L’anévrisme de l’aorte abdominale (AAA) représente un problème majeur de santé publique et est associé à des taux extrêmement élevés de mortalité en cas de rupture aortique. Il est classiquement associé à l’athérosclérose et aux facteurs de risque cardiovasculaires, à l’exception du diabète qui jouerait un rôle protecteur dans la maladie. Bien que certaines études aient montré une infiltration de macrophages et une modification de l’expression des micro-ARNs dans la paroi anévrismale, leurs rôles respectifs dans le développement de l’AAA ne sont pas encore totalement élucidés. Même si les modèles expérimentaux classiques sont utiles pour adresser cette question, ils ne miment pas parfaitement la physiopathologie humaine. Nous avons développé un nouveau modèle d’AAA associant application topique d’élastase et neutralisation systémique du TGFβ permettant de reproduire les principales caractéristiques de l’AAA humain et induisant une rupture aortique. Les objectifs de ce travail étaient de: -1/ Caractériser le phénotype des monocytes/ macrophages dans ce modèle murin d’AAA. -2/ D’étudier l’expression des micro-ARNs dans ce modèle. -3 / Les mécanismes impliqués dans la relation négative entre diabète et AAA étant à ce jour peu connus, le 3ème objectif était de mettre en place une étude clinique afin d’étudier l’expression des micro-ARNs chez des patients diabétiques ayant un AAA.L’application d’élastase associée à la neutralisation du TGFβ chez des souris C57/Bl6j entrainait une augmentation significative de la densité de macrophages infiltrés dans le tissu aortique anévrismal. L’analyse des tissus aortiques a montré des modifications significatives des marqueurs des macrophages pro-inflammatoires dits « M1 » et des marqueurs des macrophages impliqués dans la réparation tissulaire, dits « M2 ». Afin de mieux comprendre le rôle des macrophages dans ce modèle murin, des injections de clodronate ont été réalisées pour dépléter ces cellules. L’injection de clodronate diminuait de façon significative la dilatation anévrismale et prévenait la rupture. Ceci était associé à une préservation de la matrice extracellulaire et une modification de l’expression de certains marqueurs des macrophages, dont l’arginase-1 (ARG1), molécule impliquée dans la réparation tissulaire. La proportion de macrophages exprimant l’ARG1 augmentait en fonction de la sévérité de l’AAA. Enfin, la neutralisation du TGFβ induisait une diminution significative d’un type particulier de monocytes dits « Sat-Mono», impliqués dans la fibrose. Cette étude a ainsi montré le rôle des macrophages dans le développement et la rupture anévrismale avec une modification de leur phénotype. 752 micro-ARNs ont ensuite été analysés dans le tissu aortique, ce qui a permis d’identifier les micro-ARNs dont l’expression était modifiée dans ce modèle par rapport au groupe contrôle. Enfin, l’expression des micro-ARNs a été recherché chez l’homme en mettant en place une étude clinique. Bien que l’AAA chez l’homme soit classiquement associé à l’athérosclérose et aux facteurs de risque cardiovasculaire, il est paradoxalement négativement associé au diabète. Les mécanismes en cause sont encore peu connus. Nous avons comparé l’expression des micro-ARNs entre des patients diabétiques et non-diabétiques présentant un AAA. Cette étude pilote a permis d’identifier des cibles potentielles impliquées dans l’association négative entre diabète et AAA. / Abdominal aortic aneurysm (AAA) is a major public health concern and is associated with extremely high rates of mortality in case of aortic rupture. AAA is most often associated with atherosclerosis and cardiovascular risk factors, except diabetes that may rather play a protective role in the disease. Even though several studies have highlighted an infiltration of macrophages and changes of the expression of micro-RNAs in the aneurysmal wall, their role in AAA is still not fully understood. While experimental animal models are very useful to address this question, none of them perfectly mimics human pathophysiology. We recently created a new murine model of AAA based on topic application of elastase on the aorta associated with systemic TGFβ neutralization which reproduces the main human features of AAA and leads to fatal aortic rupture. The aims of this study were: -1/ Characterize the phenotype of monocytes/ macrophages in this murine model of AAA. -2/ Study the expression of micro-RNAs in this model. -3/ As the mechanisms involved in the negative association between diabetes and AAA are still poorly known, the third goal was to mount a clinical study to compare the expression of micro-RNAs between diabetic and non-diabetic patients with AAA. Topic application of elastase associated with systemic TGFβ neutralization in C57/Bl6j male mice led to a significant increase of macrophage infiltration in the aneurysmal tissue. This was associated with changes of the gene expression of the markers of the pro-inflammatory macrophages, called “M1” and of the macrophages involved in wound healing, called “M2”. To investigate the role of macrophages in this model, we used liposomes containing clodronate injections to deplete these cells. This led to significant decrease of the aortic dilatation and prevented rupture. This was associated with a better preservation of the extracellular matrix and significant changes in the gene expression of the markers of macrophages including arginase-1 (ARG1), a molecule involved in would healing. The proportion of macrophages expressing ARG1 increased with the severity of the AAA. At last, TGFβ neutralization led to a significant decrease of a population of macrophages involved in fibrosis, called “Sat-Mono”. This study highlighted the role and the phenotypic changes of macrophages during AAA development. We then analyzed the expression of 752 micro-RNAs in the aneurysmal aortic tissue which allowed identifying the micro-RNAs whose expression varied in the murine model. At last, the expression of micro-RNAs was investigated in patients with AAA. We compared the expression of micro-RNAs between diabetic and non-diabetic patients with AAA. This pilot study led to the identification of micro-RNAs that could potentially represent new targets involved in the negative association between diabetes and AAA.

La Macroglobulinémie de Waldenström (MW) est un type de lymphome à cellules B de faible grade dont la pathogénèse est caractérisée par différents stades de progression. La MW asymptomatique n’occasionne pas de symptômes sévères chez les patients qui en sont atteints et nécessite une observation régulière mais pas de traitement. Elle peut évoluer en une forme symptomatique aux effets nocifs qui requiert un traitement par chimiothérapie. Le développement de la MW est généralement précédé par l’apparition d’un syndrome précurseur appelé Gammapathie Monoclonale de Signification Indéterminée à Immunoglobuline M (GMSI à IgM). Bien que les conséquences cliniques des formes asymptomatique et symptomatique de la maladie soient dramatiquement différentes pour les patients, au niveau cellulaire peu de différences permettant d’expliquer ce contraste ont été identifiées. Les mécanismes moléculaires de progression de la maladie restent donc majoritairement à élucider.Les exosomes sont des vésicules d’une taille de 40 à 100 nanomètres sécrétées par les cellules. Ils assurent le transport de protéines, de lipides et de molécules d’ARN ou d’ADN entre les cellules de l'organisme et constituent ainsi un moyen de communication intercellulaire. Ces propriétés permettent aux exosomes de conditionner le microenvironnement tumoral afin de le rendre favorable à la survie et la dissémination des cellules tumorales.Le but de cette étude est d’analyser le contenu des exosomes circulants chez les patients atteints de MW afin d’identifier des microARNs exprimés différentiellement en fonction du stade de progression de la maladie.Pour cela, les exosomes présents dans le sang circulant de patients à différents stades de la maladie (GMSI à IgM, MW asymptomatique et MW symptomatique) et d’individus sains ont été isolés. Le contenu en microARNs de ces exosomes a été analysé dans un premier temps par qRT-PCR puis par une technique utilisant la cytométrie de flux. Ces analyses ont permis d’identifier un groupe de microARNs dont l’expression corrèle directement ou inversement avec la progression de la maladie.En parallèle, l’ADN contenu dans les exosomes de certains de ces échantillons a également été extrait afin de détecter la fraction de variants mutés pour MYD88, un gène muté chez environ 90% des patients atteints de MW. Cette analyse permettra d’identifier une potentielle corrélation entre la progression de la maladie, la fraction de variants mutés de MYD88 et l’expression de certains microARNs dans les exosomes circulants. / Waldenström Macroglobulinemia (WM) is a low- grade B-cell lymphoma with a heterogenous clinical presentation. In patients with the asymptomatic form of the disease, no severe symptoms are observed and only monitoring is recommended. However, it can evolve into symptomatic WM in which case the patients will require treatment with chemotherapy .In many patients, the diagnosis is preceded with an asymptomatic precursor state of IgM monoclonal gammopathy of undetermined significance (MGUS). To date, the molecular mechanisms involved in the progression from asymptomatic WM to symptomatic WM remain to be elucidated.Exosomes are small vesicles secreted by cells with a size ranging from 40 to 100 nanometers that mediate the transfer of nucleic acids, proteins and lipids between distant cells in the organism. Exosomes enable communication between cells and the conditioning of distant tissues throughout the body.The goal of this study is to analyze the microRNA content of circulating exosomes in patients at different stages of WM progression to identify microRNAs which expression correlates with disease progression.Exosomes were isolated from the peripheral blood of healthy individuals and patients with WM at different stages (IgM MGUS, asymptomatic WM and symptomatic WM). The microRNA content of these exosomes was analyzed first by qRT-PCR and then by a technique involving flow cytometry. These analyses revealed a group of microRNAs which expression correlated directly or inversely with disease progression.In parallel, the DNA content of some of the exosomes was extracted in order to detect the fraction of mutated MYD88, a gene mutated in approximately 90% of patients with WM. This could potentially identify a correlation between disease progression, the fraction of mutated MYD88 and the expression of specific microRNAs in circulating exosomes.

Les petits ARN régulateurs bactériens, généralement de 50 à 300 nt de long, agissent en appariant les bases avec des cibles d'ARNm spécifiques, affectant ainsi leur traduction et/ou leur stabilité, sont des éléments importants qui régulent divers processus. V. tasmaniensis LGP32 est un pathogène de l'huître facultatif. Un ARNs Vsr217 s'est révélé être conservé dans les vibrions et fortement régulé à la hausse lors de l'infection des huîtres. J'ai trouvé que vsr217 et le gène en aval malK (codant pour une sous-unité du transporteur principal de maltose) sont tous deux exprimés à partir d'un promoteur en amont régulé par l'activateur de maltose MalT, Vsr217 étant généré à partir de la longue 5' UTR de l'ARNm de malK. Outre un effet cis sur l’expression du malK, qui diminue chez le mutant Δvsr217, nous avons constaté que l’absence de cet ARNs entraînait, lors de la croissance de cellules dans du maltose, l’augmentation de deux enzymes importantes impliquées dans la voie de la glycolyse/néoglucogenèse, Fbp et PpsA et cet ARNm de fbp étaient une cible directe de Vsr217. J'ai également exploré la régulation de la biosynthèse des acides aminés à chaîne ramifiée (BCAA: Leucine, Valine et Isoleucine) chez V. alginolyticus, un agent pathogène des poissons et mollusques et des poissons de mer et un agent pathogène humain émergent opportuniste. Nous avons constaté que l'opéron ilvGMEDA (codant la voie principale pour la biosynthèse des BCAAs) est régulé par un peptide leader traduit. Ainsi, la traduction d'un peptide riche en BCAA codé en amont des gènes de structure fournit une réponse adaptative par un mécanisme similaire au modèle canonique de E. coli. Cette étude portant sur un organisme non modèle à Gram-négatif met en évidence la conservation mécanistique de l'atténuation de la transcription malgré l'absence de conservation de la séquence primaire. / Bacterial regulatory small RNAs, usually 50-300 nt long, act by base-pairing with specific mRNA targets, affecting their translation and/or stability, are important elements which regulate a variety of processes. V. tasmaniensis LGP32 is a facultative oyster pathogen. A sRNA Vsr217 was found to be conserved within vibrios and highly upregulated during oyster infection. I found that vsr217 and the downstream gene malK (encoding a subunit of the major maltose transporter) are both expressed from an upstream promoter regulated by the maltose activator MalT with Vsr217 being generated from the long 5' UTR of the malK mRNA. Beside a cis-effect on malK expression, which decreases in the Δvsr217 mutant, we found that the absence of this sRNA resulted, when cells grown in maltose, in the increase of two important enzymes involved in the glycolysis/neoglucogenesis pathway, Fbp and PpsA and that fbp mRNA was a direct target of Vsr217. I also explored the regulation of the biosynthesis of branched-chain amino acids (BCAAs: Leucine, Valine and Isoleucine) in V. alginolyticus, a marine fish and shellfish pathogen and an emerging opportunistic human pathogen. We found that the ilvGMEDA operon (encoding the main pathway for biosynthesis of BCAAs) is regulated by a translated leader peptide. Thus, the translation of a BCAA rich peptide encoded upstream of the structural genes provides an adaptive response by a mechanism similar to the E. coli canonical model. This study with a non-model Gram-negative organism highlights the mechanistic conservation of transcription attenuation despite the absence of primary sequence conservation.

O presente estudo tem como objetivo tentar compreender o modelo de Igreja católica em São Paulo construído durante os primeiros vinte anos da gestão de d. Paulo Evaristo Arns (1970 1990) quinto arcebispo metropolitano e terceiro cardeal de São Paulo. Foram pesquisadas e analisadas algumas de suas principais iniciativas pastorais em função de sua repercussão dentro e fora de São Paulo, e entre os membros da Arquidiocese de São Paulo e a população em geral. O trabalho foi desenvolvido seguindo dois procedimentos de investigação. Primeiramente, levantamento e análise de fontes primárias e secundárias sobre a vida pessoal e a carreira religiosa de d. Paulo Arns; sobre a história da Igreja católica no mundo, no Brasil e em São Paulo; sobre o contexto social, político e econômico do Brasil e de São Paulo antes e depois do regime militar. A segunda etapa da pesquisa consistiu na realização de entrevistas com alguns padres, religiosas e leigos que trabalharam com d. Paulo Arns no período ora estudado. Após a análise das iniciativas pastorais selecionadas, a conclusão a que se chega é de que d. Paulo Arns teria tido uma atuação religiosa/institucional e políticosocial. Por um lado, há uma nítida intenção de fortalecimento da Igreja católica. Ele teria sempre incentivado a formação de maior número de fiéis para assumir tarefas até então restritas a padres, o que representaria conseguir um contingente ampliado de missionários em potencial e de novas lideranças para conduzir o desenvolvimento das comunidades de base. Por outro, ele teria sempre procurado posicionar-se de maneira explícita em defesa dos direitos sociais e políticos de todas as pessoas, independentemente de classe social, convicção religiosa e ideologia política. O estudo está dividido em quatro Capítulos. No Capítulo 1, faz-se uma análise da história da realização do Concílio Vaticano II (1962 1965) e da Segunda Conferência do Episcopado Latino-Americano (1968), além dos conteúdos dos principais documentos promulgados durante os dois eventos. No Capítulo 2, apresenta-se um breve histórico da biografia de d. Paulo Arns, desde sua infância até sua estada por mais de dez anos em Petrópolis (RJ), onde exerceria diversos cargos (acadêmico, jornalístico e religioso). No Capítulo 3, são enfatizadas as primeiras iniciativas pastorais de d. Paulo Arns quando ainda bispo auxiliar na Arquidiocese de São Paulo. No Capítulo 4, são analisadas algumas das iniciativas mais marcantes da história da Igreja em São Paulo durante os primeiros vinte anos de seu arcebispado. / The target of this study is to understand the model of Catholic Church in Sao Paulo built throughout the first twenty years of D. Paulo Evaristo Arns conduct (1970 1990) fifth metropolitan archbishop and third Sao Paulo cardinal. Some of his main pastoral initiatives were researched and analyzed due to its effect in and out of Sao Paulo, and among the members of the archdiocese of Sao Paulo and the population in general. The study was developed following two practices of investigation. Firstly, survey and analysis of primary and secondary sources about D. Paulo Arns life and religious career; about the history of the Catholic Church in the world, in Brazil and in Sao Paulo; about social, political and economic context in Brazil and Sao Paulo before and after the military regime. The second step of the research consisted of interviews with some priests, religious women and laymen who worked with D. Paulo Arns during the studied period. After the analysis of the pastoral initiatives selected, the conclusion it reached is that d. Paulo Arns would have had a religious/institutional and social political acting. In a way, there is a clear intention of strengthening the Catholic Church. He would have always motivated the formation of a greater number of churchgoers to take over errands that till then were restricted to priests, which would get a big contingent of missionaries to be and of new leaderships to conduct the development of base communities. In another way, he would have always tried to place himself in an explicit way in defense of social and political rights of all people, no matter the social class, religious beliefs and political ideologies. The study is divided in four chapters. On Chapter 1, it analyses the history of the II Vatican Council realization (1962-1965) and the Second Conference of the Latin American Episcopacy (1968), besides the content of the main documents published during these two events. On Chapter 2, it presents D. Paulo Arns brief historical biography, from his childhood to his staying in Petropolis (RJ) for more than ten years, where he would exercise several positions (academic, journalistic and religious). On Chapter 3, D. Paulo Arns first pastoral initiatives are highlightened when still an auxiliary bishop in Sao Paulo Archdiocese. On Chapter 4, some of the most remarkable initiatives of the history of the Church in Sao Paulo are analysed during the first twenty years of his archbishopric.

Chez tous les eucaryotes, la régulation de l’expression génique est primordiale pour le contrôle du cycle cellulaire. Un large éventail de gènes, incluant des régulateurs essentiels du cycle, mais aussi d’autre gènes impliqués dans la transduction du signal, la régulation hormonale et le métabolisme sont ainsi exprimé à certaines phases du cycle. Ces changements sont contrôlés à de multiples niveaux, notamment de façon transcriptionnelle et post-traductionnelle. Chez les mammifères, il est aujourd’hui évident que les micro ARNs contribuent à cette régulation en ciblant spécifiquement les transcrits d’un grand nombre de gènes régulés au cours du cycle. Cependant, nous n’avons que très peu d’informations à ce jour concernant le rôle des petits ARNs sur le contrôle de la prolifération cellulaire chez les plantes. Mes travaux de thèse ont permis de démontrer que la perte d’AGO1 affecte la prolifération cellulaire et l’activité du méristème racinaire. Nous avons également séquencé les transcrits, les petits ARNs et le dégradome à partir de cellules BY-2 synchronisées afin de déterminer le répertoire et la fonction des petit ARNs au cours du cycle cellulaire. / In all eukaryotes, regulated gene expression is key to orchestrate cell cycle progression. Not only genes encoding important core cell cycle regulators, but also genes of a variety of other factors involved in signal transduction, hormonal regulation and metabolic control are expressed at specific time points of the cell cycle. These changes in gene expression are controlled at multiple levels, including transcriptional and post-translational controls. In mammals, it became evident that microRNAs contribute to this regulation by targeting the transcripts of numerous cell cycle-regulated genes. However, in plants we still know little about the regulatory roles of small RNAs in the control of cell proliferation. During my thesis, I showed that depletion of Arabidopsis AGO1 impairs cell proliferation and root meristem activity. To further determine the repertoire and role of sRNAs in cell cycle regulation, we thus sequenced total RNAs and small RNAs, AGO1-associated small RNAs and the RNA degradome of synchronized BY2 cells at S-, G2-, M- and G1-phases of the cell cycle.

O presente estudo tem como objetivo tentar compreender o modelo de Igreja católica em São Paulo construído durante os primeiros vinte anos da gestão de d. Paulo Evaristo Arns (1970 1990) quinto arcebispo metropolitano e terceiro cardeal de São Paulo. Foram pesquisadas e analisadas algumas de suas principais iniciativas pastorais em função de sua repercussão dentro e fora de São Paulo, e entre os membros da Arquidiocese de São Paulo e a população em geral. O trabalho foi desenvolvido seguindo dois procedimentos de investigação. Primeiramente, levantamento e análise de fontes primárias e secundárias sobre a vida pessoal e a carreira religiosa de d. Paulo Arns; sobre a história da Igreja católica no mundo, no Brasil e em São Paulo; sobre o contexto social, político e econômico do Brasil e de São Paulo antes e depois do regime militar. A segunda etapa da pesquisa consistiu na realização de entrevistas com alguns padres, religiosas e leigos que trabalharam com d. Paulo Arns no período ora estudado. Após a análise das iniciativas pastorais selecionadas, a conclusão a que se chega é de que d. Paulo Arns teria tido uma atuação religiosa/institucional e políticosocial. Por um lado, há uma nítida intenção de fortalecimento da Igreja católica. Ele teria sempre incentivado a formação de maior número de fiéis para assumir tarefas até então restritas a padres, o que representaria conseguir um contingente ampliado de missionários em potencial e de novas lideranças para conduzir o desenvolvimento das comunidades de base. Por outro, ele teria sempre procurado posicionar-se de maneira explícita em defesa dos direitos sociais e políticos de todas as pessoas, independentemente de classe social, convicção religiosa e ideologia política. O estudo está dividido em quatro Capítulos. No Capítulo 1, faz-se uma análise da história da realização do Concílio Vaticano II (1962 1965) e da Segunda Conferência do Episcopado Latino-Americano (1968), além dos conteúdos dos principais documentos promulgados durante os dois eventos. No Capítulo 2, apresenta-se um breve histórico da biografia de d. Paulo Arns, desde sua infância até sua estada por mais de dez anos em Petrópolis (RJ), onde exerceria diversos cargos (acadêmico, jornalístico e religioso). No Capítulo 3, são enfatizadas as primeiras iniciativas pastorais de d. Paulo Arns quando ainda bispo auxiliar na Arquidiocese de São Paulo. No Capítulo 4, são analisadas algumas das iniciativas mais marcantes da história da Igreja em São Paulo durante os primeiros vinte anos de seu arcebispado. / The target of this study is to understand the model of Catholic Church in Sao Paulo built throughout the first twenty years of D. Paulo Evaristo Arns conduct (1970 1990) fifth metropolitan archbishop and third Sao Paulo cardinal. Some of his main pastoral initiatives were researched and analyzed due to its effect in and out of Sao Paulo, and among the members of the archdiocese of Sao Paulo and the population in general. The study was developed following two practices of investigation. Firstly, survey and analysis of primary and secondary sources about D. Paulo Arns life and religious career; about the history of the Catholic Church in the world, in Brazil and in Sao Paulo; about social, political and economic context in Brazil and Sao Paulo before and after the military regime. The second step of the research consisted of interviews with some priests, religious women and laymen who worked with D. Paulo Arns during the studied period. After the analysis of the pastoral initiatives selected, the conclusion it reached is that d. Paulo Arns would have had a religious/institutional and social political acting. In a way, there is a clear intention of strengthening the Catholic Church. He would have always motivated the formation of a greater number of churchgoers to take over errands that till then were restricted to priests, which would get a big contingent of missionaries to be and of new leaderships to conduct the development of base communities. In another way, he would have always tried to place himself in an explicit way in defense of social and political rights of all people, no matter the social class, religious beliefs and political ideologies. The study is divided in four chapters. On Chapter 1, it analyses the history of the II Vatican Council realization (1962-1965) and the Second Conference of the Latin American Episcopacy (1968), besides the content of the main documents published during these two events. On Chapter 2, it presents D. Paulo Arns brief historical biography, from his childhood to his staying in Petropolis (RJ) for more than ten years, where he would exercise several positions (academic, journalistic and religious). On Chapter 3, D. Paulo Arns first pastoral initiatives are highlightened when still an auxiliary bishop in Sao Paulo Archdiocese. On Chapter 4, some of the most remarkable initiatives of the history of the Church in Sao Paulo are analysed during the first twenty years of his archbishopric.

Au sein des cellules, les ARNms sont liés par de nombreuses protéines, générant ainsi des particules appelées mRNPs (Ribonucléoparticules de messagers). Leur formation est cotranscriptionnelle, et leur composition va réguler l’ensemble des étapes du métabolisme des ARNms : stabilité, maturation, export, localisation et traduction. Au vu de l’importance de ces mécanismes dans la physiologie cellulaire, le contenu protéique des mRNPs est finement régulé dans le temps et l’espace et fait l’objet de nombreux remodelages. Ces changements de composition dépendent notamment des hélicases, ainsi que des modifications post-traductionnelles ; cependant, ces mécanismes demeurent à caractériser de façon plus approfondie. Une modification post-traductionnelle susceptible de moduler ces remaniements depuis la levure S. cerevisiae jusqu’aux métazoaires est la sumoylation. En effet, la SUMO-protéase Ulp1/SENP2, une enzyme clé de la machinerie de sumoylation, est localisée au panier des pores nucléaires, à proximité d’une plateforme d’ancrage des mRNPs destinées à l’export. Par ailleurs, il a été rapporté chez la levure que des mutants affectant la localisation et la stabilité d’Ulp1 présentent des défauts d’export et de localisation des mRNPs. Au vu de ces données, le laboratoire s’est intéressé aux rôles potentiels de la sumoylation dans le métabolisme de ces particules d’ARNm. Dans ce but, un crible protéomique a été réalisé chez la levure S. cerevisiae afin de comparer la composition des mRNPs entre des cellules sauvages ou mutantes pour Ulp1. Ce crible a mis en évidence un rôle d’Ulp1 dans le recrutement de deux composants des mRNPs, le complexe THO et l’hnRNP Hek2. Le complexe THO est un facteur multiprotéique qui participe à la prévention de l’instabilité génique et contribue à la transcription des ARNms, à l’assemblage des mRNPs et à leur export. L’hnRNP Hek2 est une protéine aux rôles multiples, dont l’association à un ARNm est susceptible de moduler sa stabilité, sa traduction et/ou sa localisation. Des analyses biochimiques nous ont permis de mettre en évidence l’existence de formes sumoylées de la sous-unité Hpr1 du complexe THO ainsi que de l’hnRNP Hek2. Toutes deux sont Ulp1-dépendantes, et interviennent sur la partie C-terminale de ces protéines. Nous avons également mis en évidence que chacune de ces sumoylations contrôle le recrutement de son substrat au sein des mRNPs. L’analyse fonctionnelle d’un mutant affectant la sumoylation d’Hpr1 a identifié cette modification comme nécessaire au recrutement du complexe THO sur une population d’ARNms impliqués dans la résistance au stress acide, autrement dégradés par l’exosome. Ainsi, l’absence de sumoylation d’Hpr1 diminue fortement la viabilité cellulaire en conditions de stress, un phénotype supprimé par l’inactivation de l’exosome. L’étude des effets de la sumoylation d’Hek2 suggère une modulation par SUMO de certaines de ses fonctions, notamment dans la localisation cellulaire des ARNms. L’ensemble de ces données fournit donc les deux premiers exemples de régulation du métabolisme des mRNPs par des événements de sumoylation intervenant au niveau du pore nucléaire. / Within the cells, mRNAs are associated to proteins, thereby generating particles called mRNPs (messenger ribonucleoproteins). mRNPs form in a cotranscriptional manner and their composition defines the fate of mRNAs by modulating the different steps of their metabolism, including their stability, their processing, their export, their localisation and their translation. In view of the importance of such mechanisms for cell physiology, several mechanisms ensure a tight spatio-temporal control of mRNPs composition through multiple mRNP remodelling events. These changes in the protein content of mRNPs depend on helicases and post-translational modifications, but remain to be further investigated. Sumoylation is one of the modifications that could contribute to mRNPs remodelling from yeast (S. cerevisiae) to metazoans. Indeed, it has been reported that the SUMO-protease Ulp1/SENP2, a key enzyme of the sumoylation machinery, is localized at the basket of nuclear pore complexes, in close vicinity with mRNPs committed for export. This particular localization, together with the reported defects in mRNPs export and localisation of yeast mutants affecting Ulp1, prompted the lab to ask whether sumoylation could contribute to mRNP biogenesis. In order to investigate this hypothesis, our lab compared mRNPs composition between wild-type and ulp1 mutant S. cerevisiae yeast strains using a proteomic approach. This screen identified two mRNP components that depend on Ulp1 for their recruitment onto these particles: the THO complex and the hnRNP Hek2. The THO complex is a multi-subunit factor that prevents genome instability and contributes to transcription, mRNP assembly and export. Hek2 has multiple functions in mRNA stability, translation and/or localization. Using biochemical approaches, we have been able to visualize sumoylated versions of the Hpr1 subunit of the THO complex and of the hnRNP Hek2. In both cases, this modification depends on Ulp1 activity and occurs on the C-terminal part of the protein. We further showed that these sumoylation events control THO and Hek2 recruitment onto mRNPs. Functional analysis of a mutant impairing Hpr1 sumoylation revealed that this modification is required for proper recruitment of the THO complex onto a subset of mRNAs involved in acidic stress resistance, which are otherwise degraded by the exosome. Decreased Hpr1 sumoylation results in a strong reduction of viability in acid stress conditions, a phenotype that is rescued by inactivation of the exosome. The investigation of the role of Hek2 sumoylation in mRNPs metabolism suggests that this modification regulates some of Hek2 functions, especially in mRNA localisation. All together, these results provide the two first examples of mRNPs components whose functions are regulated by sumoylation events occurring at the level of nuclear pores.

Landmines have inflicted an insurmountable amount of physical and psychological harm, inhibiting social and economic development far after the conflict has ended. In an effort to create a world free of the weapon, a campaign to ban landmines was launched by non-governmental organizations. The Mine Ban Convention entered into force in 1999, requiring nation-states to immediately ban the use, production and transfer of anti-personnel landmines (APLs), destroy stockpiles within four years and remove landmines already planted within ten years. This study examines the level of legal compliance with the Mine Ban Convention. An empirical analysis is conducted using a data base constructed from reports published by the Landmine Monitor. This study finds that the treaty is a successful work in progress with a majority of Parties in compliance; 44 million stockpiled APLs have been destroyed and eleven states have completed mine clearance. 170 million stockpiled APLs and countless emplaced mines remain, indicating the world is still far from the goal of a mine-free world. / by Jacqueline C. Perez. / Thesis (M.A.)--Florida Atlantic University, 2010. / Includes bibliography. / Electronic reproduction. Boca Raton, Fla., 2010. Mode of access: World Wide Web.

Ces dernières années, les avancées technologiques ont révélé qu’une majeure partie de notre génome est transcrit en ARNs non codants, qui sont impliqués dans de nombreuses pathologies. Dès lors, nous avons voulu, lors de cette thèse, mieux comprendre le rôle des ARNs non codants dans le cancer du sein.Dans un premier temps, nous avons étudié les micros ARNs non codants (miRs) dans un modèle cellulaire de cancer mammaire. Nous avons identifié deux miRs qui sont exprimés dans les lignées mammaires normales, mais pas dans les lignées cancéreuses. La surexpression de miR-137 entraine une diminution de la prolifération et de la migration des cellules cancéreuses. De plus, nous avons identifié que miR-137 cible directement la protéine histone déméthylase KDM5B et diminue son expression génique et protéique. Ensuite, nous avons cherché si d’autres histones déméthylases de la famille KDM5 pouvaient être régulées par les miRs. Nous avons découvert que KDM5C, qui est surexprimée dans les lignées mammaires cancéreuses, est une cible directe de miR-138. La surexpression de miR-138 dans les lignées tumorales diminue l’expression de KDM5C et entraine une chute de la prolifération cellulaire. Globalement, ces résultats révèlent que les miRs peuvent réguler les protéines épigénétiques KDM5 et contrôler la prolifération cellulaire.La deuxième partie de cette thèse est consacrée à un nouveau sujet de recherche pour la communauté scientifique :l’étude des longs ARNs non codants (lncRNAs). Des études pionnières révèlent que quelques lncRNAs sont impliqués dans les cancers du sein. Des milliers de lncRNAs existent, mais très peu ont été caractérisés. Dès lors, nous avons décidé d’évaluer globalement leur profil d’expression dans une large cohorte de cancers du sein. Nous avons identifié 215 lncRNAs dérégulés dans les tumeurs. Nos résultats révèlent que l’expression des lncRNAs permet de classer les cancers du sein en différents sous-types. Des analyses bioinformatiques ont permis de prédire leurs fonctions et leurs implications dans différentes voies moléculaires clés du cancer du sein telles que les voies PI3K/AKT/mTOR et MAPK. Nous avons également découvert que 210 lncRNAs sont des marqueurs pronostics indépendants du risque de rechute. Enfin, nous avons choisi deux lncRNAs que nous avons étudiés expérimentalement. Nous avons montré que lnc-KIN-2 contrôle la prolifération cellulaire en régulant l’expression des gènes GATA3 et ESR1. Ensuite, nous avons découvert que CYTOR, un lncRNA surexprimé dans les tumeurs mammaires, régule des gènes de la voie EGFR/mTOR et est requis pour la prolifération et la migration cellulaire ainsi que pour le maintien du cytosquelette et de la morphologie normale de la cellule.En démontrant l’importance biologique des ARNs non codants dans le développement des tumeurs mammaires, ces résultats laissent entrevoir la mise en lumière de nouveaux mécanismes par lesquels ces ARNs particuliers, qui ne codent pas des protéines, contribuent au processus de cancérogénèse et pourraient devenir des nouvelles cibles thérapeutiques. / Doctorat en Sciences biomédicales et pharmaceutiques (Médecine) / info:eu-repo/semantics/nonPublished

Les rétrovirus endogènes sont des parasites génétiques qui s’insèrent dans l’ADN génomique. Bien que leurs insertions délétères soient éliminées par la sélection naturelle, ils prolifèrent et sont une source de plasticité génomique. L’étude de l’impact de leur mobilité sur le génome hôte est rendue difficile par le faible taux de transposition de ces éléments, réprimés par des petits ARN appelés piARNs. Nous avons développé une approche génétique permettant d’inactiver ce contrôle et de déterminer l’impact sur le génome de la drosophile, d’une transposition réplicative. Nous avons remarqué la mise en place d’autres mécanismes de répression des rétrovirus endogènes lors de la perte des piARNs pouvant ainsi limiter leur propagation. Nous avons aussi identifié de nouveaux sites d’intégrations des rétrovirus endogènes après un cycle de transposition réplicative. Cependant, le taux de transposition reste faible. Ce projet combinant différentes approches (génétique, séquençage à haut débit et bioinformatique) a permis de démontrer que la voie des piARNs n’est pas cruciale pour le maintien de l’intégrité du génome, et que d’autres mécanismes semblent intervenir afin de maintenir sa stabilité. / Endogenous retrovirsuses are genetic parasites which are inserted in the genomic DNA. Although their deleterious insertions are eliminated by natural selection, they proliferate and are a source of genomic plasticity. The study of the impact of their mobility on the host genome is made difficult by the transposition’s low rate of these elements, suppressed by a class of small RNA, called piRNA. We have developed a genetic approach to inactivate this control and determine the impact on Drosophila’s genome, after one replicative transposition. We noticed the establishment of other endogenous retroviruses repression mechanisms that are awakened after the loss of the piRNA and they are able to limit their spread. We identified new integrations sites of endogenous retrovirus after one replicative transposition. But we noticed that the transposition rate still low. This project combines different approaches (genetics, high-throughput sequencing and bioinformatics) and show the piRNA pathway is not essential to maintain genome integrity but other mechanisms involving small RNA can be implicated in the genome stability.