La surveillance de la santé se définit comme la production et le traitement de données destinées à informer les programmes de mitigation des risques sanitaires. La surveillance des maladies infectieuses animales est généralement considérée comme un bien public, impliquant la responsabilité de l’Etat. La surveillance des maladies émergentes transfrontalières, dont l’influenza aviaire hautement pathogène (IAHP), est même perçue comme un bien public mondial, justifiant un partage d’informations entre Etats. La forme la plus répandue de la surveillance, dite passive ou réactive, repose sur la communication d’acteurs privés ou publics d’informations qu’ils détiennent sur l’état sanitaire des populations animales qu’ils observent aux autorités en charge de la surveillance. La surveillance se trouve donc confrontée à la problématique des biens publics dont la gestion est dépendante de la décision décentralisée d’acteurs privés. Deux questions se posent alors : quels sont les facteurs qui influencent la décision de transmettre une information aux systèmes de surveillance publics ? Ces facteurs sont-ils purement financiers ou impliquent-ils d’autres types d’enjeux, qui font intervenir l’environnement social de l’individu, le territoire dans lequel il s’insère et ses rapports de pouvoirs ? Une autre question est celle de l’existence de réseaux d’information, établis entre acteurs privés et publics permettant d’alerter un maximum d’acteurs de l’apparition d’un risque sanitaire. Comment ces réseaux de constituent-ils ? Dans quelle mesure sont-ils liés aux systèmes de surveillance publics ? Quelles formes de gestion du risque, sous contrôle privé ou public, permettent-ils ? Le cas étudié est celui de l’IAHP due à H5N1 chez les volailles domestiques en Asie du Sud-Est. Une étude a été menée dans quatre zones d’échelle spatiale réduite réparties sur les deux pays, trois au Viet Nam et une en Thaïlande. La théorie des graphs a été appliquée à la diffusion de l’information sur les suspicions d’IAHP entre acteurs privés et publics des territoires avicoles. La structure de ces réseaux d’information est conditionnée par l’organisation politique des territoires ruraux, sous forme de villages, et par les filières dans lesquels s’insèrent les élevages présents dans les territoires. Dans les zones d’étude du Viet Nam présentant un grand nombre d’élevage commerciaux privés, les acteurs amont de la filière avicole commerciale, qui fournissent aliments et produits vétérinaires aux éleveurs, ont un accès privilégié à l’information issue du secteur avicole commercial et villageois. Dans la zone d’étude de Thaïlande, les acteurs impliqués dans les combats de coqs ont un accès privilégié à l’information issue des éleveurs villageois. Ces acteurs centraux dans les réseaux facilitent la diffusion spatiale des informations et l’accès de l’ensemble des éleveurs à ces informations. Les autorités vétérinaires sont présentes dans les réseaux mais la priorité qui leur est accordée est faible en comparaison aux acteurs privés de la filière. En parallèle, des entretiens qualitatifs ou semi-quantitatifs utilisant les outils de l’épidémiologie participative ont été menés afin d’identifier les enjeux associés à la déclaration des suspicions aux autorités vétérinaire. Les enjeux diffèrent selon les territoires et les types de production avicoles qui les composent. Ces enjeux vont au-delà des problématiques purement financières : risques sanitaires et nuisances environnementales pour le voisinage, responsabilité dans les pertes économiques des autres éleveurs et des partenaires commerciaux, et valeur affective et sociale de l’animal sont autant de composantes potentielles de la décision de l’éleveur de déclarer une suspicion aux autorités. Une partie de ces enjeux est liée aux mesures de contrôle mise en place par l’Etat face au risque sanitaire. Cependant, d’autres sont strictement associés à la diffusion de l’information. / Health surveillance is defined as the production and processing of data aimed at informing health risk mitigation programs. Surveillance of infectious animal diseases is usually considered as a public good, involving the responsibility of the state. Surveillance of transboundary emerging diseases, like HPAI, is even perceived as an international public good, justifying information sharing between countries. The most common type of surveillance, i.e. passive or reactive surveillance, is based on communications from private or public actors of the information they hold about the health status of animal populations they observe to authorities in charge of health surveillance. Animal health is therefore confronted with the problematic of public goods whose production depends on decentralized private decision. Two questions may be raised: what are the factors influencing the decision to transmit information to public surveillance systems? Are these factors solely of monetary nature or are they linked with other types of issues, among which the social environment of individuals, the place where they live and their power relationships? Another question relates to the existence of information networks established between private and public actors which enable to a part of the population of sanitary threats. How these are networks constituted? To which extent are they linked with public surveillance systems? Which type of risk management do they allow? The studied case is H5N1 HPAI in domestic poultry in Southeast Asia. A study was conducted in four areas of limited spatial scale distributed in two countries, three in Viet Nam and one in Thailand. Graph theory was applied to the diffusion of information related to HPAI suspicions between actors, private or public. The structure of these networks is shaped by the political organization of rural places, the villages, and by the value chains to which poultry farms belong. In study areas of Viet Nam with widespread commercial poultry farming, upstream actors of the value chain, supplying feed and veterinary products to farmers have better access to information from the commercial and backyard poultry farms. In the Thailand study area, actors participating in cock fighting games have a better access to information from backyard farms. These actors who are central in information networks facilitate the spatial spread of information and access of farmers to information from distant locations. Veterinary authorities are included in the information networks but their attributed priority is week in comparison with private actors of value chains. Besides, qualitative and semi-quantitative interviews were conducted, using tools of participatory epidemiology, in order to identify issues linked with suspicion reporting to veterinary authorities. Those issues differ according to places and types of poultry production. They go beyond purely monetary concerns: sanitary risks and environmental nuisances to the neighborhood, responsibility in economic losses of other farmers and commercial partners and social and affective value of animals are potential components of the decision of farmers to report a suspicion to veterinary authorities. A part of these issues are linked with disease control measures implemented by the state in response to sanitary risks. However, others are strictly associated with information spread. It is the case, for example, of impacts of information on poultry market prices.

Cette thèse a pour objet d’évaluer, de développer et de tester différentes méthodes qualitatives et manières d’évaluer ex-post les impacts et la contribution de la recherche sur les processus d’innovations et la société, par rapport à la transition à l’agriculture biologique.Nous avons réalisé deux cas d’études traitant de la transition à l’agriculture biologique. Le premier est le cas camarguais (en France) englobant un ensemble d’innovations techniques. Le second concerne le développement du produit biologique Ecostop pour protéger les abeilles contre la maladie de la varroatose en Bulgarie.Nous évaluons le potentiel d’une approche globale basée sur l’analyse participative du chemin de l’impact (PIPA) mais adaptée et complémentée par de nombreuses autres méthodes (premier article, partie 4), ainsi que le potentiel de l’analyse du réseau social (SNA) (deuxième article, partie 5) et de la théorie de l’acteur réseau (ANT) (troisième article, partie 6) pour l’évaluation ex-post des impacts et de la contribution de la recherche. Nous étudions les impacts de la recherche en Camargue et la manière dont ils ont été générés. Le cas Bulgare est seulement utilisé pour évaluer le potentiel d’ANT (avec le cas camarguais).L’approche basée sur PIPA permet d’évaluer avec succès les impacts et la contribution de la recherche. Nous avons pu mettre en évidence que la recherche a contribué au changement en Camargue à travers le développement d’interactions de co-apprentissage avec les producteurs bien que cela ne se soit pas avéré crucial pour le succès de l’innovation dans son ensemble. Les politiques agricoles, facteurs économiques, tests conduits indépendamment par les agriculteurs, et le cadre institutionnel, ont été les facteurs les plus importants et ayant eu le plus d’effets. En ce qui concerne SNA, il est apparu utile pour valider les dires des parties prenantes sur les relations entre acteurs ainsi que leurs implications sur la transition à l’agriculture biologique. Par exemple, le rôle grandissant joué par l’INRA (Institut National de la Recherche Agronomique) au sein du réseau d’acteurs a été confirmé de même que sa contribution à la transition vers l’agriculture biologique. Quant à l’approche ANT, elle permet de mettre en avant les relations interpersonnelles d’acteurs et leurs effets sur le développement de l’innovation. Nous soulignons en particulier l’importance des leaders d’opinion au cours des phases d’implémentation et de diffusion ; et montrons également l’importance de problématiser les questions devant être traitées afin d’améliorer le succès des programmes de recherche. / This thesis intends to evaluate, develop and test different qualitative methods and ways of ex-post assessing the impacts and contribution of the research on innovation processes and the society, in relation to the transition to organic agriculture.We have conducted two case studies focusing on the transition to organic farming. First is the Camargue case (in France) that encompasses a broad range of technical innovations. Second is on the development of the organic product Ecostop to protect bees against the varroatosis disease in Bulgaria.We evaluate the potential of a broad approach based on the Participatory Impact Pathway Analysis (PIPA) and adapted & complemented by several other methods (first article, part 4), as well as the potential of the Social Network Analysis (SNA) (second paper, part 5) and of the Actor Network Theory (ANT) (third paper, part 6), in evaluating ex-post the impacts and contribution of the research. We study the impacts of the research in the Camargue and how they were generated. The Bulgarian case is only used to evaluate the potential of ANT (together with the Camargue case).The approach based on PIPA allows assessing successfully the impacts and contribution of the research. We could show that the research contributed to change in the Camargue by developing co-learning interactions with farmers although this was not critical to the success of the innovation as a whole. The agricultural policies, economic factors, the testing conducted independently by farmers, and the institutional framework, were the most important and influential factors. With respect to SNA, it was of interest to validate stakeholders’ views on actors’ relationships and their implications on the transition to organic farming. For example, the growing role played by INRA (National Research Agronomic Institute) within the actor network was confirmed as well as its contribution to the transition. As to ANT, it allows highlighting interpersonal actors’ relationships and their effects on the innovation development. We particularly underline the importance of opinion leaders in the phases of implementation and diffusion; and also show the importance of problematizing the issues to be tackled in order to increase the success of research programs.

Le développement récent des Loisirs Motorisés Hors Route (LMHR) suscite une controverse et de vives réactions dans les milieux du sport et de la protection de l'environnement. Le phénomène est encore peu étudié, à la fois du fait qu'il est récent, que l'argumentation relève de plusieurs disciplines et que les loisirs motorisés, s'ils font partie sans problème de l'outdoor recreation nord-américaine, sont rejetés en France par les autres sportifs et ne sont pas reconnus de façon évidente comme relevant du domaine d'une discipline particulière.<p>Afin de combler un manque dans la littérature scientifique française, cette thèse vise à apporter une connaissance fine de la dynamique de la controverse – en tant qu'échange d'arguments génériques – et des conflits dont les LMHR font l'objet. Elle présente deux originalités majeures : sa thématique et son approche combinant les théories de l'acteur-réseau avec les outils de visualisation et d'analyse de réseau basés sur la théorie des graphes. Cette construction théorique et méthodologique visait à interroger les interrelations entre la controverse portée par des collectifs présents sur la scène nationale et les conflits et interactions sur le terrain. Pour cela, nous avons mené des enquêtes sur quatre scènes : la scène nationale (composée de collectifs pro et anti-motorisé, de Fédérations, de constructeurs, de gestionnaires et décideurs et d'élus) ; deux scènes locales conflictuelles où des démarches de gestion sont en cours (le PNR du Pilat et les Chambarans) ; une scène locale où aucun conflit n'est visible sur la scène publique (le canton de La Grave – Villar d'Arène).<p>Nos résultats montrent, que bien que la controverse trouve ses racines dans des conflits sur le terrain, il n'existerait pas de coprésence entre acteurs qui s'opposent. D'abord, en l'absence de conflit, la scène de La Grave apparaît déconnectée du reste du réseau. Ensuite, les détracteurs des LMHR se mobilisent dans la controverse mais ne cherchent pas directement à agir sur le terrain. Par contre, les défenseurs de la pratique s'impliquent, eux, aux deux niveaux. Enfin, les gestionnaires et agents de la police de l'environnement confrontés à la gestion des activités, nouent des liens sur le terrain et au niveau national, à la fois avec les défenseurs et les détracteurs des LMHR ; devenant parfois des acteurs-passerelles.<p>D'un point de vue théorique et méthodologique, les outils de visualisation et d'analyse de réseau ont montré leur intérêt dans le cadre d'une approche par l'acteur-réseau ; les perspectives apparaissent riches. / Doctorat en Sciences / info:eu-repo/semantics/nonPublished

Dans une série d'essais empiriques, cette thèse analyse les effets de la diversification productive sur la volatilité et la productivité dans les pays riches en ressources naturelles. Dans le premier chapitre, je montre que bien que les ressources naturelles affectent négativement la croissance économique en augmentant la volatilité, les pays riches en ressources peuvent compenser les effets déclencheurs de la volatilité des ressources en diversifiant leurs économies. Les pays dont la structure de production est initialement plus diversifiée, ou qui parviennent à se diversifier au cours de leur développement économique, sont susceptibles de bénéficier de leur dotation en ressources. Dans le deuxième chapitre, j’explique que les pays riches en ressources disposés à diversifier leurs économies pour stimuler leur productivité sont confrontés à deux choix; soit développer des industries axées sur les ressources, soit diversifier leur économie dans son ensemble vers de nouvelles activités qui ne dépendent pas nécessairement des ressources naturelles. L’analyse empirique montre que la diversification par les liens vers l’aval du secteur de l'exploitation minière ne conduit pas à des améliorations de productivité. En revanche, l'élargissement et la diversification de la structure de production dans son ensemble offrent des potentiels de croissance de la productivité à des niveaux de revenus plus élevés. Dans le troisième chapitre, j’analyse la relation entre la diversification et la volatilité du point de vue du réseau de production constitué par l’ensemble des liens d’approvisionnement entre secteurs. Je trouve que l'emplacement d'un secteur au sein du réseau et son influence sur d'autres secteurs ont des effets contradictoires sur le risque que les fluctuations subies par ce secteur génèrent une volatilité agrégée. Les secteurs situés dans des régions denses du réseau ont un effet atténuant sur la volatilité globale via les effets de substitution, tandis que ceux qui sont plus influents et au centre d'un réseau fortement asymétrique génèrent des fluctuations globales via les effets de contagion et les liaisons intersectorielles. Ceux-ci suggèrent que la répartition et la structure des liens interindustriels jouent un rôle important dans la façon dont la diversification conditionne l'impact des chocs idiosyncrasiques sur la volatilité globale. / In a series of empirical essays, this thesis looks at the various intertwining aspects of growth volatility and productive diversification in resource-rich countries. In the first chapter, I find that while natural resources adversely affect economic growth by increasing growth volatility, resource-rich countries can offset the volatility-triggering effects of natural resources by diversifying their economies. Countries that start off with more diversified production structure or are able to diversify as they develop are likely to benefit from their resource endowment. In the second chapter, I discuss the fact that resource-rich countries willing to diversify their economies are faced with dual policy options; to either develop resource-based industries, or diversify their economies as a whole into new activities not necessarily dependent on natural resources. The empirical analysis shows that diversification through downstream and forward linkages to mining does not lead to productivity enhancements. However, broadening and diversifying the production structure as a whole offer potentials for productivity growth at higher levels of income. In the third chapter, I look at the relation between diversification and volatility from a production network perspective, composed of input-output linkages across sectors. I find that the location of a sector within the production network and its influence on other sectors have conflicting effects on the risk that sectoral shocks lead to aggregate volatility. Sectors that are located in dense parts of the network have a mitigating effect on aggregate volatility via substitution effects, while those that are more influential and central in a strongly asymmetrical network generate aggregate fluctuations via contagion effects and inter-industry linkages. These suggest that the distribution and the network structure of inter-industry linkages play an important role into how diversification conditions the impact of idiosyncratic shocks on aggregate volatility.

La verticilliose de la luzerne cultivée (Medicago sativa L.) est une maladie de flétrissement vasculaire causée par le champignon du sol Verticillium alfalfae. C’est une des maladies les plus dévastatrices et les plus difficiles à contrôler. Les symptômes sont un jaunissement des feuilles suivi de flétrissement et défoliation. Les structures de dormance produites en fin de cycle de maladie constituent une source de contamination pour plusieurs années. Aucun traitement fongicide n’est efficace, la seule méthode de contrôle reste la production de variétés résistantes. En raison de sa nature tétraploïde et de son allogamie, il est difficile de réaliser des études génétiques sur M. sativa. Un pathosystème entre la légumineuse modèle Medicago truncatula et V. alfalfae a été mis au point pour étudier les mécanismes mis en place au cours de l’interaction entre V. alfalfae et son hôte. Les lignées A17 et F83005.5 ont été identifiées comme étant respectivement résistante et sensible à la souche V31-2 de V. alfalfae. La première partie de ce travail de thèse est une étude comparative du processus d’infection de V. alfalfae V31-2 au cours d’une interaction compatible et incompatible. Nous avons étudié la cinétique de colonisation des racines d’A17 et F83005.5 avec la souche V31-2 exprimant le gène marqueur GFP ce qui confère une fluorescence verte au champignon. Les observations en microscopie confocale ont montré que le champignon se développait dans les racines des deux lignées contrastées de façon similaire pendant les premières étapes d’infection. Quelques jours plus tard, il n’était plus détectable dans la lignée résistante, tandis qu’il colonisait les vaisseaux du xylème dans la lignée sensible et avançait vers les parties aériennes. La lignée résistante A17 était donc capable d’inhiber totalement le développement du pathogène dans la partie racinaire. Ce résultat a été confirmé par la quantification de l’ADN du pathogène dans la racine et dans les parties aériennes. Nous avons conclu que la lignée A17 exprime une résistance totale à V. alfalfae. Dans la deuxième partie de cette thèse, nous avons cherché à identifier le rôle des hormones dans les mécanismes de défense de M. truncatula en réalisant des traitements exogènes avec l’acide salicylique (SA), le méthyl jasmonate (MeJA), l’éthylène (ET), l’auxine et l’acide abscissique (ABA). Ces traitements n’avaient aucun effet sur la résistance d’A17, mais toutes les hormones, à l’exception du MeJA, protégeaient la lignée sensible contre les symptômes de la maladie. La quantification de l’ADN du champignon in planta a montré que seule l’ABA inhibait significativement le développement du pathogène. Dans la troisième partie, nous avons cherché à identifier des acteurs moléculaires impliqués dans la résistance et la sensibilité en comparant le transcriptome de la lignée F83005.5 et A17 dans la phase précoce de l’infection. L’analyse des gènes différentiellement exprimés en réponse à l’inoculation montre que les deux lignées induisent des gènes impliqués dans la production de métabolites secondaires, et des gènes des voies de signalisation hormonale. Mais seule la lignée résistante montre une induction de l’expression de gènes de résistance et de gènes impliqués dans les voies de signalisation tels que des gènes de la synthèse de l’ABA et des facteurs de transcription. Ces résultats renforcent l’hypothèse que l’ABA serait un facteur important dans la résistance à V. alfalfae chez M. truncatula. L’analyse des réseaux de gènes coexprimés a montré une désorganisation de la réponse de la lignée F83005.5. En revanche, dans la lignée A17, on observe une réponse organisée et orientée vers la défense. Ce travail décrit pour la première fois les mécanismes de défense de M. truncatula contre V. alfalfae. L’ensemble des résultats montre que la résistance exprimée chez la lignée A17 est différente des mécanismes de résistance contre la verticilliose décrits chez la tomate et le coton. / Verticllium wilt of alfalfa (Medicago sativa L.) is a vascular disease caused by the soil fungus Verticillium alfalfae. It is one of the most devastating diseases and most difficult to control. Symptoms are leaf yellowing followed by wilting and defoliation. Survival structures which are produced at the end of the disease cycle are a source of inoculum for many years. Fungicide treatment is not efficient, and the only way to control this disease is to breed resistant cultivars. Genetic studies are difficult in M. sativa because it is tetraploid and outcrossing. A pathosystem has been set up in our laboratory in order to study the mechanisms involved in the interaction between V. alfalfae and its host. It involves the model legume plant M. truncatula and strain V31-2 of V. alfalfae. The lines A17 and F83005.5 were identified as respectively resistant and susceptible to V31-2. The first part of this thesis is a comparative study of the infection process of V. alfalfae V31-2 in a compatible and incompatible interaction. The time course of root colonization in lines A17 and F83005.5 was studied with a GFP-expressing strain which confers green fluorescence to the fungus. Observations by confocal microscopy showed that the fungus developed in a similar way in roots of both lines during the first stage of the interaction. Some days later the fungus was not detectable anymore in roots of the resistant line, but has colonized the xylem vessels and grew towards the aerial part of the plant in the susceptible line. Quantification of fungal DNA in roots and aerial parts confirmed these results. This showed that the resistant line A17 was able to suppress the pathogen’s development in the root. It can be concluded that line A17 presents total resistance towards V. alfalfae. The second part of the thesis concerns the role of phytohormones for defence mechanisms against V. alfalfae in M. truncatula. Susceptible and resistant plants were treated with salicylic acid (SA), methyl jasmonate (MeJA), ethylene (ET), auxine and abscissic acid (ABA). Resistance of line A17 was not affected by these treatments, but all hormones except MeJA protected the susceptible line against disease symptoms. However, when fungal DNA was quantified in planta in these assays, only ABA inhibited the pathogen’s development significantly. The third part of this thesis aims at identifying molecular factors involved in resistance and susceptibility. To address this topic, the transcriptome of lines A17 and F83005.5 was compared during the early stages of infection, in inoculated or mock-inoculated plants. A bioinformatics analysis of differentially expressed genes showed that both lines responded to inoculation by inducing genes involved in secondary metabolism and hormone signaling pathways. However, only resistant line A17 showed induction of the expression of putative resistance and signaling genes, genes involved in ABA synthesis and transcription factors. This result confirms our hypothesis that ABA might be an important factor in M. truncatula resistance against V. alfalfae. Gene network analysis of co-expressed genes showed a disorganised response in the susceptible line, whereas in the resistant line the response was highly organised and turned to defence. Taken together, this work describes for the first time defence mechanisms against V. alfalfae in M. truncatula. The results show that resistance of line A17 is different from resistance mechanisms Verticillium resistance described in tomato and cotton. Several approaches for future research are presented in order to test our hypotheses concerning genes and molecules putatively involved in this interaction. With regard to applied research, defence and signaling genes identified in this work may be useful for the improvement of alfalfa, after functional validation.

La maladie coronaire stable est une maladie chronique pour laquelle de nombreuses stratégies thérapeutiques sont disponibles, dont le traitement par médicaments seuls et les traitements invasifs par angioplastie avec stent ou par pontage aortocoronaire. Face aux résultats de plusieurs méta-analyses mettant en évidence un taux de mortalité comparable entre ces traitements, nous avons décidé d’effectuer un travail de recherche comparant leurs coûts. Dans la première partie de mon travail, nous avons comparé, après une période de un an et une autre de 3 ans de suivi des patients, les données cliniques et économiques publiées pour 5 traitements de l’angor stable : les médicaments seuls, le pontage aortocoronaire, l’angioplastie sans stent, l’angioplastie avec stent nu et l’angioplastie avec stent actif. La mortalité et le taux d’IDM étaient nos critères de jugement clinique. Les coûts directs, liés au traitement effectué et liés à la prise en charge des éventuelles complications, ont été uniformisés via la parité de pouvoir d’achat et exprimés en US $ 2008. Il s’agissait de notre critère de jugement économique. Un total de 19 études cliniques a été retenu dans notre méta-analyse en réseau. Nos résultats mettent en évidence une absence de différence significative sur le critère clinique. En revanche, nous avons observé une différence concernant le coût moyen de chaque traitement après un an et 3 ans de suivi. Le traitement le moins onéreux était le traitement par médicaments seuls, après un an et 3 ans de suivi, avec respectivement un coût moyen par patient de 3 069 US $ et 13 854 US $. Le coût moyen le plus élevé a toujours été obtenu avec le traitement par pontage aortocoronaire : 27 003 US $ après un an et 28 670 US $ après 3 ans de suivi. Cependant, nos conclusions sont limitées d’une part, par la variabilité des méthodes économiques utilisées dans les études sélectionnées dans notre méta-analyse et, d’autre part, par l’évolution des traitements dans le temps. Dans la seconde partie de mon travail de recherche, nous avons calculé le coût de prise en charge d’un patient angoreux stable traité par l’une des 4 stratégies thérapeutiques suivantes : médicaments seuls, pontage aortocoronaire, angioplastie avec stent nu et angioplastie avec stent actif. Pour se faire, nous avons défini d’une part 6 situations cliniques correspondant aux possibles états cliniques du patient un an après l’instauration du traitement étudié et, d’autre part, déterminé les quantités de soins consommés pour chacune de ces situations cliniques. La perspective retenue était celle de l’Assurance Maladie. Les coûts calculés étaient liés aux hospitalisations, aux soins ambulatoires et aux moyens de transport utilisés pour accéder à l’hôpital. La stratégie médicamenteuse était la moins onéreuse avec un coût moyen annuel de 1 518 € ; ce coût prenant en compte les probabilités de survenue des 6 états cliniques. Le traitement par pontage aortocoronaire était le plus onéreux des 4 traitements étudiés, avec un coût moyen annuel de 15 237 €. La perspective de mes travaux est de modéliser la prise en charge d’un patient angoreux stable en envisageant un second traitement si le premier traitement effectué conduit à une situation d’échec thérapeutique. Les arbres que nous avons construits nous permettront ensuite d’effectuer une analyse coût-efficacité de deux stratégies thérapeutiques avec une durée totale de suivi des patients de 2 ans. Enfin, si nos travaux mettent en avant l’intérêt économique du traitement par médicaments, nous soulignons que ces résultats sont obtenus après avoir suivi les patients sur une courte durée (études à un an et à 3 ans), alors que l’angor stable est une maladie chronique où les stratégies thérapeutiques peuvent se succéder en cas d’échec à l’un des traitements... / Stable coronary artery disease is a chronic disease for which many treatment strategies are available, treatment with drugs alone and invasive treatment by stenting or coronary artery bypass graft. With the results of several meta-analyzes showing a mortality rate comparable between treatments, we decided to conduct a research comparing costs. In the first part of my work, we compared, after a period of one year and of 3 years of patient follow-up, clinical and economic data for five treatment of stable angina: medication alone, coronary artery bypass graft, angioplasty without stent, angioplasty with bare metal stent and angioplasty with drug-eluting stent. Mortality and MI rates were our clinical end point. Direct costs related to the treatment performed and related to the management of complications, have been standardized using the purchasing power parity and expressed in U.S. $ 2008. It was our criterion for economic analysis. A total of 19 clinical studies have been selected in our network meta-analysis. Our results show there is no significant difference in clinical end point. In contrast, we observed a difference in the average cost of each treatment after one year and three year follow-up. The least expensive treatment was the only treatment with drugs, after a year and 3 years of follow-up, each with an average cost per patient of U.S. $ 3,069 and U.S. $ 13,854. The highest average cost has been obtained with the treatment coronary artery bypass graft: U.S. $ 27,003 after one year and U.S. $ 28,670 after 3 years of follow-up. However, our conclusions are limited due to the high variability of the economic methods used in the selected studies and because of the evolution of revascularization techniques. In the second part of my research work, we calculated the cost of management of stable angina pectoris patients treated with one of the following four treatment strategies: medication alone, coronary artery bypass graft, angioplasty with bare metal stent and angioplasty with stent active. We defined a part 6 clinical situations corresponding to the possible clinical conditions of the patient one year after the treatment. We have defined the quantities of care consumed for each of these clinical situations. The perspective selected was the statutory health insurance in 2011. The calculated costs were related to hospitalization, ambulatory care and medical transport used to reach the hospital. The drug strategy was the least expensive with an average annual cost of € 1,518, the cost taking into account the probability of occurrence of 6 clinical conditions. Treatment with coronary artery bypass graft was the most expensive of the four treatments studied, with an average annual cost of € 15,237. The prospect of my work is to model the management of stable angina pectoris patient considering a second treatment if the first treatment led to a situation of treatment failure. The trees we built then allow us to perform a cost-effectiveness analysis of two strategies with a total duration of patient follow-up of 2 years. Finally, if our work highlights the economic benefits of drug treatment, we emphasize that these results are obtained after following patients over a short period (1 year and 3 years), while stable angina is a chronic disease where therapeutic strategies may succeed in case of failure to one of the treatments. In addition, we keep in mind that the choice of treatment, whether conservative or by drugs, by invasive myocardial revascularization should be done individually, i.e. taking into account the individual characteristics of each patient.

Les plantes, par leurs racines, offrent une myriade de niches écologiques pour les microorganismes du sol, et ceux-ci la protègent contre les attaques parasitaires et les stress abiotiques, et favorisent son approvisionnement en nutriments et en eau. Cependant, dans le sol, la plante joue aussi un rôle important lorsqu’elle émet depuis ses racines des composés qui influencent la composition des communautés microbiennes dudit sol, ce combiné à un changement du pH du sol par la plante et son apport en matière organique ainsi qu’en oxygène. Ces composés influencent les membres du microbiote souterrain de la plante et donc indirectement la plante elle-même. Plus on a une diversité du couvert végétal, plus la diversité des microorganismes du sol va être élevée et inversement, plus un sol sera divers en matière de microbes plus les plantes qui y poussent tendent à être en bonne santé. Pour une plante en particulier, il n’est pas inhabituel de développer des relations spécifiques avec des microorganismes eux aussi spécifiques qui vont améliorer sa survie. Cependant, une plante peut vivre dans différents environnements et les sols sont divers, donc les plantes doivent s’adapter aux microbes qu’elles trouvent à proximité en sélectionnant les microbes les plus bénéfiques pour elles. Du coup, il est possible que quel que soit l’environnement dans lequel la plante pousse, quelques microbes soit si importants pour sa survie et son développement qu’on les retrouve toujours en association avec ladite plante. Ces microbes toujours en association avec une plante donnée constituent une unité théorique nommée core microbiote dans la littérature scientifique. La gestion du microbiote des plantes cultivées pourrait améliorer la résistance au stress et la productivité des plantes cultivées et il est donc important d’en comprendre le fonctionnement. A ce jour, le microbiote souterrain des plantes demeure largement une « boîte noire » en raison de son incroyable complexité due à la diversité faramineuse des microorganismes qui le constituent. Au cours de ma recherche doctorale, j’ai voulu participer à ouvrir encore un peu plus cette « boite noire » pour augmenter la connaissance du fonctionnement et de la structure du microbiote souterrain des plantes. Pour ce faire, j’ai utilisé le canola (B. napus) comme plante modèle. J’ai étudié le microbiote racinaire, tel qu’influencé par le niveau de diversification du système cultural, à l’aide d’un dispositif expérimental établi par Agriculture et Agroalimentaire Canada à cinq emplacements dans la prairie canadienne en 2008. Le canola, B. napus est une Brassicaceae économiquement importante, mais aussi intéressante en tant que plante modèle, car le canola est associé à des communautés microbiennes racinaire moins complexes que bien d’autres plantes, à cause de sa production de composés antimicrobiens. J’ai utilisé le séquençage d’amplicons, des analyses statistiques multivariées et l’analyse de réseau pour approcher cette complexité et: i) vérifier l’impact de la diversification du système de rotation cultural sur les communautés microbiennes souterraines du canola, ii) établir si un core microbiote fongique et bactérien existait bel et bien dans la rhizosphère du canola et le plein sol en culture de canola, iii) identifier de façon claire des espèces clef de voute interagissant intensivement dans les communautés fongiques, bactériennes, et mixtes, et finalement iv) évaluer la persistance des champignons mycorhiziens à arbuscules dans la rhizosphère du canola et le plein sol adjacent cette plante non-hôte, en systèmes culturaux basés sur le canola. Mes résultats confirment que les communautés fongiques de la rhizosphère du canola et de son sol étaient influencées par la diversification des rotations de cultures, mais démontrent que les communautés bactériennes ne l’étaient pas. La rhizosphère du canola avait un core microbiote fongique variant avec les années, tandis que chez les bactéries, seulement des core espèces ont été identifiées. J’ai aussi relevé des interactions potentielles entre microbiote fongique et microbiote bactérien du canola et identifié des espèces clef de voute. Les fluctuations de l’abondance de ces espèces pourraient alors faire varier celles de beaucoup d’autres microbes. Bradyrhizobium a été l’une de ces espèces. Mes résultats montrent aussi un maintien d’une communauté des champignons mycorhiziens à arbuscules chez le canola même après 10 ans de monoculture. En résumé, ma recherche apporte une lumière nouvelle dans l’étude du fonctionnement, de la structure et des dynamiques écologiques au sein du microbiote souterrain du canola et sur l’écologie microbienne théorique des plantes notamment en ce qui a trait à ses composantes invariantes telles que le core microbiote et les taxons clef de voûte. Des études en conditions contrôlées sont nécessaires pour vérifier la capacité des microbes clef de voute rapportés ici à influencer les communautés microbiennes du sol et les plantes qui y vivent. / Plants and soil microbes are closely linked. Plants provides myriads of ecological niches in and on its roots for microbes to thrive. In turn, microbes can protect host plants against pathogen attacks, abiotic stresses, and improve nutrient and water availability. In the distant soil, plant produce volatile compounds shaping microbial communities, with feedback on root-associated communities. The more diversity there is in the plant cover, the higher the diversity of soil microorganisms will be and conversely, the more diverse a soil will be in terms of microbes, the more de plants that grow there trend to be in good health. Certain plants can develop specific relationships with certain microbes improving the fitness of the plant. However, a plant can grow in different environments and soils are diverse, thus plant will have to adapt to the different microbes depending on the environment it is growing in while attracting the ones necessary for its growth. Certain microbes could be so important for a plant’s health and development that they are always associated with the plant. Such important microbes form a theoretical group called core microbiota that could be extremely important for plant health and a determinant of the composition of plant-associated microbial communities. The plant subterranean microbiota is often labelled as a “black box” due to the tremendous diversity and interactivity of the microbial communities plants host. In my thesis research I aimed to “crack the black box” a little further to enhance our understanding of plant subterranean microbial community dynamics and structure. To do so, I used a field experiment established in 2008 by Agriculture and Agri-Food Canada (AAFC) at five different sites in the Canadian Prairies under different crop rotations and canola as model plant. Canola (B. napus) is a crop plants of the Brassicaceae family that produces antimicrobial compounds and has “simpler” microbial community in its roots, and rhizosphere. To do so, I used amplicon sequencing, multivariate analysis, and network analysis. My objectives were i) to verify the impacts of plant cover diversification on canola microbial subterranean community, ii) to verify if a core microbiota of fungi and bacteria could exist in canola rhizosphere and bulk soil and if so, to describe this core, iii) to identify keystone bacteria and fungi, i.e. highly interacting components, in the bacterial and fungal communities associated with canola, and finally, iv) to investigate the persistence of arbuscular mycorrhizal fungi in the rhizosphere and bulk soil of canola, a non-host plant, in canola-based cropping systems. I found that the diversification of cropping systems influenced the structure of the fungal communities of canola rhizosphere and bulk soil, but diversification had no significant influence on bacterial community structure. A fungal core microbiota varying through years was found in canola rhizosphere, but no bacterial core-microbiota was found. However, we were able to identify a core-specie. Interactions among the fungal and bacterial microbiota in canola rhizosphere and bulk soil were found and Bradyrhizobium was among several potentially important keystone taxa. My results also show the maintenance of arbuscular mycorrhizal fungi in canola even after 10 years of monoculture despite this plant is not a host for AMF. Overall, my PhD research brings a new level of knowledge on the microbial structure and dynamics of canola subterranean microbiota, and also on the theoretical ecology of plant microbiota, particularly regarding its invariable components such as core microbiota and hub-taxa. Further investigations are needed to better understand how keystone species and core species influence the plants and their microbiome.

L’Organisation mondiale de la santé animale (OIE) est l’institution internationale responsable de la mise en place des mesures sanitaires associées aux échanges commerciaux d’animaux vivants. Le zonage est une méthode de contrôle recommandée par l’OIE pour certaines maladies infectieuses, dont l’influenza aviaire. Les éclosions d’influenza aviaire été extrêmement coûteuses pour l’industrie avicole partout dans le monde. Afin d’évaluer la possibilité d’user de cette approche en Ontario, les données sur les sites de production avicole ont été fournies par les fédérations d’éleveurs de volailles ce cette province. L’information portant sur les industries associées à la production avicole, soit les meuneries, les abattoirs, les couvoirs, et les usines de classification d’œufs, a été obtenue par l’entremise de plusieurs sources, dont des représentants de l’industrie avicole. Des diagrammes de flux a été crée afin de comprendre les interactions entre les sites de production et les industries associées à ceux-ci. Ces industries constituaient les éléments de bas nécessaires au zonage. Cette analyse a permis de créer une base de données portant sur intrants et extrants de production pour chaque site d’élevage avicole, ainsi que pour les sites de production des industries associées à l’aviculture. À l’aide du logiciel ArcGIS, cette information a été fusionnée à des données géospatiales de Statistique Canada de l’Ontario et du Québec. La base de données résultante a permis de réaliser les essais de zonage. Soixante-douze essais ont été réalisés. Quatre ont été retenus car celles minimisaient de façon similaire les pertes de production de l’industrie. Ces essais montrent que la méthode utilisée pour l’étude du zonage peut démontrer les déficits et les surplus de production de l’industrie avicole commerciale en Ontario. Ceux-ci pourront servir de point de départ lors des discussions des intervenants de l’industrie avicole, étant donné que la coopération et la communication sont essentielles au succès du zonage. / The World Organisation for Animal Health (OIE) is the international reference body for international trade standards for live animals. Zoning is a method of controlling certain infectious diseases, including avian influenza, recommended by the OIE for use when appropriate. Avian influenza outbreaks have been extremely costly to the poultry industry throughout the world. In order to assess whether this approach was possible in Ontario, data on poultry industry production sites were provided by the Ontario poultry marketing boards. Zone borders were formed based on two criteria. The first criterion was the supply of essential products and services such that within-zone commercial poultry production could be maintained. The second was the contiguity of the zone’s territory. Four associated industries were identified which provide essential products and services: feed mills, abattoirs, hatcheries, and egg grading stations. A product flow analysis was completed to understand the direction of product movements between the poultry production sites and the sites of the four associated industries. This analysis was used to create a database of input requirements and output production capacity from each type of poultry production site. Using ArcGIS, this information was merged with geospatial data from Statistics Canada on Ontario and Quebec to create the database used for zoning scenarios. Seventy-two scenarios were completed; of these, four were chosen which minimized production loss over the whole industry. These scenarios demonstrate that the method used for the zoning study can identify the production deficits and surpluses of the commercial poultry industry in Ontario. These scenarios can serve as a starting point for discussion among industry stakeholders, as cooperation and communication are essential to the success of zoning.

Les biotechnologies, le réchauffement climatique, les ressources naturelles et la gestion des écosystèmes sont tous représentatifs de la “nouvelle politique de la nature” (Hajer 2003), un terme englobant les enjeux marqués par une grande incertitude scientifique et un encadrement réglementaire inadapté aux nouvelles réalités, suscitant de fait un conflit politique hors du commun. Dans l'espoir de diminuer ces tensions et de générer un savoir consensuel, de nombreux gouvernements se tournent vers des institutions scientifiques ad hoc pour documenter l'élaboration des politiques et répondre aux préoccupations des partie-prenantes. Mais ces évaluations scientifiques permettent-elles réellement de créer une compréhension commune partagée par ces acteurs politiques polarisés? Alors que l'on pourrait croire que celles-ci génèrent un climat d'apprentissage collectif rassembleur, un environnement politique conflictuel rend l'apprentissage entre opposant extrêmement improbable. Ainsi, cette recherche documente le potentiel conciliateur des évaluation scientifique en utilisant le cas des gaz de schiste québécois (2010-2014). Ce faisant, elle mobilise la littérature sur les dimensions politiques du savoir et de la science afin de conceptualiser le rôle des évaluations scientifiques au sein d'une théorie de la médiation scientifique (scientific brokerage). Une analyse de réseau (SNA) des 5751 références contenues dans les documents déposés par 268 organisations participant aux consultations publiques de 2010 et 2014 constitue le corps de la démonstration empirique. Précisément, il y est démontré comment un médiateur scientifique peut rediriger le flux d'information afin de contrer l'incompatibilité entre apprentissage collectif et conflit politique. L'argument mobilise les mécanismes cognitifs traditionnellement présents dans la théorie des médiateurs de politique (policy broker), mais introduit aussi les jeux de pouvoir fondamentaux à la circulation de la connaissance entre acteurs politiques. / Biotechnology, climate change, natural resources, and ecosystem management are all representative of the “new politics of nature” (Hajer 2003), a term encompassing policy issues with high scientific uncertainties, unadapted regulatory regimes, and acute political conflict. In the hope of diminishing these tensions and generating a consensual understanding, several governments mandated ad hoc scientific institutions to document policymaking and answer stakeholder’s concerns. But do those scientific assessments really help to generate a shared understanding between otherwise polarized policy actors? While it would be possible that these create inclusive collective learning dynamics, policy learning has been shown as being extremely unlikely among competing policy actors. Accordingly, this research documents the conciliatory power of scientific assessments using the Quebec shale gas policymaking case (2010–2014). In doing so, it mobilizes the literature stressing the political nature of science to conceptualize scientific assessment in light of a scientific brokerage theory. Empirically, the research uses Social Network Analysis to unravel the collective learning dynamics found in two information networks built from the 5751 references found in the advocacy and technical documents published by 268 organizations during two public consultations. Precisely, findings demonstrate that scientific brokerage can redirect information flows to counteract the divide between collective learning and political conflict. The argument mobilizes cognitive mechanisms traditionally found in policy brokerage theory, but also introduces often forgotten power interplays prominent in policy-related knowledge diffusion.

L’Organisation mondiale de la santé animale (OIE) est l’institution internationale responsable de la mise en place des mesures sanitaires associées aux échanges commerciaux d’animaux vivants. Le zonage est une méthode de contrôle recommandée par l’OIE pour certaines maladies infectieuses, dont l’influenza aviaire. Les éclosions d’influenza aviaire été extrêmement coûteuses pour l’industrie avicole partout dans le monde. Afin d’évaluer la possibilité d’user de cette approche en Ontario, les données sur les sites de production avicole ont été fournies par les fédérations d’éleveurs de volailles ce cette province. L’information portant sur les industries associées à la production avicole, soit les meuneries, les abattoirs, les couvoirs, et les usines de classification d’œufs, a été obtenue par l’entremise de plusieurs sources, dont des représentants de l’industrie avicole. Des diagrammes de flux a été crée afin de comprendre les interactions entre les sites de production et les industries associées à ceux-ci. Ces industries constituaient les éléments de bas nécessaires au zonage. Cette analyse a permis de créer une base de données portant sur intrants et extrants de production pour chaque site d’élevage avicole, ainsi que pour les sites de production des industries associées à l’aviculture. À l’aide du logiciel ArcGIS, cette information a été fusionnée à des données géospatiales de Statistique Canada de l’Ontario et du Québec. La base de données résultante a permis de réaliser les essais de zonage. Soixante-douze essais ont été réalisés. Quatre ont été retenus car celles minimisaient de façon similaire les pertes de production de l’industrie. Ces essais montrent que la méthode utilisée pour l’étude du zonage peut démontrer les déficits et les surplus de production de l’industrie avicole commerciale en Ontario. Ceux-ci pourront servir de point de départ lors des discussions des intervenants de l’industrie avicole, étant donné que la coopération et la communication sont essentielles au succès du zonage. / The World Organisation for Animal Health (OIE) is the international reference body for international trade standards for live animals. Zoning is a method of controlling certain infectious diseases, including avian influenza, recommended by the OIE for use when appropriate. Avian influenza outbreaks have been extremely costly to the poultry industry throughout the world. In order to assess whether this approach was possible in Ontario, data on poultry industry production sites were provided by the Ontario poultry marketing boards. Zone borders were formed based on two criteria. The first criterion was the supply of essential products and services such that within-zone commercial poultry production could be maintained. The second was the contiguity of the zone’s territory. Four associated industries were identified which provide essential products and services: feed mills, abattoirs, hatcheries, and egg grading stations. A product flow analysis was completed to understand the direction of product movements between the poultry production sites and the sites of the four associated industries. This analysis was used to create a database of input requirements and output production capacity from each type of poultry production site. Using ArcGIS, this information was merged with geospatial data from Statistics Canada on Ontario and Quebec to create the database used for zoning scenarios. Seventy-two scenarios were completed; of these, four were chosen which minimized production loss over the whole industry. These scenarios demonstrate that the method used for the zoning study can identify the production deficits and surpluses of the commercial poultry industry in Ontario. These scenarios can serve as a starting point for discussion among industry stakeholders, as cooperation and communication are essential to the success of zoning.