Submitted by Programa de Pós-graduação em Biotecnologia (mebiotec.ufba@gmail.com) on 2017-09-14T14:16:25Z No. of bitstreams: 1 Dissertação final - Luciana Lima.pdf: 2423067 bytes, checksum: a4f37f089f064b722852c1a6565ea7de (MD5) / Approved for entry into archive by Edvaldo Souza (edvaldosouza@ufba.br) on 2017-10-02T20:39:39Z (GMT) No. of bitstreams: 1 Dissertação final - Luciana Lima.pdf: 2423067 bytes, checksum: a4f37f089f064b722852c1a6565ea7de (MD5) / Made available in DSpace on 2017-10-02T20:39:39Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Dissertação final - Luciana Lima.pdf: 2423067 bytes, checksum: a4f37f089f064b722852c1a6565ea7de (MD5) / Fapesb / A acidificação e a Corrosão Microbiologicamente influenciada (CMI) são os principais problemas associados às Bactérias Redutoras de Sulfato (BRS) dentro da indústria de petróleo. Como forma minimizar os problemas citados, a indústria recorre a métodos de controles diversos, dentre os quais se destaca a utilização de biocidas, que por apresentar baixa eficiência e um custo elevado nem sempre são suficientes para conter a ação corrosiva das BRS. Compreender a dinâmica populacional das BRS em campos de petróleo é fundamental, tendo em vista a possibilidade de esclarecer os processos de acidificação e corrosão que acometem os reservatórios e os sistemas de transporte. Deste modo, métodos de cultivo tradicionais são utilizados e apesar da sua importância por vezes subestimam populações complexas. Por outro lado, métodos independentes de cultivo já promoveram uma compreensão destas comunidades em ambientes extremos, quando empregados em paralelo aos métodos tradicionais. O objetivo deste estudo foi testar e validar técnicas moleculares para monitorar em tempo real BRS em amostras de água produzida (AP), a partir de quatro poços (A, B, C e D) em diferentes pontos na região do Recôncavo Baiano, utilizando os métodos FISH, DAPI e NMP (número mais provável). Os dados obtidos evidenciaram a reunião de baixas populações de BRS nos poços pesquisados, e por meio de análise de variância (ANOVA) utilizando o teste de Scott Knott, foi observada a significância estatística (p≤0,05), entre as médias avaliadas para o poço de petróleo C, quando os três métodos (DAPI, FISH e NMP) foram comparados. Os métodos DAPI e FISH também apresentaram um p≤0,05 para a avaliação do poço D, sugerindo que as limitações encontradas pelo método NMP, para o respectivo poço, foram supridas pelos métodos independentes de cultivo. O qPCR foi empregado no referido estudo para quantificar o número de cópias do gene dsrA, responsável pela redução do sulfato, através da quantificação absoluta. Entanto, foi necessário previamente bioestimular uma amostra de AP em três concentrações diferentes (20%, 40% e 60%). Os resultados evidenciaram que a amostra de AP na concentração de 60% permitiu a amplificação do DNA extraído e a validação da metodologia, uma vez que a análise de qPCR mostrou um slope -3,32, uma eficiência de 100,081% e um R2 de 0,999.

174f. / Submitted by Ana Hilda Fonseca (anahilda@ufba.br) on 2013-04-03T14:55:10Z No. of bitstreams: 1 Tese Cleber.pdf: 3023251 bytes, checksum: 3c19c67227656dc28f623ea371c6e7dd (MD5) / Approved for entry into archive by Ana Hilda Fonseca(anahilda@ufba.br) on 2013-04-23T15:23:58Z (GMT) No. of bitstreams: 1 Tese Cleber.pdf: 3023251 bytes, checksum: 3c19c67227656dc28f623ea371c6e7dd (MD5) / Made available in DSpace on 2013-04-23T15:23:58Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Tese Cleber.pdf: 3023251 bytes, checksum: 3c19c67227656dc28f623ea371c6e7dd (MD5) Previous issue date: 2011 / CAPES / Nesta tese é apresentada a aplicação de técnicas quimiométricas na otimização de métodos usando a espectrometria de emissão óptica com plasma indutivamente acoplado (ICP OES) e espectrometria de absorção atômica com chama (F AAS) visando a análise de amostras ambientais. No primeiro trabalho, variáveis como potência de radiofrequência, vazão do gás do plasma, vazão do fluxo de nebulização, vazão do gás auxiliar, vazão da amostra e concentração de ácido nítrico na amostra foram otimizadas através da aplicação de planejamento fatorial completo e Box-Behnken. Parâmetros analíticos como precisão, robustez, sensibilidade e exatidão mostraram-se adequados para determinação de Al, B, Ba, Ca, Cd, Co, Cr, Cu, Fe, K, Li, Mg, Mn, Mo, Na, Ni, Pb, Si, Sn, Sr, Ti, Tl, V e Zn em amostras de água subterrânea, água de rio, efluente e solo usando ICP OES. A estratégia de medição e o tempo total de análise também foram otimizados. O novo método foi implantado na rotina do laboratório da CETREL e está proporcionando uma enorme redução no consumo do argônio, em torno de 35 %, gerando uma economia de aproximadamente 320 m3 de argônio anuais, além da redução nos custos associados a outros acessórios do ICP OES. No segundo trabalho, três variáveis de pré-concentração do chumbo (pH, concentração do tampão e vazão da amostra) foram otimizadas empregando planejamento fatorial completo 23. O método é baseado na sorção de Pb(II) em uma minicoluna recheada com uma resina de Amberlite XAD-4 funcionalizada com 4-(5´- bromo-2´-tiazolilazo)orcinol (Br-TAO). O método apresentou limite de quantificação de 1,7 μg L-1, faixa linear de 1,7-200 μg L-1 e fator de enriquecimento de 36, para 25,0 mL de amostra. A exatidão do método foi verificada pela determinação de chumbo em material de referência certificado de água doce NIST 1643d. O método foi aplicado na determinação de chumbo em amostras de água coletadas na cidade de Jequié-BA usando F AAS. Os teores de chumbo variaram de 4,1 a 5,7 μg L-1. As ferramentas quimiométricas utilizadas nos dois trabalhos foram muito eficazes na otimização de variáveis importantes e permitiu um estudo descritivo das variáveis e suas interações. Os dois métodos apresentaram parâmetros analíticos adequados para determinação de metais e metalóides em amostras ambientais / Salvador

Submitted by Livia Mello (liviacmello@yahoo.com.br) on 2016-09-28T13:36:10Z No. of bitstreams: 1 TeseMD.pdf: 2629186 bytes, checksum: a65ef77c5020a35a967c33f34da819c0 (MD5) / Approved for entry into archive by Marina Freitas (marinapf@ufscar.br) on 2016-10-04T19:04:45Z (GMT) No. of bitstreams: 1 TeseMD.pdf: 2629186 bytes, checksum: a65ef77c5020a35a967c33f34da819c0 (MD5) / Approved for entry into archive by Marina Freitas (marinapf@ufscar.br) on 2016-10-04T19:04:50Z (GMT) No. of bitstreams: 1 TeseMD.pdf: 2629186 bytes, checksum: a65ef77c5020a35a967c33f34da819c0 (MD5) / Made available in DSpace on 2016-10-04T19:04:56Z (GMT). No. of bitstreams: 1 TeseMD.pdf: 2629186 bytes, checksum: a65ef77c5020a35a967c33f34da819c0 (MD5) Previous issue date: 2015-11-27 / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / The presence of drugs in the environment is an important issue in environmental risk assessment. The fluoroquinolones represent a class of compounds widely used in human and veterinary medicine, and its apport in the environment is continuous and lacking of monitoring. In this scope, it is important to evaluate the levels of these compounds in the environment and their toxicological impact on aquatic organisms. The present study discuss the development and validation of analytical methods for direct injection of samples using liquid chromatography coupled to mass spectrometry for multiresidual determination of fluoroquinolones in effluents of São Carlos – SP, and toxicity tests of ciprofloxacin (CIP) on fish. For monitoring of effluent samples, six fluoroquinolones were evaluated: CIP, gemifloxacin, moxifloxacin, ofloxacin, enrofloxacin, and norfloxacin (NOR). In effluent samples from wastewater treatment plant, CIP and NOR were quantified at concentrations of 195 ng L-1 and 270 ng L-1, respectively. Toxicity studies of CIP in species of O. niloticus exposed to different concentrations (0.5, 1.0 and 5.0 μg L-1) for periods of 7 and 14 days were evaluated by enzymatic and non-enzymatic systems. The biochemical assays demonstrated that fishes were not able to perform the detoxification, which was evidenced by the severe damage in their cells, especially on the gills and liver of the fishes. In vitro studies were carried out in species of O. mykiss, evaluating the biotransformation and bioaccumulative potential of some drugs commonly used in fish farms, including fluoroquinolones. The results using this in vitro model corroborate to the understanding of similarities and differences among different species of fish, as well as the assessment of environmental impact due to these compounds present in the environment. / A presença de fármacos no meio ambiente é uma importante questão na avaliação de impactos ambientais. As fluoroquinolonas (FQs) representam uma classe de compostos amplamente utilizada na medicina humana e veterinária, e seu aporte no ambiente é contínuo e ausente de monitoramento. Diante deste panorama, é importante a avaliação dos níveis destes compostos, bem como o impacto toxicológico em organismos aquáticos. O presente trabalho discute o desenvolvimento e validação de métodos analíticos, por injeção direta de amostras usando a cromatografia líquida hifenada ao espectrômetro de massas, para a determinação multiresidual de FQs, em efluentes do município de São Carlos – SP, a para ensaios de toxicidade do ciprofloxacino (CIP) em peixes. Para o monitoramento em efluentes, seis FQs foram avaliadas: CIP, gemifloxacino, moxifloxacino, ofloxacino, enrofloxacino, e norfloxacino (NOR). As FQs não foram encontradas nos 4 pontos de coleta ao longo do Monjolinho, mas em amostras de influente da estação de tratamento de esgoto de São Carlos foram quantificadas a CIP (195 ng L-1) e a NOR (270 ng L-1). Foram feitos ensaios de estresse oxidativo, por avaliação de sistemas enzimáticos e não enzimáticos em espécie O. niloticus, expostos ao CIP em diferentes concentrações (0,5, 1,0 e 5,0 μg L-1) em períodos de 7 e 14 dias. Estes ensaios bioquímicos demonstraram que o organismo do peixe não foi capaz de realizar a detoxificação, evidenciado pelos danos severos ocorridos à níveis celulares, principalmente nas brânquias e fígado. Frações S9 de fígado de trutas (O. mykiss) foram utilizadas a fim de avaliar a biotransformação e o potencial bioacumulativo de alguns fármacos comumente utilizados em pisciculturas. Os resultados obtidos com o modelo in vitro corroboram para o entendimento das similaridades e diferenças entre as espécies de peixes, e também para a avaliação do impacto ambiental causado por estes compostos presentes no meio ambiente. / FAPESP: 2010/19000-2

Submitted by Divisão de Documentação/BC Biblioteca Central (ddbc@ufam.edu.br) on 2016-11-25T15:10:49Z No. of bitstreams: 1 Dissertação - Marla Jalene Alves.pdf: 2258783 bytes, checksum: 2a65889894741102692a4ac397f43a07 (MD5) / Approved for entry into archive by Divisão de Documentação/BC Biblioteca Central (ddbc@ufam.edu.br) on 2016-11-25T15:11:05Z (GMT) No. of bitstreams: 1 Dissertação - Marla Jalene Alves.pdf: 2258783 bytes, checksum: 2a65889894741102692a4ac397f43a07 (MD5) / Approved for entry into archive by Divisão de Documentação/BC Biblioteca Central (ddbc@ufam.edu.br) on 2016-11-25T15:11:18Z (GMT) No. of bitstreams: 1 Dissertação - Marla Jalene Alves.pdf: 2258783 bytes, checksum: 2a65889894741102692a4ac397f43a07 (MD5) / Made available in DSpace on 2016-11-25T15:11:19Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Dissertação - Marla Jalene Alves.pdf: 2258783 bytes, checksum: 2a65889894741102692a4ac397f43a07 (MD5) Previous issue date: 2015-10-28 / CAPES - Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / The melanized fungi are widely distributed in the environment and has been commonly related in human diseases such as Chromoblastomycosis, Phaeomycosis and Eumycetoma, but in the Amazon region, which have a favorable weather for the proliferation of microorganisms, there are few studies about these fungi and little is known about their distribution in this environment and its pathogenic potential. Thus, in this study were studied melanized fungi in environmental samples from rural areas of the Amazon and the relationship of these environmental isolates with melanized fungi that cause mycoses. Environmental samples were obtained in rural areas of Iranduba and Presidente Figueiredo – Amazonas (Brazil). Also entered in the study, clinical specimens deposited in Fungal Collections from Amazonas. Two hundred thirteen samples of various environmental substrates were collected: soil, parts of living plants, decaying plant material and drinking water. Of these samples, 45 isolates were subjected to identification by sequencing the ITS region, 7 species of melanized fungi that were identified have been described in the literature as etiological agents of mycoses in humans: Cladophialophora immunda, Cladosporium sphaerospermum, Cladosporium cladosporioides, Exophiala oligosperma, Exophiala jeanselmei, Hortaea werneckii and Curvularia lunata. Most isolates were obtained from thorns. Some isolates grown at 37°C temperature. The molecular identification of clinical isolates showed similarity with Fonsecaea pedrosoi, Cladosporium sphaerospermum and Knufia epidermidis. Of these clinical specimens, only the species C. sphaerospermum was isolated from the environment. This study shows that the studied environmental substrates are potential sources of infection of melanized fungi that may cause mycoses. / Os fungos melanizados estão amplamente distribuídos no ambiente e têm sido comumente relacionados à doenças em seres humanos tais como a Cromoblastomicose, a Feomicose e o Eumicetoma, porém na região Amazônica, que possui clima favorável para a proliferação de microrganismos, há raros estudos realizados sobre estes fungos e pouco se sabe a respeito da sua distribuição neste ambiente e do seu potencial patogênico. Desta forma, na presente pesquisa foram estudados fungos melanizados em amostras ambientais de áreas rurais do Amazonas e a relação desses isolados ambientais com os fungos melanizados causadores de micoses. As amostras ambientais foram obtidas em áreas rurais dos municípios de Iranduba e Presidente Figueiredo, no Amazonas (AM). Também entraram no estudo amostras clínicas depositadas em Coleções Fúngicas do AM. Foram coletadas 213 amostras de diferentes substratos ambientais: solo, partes de plantas vivas, material vegetal em decomposição e água de consumo humano. Dessas amostras, 58 isolados foram submetidos a identificação por sequenciamento da região ITS, 7 espécies de fungos melanizados que foram identificados já foram citadas na literatura como agentes etiológicos de micoses em humanos: Cladophialophora immunda, Cladosporium sphaerospermum, Cladosporium cladosporioides, Exophiala oligosperma, Exophiala jeanselmei, Hortaea werneckii e Curvularia lunata. A maioria dos isolados foi obtida de espinhos. Alguns destes isolados apresentaram crescimento à temperatura de 37°C. A identificação molecular dos isolados clínicos mostrou similaridade com Fonsecaea pedrosoi, Cladosporium sphaerospermum e Knufia epidermidis. Dessas espécies clínicas somente a espécie C. sphaerospermum foi isolada do ambiente. Este trabalho evidencia que os substratos ambientais estudados são fontes potenciais de infecção de fungos melanizados que podem vir a causar micoses.

Orientador: Marco Aurélio Zezzi Arruda / Dissertação (mestrado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Química / Made available in DSpace on 2018-08-20T16:59:51Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Gerondi_Fabiana_M.pdf: 2819307 bytes, checksum: 1b5ca46544e4e7b1d9a84e569379ee42 (MD5) Previous issue date: 2012 / Resumo: A técnica espectrometria de absorção atômica utilizando tubo metálico na chama e spray termico (TS-FF-AAS, do inglês, thermospray flame furnace atomic absorption spectrometry) consiste no uso de um tubo metálico sobre a chama do queimador do espectrômetro de absorção atômica, no qual a amostra e introduzida por meio de um capilar cerâmico. No desenvolvimento desse método, as variáveis envolvidas foram estudadas e as condições ótimas consistem no uso de ar a 0,4 mL min como carregador, 200 mL de solução de amostra (em meio ácido) que são injetados no interior de um tubo de Ni sem furos na parte inferior, localizado em uma chama oxidante na proporção de 1,5 L min de acetileno: 12 L min-1 de ar. Nessas condicoes, as menores quantidades que podem ser detectada e quantificada são de 0,15 e 0,50 mg L, respectivamente. Os valores da concentracao de prata em materiais certificados de água (SRM 1643e, Trace Elements in water) e peixe (MA-A-2, Fish Flesh Homogenate) determinados são 1,097 ± 0,062 mg L e 0,094 ± 0,020 mg g , respectivamente, que correspondem a 103 e 94% da quantidade presente no material. Assim, este trabalho propõe uma alternativa para a determinação de prata, na qual não são utilizadas etapas de preconcentração do analito, que são necessárias quando a espectrometria de absorção atômica por chama e utilizada, simplificando o procedimento experimental e diminuindo o tempo de análise e as fontes de erros / Abstract: Thermospray flame furnace atomic absorption spectrometry (TS-FF-AAS) uses a metallic tube on the flame of the atomic absorption spectrometer. The sample is introduced in the tube by a ceramic capillary. In the development of this method, the parameters involved were studied and the optimal conditions consist of using air as carrier at 0.4 mL min, 200 mL of sample (in acid medium) which are injected in a nickel tube without holes in the bottom part and it is located in a oxidant flame with 1.5 L min acetylene: 12 L min air. Under these conditions, the limits of detection and quantification are 0.15 and 0.50 mg L, respectively. The values of silver concentration in certified reference materials of water (SRM 1643e, Trace Elements in Water) and fish (MA-A-2, Fish Flesh Homogenate) are 1.097 ± 0.062 mg L-1 and 0.094 ± 0.020 mg g, respectively, which correspond to 103 and 94% of the certified value. So, this work proposes a simpler and less time consuming alternative to determine silver in environmental samples that do not use preconcentration steps, frequently used when flame atomic absorption spectrometry is used / Mestrado / Quimica Analitica / Mestre em Química

Orientador: Anete Pereira de Souza. / Tese (doutorado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Biologia / Made available in DSpace on 2018-08-27T05:07:09Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Durigan_Mauricio_D.pdf: 7600085 bytes, checksum: 74ae2337a73b6edfb14a403af4ffa590 (MD5) Previous issue date: 2015 / Resumo: Giardia duodenalis é um protozoário flagelado que parasita o homem e diversos animais domésticos e selvagens. Este parasito causa a doença giardiose que é uma das mais prevalentes doenças parasitárias de veiculação hídrica do mundo, responsável por aproximadamente 280 milhões de casos anualmente. Existe uma considerável variabilidade genética em G. duodenalis, de modo que seus isolados foram divididos em oito grupos genéticos (A-H), dois dos quais (A e B) são encontrados tanto em humanos quanto em animais. Os demais grupos (C-H) parasitam outros animais e apresentam maior especificidade a determinados hospedeiros não humanos. A contaminação ambiental por Giardia tem sido amplamente descrita embora esses estudos, em sua maioria, são realizados no nível de identificação de espécie. Há falta de estudos que correlacionam a contaminação ambiental e infecções clínicas na mesma região. O presente trabalho teve como objetivo principal contribuir para o conhecimento da diversidade genética da espécie Giardia duodenalis. Primeiramente, foi realizada a genotipagem multilocos dos principais grupos genéticos de G. duodenalis na região metropolitana de Campinas. Foram encontrados grupos genéticos associados principalmente a infecções humanas bem como isolados com potencial zoonótico em amostras ambientais e obtidas de outros animais. Foi encontrado um alto percentual (25%) de amostras com grupos genéticos mistos e um elevado número de haplótipos distintos, indicando grande diversidade genética do parasito nessa região. Na segunda parte deste trabalho, foi realizado um estudo populacional com amostras clínicas de Giardia provenientes de hospital, creche e centro de controle de zoonoses e amostras ambientais de esgoto hospitalar, efluente de estação de tratamento de esgoto e amostras hídricas de importantes rios e córregos urbanos. As análises populacionais, com exceção das amostras caninas, evidenciaram grande similaridade genética entre essas populações de Giardia. Na terceira parte do presente trabalho, foi realizada uma busca por repetições microssatélites (SSRs) nos genomas publicados de Giardia para desenvolvimento, caracterização e avaliação de polimorfismo de novos marcadores microssatélites. Foram encontrados 506, 438, 402 e 507 microssatélites correspondentes aos genomas AI, AII, B e E, respectivamente. Foram selecionados 80 SSRs específicos aos grupos genéticos A, B e E (40, 20 e 20, respectivamente), além de 36 SSRs compartilhados entre os três genomas. A análise de amplificação confirmou a existência de marcadores específicos aos grupos genéticos A, B e E, além de marcadores compartilhados entre os grupos. A caracterização dos SSRs permitiu a detecção de 12 locos SSRs polimórficos do grupo genético A e sete locos SSRs polimórficos do grupo genético B. Dentre os marcadores compartilhados, o loco GduABE01 apresentou polimorfismo. Os locos polimórficos podem servir para futuros estudos populacionais e os marcadores desenvolvidos podem ser utilizados para identificação dos principais grupos genéticos de G. duodenalis em amostras clínicas e ambientais. Os resultados apresentados contribuem para um melhor entendimento sobre a diversidade genética do parasito bem como sobre a presença de grupos com potencial zoonóticos inter-relacionados em diferentes regiões. Os novos marcadores moleculares disponibilizados podem contribuir para novos estudos populacionais, promovendo melhor discriminação entre os genótipos e possibilitando assim identificar a contaminação e promover o rastreamento da doença / Abstract: Giardia duodenalis is a flagellate protozoan that that parasites humans and several domestic and wild animals. This parasite causes giardiasis, one of the most common waterborne diseases in the world responsible for, approximately 280 million cases per year. There is a great genetic diversity in this species and its isolates have been grouped into eight distinct genetic assemblages (A-H). While groups A and B parasitize different hosts and have zoonotic potential, groups C, D, E, F, G and H usually found in animals and show greater specificity to the parasitized host. Environmental contamination for Giardia has been widely reported however, most of these studies have been performed only at species level. The present study aimed to contribute to the knowledge of the genetic diversity of the species Giardia duodenalis. In the first chapter of this document, multilocus sequence-based genotyping using three gene loci assigned most of the samples as belonging to human genotypes although isolates with zoonotic potential have also been identified in environmental and non-human clinical samples. A high percentage (25%) of mixed assemblages and a high number of different haplotypes were detected, which indicates high genetic diversity of this parasite in this region. In the second chapter, a population genetics study was performed with clinical samples from hospital, day-car center and a center for zoonosis control of the city and environmental samples from hospital sewage, effluent of a wastewater treatment plant and important water samples from rivers and urban streams. With the exception of the canine population, population genetic analysis showed consistent similarity between clinical and environmental populations. In the last chapter, we performed a search for microsatellites (SSRs) in the published genomes of Giardia to develop and characterize the polymorphism of new microsatellite markers. Our group identified 506, 438, 402 and 507 microsatellites of the genomes AI, AII, B and E, respectively. We have selected 80 markers specific to the genetic assemblages A, B and E (40, 20 and 20, respectively) and 36 shared SSRs between the three genomes. Analysis of amplification reactions confirmed the existence of specific loci of each genetic assemblage as well as shared loci among assemblages. Characterization of all loci allowed the detection of 12 polymorphic loci for group A and seven polymorphic loci for group B. Among the shared markers, GduABE01 presented polymorphism. The polymorphic markers can be used in future population genetic studies and the developed markers can contribute to the identification of the main genetic assemblages of G. duodenalis in clinical and environmental samples. The results presented here contribute to a better understanding of the genetic diversity of the parasite as well as the presence of zoonotic potential genotypes, related in different regions. The new molecular markers provided can contribute with population genetic studies in a high level of discrimination that allows identifying the source of contamination and molecular tracking of the disease / Doutorado / Genetica de Microorganismos / Doutor em Genetica e Biologia Molecular

As determinações de alumínio são de grande interesse devido à sua toxicidade e sua ampla distribuição no meio ambiente. Além disso as determinações deste elemento por métodos analíticos convencionais apresentam dificuldades devido aos problemas da contaminação da amostra. O método de análise por ativação com nêutrons (NAA) para determinação de Al possui vantagens de rapidez na análise e de alta sensibilidade. Entretanto, neste método ocorrem os problemas de reações nucleares de interferência de P e Si. O Al na NAA é determinado pela medida do 28Al formado na reação 27Al (n, γ) 28Al, o mesmo radioisótopo formado nas reações nucleares 31P (n, α) 28Al e 28Si (n, p) 28Al. O objetivo deste estudo foi determinar Al pela NAA em amostras ambientais, fazendo a correção das interferências usando fatores de correção e dispondo das concentrações de P e de Si das amostras. Neste estudo foram analisados os materiais de referência certificados (MRCs) e amostras de biomonitores (cascas de árvore e líquen). O procedimento experimental consistiu na irradiação curta de uma alíquota de amostra no reator IEA-R1 juntamente com o padrão de Al, seguida de espectrometria de raios gama. O P foi determinado pela medida da radiação beta do 32P usando um contador Geiger-Müller. O Si foi determinado por meio da irradiação com nêutrons epitérmicos e medida do 29Al formado na reação 29Si (n,p) 29Al. Os resultados da determinação de Al, P e Si nos MRCs apresentaram uma boa precisão e exatidão com |Z-score| ≤ 2. As concentrações de Al obtido nos biomonitores variaram de 253 a 15783 μg g-1 e no caso da determinação de P e Si as concentrações destes elementos variaram de 283 a 1946 μg g-1 e de 0,11 a 7,8 %, respectivamente. Nos biomonitores analisados, as taxas de contribuição de interferência de P e de Si na determinação de Al foram da ordem de 2,0 % e esta contribuição depende das relações entre as concentrações dos interferentes e a do Al na amostra. Os limites de detecção de Al na análise dos biomonitores foram inferiores às suas concentrações demonstrando que procedimento de NAA proposto pode ser aplicado na determinação de Al neste tipo de matriz. / Aluminum determinations are of great interest since this element is toxic to humans and it is widely distributed in the environment. Besides, the determinations of this element by conventional analytical methods present difficulties due to sample contamination during the analyses. Neutron activation analysis (NAA) for Al determination presents advantages of fast analyses and of high sensitivity. However, NAA of Al does present problems of P and Si nuclear reaction interferences. Aluminum is determined by measuring 28Al, formed in the reaction 27Al (n, γ) 28Al, the same radioisotope formed in reactions 31P (n, α) 28Al and 28Si (n, p) 28Al. The purpose of this study was to determine Al in environmental samples by NAA correcting these interferences using correction factors, and determining P and Si concentrations in the samples. In this study, certified reference materials and biomonitor samples (tree barks and lichen) were analyzed. Experimental procedure consisted of irradiating an aliquot of the sample at the IEA-R1 nuclear research reactor together with Al standard, followed by gamma ray spectrometry. Phosphorus was determined by measuring beta radiation of 32P using a Geiger-Müller counter. Silicon was determined by epithermal neutron activation analysis and measuring 29Al formed in the reaction 29Si (n, p)29Al. Results obtained in the determination of Al, P and Si in the certified reference materials showed good precision and accuracy with |Z-score| ≤ 2. Aluminum results in the biomonitor samples varied from to 253 to 15783 μg g-1. In the case of P its concentrations varied from 283 to 1946 μg g-1. Silicon determinations in biomonitors varied from 0.11 to 7.8 %. The interference contribution rates in the analyses of the biomonitor samples were of the order of 2.0 % and this contribution depends on the relation between concentrations of interfering elements and of Al in the sample. Detection limit values of Al in the biomonitor analyses were lower than their concentrations in the samples demonstrating that the proposed procedure of NAA can be applied in the Al determination in this kind of matrix.

As determinações de alumínio são de grande interesse devido à sua toxicidade e sua ampla distribuição no meio ambiente. Além disso as determinações deste elemento por métodos analíticos convencionais apresentam dificuldades devido aos problemas da contaminação da amostra. O método de análise por ativação com nêutrons (NAA) para determinação de Al possui vantagens de rapidez na análise e de alta sensibilidade. Entretanto, neste método ocorrem os problemas de reações nucleares de interferência de P e Si. O Al na NAA é determinado pela medida do 28Al formado na reação 27Al (n, γ) 28Al, o mesmo radioisótopo formado nas reações nucleares 31P (n, α) 28Al e 28Si (n, p) 28Al. O objetivo deste estudo foi determinar Al pela NAA em amostras ambientais, fazendo a correção das interferências usando fatores de correção e dispondo das concentrações de P e de Si das amostras. Neste estudo foram analisados os materiais de referência certificados (MRCs) e amostras de biomonitores (cascas de árvore e líquen). O procedimento experimental consistiu na irradiação curta de uma alíquota de amostra no reator IEA-R1 juntamente com o padrão de Al, seguida de espectrometria de raios gama. O P foi determinado pela medida da radiação beta do 32P usando um contador Geiger-Müller. O Si foi determinado por meio da irradiação com nêutrons epitérmicos e medida do 29Al formado na reação 29Si (n,p) 29Al. Os resultados da determinação de Al, P e Si nos MRCs apresentaram uma boa precisão e exatidão com |Z-score| ≤ 2. As concentrações de Al obtido nos biomonitores variaram de 253 a 15783 μg g-1 e no caso da determinação de P e Si as concentrações destes elementos variaram de 283 a 1946 μg g-1 e de 0,11 a 7,8 %, respectivamente. Nos biomonitores analisados, as taxas de contribuição de interferência de P e de Si na determinação de Al foram da ordem de 2,0 % e esta contribuição depende das relações entre as concentrações dos interferentes e a do Al na amostra. Os limites de detecção de Al na análise dos biomonitores foram inferiores às suas concentrações demonstrando que procedimento de NAA proposto pode ser aplicado na determinação de Al neste tipo de matriz. / Aluminum determinations are of great interest since this element is toxic to humans and it is widely distributed in the environment. Besides, the determinations of this element by conventional analytical methods present difficulties due to sample contamination during the analyses. Neutron activation analysis (NAA) for Al determination presents advantages of fast analyses and of high sensitivity. However, NAA of Al does present problems of P and Si nuclear reaction interferences. Aluminum is determined by measuring 28Al, formed in the reaction 27Al (n, γ) 28Al, the same radioisotope formed in reactions 31P (n, α) 28Al and 28Si (n, p) 28Al. The purpose of this study was to determine Al in environmental samples by NAA correcting these interferences using correction factors, and determining P and Si concentrations in the samples. In this study, certified reference materials and biomonitor samples (tree barks and lichen) were analyzed. Experimental procedure consisted of irradiating an aliquot of the sample at the IEA-R1 nuclear research reactor together with Al standard, followed by gamma ray spectrometry. Phosphorus was determined by measuring beta radiation of 32P using a Geiger-Müller counter. Silicon was determined by epithermal neutron activation analysis and measuring 29Al formed in the reaction 29Si (n, p)29Al. Results obtained in the determination of Al, P and Si in the certified reference materials showed good precision and accuracy with |Z-score| ≤ 2. Aluminum results in the biomonitor samples varied from to 253 to 15783 μg g-1. In the case of P its concentrations varied from 283 to 1946 μg g-1. Silicon determinations in biomonitors varied from 0.11 to 7.8 %. The interference contribution rates in the analyses of the biomonitor samples were of the order of 2.0 % and this contribution depends on the relation between concentrations of interfering elements and of Al in the sample. Detection limit values of Al in the biomonitor analyses were lower than their concentrations in the samples demonstrating that the proposed procedure of NAA can be applied in the Al determination in this kind of matrix.

Orientador: Wilson de Figueiredo Jardim / Tese (doutorado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Química / Made available in DSpace on 2018-08-27T18:04:13Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Campestrini_Iolana_D.pdf: 2742870 bytes, checksum: 20a25893a0acbb614cce027eda2bef08 (MD5) Previous issue date: 2015 / Resumo: Este trabalho apresenta a determinação de sete subprodutos da cocaína (COC), incluindo a benzoilecgonina (BE), em amostras de urina de usuários da droga. Com os dados obtidos foi avaliada a incerteza no cálculo da razão entre a BE e o somatório dos demais metabólitos da COC, sendo que a razão média encontrada foi utilizada para inferir sobre o consumo de COC aplicando a epidemiologia do esgoto. Os resultados dessa razão apresentaram grande amplitude de valores e mostrou elevada influência sobre estimativa do consumo. Apresenta, também, a avaliação da eficiência de remoção (ER) para a COC e BE nas estações de tratamento de esgoto (ETE) Anhumas e Capivari e da qualidade de mananciais e de águas de abastecimento do estado de São Paulo. Os melhores índices de remoção foram observados para a ETE Capivari, os quais variaram entre 96 e 99%. Tanto nas amostras de mananciais como nas amostras de água de abastecimento, a BE foi determinada em maiores concentrações do que a COC. Nos rios Piracicaba, Capivari e Anhumas observaram-se os maiores níveis de BE, os quais variaram entre 300 e 1000 ng L-1. Nas amostras de água de abastecimento do rio Capivari e do rio Atibaia foram determinadas as maiores concentrações de BE, chegando a 650 ng L-1. Para a análise dessas amostras foi utilizada a extração em fase sólida (SPE) seguida da cromatografia líquida acoplada à espectrometria de massas sequencial (LC-MS/MS). No geral, o método apresentou exatidão superior a 70%, com coeficiente de variação menor do que 15% no nível de ng L-1 / Abstract: This work describes the determination of seven cocaine (COC) metabolites, including the major one benzoylecgonine (BE), in urine of cocaine users. These determinations allowed the calculation of the ratio between BE concentration and the sum of the other COC metabolites concentration, as well as allowed an assessment of the uncertainty involved in this ratio. The ratios were used to estimate cocaine consumption applying sewage epidemiology yielding high amplitude of values among the ratios calculated. The work also presents COC and BE removal efficiency (RE) in two wastewater treatment plant (WWTP), namely Anhumas and Capiravi, where the best RE were obtained for the Capivari WWTP, which varied between 96% and 99%. Also the assessment of water quality, for both surface and drinking waters of the State of São Paulo, Brazil, was evaluated. The metabolite BE occurred more frequently and at higher concentrations when compared to COC, considering the same samples. For surface water, the highest BE concentrations were found in the Piracicaba, Capivari and Anhumas rivers, and the results varied from 300 to 1000 ng L -1. For drinking waters, the highest BE concentration was found in waters from Capivari and Atibaia rivers, at 650 ng L-1. Solid phase extraction and the liquid chromatography tandem mass spectrometry (LC-MS/MS) were used for the determination of the compounds. In general, the method presented accuracy above 70% and relative standard deviation below 15%, at ng L -1 level / Doutorado / Quimica Analitica / Doutora em Ciências

A otimização e padronização de métodos moleculares são fundamentais para evitar distorções nos resultados causadas por processamento de ácidos nucleicos da abundância relativa de micro-organismos de uma amostra. Nos estudos sobre identificação microbiana, a etapa de validação é, na maioria dos casos, negligenciada. As principais etapas em que podem ocorrer vieses capazes de alterar a informação sobre a composição da comunidade microbiana são a extração e a RT-PCR. O rRNA é a molécula ideal para identificar os micro-organismos metabolicamente ativos por estar em maior quantidade dentro da célula. A inexistência de um protocolo de extração de RNA gold standard e de kits comerciais específicos para cada tipo de amostra ambiental pode comprometer as etapas posteriores à extração. O protocolo de extração de RNA adaptado neste trabalho mostrou alta eficácia na lise celular e na remoção de contaminantes co-extraidos, garantindo a integridade e a qualidade do rRNA extraído de amostras contendo altas concentrações de contaminantes. Devido as diferentes características químicas das amostras ambientais, o uso deste protocolo adaptado pode preservar a informação sobre os indivíduos metabolicamente ativos de uma comunidade microbiana. Foram utilizados consórcios artificiais na validação da etapa de PCR. O efeito sinérgico do uso de aditivos, da Taq polimerase de alto rendimento, do programa de sub-ciclagem e da limitação do programa de amplificação em 10 ciclos, mantiveram a proporção dos moldes dos consórcios analisados próximo ao esperado. Após a padronização da técnica de ARDRA, foi definido que há necessidade de entre 500 e 550 UFC para uma cobertura completa da diversidade de lodo ativado. O uso de enzimas combinadas MspI/HaeIII e HhaI/RsaI em uma mesma reação double digest proporcionou a separação dos clones de lodo ativado utilizando menos etapas de ARDRA. E o critério de corte em 3% do total agrupamentos, possibilitou selecionar os perfis mais representativos sem a perda de grupos importantes para a análise das bibliotecas. Foi concluído que, o uso de um protocolo inadequado de extração de RNA de amostras complexas pode gerar extratos contendo contaminantes co-extraidos que interferem na atividade da Taq polimerase e nas enzimas de restrição. Após o sequenciamento de nova geração, foi observado que o uso de diferentes iniciadores de PCR e do pré-processamento manual para os dados obtidos, foram essenciais para ampliar a cobertura observada para a amostra de lodo e melhorar a resolução dos resultados e a profundidade de identificação taxonômica, respectivamente. / The optimization and standardization of molecular methods are fundamental to avoid distortions in the results caused by nucleic acid processing of the relative abundance of microorganisms in a sample. In the studies on microbial identification, the validation step is, in most cases, neglected. The main steps in which biases capable of altering the composition of the microbial community can occur are extraction and RT-PCR. The rRNA is the ideal molecule to identify metabolically active microorganisms because they are in the greatest amount within the cell. The lack of a gold standard RNA extraction protocol and specific commercial kits for each type of environmental sample may compromise the post-extraction steps. The RNA extraction protocol adapted in this work showed high efficacy in cell lysis and in the removal of co-extracted contaminants, guaranteeing the integrity and quality of the rRNA extracted from samples containing high concentrations of contaminants. Due to the different chemical characteristics of the environmental samples, the use of this adapted protocol can preserve the information about the metabolically active individuals of a microbial community. Artificial consortia were used to validate the PCR step. The synergistic effect of the use of additives, the high yield Taq polymerase, the sub-cycling program and the limitation of the amplification program in 10 cycles, kept the proportion of the molds of the consortia analyzed close to the expected. After standardization of the ARDRA technique, it was defined that there is a need for between 500 and 550 CFU for a complete coverage of the diversity of activated sludge. The use of MspI / HaeIII and HhaI / RsaI combined enzymes in the same double digest reaction provided the separation of activated sludge clones using fewer ARDRA steps. And the criterion of cut in 3% of the total groupings, allowed to select the most representative profiles without the loss of important groups for the analysis of the libraries. It was concluded that the use of an inadequate RNA extraction protocol from complex samples can generate extracts containing co-extracted contaminants that interfere with Taq polymerase activity and restriction enzymes. After the sequencing of the new generation, it was observed that the use of different PCR primers and manual preprocessing for the obtained data were essential to increase the coverage observed for the sludge sample and to improve the resolution of the results and the depth of taxonomic identification, respectively.