA of genes that are involved in high light response and their association to polysomes increase. When plants are grown on media containing a TOR inhibitor, AZD-8055, plants of the eIF(iso)4E mutant line show less root growth inhibition compared to wild type and eIF4E mutant lines. This result suggests that eIF(iso)4E could be targeted by the TOR pathway.

Malgré l’importance agronomique des cucurbitacées au Venezuela et le fort impact des maladies virales sur la production, le pathosystème viral y a été peu étudié. Cinq virus ont été décrits par des travaux souvent anciens: le cucumovirus Cucumber mosaic virus (CMV), les potyvirus Papaya ringspot virus (PRSV), Zucchini yellow mosaic virus (ZYMV) et Watermelon mosaic virus (WMV), le comovirus Squash mosaic virus (SqMV), et un begomovirus partiellement caractérisé, le Melon chlorotic mosaic virus (MeCMV). Pour lutter contre ces agents pathogènes, il est nécessaire de bien connaître le pathosystème viral présent localement. Nous avons donc caractérisé les principaux virus provoquant des maladies sur ces cultures dans le pays, en vue de comprendre l’évolution du pathosystème et de développer des méthodes de lutte adaptées. Nos études épidémiologiques ont montré que le begomovirus MeCMV représente la principale menace sur melon et pastèque, les potyvirus ZYMV et PRSV étant la principale menace sur courge. Les isolats Vénézuéliens de ZYMV se sont révélés génétiquement homogènes et biologiquement très variables comme cela a été observé dans d'autres régions du monde. La résistance au ZYMV conférée par le gène Zym chez le melon PI 414723 est surmontée par certains isolats, alors que le concombre TGM représente une source stable de résistance au ZYMV. Les types W et P de PRSV sont présents au Venezuela, mais seul le PRSV-W été trouvé sur cucurbitacées cultivées et sauvages. Une autre souche virale, initialement appelée PRSV-T et détectée au Venezuela, constitue une espèce différente du PRSV d’après ses propriétés moléculaires et biologiques établies dans ce travail. / In Venezuela, cucurbits viruses are among de major constraints for cucurbit production. Five viruses have been described infecting cucurbits in the country: Cucumber mosaic virus (CMV, Cucumovirus), Papaya ringspot virus (PRSV, Potyvirus), Zucchini yellow mosaic virus (ZYMV, Potyvirus), Squash mosaic virus (SqMV, Comovirus), and Melon chlorotic mosaic virus (MeCMV, Begomovirus).The current frequency and impact of these viruses is Venezuela is not well known. In this work, the major cucurbit viruses were identified and characterized in order to estimate the viral pathosystem affecting cucurbit production in the country. The begomovirus MeCMV appears to be the major constraint for melon and watermelon production, while the potyviruses ZYMV and PRSV were the most important viruses infecting squash crops in this survey. Molecular characterisation of ZYMV isolates revealed a low genetic diversity of this virus in Venezuela. In contrast, ZYMV isolates were biologically variable as observed in several countries worldwide. Two types of PRSV, P and W, are present in Venezuela. PRSV-W is the only type naturally infecting cucurbits in Venezuela. Another type of PRSV, formerly referred as PRSV-T, was detected. Its molecular and biological characterisation revealed that it is indeed a new species related to but distinct from PRSV. Therefore, the name zucchini tigré mosaic virus (ZTMV) is proposed for this virus.

La capacité des microalgues à accumuler des quantités importantes de lipides de réserve font de ces organismes de bons candidats pour envisager une production durable de biocarburants (biodiesel). Cependant, des verrous d’ordre technologique et biologique persistent avant d’atteindre une production économiquement viable. Dans le but de mieux comprendre les mécanismes et biosynthèse et d’accumulation des lipides chez les microalgues et de proposer des voies d’amélioration biotechnologiques, nous avons développé deux approches expérimentales complémentaires en utilisant la microalgue Chlamydomonas reinhardtii comme modèle. La première a été de caractériser par des techniques de protéomique et de lipidomique la composition des gouttelettes lipidiques s’accumulant en réponse à une carence en azote. Les données de protéomique nous ont permis de montrer que les gouttelettes lipidiques étaient des structures cellulaires dynamiques impliquées non seulement dans le stockage, mais aussi dans la biosynthèse, la remobilisation et le « trafficking » des lipides. Les protéines identifiées au cours de cette étude nous fournissent des gènes cibles d’intérêt pour mieux comprendre les voies de biosynthèse des triacylglycérols et accroître l’accumulation d’huile. La seconde approche, de génétique formelle, a consisté à rechercher puis à caractériser des mutants isolés à partir d’une banque de mutants d’insertion de C. reinhardtii. Deux mutants d’intérêt, l’un affecté dans la composition en acides gras (crfad7) et l’autre capable d’accumuler des lipides en l’absence de stress (coa1, pour constitutive oil accumulator 1), ont été isolés. / The ability of microalgae to accumulate high amounts of reserve lipids makes these organisms good candidates for the production of sustainable biofuel (biodiesel). However, both technological and biological bottlenecks remain to be overcome before profitable production is reached. With the aim to better understand lipid metabolic pathways in microalgae and further propose new strategies for biotechnological improvement, we have developed two complementary experimental approaches in the model microalga Chlamydomonas reinhardtii. As a first approach, we performed a proteomic and lipidomic characterization of oil bodies isolated from nitrogen-deprived cells. Based on proteomic data, we have concluded that oil bodies are dynamic structures involved not only in the storage, but also in oil biosynthesis, degradation and lipid homeostasis. The proteins identified in this study should provide useful targets for genetic studies aiming at increasing our understanding of triacylglycerol synthesis and further improve intracellular oil accumulation. The second approach, based on the development of a forward genetic screen, aimed at searching and further characterizing mutants isolated from a C. reinhardtii insertion library. Two mutants of interest, one affected in the fatty acid composition (crfad7), the other (coa1, for constitutive oil accumulator 1) able to accumulate reserve lipids in the absence of stress, have been isolated. The crfad7 mutant, affected in the expression of the unique ω3 fatty acid desaturase present in the C. reinhardtii genome, has been complemented and subjected to extensive phenotypical characterization.

La variété des climats et des sols du Brésil assure une production de fruits diversifiée au cours de toutes les saisons de l'année. Ainsi, le pays gagne en importance dans le domaine de l'horticulture. Le fruit de la passion est un fruit dont la production s’est développée au cours des dernières années dans et hors du pays en raison de l'augmentation de la consommation de fruits frais et de produits dérivés de la pulpe. Pour le meilleur usage des fruits, il est nécessaire de connaître les principaux paramètres de qualité. Les fruits sont des produits hautement périssables et dont le métabolisme se poursuit après la récolte. Il est donc important de pouvoir proposer des méthodes permettant un contrôle rapide et efficace, afin de les qualifier de manière plus précise, que ce soit pour la consommation, l'exportation ou la transformation. Les méthodes traditionnelles utilisées pour déterminer les paramètres de qualité des fruits sont essentielles pour la prévision des rendements potentiels dans les procédés industriels et également dans l'établissement de la valeur commerciale du fruit, cependant, elles sont coûteuses, souvent longues, demandent une main d’œuvre formée et sont en règle généralement destructrices. En ce sens, l’objectif de cette étude était de vérifier l'efficacité de l'application de spectroscopie dans les gammes du proche et du moyen infrarouge associée à une calibration multivariée pour déterminer les paramètres de qualité des fruits passion intacts, ainsi que des pulpes fraîches et lyophilisées. Les méthodes multivariées utilisées ont été l’analyse en composantes principales (ACP) et la régression linéaire par la méthode des moindres carrés partiels («partial least squares» ou PLS). Les paramètres de qualité analysés ont été les concentrations en sucres simples, les solides solubles totaux (°Brix), l’acidité totale, les concentrations des principaux acides organiques, la teneur en vitamine C et en caroténoïdes. Une faible corrélation a été obtenue entre les valeurs de référence et les valeurs calculées à partir des modèles PLS pour déterminer les concentrations des paramètres de la qualité du fruit intact. Par contre des prédictions satisfaisantes ont été obtenues à partir des spectres moyen-Infrarouge de la pulpe pour la détermination des concentrations en glucose, fructose, saccharose, AT et SSC. La région du proche infrarouge a donné des résultats moins bons à cause de la prédominance des bandes d'absorption de l'eau dans cette région. Par ailleurs, des modèles multivariés développés pour prédire les paramètres de qualité de la pulpe lyophilisée ont donné d'excellents résultats en particulier dans la région du moyen infrarouge pour le glucose (R2V = 0,938), le fructose (R2V = 0,907), le saccharose (R2V = 0,921) et l'acide citrique (R2V = 0,918). Les résultats pour l'acide malique et les caroténoïdes ne sont satisfaisants pour aucune des deux régions, probablement à cause des faibles concentrations de ces composés. Il a été constaté que: i) il est plus diffiicle d’obenir des équations de prédiction pour les composés en faible concentration; ii) le rayonnement infrarouge pénètre peu dans les fruits (quelques mm), et donc l’existence d’un épiderme épais constitue un obstacle à l'utilisation de cette technique, et iii) l'interférence de l'eau dans l'identification des bandes et des groupes spécifiques a été significative, à cause de la haute teneur en humidité des fruits. La région du moyen infrarouge semble mieux appropriée pour prédire la concentration des paramètres de qualité que le proche infrarouge. Les meilleurs résultats ont été obtenus en utilisant la gamme du moyen infrarouge et de la pulpe fraîche, de bonnes corrélations pouvant être obtenues sans l'étape de lyophilisation de la pulpe / Climate and soil variety of Brazil ensures a diversified fruit production during all seasons. Thus the country is gaining prominence in the orcharding field. Passion fruit is a fruit that stood out in recent years internally and out of the country due to the increased consumption of fresh fruit and products derived from the pulp. For the best use of this fruit, it is necessary to determine its main quality parameters. Since passion fruits are highly perishable products and their metabolism proceeds even after harvest, to establish methodologies that allow fast and efficient control becomes essential to qualify them in a more adequate way, either for export, processing or fresh consumption. Traditional methodologies employed to determine  fruit quality parameters have been fundamental to prediction of potential yields in industrial processes and also to establish commercial value of the fruit, however, they are expensive, time consuming and destructive. Therefore, the aim of this study was to assess the efficiency of mid and near infrared spectroscopy coupled to multivariate calibration to determine quality parameters of the intact passion fruit, as well as fresh and lyophilized pulps. Quality parameters analyzed were simple sugars, SSC, AT, organic acids, vitamin C and carotenoids. Results showed low correlations between reference analyses values and predicted values to determine the quality parameters concentrations in intact fruit. Multivariate models developed to quality parameters of in nature pulp showed good prediction results to determine the concentration of glucose, fructose, sucrose, AT, and SSC using mid-Infrared. NIR region showed higher prediction difficulty due to the higher water absorption bands in this region. on the other hand, multivariate models developed to predict quality parameters of the lyophilized pulp presented excellent results especially in the MID region  for glucose (R2v= 0,938), fructose (R2v = 0,907), sucrose (R2v = 0,921) and citric acid (R2v = 0,918). The results for malic acid and carotenoids contents were unsatisfactory in the two regions used in this study due to the low concentration of these compounds. From the results obtained in this study, it could be verified that: i) there is greater difficulty to correlate constituents at low concentrations, ii) light intensity through the fruit decreases significantly with skin depth, so thick skin has showed to be a barrier for using this technique and iii) water interference in identifying groups and specific bands was significant for passion fruit, due to its high moisture content. The results also revealed that the mid-Infrared region was most suitable for predicting the concentration of quality parameters, in comparison with NIR region. Based also on the results obtained, the use of fresh pulp with MID spectroscopy seemed to be the most suitable choice for quality parameters determination of the passion fruit, since good correlations could be obtained without pulp lyophilization step

Chez les plantes, les stress biotiques et abiotiques causent la surproduction d’espèces réactives de l’oxygène (ROS) dans les chloroplastes et les mitochondries. Ces ROS provoquent des dommages parfois irrémédiables pour la cellule ou déclenchent des voies de signalisation rétrogrades qui induisent la tolérance au stress. En parallèle, le génome nucléaire contrôle le développement et l’activité des organites grâce à la signalisation antérograde. Dans ce contexte, le complexe nucléaire Topoisomérase VI (Topo VI) a été étudié chez Arabidopsis thaliana. Topo VI est un régulateur des gènes de réponse à la signalisation rétrograde de la ROS oxygène singulet ; toutefois, les mécanismes qui régissent cette régulation sont inconnus. Afin de les déterminer, des interacteurs de la Topo VI ont été mis en évidence dont la sous-unité alpha du facteur général de transcription TFIIF (TFIIFα). Après caractérisation de l’expression du gène TFIIFα et des isoformes protéiques codées, des analyses transcriptomiques réalisées en condition standard de croissance et en condition de stress photo-oxydant ont montré que Topo VI et TFIIFα co-régulent la majorité des gènes de réponse à ce stress. De plus, ces interacteurs ont un rôle opposé dans la régulation de l’expression de gènes « PentatricoPeptide Repeat » (PPR). Les protéines PPR sont adressées aux chloroplastes et aux mitochondries dans lesquels elles participent à la régulation post-transcriptionnelle ; chez des mutants tfIIfα, des gènes PPR impliquées dans l’édition des ARN sont réprimés et l’édition de sites cibles associés est parfois altérée. Les conséquences de ces altérations sont discutées par l’analyse de fonctions chloroplastiques. / Under biotic and abiotic stress, plants overproduce reactive oxygen species (ROS) in plastids and mitochondria. ROS can cause damages sometimes definitive for cells or trigger retrograde signalling pathways to the nucleus that provide stress tolerance. Concurrently, the nuclear genome controls the development and the activity of organelles through anterograde signalling. In this context, the nuclear complex Topoisomerase VI (Topo VI) is studied in Arabidopsis thaliana. Topo VI is a regulator of stress responsive genes in the retrograde signalling triggered by the singlet oxygen ROS; nevertheless, the mechanisms controlling this regulation are still unknown. To determine them, Topo VI interactors were found out, including the alpha subunit of the general transcription factor TFIIF (TFIIFα). TFIIFα gene expression and the encoded protein isoforms were first characterized and then, transcriptomic analysis in standard growth conditions and under photo-oxidative stress showed that Topo VI and TFIIFα co-regulate most of stress responsive genes. Moreover, these interactors have an opposite role in the expression of "PentatricoPeptide Repeat" (PPR) genes. PPR proteins are targeted to plastids or mitochondria in which they contribute to post-transcriptional regulation mechanisms; in tfIIfα mutants, PPR genes involved in organellar RNA editing are down-regulated, and the editing of associated target sites was sometimes impaired. Possible consequences of this impairment were discussed through the analysis of plastidial functions.

La vigne (Vitis vinifera) possède un métabolisme secondaire particulièrement riche donnant naissance à une large palette de molécules dont certaines sont impliquées dans les défenses contre les pathogènes et d'autres dans la grande diversité d’arômes qui fait la renommée des vins. L’analyse de la séquence de référence du génome de la vigne a permis de mettre en évidence une remarquable expansion de certaines familles de gènes liés au métabolisme secondaire par rapport aux autres plantes. Dans ce travail, j'ai étudié les familles gènes codant pour les cytochromes P450, dont certains sont impliqués dans la production d’arômes, les gènes codant pour les stilbènes synthases (STS), les endo-β-1,3-glucanases et les gènes de résistance de type NBS impliqués dans les défenses de la vigne. Ma thèse vise à proposer des hypothèses expliquant l’organisation structurale de ces familles de gènes et ainsi à mieux comprendre pourquoi certaines familles présentent une amplification dans le génome de la vigne. Des approches bioinformatiques ont été utilisées afin d’étudier ces différentes familles de gènes. Les gènes cytochromes P450 et gènes R de type NBS ont tout d'abord été annotés de manière manuelle dans le génome de référence de la vigne. L’expression des gènes endo-β-1,3- glucanases, STS et cytochromes P450 a été analysée en utilisant une approche transcriptomique à grande échelle. Pour ce faire, un outil a été développé durant cette thèse pour estimer le niveau d’expression des gènes à partir de données RNA-Seq disponibles dans les banques de données publiques. Parallèlement, des données de reséquençage d’ADN de 56 cépages et espèces de vigne ont été analysées, afin de déterminer les variations structurales de type CNV au sein des familles de gènes à domaine NBS et de gènes STS. Ces différents travaux ont permis de montrer que l’amplification des familles de gènes étudiées n’est pas spécifique du génome de référence mais est retrouvée dans l'ensemble du genre Vitis, mais également de mettre en évidence des variations structurales au sein des différents génomes étudiés. L'analyse de la famille STS a montré que ces gènes sont organisés en blocs de duplication, et que les gènes plus conservés sont aussi les plus exprimés. Nous avons également montré que les gènes à domaine NBS sont organisés en cluster, dont certains sont particulièrement soumis à variation. Ces travaux contribuent à une meilleure connaissance de facteurs de défense efficaces et durables ainsi que des gènes impliqués dans la synthèse d’arômes dans la vigne. Ces connaissances pourront bénéficier aux programmes de création variétale mis en œuvre à l’INRA de Colmar. / Grapevine (Vitis vinifera) has a particularly rich secondary metabolism, giving rise to a wide range of molecules, some of which are involved in defences against pathogens and others in the great diversity of aromas that make wines famous. Analysis of grapevine reference genome has shown a remarkable expansion of certain families of genes linked to secondary metabolism in comparison with the other plants. In this work, I have analysed gene families coding for cytochromes P450, some of them being involved in the production of aromas, genes coding for stilbene synthases (STS), endo-β-1,3-glucanases and NBS type resistance genes involved in grapevine defences. My thesis intends to propose hypothesis to explain the structural organisation of these families and therefore better understand why some of these families are amplified in the grapevine genome. Bioinformatic approaches have been used to study these different genes families. The cytochromes P450 and R genes of NBS type were manually annotated to improve the knowledge of these families of genes. The expression of endo-β-1,3-glucanases, STS and cytochromes P450 genes has been quantified using a large-scale transcriptomic approach. To this purpose, a tool has been developed during this thesis to estimate the level of genes expression from RNA- Seq data available in public databases. In the meantime, DNA resequencing data from 56 cultivars and grapevine species have been analysed to identify structural variations of CNV types within the genes with a NBS domain and the STS genes. These works showed that the amplification of the gene families of interest was not specific to the reference genome but occurred at the scale of the Vitis genus, but also to highlighted structural variations in different genomes. Regarding the STS genes, blocks of duplication and more conserved and expressed genes were identified. For the genes with NBS domain, a clustered organisation has been highlighted with some clusters varying more than others in the studied genotypes. These works contribute to a better knowledge of gene families for efficient and durable defence against pathogens and optimal aromas synthesis in grapevine. This knowledge will benefit to breeding programs currently in progress at INRA Colmar.

La méthylation des histones constitue un niveau important de contrôle épigénétique chez les eucaryotes. Mes études portent sur la caractérisation des facteurs potentiellement intervenant dans la mise en place et la lecture de la méthylation pour mieux apprécier son rôle et des mécanismes sous-jacents dans la régulation de la transcription et du développement des plantes chez l’Arabidopsis thaliana. Ainsi, la première partie de mes travaux de thèse a contribué à l’étude d’une protéine à domaine SET (SET DOMAIN GROUP7, SDG7) et à montrer que SDG7 est nécessaire au bon déroulement de l'induction de VIN3 et du processus de vernalisation pour la floraison. Nos résultats suggèrent que SDG7 pourrait méthyler une protéine non-histone encore inconnue dans la régulation de la transcription et le contrôle de la durée de vernalisation. La deuxième partie de ma thèse porte sur l’étude de SDG8 et les H2B-UBIQUITIN-ligases HUB1/HUB2 pour examiner un cross-talk éventuel entre la triméthylation de H3K36 (H3K36me3) et la monoubiquitination d’H2B (H2Bub1). Nous avons montré que H3K36me3 et H2Bub1 sont déposés largement indépendamment, qui diffère d’une dépendance hiérarchique de déposition préalablement observée chez la levure. La dernière partie de ma thèse a permis l’identification des protéines HUA2/HULK2 à domaine PWWP comme lecteurs éventuels de H3K36me3 dans la régulation de la floraison et du développement des plantes. / Histone methylation is one of the keys epigenetic marks evolutionarily conserved in eukaryotes. My study focuses on the characterization of factors potentially involved in the deposition and reading of lysine (K) methylation to appreciate its role and underlying mechanisms in the regulation of transcription and plant development, using Arabidopsis thaliana as a model organism. In the first part of my thesis, I report on our study of SET DOMAIN GROUP7 (SDG7), a protein containing the evolutionarily conserved SET domain, which is generally recognized as a signature of K-methyltransferases. We found that SDG7 plays an important role in the regulation of VIN3 induction associated with cold duration measure during vernalization treatment. Intriguingly, levels of several different histone methylations were found unchanged in the sdg7 mutant plants and the recombinant SDG7 protein failed to show a histone-methyltransferase activity in vitro. We thus conclude that SDG7 might methylate a yet unknown non-histone protein to regulate transcription and proper measurement of the duration of cold exposure in the vernalization process. In the second part, I studied interaction between SDG8 and HISTONE MONOUBIQUITINATION1 (HUB1) and HUB2. My results unravel that H3K36me3 and H2Bub1 are deposited largely independently in Arabidopsis, which is in contrast to the dependent crosstalk of these two different epigenetic marks previously reported in yeast. In the last part of my thesis, I report on the identification of the PWWP-domain proteins HUA2/HULK2 as readers of H3K36me3 and demonstrate that sdg8 and hua2 genetically interacts in the regulation of flowering time.

L'ARN interférence est un mécanisme moléculaire conservé chez les Eucaryotes dont les principaux acteurs sont les protéines ARGONAUTE (AGO). Chez les plantes, AGO1 est une protéine essentielle à la croissance et la défense antivirale. Elle utilise des petits ARNs comme sondes pour reconnaître et réguler des ARN messagers. Les virus ont développé des suppresseurs de l'ARN interférence pour surmonter cette défense. L'un d'entre eux, P0 du virus de la mosaïque jaune du navet, est comme une protéine F-box qui détourne le complexe SCF, une ubiquitine ligase E3, et conduit AGO1 vers la protéolyse ubiquitine-dépendante. Cette dégradation utilise la vacuole au lieu du protéasome 26S, généralement associé à la dégradation ubiquitine-dépendante. Ce mécanisme de protéolyse n'est pas compris et est aussi apparent quand AGO1 est déstabilisé de manière endogène, suggérant que P0 utilise une voie déjà existante. Une protéine F-box d'Arabidopsis, FBW2, a été décrite comme impactant l'homéostasie d'AGO1 indépendamment du protéasome. Mon projet de thèse visait à caractériser l'activité F-box de FBW2 et à comprendre la relation entre AGO1 et FBW2 ainsi que ses conséquences sur l'ARN interférence. Les résultats obtenus dans ce manuscrit montrent que le complexe SCFFBW2 interagit avec AGO1 et déclenche sa dégradation via un processus indépendant de l'autophagie ou du protéasome, tout en n'affectant que faiblement l'ARN interférence. FBW2 ciblerait en fait un sous-ensemble de protéines AGO1 qui semble ne pas contenir de petits ARNs. Cette régulation jouerait un rôle de surveillance pour prévenir une activité délétère d'AGO1 en absence de petits ARNs. / RNA silencing is a conserved molecular mechanism in eukaryotes, of which the main effectors are the ARGONAUTE (AGO) proteins. In plants, AGO1 is a protein that is essential for growth and antiviral defence. It uses small RNAs as probe to recognize and regulate messenger RNAs. Viruses have developed suppressors of RNA silencing to overcome this defence. One of these, P0 from the Turnip Yellows Virus, acts as an F-box protein to hijack the SCF complex, an E3 ubiquitin ligase, and guide AGO1 to the ubiquitin-dependent proteolysis. This degradation uses the vacuole instead of the 26S proteasome, generally associated with ubiquitin-dependant proteolysis. This proteolysis mechanism is not understood and is also apparent when AGO1 is endogenously destabilized, suggesting that P0 uses an already existing pathway. An Arabidopsis F-box protein, FBW2, has been shown to impact AGO1 homeostasis independently from the proteasome. My PhD project aimed at characterizing FBW2 F-box activity and understanding the relationship between AGO1 and FBW2, as well as its consequences on the RNA silencing. The results obtained in this manuscript show that the SCFFBW2 interacts with AGO1 and triggers its degradation through an autophagy- and proteasome- independent process, while only weakly affecting the RNA silencing. FBW2 would actually target a subset of AGO1 proteins, which appears not to contain small RNAs. This regulation would play a surveillance role in order to prevent a deleterious activity of AGO1 in absence of small RNAs.

ABSTRACT Redirecting the inspection plan to place emphasis on high risk equipment items is not the only objective when implementing Risk Base Inspection (RBI). Rather it would be much more fruitful if company staff were educated to be equipped with the capability of identifying potential risks and were willing to actually put into real practice in eliminating all these potential threats to an enterprise. Since its release, the API-580 technology has seen growing acceptance and becomes a popular methodology in maintaining the mechanical integrity of pressure equipment and piping. In addition to U.S.A, many other country including European nations and Japan have also assimilated the same risk concepts into regulations that require plant operators to aim for practical performance of equipment management, not at the extent of obligations required by the government. Such a risk-based concept is not just incorporated in regulations, when utilized in close conjunction with plant maintenance and inspection, becomes a powerful tool in helping determine optimal inspection intervals of pressure equipment. In order for the equipment management system to perform effectively, fundamental tasks such as failure mechanisms identification and effectiveness of inspection methods are keys to a successful RBI program. Some might question Risk Base Inspection (RBI) to be a conservative, less aggressive approach that rather than opting for more aggressive managerial methods, it recommends to focus on the whole life cycle of plant equipment. Keywords: API-581¡BRBI¡Bbusiness risk¡Bbusiness administration¡Bquantitative analysis¡Bconsequence analysis¡Brisk base inspection

A new normal form x2 + y2 = c2(1 + x2y2) of elliptic curves was introduced by M. Harold Edwards in 2007 over the field k having characteristic different than 2. This new form has very special and important properties such that addition operation is strongly unified and complete for properly chosen parameter c . In other words, doubling can be done by using the addition formula and any two points on the curve can be added by the addition formula without exception. D. Bernstein and T. Lange added one more parameter d to the normal form to cover a large class of elliptic curves, x2 + y2 = c2(1 + dx2y2) over the same field. In this thesis, an expository overview of the literature on Edwards curves is given. First, the types of Edwards curves over the nonbinary field k are introduced, addition and doubling over the curves are derived and efficient algorithms for addition and doubling are stated with their costs. Finally, known elliptic curves and Edwards curves are compared according to their cryptographic applications. The way to choose the Edwards curve which is most appropriate for cryptographic applications is also explained.