No description available.

Der Afrikanische Wels (Clarias gariepinus) ist ein robuster Warmwasserfisch, der sich gut für die Aufzucht in Warmwasserkreislaufanlagen eignet. Seine Vermarktung ist erschwert, weil dieser Fisch mit den nach Tierschutzschlachtverordnung zulässigen Betäubungsverfahren nicht erfolgreich betäubt werden kann. Es waren deshalb sowohl die tierschutzrechtlich zulässigen als auch andere potenziell geeignete Betäubungsverfahren zu untersuchen, zu kombinieren und zu modifizieren. Mit der Eiswasserbehandlung wird die Wahrnehmungs- und Empfindungslosigkeit nicht ausreichend schnell erreicht. Für kleine Schlachtzahlen bzw. als Alternative zur Betäubung per Kopfschlag erscheint die untersuchte Methode der Elektrobetäubung per Kopfdurchströmung durchaus geeignet. Zur Validierung der Kombination von Vorkühlung, Elektrobetäubung und Eiswasserbehandlung sind weitere Untersuchungen erforderlich.

Los escómbridos comprenden una familia de peces pelágicos con un gran potencial para la acuicultura debido a su rápido crecimiento y alto valor comercial. Con la excepción del Atún rojo del pacífico (Thunnus orientalis), especie en la que se ha completado el ciclo vital, la acuicultura integral de las especies pertenecientes a la familia de los escómbridos o es inexistente o se basa en la captura de especímenes adultos. Esta tesis pretende establecer las bases de la reproducción y cultivo larvario de dos especies de escómbridos: el atún rojo del Mediterráneo y el bonito Atlántico. Los objetivos a alcanzar pueden resumirse en tres: a) Desarrollar una tecnología de cultivo que permita capturar adultos, establecer las condiciones adecuadas para su mantenimiento y maduración en cautividad, recolectar huevos fertilizados de buena calidad y finalmente llegar a cerrar su ciclo en cautividad. b) Describir el desarrollo embrionario del Bonito Atlántico y el Atún rojo del Atlántico y evaluar el efecto de la temperatura sobre el mismo. c) Determinar la composición lipídica de huevos y larvas y estudiar su composición lipídica (con especial referencia a PUFAs) a lo largo del desarrollo, ensayando diversos alimentos y cuantificando los resultados obtenidos La tecnología para capturar y mover a jaulas atunes rojos está bien desarrollada, así que se ha focalizado en capturar, manipular, mover a tanques y adaptar a la cautividad en condiciones controladas escómbridos pequeños como el AB. Se ha logrado la maduración y puesta de AB y ABFT durante cuatro años, exponiéndose los resultados de número de huevos obtenidos, extensión de la época de puesta y datos biométricos como diámetro del huevo, número de gotas de grasa y tasa de eclosión. Cuando ha sido posible se ha determinado la fecundidad relativa de las hembras, y se ha conseguido cerrar el ciclo del bonito en cautividad. En el caso del ABFT estamos próximos a lograrlo, ya que actualmente existen en Murcia adultos de más de 20 kg (clase de edad 3+) nacidos en el Instituto Español de Oceanografía y engordados primero en las instalaciones del grupo Ricardo Fuentes y posteriormente en las jaulas de Fortuna Mare. Se ha descrito el desarrollo embrionario de los huevos de AB y ABFT y se ha estudiado el efecto de la temperatura sobre los mismos, estableciendo las más propicias para el cultivo. Además se ha establecido la composición lipídica de los huevos fecundados y su evolución a lo largo del desarrollo embrionario y la etapa de alimentación endógena de las larvas. Con relación al cultivo larvario, se han comparado los resultados obtenidos en ABFT con dos presas diferentes en cuanto a crecimiento, supervivencia y composición lipídica, con especial referencia a los ácidos grasos poliinsaturados y dentro de estos ácido docosahexaenoico y a la relación docosahexaenoico/eicosapentaenoico, considerada esencial para el éxito del cultivo. Asimismo se ha estudiado el comienzo de la fase piscívora de ambas especies, determinando el momento más adecuado para su inicio. Por último se incluye un proyecto biológico realizado para la construcción de una instalación en tierra de ABFT. Este proyecto es pionero en Europa y alberga el mayor tanque de cultivo de atún. El mantenimiento de reproductores en tierra es fundamental para desarrollar una acuicultura integral de ABFT, ya que permitirá independizarse totalmente de las condiciones meteorológicas y alargar su época de reproducción mediante el control del foto y termoperiodo. Esta tesis pretende contribuir a desarrollar la acuicultura de estas especies, sentando algunas bases para la reproducción y cultivo larvario. Aún queda camino por recorrer, pero la acuicultura integral comercial del AB, y especialmente del ABFT, será una realidad en poco tiempo. / Scombridae comprise a family of pelagic fish species with a great potential for aquaculture due to fast growth rates and high commercial values. In the last years, it has been complete the life cycle in captivity of Pacific bluefin tuna (Thunnus orientalis), but with this exception, integral Aquaculture of species belonging to Scombriae does not exist or is capture-based. This thesis pretends to determine the basis for reproduction and larval rearing of two species of scombrids: Atlantic bluefin tuna (ABFT), Thunnus thynnus, and Atlantic bonito (AB), Sarda sarda. Objectives can be summarized in three targets: a) To develop a culture technology that allow us to capture adult fishes, establish adequate conditions to maintenance and reproduce them in confinement, collect fine quality eggs and finally to complete their cycle in controlled conditions in captivity b) To describe embryonic development of AB and ABFT and to determine the effect of temperature on it. c) To determine lipid composition of eggs and larvii (with special reference to PUFAs) and to study their evolution throughout larvae development, feeding with different live preys diets and to quantify obtained results. Technology to capture and move to the cages bluefin tunas is well developed, so this thesis focused on capturing, handling,moving to tanks and adapting to confinement in controlled conditions smaller scombrids as AB. Maturation and spontaneous spawning of AB and ABFT have been achieved during four years, and number of fertilized collected eggs, spawning season extension and some biometrics as egg diameter, number of oil globules and hatching rate are reported. When possible, relative fecundity had also been determined. Finally it had possible to complete the life cycle of bonito in confinement in controlled conditions. With regards to ABFT, completion of life cycle is close to be achieved so that nowadays there are adults averaging more than 20 kg belonging to age class 3+, born in IEO facilities and fattened during two years in Ricardo Fuentes and then in Fortuna mare cages. Embryonic development of AB and ABFT has been described and the effect of temperature has been studied, determining more adequate temperatures to culture. Lipid composition of fertilized eggs and their evolution throughout embryonic development and endogenous feeding stage have also been determined. With regards to larval rearing obtained results with two different live preys diets used as food to ABFT were compared, not only in growth and survival rates but also in lipid composition with special reference to polyunsaturated fatty acids, mainly docosahexanoic acid and docosahexanoic/eicosapentanoic acids rate, which is considered to be crucial for success in larval rearing. Moreover onset of piscivorous stage has been studied in both species, and the better moment to begin yolk sac larvae feeding has been established. In addition, a biological project to build a land based facility to ABFT is included. This project is pioneer in Europe, and it includes greater existing tank to culture tunas in the world. Maintenance of broodstocks in land based facilities is basic to develop integral aquaculture of ABFT, so it will allow us to be fully independent of weather conditions and to extend spawning season by control of photo and thermoperiod. Research showed in this thesis pretend to contribute to develop aquaculture of these species, setting some basis to reproduction and larval rearing. In spite further research must be done, integral commercial aquaculture of AB and mainly ABFT will become a reality shortly.

S'ha estudiat durant 14 anys la biometria, la demografia i la fenologia d'una població de perdiu roja silvestre d'alta densitat de La Mancha. Primerament s'han determinat les variables biomètriques que resulten més útils per a l'assignació de l'edat i el sexe de la perdiu roja a partir de mostres biològiques de les peces abatudes, a més s'ha avaluat l'associació que existeix entre aquestes variables i les seves variacions anuals i regionals. A continuació, s'ha analitzat detalladament la dinàmica temporal i espacial de l'estructura d'edats i sexes de la població. Posteriorment, s'ha estudiat la cronologia de les dates d'eclosions dels pollets i de la muda postnupcial dels adults, explorant les diferències entre els dos sexes i els diversos anys i àrees d'estudi. Finalment, s'ha examinat la variabilitat de l'abundància postreproductora de la població, determinant en quina mesura estan implicades les variables meteorològiques i poblacionals en els canvis anuals i detectant les variables descriptores de l'hàbitat que millor s'associen amb l'abundància. / Se ha estudiado durante 14 años la biometría, la demografía y la fenología de una población de perdiz roja silvestre de alta densidad de La Mancha. En primer lugar se han determinado las variables biométricas que resultan más útiles para la asignación de la edad y el sexo de la perdiz roja a partir de muestras biológicas de las piezas capturadas, además se ha evaluado la asociación que existe entre esas variables y sus variaciones anuales y regionales. A continuación, se ha analizado detalladamente la dinámica temporal y espacial de la estructura de edades y sexos de la población. Posteriormente, se ha estudiado la cronología de las fechas de eclosiones de los pollos y de la muda postnupcial de los adultos, explorando las diferencias entre los dos sexos, así como entre los diversos años y áreas de estudio. Finalmente, se ha examinado la variabilidad de la abundancia postreproductora de la población, determinando en qué medida están implicadas las variables meteorológicas y poblacionales en los cambios anuales y detectando las variables descriptoras del hábitat que mejor se asocian con la abundancia. / The biometrics, demography and phenology of a population of wild red-legged partridge high density has been studied in a time frame of 14 years in the area of La Mancha. First, the biometric variables that are most useful for allocation of age and sex of the red-legged partridge were identified using biological samples of hunted individuals; likewise, the association between these variables and their annual and regional variations was also evaluated. Afterwards, the temporal and spatial dynamics of age and sex of the population structure were analyzed together with the chronology of hatching dates and adult post-breeding molt, exploring the differences between sexes, as well as between the several years and areas of study. Finally, the variability of the post-breeding abundance was assessed, determining to what extent weather and population variables are responsible for annual changes, and identifying the habitat descriptive variables better associated with abundance.

The fisheries resources of Lake Victoria support the livelihoods to the lakeside rural communities and are vital to the economies of Kenya, Tanzania and Uganda, especially through fish exports. Management decisions to enable long-term sustainable exploitation of these fisheries require appropriate knowledge of the fishing effort and catch statistics, as these are pertinent for evaluating the fish stocks and future prospects of the fishery. Catch assessment programmes in the Ugandan part of the lake, which should provide this type of information, collapsed in the late 1980s. This study evaluated the current status of fishing effort and fish catches and their implications for the management of the fisheries in the Ugandan part of Lake Victoria. Historical trends in fishing effort and fish catches, total fishing effort in 1990 and 2000, and the current status of fish catch-effort, in the Ugandan part of the lake, were examined.

The potential impacts of marine aquaculture operations on the environment are reviewed. The reported effects of suspended mussel farms on the benthic environment are examined and the potential impacts discussed. A framework to assess the impacts of suspended mussel farms is presented. The use of simulation models to predict the impact of fish farm wastes on the benthic environment is discussed and the mathematical theory supporting such models is presented. The applicability of these models to mussel farming is discussed and the data required to undertake such modelling identified. The effect of increased sedimentation on the macrobenthic community, physical structure and biogeochemistry of the surficial sediment around three suspended mussel farms are examined. At one site, the benthic community was subjected to bulk sedimentation, organic enrichment and reduced macrobenthic infaunal diversity. Elevated levels of organic carbon were recorded close to the farm. At the remaining two sites, benthic impacts were less clear and not demonstrably due to the mussel farms. The settling velocity of mussel faeces and pseudofaeces was required to enable modelling of particles ejected from the farm sites. An experiment was devised to measure this parameter.- The settling velocity of mussel faeces (~0.5 cms-I ) was less than pseudofaeces (~1 cms-I ). Differences in these settling velocities were attributed to the organic content and particle size of the excreted matter. The particle tracking model DEPOMOD (Cromey et at., 2000a) was used as a platform from which to develop a simulation model predicting the benthic impact of suspended mussel farms. Parameters within the model were modified to be represent a mussel farming scenario. Data from the three sites surveyed were applied to the model. Although the model results compared favourably with the field data, the model tended to overestimate the benthic impact as measured by the Infaunal Trophic Index. The results of the model are discussed and improvements and further experiments are identified.

Objetivos: 1 – Comprobar el posible efecto del consumo de residuos de la acuicultura en diferentes tejidos de distintas especies de peces salvajes agregados a las piscifactorías. 1.1 – El uso de ácidos grasos como marcadores para evaluar el grado de consumo de residuos de la acuicultura por parte de peces salvajes, teniendo en cuenta la distancia a jaulas de piscifactoría. 1.2 – Comprobar el efecto en el perfil de ácidos grasos de peces de distinto nivel trófico. 1.3 – Evaluar la trasmisión presa-depredador de ácidos grasos de origen vegetal. 1.4 – Valorar los posibles efectos en la reproducción de peces salvajes. 1.5 – Modificación de los perfiles de ácidos grasos en diferentes compartimentos ecológicos centrándose en macroinvertebrados marinos. 1.6 – Modificación de los perfiles de ácidos grasos en sedimentos bajo las jaulas. 2 – Investigar, en condiciones de laboratorio, el efecto de un cambio del consumo de una dieta natural a un pienso comercial, en el perfil de ácidos grasos de peces salvajes capturados. 2.1 – Elucidar la magnitud y la tasa de cambio de ácidos grasos vegetales en diferentes tejidos. 2.2 – Valorar posibles efectos en la salud de los peces debido al cambio de dieta. Material y métodos: Se estudió acumulación y persistencia de ácidos grasos y efecto en la histología del hígado e inmunología. Se estudió el perfil lipídico de macroinvertebrados y peces salvajes agregados a jaulas y de controles alejados, comprobando efecto del cambio de dieta en el desarrollo del ovario. Conclusiones: 1. Dos semanas de consumo de pienso comercial son suficientes para que se modifique el perfil de ácidos grasos del músculo en las especies estudiadas. Dos meses de periodo de lavado tras dos meses de consumo de pienso comercial no es tiempo suficiente para recuperar los perfiles originales de ácidos grasos en músculo, cerebro e hígado. 2. El consumo de pienso comercial durante un periodo de tiempo de dos meses no mostró influencia en la estructura histológica del hígado así como en la distribución de gotas lipídicas. 3. Se recomienda el uso combinado de músculo y cerebro para obtener una historia completa sobre la alimentación de peces salvajes. 4. El cambio en la dieta que se produce cuando los peces llegan por primera vez a los alrededores de las jaulas debe modular algunos parámetros inmunológicos, sin que se observen efectos negativos asociados al cambio a un consumo de pienso comercial. 5. Peces salvajes agregados a jaulas, con diferentes hábitos alimentarios, acumulan ácidos grasos de origen vegetal en músculo, cerebro, hígado y gónadas, a través del consumo de excedente de pienso o por depredación de presas que han consumido pienso comercial. Esos efectos pueden estar presentes, en menor magnitud, en peces capturados a mayores distancias de las piscifactorías (mínimo 1,5 km). 6. El ovario de M. barbatus asociado a piscifactorías presenta una aceleración de las etapas finales del desarrollo oocitario, sin aparentes efectos negativos. 7. Las actividades acuícolas influyen en los perfiles de ácidos grasos de los sedimentos, de algas y de la mayoría de las especies de macroinvertebrados asociadas a las estructuras de las jaulas de las piscifactorías. 8. El análisis de ácidos grasos resulta en una herramienta útil para trazar la asimilación de desechos de la acuicultura como nuevo recurso trófico para la mayoría de los organismos asociados a piscifactorías. 9. La suma de ácido linoleico y ácido α-linolénico es un buen biomarcador del consumo de aceite de origen vegetal a través de los desechos de la acuicultura en peces teleósteos. Un nuevo índice más útil para especies de macroinvertebrados es la suma de ácido oleico y ácido linoleico, cuando estos reflejan la contribución de ácidos grasos vegetales del pienso. / Objectives: 1 – To check the possible effect of aquaculture waste consumption in different tissues of wild fish species aggregated to fish farms. – Use of fatty acids as tracers to evaluate the range of aquaculture waste consumption by wild fish, regarding to the distance from a fish farm facility. – To check the effect in the fatty acid profile of fish from different trophic level. – To evaluate the transmission prey-predator of fatty acids of vegetable origin. – To asses possible effects in wild fish reproduction. – Modification of fatty acid profiles in different ecological compartments focusing in marine macroinvertebrates. – Modification of fatty acid profiles in sediments under fish farms facilities. 2 – To investigate, in laboratory conditions, the effect of shift from a natural diet to a commercial feed consumption in the fatty acid profile of captured wild fish. 2.1 – To elucidate the magnitude and the rate of change of vegetable fatty acids in different tissues. 2.2 – To assess possible effects in fish health due to such change of diet. Material and methods: Accumulation and persistence of fatty acids, effects on liver histology and immunology were studied. The fatty acid profile of wild macroinvertebrate and fish species associated to fish farms was studied, comparing with control counterparts, as well as effects of shift in diet in ovary development. Conclusions: 1. Two weeks of commercial feed consumption is sufficient to modify the flesh fatty acid profile in the studied species. Two months of wash-out period following two months of commercial feed consumption, is not enough time to recover the original fatty acid profiles of flesh, brain and liver. 2. At least two months of commercial feed consumption showed no influence on the liver histological structure and lipid droplet distribution. 3. The combined use of both flesh and brain tissues is encouraged in order to obtain a complete feeding history of wild fish. 4. Some immune parameters may be modulated by the shift in diet when wild fish arrive for first time to the vicinity of fish farms, with no negative effects associated to the shift to a commercial feed consumption. 5. Aggregated wild fish of different feeding behaviour accumulate fatty acids of vegetable origin in flesh, brain, liver and gonads, via lost pellets consumption or by predation of preys which have consumed aquafeeds. These effects could be present, in lower magnitude, in fish captured at higher distance from the fish farms (minimum 1.5 km). 6. The ovary of M. barbatus associated to fish farms presents an acceleration of the final stages of the oocyte development, with no apparent negative effects. 7. Aquaculture activities have an influence on fatty acid profiles of sediments, algae and almost every macroinvertebrate species associated with fish farm sea-cage structures. 8. The use of fatty acid analysis result in a usefulness technique to trace assimilation of aquaculture wastes as a new trophic resource for almost all the organisms associated to fish farms. 9. The sum of linoleic acid and α-linolenic acid result in a good biomarker of vegetable oils consumption through aquaculture wastes in teleost fish. A more useful new index for macroinvertebrate species might be the sum of oleic acid and linoleic acid, when they reflect more closely the contribution of vegetable fatty acids from the feed.

La utilització d’olis natius d’origen vegetal (VO) en dietes per peixos com a substituts de la font lipídica tradicionalment utilitzada, l’oli de peix (FO), es veu limitada degut a la creixent demanda per part de les indústries de pinsos, aliments i biocombustibles. Els olis àcids són un subproducte ric en àcids grassos lliures provinent del procés de refinació d’olis vegetals que poden ser fonts alternatives interessants a la utilització d’VO. Malgrat això, la seva utilització com a font lipídica en dietes per animals monogàstrics presenta controvèrsia. Els olis àcids vegetals poden ser re-esterificats químicament amb glicerol per produir olis vegetals re-esterificats, que tenen diferents proporcions de mono- (MAG), di- (DAG) i triglicèrids (TAG). A més, els olis vegetals re-esterificats tenen una estructura molecular diferent de la del seu corresponent VO natiu i per tant adquireixen noves propietats físico-químiques que poden ser interessants des d’un punt de vista nutricional. Per tot això, l’objectiu d’aquesta tesi va ser el d’investigar la utilització d’VO àcids i re-esterificats en dietes per peixos. La caracterització dels olis experimental (Capítols 1 al 7) va mostrar que els VO re-esterificats tenen una major proporció de MAG i DAG, a més d’una major proporció d’àcids grassos saturats (SFA) en la posició 2 (sn-2) de les seves molècules d’acil glicerols que els seus corresponents olis natius. Als dos primers experiments (Capítols 3 i 4) es va estudiar la utilització en dietes d’olis àcid i re-esterificat (baix o alt en MAG i DAG). Els seus efectes sobre el coeficient de digestibilitat aparent (ADC) dels àcids grassos totals en truita irisada (Capítol 3) i orada (Capítol 4) va ser avaluada en comparació al corresponent oli natiu. Els peixos alimentats amb la dieta amb oli àcid van tenir un ADC inferior que aquells alimentats amb les dietes amb oli natiu o re-esterificats en ambdues espècies. En truita irisada, les dietes amb olis re-esterificats de palma no van resultar en un ADC dels àcids grassos totals diferents d’aquelles amb oli natiu. En la colza, els ADC dels àcids grassos totals van ser alts (96.4-98.1%) en tots els casos, tot i que aquells dels peixos alimentats amb la dieta amb oli natiu van resultar superiors als dels peixos alimentats amb la dieta amb oli re-esterificat baix en MAG/DAG. En orada, els animals alimentats amb la dieta amb oli natiu van mostrar un ADC dels àcids grassos totals inferior al de la dieta amb oli re-esterificat baix en MAG/DAG. Pel que fa a la colza, els peixos alimentats amb olis re-esterificats no van presentar diferències en el ADC dels àcids grassos totals respecte a aquells alimentats amb la dieta amb oli natiu. En general, la digestibilitat dels àcids grassos dels olis experimentals es va veure més afectada pel seu grau d’insaturació que per la seva distribució posicional o la seva composició en fraccions lipídiques. Al tercer experiment, (Capítols 5, 6 i 7), en base als bons resultats obtinguts amb les dietes amb olis àcid o re-esterificats, es va estudiar la seva utilització en dietes, en combinació amb un 5% de FO. Amb aquesta finalitat, els olis experimentals es van incloure en les dietes com a única fot lipídica o en combinacions de l’oli àcid amb l’oli natiu o amb l’oli re-esterificat (alt en MAG i DAG). Els seus efectes sobre el ADC del greix i dels àcids grassos totals, creixement, paràmetres plasmàtics, morfologia de fetge i intestí (Capítol 5), qualitat del filet (Capítol 6) i composició en àcids grassos totals i en sn-2 del teixits (Capítol 7) van ser avaluats. Els resultats no van mostrar efectes rellevants de les dietes experimentals sobre els paràmetres mencionats en comparació amb la dieta amb oli natiu. Tot i així, malgrat que els pesos finals dels peixos van ser alts en tots els casos, aquells dels animals alimentats amb dietes de colza no van arribar als dels peixos alimentats amb la dieta amb FO. A més d’això, a major presència d’oli àcid en les dietes menor pes final dels animals. Per tot això, la inclusió d’olis àcid i re-esterificats d’origen vegetal en dietes per peixos és una alternativa interessant a la utilització d’olis natius quan provinguin d’una font insaturada com la colza. / SUMMARY The use of native vegetable oils (VO) in fish diets as substitutes of the traditionally used lipid source, fish oil (FO), has limitations due to their growing demand by feed, food and biofuel industries. Acid VO are a rich-in-free fatty acid (FFA) by-product from the refining of crude VO that can be interesting alternatives to native VO. However, its use as lipid sources in monogastric animal diets appears to be controversial. Acid VO can be chemically re-esterified with glycerol in order to obtain re-esterified VO, which have different proportions of mono- (MAG), di- (DAG) and triacylglycerols (TAG). Moreover, re-esterified VO have a different molecular structure than their corresponding native VO and thus acquire new physico-chemical characteristics that can be interesting from a nutritional point of view. Thus, the aim of this dissertation was to investigate the use of acid and re-esterified VO in fish diets. The experimental oils and diets characterization (Chapters 1 to 7), showed that re-esterified VO have a higher proportion of MAG and DAG and a higher proportion of saturated fatty acids in the sn-2 position of acylglycerol molecules than the corresponding native VO. In the first two trials (Chapters 3 and 4) the dietary use of palm or rapeseed acid and re-esterified (low or high in MAG and DAG) oils was assessed. Their effect on total fatty acid apparent digestibility coefficients (ADC) in rainbow trout (Chapter 3) and gilthead sea bream (Chapter 4) was evaluated in comparison with the corresponding native oils. Fish fed acid oil diets had lower ADC than those fed native or re-esterified oils diets in both species. In rainbow trout, diets containing palm re-esterified oils did not result in different total fatty acid ADC than those containing palm native oil. For rapeseed, total fatty acid ADC were high (96.4-98.1%) in all cases, although that of fish fed the native oil diet was higher than that of fish fed the re-esterified oil low in MAG/DAG diet. In gilthead sea bream, fish fed the native palm oil diet had a lower total fatty acid ADC than the re-esterified oil high in MAG/DAG diet. Regarding rapeseed, fish fed re-esterified oils diets did not have different total fatty acid ADC than those fed the native oil diet. Overall, fatty acid digestibility of the experimental oils seemed to be more affected by their degree of unsaturation than by their positional distribution or lipid class composition (TAG, MAG, DAG and FFA). In the third trial (Chapters 5, 6 and 7), on the basis of the good results obtained with the acid or re-esterified oils diets, their dietary use when combined with 5% FO was evaluated. The experimental oils were included in diets as a sole lipid source or in blends of the acid with the native or the re-esterified (high in MAG and DAG) oil. Their effects on fat and total fatty acid ADC, growth performance, plasma parameters, morphology of liver and intestine (Chapters 5), fillet quality (Chapter 6) and total and sn-2 fatty acid composition of tisues (Chapter 7) were assessed. Results showed no relevant effects of the experimental oils diets on the aforementioned parameters compared to the native oil diet. However, although fish final weights were high in all cases, those of fish fed rapeseed diets did not reach values obtained by fish fed the FO diet. Moreover, the higher presence of acid oil in diets, the lower the fish final weight. All things considered, the inclusion of acid and re-esterified VO in fish diets is an interesting alternative to the use of native VO when they are produced from a unsaturated source such as rapeseed.

Con el objetivo de desarrollar una herramienta de gestión para la reducción del impacto de los efluentes sobre los ecosistemas receptores de una granja camaronícola en el Estero de Urías, Mazatlán, Sinaloa, México, se desarrolló un modelo biogeoquímico acoplado de alta resolución (50X50 metros). Los forzamientos del modelo son elevación de marea en la frontera lateral abierta (puerto), temperatura superficial, precipitación total, nubosidad y radiación solar. Además se simularon las descargas de nutrientes de la granja con un trazador conservativo teórico y el amonio (un no conservativo). Se simularon dos tipos de descarga, una en marea viva y otra en marea muerta. Los resultados del modelo físico indican que la hidrodinámica del Estero de Urías está gobernada principalmente por las mareas astronómicas y su topografía. Por su morfología e hidrología, el complejo lagunar Estero de Urías puede ser divido diferentes áreas: i) la zona cercana al puerto, con las mayores profundidades, más altas velocidades de corriente y tiempos de residencia más bajos. ii) la zona intermedia, que es la más ancha, presenta velocidades y tiempos de recambio medios, es la zona con más altos gradientes de temperatura y salinidad, y recibe las aguas de enfriamiento provenientes de la planta termoeléctrica que impactan local y estacionalmente al ecosistema. iii) La cabeza lagunar es la más estrecha, presenta las velocidades más bajas, los tiempos de residencia más altos y es la que recibe las descargas de la granja. Las simulaciones del modelo biogeoquímico indican que los nutrientes disueltos descargados por la granja son rápidamente asimilados por la trama trófica y posteriormente son sedimentados. Para los 50 días de simulación los trazadores biogeoquímicos se quedan contenidos dentro de la cabeza lagunar y por lo que su exportación es prácticamente nula fuera del estero. Las simulaciones de las descargas indican que el máximo de concentraciones de los nutrientes disueltos se alcanzan en el último día de la descarga, momento en el que la marea puede disminuir los máximos de concentración de los nutrientes disueltos, con una diferencia del aproximadamente 10% entre la marea viva y muerta. Por otra parte, no obstante que las máximas concentraciones simuladas de amonio y nitrato no exceden los límites fijados por la Norma Oficial Mexicana para las descargas de aguas residuales en aguas y bienes nacionales, sin embargo, sí superan a las recomendadas por Secretaría de Medio Ambiente y Recursos Naturales (México) para la protección del medio ambiente, debido a esto se buscó ofrecer una alternativa que disminuya el impacto de las descargas de la granja, por lo que se simuló un cambio de gestión tradicional de dos descargas puntuales al año a un tipo de sistema multiciclo, el cual presenta máximos de concentración más bajos que la descarga puntual y por lo tanto, resultan con mejores niveles de calidad de agua. / In order to develop a management tool that allows a reduction of the impact of effluents on receiving ecosystems in a shrimp farm in Estero de Urias, Mazatlan, Sinaloa, Mexico, a biogeochemical model coupled of high resolution (50X50 meters) was developed. Its forcings are: rising tide in the border open side (port), surface temperature, total precipitation, cloudiness and solar radiation. In addition, nutrient discharges from the farm were simulated with a theoretical conservative tracer and ammonia (a non-conservative). Two discharge types were simulated, one in spring tide and one in neap tide. The results of the physical model indicate that the hydrodynamics of the Estero de Urias is governed mainly by astronomical tides and topography. Because of its morphology and hydrology, the Estero de Urias lagoon complex can be divided different areas: i) the area near the port, with the largest depths, the highest current velocities and lower residence periods, ii) the intermediate zone is the widest, current velocities and average periods of replacement; it is also the area with higher temperature and salinity gradients and receives the cooling water from the thermoelectric that impact local and seasonally the ecosystem. iii) The lagoon head is the narrowest, which contains the secondary channels with the lower speeds, the highest residence times and is the one receiving farm discharges. The biogeochemical model simulations indicate that the dissolved nutrients discharged by the farm are quickly assimilated into the trophic network and are subsequently settled. For the 50 days simulation biogeochemical tracers are contained within the lagoon head and are hardly exported outside the estuary. Discharges simulations indicate that the maximum concentration of dissolved nutrients are achieved at the last day of discharge, at which time the tide can decrease the maximum concentration of dissolved nutrients, with a difference of about 10% between spring tide and neap tide. Moreover, notwithstanding the maximum simulated concentrations of ammonium and nitrate do not exceed the limits set by the Norma Oficial Mexicana (Mexican Official Standard) for waste water discharges into national waters, however, they do exceed those recommended concentrations by the Secretaría de Medio Ambiente y Recursos Naturales (México) (Ministry of Environment and Natural Resources (Mexico)) for the protection of the environment, because of this it was sought an alternative to reduce the impact of discharges from the farm, so a change of management was simulated, form a traditional two year point discharges to a multicycle system, which presents lower maximum concentrations than the punctual discharge and therefore better quality water standards.

The earthworm has long been of interest to biologists, most notably Charles Darwin, who was the first to reveal their true role as eco-engineers of the soil. However, to fully understand an animal one needs to combine observational data with the fundamental building blocks of life, DNA. For many years, sequencing a genome was an incredibly costly and time-consuming process. Recent advances in sequencing technology have led to high quality, high throughput data being available at low cost. Although this provides large amounts of sequence data, the bioinformatics knowledge required to assemble and annotate these new data are still in their infancy. This bottleneck is slowly opening up, and with it come the first glimpses into the new and exciting biology of many new species. This thesis provides the first high quality draft genome assembly and annotation of an earthworm, Lumbricus rubellus. The assembly process and resulting data highlight the complexity of assembling a eukaryotic genome using short read data. To improve assembly, a novel approach was created utilising transcripts to scaffold the genome (https://github.com/elswob/SCUBAT). The annotation of the assembly provides the draft of the complete proteome, which is also supported by the first RNA-Seq generated transcriptome. These annotations have enabled detailed analysis of the protein coding genes including comparative analysis with two other annelids (a leech and a polychaete worm) and a symbiont (Verminephrobacter). This analysis identified four key areas which appear to be either highly enhanced or unique to L. rubellus. Three of these may be related to the unique environment from which the sequenced worms originated and add to the mounting evidence for the use of earthworms as bioindicators of soil quality. All data is stored in relational databases and available to search and browse via a website at www.earthworms.org. It is hoped that this genome will provide a springboard for many future investigations into the earthworm and continue research into this wonderful animal.