Au Québec, la législation encadrant les aménagements forestiers ne tient pas compte de l’intégrité des étangs vernaux. Pourtant, ces derniers jouent un rôle clé dans le maintien des populations d’amphibiens, un des groupes de vertébrés les plus menacés à l’échelle mondiale. Notre objectif était de déterminer les paramètres biologiques d’intérêt pour expliquer l’effort reproducteur à partir de décomptes de masses d’oeufs chez la grenouille des bois (Lithobates sylvaticus), la salamandre maculée (Ambystoma maculatum) et la salamandre à points bleus (Ambystoma laterale). Notre hypothèse globale spéculait que l’effort reproducteur dépend de la stabilité du niveau d’eau et de la qualité de l’habitat terrestre environnant. Nous avons sélectionné aléatoirement 60 étangs vernaux dans un paysage forestier de l’est de la péninsule gaspésienne (Québec). Au cours des printemps 2016, 2017 et 2018, les masses d’oeufs dans chaque étang ont été dénombrées par deux observateurs indépendants. Nous avons évalué l’influence de l’hydropériode, de l’ouverture de la canopée, de l’année, de la qualité et du volume de débris ligneux ainsi que des caractéristiques d’habitat du paysage (à des échelles de 300m et 1000 m) sur l’effort reproducteur. Nous avons constaté que l’effort reproducteur variait selon l’hydropériode, le volume et la qualité de débris ligneux ainsi que la quantité de forêts dans le paysage à une échelle de 300 m. Les étangs qui s’asséchaient plus lentement abritaient des populations reproductrices plus importantes de grenouille des bois. Nous avons également constaté que la taille des populations reproductrices de salamandre maculée augmentait avec la quantité de forêts dans un rayon de 300 m. Le volume de débris ligneux récemment tombés était associé négativement avec l’effort reproducteur de la grenouille des bois. On observait le patron inverse avec la salamandre maculée et la salamandre à points bleus. Contre toute attente le volume de vieux débris ligneux était négativement associé avec la taille de la population reproductrice chez la salamandre maculée. Finalement, les mesures de conservation ciblant les amphibiens associés aux étangs vernaux devront notamment cibler les étangs dont la baisse du niveau d’eau est faible. Elles devront également maintenir un recouvrement forestier suffisant dans un espace de 300 m autour de l’étang vernal. / The Quebec legislation surrounding forest management doesn’t take into account the integrity of vernal pools. Yet, these vernal pools play a key role in the preservation of the amphibian population, one of the most endangered groups of vertebrates on a global scale. Our objective was to determine the biological parameters of interest to predict the reproductive effort based on counts of egg masses of the wood frog (Lithobates sylvaticus), the spotted salamander (Ambystoma maculatum) and the blue-spotted salamander (Ambystoma laterale). We predicted that the reproductive effort would vary depending on the stability of the water level and the quality of the local terrestrial habitat. We randomly selected 60 vernal pools on the eastern side of the Gaspé Peninsula. During the course of the spring of 2016, 2017 and 2018, the egg masses in each of the pools were counted by two independent examiners. We measured the influence of the hydroperiod, the opening of the canopy and the characteristics of the landscape at a scale of 300 and 1000 m on the reproductive effort. Results show that the reproductive effort depends on the hydroperiod, the volume and the quality of woody debris, as well as the proportion of forests in the landscape at a scale of 300 meters. Vernal pools that dried up most slowly sheltered the largest breeding populations of wood frogs. We also observed that the size of the breeding populations of spotted salamander increased with the amount of forest habitat at a scale of 300 meters. The reproductive effort of the wood frog decreased with increasing volumes of recently-fallen woody debris, where as spotted and blue-spotted salamanders showed the opposite pattern. Surprisingly, reproductive effort of the spotted salamander decreased with increasing volume of woody debris at later decay stages. Our results suggest a possible ecological trap of woody debris in the harvested forests for mole salamanders. Finally, conservation measures targeting amphibians associated with vernal pools must focus on vernal pools that retain water for a greater part of the season, while also maintaining a sufficient forest cover within 300 m around pools.

Le développement des activités industrielles et agricoles du siècle dernier a eu pour conséquence le rejet de substances chimiques dans l’environnement, qui contaminent les écosystèmes, et peuvent s’accumuler dans les plantes, les sédiments, et le long des chaînes alimentaires. Il apparait primordial d’effectuer une évaluation du risque écologique associé à la présence de ces composés dans les milieux naturels et les espèces sentinelles sont des outils judicieux pour déterminer l’exposition des individus et évaluer les conséquences sur les organismes. Les amphibiens et les reptiles possèdent des caractéristiques écologiques et biologiques qui les rendent potentiellement intéressants en tant qu’espèces sentinelles. L’objectif des études présentées dans cette thèse est de déterminer la disponibilité de certaines substances dans l’environnement, et d’évaluer les effets de la contamination environnementale sur les organismes en utilisant plusieurs espèces de reptiles et d’amphibiens, (i) en mesurant les niveaux de polluants accumulés dans les tissus d’espèces de reptiles ; (ii) en évaluant l’influence d’un habitat contaminé sur la morphologie d’adultes de crapaud commun (Bufo bufo) ; (iii) en mesurant de manière expérimentale l’impact d’une molécule fréquemment retrouvée dans l’environnement sur le développement de têtards de crapaud commun. Nos résultats montrent d’une part que les reptiles accumulent efficacement les polluants organiques et les éléments traces métalliques dans leurs tissus, et permettent d’évaluer efficacement la contamination globale d’une zone, mais aussi de mettre en évidence des pollutions ponctuelles localisées. D’autre part, nos travaux montrent une influence de l’habitat agricole sur la morphologie du crapaud commun, potentiellement causé par la présence de contaminants dans ces milieux. Enfin, nous avons pu mettre en évidence un effet de concentrations faibles d’AMPA, métabolite principal du glyphosate, sur le développement de têtards de crapaud commun. Les amphibiens constituent donc des organismes efficaces pour étudier l’impact de la contamination de l’environnement sur les caractéristiques individuelles. Nos travaux montrent ainsi l’utilité de certaines espèces de reptiles et d’amphibiens comme espèces sentinelles de la présence de contaminants dans l’environnement et de leur impact potentiel sur les organismes. Les travaux en écotoxicologie qui portent sur ces organismes restent trop rares, et il est impératif de développer la recherche dans ce domaine, pour participer de manière efficace à l’évaluation du risque environnemental. / The development of industrial and agricultural activities over the last century has resulted in the release of chemicals into the environment, which contaminate ecosystems and can accumulate in plants, sediments and across food webs. As such, it is essential to conduct an assessment of the ecological risk associated with the presence of these compounds in natural environments. Achieving this can be aided through the study of sentinel species, which can be used to determine exposure rates of individuals and assess how these subsequently impact wildlife. Amphibians and reptiles display ecological and biological characteristics that may make them particularly attractive as sentinel species. The collection of studies presented in this thesis aims to determine the availability of contaminants in the environment and estimate the effects of this on individual traits of living organisms. Across several species of reptiles and amphibians we, (i) measured levels of pollutants accumulated in the tissues of several reptile species ; (ii) assessed how contaminated habitats impact the morphology of adult common toads (Bufo bufo) ; and (iii) experimentally measured the influence of a molecule frequently detected in the environment on common toad tadpoles’ growth. Results show that reptiles efficiently accumulate organic pollutants and metal trace elements in their tissues, and thereby allow efficient evaluation of the global contamination of an area, as well as the occurrence of localized pollution events. In addition, our work shows an influence of the agricultural habitat on the morphology of adult common toads, which is potentially a consequence of the presence of chemicals in these environments. Finally, we were able to demonstrate an effect of low concentrations of AMPA, the main metabolite of glyphosate, on the development of common toad tadpoles. Amphibians are therefore efficient organisms to study the impact of environmental contamination on individual characteristics. Our work shows the usefulness of certain species of reptiles and amphibians as sentinel species for the presence of contaminants in the environment, and their potential impact on organisms. Ecotoxicological studies on these organisms remain too scarce, and it is imperative to develop research in this field, to participate effectively in the assessment of environmental risk.

Le XXème siècle a connu une transformation sans précédent des milieux naturels du fait d'une urbanisation galopante et par voie de conséquence un développement très important du réseau routier et autoroutier. Les zones humides ont été fortement touchées par ces modifications puisqu'elles ont régressé de près de 90 % en Europe au cours de cette période. Afin d'éviter une contamination des milieux aquatiques due au trafic routier, la loi sur l'eau de 1992 a obligé les sociétés d'autoroutes à traiter les écoulements de chaussées résultant de l'activité routière. Ces mesures se sont traduites par la création de bassins d'eaux pluviales dont les objectifs sont de (i) limiter les risques de pollution (chronique ou accidentelle) et (ii) de réduire les risques de perturbation hydrauliques. La multiplication de ces ouvrages dans le paysage a engendré la constitution d'un vaste réseau de micro-zones humides, soit autant de nouveaux espaces écologiques vierges rapidement colonisés par une grande variété d'organismes. Malgré leur grand nombre et leur originalité, ces milieux ont été peu étudiés jusqu'à présent.<br />Notre étude, localisée dans le sud de la France, en région Méditerranéenne, a consisté en un suivi d'un an des communautés d'invertébrés aquatiques, d'odonates et d'amphibiens dans six bassins d'eau pluviale autoroutiers du réseau des Autoroutes du Sud de la France (ASF). Nous avons cherché à répondre à trois questions principales, à savoir (i) quel est le degré de contamination de ces sites? (ii) quelle est leur richesse biologique? et (iii) peut-on qualifier et quantifier un impact de la pollution routière sur les communautés vivantes de ces bassins?.<br />Nous avons démontré la présence d'une pollution très hétérogène dans l'espace et le temps, principalement caractérisée par une contamination des sédiments par les hydrocarbures, le cuivre et le zinc ainsi que par la présence plus ou moins régulière d'herbicides dans la colonne d'eau. Les faunes d'invertébrés et de vertébrés ayant colonisé ces espaces ont été caractérisées en terme de structure des communautés. Ces dernières s'avèrent riches et diversifiées, et en particulier pour le peuplement d'odonates. Si la pollution routière ne permet pas d'expliquer les patrons de distribution des espèces dans les mares, à l'exception d'un effet notable du salage hivernal, la biodiversité échantillonnée se révèle être sensible à des variables écologiques jouant à différentes échelles : la composition de la matrice paysagère adjacente pour le peuplement amphibien et la surface des bassins ou la richesse en macrophytes pour les odonates. <br />Ces résultats nous amènent à porter une réflexion sur les adaptations de la Nature face à une anthropisation croissante de notre environnement.

Les activités d'origines anthropiques entraînent des modifications profondes du paysage : dans ce contexte, le succès de dispersion revêt une grande importance pour la persistance à long terme des populations animales et végétales. La génétique du paysage est une discipline récente qui permet de détecter et de modéliser les flux de dispersion de manière indirecte par le biais de l'identification des flux de gènes dans l'espace. Bien qu'il ait été suggéré delongue date qu'un échantillonnage individu-centré pouvait permettre de s'affranchir de certains biais liés à unedélimitation a priorides populations, les études portant sur des organismes présentant une distribution spatiale discontinue restent malgré tout le plus souvent basées sur un échantillonnage réalisé à l'échelle populationnelle. C'est sur cette thématique qu'ont porté mes travaux de thèse. Des résultats obtenus par simulations montrent qu'augmenter le nombre de points échantillonnés dans l'espace au détriment du nombre d'individus par agrégat peut permettre une meilleure détection de l'influence de la matrice sur les flux de gènes, quelque soit le régime de dispersion et le contexte paysager considérés. Appliqué à l'étude de la dispersion du triton alpestre Ichthyosaura alpestris, d'une part en paysage fragmenté par des infrastructure linéaires de transport (isolation par barrières aux flux de gènes IBB) et d'autres part en paysage agricole (isolation par résistance de la matrice paysagère IBR), l'échantillonnage individu-centré apparaît comme une alternative flexible et efficace à l'échantillonnnage populationnel classique.

Dans les paysages fragmentés, les mouvements entre les patchs d'habitats jouent un rôle primordial dans la persistance des populations en assurant les flux génétiques, la possibilité de recolonisation après extinction locale, la liaison entre différents habitats pour la reproduction ou l'acquisition des ressources, ... Malgré l'importance de ces mouvements, la structure du paysage entre ces patchs (i.e. la matrice) est le plus souvent considérée comme un ensemble homogène de non-habitat d'intérêt mineur et les adaptations comportementales en réponse à la fragmentation du paysage sont rarement prises en compte. Pour étudier l'importance de l'influence du paysage sur les mouvements, trois approches complémentaires sont pratiquées. 1) Des études expérimentales sont menées pour évaluer les réponses comportementales et physiologiques du crapaud commun (Bufo bufo) juvénile et adulte soumis aux différents types d'occupation du sol. Ainsi, les types d'occupation du sol sont caractérisés par le coût que leur traversée représente pour l'espèce étudiée. 2) Ce travail s'attache également à décrypter les règles régissant les déplacements en paysage hétérogène et à mettre en évidence des différences comportementales selon le paysage d'origine (adaptations). 3) Basé sur la modélisation, le troisième volet doit permettre d'effectuer des prédictions à l'échelle des paysages

Le Plateau des Guyanes a été géologiquement stable au cours de l'ère Cénozoïque, exempt de l'influence de l'orogénèse des Andes et de la mise en place du bassin de l'Amazone. Cette région est-elle biogéographiquement homogène au sein de l'Amazonie ? Quelles sont les modalités spatio-temporelles de diversification au sein de cette région ? Afin de répondre à ces questions, j'ai exploré sa biorégionalisation sur la base de la distribution des amphibiens anoures. Cette approche a permis de définir trois biorégions dans l'est du Plateau des Guyanes, et de révéler une forte sous-estimation de l'endémisme. Ensuite, j'ai étudié les patrons de diversification au sein du genre endémique Anomaloglossus. Ce volet a permis de dévoiler l'existence de spéciation cryptique au sein du genre, avec un patron biogéographique composé de quatre zones de diversification au sein du Plateau des Guyanes et une origine du genre dans les tepuis. / The Guiana Shield has been geologically stable during the Cenozoic era, exempt of the influence of the uplift of the Andes and the setting up of the Amazon basin. Is this region biogeographically homogeneous within Amazonia? What are the spatio-temporal diversification modalities within this region? To answer these questions, I explored bioregionalisation within Amazonia and the Guiana Shield based on the dis- tribution of anuran amphibians. This approach enabled to define three bioregions in the eastern Guiana Shield and to reveal a high underestimation of endemism. Then, I studied the diversification patterns within the endemic frog genus Anomaloglossus. This part en- abled to reveal cryptic speciation within the genus, and a biogeographic pattern composed of four areas of diversification in the Guiana Shield, with an origin of the genus in the western highlands (tepuis).

Dans les paysages fragmentés, les mouvements entre les patchs d'habitats jouent un rôle primordial dans la persistance des populations en assurant les flux génétiques, la possibilité de recolonisation après extinction locale, la liaison entre différents habitats pour la reproduction ou l'acquisition des ressources, … Malgré l’importance de ces mouvements, la structure du paysage entre ces patchs (i.e. la matrice) est le plus souvent considérée comme un ensemble homogène de non-habitat d’intérêt mineur et les adaptations comportementales en réponse à la fragmentation du paysage sont rarement prises en compte. Pour étudier l'importance de l'influence du paysage sur les mouvements, trois approches complémentaires sont pratiquées. 1) Des études expérimentales sont menées pour évaluer les réponses comportementales et physiologiques du crapaud commun (Bufo bufo) juvénile et adulte soumis aux différents types d'occupation du sol. Ainsi, les types d'occupation du sol sont caractérisés par le coût que leur traversée représente pour l’espèce étudiée. 2) Ce travail s’attache également à décrypter les règles régissant les déplacements en paysage hétérogène et à mettre en évidence des différences comportementales selon le paysage d'origine (adaptations). 3) Basé sur la modélisation, le troisième volet doit permettre d’effectuer des prédictions à l’échelle des paysages / In fragmented landscapes, movements between habitat patches play a crucial role in population persistence by allowing gene flow, rescue effect possibilities, linking different habitats for reproduction or resources acquisition, … Although the importance of these movements, the landscape structure between patches (i.e. matrix) is too frequently considered as a homogeneous non-habitat of minor interest and behavioural adaptations in response to fragmentation are rarely taken into account. To investigate the importance of the landscape influence on movements, three complementary approaches are used: 1) experimental studies are performed to assess behavioural and physiological responses of common toads when they are confronted to different land uses. Land uses are thus characterised par the cost of their crossing for the focus species. 2) This work also aims to decipher the rules of movement in heterogeneous landscapes and to highlight behavioural differences according to the originated landscape (adaptations). 3) On the basis of modelling, the third part of this work intends to make predictions at the landscape scale

Les activités d'origines anthropiques entraînent des modifications profondes du paysage : dans ce contexte, le succès de dispersion revêt une grande importance pour la persistance à long terme des populations animales et végétales. La génétique du paysage est une discipline récente qui permet de détecter et de modéliser les flux de dispersion de manière indirecte par le biais de l'identification des flux de gènes dans l'espace. Bien qu'il ait été suggéré delongue date qu'un échantillonnage individu-centré pouvait permettre de s'affranchir de certains biais liés à unedélimitation a priorides populations, les études portant sur des organismes présentant une distribution spatiale discontinue restent malgré tout le plus souvent basées sur un échantillonnage réalisé à l'échelle populationnelle. C'est sur cette thématique qu'ont porté mes travaux de thèse. Des résultats obtenus par simulations montrent qu'augmenter le nombre de points échantillonnés dans l'espace au détriment du nombre d'individus par agrégat peut permettre une meilleure détection de l'influence de la matrice sur les flux de gènes, quelque soit le régime de dispersion et le contexte paysager considérés. Appliqué à l'étude de la dispersion du triton alpestre Ichthyosaura alpestris, d'une part en paysage fragmenté par des infrastructure linéaires de transport (isolation par barrières aux flux de gènes IBB) et d'autres part en paysage agricole (isolation par résistance de la matrice paysagère IBR), l'échantillonnage individu-centré apparaît comme une alternative flexible et efficace à l'échantillonnnage populationnel classique. / Anthropogenic activitites lead to profound landscape alterations : dispersal success thus holds a paramount importance for long-term persistence of populations. Landscape genetics is a recent discipline aiming to detect and describe dispersal patterns through indirect estimations of gene flow. Although the use of an individual-based sampling scheme has been proposed for a ;ong time to get round the issue of an a priori delimitation of population boundaries, most landscape gentic studies are still based on a population-based sampling scheme. results from simulations showed that decreasing the sampling coverage on individuals within populations in favour of a better sampling coverage of aggregates through space allowed a better detection of the impacts of landscape on gene flow, whatever the individual dispersal behaviour or the landscape configuration. when considering the dispersal patterns in the alpine newt Ichthyosaura alpestris, both in the vicinity of large transport infrastructures (Isolation-by-barrier IBB) and in agricultural landscape (Isolation-by-landscape-resistance IBR), the individual-based sampling scheme proved to be a flexible and efficient methodological alternative to the more conventional population-based sampling scheme.

Sur les Causses arides du Quercy (S.-O. de la France), de nombreuses mares ont été creusées dans la roche. Ces mares constituent les seules eaux superficielles de ce plateau calcaire où l'eau s'infiltre rapidement.<br />L'évolution naturelle des mares conduit à leur atterrissement et une étude comparative de trois mares à différents stades de comblement a montré l'évolution des paramètres abiotiques (température, concentration en oxygène dissous...) en fonction du niveau de comblement. Parallèlement, les mares varient en terme de richesse spécifique de la faune et de la flore. Chaque stade de comblement abrite une faune particulière et participe à la biodiversité globale de ces milieux et même de l'écosystème caussenard dans son ensemble.<br />Pour analyser ces milieux à une échelle supérieure, des échantillons ont été récoltés sur trente mares afin d'étudier les facteurs affectant la distribution de la faune dans un réseau de mares. Nous avons identifié 230 espèces d'invertébrés et 6 espèces de vertébrés. Les résultats ainsi obtenus ne permettent pas de dresser une typologie des mares ni de dégager des peuplements caractéristiques ou de réaliser une classification ascendante de ces milieux. Les mares entourées d'une matrice terrestre sont assimilables à des îles pour la faune aquatique.<br />C'est pourquoi nous avons choisi d'étudier plus précisément la distribution de cinq groupes ayant des capacités de dispersion différentes : Odonates, Coléoptères, Amphibiens, Mollusques et Oligochètes. La surface des mares affecte la distribution des Odonates. Le pourcentage de forêt autour des mares influence la distribution des<br />Amphibiens. Pour les Mollusques et les Oligochètes, les animaux à dispersion passive, les résultats indiquent que la distribution des espèces est similaire à une distribution au hasard. Pour les Coléoptères, la distribution des espèces n'est pas due au hasard mais nous n'avons pas pu mettre en évidence les facteurs explicatifs de cette distribution.<br />Nous avons utilisé la méthode de capture-marquage-recapture pour estimer le degré de lien de trois populations en patch d'Odonates. Nous avons montré que trois facteurs influencent la dispersion des Odonates : des facteurs abiotiques (conditions météorologiques), des différences inter spécifique (sensibilité aux conditions météorologiques, taille et comportement des espèces), des différences intra spécifiques (âge et sexe).<br />Ces travaux mettent en évidence le rôle des mares au niveau de la biodiversité, le rôle du réseau de mares et de l'évolution temporelle des paramètres dans le maintien de cette biodiversité. Les différents résultats obtenus sont discutés en vue de proposer une méthode de gestion rationnelle et durable de ces milieux.

L’Algérie est un cas d’école en matière d’ignorance en biodiversité. A ce jour, on ne dispose d'aucun inventaire complet pour aucun taxon ni aucun atlas à l’échelle du pays ! Pourtant, l’Algérie est d’une grande importance pour la biodiversité mondiale. La façade littorale de l’Algérie fait partie du hostpot de biodiversité mondial qui est le pourtour méditerranéen et compte plusieurs points rouges de biodiversité régionaux. Par ailleurs, la partie saharienne contient une diversité d’organismes endémiques adaptés aux fortes conditions de sécheresse. Les autorités algériennes déploient un projet ambitieux pour la conservation en fixant 50 % de la surface du pays comme objectif pour les aires protégées ! Mais, l’emplacement de ces aires protégées et leur gestion n’obéit pas à des critères basés sur une bonne connaissance de la diversité, mais sont plutôt panifiés à dire d’expert. L’objectif général de cette thèse c’est l’étude de la distribution de l’ignorance en biodiversité en Algérie en se concentrant sur les « Linnean, Wallacean et Darwinian Shortfalls » et de contribuer à les réduire. J’ai consacré un chapitre qui a pour but de réduire le Linnean Shortfall en proposant 1) une première checklist des reptiles et amphibiens d’Algérie qui est le fruit d’un examen précis des publications scientifiques sur ces taxons en Afrique du Nord. 2) une première pré-évaluation des statuts de conservations des reptiles et amphibiens d’Algérie pour la production de la première liste rouge nationale. La deuxième partie de ce manuscrit traite la question de l’ignorance de la distribution géographique des espèces. Le but de cette partie est de cartographier l’ignorance qui est la différence entre la diversité la richesse spécifique attendue et la richesse spécifique observée. La richesse spécifique attendue a été modélisée avec deux approches : 1 l’utilisation des modèles de niches avec la méthode de maximum d’entropie (MaxEnt) pour prédire les habitats favorables pour chaque espèce puis additionner les différentes couches binaires de présence des espèces pour calculer la richesse spécifique. 2) l’addition des couches des aires d’occurrences des espèces construite par la méthode du minimum convex polygon pour produire la carte de distribution de la richesse spécifique. Les deux approches ont montré la même tendance à l’échelle nationale, c’est-à-dire la concentration des zones les plus riches sur le long de l’Atlas Saharien et des hauts plateaux qui sont la zone de transition entre le Sahara et la partie méditerranéenne de l’Algérie. L’opposition de la partie saharienne globalement pauvre en espèce et la moitié nord plus riche. En fin, les massifs sahariens du Hoggar et Tassili forment une zone très distincte avec une richesse nettement supérieure par rapport au reste du Sahara. Pour ce qui est des lacunes, dans la Partie nord, la Kabylie, le parc national d’El Kala et la région d’Oran sont assez bien prospectées. Dans le Sahara, seuls quelques points sont assez bien prospectés comme Biskra, Béchar et quelques zones du Hoggar et Tassili. En fin, la troisième partie porte sur la distribution des lignées génétiques dans le Maghreb. Les objectif de cette partie est localiser les zones de sutures entre les lignées génétiques divergentes des populations de l’est et de l’ouest du Maghreb et d’essayer de comprendre les mécanismes qui ont conduit à ce patron de diversité génétique. Pour répondre à ces questions, j’ai effectué une phylogéographie comparées sur 11 espèces de reptiles et amphibiens à distribution continue et large dans le Maghreb. Deux zones de sutures ont été identifiées : une zone à la frontière de l’Algérie et du Maroc, l’autre EN Kabylie à l’ouest de la vallée de la Soummam. Les divergences entre les clades est et les clades ouest ont eu lieu entre la période pré-messinienne jusqu’au à la limite plio-pleistocène et se seraient maintenues dans des refuges climatiques à l’est et à l’ouest du Maghreb. / Algeria is a case study of biodiversity ignorance. To date, there are neither complete inventories for any taxa nor atlas across the country! Yet, Algeria is of great importance for global biodiversity. The coastal area of Algeria is part of the global biodiversity hostpot which is the Mediterranean perimeter and has several regional red spots of biodiversity. Moreover, the Saharan part encompasses a diversity of endemic organisms adapted to the strong conditions of drought. The Algerian authorities are deploying an ambitious project for conservation aiming to reach 50% of the country's surface as protected areas! However, the location of these protected areas and their management don’t obey to a scientific evidence based, but are rather based on experts opinion. The main aim of this thesis is the study of the biodiversity ignorance distribution in Algeria by focusing on the "Linnean, Wallacean, and Darwinian Shortfalls" and to contribute to reduce them. The first chapter aims at reducing the Linnean Shortfall by proposing 1) a first checklist of reptiles and amphibians of Algeria which is the result of an accurate review of scientific publications on these taxa in North Africa. 2) a first pre-assessment of the conservation status of reptiles and amphibians of Algeria for the production of the first national red list. The second part of this manuscript deals with the ignorance of the geographical distribution of species. The purpose of this part is to map the ignorance which is defined as the difference between the expected specific richness diversity and the observed specific richness. The predicted species richness was modelled with two approaches: 1 ecological niche modeling with the maximum entropy method (MaxEnt) to predict the suitable habitats for each species and then add the different binary layers of species presence to calculate the specific richness. 2) Minimum convex polygon method was used to create range maps of each species and were auditioned to obtain predicted species richness. Both approaches have shown the same trend at a national scale: the concentration of the richest areas along the Saharan Atlas and the high plateaux which are the transition zone between the Sahara and the the Mediterranean part of Algeria. The opposition of the Saharan with a low species richness and the northern part with a higher species richness. Finally, the Saharan massifs of the Hoggar and Tassili form a very distinct zone with a much greater wealth compared to the rest of the Sahara. In terms of gaps, in the northern part, Kabylie, El Kala National Park and the Oran region are fairly well surveyed. In the Sahara, only a few points are clearly well prospected as Biskra, Bechar and some areas of the Hoggar and Tassili. The third part deals with the distribution of genetic llineages in the Maghreb. The aim of this section is to locate the phylogeographic breaks between the divergent eastern and western populations of the Maghreb and to try to understand the mechanisms that led to this pattern of genetic diversity. To answer these questions, I carried out a comparative phylogeography on 11 species of reptiles and amphibians with continuous and wide distribution in the Maghreb. Two suture zones have been identified: one zone on the border of Algeria and Morocco, the other in Kabylia west of the Soummam valley. The divergences between the eastern clades and the western clades occurred between the pre-Messinian periods up to the plio-pleistocene boundary and were maintained in climatic refugia in the east and west of the Maghreb.