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1901

Die Redoxsensitivität des humanen La Protein (SS-B): Analysen zu deren Einfluss auf Proteinstruktur, Funktion, Antigenität und Zelllokalisation

Michalk, Irene 16 December 2015 (has links)
Vor zirka 45 Jahren wurde das La Protein (SS-B) erstmals als Autoantigen von Patienten mit Systemischen Lupus Erythematodes (SLE) oder Primären Sjögren’s Syndrom beschrieben. Jahrzehntelange Forschungen befassten sich mit seiner Struktur- und Funktionsaufklärung, sowie der Untersuchung von monoklonalen anti-La Antikörpern (anti-La mAK). Doch noch immer werfen nukleäre Antigene wie das La Protein und die gegen sie gerichteten Autoantikörper verschiedene Fragen auf. Diese betreffen besonders deren Entstehung und die pathophysiologische Bedeutung. So war es die Zielsetzung dieser Arbeit, die pathophysiologische Bedeutung des La Proteins in der Autoimmunkrankheit und der Krankheitsentstehung bei SLE-Patienten weiter aufzuklären. Im Zentrum der Untersuchungen stand dabei die Redoxsensitivität des La Proteins und deren Einfluss auf die räumliche Proteinstruktur, die zelluläre Lokalisation, die Funktion der Nukleinsäurebindung, sowie die Antigenität. Dabei konnte erstmals mit Hilfe von CD-Spektroskopieanalysen deutlich gezeigt werden, dass die drei Cysteine (C18, C232 und C245) des La Proteins für die Struktur eine zentrale Rolle spielen. Es konnte demonstriert werden, dass die Fähigkeit zur redoxabhängigen Strukturumfaltung zum Verlust der protektiven Wirkung des La Proteins auf gebundene Nukleinsäure führt, wodurch diese für Nukleasen zugänglich gemacht wird und abgebaut werden kann. Dies ließ sich in der vorliegenden Arbeit mit Hilfe verschiedener Experimente verifizieren, beispielsweise durch die Anwesenheit von Kupferionen (Cu2+), oder auch durch die Änderung des pH-Wertes von 7,0 auf 4,5. Parallel hierzu wurden neben Wildtyp La Protein auch verschiedene Cysteinmutanten getestet, um die Redoxabhängigkeit auch durch den Austausch der Cysteine C18, C232 und C245 zu zeigen. Die Änderungen des Redoxzustands beeinflussten jedoch nicht nur Sekundär- und Tertiär-struktur des La Proteins, sondern auch sein Di- und Oligomerisationsverhalten, sowie die Antigenerkennung durch bestimmte anti-La mAK (mAK der 312B Gruppe). Erstmals konnte in dieser Arbeit auch gezeigt werden, dass Patientenautoantikörper nicht nur gegen die nor-malerweise nukleär vorliegende, reduzierte Form des La Proteins existieren. Es waren eben-so Patientenautoantikörper gegen die zytoplasmatische, oxidierte Form nachweisbar. Auch auf zellulärer Ebene wurde die Wirkung einer redoxabhängigen Umfaltung des La Proteins deutlich. Durch den Einfluss von reaktiven Sauerstoffspezies (ROS) konnte eine zytoplasmatische Anreicherung beobachtet werden. Die dazu bereits bekannten Daten aus der Literatur konnten mit dieser Arbeit nochmals belegt und darüber hinaus ergänzt werden. Die zytoplasmatische Anreicherung wurde in der vorliegenden Arbeit für verschiedene ROS Stimuli gezeigt, darunter H2O2, Cu(II)SO4, Fe(II)Cl2 und darüber hinaus auch für NO-Glutathion (Stimulus reaktiver Stickstoffspezies NO). Des Weiteren konnte erstmals eine zytoplasmatische La Anreicherung durch eine Veränderung des intrazellulären ROS Levels nach Rezeptorstimulation gezeigt werden. Spannender Weise gelang dies für dendritische Zellen, wie moDCs und slanDCs, als auch für Endothelzellen (HUVECs). Die Induktion erfolgte dabei über Toll-like Rezeptoren (TLR), wie TLR4 (LPS-abhängiger Toll-like Rezeptor) und auch über TLR7/8, zwei Toll-like Rezeptoren, die für die Bindung von ssRNA, beispielsweise nach Virusinfektion zuständig sind. Unter dem Einfluss dieser Stimuli, kommt es zur Umfaltung des La Proteins, zum Loslösen von seinem potentiellen, indirekt über den anti-La mAK 7B6 nachgewiesenen Bindepartner und zum Verlust der nukleären Lokalisation. Im Zytoplasma kann die oxidierte Proteinvariante ihre protektive Aufgabe bezüglich der gebundenen Nukleinsäure nicht weiter ausführen. Es kommt unter normalen Umständen zu Dissoziation der gebundenen Nukleinsäuren und einem potentiellen Abbau dieser. Da bei Autoimmunpatienten jedoch sehr häufig eine Reduktion der Nukleaseaktivität nachweisbar ist, könnte der Nukleinsäureabbau in diesen Patienten gestört sein, was zu einem oxidierten La Protein mit noch gebundener Nukleinsäure führen würde. Neben der zytoplasmatischen Lokalisation wurde für das La Protein auch eine Lokalisation an der Zelloberfläche diskutiert. Die hier durchgeführten Studien mit den verschiedenen Sauerstoff- oder Stickstoffstressstimuli zeigten jedoch unter den gewählten Bedingungen keine Exposition des La Proteins auf die Zelloberfläche. Daher wurden apoptotische und nekrotische Zellen als mögliche La Proteinquelle für die Dekoration lebender Nachbarzellen untersucht. War in der Literatur noch über „apototic bodies“ als Quelle des La Proteins als Autoantigen spekuliert wurden, so konnte hier gezeigt werden, dass das La Protein aus humanen, apoptotischem Zellmaterial zu keiner nachweislichen Oberflächendekoration lebender Zellen führte. Anders verhielt es sich bei nekrotischem Zellmaterial. Hier konnte zum Beispiel humanes oxidiertes La Protein auf den murinen Zellen nachgewiesen werden. Im Rahmen dieser Analysen zeigte sich darüber hinaus, dass sowohl oxidiertes als auch reduziertes La Protein auf die Oberfläche verschiedener Zelltypen binden kann. Insgesamt konnte jedoch mehr oxidiertes La Protein auf den verschiedensten Zellentypen nachge-wiesen werden, als reduziertes La Protein unter gleichen Bedingungen. Auch ergaben sich Unterschiede bezüglich der Proteinbindung zwischen einzelnen Zelltypen. Vertreter von Anti-gen präsentierenden Zellen, wie Monozyten oder B-Zellen (Radji), sowie Endothelzellen (HUVECs), aber auch murine A9 Fibroblasten konnten im Vergleich zu T-Zellen und NK-Zellen, mehr La Protein auf ihrer Oberfläche binden. Diese Resultate lassen eine pathophysiologische Bedeutung des La Proteins bei SLE Patienten erkennen. Im Zuge von Zellschä-digungen, wie beispielsweise nach UV-Stress, kommt es zu einem nekrotischen Zellzerfall. Dieser führt zur Freisetzung von oxidiertem La Protein, welches auf benachbarte Zellen bindet. Dadurch können sie zum Ziel einer komplementsystemvermittelten Immunreaktion, sowie einer antikörpervermittelten, NK-Zellen gestützten Zelllyse (ADCC) werden. Für die Initiation einer Immunantwort, und im Besonderen für die Reifung autoreaktiver B-Zellen zu autoantikörpernproduzierenden Plasmazellen, bedarf es jedoch zunächst einer Aktivierung von dendritischen Zellen. Im Rahmen dieser Arbeit konnte gezeigt werden, dass lösliches La Protein dendritische Zellen aktivieren kann, belegt über die dokumentierte, finale TNFα Sekretion. Dabei war jedoch nicht entscheidend, ob La in einem reduzierten oder oxidierten Zustand vorlag, sondern das es assoziierte Nukleinsäuren aufwies. Experimentell führten an La Protein gebundene Nukleinsäuren zur Aktivierung von dendritischen Zellen (slanDCs). Wurde die Nukleinsäuren jedoch zuvor durch RNaseA Behandlung oder die Inkubation in Serum eines gesunden Spenders abgebaut, so lag keine oder eine nur sehr geringe Aktivierung von slanDCs vor. Eine Inkubation von La Protein in SLE Patientenserum hatte keine solche verminderte Aktivierung dendritischer Zellen zur Folge. Unter Berücksich-tigung der oben geschilderten Versuchsergebnisse ließ sich dieses Resultat mit der geringeren Nukleaseaktivität bei SLE Patienten begründen, was bereits aus der Literatur bekannt ist. Diese reduzierte Nukleaseaktivität stellt somit offensichtlich einen entscheidenden Faktor bei der Aktivierung einer Autoimmunantwort in Zusammenhang mit dem La Protein und anti-La Autoantikörpern dar. Mit dieser Arbeit konnte also eindeutig gezeigt werden, dass das La Protein unter sich wechselnden Redoxbedingungen seine Struktur ändert. Dabei spielen die drei enthaltenden Cysteine eine bedeutende Rolle. Derartige Strukturveränderungen beeinflussen die Nukleinsäureschutzfunktion und die Erkennung durch Antikörper. Darüber hinaus bestätigte sich eine ROS induzierte Anreicherung von La im Zytoplasma. Auch die Fähigkeit des La Proteins, aus nekrotischem Zellmaterial auf die Oberflächen von lebenden Zellen zu binden, wurde gezeigt. Dadurch wäre es für Autoantikörper bei SLE Patienten zugänglich und somit pathophysiologisch relevant. Außerdem konnte auch die Eigenschaft von nukleinsäurege-koppelten La Proteins zur Aktivierung dendritischer Zellen belegt werden, was zur krankheitsauslösenden Aktivierung von autoreaktiven T- und im weiteren Verlauf von B-Zellen führen kann. Dadurch konnten die in dieser Arbeit erhaltenen Resultate deutliche Hinweise auf die pathophysiologische Bedeutung des La Proteins, nicht nur während der Autoimmunerkrankung, sondern auch für die Frühphase der Krankheitsentstehung, geben.
1902

Role kapsidového proteinu virové hepatitidy B v hostitelském ubikvitin-proteazomovém systému / The role of Hepatitis B virus capsid protein in the host ubiquitin proteasome pathway

Eliáš, Vratislav January 2018 (has links)
Hepatitis B virus (HBV) is a Hepadnaviridae virus infecting mammals. Its infection can result in an acute or chronic infection. Chronic infection can result in hepatocellular carcinoma and liver cirrhosis, potentially leading to death of the patient. HBV is a small 42 nm virus with a genome length of 3.2 kb encoding seven viral proteins. HBV Core protein (HBc) is a capsid forming protein which is pleiotropic in function. We have identified two ubiquitin ligases which could interact with this protein: F-box only protein 3 (FBXO3; E3 ubiquitin ligase) and Ubiquitin conjugating enzyme E2 O (UBE2O; E2/E3 ubiquitin ligase). By employing multiple methods we have confirmed these interactions. Co- immunoprecipitation and further western blot analysis unveiled multiple new insights into the ligases′ impact on HBc: FBXO3-mediated HBc polyubiquitination stimulation and UBE2O-mediated HBc monoubiquitination promotion. FBXO3's and UBE2O's role in HBV life cycle was investigated as well. By silencing the expression of FBXO3 and UBE2O respectively, we have observed changes in HBV replication levels: FBXO3 serves as an inhibitor of HBV replication, while UBE2O stimulates the course of HBV life cycle. Further investigation of these newly-discovered understandings may lead to a whole new HBV - host interplay...
1903

Vliv chladové adaptace na imunitní systém / The effect of cold adaptation on the immune system

Vašek, Daniel January 2019 (has links)
Maintaining energy homeostasis at reduced temperatures is essential for the survival of the organisms. In this diploma thesis, we determined the impact of cold stress and cold adaptation on the rat immune system. A number of different factors participate at the process of thermoregulation, but the adrenergic signalling plays a crucial role. The binding of norepinephrine to β-adrenergic receptors leads to the formation of brown adipose tissue, which is necessary for non-shivering thermogenesis, as well as for energy balance. Bioactive products of adipocytes subsequently modulate the immune system, this process is significantly influenced by signalling of nerve cells. In order to understand neuro-immune interaction during the cold adaptation, we monitored changes in immune cell populations and the production of soluble products in rats treated with specific inhibitors of β-adrenergic receptors. Relationship between the immune and nervous system seems to be very important in many biological processes. Deciphering basic mechanisms of the influence of cold adaptation on immune cells can therefore explain other clinically relevant topics, such as treatment of obesity. Key words: immune system, cold adaptation, norepinephrine, adrenergic receptor, cytokines, brown adipose tissue, non-shivering thermogenesis
1904

Studium časově závislého narušení CP invariance v experimentu Belle II / Study of the time-dependent CP violation at the Belle II experiment

Kapitánová, Lucia January 2021 (has links)
This thesis is devoted to studies of the proper decay-time resolution function and particle decay vertex reconstruction tools, their applicability and role in the studies of time-dependent CP violation at the Belle II experiment. A positive effect of beam spot constraints and new beam spot calibration on the vertex reconstruction precision is seen via MC/data comparison. The core part of the work focuses on studying universality of the time resolution function across nine different neutral and charged B-meson decay channels. The possibility to use a single form of this function for all studied channels is demon- strated and supported by the consistency between the lifetime values used for simulation and obtained as results of the decay time difference fit. 1
1905

Molekularbiologischer Nachweis seltener Mutationen im Aldolase B Gen. Ein Beitrag zur Diagnostik der hereditären Fructoseintoleranz.: Molekularbiologischer Nachweis seltener Mutationen im Aldolase B Gen.Ein Beitrag zur Diagnostik der hereditären Fructoseintoleranz.

Langhammer, Marcus 23 August 2011 (has links)
Mutationen im Gen der Aldolase B auf Chromosom 9 führen zur „hereditären“ Fructoseintoleranz (HFI), die nach einer längeren Fructoseexposition zu schweren Leber- und Nierenschäden bis hin zum völligen Versagen dieser Organe führen kann. Zum Ausschluß bzw. zur Bestätigung einer HFI werden seit ca. 20 Jahren hauptsächlich molekularbiologische Verfahren eingesetzt. Dabei zeigte es sich, dass wenige, regional unterschiedlich häufig vorkommende Mutationen (in Deutschland A149P und A174D) bei dem Großteil der Patienten für diese Erkrankung verantwortlich sind. Viele Laboratorien beschränken sich daher auf den Nachweis bzw. den Ausschluß dieser Mutationen. Ziel der vorliegenden Arbeit war es zu zeigen, dass auch bei den Patienten mit der Verdachtsdiagnose „hereditäre Fruktoseintoleranz“, bei denen die häufig vorkommen-den Mutationen A149P und A174D nur auf einem oder auf keinem der zwei Allele nachweisbar waren, die Diagnose mit molekularbiologischen Methoden durch den Nachweis seltener oder bisher nicht beschriebener Mutationen gesichert werden kann. Untersucht wurden 8 Patienten aus 5 Familien mit dieser Verdachtsdiagnose. Dabei handelte sich um Patienten mit klinischen Symptomen und in einem Fall enzymatisch gesicherter Diagnose. In allen Fällen mit Ausnahme von Patient III3 (Genotyp A174T/Wildtyp) konnten zwei Mutationen im Aldolase B-Gen nachgewiesen werden. Von den insgesamt identifizierten 8 Mutationen waren 3 zum Zeitpunkt der Durchführung der experimentellen Arbeiten in der Fachliteratur noch nicht beschrieben und erhöhen die Zahl der bekannten Mutationen im Aldolase B – Gen auf insgesamt 45.
1906

Hepatitis B Virus X Protein Promotes Hepatocellular Carcinoma Transformation Through Interleukin-6 Activation of microRNA-21 Expression

Li, Chi Han, Xu, Feiyue, Chow, Sheungching, Feng, Lu, Yin, Deling, Ng, Tzi Bun, Chen, Yangchao 01 January 2014 (has links)
Hepatocellular carcinoma (HCC) is one of the most common cancers worldwide, and chronic hepatitis B virus (HBV) infection is the major risk factor of HCC. The virus encodes HBV X (HBx) protein that plays a critical role in the development of HCC. Studies have revealed numerous HBx-altered genes and signalling pathways that heavily contribute to tumourigenesis of non-tumour hepatocytes. However, the role of HBx in regulating other critical gene regulators such as microRNAs is poorly understood, which impedes the exploration of a complete HBx-associated carcinogenic network. Besides, critical microRNAs that drive the transformation of non-tumour hepatocytes are yet to be identified. Here, we overexpressed C-terminal truncated HBx protein in a non-tumour hepatocyte cell line MIHA, and measured a panel of cancer-associated miRNAs. We observed that oncogenic miR-21 was upregulated upon ectopic expression of this viral protein variant. HBx-miR-21 pathway was prevalent in HCC cells as inhibition of HBx in Hep3B and PLC/PRF/5 cells significantly suppressed miR-21 expression. Subsequently, we showed that the upregulation of miR-21 was mediated by HBx-induced interleukin-6 pathway followed by activation of STAT3 transcriptional factor. The high dependency of miR-21 expression to HBx protein suggested a unique viral oncogenic pathway that could aberrantly affect a network of gene expression. Importantly, miR-21 was essential in the HBx-induced transformation of non-tumour hepatocytes. Inhibition of miR-21 effectively attenuated anchorage-independent colony formation and subcutaneous tumour growth of MIHA cells. Our study suggested that overexpression of miR-21 was critical to promote early carcinogenesis of hepatocytes upon HBV infection.
1907

Interaction of Ovokinin(2-7) With Vascular Bradykinin 2 Receptors

Scruggs, Phouangmala, Filipeanu, Catalin M., Yang, Jun, Chang, Jaw Kang, Dun, Nae J. 15 August 2004 (has links)
Intravenous administration of ovokinin(2-7), a cleavage peptide derived from ovalbumin, dose-dependently (0.1-5 mg/kg) lowered the mean arterial pressure (MAP) that was not accompanied by a significant change in the heart rate (HR) of urethane-anesthetized rats. The hypotensive effects of ovokinin(2-7) were five orders of magnitude lower compared to that of bradykinin and were largely prevented by pretreatment with the bradykinin B2 receptor antagonist HOE140 (81.6±18.4%) and moderately affected by the B1 receptor antagonist [des-Arg10]-HOE140 (26.3±15.5%). Intracellular Ca2+ levels, as measured by Fur 2-AM, were significantly elevated in cultured aorta smooth muscle cells by ovokinin(2-7). The increases were abolished by HOE140 and unaffected by [des-Arg10]-HOE140. The elevation of intracellular Ca2+ by ovokinin(2-7) was dependent on Ca2+ entry from extracellular space as it was reduced in a Ca2+-free solution. Pretreatment of the cells with the phospholipase C inhibitor U73122 (2 μM) eliminated the Ca 2+ increase by the peptide. PA phosphohydrolase and phospholipase A2 inhibitors significantly reduced the responses as well. Our results show that ovokinin(2-7) modulates cardiovascular activity by interacting with B2 bradykinin receptors.
1908

Hur effektivt är kombinationsterapi med adefovir och lamivudin jämfört med monoterapi med adefovir hos personer med kronisk hepatit B / How effective is combination therapy with adefovir and lamivudine compared to monotherapy with adefovir in people with chronic hepatitis B

Johansson, Emilia January 2022 (has links)
Sammanfattning Hepatit B virus (HBV) tillhör familjen hepadnavirus och kronisk HBV finns hos ungefär 257 miljoner människor. Kronisk HBV kan orsaka levercirros och hepatocellulärt karcinom (HCC) och andra svåra leversjukdomar vilket leder till 887,000 dödsfall per år. Symptomen för HBV är illamående, gulsot och mörkfärgat urin. HBV smittas genom sexuell kontakt och infekterat blod. Det smittas alltså vid barnafödsel, sprutor vid droganvändning och dålig hygien inom sjukvården. Det finns vaccin att ta för att förhindra spridningen av viruset. De behandlingar som finns för de som drabbas är antivirala läkemedel som är nukleos(t)id analoger och peginterferoner.  Syftet med arbetet var att se om det är mer effektivt att använda kombinationsterapi med de antivirala läkemedlen adefovir (ADV) och lamivudin (LAM) jämfört med monoterapi med adefovir. Fem randomiserade kontrollerade studier söktes fram från pubmed. Resultaten från de studierna jämfördes sedan.  Studierna visade att kombinerad läkemedelsterapi med ADV och LAM var mer effektivt än monoterapi med ADV. ADV och LAM i kombination visades mer effektivt eftersom det var fler patienterna i den gruppen som fick en inte detekterbar mängd HBV-DNA, fler patienter som fick en normal nivå av alaninaminotransferas (ALAT) och färre patienter som visade på utveckling av resistens mot ADV.  Slutsatsen är att kombinationsterapi med ADV och LAM var mer effektivare än monoterapi med ADV. Det är för att när läkemedlen används tillsammans är de mer effektivare på att hämma viruset och minskar risken för att viruset ska kunna utveckla resistens. / Abstract Hepatitis B virus (HBV) belongs to the hepadnavirus family and chronic HBV is present in approximately 257 million people. There is acute and chronic HBV types of infection. About two-thirds of those with acute HBV have mild symptoms. The rest get more pronounced symptoms such as nausea, fatigue and even jaundice. It then counts as chronic HBV if the person has high levels of the surface antigen for hepatitis B (HBsAg) for more than six months. Chronic HBV can cause liver cirrhosis and hepatocellular carcinoma (HCC) and other severe liver diseases leading to 887,000 deaths per year. HBV is transmitted through sexual contact, infected blood in contact with a wound and during childbirth. There are vaccines to take to prevent the spread of the virus. The treatments available for those affected by the virus are antiviral drugs that are nucleos(t)ide analogues and peg interferons. The aim of the study was to see if it is more effective to use combination therapy with the antiviral drugs adefovir (ADV) and lamivudine (LAM) compared to monotherapy with adefovir. The method used was to select five studies that were randomized controlled trials. The studies were taken from pubmed. After the studies were selected, they were compared with each other. The parts of the study that were focused on were how many patients received an undetectable level of HBV DNA, how many patients received a normal level of alanine aminotransferase (ALAT) and how many patients developed resistance to ADV. The studies showed predominantly that combined drug therapy with ADV and LAM was more effective than monotherapy with ADV. ADV and LAM in combination proved to be more effective as more patients in the group receiving ADV and LAM received an undetectable amount of HBV DNA, more patients received a normal level of ALAT and fewer patients showed the development of resistance to ADV. The results show that ADV and LAM are better at reducing the viral load. This combination also lowers the level of ALAT, which means that those patients do not have as high a risk of damaging their liver. It is also important that patients do not develop resistance to the treatment, which leads to discomfort and an increased viral load again. Avoiding the development of resistance is important as it allows patients to undergo treatment for a long time. The conclusion is that combination therapy with ADV and LAM was more effective than monotherapy with ADV. This is because when the drugs are used together, they are more effective at inhibiting the virus and reduce the risk of the virus being able to develop resistance.
1909

Transverse momentum balance of b-jet pairs in PbPb collisions with the CMS experiment at the LHC / L'asymmétrie de l'impulsion transverse des paires des jets de b dans les collisions d'ions lourds dans l'expérience CMS au LHC

Lisniak, Stanislav 27 October 2016 (has links)
Les collisions d’ions lourds à haute énergieproduisentunnouvelétatdelamatièreappelé le plasma de quarks et de gluons. Un parton traversant le plasma perds de l’énergie, en atténuant les gerbeshadroniques:c’estl’effetde"jetquenching". La dépendance du jet quenching dans la saveur du parton fournit des contraintes sur les modèles de perte d’énergie. Le déséquilibre d’une paire de jets issus de quarks b est une observable appropriée pour étudier ce phénomène. Cette thèse présente lamesure du déséquilibre en impulsion transverse des jets de b et des jets inclusifs (non-identifiés), dans des collisions PbPb a √sNN = 5.02 TeV, réalisée avecledétecteurCMSauLHCpouruneluminosité intégrée de 404 µb−1. Aucune différence n’est observée dans le jet quenching entre les jets issus de partons légers et lourds. Une analyse des résultats à l’aide d’un modèle simple de perte d’énergie est présentée. / The collisions of heavy ions at high energy produce the new state of matter called the quark gluon plasma. A parton traversing the plasma loses its energy which results in the jet quenching phenomenon. The dependence of the jet quenchingonthepartonflavorprovidesconstraints the models describing energy loss. The imbalance of b-jets is a very suitable observable to study this phenomena. This dissertation presents the measurement of the transverse momentum imbalance of b-jets and inclusive (non-identified) jets in PbPb collisions at √sNN = 5.02 TeV which is performed with the CMS detector at the LHC with total integral luminosity of 404 µb−1. No significant difference in jet quenching between light and heavy flavor jets is observed. The interpretation of results with a simple model of energy loss is performed.
1910

Dynamiques multi-échelles de l'ADN-B / Multiscale B-DNA Dynamics

Ben imeddourene, Akli 21 December 2015 (has links)
L'étude de la dynamique intrinsèque de l'ADN-B permet de caractériser l'espace conformationnel exploré par cette macromolécule. Cette dynamique, qui dépend de la séquence, est un facteur clé dans les mécanismes d'interaction avec les protéines, l'ADN étant plus ou moins prédisposé à s'adapter à son partenaire. Lors de cette thèse, nous avons sondé la dynamique de l'ADN à deux échelles de temps, en nous basant sur l'étude de quatre dodécamères par Résonance Magnétique Nucléaire (RMN). Nous nous sommes d'abord intéressés à la dynamique des groupements phosphates, qui correspondent à des mouvements rapides (picoseconde-nanoseconde). Nous avons ainsi confirmé l'effet de la séquence dinucléotidique sur cette dynamique, qui peut être prédit et quantifié. Nous avons également mis en lumière pour la première fois l'étroite inter-dépendance qui existe entre déplacements chimiques du phosphore, distances internucléotides et constantes de couplage dipolaire résiduel. L'interprétation de ces observables RMN en termes de conformations des phosphates, de paramètres hélicoïdaux et de taille des sillons, montre qu'en fait ces couplages reflètent la mécanique intrinsèque de l'ADN en solution. En interfaçant ces résultats avec l'effet de séquence observé sur la dynamique des phosphates, il est aussi possible de saisir de quelle façon la conformation moyenne de la double hélice et l'espace conformationnel associé sont modulés par la séquence au niveau dinucléotidique. Enfin, des dynamiques moléculaires réalisées avec les très récents champs de force CHARMM36 et Parmbsc0ezOLI, confrontées aux données expérimentales, ont permis d'apprécier le réalisme croissant des ADN simulés et ont aidé à préciser des éléments de la dynamique qui échappent à l'expérience. Le deuxième volet de cette thèse a porté sur les mouvements de l'ADN se produisant à l'échelle de la milliseconde, encore très peu étudiés. Nous avons mis au point des expériences de dispersion-relaxation qui ont apporté la preuve de l’existence d’un échange conformationnel d'un type totalement nouveau. Cet échange ne semble apparaitre que sur un type particulier de séquence, riche en A:T. Certaines régions de l’ADN, probablement spécifiques, peuvent ainsi localement évoluer vers une forme très faiblement peuplée, dont la structure détaillée reste à caractériser. L'ensemble de ces résultats offre un panorama des capacités dynamiques de l'ADN, dépendantes de la séquence, et ouvre ainsi de nombreuses perspectives vers une meilleure compréhension des mécanismes qui guident la formation des complexes ADN-protéines. / The study of B-DNA intrinsic dynamics enables to characterize the conformational landscape explored by this macromolecule. Indeed, binding of DNA to proteins is modulated by subtle sequence-dependent variations inherent to the dynamics of free DNA, which facilitate or disfavor the structural fit with cognate partners.In this thesis, the DNA dynamics was investigated at two time-scales, on the basis of the Nuclear Magnetic Resonance (NMR) study of four dodecamers. First, we examined the fast dynamics (pico-nanosecond) of phosphate linkages. We confirmed that the dinucleotide sequence modulates the backbone dynamics, an effect that can be quantified and predicted. Then, our experimental data enabled to establish that phosphorus chemical shifts, internucleotide distances and residual dipolar couplings constants are closely correlated. The translation of the NMR observables in terms of phosphate conformations, helicoidal parameters and minor groove dimension, allowed the structural interpretation of the couplings and led to the first coherent description of the intrinsic DNA mechanics in solution. Owing our knowledge of the effect of the sequence on the backbone behavior, it is now possible to understand how the DNA shape and the associated conformational landscape are modulated at the dinucleotide level. Finally, the performance of molecular dynamics (MD) simulations with the recent force-fields Parmbsc0εζOLI and CHARMM36 was tested extensively against our NMR data. We found impressive progress towards a realistic representation of DNA, despite residual shortcomings. This advance allowed to reveal new aspects of the DNA dynamics, which cannot be assessed from experiments.The second part of this thesis focused on slow motions in B-DNA, which are still largely under-investigated. Using and developing sophisticated relaxation-dispersion NMR experiments, we demonstrated the existence of a new conformational exchange at the millisecond time-scale, which seems to only occur in a particular type of sequence, A:T rich. Thus, in addition to the familiar structural patterns that are the signature of the B double helix, some short DNA regions, likely specific, are able to explore another conformational state, weakly populated, whose detailed structure still needs to be characterized.Overall, these results provide original insights on the DNA dynamic repertoire, sequence-dependent, and open the way towards a better understanding of the mechanisms underlying the formation of DNA-protein complexes.

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