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Caracterització cinètica de la formació de fibres amiloides i cerca de funcions remotes de dominis d'activació de procarboxipeptidases humanes

Cerdà Costa, Núria 16 December 2008 (has links)
Els dominis d'activació són presents en la porció N-terminal de la forma inactiva de les procarboxipeptidases de la subfamília de proteases M14A, i les seves funcions descrites comprenen tant el manteniment d'aquest estat inactiu com l'assistència en el plegament de l'enzim complet. La limitada mida i la notable estabilitat derivada de la gran quantitat d'estructura secundària han fet que un d'aquests dominis, el de la procarboxipeptidasa A2 humana (ADA2h) hagi estat un bon model per a l'estudi del plegament proteic, en treballs anteriors, i de l'agregació en forma de fibres amiloides en la present tesi. Els estudis cinètics de dicroisme circular de la variant salvatge i una extensa bateria de mutants puntuals revelen la seqüència corresponent a la cadena beta-4 com la responsable de la direcció del procés d'agregació ordenada en conformació beta. Mutacions en aquesta zona tenen la capacitat tant d'accelerar dramàticament la velocitat d'agregació, com d'abolir-la totalment. Les correlacions amb algorismes predictius de l'agregació basats en les propietats físico-químiques de la seqüència polipeptídica posen de manifest la rellevància principal de l'estructura primària en el govern del procés. La cinètica d'agregació per dicroisme circular mostra una naturalesa dual, amb una segona etapa pràcticament independent de concentració proteica, indicant una etapa tardana de reorganització conformacional. Estudis cinètics complementaris per espectroscòpia d'infraroig mostren igualment una reorganització molecular i assenyalen que la conformació agregada en beta present a la fibra amiloide sembla originar-se primerament a partir de les hèlixs-alfa parcialment desplegades. L'estudi de mutants amb diferent propensió a l'agregació i estabilitat ha mostrat que les mutacions comporten canvis en la via d'agregació, però que finalment arriben al mateix punt de fibril·lació.Una possible funció alternativa per a un d'aquests dominis, els quals tenen una extraordinària complexitat en comparació amb altres seqüències inhibidores en cis, ha estat cercada mitjançant eines bioinformàtiques. Certa similitud seqüencial i estructural sembla ser trobada entre el domini d'activació de la procarboxipeptidasa A4 humana (ADA4h) i un domini d'unió a RNA (RRM), suggerint una possible funció ancestral per al primer, bé que no tots els residus claus per a la interacció són presents a ADA4h. La hipòtesi ha estat comprovada experimentalment mitjançant un gel de retardament, observant-se una unió a RNA dèbil i inespecífica per al RNA assajat, d'acord amb el que s'havia predit bioinformàticament. Aquest fet no exclou, emperò, una unió fisiològica i específica amb un altra molècula de RNA diferent a l'assajada. / Los dominios de activación están presentes en la porción N-terminal de la forma inactiva de las procarboxipeptidasas de la subfamilia de proteasas M14A, y sus funciones descritas comprenden tanto el mantenimiento de este estado inactivo como la asistencia en el plegamiento de la enzima completa. Su limitada longitud y notable estabilidad, derivada de la gran cantidad de estructura secundaria, han hecho que uno de estos dominios, el de la procarboxipeptidasa A2 humana (ADA2h) haya sido un buen modelo para el estudio del plegamiento proteico, en trabajos anteriores, y de la agregación en forma de fibras amiloides en la presente tesis. Los estudios cinéticos de dicroísmo circular de la variante salvaje y una extensa batería de mutantes puntuales revelan la secuencia correspondiente a la cadena beta-4 como la responsable de la dirección del proceso de agregación ordenada en conformación beta. Mutaciones en esta zona tienen la capacidad tanto de acelerar dramáticamente la velocidad de agregación, como de abolirla totalmente. Las correlaciones con algoritmos predictivos de agregación basados en las propiedades fisicoquímicas de la secuencia polipeptídica ponen de manifiesto la relevancia principal de la estructura primaria en el gobierno del proceso. La cinética de agregación por dicroísmo circular muestra una naturaleza dual, con una segunda etapa prácticamente independiente de concentración proteica, indicando una etapa tardía de reorganización conformacional. Estudios cinéticos complementarios por espectroscopia de infrarrojo muestran igualmente una reorganización molecular y señalan que la conformación agregada en beta presente en la fibra amiloide parece originarse primeramente a partir de las hélices alfa parcialmente desplegadas. El estudio de mutantes con diferente propensión de agregación y estabilidad ha demostrado que las mutaciones producen cambios en la vía de agregación, pero que finalmente convergen en el mismo punto de fibrilación.Una posible función alternativa para uno de estos dominios, las cuales tienen una extraordinaria complejidad en comparación con otras secuencias inhibidoras en cis, ha sido buscada mediante herramientas bioinformáticas. Cierta similitud secuencial y estructural parece haber sido encontrada entre el dominio de activación de la procarboxipeptidasa A4 humana (ADA4h) y un dominio de unión a RNA (RRM), sugiriendo una posible función ancestral para el primero, aunque no todos los residuos clave para la interacción son presentes en ADA4h. La hipótesis ha sido comprobada experimentalmente mediante un gel de retardo, observándose una unión a RNA débil e inespecífica para el RNA ensayado, de acuerdo con lo que había sido predicho bioinformáticamente. Este hecho no excluiría una unión fisiológica y específica con otra molécula de RNA diferente a la ensayada. / The activation domains are found in the N-terminal portion of the inactive form of the M14A subfamily procarboxypeptidases, and their described functions comprise the maintenance of the inactive state and the folding assistance of the proenzyme. Their limited size and notable stability, derived from the high amount of secondary structure, promoted the use of one of these domains, the activation domain of procarboxypeptidase A2 (ADA2h), as a folding model, in previous works, and as an amyloid formation model in the present thesis. The kinetic experiments of aggregation on the wild-type protein and a big battery of point mutants indicate that the sequence corresponding to beta-strand 4 is the main responsible of the direction of the ordered aggregation process. Mutations in this zone can either accelerate or decelerate the velocity of the aggregation process, and even abolish aggregation completely. The correlations with prediction algorithms based on the physicochemical properties of the polypeptide sequence show the relevance of the primary structure in the lead of the process. The kinetics of aggregation followed by circular dichroism exhibit a dual nature, with a second phase almost independent of protein concentration, thus indicating a late phase of conformational reorganisation. Complementary kinetic studies on ADA2h followed by infrared spectroscopy also reveal a molecular reorganisation phase, and identify the partially exposed alpha-helices as the origin of the aggregated conformation. These experiments were carried out with 3 other point mutants with different stability and aggregation velocities (according to the previous experiments), and proved that the mutations introduce changes in the aggregation pathway although the same final point is reached for all of them.A possible alternative function for one of these domains, which have an extraordinary complexity compared to other inhibitory sequences found in cis, has been investigated using bioinformatic tools. Some sequential and structural similarity has been found between the activation domain of procarboxypeptidase A4 (ADA4h) and a RNA binding domain (RRM), thus suggesting a possible ancestral function for the activation domain. However, not all the key residues required for an interaction with RNA can be found in ADA4h, hence a weaker interaction was predicted. This hypothesis has been experimentally tested using electrophoretic mobility shift assays (EMSA), observing a weak and unspecific RNA binding. It remains to be tested, however, if a physiological (and therefore specific) binding could be carried out for ADA4h using a different RNA molecule from the one assayed.
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La agregación modular como mecanismo proyectual residencial en España: el taller de arquitectura

García Hernández, Pedro 01 March 2013 (has links)
El Congrés d'Otterlo de 1959 va significar el principi de la fi de la Carta d'Atenes. Els arquitectes del Team 10 van plantejar, a partir d'aquest moment, una nova forma de relació entre edifici i ciutat. La ciutat tradicional, la "kashba" i les medines, van ser reinterpretades com a opcions per futures reflexions de relació, a diverses escales, entre l’hàbitat i el seu entorn. D'aquesta manera l'arquitectura, a través de l’autonomia que li atorguen les seves pròpies lleis, va ser capaç; d'establir diàleg amb el territori i amb la societat. La voluntat de canvi cap a una nova societat i una nova forma de fer ciutat van introduir conceptes arquitectònics totalment nous. Els sistemes agregatius, van ser les propostes més utilitzades com a resposta a les qüestions plantejades. L'activitat edilícia va ser vista com una escala intermèdia de relació a través de la unitat d’agregació. Mig segle més tard, tota una sèrie d'arquitectes reinterpreten molts d'aquests conceptes. Les noves tecnologies aplicades a l'activitat arquitectònica han fet una nova relectura d'aquests sistemes. La incorporació de conceptes matemàtics i conceptes estètics, com el collage arquitectònic, són fonamentals per entendre la manera com plantegen estudis com OMA i, especialment, SANAA, la resposta arquitectònica als problemes plantejats perla societat actual. La tesis profunditza en la manera en que totes aquestes idees plantejades a partir dels anys seixanta, i que encara perduren com a mètode de treball, van arribar al nostre país i com es van desenvolupar, de forma embrionària, unes propostes que van sorprendre inclús més enllà de les nostres fronteres. A la península ibèrica deis anys seixanta, hi va haver cert interès pels sistemes modulars. En el camp teòric, s'han de destacar les propostes de Rafael Leoz, les seves publicacions i llibres. En el camp pràctic, arquitectes com Bonet Castellana, Coderch, Sáez de Oiza i Corrales i Molezun, van demostrar la connexió amb las propostes que es desenvolupaven als països veïns. Tot i així, va ser el Taller d'Arquitectura el que va projectar i executar un major número d'exemples en una línea clara, treballant els sistemes agregatius i el desenvolupament d'aquests a partir d'una investigació modular. El barri Gaudí de Reus serà un primer intent de recerca de lleis agregatives. A la Muralla Roja i a l'edifici Xanadú, es van començar a explorar els habitatges i a concretar el mòdul que finalment van aplicar al Castell de Sitges. La culminació del sistema agregatiu es realitzarà a la Ciudad en el Espacio i a Walden 7, on s'arriba a la solució més rica i clara de totes les anteriors. Li seguirà la Petit Cathedral, on la recerca de la monumentalitat s'anteposa a les pròpies lleis agregatives, i que serà el final de tota una dècada d'investigació. L’anàlisi d'aquestes obres, així com la metodologia utilitzada i l'organització del propi Taller són fonamentals per entendre l'evolució d'aquestes propostes que van demostrar el geni i caràcter d’un jove Ricardo Bofill al davant del Taller de Arquitectura. / El Congreso de Otterlo de 1959 significó el principio del fin de la Carta de Atenas. Los arquitectos del Team 10 plantearon, a partir de ese momento una nueva forma de relación entre edificio y ciudad. La ciudad tradicional, la "kashba" y las medinas, fueron reinterpretadas como opciones para futuras reflexiones de relación, a diversas escalas, entre el hábitat y su entorno. De este modo la arquitectura, a través de la autonomía que le otorgan sus propias leyes, fue capaz de establecer diálogo con el territorio y con la sociedad. La voluntad de cambio hacia una nueva sociedad y una nueva forma de hacer ciudad introdujeron conceptos arquitectónicos totalmente nuevos. Los sistemas agregativos, fueron las propuestas más utilizadas como respuesta a las cuestiones planteadas. La actividad edilicia fue vista como una escala intermedia de relación a través de la unidad de agregación. Pasado medio siglo, toda una serie de arquitectos reinterpretan actualmente muchos de estos conceptos. Las nuevas tecnologías aplicadas a la actividad arquitectónica, han hecho una nueva relectura de dichos sistemas. La incorporación de conceptos matemáticos y conceptos estéticos como el collage arquitectónico son fundamentales para entender la manera de cómo plantean estudios como OMA y, especialmente, SANAA, la respuesta arquitectónica a los problemas planteados por la sociedad actual. La tesis profundiza en la manera en que todas estas ideas planteadas a partir de los años sesenta, y que aún perduran como método de trabajo, llegaron a nuestro país y como se desarrollaron, de forma embrionaria, unas propuestas, que asombraron incluso más allá de nuestras fronteras. En la península ibérica de los años sesenta, hubo un cierto interés por los sistemas modulares. En el campo teórico, hay que destacar las propuestas de Rafael Leoz y sus publicaciones y libros. En la práctica, arquitectos como Bonet Castellana, Coderch, Sáez de Oiza y Corrales y Molezun, demostraron la conexión con las propuestas que se desarrollaban en los países vecinos. Sin embargo, fue el Taller de Arquitectura, el que proyectó y ejecutó un mayor número de ejemplos en una línea clara, trabajando los sistemas agregativos y el desarrollo de estos a partir de una investigación modular. El barrio Gaudí de Reus será un primer intento de búsqueda de leyes agregativas. En la Muralla Roja y en el edificio Xanadú, comenzaron a explorar las viviendas y a concretar el modulo que finalmente aplicaron en el Castell de Sitges. La culminación del sistema agregativo se realizara en la Ciudad en el Espacio y en Walden 7, donde se llega a la solución más rica y clara de todas las anteriores. Le seguirá la Petit Cathedral, donde la búsqueda de la monumentalidad se antepone a las propias leyes agregativas y que será el fin de toda una década de investigación. El análisis de estas obras, así como la metodología utilizada y la organización del propio Taller son fundamentales para entender la evolución de estas propuestas que demostraron el genio y carácter de un joven Ricardo Bofill al frente del Taller de Arquitectura. / The Otterlo Congress of 1959 marked the beginning of the end of the Athens Charter. From then on, the Team 10 architects raised a new form of relationship between the building and the city. The traditional city, the "Kashba" and the medinas, were reinterpreted as options for future relationship considerations between habitat and environment at different scales. Thereby architecture, by virtue of the autonomy granted by its own laws, was able to establish a dialogue with the territory and with society. The will to change towards a new society and a new way of city-making introduced totally new architectural concepts. Aggregative systems were the most commonly used proposals in response to the issues raised. The building activity was seen as an intermediate relationship scale through the aggregation unit. Half a century later, a vast number of architects currently reinterpret many of these concepts. New technologies applied to architectural activity have generated a new reading of such systems. The incorporation of mathematical and aesthetic concepts such as architectural collage are fundamental for the understanding of the way in which studios such as OMA and especially Saana set out the response to the problems posed by today's society. The thesis delves into the manner in which all the ideas raised in the sixties- and which still remain as working methods- reached our country and how they embryonically developed proposals that stunned even beyond our borders. In the lberian Peninsula of the sixties there was some interest in modular systems. In the theoretical field, Rafael Leoz's proposals and publications are noteworthy. In the practical field, architects such as Bonet Castellana, Coderch,Sáez de Oiza y Corrales and Molezún showed the connection with the proposals that were developed in the neighboring countries. However, it was the Taller de Arquitectura [Architecture Workshop], which planned and executed a large number of clear examples working with aggregative systems and their development on the basis of a modular research. The Gaudí neighborhood in Reus would become the first attempt to search aggregative laws. The Muralla Roja [Red Wall] and the Xanadú building, began to explore the dwellings and to settle the module that would then be applied on the Castell de Sitges [Sitges Castle]. The culmination of aggregative system would be accomplished in the Ciudad en el Espacio [The City in Space] and in the Walden 7, where the richest and clearest solution among all the previous is reached. They were followed by the Petite Cathédrale, wherein the search for monumentality preempts aggregative laws themselves and that will be the end of a whole decade of research. The analysis of these works, as well as the methodology and the organization of the Taller itself are key to understand the evolution of proposals which proved the genius and character of a young Ricardo Bofill leading the Taller de Arquitectura.
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Porfirinas solubles en agua: Síntesis, homoasociación y propiedades fotofísicas de porfirinas sulfonadas 5,15-difenilsustituidas.

García Ortega, Héctor 30 April 2003 (has links)
El trabajo reporta el estudio realizado sobre 5,15-difenilporfirinas sulfonadas. La sulfonación de la 5,15-difenilporfirina (DPP) con H2SO4 conc. procedió sobre la posición C2 del anillo de porfirina y en las posiciones para de los anillos fenílicos obteniéndose las porfirinas 2-sulfonato-5,15-bis(4-sulfonatofenil)porfirina (DPPS3), 5,15-bis(4-sulfonatofenil)porfirina (DPPS2A), 5-fenil-2-sulfonato-15-(4-sulfonato-fenil)porfirina (DPPS2B), 15-fenil-5-(4-sulfonatofenil)porfirina (DPPS1A) y 2-sulfonato-5,15-difenilporfirina (DPPS1B). Al utilizar H2SO4 fumante (30% SO3) la sulfonación de la DPP procedió sobre las posiciones meso libres del anillo de porfirina y para-fenílicas obteniéndose la 5,15-disulfonato-10,20-bis(4-sulfonatofenil)porfirina (DPPS4). La bromación con NBS en DMF de DPPS3 y 2-sulfonato-5,15-bis(4-sulfonatofenil)porfirina de zinc (II) (ZnDPPS3) resultó en la obtención de las porfirinas 10-bromo-2-sulfonato-5,15-bis(4-sulfonatofenil)porfirina (BrDPPS3) y 10-bromo-2-sulfonato-5,15-bis(4-sulfonatofenil)porfirina de zinc (II) (ZnBrDPPS3) respectivamente. Con los experimentos de RMN1H, 13C, NOESY1H1H, COSY1H1H, HMBC y HSQC1H13C y 1H15N se determinó que el equilibrio tautomérico a temperatura ambiente en las porfirinas DPPS3 y BrDPPS3 se encuentra desplazado hacia el tautómero trans H-N22/H-N24, concluyendo que la posición meso en las 5,15-diarilporfirinas tiene mayor influencia sobre el comportamiento cinético del tautomerismo H-N que la sustitución en la posición beta(C2). El estudio de la homoasociación de estas porfirinas demostró que a mayor grado de sustitución hay menor grado de agregación tanto en medio neutro como en medio ácido. Las porfirinas DPPS3, BrDPPS3, DPPS2A, DPPS2B, ZnDPPS3, ZnBrDPPS3, H2DPPS3, H2BrDPPS3 forman agregados tipo H. Las porfirinas H2DPPS2A y H2DPPS2B forman agregados de tipo J de geometría múltiple. La sustitución en las posiciones meso con grupos sulfonato evita la agregación de DPPS4 y H2DPPS4. El estudio por fotólisis de destello láser de los porfirinoides solubles en D2O estudiados nos indicó que a concentraciones diluidas y en ausencia de oxígeno se genera un estado triplete que se desactiva al estado fundamental por un solo camino pero que en disoluciones en las cuales hay presencia de agregados el estado triplete se desactiva por dos caminos según el modelo siguiente S0←T1→T'1→S0. En presencia de O2 los estados transitorios tanto de disoluciones diluidas como concentradas (1,0·10-7 M a 1,0·10-3 M) de los porfirinoides estudiados siguen sólo un camino de desactivación. En la mayoría de los casos estudiados, el aumento de la concentración en disoluciones genera una disminución del rendimiento cuántico de la especie transitoria pero a partir de concentraciones en las cuales hay presencia de agregados el rendimiento cuántico de la especie transitoria aumenta, en los casos de TPPS4 y la ZnTPPS4 el aumento de la concentración siempre resulta en un aumento en la formación del transitorio. De los porfirinoides estudiados los que dan mejores rendimientos cuánticos de producción de oxígeno singlete son las porfirinas base libre (TPPS4 > DPPS3 > BrDPPS3 > ZnDPPS3 > MgClo > ZnTPPS4 > ZnFTS4 > CuFTS4). En el caso de TPPS4, BrDPPS3, ZnBrDPPS3 y ZnTPPS4, el rendimiento cuántico de O2(1-delta-g) aumenta para disoluciones concentradas (aprox. 1,0·10-4 M).
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Contribución a la evaluación y dimensionado de nodos y enlaces en redes de alta velocidad

Pallarès Segarra, Esteve 05 June 2001 (has links)
La tendencia de las redes actuales de telecomunicaciones es la integración de todo tipo de servicios los cuales demandan distintos criterios de calidad. A pesar de ello se siguen utilizando redes clásicas que originalmente fueron pensadas para soportar un único tipo de servicio. Dichas redes son adaptadas para poder soportar con mayor o menor éxito la demanda de nuevos servicios exigida por los usuarios. En este entorno parece lógico desarrollar nuevas herramientas que permitan evaluar el comportamiento de estas redes integradoras de servicios.En este trabajo se han desarrollado nuevas herramientas de análisis para estudiar la de pérdida de información en el buffer de un multiplexor. Para caracterizar el tráfico agregado se ha utilizado un modelo de fluidos con fuentes ON-OFF heterogéneas. Así pues a partir de modelos fiables de tráfico real basados en fuentes ON-OFF es posible utilizar estas herramientas para el diseño y dimensionado de redes de telecomunicaciones. Se han desarrollado técnicas analíticas que permiten obtener una mayor precisión en el cálculo de la probabilidad de pérdida. En el caso de utilizar muchas fuentes, el cálculo de esta probabilidad puede ser una tarea computacionalmente muy costosa e incluso inabordable. En este trabajo se propone una expresión aproximada que facilita dicho cálculo, de manera que tenga un coste computacional razonable. Se han comparado los resultados obtenidos utilizando la expresión aproximada con los valores exactos, obteniendo un resultado bastante satisfactorio. Además la expresión propuesta también es de utilidad para el diseño y el dimensionamiento de nodos y enlaces en redes de telecomunicaciones. Finalmente también se ha propuesto un algoritmo heurístico para el diseño de topologías de redes conmutadas en las cuales se quiera acotar la probabilidad de pérdida de la información. Dicho algoritmo consta de dos fases, primero se construye una topología inicial que cumpla con las restricciones de calidad de servicio impuestas a la red. En una segunda fase se intentan combinar pares de nodos para formar uno solo, siempre y cuando se sigan cumpliendo las restricciones de conectividad y de calidad de servicio. El objetivo es obtener una topología con el mínimo número de nodos y de enlaces posible.

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